1UOCA

X-ray structure of the rnase domain of the yeast pop2 protein
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
286
structure length
263
Chain Sequence
PPIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYGIDGDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POP2
publication title X-Ray Structure and Activity of the Yeast Pop2 Protein: A Nuclease Subunit of the Mrna Deadenylase Complex
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 81
structure length 263
sequence length 286
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2003-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1uocA00
1DLOA 4OKJA 2KZMA 2DFFA 3KD1E 4GMJB 3VN5A 4HVJA 3LWMA 3P1GA 2WOMA 3V1QA 3K5MA 2HNYA 1GOAA 3TR8A 3NDKA 2O4GA 3DOLA 1HPZA 2O4IA 5DK5A 3KLIA 4CHOA 4DS4A 2D0AA 3B6PA 3ZT2A 4J2DA 1REVA 3DLKA 3ISNC 1ASWA 1B9DA 1RILA 1VRTA 4H8KA 3S9HA 1Q9XA 4BDPA 1IKWA 2XY7A 4FLUA 4OKEA 2QKBA 4AHRA 5I3UA 4HCCA 2HNZA 5FRMA 2HHSA 1J53A 3PUFA 5CZ1A 3ZSVA 1U47A 1QSYA 4E0DA 3OYCA 3DLEA 4FJLA 1A5WA 1BQNA 4CEQA 3SI6A 3AVHA 4CE9A 4BE0A 1NK8A 4KI4A 1Y97A 4Z0UA 4HHTA 1GOBA 1RBUA 3VQCA 4JS4A 4DTRA 4IG0A 4YFUA 2EHGA 1TKTA 2P1JA 2IAJA 4W5TA 4FJMA 1BQMA 4FJNA 2KW4A 5E41A 3DYAA 2X74A 4HCBA 2HHVA 1BCMA 1EXQA 4DSFA 2XHBA 3K5NA 1WAFA 3OYGA 3OJSA 1S1VA 4E7KA 3SQ2A 3PV8A 4KB0A 1CLQA 3HSTB 3NGIA 4FJGA 3DMJA 1NOYA 1TL1A 3HT3A 5HRRA 3DLGA 3OYBA 1RT7A 4CEBA 3KLEA 1UWBA 4YNQA 1NK7A 1KFSA 5HBMA 1N5YA 3SQ4A 2P5GA 1EKEA 2X78A 1T8EA 3TAPA 1YT3A 4DU4A 3VA3A 3AO4A 3VA0A 3CYMA 1T03A 4C8OA 4EP4A 1IKYA 1NKEA 3M8RA 3IS9A 2VWKA 3VQQA 1LWEA 4FYDA 1IO2A 4CJ4A 3QLHA 3U3YA 4IKFA 1S6QA 3SUOA 5K14A 3C6UA 3LALA 2A1SA 3A2FA 3OYLA 3ZT3A 1BI4A 3I0SA 1J5OA 2E4LA 1FK9A 3LP3A 4DLEA 4F4KA 4BDZA 3QEPA 1RBVA 3CG7A 