The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
140
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structure length |
140
|
Chain Sequence |
SLRILGLDLGTKTLGVALSDEMGWTAQGIETIKINEAEGDYGLSRLSELIKDYTIDKIVLGFPKNMNGTVGPRGEASQTFAKVLETTYNVPVVLWDERLTTMAAEKMLIAADVSRQKRKKVIDKMAAVMILQGYLDSLNE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Putative Holliday junction resolvase
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| publication title |
Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
37
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| structure length |
140
|
| sequence length |
140
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2003-12-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PSI A; 1OVQ A; 1VHX A; 1IV0 A; 3BZK A; 1NU0 A; 3BZC A; 1NMN A; 2OCE A; 3PSF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P9I A; 3VQ8 A; 1QQM A; 3DLL L; 3O9Q A; 4CJT A; 3CCE N; 3DWL A; 1VRT A; 1FK9 A; 3RR8 A; 4E7L A; 3K0S A; 4XEI A; 4OO1 J; 4Q5V A; 4KBO A; 3T3F A; 4YOX A; 3CQX A; 2XY5 A; 1HNW K; 3ALY A; 4C1N I; 5KRS A; 3NVK A; 4DQI A; 3SUO A; 3CJB A; 5GAG P; 1MDU B; 2VG7 A; 5JS2 A; 4XH4 A; 4BDY A; 1LWF A; 3VF4 A; 3QES A; 1XHZ A; 4DTO A; 4CD3 A; 3HI0 A; 2P1J A; 4CGF A; 3A8Y A; 4BRF A; 5DM7 L; 3MXI A; 4OX9 K; 4E1J A; 3ZX2 A; 1DLO A; 5LL6 Z; 3C65 A; 1K8K B; 3S9H A; 5AQH A; 1NGH A; 3AVL A; 2P9I B; 2KQ2 A; 4JNE A; 1BO5 O; 2O8F A; 4FJH A; 3LAK A; 1JCF A; 5C2F A; 5KGX A; 3CQY A; 2NRV A; 1HNX K; 3NFA A; 1S1T A; 1TAQ A; 3QIN A; 4KI6 A; 4BRN A; 3MCP A; 3NCI A; 4KB0 A; 4M42 A; 3VEV A; 4JI1 K; 1FXX A; 1QSL A; 4FCY A; 4JV5 K; 4QS8 A; 1KAX A; 1NGJ A; 3OYG A; 3WXK A; 3EL2 A; 5FPM A; 2HNZ A; 3CFP A; 4RW7 A; 1M1K O; 1B9D A; 1ZBL A; 1T05 A; 3HK2 A; 1T6D A; 2QWR A; 2VG5 A; 4Z4H A; 4KPY A; 2RHK A; 1YTU A; 1NM1 A; 2FLO A; 4O44 A; 3P83 D; 1QHA A; 3O6W A; 4PWD A; 1RBT A; 