1VBRA

Crystal structure of complex xylanase 10b from thermotoga maritima with xylobiose
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
VSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDAEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENDMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWAKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEEYYLKKQAEVCAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endo-1,4-beta-xylanase B
publication title Structural basis of the substrate subsite and the highly thermal stability of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 141
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vbrA00
4JL1A 1ISYA 3AIWA 5AYBA 2EQDA 2UY3A 1WAWA 1YQ2A 4J7RA 4ATWA 1NOWA 1BF2A 3B8SA 1VFUA 1UH2A 4WKFA 4PUDA 1Q6DA 1HXJA 2DSZA 5A8PA 2W4XA 2JF6A 1J0HA 4J28A 1UWRA 1H09A 3W82A 3WL0A 2D0GA 3QHOA 5BXPA 5A69A 1HKJA 4UTFA 4PMVA 1VIWA 4NRSA 4M29A 1E43A 1J18A 1W1VA 1YHTA 2XVLA 5LA0A 1DWJM 2J7FA 3AZRA 4JFTA 3WF2A 4XZWA 1GQJA 3AMKA 1TA3B 1XSJA 3SCSA 2V3GA 3AISA 5HDRA 5EMYA 2XM1A 4F66A 2OLHA 4M24A 2WC3A 3D3AA 1OCQA 2Y8KA 1GQIA 4HPGA 4J27A 1OGBA 2WHKA 1CGVA 1XH0A 4IPLA 1KBKA 3HN3A 2GJPA 3ARPA 4GINA 5DFAA 2OYKA 1JZ4A 1RH9A 1CXEA 1GOOA 4F79A 3NYDA 3BH4A 2V3DA 4AIUA 1PBGA 4A3HA 1V6YA 4J3VA 1G1YA 1VAHA 1QOXA 4AZCB 3MUY1 4QAWA 4EAMA 5HBFA 1EDGA 3KWXA 2J62A 4C7DA 3ZT5A 2OWCA 2BV9A 4JHZA 3M07A 4W84A 1J9YA 4HZ7A 4ACZA 1UQZA 4PMYA 4MJ4A 3POCA 2ZIDA 2EJ1A 2A3AA 2WCSA 4MDOA 2PBGA 1DWGM 4ZFMA 1TMQA 1TG7A 4PCTA 3M46A 5E09A 2ZX7A 1B2YA 2J7DA 1V3IA 4J3SA 2E0PA 3ARRA 2YA1A 4W86A 4W87A 2CBIA 4RE4A 1GW1A 2J25A 1VENA 2VVNA 3T08A 1W3LA 1MW2A 3K46A 4ZE5A 1FFRA 1XSKA 1UR2A 2VJXA 1LJYA 2GJRA 2CEQA 1BSIA 5GNXA 1XD1A 4RE3A 4HOWA 3ARSA 1UD3A 1W9VA 2XUCA 4UZUA 3OIHA 3CUGA 2WSPA 4CD6A 5M03A 1EQCA 1ISWA 1CXHA 1V3JA 1X6NA 