1V3H | Genus

Total Genus 181

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	181
sequence length	491
structure length	491
Chain Sequence	SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGQLRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-amylase
publication title	The Roles of Glu186 and Glu380 in the Catalytic Reaction of Soybean beta-Amylase. pubmed doi rcsb
source organism	Glycine max
total genus	181
structure length	491
sequence length	491
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2003-11-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1v3hA00

4WKFA 1CEOA 1PAMA 4RL3A 3AJ7A 2RGMA 1CBGA 2EO7A 1QNQA 1EHAA 4W7VA 5EMYA 3VX0A 3WDIA 2YBUA 3BMVA 4PN2A 1W9DM 2JF7A 2D22A 4XB3A 1YQ2A 1GOWA 4HPGA 3OZPA 2RGLA 4FF5A 1NWTA 1WZKA 2OSWA 4U2ZA 1W1PA 4S3JA 1Q6FA 1OB0A 2XPKA 2ZUNA 5CGMA 1UWUA 2PWFA 2VC9A 4PTMA 3NIYA 3UETA 3WUGA 1MW3A 1E4IA 3AZTA 1LL7A 1UOKA 3AIQA 4H41A 3K8KA 2QHAA 2XWDA 3W25A 2E0PA 2G4FA 3O2LA 1SMAA 3EDDA 1H2JA 3VINA 4B9YA 1J0HA 3MU7A 4D1IA 1MW2A 1ECEA 1E0XA 3N04A 3VGBA 2ZXBA 4LPCA 3VMPA 4ACYA 1CZ1A 4JHOA 4F9DA 1XHGA 5AC5A 4W5UA 4AIEA 3VPLA 2VL4A 4Z2LA 4X0NA 1JIBA 4ZEPA 4AZ6A 2D0HA 1CXIA 5CXPA 1W3KA 5DMYA 3KEHA 2BVDA 4JL1A 4MAVA 3TTYA 2F8QA 4F79A 2YBTA 3OGVA 1R8LA 1CENA 3PTKA 5FL1A 3L2LA 3VDAA 3CO4A 4AEEA 2CPUA 3ZJ8A 1TA3B 2X2YA 1ZBVA 4UTFA 1R87A 3VVGA 2X0HA 3BLKA 3GXDA 3VD5A 2WKGA 4KMQA 3RCNA 2GSJA 2Y8VA 4OBSA 1E1FA 1L8NA 1WP6A 3GYCA 5KZ6A 3CGTA 4W8AA 4NI3A 4N0RA 3VO0A 3VNYA 1C7TA 3I3BA 1MW1A 4B3LA 4ATWA 1W1VA 2VCBA 2CHNA 4HZ7A 1BHGA 2WMKA 1MQQA 3GM8A 2XVLA 2CBUA 1E9LA 5I3DA 2WZHA 1WDPA 3W53A 1GQKA 2A3CA 3S6TA 1JD7A 1UR2A 1M03A 5A2BA 3UESA 1J0ZA 1H0GA 1EO5A 1H1NA 2JE8A 2YOCA 1L0PA 3WN6A 1LWHA 6A3HA 1WZAA 3TTOA 1UKOA 4OZOA 3WELA 4U5IA 1CGUA 1FFRA 3WNMA 1UA7A 3IJ8A 2CBIA 2UY2A 3KL3A 3PZVA 4MDPA 3U7VA 1JI1A 3K8MA 1NQ6A 3WEOA 2GJXB 2DGAA 3F5JA 2VURA 1PX8A 2GUYA 1E0WA 1W9UA 1H11A 4OOUA 2XFRA 5DEZA 1KXVA 3B8SA 1D7FA 3WQ4A 3RILA 1LG1A 2CESA 5E0CA 2D20A 4WSJA 5BXPA 1UD5A 