1UPSA

Glcnac[alpha]1-4gal releasing endo-[beta]-galactosidase from clostridium perfringens
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
404
structure length
402
Chain Sequence
AKDFPANPIEKAGYKLDFSDEFNGPTLDREKWTDYYLPHWCKDPESAKANYRFENGSLVEYITEDQKPWCPEHDGTVRSSAIMSFDKSWIHNFSGTTDNHERNEWRGYTTKYGYFEIRAKLSNTGGGGHQAWWMVGMQDDTNDWFNSKQTGEIDILETFFSKKDTWRIAAYGWNDPNFQTSWTISEDKVPSGDPTSEYHIYAMEWTPTALKFYYDNELFKVIYGSPDYEMGTILNIYTDAGSGAHNDVWPKEWAIDYMRVWKPVDGYKESLNNYLIRNRQTGKFLYIEENNDKVSYGDITLKNEKNAKWSKEYRDGYTLLKNNETGEYLNIENQTGYIEHGKVPKTWWSAQWSEVPVDGYTRFVNRWKPNMSIHTESYEGVLQYGNVPNTYWTSQWQLIPVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Glycosyl hydrolase
molecule keywords GLCNAC-ALPHA-1,4-GAL-RELEASING ENDO-BETA-GALACTOSIDASE
publication title Three-dimensional structure of GlcNAcalpha1-4Gal releasing endo-beta-galactosidase from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 111
structure length 402
sequence length 404
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00722 Glyco_hydro_16 Glycosyl hydrolases family 16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1upsA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1upsA02
1S0FA 5IK5A 1AJKA 1YIFA 1IS5A 1WW4A 2EXIA 4R6UB 1R1ZA 1MS0A 1V6IA 3D7WB 4WBCA 1IS3A 2D7IA 3I29B 1SLAA 3H6RA 1ITBA 1LHWA 3BA4A 2JJ6A 5HCBA 2HWMA 3OBTA 5DZFA 4CRQA 1S0DA 4AN6A 5KXBA 3AKGA 3AYAA 4J2YA 4XFUA 2R1DA 1LGCA 1YTOA 2D20A 1H9PA 3N36A 4AGVA 4PF5A 3LSEA 3B9UA 3FJBA 3NBNA 1DHKB 4Q1PA 3BRDA 4Y1XA 4U36A 5JOXA 2GNBA 1W6NA 1RG8A 4I1BA 4RA0A 3RRDA 5KXCA 2FHRA 3LCPA 5GM0A 3BOPA 3CNAA 1Z0HA 1DZQA 2A6ZA 4PBPA 4I4XA 3AP4A 4LBQD 1VIWB 1GZ9A 2DUQA 2ZZJA 4AVTA 1KQRA 2B7YA 2GZBA 1GICA 2HZ9A 1PZZA 5EYXA 2DU1A 4I8MA 3H6SE 2FO1A 3WNXA 1ULCA 3AZYA 5BXTA 