1V0KA

Xylanase xyn10a from streptomyces lividans in complex with xylobio-deoxynojirimycin at ph 5.8
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
publication title Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces lividans
total genus 133
structure length 301
sequence length 301
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v0kA00
4XB3A 3AQUA 1XC6A 2XSAA 1DWJM 5FL0A 1E9LA 2GJPA 2UY4A 1BLIA 2WMJA 4X0NA 1UWRA 3AIQA 2DSVA 1CWYA 5BXPA 3DHUA 2ZXDA 1DEDA 4CCCA 4GI8A 3AXXA 1E72M 1JI1A 3QHNA 2XGBA 4AZBA 4MJ4A 1E0WA 3T0BA 3MSGA 1D2KA 4MB5A 2XIBA 2F2HA 3OB8A 3PZVA 2DEPA 3VIHA 3DC0A 3T0DA 2NT0A 2XSBA 4GKLA 4AYSA 4PUDA 1BYBA 3AHYA 2WW5A 3ALGA 3VD7A 3VGEA 4PMRA 4DWSB 3ZJ7A 1GOQA 3VILA 4DUXA 2V38A 3VIKA 3FAXA 3VKKA 3WDJA 4NI3A 1GHSA 3CBWA 4HPGA 4J3WA 1OINA 1JF5A 1OT2A 3VNYA 4Z2GA 4LX4A 4PMYA 1NP2A 4J3XA 4MNMA 4AZ6A 3GTNA 4MJ2A 3ZT6A 2BNJA 1ITCA 3OZOA 4OOZA 5CGTA 4HZ7A 2WZEA 3CLWA 1UD2A 4P8VA 2D22A 3AZRA 3B9DA 2EQDA 2J7FA 4CCEA 2WMFA 4CD6A 1ZB5A 4AZCA 4F8XA 1E5NA 1TVPA 5BXTA 3BLPX 4P8WA 3MANA 2F8QA 2EO7A 1NOFA 3WKZA 2ZXQA 1EH9A 2IXVA 5A6MA 1H49A 3BAYA 2VZVA 1GJWA 3AMDA 3MSDA 8A3HA 1G5AA 3WDRA 4D6IA 1PEZA 3PTQA 3WBAA 4IPLA 1MW2A 5HPCA 1V02A 1ZBWA 2BVDA 1UKQA 2WHJA 1VF8A 4HTYA 3ARXA 1WO2A 2VCCA 1CGVA 2YDRA 1TUXA 2DIJA 1TZ7A 1X6LA 1PJ9A 3WDPP 2UY3A 2HISA 5I6SA 1RPKA 1UZ4A 3QHOA 1R85A 4PMQA 3AJ7A 4AZHA 3ALFA 4M80A 3N15A 4UTFA 1GONA 1KR0A 3BMWA 1H2JA 4TTGA 2E8YA 4F9JA 1E6XM 1MQPA 4E8CA 5M5DA 2CKRA 1CDGA 1R8LA 5I0DA 2YBTA 4AMCA 4AISA 3ZO9A 5BXSA 3AIEA 5F7UA 3K8MA 2E3ZA 3UR7A 3L4UA 1DTUA 3VD3A 2WAGA 3WSUA 4MB4A 1XYFA 4PBGA 5A95A 3L4YA 4HOWA 4ZEPA 2ZUSA 3B8SA 1XD0A 2XVGA 1WCGA 4ZXOA 2WLYA 4U3AA 3VMOA 1BAGA 1FA2A 1UR1A 4H41A 2WZHA 3N18A 1JDAA 2WVVA 2WYSA 1DWFM 1E6ZA 1FH7A 