1VGAA

Structures of unligated and inhibitor complexes of w168f mutant of triosephosphate isomerase from plasmodium falciparum
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLFAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Structures of Unliganded and Inhibitor Complexes of W168F, a Loop6 Hinge Mutant of Plasmodium falciparum Triosephosphate Isomerase: Observation of an Intermediate Position of Loop6
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 93
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2004-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vgaA00
4NX5A 3A24A 1GWJA 4ORMA 1O60A 2B7PA 1K02A 4JIPA 3MW7A 5I3JA 4OV4A 3WJSA 2YSWA 4RK8A 5DBUA 3A22A 3TAKA 4JX6A 1KTNA 4WOZA 5AFDA 3G8EA 4MFEA 4NJHA 1SU5A 4FNTA 3IIVA 2J27A 2TPSA 2NWRA 1JCMP 3EWWA 2ZRUA 2TMDA 1H5YA 4Y6GA 3L66A 1GYNA 4IMDA 2QAFA 4LRTA 2CLOA 5H2ZA 1NSJA 1EUNA 1OG0A 3DKLA 4NNAA 3W7PA 4JYEA 1EPXA 1NAL1 2DJXA 1KM5A 3EXTA 3EKZA 4DBDA 1RR2A 2WSYA 3NQDA 2A2IA 1PV8A 2NZLA 2ZRZA 3DXIA 2QAPA 4LS1A 1OFPA 3L5MA 4UTTA 2ABAA 3E49A 4ADUA 2A21A 3W7QA 4HNTA 3GR7A 1XM3A 1DV7A 4GC4A 4FB7A 3T40A 3G0SA 5TIMA 4UFJA 2OX1A 2Z6IA 3UXAA 2E77A 2WO5A 3C61A 1FCBA 4A29A 5BW6A 2V2HA 3UQNA 1ZNNA 4FO4A 5F4SA 3EWXA 4XTDA 3QQ0A 1JVNA 3AO0A 1WOAA 3QSTA 3GK0A 2HMCA 3NQGA 1EUAA 3P82A 4AHQA 2C13A 2I1OA 4FNSA 1ONRA 1GVRA 1FUYA 3LCWA 5KINA 3QW4B 4N9BA 4D2JA 1KLYA 5LGZA 4UTUA 3MP3A 3W85A 1EP2A 1TSIA 5EBUA 1FXPA 2J24A 3NQ7A 2B4GA 1H7RA 2PURA 3MWAA 1JQVA 1D3HA 2E6YA 1LOSA 3NPUA 2WV8A 3TKFA 1H1YA 3QPYA 1OFAA 1PHWA 4IPJA 5HWMA 1WOBA 1TPC1 2AQWA 2CZ5A 4AEOA 3AJXA 3LCHA 4N9CA 5LNRA 4JTJA 3LBCA 1SO5A 4IQLA 4NQ1A 3WFAA 3KVKA 2QCFA 3STEA 3P61A 5AOUA 1GVFA 1KM0A 4KWVA 5TBOA 5F4XA 2C14A 4O1DA 3O8AA 4NZFA 1G7VA 1W3TA 3MI2A 3OIXA 1F2JA 4LS2A 5K9CA 3LCGA 2ZA3A 1IXPA 4HPXA 3W1RA 1I4NA 4IXHA 4RXFA 1A5SA 3M41A 4A22A 3M5ZA 4UTMA 1YDVA 3DFPA 1TJRA 1V7YA 3QC3A 5D2WA 5D2TA 1YDNA 5K7JA 1G7UA 4PODA 1Q6OA 3PSVA 3A5VA 5CZTA 2D73A 1GG0A 1GOXA 2GQ8A 4I7VA 2I9EA 4NZJA 