3OYE A; 1LWE A; 4JI3 K; 2DPN A; 3CMA N; 3CC7 N; 1K6Y A; 2O8F B; 4JHD A; 4NXM K; 1X9J A; 3SYZ A; 2HHQ A; 1UWB A; 1J6Z A; 1L3V A; 3GDQ A; 3VF2 A; 3HTV A; 4XH1 A; 5AQI A; 2HVI A; 3QLH A; 3C94 A; 3Q7C A; 4YDU A; 4G1Q A; 3IMX A; 3WQT A; 4GMJ B; 4DV3 K; 1DT9 A; 3V81 A; 3LAL A; 2HW3 A; 3ZX3 A; 3EE8 A; 3KJV A; 2DY4 A; 3F2K A; 5C0Y A; 4BC2 A; 4CZJ A; 3F9M A; 1TKZ A; 2QWO A; 2D0C A; 2DFF A; 4K8Z A; 2ZGZ A; 4M3Y A; 3I8B A; 4A2A A; 4JYA K; 3RMA A; 3LZI A; 3ENH A; 4JHD B; 1QQC A; 5TKW A; 1FJG K; 3SBG A; 3H1Q A; 4CZI A; 1E3M A; 3AVJ A; 4AHS A; 4FJ9 A; 4CZF A; 4IDK A; 5JVG L; 1C0T A; 1RT7 A; 4DWI A; 4WQ4 A; 1YF5 L; 3CM6 A; 4FWS A; 2JGU A; 3VQB A; 4DSE A; 3LM2 A; 3E66 A; 4FVU A; 3DXK A; 5HRS A; 4HCB A; 3ENO A; 3CFO A; 2Q97 A; 4IFV A; 1ZXO A; 2KZM A; 1IKX A; 3V1Q A; 3UB5 A; 3SK3 A; 4B3M K; 5AQR A; 1VSI A; 1UA1 A; 1T7P A; 1W7A A; 1C1A A; 4B8A B; 1WSE A; 4I7F A; 3L3U A; 4E7H A; 3KKS A; 3AO3 A; 4JKH A; 1U4B A; 4CK2 A; 3ZSX A; 1RDA A; 3PV8 A; 2HHX A; 3DLR A; 3QEP A; 3AA2 A; 4WQ5 A; 3CFR A; 4YDU C; 1RFQ A; 4CBW A; 4F3T A; 3DXK B; 3G0Z A; 4FJ7 A; 3DLB A; 2RN2 A; 4PL7 A; 1NGD A; 3KWG A; 3HP6 A; 5AQX A; 4H5T A; 5AQU A; 1NGI A; 1X1P A; 4FWN A; 3A2F A; 2E8A A; 2KZZ A; 3KIO A; 2AJQ A; 4C1N K; 4WFB L; 5AQY A; 4A57 A; 1ASW A; 3OYK A; 3TSP A; 1R59 O; 3OA9 A; 3J81 O; 1TYQ A; 4O0J A; 3AO1 A; 4E7K A; 1CXQ A; 2ETJ A; 1LAW A; 4DQR A; 1A5X A; 2ZD1 A; 2NUB A; 5CY4 A; 4X64 K; 1Y97 A; 1TKX A; 1VSL A; 3ZT0 A; 4EZ9 A; 4WQ4 C; 3CF5 L; 4E19 A; 4CJU A; 3ZET A; 1S5J A; 1VSE A; 2PFU A; 1HJO A; 1JL1 A; 4KO0 A; 3OYN A; 4RW9 A; 4N5S A; 1NKE A; 4CZH A; 3G4S N; 1BA1 A; 1NU0 A; 1S1X A; 4H5R A; 1ATS A; 4O8U A; 1Q86 O; 1RBU A; 1BL3 A; 4V19 S; 1ZC6 A; 3P31 A; 1SL1 A; 2B6A A; 2YJE A; 1TYQ B; 1EO1 A; 4FWL A; 4A61 A; 1SZ2 A; 1GLB G; 4CFC A; 4BAC A; 3CJ7 A; 1VSM A; 3CPE A; 4B1W B; 2P9P B; 3L4I A; 4OKK A; 5BRE A; 4MFB A; 3NF9 A; 3NBP