1N82A 1UYQA 1PX4A 4QDMA 1C8YA 3KEHA 3TP4A 1C8QA 3UEQA 4HMEA 3VD4A 1QI0A 1UD6A 3GNPA 2JFEX 2Z1SA 2DT2A 2D0FA 1CNVA 3W6MA 1H11A 1W9DM 4UZUA 1VRXA 3O9NA 5IHSA 1JGIA 1B2YA 5I78A 1E6PA 1E56A 3AOFA 1AQ0A 3GH7A 3KL3A 5GNXA 5AY7A 1UH3A 1UOKA 1QNSA 5DFAA 5BXRA 1F4HA 4J3VA 3PZIA 1OM0A 2WCGA 2J7BA 2XVNA 4U2ZA 1BG9A 2PI6A 1IZKA 1TE1A 3W53A 2PWDA 5JUVA 4E2OA 1W3LA 1GOIA 3N11A 2D0GA 1UWUA 1TR1A 1E43A 3IANA 3KL5A 4KWUA 1JDCA 2DIEA 2J79A 5DT5A 3BAJA 3WDHA 3L2MA 4ZE4A 4M1RA 4GXPA 3VDAA 4CD5A 2Y4SA 4LYQA 5A6LA 1WZAA 3ARTA 2G4FA 3LPOA 3PZGA 4AD1A 1SR0A 2ZX5A 4MDOA 4WSKA 1D7FA 3SCPA 2JE8A 2PWEA 5JIPA 4PCTA 3ZSTA 2EJ1A 2W5FA 3GBDA 4F9DA 4W89A 3WF3A 4R5EA 2YL5A 1WDSA 2XFRA 1A3HA 3EDJA 1WP6A 3OA5A 4P8XA 1QI2A 2O9PA 3GZAA 4PSPA 5CSUA 3WF0A 3ZT5A 3ZJKA 4AW7A 3W38A 1BYCA 3CZKA 4CVUA 3PN8A 3ZMRA 4S3JA 4QCFA 4A3HA 4MPKA 3W25A 2CNCA 1OGSA 5AYIA 1CLVA 2E40A 2GFTA 4M8UA 2XM2A 4XV0A 1JNDA 3WD1A 3NSXA 3PZTA 4D6DA 3BGAA 5A8OA 2EPLX 4CD4A 3WF4A 1WB0A 1HKIA 1FP9A 3AIRA 1X6NA 3AMKA 2UY2A 1V08A 2YJQA 2PF0A 3O6AA 5CPTA 4U31A 4C7GA 5C8BB 3SUUA 1L8NA 3WQWA 5LA2A 1CXLA 3RM4A 3VVGA 5FD0A 2JIEA 1DP0A 2XVPA 4GINA 3BC9A 3AS3A 1UKPA 1XV8A 1XH1A 5EBAA 1JZ6A 1JZ4A 1B90A 3WD3A 4YHEA 1GJUA 4Z2LA 4J7RA 4OBSA 2G8ZA 3DHPA 2XTKA 4S3KA 1EHAA 4ZENA 2NSXA 5LA1A 3LPGA 4ACZB 4PMZA 2WVTA 3PZMA 4CCDA 5A6KA 3TONA 2A3BA 2G3IA 2ZUNA 4Q7NA 4Q22A 1ZS2A 3VGFA 3B9AA 2CHNA 1HP4A 1MFUA 5D8ZA 1BGGA 1JXKA 4GQQA 4EANA 1GOKA 4W7WA 4AEFA 1WDPA 3QOKA 1V3IA 1W9XA 2ZUMA 3VO0A 3L4TA 2PBGA 4CUCA 4TVUA 1JAKA 3EMQA 5BRQA 1R86A 1V3LA 1V0NA 2QMKA 4PUEA 3VOCA 4U2YA 1JYXA 4UFJA 1GCYA 4GZEA 3GXDA 1RD6A 3APGA 5TD4A 1R7AA 1VJSA 4F79A 4BQ3A 2ESCA 4A3YA 4H8UA 4W86A 3I3DA 1XH2A 4J28A 3WMBA 1HKKA 1MFVA 5I5RA 3AZSA 4AD5A 1FFRA 1TFVA 2DT0A 1MXGA 3VGHA 1EQCA 4PYSA 