4DF4A 3T1AA 2FBVA 4W5NA 4CF0A 1C1AA 4HUEA 1WSJA 4DS5A 1LV5A 4CCHA 4B9LA 2IS3A 2ZQBA 4OGCA 5DMRA 3ZT0A 1U04A 3AVAA 4I2PA 4Y1DA 4CJVA 4LSNA 5J1EA 3SV4A 1L3TA 4CFAA 2G8HA 4CEAA 1MU2A 3AVIA 4OJRA 3AVBA 4AH9A 1JXBA 4KHYA 1BIUA 1RDBA 1XHZA 3LWLA 3T19A 3SUNA 3WNEA 1UA0A 2Z1HA 1T7PA 4Q0BA 2FBTA 1HQEA 1TKDA 3PX0A 3O3FA 1S9GA 1T05A 5J2NA 4DSJA 4EZ9A 3QEWA 2VG6A 2Z1JA 1HRHA 3DRRA 4CIFA 3DOKA 3V6DA 3WNFA 3V9UA 4CK1A 1L5UA 4DQSA 1NK9A 3THVA 2YKMA 1S1XA 1VSJA 4KKOA 1GOCA 3D0PA 3CM5A 3M8QA 1BISA 1EX4A 3L2QA 4L8RB 3AO5A 4FJ9A 3F9KA 4FZXC 4RW9A 1D8YA 3AVNA 4CFCA 2BANA 5SZTA 3TAMA 1ZBLA 4NCGA 1Z26A 3ZT1A 5KTQA 3L2VA 5D3GA 4CF9A 4M3WA 1RT6A 4CEDA 4OPKA 4JS5A 1KLMA 4M3ZA 2PY5A 4OKKA 2JGUA 1Z25A 3MEGA 4E3SA 3VQ9A 3NHGA 4KPYA 3HYFA 2D0BA 4CJLA 3SQ1A 1RTIA 3VQBA 3CFRA 4FJIA 5KRTA 3AVLA 3K2PA 4FJJA 4FLVA 2OPRA 3G0ZA 4CJUA 4BDYA 3HJFA 4M42A 1KVBA 4LH5A 3KIOA 3F73A 1S5JA 4CHPA 4AHUA 3HPGA 3AV9A 1NJXA 1QSSA 2P5OA 2IGIA 1HJRA 3M8PA 4CHNA 4FCYA 3SPYA 2HVIA 1RDCA 3RMAA 1KFDA 1TAQA 3TAGA 4FLXA 1KRPA 4FJHA 1D9FA 4KREA 3ZSOA 4Z4FA 4IFVA 3OS0A 4DLGA 4C8NA 4FJ8A 4C8LA 4PQUA 3L3UA 3VQ7A 3HP9A 4DQIA 5HLFA 4NYNA 3RRHA 4LH4A 1I3AA 4CFDA 1YTAA 3KLGA 1QQCA 2QXFA 3RMDA 3C6TA 1JLAA 3QEVA 4ZTFA 4FK0A 2IC3A 4CGFA 4PWDA 3MECA 1EETA 4J2AA 4HTUA 3U3GA 4ZTJA 2G8UA 4OLBA 3AO2A 1XHXA 5C24A 4CJ5A 3QESA 2YNFA 1DTQA 1UAXA 3CFOA 4CJPA 3V9WA 1F21A 4CFBA 4E7JA 2IDOA 3K58A 4CEZA 1R0AA 3OJUA 3RWUA 4KHNA 4DTMA 4FK2A 3TAQA 1VSFA 3HO1A 4Z4HA 3KJVA 4FJ5A 3L2UA 4F2RA 3I8DA 3AVKA 1HQUA 4CF8A 3S3OA 3OYFA 2RPIA 4BE1A 2YHAA 2YNHA 3AVGA 2Z1IA 4LD0A 3V81A 1KTQA 2HNDA 1JLCA 3HVRA 2VG5A 1SL1A 2Y1IA 3AA3A 4CJRA 4C8MA 4Z4CA 4FLYA 4CJ3A 1WN7A 1U48A 4DTXA 2KQ2A 1RDAA 2VWJA 5T7BA 3NGZA 4HUFA 4R5PA 2ATQA 4CK3A 1L3VA 1KVCA 3ULDA 