4O53A 3PUEA 4R34A 3QZEA 3TH6A 2ZZ1A 1W5NA 4CNNA 2C19A 1G6CA 1M7PA 1VJIA 4UC5A 4QJ1A 5AYZA 1YTEA 2Q3OA 2YGYA 4YWIA 4N9DA 4MYXA 4XKYA 2DZXA 1JCNA 4WUIA 3NQMA 1KM2A 4PTNA 3QEZA 1V5XA 3KVJA 3BW3A 4QNEA 3FJ6A 1O5KA 2Y63A 3KAOA 1TO3A 2X1UA 3W7NA 4CLMA 1OVDA 4Z0JA 4CCDA 4EOUA 2VFFA 3BGJA 4UNKA 4O18A 5I3IA 3W7KA 1P5BA 1PCKA 1A53A 5DXYA 3S5YA 3LRMA 3PBYA 1LRNA 2V81A 4QAIA 5KMYA 3W2UA 1ZENA 5G1TA 1IXQA 2ZYFA 1L6YA 4FNRA 2G97A 2ISWA 1OFEA 1KLZA 4GXMA 1LP6A 2ZRXA 4MY1A 2OT0A 1K7XA 1TQXA 3BARA 1H7XA 3EWYA 3W88A 3STFA 4HHPA 1K8YA 3P74A 1ZALA 5BNKA 4TX9A 3L67A 3MUXA 2B7OA 3O6DA 4Q32A 1TPDA 1XBZA 4UR8A 4JYFA 2RDWA 1AW2A 3NPVA 2JBMA 4Z0SA 5TQLA 4LS0A 5HMSA 3S6DA 3R13A 4MJMA 3M5VA 4JNMA 2WSRA 5H91A 1XI3A 3QYQA 3S1VA 3HIJA 4AWUA 2DU2A 1I2NA 4O4WA 3W9ZA 3M43A 5HWNA 2YW4A 4AH7A 3DFQA 5EPDA 3RMJA 3LBMA 3CIXA 3F4WA 3QFEA 1I2OA 1CI1A 3NDOA 3L0GA 2DZSA 2ZCGA 3S8HA 3DKJA 1FCQA 1F7BA 1F6KA 1G4SA 4HNNA 4LVAA 2ISSA 4UTWC 4IMGA 4GUJA 1EWDA 1SFLA 4JTGA 3NEVA 4JIQA 4IGHA 1KM4A 3E02A 1MSSA 3RLVA 4O1AA 1AL8A 3LLDA 3LHUA 4HN4A 3PWAA 1X6UA 3FKKA 2BWGA 3BG9A 4GJ1A 1GT8A 1TRDA 2DZWA 4WQ6A 5F2IA 5CGQA 5T26A 3N34A 5IM51 5CPNA 3N9RA 2YCEA 2VFHA 3IVUA 1QO5A 4UNLA 1OX5A 5E1QA 1LTDA 1VH7A 4O11A 1FX6A 3P5YA 3O63A 1FWTA 1ML1A 3TAOA 4GNJA 3W1MA 3OEXA 1LDCA 1GEQA 3U6WA 3NQEA 3QJAA 4N2YA 2Z1BA 3B0PA 3BLIA 3GXPA 3W71A 5D37A 4JTSA 3C4UA 1AMKA 3EX1A 5FESA 2VEKA 3NL3A 1B4EA 3TXVA 3PULA 3R89A 1QAPA 3TE9A 2RFGA 4NX0A 3BGGA 5LGXA 3PB2A 3TQ0A 4I7UA 3LB0A 2TSYA 3IGUA 3LGEA 2E5BA 4RCXA 2PC4A 2YDAA 2E6AA 5AHIA 4JXCA 3PY2A 2NUXA 4BI7A 3UWZA 1Y0EA 1KM3A 4MY8A 3V75A 1YYAA 1S5TA 1TTIA 4RV8A 3W72A 2GVGA 3W7OA 5SWUA 3GAKA 2X1TA 1LORA 5FEZA 2JK2A 1P0KA 4JTLA 4K38A 1Q6LA 3EWZA 4JTHA 3UNDA 1K7EA 1ME8A 1EWEA 3W7JA 4G1KA 4CQ9A 3WJXA 5CSRA 3SI9A 1FCVA 3M6YA 3WK1A 4YCPA 3S1WA 4DO6A 2HSAA 2ZRYA 3THAA 1CW2A 4N02A 1JUEA 5FF0A 2PRMA 2Z2UA 5CSSA 5DY3A 4NJIA 2WNZA 1MZHA 4JR5A 5U4NA 2QF7A 5D32A 2R8WA 1FCUA 4P61A 2CU0A 4DO5A 4AMAA 3E12A 1ZAJA 3LTYA 4OHQA 1TTJA 1O95A 