3RJXA 4WLCA 3ARYA 5C71A 1V03A 4D6HA 3G6LA 3BH4A 3AHVA 1HNYA 1GVIA 1UZ1A 4ZENA 1BYCA 4BQ4A 4V28A 1VB9A 1QI3A 4LX4A 1DWAM 2O92A 8CGTA 1GVYA 4MB5A 2DSWA 2YDQA 4XX6A 3AHTA 3SUTA 1J0JA 1HF6A 3WDPP 4JAWA 2XUCA 3AHXA 4ZXOA 4NSBA 2WHKA 1JNDA 4DUVA 2WCGA 4BF7A 4U3AA 3AS1A 4L4PA 5HNNA 1VJSA 4PSPA 1LL4A 1DP0A 1VFOA 3TONA 3DHPA 3SUUA 1WE5A 3BAKA 2J8FA 2BXZA 1CGWA 2D1ZA 2BY0A 3BAYA 4JCMA 5DFAA 2VZTA 4PMXA 1QBAA 2J47A 5GNYA 3MV11 3VGHA 1R85A 2X1IA 2GVYA 5I0DA 2WMGA 1Y7VA 1UD2A 4HA4A 1W2VA 4UFLA 2ZXDA 1QNRA 4MJ4A 1TFVA 4JIEA 5ABFA 1JDDA 5AYIA 4PUEA 2J7GA 1FH7A 4MDOA 4E8CA 1IZJA 2Y24A 4Z2IA 4H04A 1DWGM 2D24A 2VZUA 3GBEA 1HX0A 1VEOA 1ODZA 1JAKA 3WQ6A 3CUGA 4LYRA 4R27A 1US2A 1RH9A 3W81A 3PZIA 1B3VA 3VD3A 2WZEA 1E4LA 4Z2JA 1H4PA 2WLYA 3GH7A 3BSGA 4P7OA 3CH9A 4GO8A 5CSUA 3WD1A 2ZX7A 5BROA 3ZR6A 2DSUA 4ML4A 4BA0A 1G94A 4CU6A 1G01A 2BS9A 2YDSA 3ARRA 2A3HA 1KXTA 2Y5EA 7CGTA 4ZFMA 2W63A 3N1AA 5CPTA 5I5RA 3T0DA 1S46A 3BLPX 4AYSA 3T08A 2BHYA 3NCOA 1E55A 4W84A 3OLDA 3LPOA 1XCWA 3KL0A 1KBKA 2VTFA 4UFHA 5CZKA 3OIHA 3WY1A 1HKKA 4KRTA 4PMUA 1PIGA 1I75A 3T2QA 3CUJA 1WNOA 1IT0A 3CHFA 3SCPA 1B3ZA 2PBGA 3WDJA 1V0KA 3EMCA 3MSGA 1WO2A 4V2XA 1CXKA 1ZS2A 1P6WA 4J3UA 2AAAA 1QHOA 1Z32X 1TCMA 5CPQA 3VDHA 1E43A 1VENA 3ZSSA 1U33A 4J28A 4P8WA 2XSBA 4H8HA 3QR3A 1KB3A 3L4XA 5F7UA 7A3HA 2WC3A 2TAAA 3CHDA 2IXUA 1JZ8A 1UUQA 5FD0A 3AIEA 1JNEA 4OJYA 1GOKA 4DWSA 1VAHA 2ZE0A 3K4AA 4M82A 2ZX8A 2W91A 2OYKA 4W93A 1W91A 3J7HA 2WMJA 4XZBA 4AIOA 3WIJA 3GTNA 2A3BA 2WXDM 1ZBKA 4EAMA 1PJ9A 3DHUA 4HMCA 2J7BA 3FXYA 1TUXA 1GZJA 5GNXA 5DT7A 2V5CA 5FCZA 5E0FA 3THCA 1QPKA 3VIIA 2WSKA 3W0KA 3W26A 4AZCA 2FH8A 4W5ZA 4AZ7A 4HMDA 1BYBA 3WFLA 1JZ2A 4FLSA 1XH0A 2OWXA 1W3JA 1KGXA 2VRQA 2HISA 1KCLA 3EYPA 1RPKA 3AIBA 1EGZA 1BGGA 1JDAA 2WWCA 1BPLB 1V6UA 1EQPA 1DHKA 4GPNA 1MXGA 4PCSA 3E1F1 1J10A 1VBRA 4TXEA 3CZ8A 2CERA 1VJZA 2WZIA 2AMGA 1UKTA 5A95A 4W7WA 4HU8A 5E6YA 5ECUA 4A4AA 2WPGA 1ISXA 3B9AA 2DSZA 4BZYA 1HJXA 3N12A 1FA2A 4PCTA 4MPKA 4P7RA 4B16A 1WPCA 4JKMA 4UQEA 2E9LA 1UR0A 