1UKPA

Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREYIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLSPSAPKIPIEVLLEATKPTRPFPWLDETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-amylase
publication title Change in the crystal packing of soybean beta-amylase mutants substituted at a few surface amino acid residues
pubmed doi rcsb
source organism Glycine max
total genus 178
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ukpA00
1C8YA 4LX4A 1CXKA 1UA3A 3SCRA 4AIEA 3SIMA 3T0BA 1BG4A 2DSZA 1TA3A 5DT7A 1HIZA 1G5AA 3WBAA 4EKJA 4AD1A 1HNYA 4HZ6A 1Q6GA 3PZ9A 4YHEA 2ZUMA 1QNPA 5A69A 1VENA 4E8DA 1K9FA 3DYPA 1XD0A 2DSWA 4LGXA 2PWGA 1JNDA 1XYFA 4D1JA 1U2YA 4D6FA 4BA0A 1NOFA 2EPOA 1B90A 3II1A 5FD0A 1JDCA 1QI0A 1G1YA 1M01A 2J4GA 1E55A 4D6GA 2A3CA 3B9AA 1AQHA 1VRXA 4PCTA 2YDQA 3ALGA 1DWAM 1OIFA 3UEQA 1UG6A 1BSIA 4B15A 3FHQA 1V6UA 3W6MA 2XPKA 3ZO9A 1UH2A 5BCAA 1E15A 3L4TA 3QR3A 1ODZA 2WYSA 3AROA 1WPCA 4IISA 1KFWA 1YQ2A 1WNOA 5DF0A 3U7BA 1F4HA 3AMLA 3ARPA 2GDVA 2QV4A 2VX5A 1I75A 5I3DA 1UKSA 2D23A 1GNXA 3VD5A 3EMCA 1GONA 3PZOA 1JZ7A 1OINA 1JYWA 1GCYA 1KXVA 4GQQA 1CGXA 1CNVA 4J27A 3THCA 2B31A 2VVSA 3L4UA 4Z2LA 2DH2A 1HL8A 1MWOA 2WC4A 2WANA 1UWRA 1UA7A 1G0CA 1Q6CA 2W91A 2VQTA 1JZ3A 3GZAA 1CENA 1B0IA 2FGLA 2YDRA 2O9TA 4AC1X 1IZKA 3W0KA 1QNRA 4PSPA 1V08A 3VDAA 2RGMA 1EIBA 5A8MA 1UR2A 3I3DA 1J11A 3E1F1 3SCWA 1W3KA 3MSGA 1W9XA 2BXYA 3L2MA 4CD7A 1K9TA 3BAJA 4EANA 4MNMA 4UOZA 3CGTA 3EDKA 4HOZA 2EPNA 3PZMA 4BQ3A 3MMWA 4DM2A 4PEEA 1H41A 4J3SA 4PTVA 3DHPA 4AW7A 1Z32X 3WUGA 5BRQA 3M07A 3VIOA 4V27A 5I0DA 2OWCA 4TX6A 1UKOA 5A2CA 4XZWA 1XSJA 2CPUA 3U7VA 1B3ZA 3ZJ7A 1W1PA 1BTCA 4TVDA 1E1EA 1H5VA 3GNPA 4JFVA 2WMFA 3WN6A 1ESWA 2ZXQA 2PC8A 3VGFA 1D3CA 4J3TA 2J7CA 1H49A 4CN6A 1W9VA 4HZ7A 4F9JA 5JBEA 