1K9EA 5A6SA 3GBEA 4QCEA 1NWRA 4W5ZA 1FP8A 2TAAA 1B30A 1GOIA 4DUXA 3VUPA 4JL2A 2E8YA 4TUFA 5ABFB 1OGGA 4JKLA 4WJXA 2BS9A 1TVNA 1GQKA 1QBAA 4H2CA 1NQ6A 1L8NA 2ZUSA 5CG0A 4S3KA 4WK9A 1JAKA 3WH8A 4URIA 2XPKA 1WDPA 1ZL1A 1OT1A 2ZXDA 3PN8A 4P7NA 1VEPA 4HA1A 4TXEA 2FDMA 3FXYA 2EXOA 4CN1A 1WO2A 3PZGA 1LL4A 4AD0A 2GJXB 2VX4A 5JBFA 5ABEA 4H8VA 4BA0A 1G01A 3WBAA 5A8NA 4BQ3A 2YA0A 1W91A 4B9ZA 1ISZA 3FHQA 1JZ3A 2ZICA 2VCCA 3W27A 4R27A 4CU7A 2D23A 4MJ2A 3FAXA 2CYGA 2WZIA 1E6ZA 2VR4A 3B9AA 5CZKA 3SCNA 5TD4A 1ISXA 1PZ2A 3SCPA 1BPLB 4PBGA 2JEPA 3VDHA 3TOPA 4AZIA 3GXDA 4MB1A 4PMRA 3SCVA 2BXYA 1W32A 4R5EA 2WNWA 1H5VA 2IUZA 5JIPA 1QPKA 3AYRA 1JNDA 3BCDA 1LL6A 2DEPA 3FN9A 3MUIA 1UZ1A 1NWSA 1KGUA 1KR0A 3SCOA 2YIHA 2JALA 3UETA 3IJ7A 4HTYA 5I5RA 3AZTA 4UQAA 4F8XA 4XX6A 1B31A 1E15A 4CN4A 1CGWA 4S3JA 3JUGA 1HL9A 4D1IA 2OSWA 3VINA 4NRRA 1EDTA 2VZUA 5BROA 1UA7A 2WC7A 3ARVA 5A3HA 2G3MA 5AC5A 3WDRA 3T09A 3AHTA 1HVXA 4HA3A 2XVNA 3VIFA 4YHEA 1Q6CA 4OKDA 3VX1A 4UCFA 4ATLA 5LA1A 4P8XA 1OSEA 4H41A 6CGTA 4KMQA 2A3BA 5C71A 2WVUA 2WK2A 1V0LA 1VBRA 4HOZA 2D3LA 2J7CA 3ARUA 2XVKA 1EXPA 1E6SM 1MQRA 3MV01 1F4AA 1FP9A 1HVQA 5GQBA 2BNJA 1DP0A 4D6EA 5EBAA 1KQYA 1ODUA 3ZJ8A 1OGSA 2VURA 1V3HA 3HJEA 5BCAA 3WELA 1UA3A 1E56A 4PSPA 2YLLA 3WUEA 2CXGA 2XFRA 3ZT6A 4AZGA 4X9YA 2C7FA 3L4XA 4XB3A 1NWTA 1NP0A 2VMFA 2ZE0A 3VDAA 1AQHA 3UERA 1M7XA 3EYPA 4AZ7A 4FLQA 4D6FA 4XV0A 1KGXA 3L4VA 2OYMA 4EKJA 5CSUA 3MANA 1XCXA 2F8QA 2V38A 2CERA 3IANA 1H1NA 3DECA 3OB8A 3CZEA 3ZJ7A 3WD3A 3KZSA 4M56A 1HP5A 4KGJA 2CKSA 9CGTA 3OA5A 2WC4A 1EOMA 2O9PA 1O7AA 4ZXLA 3W25A 3FW6A 4OBSA 3ZIZA 2QMJA 1IT0A 1H4PA 4CCEA 1V08A 4Z2IA 1C8XA 7CGTA 3N15A 4LYRA 5AC4A 5D9OA 1VFFA 3WQ8A 5A8QA 1E4LA 1UWUA 3BAIA 3KEHA 3WUGA 3BCFA 2DIEA 1JXKA 2UWFA 3WNMA 5A6JA 5M5DA 1J12A 1NARA 1Q6FA 4WKAA 2X8RA 2EEXA 1AMYA 2JIEA 4LX4A 4QLLA 