5D38A 4AWTA 3I7RA 4PL2A 4LVFA 3GXTA 1OFDA 1VLWA 4WY0F 2H3DA 2Y88A 1L6WA 3R8RA 2EHHA 3RU6A 3O05A 1VGAA 2A85A 4ZQRA 2VC6A 3CM4A 3C3NA 2CZDA 4UTIA 3TJXA 2C15A 2FFCA 1OFQA 2QCGA 5E0KA 2VEIA 3LHTA 2A4AA 3NNTA 3LHWA 3FJLA 4CNOA 8TIMA 1KBJA 3E0IA 3R5EA 4K6AA 4LVDA 4RKAA 1Z48A 2Y89A 4M19A 3OHIA 1KFEA 4AHPA 2ISVA 3P80A 2E6FA 5AB3A 5EYWA 1A5AA 5I3FA 2DZPA 4GFSA 2FB3A 2EPHA 1DOSA 1HO1A 1YXCA 3MJYA 1DHPA 5EMUA 4NXSA 1LOLA 1U5JA 4PL1A 4UMCA 5CG7A 3S5NA 3STCA 4MYAA 2DZTA 3MBDA 3TX9A 4P2VA 1LOQA 5DLCA 2O7QA 1BWLA 3L0KA 1SSDA 2WNQA 3TDFA 1VRDA 2CW6A 4MVAA 1QO2A 2A0NA 3KRZA 4PH6A 1NF7A 3EXRA 1ZJIA 1OX6A 1A5CA 1GQNA 2NXIA 3ATYA 1XBVA 3W1TA 4DO4A 4GUHA 1AW1A 3HG4A 3MP5A 3NVTA 1VCFA 4ICNA 1J5TA 3B0VC 1QWGA 5FEXA 5L9FA 3M5XA 2YYTA 3KRUA 1PE1A 2CWNA 3F4NA 1NEYA 5CZJA 1SO4A 1YPFA 3MYOA 5AC8A 3VE9A 3VKJA 1DQXA 1TYGA 4ZQMA 3UYCA 4AVFA 3O6YX 4AXKA 1EEPA 4AB4A 4BR1A 3P84A 4QSHA 2VXNA 1IIGA 4R7JA 4UFIA 4AWSA 3FS2A 3NQAA 1FWRA 5D05A 3DFOA 4JTKA 4LY8A 4Z1DA 1QPRA 4N9EA 1SFJA 2NV2A 2QCDB 3IV3A 3HQ1A 3TK7A 1GVQA 3EWUA 2R91A 2V8ZA 1XDLA 3NQ6A 5AC6A 5DCBA 4O16A 3BLEA 1RZMA 3W7IA 1XUZA 3W74A 1YTDA 3GDLA 3VCRA 3B04A 1FWNA 1HG3A 4POCA 1PS9A 3S5ZA 1I2PA 4X22A 1AL7A 5BOOA 3WJWA 3S9YA 1H63A 4A2SA 1RPXA 4HT3A 4GUFA 3KFTA 4MUZA 5LNSA 1HO4A 4JTFA 5D03A 2FIQA 1O94A 3B05A 3Q94A 3F1QA 1JJKA 2RHGA 1VLIA 1BKSA 5I3KA 2ATMA 3P8IA 3SR7A 4FEZA 3OVRA 3CTLA 2VFIA 3GIYA 4BWLA 4BFAA 2PCQA 1SUXA 3HB9A 3GR8A 4LU0A 5HR7A 1DL3A 2ZQ0A 1RQBA 3UWQA 3QW3A 1OF6A 2ZZ4A 2WQPA 3EXSA 1EIXA 4LUIA 3LV5A 1M7OA 3CIWA 1H51A 3C8FA 1C8VA 2RDTA 3A23A 4TIMA 1D9EA 3H55A 1W3IA 2X30A 1W31A 4O19A 4R33A 4DF0A 1J4EA 5D30A 4QISA 5FI8A 5BRBA 4UTKA 1LBLA 3PG9A 3GNDA 5FF4A 4IOTA 3ZR4A 3IVSA 5LNVA 2ZBTA 3R12A 4O13A 3N9SA 2PRLA 3W73A 5AC7A 4K37A 2QJHA 4JX4A 2Y6ZA 3M1ZA 1OF8A 4S2BA 4DELA 1MEIA 3LV6A 1EP1A 3CQ0A 4LUJA 1Q45A 4H3DA 1LROA 4ML9A 2TRSA 3GDTA 5IBXC 4JS3A 1ADOA 3QF0A 4WXYA 3SGUA 3UXDA 4UMBA 4IXXA 3PR2A 1PL9A 4X2RA 5K3VA 3CWNA 3LCXA 4ZZ9A 3THQA 5DN1A 3VFLA 1H7OA 3PBVA 1JRBA 