1X1NA 2WMGA 3WUEA 4B16A 1FH9A 3WF1A 5IDIA 3M6DA 3TTQA 2GJXB 2YA1A 4HZ8A 1QI3A 2D3LA 2J4GA 1VEMA 3MUAA 1ESWA 2VRQA 3SCOA 2V3DA 1PIFA 2X0YA 1JNEA 4J3TA 3PZ9A 3L4VA 2DH2A 4AY1A 2DT3A 1GNXA 1AQHA 2WWCA 1LJYA 3OGRA 3AROA 2J75A 2J62A 4QAWA 3POCA 3W28A 1J0HA 5DT7A 2CITA 1JAEA 3SUWA 3W4RA 3SIMA 2CBVA 4JAWA 5E0FA 1OBAA 2CPUA 4H8VA 4CU7A 1WZKA 3EBVA 3NJ3A 1E0VA 1H4PA 1XSJA 4M29A 4LYPA 4MAVA 4NRRA 4RE2A 1UKOA 4M24A 2CESA 4UQCA 3PHAA 4PSRA 1GUVA 4WIWA 5C71A 3A4WA 1W1PA 3RM8A 1UWSA 4Y7EA 2D24A 1XD1A 3MUZ1 1E4IA 2ZX8A 4NSBA 1BTCA 1O7AA 1DWIM 1B3YA 3W27A 1JD7A 2HVMA 1JFHA 1W3HA 1A47A 3RJXA 3UCQA 2FGZA 4KRTA 1JFXA 2AMGA 3VTRA 1XSKA 3RMEA 3CHDA 4UZSA 3WNKA 1EOKA 3VMPA 3ARVA 2IXUA 2VQTA 5FOOA 3UR8A 3FAWA 1W1YA 4UOZA 5E9AA 2Y8VA 3MS8A 1CEOA 1I1XA 3CO4A 2BXYA 4U5KA 1R87A 4B9ZA 2VL4A 1UWTA 4PMNA 4OKDA 2A3CA 4QLKA 2OWCA 3TOPA 1KWKA 1V6YA 4W7UA 3TTYA 1WDQA 3QGVA 1W9PA 1JYWA 2ZE0A 1OIMA 3VMNA 2YDQA 1WDRA 1ISZA 3VGBA 4LYRA 3GYCA 2VR4A 3VD5A 3L4XA 3DYOA 2BXZA 2Y2WA 4J27A 1EGZA 1GPFA 3OLGA 1M01A 1WE5A 1PAMA 3ZM8A 3MV11 3A3HA 2CBIA 1JZ2A 2NW0A 4D6JA 2W4XA 3IJ8A 3WQ4A 5JBFA 3CUJA 3GDBA 2VTFA 2ZWYA 3OG2A 3WEMA 1GORA 3CHFA 4KH2A 4FLOA 4PMDA 1R7OA 1E55A 3CGTA 1ISVA 4Z2HA 4HMCA 3U7BA 2J7HA 2G3JA 1VB9A 1YQ2A 2GSJA 1EHNA 3OLEA 3PTMA 2JF7A 2VR5A 2CYGA 1G0CA 1C90A 2XPKA 4U33A 1SYTA 1NM9A 3WUBA 1LG2A 1E1EA 2VCBA 4UQ9A 4HU8A 1P6WA 5A6AA 1XHGA 4YHGA 2VURA 4P7QA 4EE9A 2VZOA 2J8FA 1UKSA 1UQYA 5HDRA 3MMWA 1UR9A 1ZBCA 3W0KA 2CETA 5M17A 1CZ1A 2JEQA 2VZUA 3W82A 2WKGA 5HOSA 4TUFA 1V3HA 2WSKA 4PMUA 3M7SA 1OT1A 3SUSA 3LPFA 5A8NA 1VAHA 1J9YA 1H09A 1J0KA 1IT0A 1PBGA 4DM2A 4QLLA 3LPPA 4GI6A 4IPNB 1BHGA 3RIKA 4GO8A 1G01A 1K9EA 1CGWA 1HKJA 1W2VA 2W61A 3ZSSA 2Y5EA 4KRUA 5A1AA 1CGUA 1Y7VA 2ZWZA 1XH0A 5A6BD 4JL1A 1C8XA 2O9RA 