4NI3A 2FH8A 1Y7VA 2ZOXA 3ARWA 2XSAA 3AIUA 4WIWA 1E5NA 3RM4A 1OWQA 2YL8A 1QNPA 4CKQA 2V5CA 4PTVA 1B3YA 1UR1A 3L2MA 4UNIA 4Y7EA 1OINA 3OZPA 2WPGA 2XGIA 3AFBA 2YBTA 1R7AA 4UFIA 5FKYA 4CVWA 4MB5A 1E6QM 2J7EA 2WKLA 3CHDA 1US3A 3POHA 1A47A 1MXDA 4X0VA 1QBBA 1M01A 2ZUMA 3W6LA 3IAPA 2WWCA 4CGTA 3WDHA 2DT0A 4AZBA 5IHSA 3ZSTA 2CESA 3ZMRA 3VILA 2PC8A 1QW8A 4FLRA 4WF7A 2WMIA 4TVUA 1EH9A 2E9MA 1H2JA 1WZMA 5A2AA 4UOJA 2NSXA 3N11A 1KQZA 3VTRA 4HU0A 4M82A 5IXEA 3F5KA 3MUZ1 3WD2A 1PIFA 1EHAA 1NWUA 4J3WA 4D71A 5JIWA 3PZIA 2DSKA 2QV4A 3GH5A 1WE5A 2PI6A 3I3DA 3GXIA 2YL9A 3VVGA 1E1FA 4JAWA 4QLJA 1BG9A 2VZOA 1JDAA 2WLYA 2J8FA 1K6AA 4BZYA 1CDGA 3EDEA 2RGLA 2VRKA 4P8WA 1B3VA 4GI9A 2O92A 3PZMA 2X0HA 1JYVA 3WDQA 3WNOA 3W38A 3FAWA 4EK7A 2YDRA 5BWFA 5E9AA 4TOQA 4CUCA 4IUGA 4WKHA 3CUJA 2WVVA 4GZJA 3VDBA 1QNQA 1KWKA 5I78A 4D6CA 5LYRA 4MB3A 3SUWA 3W29A 2BHYA 2E9LA 5FCZA 3A3HA 2PWFA 2PB1A 1VFMA 1JXJA 3W6MA 3TP4A 3CH9A 2J7HA 4CN6A 4GQQA 4JKMA 1ESWA 1L0PA 3AZSA 4PTXA 4B15A 5HPOA 4LPCA 3OGRA 5M3WA 1DHKA 1H49A 2ZX5A 1UWIA 5DF0A 5A2CA 4H8HA 2WWDA 4Z2LA 3K4DA 3T0AA 1FH9A 4DWSD 4TVDA 2VL4A 4PEEA 3THDA 1GCYA 1EO7A 4HMEA 3EMCA 1VFOA 1ECEA 5CXPA 2J7GA 3ZO9A 5EFDA 1QNSA 2OSYA 5EFFA 3RJXA 4EE9A 3AXXA 3WFLA 2WBKA 1D7FA 3ARZA 1M53A 1UZ4A 3IK2A 5BXTA 1MXGA 1ZBVA 3CLWA 3GXFA 2OSXA 3WD1A 5C70A 1W3JA 4MTVA 3OZOA 5CSYA 1HJQA 2OWXA 2VZVA 2FHCA 3T2PA 2ESCA 3MV11 2GUYA 3LPOA 2VX6A 3WQVA 3ARXA 4NF7A 2W66A 4U2ZA 4PTMA 4P8UA 2NW0A 4D6JA 3N13A 3W4RA 3RDKA 5CQ1A 3II1A 3WH9A 3VMNA 3WNNA 2EPLX 2J7BA 2XVPA 3WSUA 4MAVA 2X05A 4P7LA 3WF3A 3ARQA 3OLDA 4JFSA 4X0NA 1B1YA 2EPOA 2G3IA 4B3KA 4CU6A 3WFZA 1WKYA 4OZOA 4AISA 1VB9A 3AS2A 1SMDA 3NDZA 2BY3A 4W7VA 5CLWA 4CU8A 5ABGA 4AD4A 1ZBKA 3O9NA 1HJWA 1CLVA 3WIJA 2E9BA 1TA3A 1J0JA 1GJWA 1Q4NX 4D1JA 1E6XM 1HJVA 1KGWA 3AI0A 2F61A 4AC1X 2EPNA 2OWWA 2GFTA 