3I6RA 3NYZA 4PC8A 3G3DA 3NA8A 5K2ZA 4O1CA 3SIZA 2J6XA 3QMRA 3GAYA 3KVMA 3TW6A 5F2LA 2GUUA 3ABOA 4UFHA 1K8XA 1K8ZA 4YCOA 3GDRA 1JCXA 1W3NA 2O7SA 3W1NA 4C1KA 3P81A 3TFCA 5AHNA 5F1UA 2WOQA 3LXAA 1G69A 2YX0A 1GPWA 4XUGA 2VENA 4MJZA 1W0MA 3SGZA 3OVQA 4NUWA 4K8HA 1ZHAA 1W54A 5I3HA 3CEPA 1D3GA 2OZ0A 3DH7A 3BLFA 3M16A 1YPIA 3W7RA 1FDJA 1P1XA 3TNOA 1GJPA 4Q4KA 1WV2A 4KFOA 1ZY9A 3INPA 3BPWA 1W1ZA 1X7FA 2LLEA 3W2NA 3LOTA 5CPLA 1TPFA 5J5DA 4EF9A 3C2VA 2CLKA 3VI2A 4WJEA 1L6SA 3ABRA 1F6PA 3V1PA 5DY2A 1QPQA 5D04C 1SW7A 4PCFA 3E9AA 2P1FA 3QRHA 1OYCA 3HF3A 3L5AA 1FWSA 1SPQA 1VCGA 3N14A 5HQEA 5AN7A 3PBWA 3N2MA 5D09A 2WPBA 1TPVA 3FOKA 3DENA 3DI1A 2EKCA 3RFAA 4YXGA 2H3BA 3NZ1A 4GE8A 1XCFA 5LHFA 1R46A 3O16A 3ANYA 3L2IA 3C52A 3FYOA 1C9DA 4NJKA 1WDWA 2ALDA 1ICQA 4IX0A 4MZ8A 4GRSA 4O1BA 1CX9A 1G4EA 1H1ZA 5F2MA 3C6CA 4JD4A 1F73A 4Z1AA 1W5PA 4RJEA 1O5XA 2YYUA 2GQ9A 4UUIA 3LHVA 2PE4A 4WY0A 3JS3A 4UTLA 2JKAA 3NQ2A 5AHFA 1T96A 1DKWA 2ZZ3A 3G24A 1MO0A 3NPWA 3SJ3A 4UTTC 3JRKA 2Z0IA 3ATZA 3LM7A 4IUOA 3LCFA 1XDMA 3LHYA 2OCZA 2CLLA 1WX0A 2IQTA 3NAVA 1P4CA 4MPQA 4QIUA 4EF8A 6ALDA 2OMAA 1DORA 3NL5A 2W6RA 5EKYA 5J5RA 4ZVJA 4UCGA 1OYAA 1JUKA 2XFWA 1LLWA 1H50A 4YLWA 3QSRA 1Q6QA 3EX6A 3MMTA 4JY8A 5FF3A 3OG3A 3KVLA 2GOUA 4C1LA 1VPXA 4FHAA 5HWJA 3O15A 4M6PA 3W7HA 2QCEA 3EX4A 3WK2A 3EX2A 4OT7A 3HPXA 2NXGA 1B9BA 1ME9A 2KZHA 3S42A 4K7VA 4UIOA 3M44A 2QEZA 1LBFA 2ZRWA 1DVJA 3G1DA 1OYBA 3L5LA 3Q58A 1H62A 4IMEA 4KWWA 1YXYA 3I7SA 4IJBA 1RVGA 1KV8A 2FB2A 4ZQPA 3P67A 1WBHA 2X2GA 4CQ8A 3HPZA 3DFNA 4RZ4A 3OA3A 1LCOA 2QCHA 1GVOA 2V5LA 2RKXA 1K03A 4OV9A 1QMLA 3W7DA 4IPIA 5DBTA 2J9ZA 3ELFA 3P60A 1VYRA 1OX4A 5AYYA 1TPWA 3SFKA 4YL2A 3VE7A 3MHUA 2WSQA 4X9SA 2NWSA 3PS7A 2W79A 3O1NA 5HINA 1WAUA 5DCDA 4UFKA 3TV8A 4I7WA 3LX9A 3QMSA 3CB8A 3EX3A 3TIMA 2Z6JA 1SQ7A 3W7EA 5EL1A 4JEQA 4L4MA 3BG3A 3GDMA 3KOFA 3PM6A 3USBA 5L6UA 3EB2A 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 3GX9 A;  3ZFH A;  3E96 A;  1OJX A;  1YLV A;  5D02 A;  1IGS A;  3LI0 A;  3P7Y