A; 4BGB A; 4FSV A; 2HHU A; 4HUG A; 4DSJ A; 3ZET B; 4CJW A; 5LMU K; 1XNR K; 4WQ5 C; 1J53 A; 1K9M O; 3OJS A; 3G71 N; 3F73 A; 5C2D A; 1ZBS A; 1TKD A; 2DFH A; 5E26 A; 4E1N A; 2X6N A; 3EZW A; 2X6S A; 3SQ1 A; 3VN5 A; 3VEY A; 4K8X A; 1RCH A; 5LY3 A; 1QE1 A; 4HCC A; 3ZSR A; 1MWM A; 3CD6 N; 3OS1 A; 4JN4 A; 4A5B A; 4BC5 A; 4BRL A; 5BRD A; 4YHH K; 2YHA A; 5C10 A; 5I3U A; 2YNH A; 3CYM A; 4JK7 A; 2PYL A; 1BG3 A; 3MWT A; 5FPN A; 1NJZ A; 5JMV A; 4QOZ B; 1SL2 A; 5EX5 A; 2QA4 N; 4CEZ A; 4Q0B A; 2UUB K; 3SLC A; 2LSN A; 2ZJR L; 4WE1 A; 3U9D A; 1OH8 A; 3AGR A; 4DS5 A; 4QS7 A; 3T1A A; 3V6D A; 5TKY A; 5BPN A; 1KAZ A; 1BGX T; 4JEP A; 3U3Y A; 3A0I X; 3AY9 A; 4AHC A; 3L6Q A; 3PY8 A; 4CJF A; 2QWQ A; 4DSK A; 3F5T A; 3VES A; 3O08 A; 4CHP A; 4B3T K; 5AJ3 K; 4I2Q A; 2E1Z A; 4BR4 A; 3THX A; 5AQK A; 3HVT A; 4DV5 K; 4WYB A; 4BR0 A; 1UOC A; 4AM7 A; 4HUF A; 1NK7 A; 4M41 A; 2FBY A; 2IOC A; 4N41 A; 4CD1 A; 4KTW A; 1J54 A; 3LAM A; 1HMV A; 2WBN A; 4DFM A; 3PO4 A; 1IV0 A; 2ASP A; 4FLX A; 1NOZ A; 4BR9 A; 1HKC A; 4JRP A; 4WF9 L; 2A1R A; 4FLW A; 5HRN A; 2KW4 A; 1EX4 A; 4M63 C; 3CJC A; 4GV6 A; 1UA0 A; 4Z4I A; 4JK9 A; 2HHH K; 3QIP A; 4I2P A; 1KVB A; 4DTM A; 3THX B; 1U2V A; 1NGA A; 2QWL A; 4FJ5 A; 4FK2 A; 1KLN A; 2NNW A; 4BDZ A; 3KLE A; 4IEE A; 4BVP A; 4E7J A; 2AP1 A; 3QEI A; 4KTZ A; 1EKE A; 2YKN A; 5K14 A; 1QVF M; 3KWI A; 3PX0 A; 1WSI A; 4FW1 A; 1NMN A; 4J2D A; 3KK1 A; 4OVL A; 4PHT X; 2V7Z A; 3D2F A; 1P8Z A; 1ZBF A; 3LP2 A; 3AVG A; 4ILG B; 4ISG A; 1NWK A; 3AO5 A; 4OPK A; 4NB4 A; 3NH1 A; 1HPZ A; 4OPA A; 1U2V B; 4BRD A; 5FDL A; 1RTH A; 3UIQ A; 2WC9 A; 1HUX A; 1K73 O; 1SQK A; 4KTQ A; 1VHX A; 4C8L A; 4PKI A; 1NGC A; 3N4Q A; 5CR4 A; 1QQO A; 4QS9 A; 1NGG A; 3KK3 A; 3SI6 A; 1Q7Y O; 3OY9 A; 4OPH A; 4HTU A; 3PIO L; 4O4G A; 3HP9 A; 3LWM A; 1X9S A; 2ZGY A; 4ELU A; 4CI6 A; 4DV6 K; 3DI6 A; 3D2F B; 1WOQ A; 5AQL A; 4MLH A; 3AO4 A; 4MLE