1W3JA 3IK2A 4KGJA 2D0HA 4PMVA 2QF8A 4ACZA 2BHYA 3VGDA 4WKFA 1QBAA 1HVQA 4BQ4A 3K1DA 2OYKA 5JBEA 4FLQA 2VVSA 1MWOA 1HL8A 3VNZA 3OZPA 2RGLA 1VBRA 4GZIA 1CENA 1OD8A 2CBJA 1UR0A 2OWWA 1W1TA 1KBBA 3CZJA 5E09A 5E6ZA 4FK9A 4OBRA 2WXDM 3U57A 3D5HA 5FKYA 3FN9A 1J0YA 1OWQA 1QVBA 3AI0A 3MMDA 3PZUA 4WF7A 1Q6CA 2ZUVA 2OSYA 5CG0A 2WBGA 1Q6GA 2DQXA 3VM7A 1J0ZA 3M46A 1HF6A 1V03A 3EMCA 1PX3A 1UH4A 1SMDA 1NQ6A 2ZXAA 4CN4A 2QHAA 4AXNA 1UH2A 2EPOA 3OBAA 2J7EA 1UWIA 2XVLA 4H04A 4H8HA 3L2LA 3SCNA 1JG9A 1OD0A 3AHTA 5CJ5A 2VQUA 4V28A 1JL8A 2J7DA 5JIWA 3RDKA 2XWDA 3CUFA 4UFMA 4W5UA 2OYMA 1UD3A 3VM5A 4UFIA 2BY3A 1G1YA 1QHPA 2J47A 1QW8A 2FHFA 5DO8A 3RM9A 1K9DA 1GOOA 1RP8A 2GJXA 2XG9A 1M53A 5D9PA 3UG4A 3QOMA 3BXWA 3ECQA 1ZJBA 3WELA 1HIZA 1GHRA 3SEPA 4CKQA 4QFUA 1TVNA 2J77A 1E15A 3GNOA 3NUKA 4AD2A 1UD5A 4CD7A 4DUVA 5IXEA 1BGAA 3WH9A 3AISA 4Z2IA 5CLWA 1B31A 5CZKA 1E40A 4NF7A 5E0CA 5IHRA 2C8NA 4PRWA 3WMSA 6CGTA 2ZOXA 1E71M 1KQYA 3GH5A 3K4AA 3VIGA 1EDTA 4K68A 3VGGA 1QBBA 1Q6DA 3CZGA 4TX6A 1HJUA 4UQEA 1MQQA 2TAAA 3WNMA 3RCNA 1W32A 4AD4A 1JF6A 2Z1KA 2EPKX 2DSUA 1H0GA 1MQRA 1W3KA 2ZX6A 5E70A 5A3HA 5A6JA 4CU8A 4R27A 2WSPA 3UG5A 2WVUA 3NYDA 1V6UA 3NDYA 2CIPA 1WKYA 4Z2JA 3N17A 3BCDA 2DSZA 4OOUA 3I3BA 2G3NA 4EKJA 2WBKA 2ZX7A 3EDFA 3G6LA 3SUVA 1GVYA 3VIOA 4HA1A 5GNYA 3WL1A 5BCAA 3EDDA 3GXMA 3T2PA 2AAAA 1ISWA 1XCWA 2E9LA 3AIVA 3BAXA 1LWJA 4IUGA 4XX6A 3N04A 1MXDA 2VRJA 4B3KA 4LGXA 2ZXBA 3DYMA 4GPNA 3CTTA 5CXPA 5EMYA 3F5KA 3DECA 3WEZA 4JFUA 2CKSA 3BLKA 6TAAA 1Q6EA 4HA4A 4UFKA 3WQ6A 4QP0A 1BSIA 3OIHA 4AEEA 5FIPA 2VZSA 3WD4A 3ARYA 3WIJA 2F61A 3U7VA 3SCUA 2C7FA 2XVKA 1MYRA 1VFFA 1US3A 5KEZA 3WUGA 2XJ7A 2X1IA 3VDCA 2WC7A 2BFGA 1BQCA 1UR8A 1BF2A 3JUGA 1UA3A 1JI2A 3GH4A 1E4NA 1OGGA 2WHLA 1CBGA 4CU6A 2DSWA 4PTWA 1W2PA 