1EV2A 3WV6A 1RZOB 4C1WA 2OUHA 1QGLA 3RMYA 1WW7A 2NZ9A 3OPZA 5GZEA 3VT2A 4YOLA 1WW6A 1IKQA 4LO2A 1JTCA 2XG3A 2YY1A 4NOTA 2GO2A 4X3AA 3AYDA 4YW4A 2ET2A 4HJJA 1YYNA 2Q5TA 5E88A 2WQZC 1W6OA 1OQ1A 5E89A 1LOFA 3NJ5A 2ZGRA 2E4MA 1BFCA 1T4QA 2ZMNA 1W6NB 1RITA 2CWSA 3OJMA 4PBOA 1KDKA 1CE7B 3ZSMA 3ZXEA 1XYFA 3A21A 1G7YA 1HWMB 1LHOA 2K8RA 4K1ZA 1JY0A 3O4DA 4R9DA 2GMMA 5KXEA 3I2AA 1IS4A 3WVJA 4XIKA 3H6QA 1VCLA 1BLDA 4QALA 1DQ1A 4YW2A 3SLIA 3BRGC 4CZSA 2WKKA 4ZFWB 1ULFA 2PHFA 3BAQA 3AKFA 4G6MA 2BEBA 4ENDA 1R8OA 4XJUA 4Q27A 4ISRA 4DCKC 2FFVA 1LU2A 1Z4SA 1OKQA 2ZMKA 3M2MA 3BIWE 3MEPA 4USOA 1XG6A 3W58A 1MS5A 2YMZA 1C4RA 2H0BA 1SLIA 4WVVA 5GZFA 4LBOA 4ZXKA 1BFBA 5CNAA 1W3FA 5DG1A 1WLCA 5GLZA 1MVQA 1P63A 2YZ4A 1V6LA 1G8WA 1KITA 1W6OB 3ENRA 3BAVA 4K20A 1WUVA 1FWUA 3NBEA 2VH9A 5I1BA 3DGTA 1U0AA 3OJBA 5T5JA 3PVEA 4EEEB 4LBLA 1N47A 5GZDA 4BMBA 4EFPA 1SFYA 4EKXB 3SNMA 1FV3A 3RSJA 2F8XC 2ERMA 1ULEA 2WBCA 4Y20A 1QOOA 2WNEA 2BEAA 3BX1C 2TEPA 1GGPB 4YG0A 2A75A 1GNHA 2SBAA 3FLPA 4ITCA 5JOWA 2GMEA 3WDXA 1TEIA 3AZXA 3IKWA 1DQ6A 1ISYA 2D6LX 4XIOA 2CNAA 4YM3A 3AZVA 3N3HA 1DLLA 3UJ0A 3O4CA 2ZA9A 1KJLA 2ZQNA 1SZ6B 1KNMA 1XZZA 1AZDA 3WO3A 1L2HA 1JN2P 4ATFA 2D3SA 1JT5A 5BVPI 1LESA 5DUYA 1AXYA 5BXSA 3CA1A 3WDTA 3FBYA 4LO2C 2HYKA 3H0OA 4DRVA 5LK5A 5JOZA 1BARA 4FP3A 4ZFUB 1FMMS 2X2TA 1GZCA 3WUDA 3P6IA 5DZGA 2EF6A 3B9CA 4OEFA 1LOFC 1PZ8A 2E4MC 4FPLA 1BASA 5GAQA 5F5QA 4EFRA 1S0GA 1WBAA 3JRRA 4Q8KA 1BQPA 2ZQOA 3HBWA 4I4RA 3V0BA 3ASIA 2D6PA 4FPGA 3PMEA 4Y20B 5H9RA 1YF8B 3QYDA 1BXHA 3P53A 3VKOA 3SH4A 2E7QA 1N3QA 2A3YA 5DUVA 1I3HA 3MW4A 4PQ9A 3WG3A 2D23A 4LO1A 3SH3A 1T9FA 3N7JA 1YO8A 3FJ9A 1CQ9A 2NYYA 3U4XA 1BKZA 1G9CA 3B01A 4ZLBB 4YZ1A 3SITA 2KLLA 3UK9A 3ATGA 4GP0A 2ZAAA 3MW3A 4WV8A 4IONA 3SH5A 2FDBM 1D2SA 4J23B 1CESA 