A; 2WOM A; 1QSS A; 4FJN A; 4Y1D A; 1C1C A; 3TAP A; 2BGG A; 3J7A P; 3J7Y P; 4HWI A; 3K57 A; 2HND A; 3VQ9 A; 2P5G A; 2GWK A; 2KLA A; 3IUC A; 3ZEU A; 2E2P A; 3T7Z A; 3DRR A; 3SV4 A; 2P5O A; 4GW6 A; 3H6E A; 3O9T A; 4CJQ A; 5LJW A; 4W5Q A; 2ZJP L; 1WUA A; 4CF9 A; 1Q81 O; 3MWP A; 5CHI A; 3P1G A; 4LD0 A; 3A5L C; 2Q1N A; 4KH4 A; 3FE1 A; 3EZ5 A; 5KI6 A; 3K5L A; 4CEF A; 5KPR A; 1EET A; 4GKK K; 1DTT A; 3QML A; 2Z1G A; 3AAQ A; 3QER A; 4R79 A; 2HVH A; 1Y64 A; 3WXI A; 3ULD A; 3ZYY X; 4KHQ A; 4CFA A; 1HLU A; 1BCM A; 1SV5 A; 3CCL N; 4YOU A; 3ZEU B; 1S9G A; 4FWO A; 4U7B A; 2NRW A; 4M7X A; 4YY3 K; 4IKF A; 4J2B A; 3DMJ A; 5KPZ A; 3I55 N; 1Q18 A; 5BRH A; 3L2U A; 3LM9 A; 3SNN A; 2E5L K; 3EN9 A; 3HOT A; 1RT3 A; 4IG0 A; 1C0M A; 2D5R A; 1IJJ A; 3AA3 A; 3FLC O; 5AR0 A; 5M1N A; 2FXU A; 3D6R A; 2HHS A; 1SAZ A; 2CH6 A; 5BN8 A; 2XY8 A; 3B6P A; 5AQJ A; 4DUZ K; 3WNG A; 2XY7 A; 5F0X A; 1QHT A; 1YXQ A; 4FJG A; 3LDL A; 5C24 A; 5FPE A; 1SL0 A; 1RDW X; 4DTJ A; 2OPR A; 3L3V A; 2UUC K; 4C8K A; 3ZT2 A; 5E84 A; 2JLE A; 4DV1 K; 1NJX A; 2OYQ A; 1S6Q A; 2RF2 A; 4PKG A; 4LH5 A; 3CCJ N; 2ZQB A; 3S3N A; 2FC0 A; 3BF1 A; 2A3Z A; 4PA1 A; 3SPZ A; 3KKR A; 4DUY K; 3CCU N; 3NE6 A; 3VQQ A; 4BRG A; 4WFN L; 3U3G A; 3NGI A; 3SAG A; 2VWJ A; 2YCH A; 4DHY A; 2GTD A; 1JXB A; 1NNE A; 3QET A; 3FZH A; 5KQD A; 1D9D A; 4MDA A; 3TAN A; 5AQF A; 4JKG A; 2O8B A; 3WXL A; 1TK5 A; 4BR5 A; 1I39 A; 2HBL A; 4CJV A; 3THY A; 5M1Q A; 2BE2 A; 1YI2 N; 2VQF K; 1BIS A; 4DU1 A; 5EVZ A; 4RW6 A; 1EQY A; 3LP1 A; 4DTU A; 5J1E A; 2Q0U A; 3CG7 A; 4CZL A; 1S9E A; 4TSX A; 3RSE A; 5BN9 A; 3OYH A; 2UXD K; 1U49 A; 3RMB A; 3C95 A; 4DR5 K; 1WAF A; 5AQS A; 1W9H A; 3AVB A; 1Z26 A; 3U6F A; 4JKG B; 4LF9 K; 3D0P A; 2O8B B; 5GAE P; 4XH5 A; 1W97 L; 3THY B; 4FJM A; 4GV3 A; 1REV A; 3PSF A; 2ZJQ L; 3H1V X; 3WEE A; 3I56 N; 3U9Z A; 4H4M A; 5M1K A; 4OKE A; 2A40 A; 3CIP A; 3AV9 A; 1U45 