1X9WA 4RG8A 2YNGA 3VQ6A 4GW6A 4JRQA 4DSLA 3TANA 5KI6A 1XC9A 2ETJA 1NOZA 3OYAA 3CQ8A 2OYQA 3OYKA 1QTMA 3LDSA 4ELVA 3OS1A 4FW2A 1SL0A 4B08A 4DTPA 4CHQA 4FLWA 4BACA 4OGEA 1S1WA 3AVCA 3RR7A 1ZYQA 1EP4A 3OYNA 2BDPA 4BE2A 3T3FA 2B6AA 2F8SA 3CFPA 3RMBA 1ZBUA 3H08A 4AHTA 3G10A 1SL2A 4ELUA 3PX6A 2WONA 4B8AB 1QHTA 3OYJA 4FXDA 1X1PA 3MEEA 2HHWA 1VSKA 4CGJA 1ASUA 3TARA 4H4MA 5FROA 1O1WA 1VK0A 4TSXA 5EU7A 4CGGA 2QK9A 2ITGA 4CESA 1D9DA 4CEOA 4KHQA 4W5QA 2HVHA 3PO5A 4K8XA 5HP1A 2E6MA 4I2QA 1QS4A 4FLTA 5FRNA 3DLBA 2HHTA 2YKNA 3SUQA 4DTUA 3HVTA 3LP0A 4WE1A 3NE6A 3JSMA 2RN2A 1HMVA 1NKBA 1RT2A 3HPOA 4AILC 1SKWA 1IKXA 4W5OA 2DTUA 1BL3A 1C1CA 2Z1GA 1WSIA 1TGOA 1WNSA 4FM2A 3SV3A 4B9TA 1RBSA 3KKRA 3C94A 1VSIA 3AA2A 4CEFA 5HROA 1NK4A 4KHUA 3QEIA 1TK8A 4O44A 1ITGA 3K5LA 4KTWA 4LSLA 4N56A 1JLEA 5SWMA 4O5BA 2X6NA 4DMNA 2AJQA 4O0IA 4DQQA 4JLHA 3VQ4A 4J2BA 3DRSA 3HM9A 3IRXA 1JLQA 4B9NA 4J2EA 3S3MA 4OPJA 3I0RA 3VQEA 4IBNA 3AVJA 1RCHA 4FM0A 3S3NA 1NJZA 4DFMA 1JLGA 1NJWA 1KLNA 3OVNA 2G8FA 4BWJA 4Z4EA 3RMCA 2QKKA 4PY5A 2FBXA 4O0JA 4CK2A 4AHSA 4KHWA 4I7FA 4B8CA 3OYDA 2GUIA 1U4BA 4Z4GA 1B92A 2LSNA 3SYZA 1KSPA 3QNNA 1RTHA 1FXXA 4OVLA 1YTUA 1SUQA 2FBYA 3FFIA 2OA8A 1HYSA 2XY8A 4CERA 4E7LA 5KGXA 4DFPA 1QSLA 4F3OA 2FC0A 1W9HA 4FVMA 4NYFA 4CHYA 4NCAA 5J2MA 2G8KA 4RW8A 2G8VA 4M45A 3LZJA 1CXQA 1TVRA 4B9SA 2Q3SA 4UQGA 4FJKA 4E19A 3SPZA 1TKZA 2Y1JA 3IAYA 4DWIA 3NH0A 3DLRA 3VQAA 3K59A 2I5JA 3QERA 3SQ0A 1U49A 4CGIA 3TI0A 3DM2A 2OPQA 3MXJA 4FZYA 2F8TA 3KK2A 4F3TA 4KHSA 1CXUA 2X6SA 3EZ5A 3NFAA 4Z4IA 4B9VA 3V4IA 4CJEA 2KZZA 4M3UA 3BDPA 3ZSYA 3HXMA 1JL2A 1NJYA 4DU3A 4DSIA 4DTOA 3P83D 4E1NA 4ZHRA 2KFNA 1RDDA 4K8ZA 3OS2A 4CGDA 4DTNA 4DTSA 3B6OA 1TKXA 2B4JA 4B9UA 3LAKA 2OZSA 1UOCA 3QETA 3DRPA 2DFEA 1G15A 