1VF8A

The crystal structure of ym1 at 1.31 a resolution
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSASC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Immune system
molecule keywords secretory protein
publication title The crystal structure of Ym1 at 1.31 A resolution
pubmed doi rcsb
total genus 137
structure length 373
sequence length 373
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1vf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vf8A01
4CUCA 3GTNA 1XC6A 3A4XA 4J7RA 2XVGA 2WB5A 3ARWA 3GZAA 3K8LA 3WNLA 4LYQA 4R5EA 3T08A 2XFYA 3A4WA 3VGEA 4PEEA 1PPIA 1XCXA 5CQ1A 1ZU8A 3PZTA 4W88A 3T2OA 1US2A 3AXHA 3AXXA 2D24A 1C90A 4PMDA 3W81A 5EFDA 4HZ6A 2YBUA 1QNPA 2GJXB 1CECA 2E9MA 5DT7A 3SCUA 1ODUA 1NWTA 2FGLA 1OM0A 3B9EA 1CXIA 4B16A 3KWXA 3CHFA 2E8ZA 4D1JA 2XVNA 5D4YA 2Y4SA 3L2MA 4EKJA 4JKLA 1QI0A 3PZ9A 3KL0A 3GM8A 2J25A 3M7SA 3RO8A 1BLIA 1R7OA 2CKSA 1JD9A 2QV4A 3WKZA 4MPKA 2XG9A 1V6YA 3W26A 3J7HA 4HU0A 4AD0A 4QLLA 3POHA 3OLEA 3NSXA 4QLJA 4U33A 2UWFA 1UH3A 1JDDA 2CBIA 3BLKA 2FH6A 2JF7A 4FLRA 1N82A 1J12A 4WKHA 1E70M 2PB1A 2XYLA 4FLSA 1OT2A 3OGVA 3SCTA 5DMYA 3G6MA 5A94A 3ZM8A 3AQUA 4GI9A 4OOUA 5A6SA 1PIFA 3U7VA 2WMFA 4W5ZA 2ZUUA 2WVVB 4CD6A 3TOPA 3SCSA 4AEFA 1LL4A 4JAWA 1E56A 3F4VA 1OBAA 1C8QA 1QI3A 8A3HA 2DIEA 4PSRA 1UD3A 5DFAA 4S3KA 1BFNA 2OSWA 3A3HA 2GSJA 3DHUA 4XB3A 1UKTA 2PWHA 3BMVA 2JEPA 2VX5A 1G01A 3W37A 4HOXA 2DEPA 3WEMA 3K4DA 4W7WA 4Z2GA 2OWCA 5GNZA 1JYWA 3AIQA 5GNYA 2BFGA 2YA1A 2YIHA 3AIRA 1V6UA 4Z2JA 4IPNB 3GDBA 2DIJA 4TTUA 4HA4A 2Z1KA 3SCVA 4AC1X 4W8BA 3WH9A 4PRWA 1R87A 1CXLA 1V3HA 3VDBA 2Y5EA 1V3IA 4YPJA 5FL1A 2UY5A 3ARYA 4ATWA 1D2KA 1KR0A 3GBEA 4U3CA 1E72M 1HIZA 3CHEA 5HDRA 4AISA 5KZ6A 1A3HA 2NT0A 2VVSA 4GXPA 3F5LA 1AQ0A 4MTVA 3BAXA 4XZWA 3SCOA 4OUEA 4DM1A 7A3HA 2CESA 1CGTA 4PMVA 3FW6A 4Z2LA 3WFLA 3WQ5A 3GXFA 2D3NA 1BVNP 1HX0A 2WANA 4U3AA 4PTVA 2X05A 4MB1A 3T0BA 2BXZA 2FHBA 1BSIA 1UWQA 1B31A 1DWAM 1H0IA 3AIEA 1UZ4A 5A1AA 4D6JA 4RE2A 3CUJA 1E5NA 1BF2A 1O6IA 2OWXA 1OGSA 2EJ1A 1VBRA 4U5KA 4EANA 2PBGA 1BYAA 2WMJA 1UD2A 3WN6A 5BROA 