3DYOA 1W2VA 1DEDA 2EBNA 4UR9A 1WDSA 3A47A 1BYDA 2CIPA 2W61A 4P8VA 4H04A 3TTOA 4PMOA 4MNLA 3WUFA 1W2PA 3A4AA 1KXHA 3S6TA 1FOBA 3CHCA 3IJ9A 3PTQA 3CUFA 4GZIA 5E6YA 1I1WA 2XWEA 4DWSA 3EDJA 3OLEA 5D4YA 3UG4A 1HP4A 1GOKA 1KB3A 1DWHM 1TZ7A 4UQCA 2QPUA 1XRVA 3WH7A 2CBVA 3WMBA 2G3JA 4PMQA 3CBWA 2WSKA 3WY1A 2GSJA 3WH6A 2VX7A 1G9HA 1ODZA 1GVYA 4QDMA 3BAWA 3PTMA 1QW9A 1QI2A 3W28A 3WNKA 2WXDM 4OOZA 1C3FA 5HNNA 4QP0A 1S46A 1GUVA 1UH4A 4GQRA 4PMZA 3G6LA 5LA2A 3NSXA 3SIMA 4K68A 1UD2A 1UKQA 5DMYA 1VJZA 1PX3A 3O6AA 4JCLA 4MNMA 4CD7A 4UFHA 3LPFA 4OOUA 1TE1A 1VBUA 3K4AA 1WB0A 4D6IA 1B9ZA 4JZ5A 1IV8A 4M80A 2Y24A 5IDIA 3AXHA 1PIGA 4CD8A 2ZUUA 1CGYA 2ZWYA 3U7VA 5A6KA 4AEFA 2MANA 3VGHA 1UKTA 3W24A 1JAEA 2F2HA 3FNDA 3W37A 3AS0A 4B9YA 3AIVA 3UR7A 2WHMA 1H0GA 3RM9A 3WNPA 4HA4A 4PN2A 1CXLA 3AJ7A 1CXIA 4HMDA 1E72M 1JI2A 1W9BM 2VVSA 3ARYA 4AZ6A 1V0KA 1UKSA 3AXIA 5ABFA 2JIWA 2QF8A 3CZ8A 1V3LA 4JIEA 4NSBA 1E1EA 3BLPX 2YDSA 3BC9A 1ZBCA 4UFJA 3WQ5A 3PZOA 4YN5A 1W3HA 4PMXA 3F5LA 3EDDA 2BVDA 4E4PA 1W9XA 3QR3A 1PPIA 1XYZA 4FMVA 4W8LA 4PMUA 5CJ5A 3QOMA 4ZE4A 1MFVA 1H0IA 3UG3A 1VRXA 3NJ3A 1XV8A 4UQEA 2XYLA 3GZAA 3VDCA 3VIHA 1CIUA 3BAYA 3VGBA 4GPNA 4AY1A 2DH2A 1Q6GA 1E5JA 6TAAA 2XIBA 2YDQA 5E0FA 2WAGA 1EHNA 5CPTA 1C7TA 1C8YA 4TVCA 1V3KA 4F9JA 4MNKA 1C7SA 3N9KA 2E8ZA 3OLGA 1V02E 1BHGA 1QNRA 1KFWA 2E40A 1PX4A 3MMWA 1O6IA 1E4NA 1JD7A 2DSVA 2CCRA 2E3ZA 2D22A 5E6ZA 2VX5A 1K9FA 3U5UA 4D72A 5IFTA 4B16A 4YHGA 4N42A 3UCQA 2JFEX 3I3EA 4JKKA 3EDFA 4PMDA 3VD9A 3ARTA 3T0DA 1ITXA 2PWHA 3WUBA 3VIKA 1J10A 3SUUA 3WQ4A 1TR1A 3D5HA 1GPFA 4TX6A 2WANA 1BGGA 5I6SA 2BHUA 3L4TA 1GHRA 2J75A 3APGA 1E9LA 2W5FA 2D1ZA 3VD7A 4ZENA 2WMKA 5F7UA 4DUWA 4W7UA 3O2LA 1CLXA 1E3ZA 5FD0A 1X6LA 3K8LA 3OG2A 1UWSA 3VGEA 3L4YA 1VEMA 3G6MA 1SFSA 3FY1A 3J7HA 1MWOA 2BY1A 2BHZA 2VQUA 3WL1A 3DHPA 2NT1A 1AQ0A 3BGAA 2ZUWA 