2X1IA 2XSAA 4ZEPA 3G6LA 1GPFA 3AMKA 2ZUUA 1DHKA 1ISWA 1SR0A 2PWFA 1UWTA 5CJ5A 4H41A 2EJ1A 2EO7A 7TAAA 2XSBA 4DWSB 1MW3A 2CCRA 1W3HA 5CXPA 2WXDM 2JIWA 1JFXA 4CCEA 1MFUA 1EQCA 4QFUA 4IPLA 4BS0A 5CPTA 1DWHM 1FFQA 3OB8A 1V3KA 2WMIA 3O2LA 8CGTA 3NDZA 3CZEA 4GZJA 2VZTA 3GNOA 1QBAA 5E6ZA 1KB3A 2HVMA 2W66A 1J10A 3L4ZA 1H0GA 1C93A 1WP6A 4KGJA 2RGLA 4UZSA 3VM5A 2DIJA 1V02A 4OUEA 3ZR6A 2WM0A 5CG0A 3T0DA 1JDDA 3WF3A 3ARXA 4KRTA 2WWCA 1PIGA 4H2CA 4JFSA 3WDRA 3W38A 3GDBA 1CECA 3POCA 2WLYA 4XB3A 1ZBKA 5JBDA 1ZL1A 5A6KA 3W37A 4NZCA 1BHGA 3ARSA 4UOJA 3D3AA 2CBJA 3LPFA 4AISA 3S2CA 4AMCA 3WNLA 4FMVA 1B3WA 1E73M 1EOKA 1UR8A 3L4XA 5HBFA 1V0LA 5BROA 3WH7A 1LF1A 4UQBA 4ATWA 3FNDA 2V38A 2GUYA 3AQUA 3WEMA 1GJUA 2X2YA 3VDBA 2Y8KA 1ISVA 1UKQA 3AXHA 3PZTA 4AZGA 1C92A 3ZJKA 1US2A 4L4PA 1UWUA 2XG9A 4U33A 3ZR5A 1LL7A 4J7RA 4C7FA 5DEZA 3W26A 1OBAA 3A4WA 3ZOAA 1GVIA 1W1TA 1VFUA 4W8LA 3WEZA 3ZT5A 4Z2HA 3WF0A 3SCQA 5IFPA 3AYSA 3VIGA 1QHPA 3VNZA 3ZM8A 1HJWA 1G01A 2IXVA 4AIOA 4YHGA 1MW1A 2A3HA 5ECUA 4CN4A 1X6LA 6TAAA 4UFMA 4PTWA 2VZOA 1WZMA 3ARRA 1H1NA 1JZ4A 2VZSA 3M6DA 1MVYA 2WBGA 5A8NA 3WQWA 4PMXA 2FHCA 2XM1A 1XV8A 4QLKA 1RPKA 3AYRA 5FKYA 4UFHA 3MUY1 5BWFA 2YL5A 3L4WA 2ZUVA 1DTUA 5FCZA 3OBAA 1G9HA 4IUGA 3VMPA 4B9YA 4D71A 2ZE0A 3OGRA 1V6VA 4UFKA 4CD5A 5BXSA 2PF0A 1UR0A 2XUCA 1WAWA 2VTFA 2WHLA 4OIFA 4H04A 4F79A 4KWUA 4UOQA 3VM7A 5HPCA 3WMSA 5DT5A 5BRPA 1E4LA 1NP2A 2YA0A 4OKDA 3MMUA 3VU2A 2XYLA 3OG2A 4DUVA 1ZBWA 2G8ZA 3BAYA 2WVUA 1W3LA 4U3CA 1UR4A 1WZLA 2E0PA 4AIUA 5I79A 2WHKA 3O9NA 1FHDA 1NWRA 5LA2A 3VIMA 4ZXOA 1H09A 1W1YA 2VX6A 1UQZA 3NSNA 5EB8A 4MTVA 4PCSA 5I5RA 1OGBA 1UKTA 4AEEA 1BGGA 1YHTA 4HPGA 5JIWA 3M7SA 3MV01 2G3NA 1LQ0A 1C7SA 4FLOA 3N13A 5FL0A 2YKKA 3WFLA 1UD2A 1MXGA 5CSUA 3VO0A 5D9OA 1BAGA 4M80A 1J01A 2O9PA 4KRUA 