4B9ZA 5EFFA 4AD5A 3BAIA 1UR9A 3SUWA 3VTRA 3MMUA 4MB3A 2GFTA 2QPSA 2GDVA 3S6TA 5ABEA 1MW0A 3WD2A 1CXEA 1HL8A 1DWIM 3RM4A 4DUVA 3ARXA 1KGWA 2XJ7A 3WF2A 1E6QM 1C93A 3ALFA 4R27A 4QP0A 4H8UA 4NSBA 1G5AA 2A3CA 3N18A 3UCQA 2E40A 2C8NA 3W6LA 1Q6EA 4D6GA 5C8BB 1HJQA 3DECA 4CD4A 1FA2A 2NT1A 5AYBA 3EMCA 4PN2A 2GJRA 1B2YA 1IZKA 3BC9A 4W86A 4WSKA 3RJYA 4HP5A 4CGTA 1GJUA 3MUIA 4HU8A 3RJXA 4UFLA 5E70A 1NM9A 2Y24A 5CJ5A 2BVTA 1V03A 2BHYA 3VGDA 1GQIA 1BG9A 2W5FA 3AMGA 3CHDA 1J11A 1F4HA 1TCMA 1B90A 4PMYA 4TTGA 1HKJA 4MJ4A 1E9LA 1XCWA 4P7RA 3EDEA 4JFUA 3IAQA 1ESWA 3LPOA 1FFQA 1PZ2A 3OGRA 3WENA 3PZQA 1TG7A 1CGVA 1PX4A 2G4FA 3DYPA 4AD4A 4AXNA 1FH9A 3EMQA 3ARVA 1J0ZA 1MWOA 1WO2A 1G9HA 1XGZA 3VIGA 1JGIA 3ZSTA 2O92A 5ABHA 2WHJA 3ZMRA 2VT0A 4YHGA 2G3IA 3L4VA 1TA3B 3PBGA 1VFOA 5JBDA 3AHZA 2WZHA 2ZUWA 3T2PA 3ARRA 4Z2IA 3THCA 1L0PA 5A6BD 4L4PA 3BSGA 3SUUA 3AYSA 4OJYA 2ZUMA 3W82A 3ARUA 2VZUA 3FAWA 4AW7A 1DWHM 2AOSA 1VB9A 3SEPA 1WZLA 4CN1A 1VEPA 1V0MA 3RDKA 4UQCA 1K9TA 1ZJBA 2YDRA 4W85A 4HOWA 2BHUA 1ZBWA 3OZOA 3MSDA 4OBSA 1I1WA 4KRUA 1UG6A 1H41A 1R7AA 2VZOA 5HPCA 1I75A 1DP0A 1MVYA 1YHTA 1BGGA 1HJSA 5LA1A 1HF6A 1G1YA 1HKIA 3WD1A 5CSUA 5A6KA 3PN8A 3EDDA 3NYDA 3B9DA 1UWSA 1WPCA 5A8OA 2ZX8A 3WH6A 1M01A 4H8VA 1NOWA 4PCTA 1GZJA 3W29A 3UG5A 2J79A 3WD3A 3WF3A 3ARQA 4LPCA 3NDYA 3OIHA 1B0IA 1XV8A 5BRQA 1WE5A 3L4TA 4V28A 2UY4A 3AZSA 4TXEA 4P7LA 2VRQA 4RL3A 1Q6FA 3QR3A 4W8LA 3CIVA 2RGLA 2ZE0A 3PTKA 4S3JA 1XH1A 2VQTA 2WNWA 3NUKA 2VZTA 1TE1A 3OB8A 1E1EA 4KH2A 1WDSA 1OSEA 2HISA 2FHCA 4UTFA 2OLHA 1BHGA 4XZBA 2C0HA 1UUQA 4WLCA 1MYRA 1ZBKA 2J77A 1GORA 4DWSC 1CLXA 3W27A 1E6XM 4MNKA 5JBEA 2PBOA 4TX8A 5HOSA 4Z2HA 5D9NA 2CXGA 3VIIA 2BHZA 4KGLA 2WK2A 1V6XA 1E43A 2WXDM 4PTXA 5I5RA 1QBBA 2G3NA 1GVIA 2O9TA 3AMLA 1E55A 4B9YA 3QHOA 4MNMA 1FHLA 1EDQA 4CCCA 4AZBA 2QMJA 5ECUA 3BSHA 1NOFA 4AMCA 2VOTA 1HT6A 2F2HA 1NARA 1MQPA 4GZEA 4UNIA 3HMCA 1V6VA 1GJWA 1UH2A 1OD8A 2TAAA 4AEEA 1WCGA 2GJXA 4J3TA 3BAKA 5D9PA 3FN9A 1MXDA 3APGA 3MKKA 4BZYA 3FAXA 4ZE5A 1H5VA 4M56A 1KXQA 1H4PA 3ZJ6A 1LF1A 1TVPA 3VGGA 1GPFA 2WCGA 1UWRA 