1KWGA 2QHAA 4OUEA 3WH5A 2WVSA 5I2UA 5JUVA 5CLTA 3CZKA 1GVIA 1E71M 1JF5A 4IISA 1LWJA 3CMGA 3WDIA 1CPUA 1X1NA 3WD4A 3VIIA 3B9DA 3AIQA 4DWSC 1HKKA 1JF6A 3OGSA 1HIZA 3SUVA 1MQQA 2WHJA 4W88A 3LPGA 1KXQA 4M1RA 3ZT7A 4AMCA 4UZSA 1V6WA 1V0NA 4JFUA 1SYTA 5I3DA 1TUXA 5KEZA 2FHFA 1JZ7A 2GK1B 2WLZA 5BXSA 2WKGA 4L4OA 4D6DA 2BFGA 3MU7A 2Y5EA 2PBOA 4AXNA 1FH8A 5C8BB 1NM9A 3AIEA 1P6WA 1C8QA 1HNYA 3PBGA 3QOKA 2DSWA 3IAQA 3WENA 4TTGA 3F5JA 2GDVA 1UKOA 1BAGA 3SCWA 1MW0A 3VNYA 4W8BA 3AMDA 4BS0A 3LPPA 1EQPA 1BYAA 2WMGA 4KWUA 2C8NA 5I79A 5DT7A 1OIFA 2VZSA 2YOCA 4QLKA 2DQXA 2Y8VA 2O9OA 2JF7A 3RMEA 1GOWA 4HOXA 4W85A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JL1 A;  1ISY A;  3AIW A;  5AYB A;  2EQD A;  2UY3 A;  1WAW A;  1YQ2 A;  4J7R A;  4ATW A;  1NOW A;  1BF2 A;  3B8S A;  1VFU A;  1UH2 A;  4WKF A;  4PUD A;  1Q6D A;  1HXJ A;  2DSZ A;  5A8P A;  2W4X A;  2JF6 A;  1J0H A;  4J28 A;  1UWR A;  1H09 A;  3W82 A;  3WL0 A;  2D0G A;  3QHO A;  5BXP A;  5A69 A;  1HKJ A;  4UTF A;  4PMV A;  1VIW A;  4NRS A;  4M29 A;  1E43 A;  1J18 A;  1W1V A;  1YHT A;  2XVL A;  5LA0 A;  1DWJ M;  2J7F A;  3AZR A;  4JFT A;  3WF2 A;  4XZW A;  1GQJ A;  3AMK A;  1TA3 B;  1XSJ A;  3SCS A;  2V3G A;  3AIS A;  5HDR A;  5EMY A;  2XM1 A;  4F66 A;  2OLH A;  4M24 A;  2WC3 A;  3D3A A;  1OCQ A;  2Y8K A;  1GQI A;  4HPG A;  4J27 A;  1OGB A;  2WHK A;  1CGV A;  1XH0 A;  4IPL A;  1KBK A;  3HN3 A;  2GJP A;  3ARP A;  4GIN A;  5DFA A;  2OYK A;  1JZ4 A;  1RH9 A;  1CXE A;  1GOO A;  4F79 A;  3NYD A;  3BH4 A;  2V3D A;  4AIU A;  1PBG A;  4A3H A;  1V6Y A;  4J3V A;  1G1Y A;  1VAH A;  1QOX A;  4AZC B;  3MUY 1;  4QAW A;  4EAM A;  5HBF A;  1EDG A;  3KWX A;  2J62 A;  4C7D A;  3ZT5 A;  2OWC A;  2BV9 A;  4JHZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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