3HL8A 3HK2A 2PYJA 2R7YA 4I9LA 4B9MA 3LANA 2F96A 3VQ5A 1IG9A 3TAFA 4N76A 1BIZA 4W5RA 1WSGA 4GVMA 4CJWA 1LW2A 4G1QA 4FK4A 3NF7A 3SJJA 3O3GA 1C0TA 2A1RA 1S1UA 1RT5A 4DG1A 2OPPA 1RTJA 4O4GA 1WAJA 3ALYA 5C25A 3LP1A 3MXMA 3JYTA 1KVAA 2OZMA 1X9MA 3TWHA 1S1TA 3BGRA 3SNNA 2NUBA 3V9XA 1NK5A 3PX4A 1BHLA 1JL1A 3KD5E 4QOZB 4EP5A 2XY5A 2P51A 3V1OA 2BGGA 3MAQA 1U45A 1NKCA 1S6PA 3SZ2A 4LY7A 5KGWA 1Q9YA 2ZD1A 1B9FA 3NBPA 3NF6A 1NK0A 1NK6A 4M3RA 4ICLA 4M41A 4E89A 4EZ6A 2JLEA 1LWCA 3AO3A 3D45A 4CIGA 1W0HA 1VRUA 4IG3A 3ASMA 4N5SA 3K57A 3NCIA 1VSEA 1WSFA 4F2SA 1HNVA 5C42A 3L2WA 3WNHA 4IDKA 3TAEA 4CEEA 2HW3A 2GV9A 2YV0X 4PUOA 1YVUA 3OY9A 1TL3A 4DU1A 4CIEA 1RBRA 1RNHA 5FDLA 2RKIA 4ID1A 2BE2A 2GBZA 3V1RA 4AHCA 1XI1A 2KFZA 1RT3A 3NAEA 1ZBIA 1HNIA 1HYVA 4DFKA 2XRIA 2B5JA 4DQPA 3NF9A 4CJTA 1C6VA 4CF2A 2E6LA 1RBTA 3L2RA 1VSHA 4FLZA 4HUGA 4KO0A 4CF1A 1QE1A 3KK3A 3CM6A 2PYLA 1HYZA 4KTZA 4QAGA 1D5AA 2PZSA 3LPUA 2W42A 3KTQA 4CECA 4N41A 4MFBA 1TK5A 1A5XA 3L8BA 4E7HA 3SUPA 3DI6A 3MEDA 3OYHA 3AA4A 4CJQA 5J2QA 2YNIA 1XWLA 4CJSA 3V9ZA 1JLFA 4JRPA 5JS1A 3QINA 1SV5A 1K6YA 3MXIA 4KB1A 3IG1A 3O4QA 3PY8A 3ITHA 4AHVA 3M8SA 1J9AA 4ID5A 4CHZA 2HHUA 3OYEA 3U6FA 1JLBA 2XO7A 1I39A 4H4OA 4KAZA 1CZ9A 4DF8A 4E1MA 3OYMA 4DQRA 1CZBA 1LAVA 1J54A 4ELTA 3LP2A 5CYMA 1RTDA 1UA1A 1TAUA 5JS2A 3L3VA 3VQPA 2KTQA 4BWMA 3P5JA 3VQDA 3HP6A 4KI6A 4E7IA 1N6QA 4KTQA 1TK0A 4DSKA 4QCLA 2G8WA 4C8KA 4KV8A 3QIPA 3KLFA 4NCBA 5KRSA 3QO9A 1LW0A 1C0MA 1FKPA 3K5OA 2DY4A 5CYQA 1VSMA 2XY6A 3TABA 2RF2A 2HB5A 3SCXA 2G8IA 1ZBHA 3AO1A 5HRNA 1X9SA 1BI4B 5HRSA 3ZCMA 1L3UA 2ZE2A 4RW6A 3NH1A 3KKSA 1RT1A 4Y1CA 4CJFA 5HRPA 4Q5VA 2HMIA 5CZ2A 2IOCA 4DSEA 5I42A 3HPHA 1WLJA 1LWFA 3LAMA 4IFYA 2VG7A 1JXEA 3VQ8A 4I9QA 4FJXA 1ASVA 1WSEA 3ZSQA 3KK1A 