3VINA 4DWSA 4D6CA 1U2YA 1E4LA 2W66A 3AIUA 3ZT6A 1JDCA 3GNOA 2VQUA 1VBUA 3JUGA 2DT1A 4HTYA 4LX4A 1HJXA 1VEMA 4M29A 1FP8A 1B3ZA 3SUTA 2W92A 1ITCA 1U33A 5EBAA 1G0CA 5A95A 5AY7A 1KGUA 4PBGA 3AI0A 1DEDA 1UR4A 2WYSA 2WMIB 3LPFA 3AHTA 3WEOA 2WVSA 4X0VA 4CU6A 3DYOA 4CKQA 4JFWA 4P8WA 3ZSSA 1V02A 4AIOA 1V0NA 2QLYA 1WZMA 1AMYA 3POCA 4BQ2A 2WVVA 4MB5A 1HJUA 3EBVA 1Q6GA 1A47A 5ABFB 3CMGA 4F79A 2WM0A 2J74A 1ISYA 2EPMX 5JIWA 2WCAA 2ESCA 2GDUA 4QDMA 1GW1A 1W3LA 1H09A 4PMQA 3SCWA 1W9VA 5JBFA 5FL0A 1KXVA 2DSVA 3MV01 5I23A 4BQ3A 3OLIA 2YA0A 1LG2A 5EB8A 3TA9A 3AIWA 5JIPA 1RP9A 2WMKA 4DUWA 3GH4A 2DSKA 2PI6A 3M6DA 4MNJA 4C7FA 1GOMA 4BQ4A 1E4MM 1XSJA 2D2OA 3VNZA 2XTKA 1VEOA 2EPKX 2O9RA 1HJVA 1ZL1A 3SUSA 1EIBA 3WELA 5A6AA 3GYCA 4K68A 4HPHA 5HPOA 4D72A 1EHAA 3D3AA 4D6EA 2ZX7A 1CIUA 4E4PA 4B15A 3W4RA 1OWQA 1PZ3A 2YDQA 4OBRA 3HJEA 3A47A 1V02E 1KQZA 1V08A 1W9DM 2D23A 3CO4A 5M03A 3K46A 2XVPA 1GHSA 3CH9A 3RM8A 4JKMA 4CCEA 3WMSA 4JCLA 2J8FA 4PCSA 3AROA 1JAEA 1Q6DA 1OGBA 1UD6A 4TUFA 1J18A 2CBUA 2VJXA 4HPGA 2VZSA 2E0PA 2J7CA 2VUYA 1JZ4A 3VD5A 1W1PA 5GNXA 1HXJA 2DGAA 3BCFA 1UA3A 1EGZA 2BY2A 2VX7A 1J0KA 3TTYA 3UR7A 3AYRA 1MFVA 3CZLA 4OIFA 1KR1A 3T0AA 1JD7A 2AAAA 1P6WA 1KFWA 2VZVA 1KCLA 3KE0A 4N0RA 4WJXA 4LYRA 5FIPA 4UQBA 3MMDA 3ARPA 2XHYA 1TZ7A 1NH6A 1XSIA 4D6IA 2OYMA 3N04A 4W93A 3WUEA 3WQ8A 3ZIZA 1EO5A 3F5JA 4PMRA 4A3HA 1OB0A 3ZO9A 3OLDA 2CBVA 3KZSA 1E40A 2WKLA 5IFPA 3PHAA 1NOUA 1B3XA 4EK7A 4JHOA 5AC5A 1BGAA 5AC4A 3NIYA 3VDAA 2WZEA 3TONA 1E1FA 1AQHA 3CPUA 4U5IA 4RE4A 2CBJA 2Z1SA 4CVWA 1J0IA 1YQ2A 4JCMA 1UR2A 5I79A 3II1A 4CU8A 4URIA 3TTOA 2X8RA 4Y7EA 2QHAA 1W3JA 3VIKA 3BGAA 1TFVA 1W3KA 4H04A 2WMHA 5A8QA 1DWJM 6CGTA 5IFTA 4P8VA 1IV8A 4CD5A 4JZ5A 1JZ5A 2UY2A 3CZKA 1UD4A 4ML4A 2G41A 2JFEX 2XWDA 4FK9A 1ISWA 1TA3A 3CMJA 1CEOA 1C7SA 1PX3A 4A3YA 1QHZA 1PX8A 3MMWA 4W8AA 1V3JA 2XFFA 2XUCA 3THDA 4LGXA 3QGVA 3N11A 1JI1A 1US3A 1V6WA 2J8GA 1VRXA 4M81A 1KB3A 1EA9C 2J62A 2J75A 2FDMA 2VCCA 1J01A 3CUGA 3I3EA 2W4XA 3K8MA 2VNCA 3K1DA 3GXDA 1BG4A 3OG2A 4W89A 1CWYA 4YHEA 1HKMA 4F9JA 3EDKA 3A4AA 7TAAA 3ZR5A 4QAWA 