4FPHA 4RL7A 5F8WA 1ILR1 3SISA 2VXTI 4DRRA 4I4QA 4BLJA 1MVEA 1RY7A 4IY8A 4J2KA 1DQ0A 2WLQA 5FNWA 1HKNA 4QKSA 3OGGA 3NBDA 2ZBJA 3M3QA 1DQGA 1S0LA 2MLLB 1AVWB 3RS6A 1ENSA 3QCWA 2R49A 2ZGUA 4G9NA 1V6UA 3UJQA 2Z49A 3FUQA 4IHZA 4QBCA 4FOVA 1QF3A 5DUUA 1G9DA 4LBJA 2DS0A 4GWMA 1R8NA 3UJ4A 1MS8A 1W6MA 1Q8QA 3O4OA 4JC1A 4AWDA 4H55A 1HWOB 3NV3A 3A0NA 5JLVA 4LBQA 3VEQA 1ABRB 3AKHA 1G9AA 1GZWB 3POWA 1FNYA 4ZBVB 2ZACA 1DYKA 2V73A 1S0IA 5KXDA 4YGDA 2DVBA 5T54A 4DFSA 4L4HA 3CAHA 3OJVA 1ISVA 4I0YA 1AXKA 4GP3A 3VKLA 2R16A 2Z42A 2EIGA 4FVVA 1VALA 1QOSA 4GOYA 2D7FA 3TAYA 1CIWA 1AVAC 1F9KA 2AR6A 5DZUA 2VSEA 5GLUA 1UZZA 4OEEA 2AXMA 4U2AA 1LOGA 2WSVA 2ZMLA 2A5ZA 3BTAA 1C57A 1EVTA 3HN1A 1S0JA 1SLTA 3AP5A 1ULDA 1IKPA 3AKIA 5H9PA 5HCFA 5D62A 1WCSA 4NO4A 4QBVA 4I30A 3M3EA 5BP5A 2NMOA 4IY9A 4I4OA 1CONA 3UDAA 4LO1C 4G1RA 2VUAA 3FJEA 4LO8B 2RSTA 1S1AA 1JLYA 1IOAA 4Z8SB 5DXDA 4C1XA 4BOWA 4LBQB 5EWSA 3WDVA 2EAKA 2A3XA 3Q7WA 4Y26A 3O5SA 2AGSA 1HCDA 1IS6A 4JRAA 1LOEA 3ZC9A 1MC9A 2ZGMA 4TYSA 4P9WA 1FAYA 4P9XA 3FLTA 1CN1A 4OWJA 1N1SA 4I3NA 1LOBA 4XTPA 5DUWA 3AX4A 3OBRA 4UW4A 1I1EA 1BFGA 1Y7BA 1SLCA 3FJAA 5EHAA 1GNZA 4IZXA 3WZ1A 1QQKA 3M3OA 3E8LC 1EYLA 4GAFA 1Q8OA 2LIEA 5H9QA 3IM7A 5BQUA 3RMXA 4M3CA 5JVVA 1V6VA 2JE7A 4DPNA 1LECA 3CA3A 4YZ2A 1K5VA 2JDZA 1W0OA 4D69A 2YROA 1HQWA 4Y1VA 1W0PA 1YI7A 4X39A 4JKQA 1Q56A 4QO3A 2DRZA 1IRPA 2PHWA 2XOAA 3ZSJA 1V6JA 4MYEA 2KKIA 3AJZA 3IM6A 3ZXKA 2RG9B 2P34A 2W68A 1A3KA 3WG4A 5GZGA 1TTUA 2NVHA 3H6RB 4PC4A 3BA5A 4I4SA 2ZGOA 9ILBA 2Z48A 3PJQA 4YM2A 1PWAA 2AAIB 2L5XA 2YV8A 3F1RA 4QC4A 3CU1B 1HDKA 1LEMA 3LLPA 4SLIA 3WDWA 5F90A 1YRZA 1OFSA 4R9CA 3FJHA 5H9SA 3IPVA 1TWMA 4XBQA 2E6VA 3A4UA 3M1HA 3PG0A 5GLVA 2EXKA 4PCRA 1IOBA 5D63A 5AVAA 2ZHMA 4M3CB 3ILFA 1MS1A 3CA5A 3ZYPA 1C1LA 4FGFA 