A;  1SZE A;  4RX0 A;  3R2G A;  5D2V A;  5IBX A;  3NOE A;  4LC6 A;  2X1S A;  1TCD A;  4WD0 A;  5LNW A;  1AW5 A;  4Z1B A;  2ATS A;  4OQV A;  5G2I A;  3P62 A;  4GUG A;  1QPO A;  4O17 A;  2DZV A;  4O54 A;  1F74 A;  3CC1 A;  2HS8 A;  1VQT A;  3HGJ A;  2A7N A;  1VS1 A;  2V0T A;  3LDV A;  3ZWT A;  4DQW A;  3B0U X;  5AHM A;  1TB3 A;  2Y7E A;  4BK9 A;  1QNV A;  4WX2 A;  4N6E A;  3ABS A;  5K9X A;  2Y62 A;  5LHE A;  4E0C A;  1H7W A;  4NNB A;  4DEF A;  1QOQ A;  3G3M A;  3PAJ A;  1NVM A;  2YZR A;  1JR1 A;  3NGJ A;  2QCL A;  4OE7 A;  2NX3 A;  4LV4 A;  1OK4 A;  1W8S A;  1JCJ A;  3TC6 A;  4UR7 A;  4OU1 A;  2E6D A;  1X8F A;  2C6Q A;  3Q37 A;  2A7P A;  1VYS X;  4ONV A;  4A21 A;  3KHJ A;  3GKA A;  5HUO A;  3M5Y A;  4LWW A;  2GVJ A;  2H8X A;  3RF9 A;  4PA8 A;  1PII A;  5G1Y A;  1FQ0 A;  5K4Z A;  5LSM A;  3B8D A;  1KFK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WDS A;  3RRA A;  1XSJ A;  1QI2 A;  4OFC A;  4ORM A;  3B0Y A;  1Q66 A;  5DX7 A;  1BQG A;  3HQP A;  4P7O A;  3U7B A;  3MW7 A;  4D8A A;  4GQQ A;  3WJS A;  2YSW A;  3DGB A;  5DBU A;  3TAK A;  3K4D A;  5AFD A;  4WOZ A;  3BLP X;  4NJH A;  3E0L A;  3AXH A;  2AQV A;  2IKH A;  3I6E A;  3WQO A;  1F4A A;  8XIA A;  4Y6G A;  3L66 A;  1EDG A;  1A3H A;  4ZOD A;  3IPW A;  3P3B A;  3UT0 A;  1KM5 A;  4H41 A;  5D4Y A;  3OHM B;  2OZT A;  2A2I A;  2NZL A;  1UA7 A;  1NEL A;  3DXI A;  2QAP A;  1XYM A;  1OFP A;  4QLK A;  3ARS A;  3L5M A;  4UTT A;  4B9Y A;  1GOO A;  4HNT A;  3LEN A;  3KL0 A;  1JZ3 A;  3GR7 A;  2PCE A;  2DVX A;  2AL1 A;  1EL3 A;  3GXM A;  5DF0 A;  3E6E A;  1AQF A;  4FB7 A;  2OX1 A;  2G8Z A;  5EMK A;  2D3N A;  1TG7 A;  5CBI A;  4CKQ A;  4RNH A;  3KTS A;  1ODZ A;  3KL3 A;  3R43 A;  3WQ8 A;  3EWX A;  4I9J A;  3QST A;  4ZOE A;  2HE5 A;  2EPM X;  4US6 A;  1GVR A;  3LCW A;  2BVW A;  1SVD A;  4QG8 A;  4UTU A;  1T41 A;  3N18 A;  4HQV A;  1FXP A;  3CUF A;  3NQ7 A;  1P43 A;  3IJL A;  2A3B A;  2PUR A;  1CGU A; 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