3EYPA 3VOCA 1CXHA 1VIWA 4B3LA 4M82A 4PMZA 5D8ZA 2OYKA 3UG3A 2CYGA 4GINA 2WSPA 3AIVA 1CXKA 3WQ6A 1GOKA 3KL5A 5F7UA 1PIGA 2OYLA 3ZJ8A 3KEHA 1W1YA 4W87A 3BLPX 9CGTA 3NJ3A 2WHKA 2VTFA 4GKLA 3VVGA 2XIBA 3BMWA 3VKKA 2XM2A 1B3YA 4IM4A 7CGTA 4PMUA 2WC7A 3ECQA 2CHOA 2BY3A 2CIPA 1V0KA 2J7BA 1R86A 4U31A 2Y8VA 1GOQA 5IDIA 1W3HA 3CZJA 4FLQA 1C92A 3ARTA 3AXIA 4NRSA 2WBGA 5E6YA 4AZCB 4UFJA 3G6LA 1XH2A 4UR9A 5FD0A 1WDQA 4F9DA 1UKOA 5E6ZA 4TVDA 3PZMA 4L4OA 3ZT5A 4V27A 2WCSA 1QNQA 1ISVA 4AD1A 2NW0A 4BCEA 1E0VA 3VD9A 4XV0A 2YJQA 2DH3A 3SCQA 2BNJA 3NDZA 4QLKA 1XHGA 2E4TA 1CGYA 3ALGA 5FCZA 4WKAA 1RH9A 3CBWA 2WWCA 4UFHA 2DQXA 3VGHA 4GO8A 2PWGA 3UERA 4E8CA 4MDPA 3UESA 3ZOAA 1NP0A 1DTUA 3W0KA 4W5UA 4NZCA 3ZR6A 3WMBA 2G3JA 1RPKA 3PZUA 2MANA 2E8YA 4J3WA 3WQVA 4PSPA 4M24A 3CLWA 1V3MA 2J47A 2ZWZA 2AMGA 1FFRA 3WFZA 2YDSA 5BYWA 1GOWA 3AOFA 2D1ZA 4PTMA 2D0FA 1UQYA 1LWHA 2XSAA 4ZFMA 3GH7A 4HMCA 2VCAA 4UQEA 3RMEA 5D8WA 1Q4NX 3EDJA 2WKGA 3L2LA 1C7TA 5BWFA 4C7DA 4H7VA 1C3FA 3WH7A 4DUXA 3ZQ9A 1HVXA 2GJPA 1XD0A 4BF7A 1LLOA 3GBDA 1E3ZA 5CZKA 1KGXA 4MDOA 3AHYA 1JYNA 4F66A 4DWSD 2XWEA 1JZ6A 2WMIA 1UWUA 4J3VA 1CXFA 3VMNA 3AFBA 2YL9A 5CGTA 1UR1A 3ZJKA 3PZNA 4CD7A 1J0JA 1HL9A 2DT3A 3L4ZA 1LL7A 3GXMA 2JIWA 5TD4A 4ZXOA 3HN3A 5ABFA 1WDPA 1OGGA 2DSUA 1UOKA 4Q22A 3I3BA 4ATLA 3WBEA 4MAVA 1EQCA 3PZGA 4GO9A 4JFVA 3FXYA 1GONA 1W9UA 1AQMA 3WDPP 5BXTA 1WZKA 5A69A 1J0YA 1JF6A 3VMPA 3AJ7A 1EO7A 3AMCA 3MUZ1 3AMKA 2CNCA 3S2CA 3WH5A 2ZXQA 4GZJA 4P8UA 5BXSA 3A6OA 4MNLA 4UZUA 3O6AA 3VM7A 2YBTA 2VL4A 4MADA 4D6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LHY A;  3KCO A;  3ONB A;  4V1Y A;  4E5T A;  3NSN A;  3BWW A;  2O9P A;  1TSI A;  5CC7 A;  1FKI A;  2QJH A;  4PUD A;  3DKJ A;  4POC A;  4ZST A;  1EDG A;  4S2B A;  3VX0 A;  4OQV A;  4WDT A;  3W84 A;  1GVF A;  3FK4 A;  1JJK A;  3RAO A;  2W9M A;  3GHR A;  3TKF A;  1T7L A;  3MSG A;  2A3A A;  4XVD A;  5KZM A;  3RIT A;  2C6Q A;  3E9A A;  4GJI A;  4JQ4 A;  4V33 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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