3O0XA 4XDQA 2EALA 1Q8SA 5BP5C 5GJ6A 2W39A 2D6MA 1ULGA 4Q8LA 1WW5A 4I4UA 2MIBA 4G6JA 2UUSA 4OW4A 5BXPA 4D8HA 3USUA 1LGBA 1W6PA 4I4VA 2NN8A 1II4A 4FQ4A 4I6IA 4W65A 3O3QA 4F34A 2D6NA 3BAOA 3JUTA 1DZDA 1O4YA 4XJAA 3WHTA 3B69A 1F31A 3UL2A 1A78A 3DUIA 3T1MA 4XFTA 3AH1A 4OZXA 2UWCA 1V6XA 3ILRA 2ZGQA 1KJRA 4ZFYB 1RMLA 4YG6A 3BODA 5DSSB 1JOJA 2Q9XA 3A23A 2ESUA 3V0AA 3POKA 1GBGA 2PHTA 2K43A 2FFUA 4GAIA 2ES3A 5SV8A 2IWTB 4QKRA 2X2SA 4XKIA 3AYCA 2R9KB 2A71A 21BIA 3OYWA 1DQ2A 3OGFA 4XMAA 4GALA 1VLNA 1PZ7A 1UMZA 3APBA 4AVVA 3O4BA 2DVGA 3AZZA 1ONKB 5T50A 4YFZA 2VSAA 5BQUC 2R1BA 2RQ9A 3FJ8A 2UU8A 3BAGA 1V6MA 1AX2A 1SR4A 2E7TA 1XQNA 2ZGNA 1RIRA 3JU9A 1SBDA 2PHRA 1FWVA 4BLIA 3AJ5A 3FFZA 4AYUA 1ENQA 3HSMA 4OUJA 1QNWA 1W6PB 2A7AA 1ZA4A 1LOAA 2IHOA 2AREA 4II0A 1LEDA 1V6WA 1NUNA 1WD4A 1VAVA 3WCRA 4I2SA 1UAIA 3CRHA 4YW1A 4M01A 1W3AA 2CL2A 4YGEA 3ZC8A 2YUGA 3SNVA 4XBLA 2DYCA 3I8TA 1S0EA 4LO0A 3PVNA 4XILA 3NV4A 2PELA 3T2TA 3V0AB 1LHUA 1JLXA 3OYWB 1EPWA 3OY8A 1DIWA 2NMNA 3LTQA 4FP2A 3BADA 2VY0A 1DQOA 3RTIB 2ZABA 3WMVA 2HWAA 1DGLA 1AFCA 3IAGC 5T52A 1GV9A 3VUOA 1Q04A 2LIQA 4I96A 1QDCA 1ISZA 3V79C 3FUOA 2A6YA 4UW5A 4BM8A 3IIRA 3KMVA 2WT0A 4YZ4A 1TIEA 4IZEA 4GOVA 5CA6A 2KH2A 5IK4A 1PC8B 1DFCA 4M3CE 1V6NA 3WDYA 2KM2A 4UW3A 3ZPYA 1GLHA 2OW4A 4AGGA 4OWLA 2A70A 3T8SA 1Q8PA 4XE9A 5GALA 1DBNA 2VLCA 2ZGSA 3F62B 1GKBA 2DUPA 1YXWA 2ZGPA 4YM0A 4DQAA 3BA7A 1N3OA 1BA7A 2ZGTA 4GWNA 1QMJA 4FPCA 4FPKA 1J0SA 1WBFA 3ILAA 3OY8B 4L4IA 3L2YA 4Y22A 4R9AA 2NP0A 3ZXGA 4XXAA 4G9MA 4YW5A 1QXMA 2Y9WC 4D0TA 4L8QA 3QR5A 2LTNA 1N1VA 5JDBA 5IK7A 1MS3A 4OEGA 1UZYA 1SCSA 1W3GA 4QD2C 1SR4C 3K1XA 1FX5A 1JQZA 2DV9A 3V0BB 4YG3A 3AP7A 4ISQA 4ATEA 1JUIA 1LHVA 3S8KA 2D3PA 5FZZA 2Q3NB 4H04A 3CRIA 2NM1A 5FREA 4H9WA 3PHZA 4LO3A 5EC5A 1IRAX 1FATA 