4FZZA 1FKOA 5CY4A 3ZSWA 4FJ7A 1L3SA 4PA1A 1IH7A 4F8RA 3ZSXA 3OYIA 3ZSZA 1Q8IA 4KFBA 1BCOA 3RTVA 3QNOA 4M3XA 3AA5X 4DTJA 1KCFA 3RR8A 4M3YA 1SKSA 2HHQA 4FW1A 4RW4A 1WSHA 4XIUA 3UIQA 3NGYA 4M3TA 1VSDA 1C1BA 3ZT4A 3DLHA 3RRGA 3O3HA 3LPTA 2D5RA 3QEXA 4N47A 3ZSRA 4OLAA 3NH2A 2EX3A 3V9SA 3EY1A 1A5VA 1TV6A 2D0CA 3EYZA 2HHXA 1DTTA 1JKHA 4CJKA 3AVMA 3LZIA 3WNGA 1SKRA 2DFHA 1BGXT 1RT4A 4DFJA 5J2PA 1C0UA 3C95A 3PO4A 1IKVA 1VSLA 4O55A 3O4NA 4KRFA 4FM1A 4B3OA 4RW7A 1ZBFA 3QIOA 2OPSA 4CGHA 3KLHA 3AVFA 3E01A 2YHBA 4MQ3A 1LAWA 1S9EA 3NF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O8UA 1DLOA 4OKJA 4JAXA 3KD1E 3TR8A 2O4GA 1REVA 1GLEG 1RILA 1B9DA 1VRTA 4K0KK 2QKBA 2OTJN 4XH5A 1J53A 5CZ1A 1QSYA 4BRQA 3ATUA 4FJLA 3BF3A 2E5LK 4Y0WA 1NK8A 4KI4A 4BVPA 4YFUA 2P9LB 1OH5A 1BQMA 2KW4A 5E41A 3KWGA 1XNRK 1BCMA 3OJSA 1CLQA 4IEIA 3NGIA 4FJGA 1NOYA 3HT3A 2VQEK 1SQKA 3KLEA 4YNQA 3CMEN 2FSNA 3SQ4A 4R79A 1YT3A 3VA3A 3AO4A 3VA0A 3THYA 4C8OA 1NKEA 2VWKA 3QLHA 4LFBK 3PIPL 3OYLA 1DGKN 3K0SA 3ZT3A 2NRWA 3R8EA 3I0SA 3WXMB 2E4LA 3HSCA 4DKWA 2VGNA 4FPAA 1KXPA 2A41A 1LV5A 4A59A 4OO1J 2IS3A 1CZAN 3ZX0A 3SV4A 1TUYA 4CFAA 4CEAA 2P9IA 1TKDA 1X3NA 2VG6A 4BC2A 3V6DA 1NGHA 2QWPA 3J7YP 2ZGYA 3M1FA 3THVA 4OX9K 1VSJA 3M8QA 1BISA 1EX4A 4JKBA 4RW9A 4GY2B 3IUCA 3ZT1A 2V51B 3L2VA 4CF9A 4CZJA 5F2RA 2PY5A 5FPNA 4JKFA 1BWFO 1K8KB 2D0BA 3SQ1A 5AFUA 3AVLA 4FJJA 3I55N 2W6KA 3G0ZA 3EZWA 5AQXA 1KVBA 3EN9A 1S5JA 4CHPA 3LDLA 1EO1A 3H6EA 3I56N 1HJRA 4CHNA 3SPYA 1T6DA 2V52B 2QEXN 2O8CB 1KRPA 4FJHA 4DUZK 4IFVA 2YCHA 3O9RA 4PQUA 4NYNA 3M5RA 3RRHA 2I7NA 4JK9A 3RMDA 4FK0A 4PWDA 3MECA 1Q82O 2D0OA 4J2AA 2G8UA 4OLBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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