1DEDA 4CGTA 5HDRA 4QCEA 4TOQA 3OZOA 1KWKA 5E09A 3LPGA 3GXIA 1QI5A 2XGBA 1E4MM 3SCNA 2XGIA 2PC8A 2CKSA 2YA2A 3UG5A 4YHEA 3FHAA 4PYSA 1J9YA 3VIJA 4M80A 3MUZ1 3IJ7A 3K4DA 1MW0A 4HOZA 4KRUA 1XYFA 2J62A 3EDEA 4LYQA 4AXNA 3AMLA 3A4XA 2OYMA 4WKHA 2E8YA 3U5YA 2JALA 2DT0A 4GI9A 9CGTA 5DO8A 1V6YA 1E6NA 3U5UA 2YIHA 2C7FA 2J77A 3VD7A 1W1YA 1XYZA 1ZJAA 1JYWA 1XRVA 5HPCA 2EPMX 1E3ZA 1WCGA 3VTRA 3L4UA 1BF2A 1VRXA 2V3EA 2D3NA 2DEPA 1UD8A 4GKLA 2W4XA 3CZKA 1E4NA 4DWSC 3GH5A 2XTKA 1H49A 1PZ3A 2DT2A 4ATLA 2DH3A 1JXKA 4M8UA 4PTVA 1B3XA 1KBBA 3N11A 1OM0A 3IANA 3L4VA 2XM1A 2OWCA 4WK9A 5FKYA 1MQRA 2WB5A 2CYGA 1ZJBA 1XSJA 2W5FA 1B1YA 4TTUA 2FHCA 4URIA 2WCAA 3ARTA 1HJUA 4MB1A 2ZWZA 2V3DA 3AFBA 1FHDA 3RIKA 1VBUA 3WNNA 2QPUA 1UHVA 3MUY1 4AY1A 3AS3A 3U7BA 4MNMA 1BGAA 2J7CA 3PN8A 1R86A 4Z2HA 2ZICA 4PRWA 4DM1A 3RPMA 2WK2A 4P8UA 1ODUA 1ZU8A 2DIEA 4B15A 2J7FA 3T2OA 2VOTA 3DYMA 1UKQA 1UA3A 1HL9A 1QI0A 1HJWA 2ZOXA 2GJPA 4ATDA 1KR1A 1UR8A 1W32A 5CQ1A 3AICA 5HOSA 1C3FA 1EDTA 3OGSA 3SUVA 4QLKA 3SCOA 1FH8A 2WAGA 4D72A 1ISZA 4M56A 1C7SA 1QI4A 4J27A 1M7XA 5C8BB 3WDHA 1G5AA 1QVBA 1J18A 4KWUA 3NSNA 2DT1A 2VT0A 3HN3A 4OUEA 3WNOA 1OSEA 4GINA 4UR9A 3ZT7A 3WUEA 3VDBA 4TVUA 2WLZA 1JYXA 1H41A 2CKRA 4TX8A 1OD8A 2NSXA 3AXHA 3QHOA 3AROA 2ZIDA 5CG0A 3D5HA 1E70M 1PX4A 4ZE4A 4Z2GA 4UQBA 3WMSA 8A3HA 4J3XA 1NARA 1W9PA 4GZEA 1B9ZA 1NWRA 4AMCA 4CVWA 3WBAA 3A6OA 1GORA 1CIUA 1UWIA 3FY1A 1JZ3A 4CU8A 1GOQA 4QDMA 1C90A 4DWSB 3B9EA 1HL8A 2EPLX 3AQUA 4CCCA 1DWIM 2BNJA 5JIWA 1V6VA 4K68A 4QFUA 1VIWA 4HU0A 5LYRA 4PSRA 4HOXA 1Q4NX 5A69A 1QBBA 3SIMA 1V02E 1ZBWA 2W92A 4PTWA 4UZSA 1EOMA 1KR0A 4AISA 1J0IA 3WDRA 1B30A 3FAWA 1B90A 1W9BM 2WVVA 2ZUVA 1RP8A 2PWDA 3AMGA 3ZMRA 3IAPA 3WENA 3LMYA 4MJ2A 3CMGA 3WH8A 2X8RA 4F9JA 3L2MA 2XSAA 4QLJA 3TA9A 3WH5A 3WF4A 1FP8A 1JL8A 1EDQA 3OLEA 2NT1A 2PI6A 3VKKA 4HA3A 3ZT6A 2GK1B 4P7LA 4PMDA 3KZSA 3SURA 2WMIA 3WF2A 1FP9A 5BRQA 2NT0A 1TVNA 2ZXQA 1EOKA 1UR1A 2YL6A 2O9OA 2WVUA 1V02A 1V0NA 3GH4A 3M07A 2EBNA 4X0VA 3W38A 5AYBA 1JZ4A 1UR4A 