3KQRA 4R9BA 2P37A 3CQAA 2EXHA 4XJWA 1AF9A 4YGCA 2EXJA 5IK8A 2GNTA 1FGAA 4LO0C 3IMNA 2RHPA 4XJZA 4I4YA 2P23A 2WT1A 3UD9A 3BB2A 4FPYA 4YZ3A 4Y22B 3WG1A 2CWMA 5GZCA 3GNEA 1CVSA 1IILA 4X38A 4J2SA 3GALA 5DG2A 1G82A 2ZHLA 3AP9A 1QU0A 3WA1A 1OQLB 2AENA 4XYXA 3EF2A 1MS9A 1IJTA 3Q7YA 2D22A 4KEIA 4A7ZA 2GN7A 3A22A 3OJ2A 5E8AA 4HL0A 2CTVA 1FQ9A 4M3CF 1W6MB 4ZOTA 1NLSA 5CAZA 3O49A 3M3CA 4LBMA 3V64A 2UURA 2D43A 3T1LA 1Q8VA 1URXA 4BMEA 2GMPA 2JKBA 2ZGLA 3AH2A 3D6EA 2P3IA 4EB2B 4JP0A 3FJIA 1SBEA 4HR6C 2FMDA 1I1BA 3WUCA 4JKXB 3PUBA 3UD8A 4JPZA 3UJOA 1JHNA 3I4IA 4Q26A 5CB7A 1JW6A 4FOWA 1HKDA 5FRAA 1BZWA 3B3QE 1HLCA 3CA0A 1CPMA 2DURA 2ZHNA 4DEPA 1JT7A 1CVNA 3WCSA 4OWKA 4Y1YA 1LTEA 2GN3A 1AX0A 1NXD1 3FLRA 1AX1A 5EYYA 5F9TA 3I2XA 1JXNA 3FJJA 2GNMA 1J1TA 2G4IA 1DJSB 1UX6A 3VT1A 4XJ9A 1V6KA 5T5OA 1K5UA 1LULA 1B09A 4XZPA 1HQLA 3NV1A 1TP0A 5BYNA 2XB6C 3WG2A 3IN9A 2W08A 1UKGA 2DREA 1DZCA 2AQZA 2WT2A 3D4KA 1FYUA 1FV2A 1ISXA 4LO3C 4ZA3B 3VKMA 1GANA 1QDOA 1AJOA 1LGNA 2D6KA 3FGMA 4DENA 1G9BA 2ARBA 1CR7A 4LBNA 4JQ0A 4TLPA 2GALA 2C9AA 4BPZA 3AJ6A 4LO7B 3AXDA 4I7IA 4KC3A 4P0LA 2DVAA 3O44A 1UN1A 3PVOA 1AVBA 3CA4A 3POYA 2JE9A 4AVSA 1TWEA 1ONAA 4F83A 3R4UA 4FPFA 4Z8BA 3C2UA 3O4AA 1CJPA 4GXLA 2D6OX 5FZUA 2QYIB 2CY6A 1WLDA 3A07A 1BYHA 3TC2A 3D5OA 4XJ8A 3ZX7A 3W59A 1JYIA 3CRGA 3LSDA 3R4SA 5GLTA 4YLZA 3ZXLA 3HOMA 3O12A 3N7LA 5GLWA 2PHXA 1IT0A 2Y9GA 3O0WA 3FJDA 2ZKNA 2BQPA 4Y1ZA 4Q9PA 3N7KA 4P6AA 4P0KA 1MR5A 2VW1A 4XMIA 4Q91A 3AZWA 2D7RA 2VXRA 2D1ZA 3FJCA 3HR9A 3KM5A 3WHUA 2P2KA 3AJYA 2MC2A 3NWKA 1NZKA 3WO4A 4I37A 2D24A 1SLBA 4FPEA 4LO7C 5IUQA 1GSLA 2VW0A 4M00A 3QLQA 5F8SA 4P9YA 1GYKA 3AH4A 2NTDA 4FQZA 1PUMB 2Y9FA 4XXPA 1FNZA 3B00A 4BQ1A 2P3JA 3IPVB 1Q03A 3BAUA 3WINA 4YFWA 2ZGKA 2J3PA 5T55A 3ZVXA 2D3RA 3FJKA 4XTMA 