3PHAA 5A6BD 1KQYA 1BFNA 4PN2A 3BLPX 2Z1SA 4AZ6A 4FLRA 2BY2A 4QDMA 4GPNA 3BH4A 2WCGA 4IPNB 4PUDA 1K6AA 1NWUA 1BQCA 1C91A 1HL9A 1UZ4A 3AIEA 2VCCA 3OIHA 4YN5A 1WCGA 4AZ7A 2D2OA 3BC9A 1GVYA 3NYDA 4NF7A 3UG4A 4CU8A 1W9BM 3VIKA 1LJYA 2TAAA 3WNMA 1QI2A 3WENA 2D24A 4JKMA 1DWIM 4ACZB 3TP4A 3WSUA 8A3HA 1GOMA 2BV9A 1X1NA 3PZGA 1PIFA 4UFJA 1BLIA 4BZYA 5A6BA 4AD0A 1E6NA 4OBSA 3CBWA 3DC0A 5F7UA 1V3LA 2ZX9A 2O9OA 3AS1A 4PMRA 4DM1A 2C0HA 2UWFA 5ABEA 1K9EA 3UR7A 2BVTA 1SYTA 3WD3A 3ARYA 2A3EA 4H7VA 3RM8A 2PB1A 2JIEA 2BY3A 3AMCA 2OSXA 2X8RA 1JI1A 4P8VA 2CBUA 4K68A 2XFFA 3GXDA 2ZIDA 3CZ8A 1HJQA 3VX1A 4D6EA 1UWQA 2BVYA 2VRQA 4P8WA 2QF8A 3APGA 4C7DA 3PTKA 2BHYA 5GNYA 1SMDA 1H0IA 4GZIA 5CGMA 1PBGA 3VD7A 3RILA 3DHUA 1V6XA 2WMGA 2JALA 2VMFA 4WSKA 3PZNA 4MB1A 1C8XA 4XZBA 1PEZA 2GJXA 3S6TA 2BFGA 3WMBA 1VBUA 1E6PA 2BXZA 4JKLA 2XJ7A 3GH4A 3N11A 4RE3A 1HP4A 2E9LA 3AS0A 1HJUA 3IK2A 5ABGA 1E40A 4QCFA 2C8NA 1W32A 3W29A 4PMDA 2XM2A 3CZLA 3CHCA 1BF2A 1XSIA 3W53A 4FF5A 2E8YA 3AS3A 1TMQA 5DO8A 3RPMA 1JIBA 1HF6A 5A8QA 3RDKA 1DP0A 3AOFA 4CVWA 2CERA 4URIA 3LPPA 1ISYA 1XRVA 5A95A 1EHAA 3L2LA 1HN1A 3CUFA 3WNPA 2EPKX 4X0NA 3WF2A 4KGLA 5ABFA 1OD8A 4W7WA 4NRRA 3QOMA 1KCLA 1OT2A 1VEMA 2J79A 4GI9A 3SUTA 4Z2KA 3WF4A 1VFOA 3NSXA 4BF7A 1TG7A 1US3A 1WDQA 1ZS2A 3B9EA 2D1ZA 3OGVA 1WDSA 1HXJA 2VRKA 4AZCA 4B3KA 2ZXDA 4YPJA 3QOKA 4X9YA 3SCOA 4CD6A 5HNNA 3TTSA 2VX7A 2F8QA 4CCCA 4ZENA 1ISZA 1HJSA 4M81A 1CGYA 1J12A 3MO4A 1ISXA 2AAAA 2ZXAA 4CD8A 2XWDA 1GOQA 1H2JA 1UHVA 5A2BA 3AIRA 1J0KA 4UQAA 2BY1A 2GJRA 3GBDA 2ZUTA 2DSKA 3PZVA 4GO8A 3MMDA 4WKFA 1QHZA 3MANA 1CEOA 3VDHA 4HP5A 5IDIA 5AC5A 3VGEA 5HPOA 2PBGA 3WNKA 4GZEA 1GHSA 3SUSA 4QAWA 2VUYA 4ATDA 2E8ZA 1GHRA 4AZHA 3WD1A 1W2VA 1Q6DA 1DEDA 3AHXA 2DGAA 2J7BA 3BSGA 1B3XA 1EOMA 1V0MA 2GVYA 2VO5A 3VGHA 3VMOA 