3UG3A 3W37A 3CHEA 3OG2A 5GPRA 1AVAA 2VZOA 2FH6A 3WL0A 1UH3A 1XSKA 5ABEA 1CGTA 1GW1A 1E6RA 3G6MA 3RJYA 4EK7A 3SEPA 1BAGA 5A6BA 1UH2A 4Q22A 4HPHA 1H09A 1KGWA 2OSYA 1LLOA 3L4ZA 1EH9A 4E4PA 1UD6A 2Y2WA 4JFSA 5FOOA 3WD3A 4A3HA 4CD7A 4BQ3A 4LQ1A 3CLWA 1ITCA 1W3HA 2PWGA 2VQUA 2DT3A 1TE1A 2VO5A 1PZ2A 4Q7NA 1C91A 2DPEA 2YL8A 1X6LA 2BXYA 3OA5A 1V3JA 2Y4SA 4AEFA 5IHRA 2X09A 1OGSA 3UEQA 2OWWA 3L4YA 3PTMA 3SCWA 2D2OA 1LL6A 4P7QA 4UOJA 2X05A 3APGA 1K9FA 2C0HA 4UFJA 2ZX5A 3NSXA 2GDVA 3WQ8A 3KL5A 2DH2A 1A3HA 2WW5A 1JD9A 2J74A 3IAQA 3MKKA 4OKDA 3PTQA 5A6LA 1E6ZA 5JBDA 1OGGA 3WEZA 3VD4A 4IUGA 3EMZA 2E8ZA 2XFFA 5D9NA 3HJEA 5KEZA 4UFMA 5BXTA 3A3HA 5GNZA 1CYGA 5AC4A 2VR5A 4CN1A 3GDBA 3ARXA 4B9ZA 2WC4A 1BG9A 3UG4A 2VRKA 2O9TA 5D9OA 3EDKA 1UG6A 5EBAA 1ZB5A 3FHQA 3CBWA 3AHYA 2XYLA 1CXLA 4TUFA 4M29A 4M1RA 4TVDA 2VRJA 3I3DA 1QNSA 1E15A 2A3AA 3WNKA 2XG9A 4HZ6A 1CNVA 1US3A 2XWEA 3A47A 4PTXA 5IHSA 4AD4A 1E6SM 4AZIA 3CUIA 1UWSA 4HP5A 2VX5A 2XFYA 1BVZA 4HZ8A 2CCRA 1BFNA 4KGLA 5LA2A 3VGDA 1AQMA 3RM4A 1CGXA 4JKLA 2WMHA 3NSMA 2NW0A 1GOIA 5E6ZA 3QHMA 4PMOA 5EB8A 2VCAA 3T0AA 4DUXA 1E3XA 2VVSA 1PX3A 3BCDA 2XJ7A 5FIPA 3AZSA 4H2CA 1CGVA 1HVXA 3SUSA 1VFUA 2PWHA 1IV8A 1NWUA 2PB1A 3WQ5A 1VEPA 1JYNA 3LPFA 3SCUA 3VIMA 1EHNA 2IUZA 4AD3A 1DTUA 1TA3A 3VIGA 5A6KA 1J0KA 5GQBA 2WHLA 3BXWA 4GQQA 2E9MA 1F4HA 1GQLA 4H8UA 1LQ0A 1LG2A 1DWFM 2ZX6A 3WF3A 3N17A 4CU7A 3F5LA 4CUCA 3MS8A 3ARZA 3NUKA 1TMQA 4CN6A 3WQVA 3B9DA 2WBKA 2E4TA 3MV01 4Z2KA 2ZUTA 4NRSA 3AYRA 2G8ZA 4D6CA 2F2HA 3MMUA 4CD8A 1QW8A 3AXXA 4RE3A 5HPOA 3AMCA 1J0YA 5DT5A 1HJQA 1MWOA 4U5KA 1CLXA 4HOWA 4S3KA 2QMKA 1C93A 1GJUA 2CIPA 2O9PA 3WF1A 2VUYA 3CUHA 1QNOA 2BHZA 3T09A 3ZJKA 1JXJA 3IJ9A 2QF8A 4CKQA 4D6EA 2DQXA 3U57A 3VGEA 2XHYA 2XVNA 3ZOAA 1GHSA 3SCVA 3N15A 2WVVB 1NOUA 2GJXA 3BC9A 4BCEA 1HKJA 3QOKA 2VCCA 1XD1A 2Y8KA 4X9YA 1Q6DA 1WDSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1V3HA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

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