5CLTA 1CXFA 4UQDA 1Q4NX 4DWSA 4X0VA 3N1AA 2BS9A 4UNIA 1CXEA 1CPUA 1C7SA 2YBUA 1JZ8A 1EQPA 2RGMA 3KL0A 4DM1A 2E0PA 2JIWA 2YL9A 1JXJA 4D1JA 2WCSA 3THCA 3NSMA 4UOQA 3GXIA 5LYRA 1QOXA 4J3UA 1MW0A 3EMZA 4HOZA 2G3MA 1UZ1A 3RPMA 3FHQA 1B3XA 1DWAM 2E9BA 4BA0A 3GNRA 3GM8A 3N13A 2AOSA 1QNOA 1JZ7A 1UUQA 1EDGA 3EDEA 1J18A 1UHVA 2BY2A 1HX0A 2JF6A 4AZGA 3WFLA 3CHCA 3HMCA 3FXYA 3L4ZA 1DWGM 3WEOA 4QCEA 3A6OA 4HP5A 1C92A 1AQMA 1CECA 3OLDA 5KZ6A 2WWDA 5FCZA 2VT0A 1JYVA 2WK2A 3QHMA 2YLAA 1J01A 3I3EA 4UQAA 4XZWA 1JDDA 1XSIA 1XCXA 2V3GA 3WENA 3E1F1 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XB3 A;  3AQU A;  1XC6 A;  2XSA A;  1DWJ M;  5FL0 A;  1E9L A;  2GJP A;  2UY4 A;  1BLI A;  2WMJ A;  4X0N A;  1UWR A;  3AIQ A;  2DSV A;  1CWY A;  5BXP A;  3DHU A;  2ZXD A;  1DED A;  4CCC A;  4GI8 A;  3AXX A;  1E72 M;  1JI1 A;  3QHN A;  2XGB A;  4AZB A;  4MJ4 A;  1E0W A;  3T0B A;  3MSG A;  1D2K A;  4MB5 A;  2XIB A;  2F2H A;  3OB8 A;  3PZV A;  2DEP A;  3VIH A;  3DC0 A;  3T0D A;  2NT0 A;  2XSB A;  4GKL A;  4AYS A;  4PUD A;  1BYB A;  3AHY A;  2WW5 A;  3ALG A;  3VD7 A;  3VGE A;  4PMR A;  4DWS B;  3ZJ7 A;  1GOQ A;  3VIL A;  4DUX A;  2V38 A;  3VIK A;  3FAX A;  3VKK A;  3WDJ A;  4NI3 A;  1GHS A;  3CBW A;  4HPG A;  4J3W A;  1OIN A;  1JF5 A;  1OT2 A;  3VNY A;  4Z2G A;  4LX4 A;  4PMY A;  1NP2 A;  4J3X A;  4MNM A;  4AZ6 A;  3GTN A;  4MJ2 A;  3ZT6 A;  2BNJ A;  1ITC A;  3OZO A;  4OOZ A;  5CGT A;  4HZ7 A;  2WZE A;  3CLW A;  1UD2 A;  4P8V A;  2D22 A;  3AZR A;  3B9D A;  2EQD A;  2J7F A;  4CCE A;  2WMF A;  4CD6 A;  1ZB5 A;  4AZC A;  4F8X A;  1E5N A;  1TVP A;  5BXT A;  3BLP X;  4P8W A;  3MAN A;  2F8Q A;  2EO7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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