3TTOA 4UQCA 5FOOA 1NQ6A 4PBGA 4U5KA 3PTQA 1EGZA 4U31A 3A4XA 3ZT6A 3GBEA 3PZUA 1GUVA 1BG9A 4JFUA 5DFAA 5TD4A 5KEZA 1OM0A 4N42A 3T0AA 3PN8A 3IJ8A 1J0HA 3B9DA 1ODUA 1E3XA 1PZ3A 3CPUA 2YJQA 1KXTA 2GDUA 1NM9A 4U3AA 2XVKA 3UESA 3SCUA 2ZX6A 1V3HA 4PTMA 1NWSA 5D8WA 4LXFA 3AZTA 1M04A 3VD3A 2QHAA 3MV11 2JFEX 2VL4A 1FP8A 3TONA 1HJVA 1QVBA 3WQ8A 5AY7A 1E4IA 1XCXA 1CWYA 3EYPA 4WK9A 5HDRA 1W2PA 3FAWA 4GINA 1NH6A 3L4VA 5M17A 7CGTA 3HJEA 2V3GA 1C3FA 2XHYA 4M82A 3IAQA 2JF7A 3K46A 2J78A 1JD7A 2DT2A 5AYIA 5AC4A 5JBFA 1QHOA 5D9NA 1ZB5A 1E56A 1J0JA 3NCOA 1XH2A 1JI2A 1Q4NX 1G94A 3FY1A 3MU7A 3WKZA 1EXPA 5I23A 4AEFA 3RO8A 3GM8A 3K4DA 1B9ZA 1UQYA 2YLAA 1KR0A 4UFIA 4HMDA 2IXUA 4PMYA 3W24A 2CITA 7A3HA 1KGWA 1VBRA 4DUXA 1GW1A 4GIAA 1CGWA 1KGUA 3NDYA 4AZIA 5A2AA 5EMYA 1A47A 3K1DA 2WVVB 4P8XA 1V6YA 1BVZA 4JHOA 4X0VA 1J0YA 1UUQA 3THDA 4CUCA 1UD5A 4TTUA 1X6NA 5A3HA 3N15A 1R8LA 3SCNA 3GTNA 4XUYA 5A6LA 5LA0A 3LPOA 3ZMRA 1BVNP 1PX3A 2Y2WA 4D6IA 5JUVA 1JFHA 3SCTA 5LA1A 2PWEA 3DYOA 1E70M 4BQ4A 2DDXA 1CXIA 1FA2A 2YDSA 4W88A 1AQMA 3WDHA 1R7AA 5HOSA 1AMYA 2PWDA 2VR5A 3N1AA 1E6QM 1VEPA 3BLKA 2UY4A 4BQ2A 2W4XA 2VOTA 2WZEA 2ZUWA 2WHJA 4LYPA 1Q6FA 3AICA 5D9PA 1QNQA 1GQIA 3W82A 5C71A 1CZ1A 1CLXA 2W63A 2DSVA 2A3BA 5A6AA 1O6IA 2DIEA 3GH7A 4HA1A 1E43A 1QOXA 3HMCA 4GI6A 1B2YA 5CGTA 1TZ7A 1UR9A 1OD0A 3RM4A 4LPCA 1WDRA 2EBNA 2W92A 1EDTA 1D2KA 2PI6A 5I6SA 3WNNA 3AIUA 3QHOA 2DT3A 2YL8A 5ABHA 3BMVA 1E1FA 4HPHA 3WNOA 2DT0A 1BYBA 2CIPA 1SMAA 2J74A 5D8ZA 4OOUA 2CHOA 2XTKA 1UKPA 2ESCA 1P6WA 1TVPA 4A4AA 3PZQA 1E9LA 1H11A 1JXKA 1JYXA 3WDPP 3EDJA 1B30A 1H3GA 2BS9A 4RE4A 2E9BA 4XV0A 1TA3B 1KBBA 3T2OA 4MDPA 4CKQA 1E5NA 4A3YA 2WSPA 3VGBA 2VZUA 1XCWA 4PTXA 3IJ9A 3DYMA 4RE2A 4J28A 4FK9A 4JCMA 3WH9A 4HOXA 1LL6A 2WPGA 3AMDA 3ZIZA 5I24A 1PX4A 2D22A 5A6MA 