6I1BA 1JT3A 3ILNA 1N4KA 1G9FA 2AH2A 4IQPA 2CYFA 3VSZA 3RG0A 2JD4A 1KRIA 5EXOA 2ERFA 3USUB 1PZ9A 4ZGRB 4K21A 1FN0A 4YZ5A 3WMUA 4I1EA 3UD7A 3MALA 4HA2A 1Q1UA 3W9TA 3O5WB 1LODA 2LALA 3FJFA 2UWAA 1WBCA 1WLWA 3ZYRA 4XOGA 1DQ5A 4Y1UA 4I4PA 1LJ7A 1LCLA 3AK0A 1HIBA 4KEJA 1ZM1A 1FMZA 3INAA 1H30A 4HANA 1YBIA 3NV2A 5DVHA 3POSA 3VT0A 1MACA 3JUUA 1HCEA 3TB0A 2VU9A 1DQ4A 4FPJA 1UL9A 2F2FA 2A6XA 2KI6B 2OUJA 1AVUA 3ZSLA 3C9ZA 1TOOA 2AYHA 3VKFC 1V00A 1JBCA 2OVUA 3A0KA 4QD2B 2JECA 4TZDA 1SACA 2UWBA 1SBFA 2W52A 1WBLA 5BXRA 5DZEA 4DS0A 3VSFA 2VW2A 2DU0A 3IM5A 4YGBA 3ZXFA 1WD3A 2R0FA 5BOWA 3ZXDA 1ENRA 2DWRA 1KDMA 1XHBA 1N3PA 1F5FA 3NBCA 2I2SA 2P3KA 1HWNB 2ZHKA 1TFMB 2M49A 3ZSKA 1QNYA 3BAHA 4ASMB 4Q2FA 1LOCA 3P6JA 1M16A 2GDFA 3VKNA 5T5PA 2AUYA 2BFHA 5FZYA 1A8DA 1AXMA 2A3WA 2R0HA 5CBLA 5F8YA 3AP6A 5DUXA 3N7MA 3WLUA 2D44A 1X50A 3N35A 1G86A 1LHNA 5G00A 4Y24A 4JCKA 4WVWA 1VAMA 4UW6A 3N0KA 4XBNA 3WINC 2E53A 3MPPG 1GZWA 1RINA 4XHXA 4D0ZA 4K1YA 1DFQA 5L73A 2GNDA 3V65A 3Q7XA 4P0JA 2FGFA 1DYPA 3WDUA 3WOGA 1C1FA 4Q9GA 31BIA 2DVFA 1HWPB 1H9WA 1SCRA 4P14A 2K4AB 1W6QA 2WSUA 4LBKA 5B2HA 1Z78A 4YM1A 3RQ0A 7I1BA 4GA9A 1APNA 1Z2VA 2KI4A 3AFKA 4Q1RA 1SLLA 4GKYA 5E24E 1QOTA 1QKQA 2ZR1B 5IT6A 1N1YA 3MW2A 2Y9XE 4CJMA 4AGRA 4AN7B 3O0VA 1N1TA 2HW9A 2P39A 4XFSA 2I1BA 3CA6A 4XHBA 4ZKTB 1MS4A 41BIA 5EG6C 5JMCA 5HPZA 1E0OA 3AYEA 1MD6A 1BJQA 8I1BA 1S0CA 1MZ6A 2V5YA 4FPOB 2F2FC 5T5LA 4GKXA 2AFGA 2A6WA 3HALA 2QN4A 3AXEA 2DTYA 1S0BA 2DRYA 4IYBA 2WRYA 2WJSA 5HCAA 2A6VA 1BLAA 1PUUB 1O4ZA 4YW3A 1AXZA 4FOQA 4A7KA 4Z9WB 1JT4A 2ENRA 4J2XA 3BRFA 3R05A 5FNXA 2DVDA 1MZ5A 3RTJB 1W6QB 3ZXJA 4KBBA 2SLIA 4X37A 1CPNA 1JYCA 1QQLA 4FOYA 5D61A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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