3GH5A 1BGAA 3CZGA 2OLHA 4NSBA 1VF8A 3UG3A 1JZ2A 1HX0A 3FHAA 2VURA 3I3BA 5GPRA 2QPSA 4AZCB 1JYVA 2XVLA 1HKKA 2D3NA 4HA3A 1MQQA 4CU7A 2ZX8A 1UWSA 4S3JA 3M46A 3ARWA 3SCVA 4HZ8A 1MQRA 4BCEA 4PMQA 5AYBA 3BCFA 3WD0A 4AD3A 1MFVA 3KL5A 4P7QA 4PMNA 4M29A 1TVNA 2WKLA 4WLCA 1EO5A 3AFBA 3NSMA 4C7GA 3N12A 2F61A 4JL1A 1PJ9A 1GORA 2CXGA 4V28A 1CBGA 1GJWA 1UH4A 4PUEA 5A8PA 2XIIA 2J47A 4QLJA 3MKKA 3ZSSA 2YIHA 2Y4SA 4GXPA 1JXJA 2J7FA 3EDEA 1DWFM 1EO7A 3F5KA 4AD5A 5BXTA 5E09A 1V3JA 2WKGA 4CN1A 2BHUA 1E4NA 4OBRA 1TE1A 4DWSD 3A47A 2ZWZA 1B31A 2ZXBA 1QBBA 4KMQA 4TXEA 4Q22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C8Y A;  4LX4 A;  1CXK A;  1UA3 A;  3SCR A;  4AIE A;  3SIM A;  3T0B A;  1BG4 A;  2DSZ A;  1TA3 A;  5DT7 A;  1HIZ A;  1G5A A;  3WBA A;  4EKJ A;  4AD1 A;  1HNY A;  4HZ6 A;  1Q6G A;  3PZ9 A;  4YHE A;  2ZUM A;  1QNP A;  5A69 A;  1VEN A;  4E8D A;  1K9F A;  3DYP A;  1XD0 A;  2DSW A;  4LGX A;  2PWG A;  1JND A;  1XYF A;  4D1J A;  1U2Y A;  4D6F A;  4BA0 A;  1NOF A;  2EPO A;  1B90 A;  3II1 A;  5FD0 A;  1JDC A;  1QI0 A;  1G1Y A;  1M01 A;  2J4G A;  1E55 A;  4D6G A;  2A3C A;  3B9A A;  1AQH A;  1VRX A;  4PCT A;  2YDQ A;  3ALG A;  1DWA M;  1OIF A;  3UEQ A;  1UG6 A;  1BSI A;  4B15 A;  3FHQ A;  1V6U A;  3W6M A;  2XPK A;  3ZO9 A;  1UH2 A;  5BCA A;  1E15 A;  3L4T A;  3QR3 A;  1ODZ A;  2WYS A;  3ARO A;  1WPC A;  4IIS A;  1KFW A;  1YQ2 A;  1WNO A;  5DF0 A;  3U7B A;  1F4H A;  3AML A;  3ARP A;  2GDV A;  2QV4 A;  2VX5 A;  1I75 A;  5I3D A;  1UKS A;  2D23 A;  1GNX A;  3VD5 A;  3EMC A;  1GON A;  3PZO A;  1JZ7 A;  1OIN A;  1JYW A;  1GCY A;  1KXV A;  4GQQ A;  1CGX A;  1CNV A;  4J27 A;  3THC A;  2B31 A;  2VVS A;  3L4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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