A; 3NF8 A; 5M1O A; 4X65 K; 3IS9 A; 1NK5 A; 2B5J A; 5AQG A; 4I9Q A; 3V1O A; 1WLJ A; 4JKA A; 1X3N A; 5JLF A; 4PY5 A; 4HVJ A; 3RSE B; 4H0V B; 2OA8 A; 3P5J A; 3AO2 A; 3NH0 A; 1N36 K; 4BY9 C; 3TR8 A; 4DB3 A; 5CZ2 A; 3ENB A; 3F9K A; 1T44 A; 3VQA A; 4Y0W A; 5BRF A; 3DLK A; 4KI4 A; 4DTR A; 5LJV A; 4DF8 A; 3WEE B; 3U4L A; 4CEO A; 4CFD A; 5HOO A; 1U47 A; 1Q82 O; 3ZSV A; 3TAE A; 1DKG D; 1YT3 A; 3NF6 A; 1S1W A; 3M6G A; 4B8C A; 3CXC M; 1XQS C; 3WNE A; 4DG1 A; 1VQ8 N; 2P9N A; 2H3G X; 3JXU A; 1YJ9 N; 4RW8 A; 1RIL A; 3EE9 A; 1Z6R A; 1HNZ K; 3ASM A; 3AVK A; 1LV5 A; 2ASO A; 3PX6 A; 2Q3S A; 3CET A; 3BF3 A; 3T19 A; 4X66 K; 1RTD A; 2Q2R A; 3AGK A; 3HPO A; 3QEX A; 4DR7 K; 3SCX A; 4NYN A; 2OTL N; 3AVM A; 4IWV A; 2IVO A; 3MCA B; 3OYI A; 3RMC A; 2YNG A; 4BR2 A; 1BOT O; 3R3L A; 1OKJ A; 2O4G A; 2F4V K; 4GKJ K; 2I5J A; 2P51 A; 3MN6 A; 2XO7 A; 1IKW A; 2QKK A; 4DU3 A; 1I3A A; 4A62 A; 1A5V A; 3PSI A; 4BWM A; 2P9N B; 3R8E A; 2G8K A; 1NJI O; 2IIR A; 5AQO A; 2G8F A; 2ASM A; 2O4I A; 4OLB A; 3ZX0 A; 2E88 A; 4BRI A; 2W42 A; 1LOT B; 4DTN A; 1C0F A; 5ADX H; 2UXB K; 3E9P A; 4F3O A; 4CGD A; 3KTQ A; 1RGI A; 3B6O A; 1SS6 A; 1VQP N; 1JL2 A; 2ZWH A; 5FRM A; 3MN9 A; 3SV3 A; 3RRG A; 2HBK A; 3VQ4 A; 4M3U A; 1TL3 A; 1S1V A; 4CBX A; 3HPH A; 3TPQ A; 3LDN A; 4CGG A; 4LH4 A; 5LMN K; 1TVR A; 5DM6 L; 3E9O A; 4O0I A; 4B1X B; 2HMI A; 5M1F A; 4U67 L; 1T3V A; 1VRU A; 2QTD A; 3THV A; 3WQU A; 3HYF A; 1WSJ A; 3MED A; 4CF1 A; 3AVN A; 3ID6 A; 2QWN A; 4CJ4 A; 1RTI A; 3TAG A; 3W0L A; 1WNS A; 1F21 A; 3LL3 A; 3K59 A; 1Q9Y A; 1KFD A; 3O8M A; 3AVH A; 4DQQ A; 1JKH A; 3J7Z O; 4IJA A; 4FPA A; 3RMD A; 4JI2 K; 2IGI A; 2P9P A; 1KLM A; 1WSH A; 4NLB A; 5KGW A; 4BRH A; 1HQU A; 4K25 A; 1GLL O; 4H5V A; 2E2Q A; 3DXM A; 2A42 A; 2YJF A; 4CER A; 3GBT A; 4CGJ A; 5M1P A; 4KHU A; 2QI2 A; 4K43 A; 3V9W A; 2P9L A; 3WUH A; 4CF0 A; 3MN5 A; 4DFJ A; 4YOR A; 3FZL A; 3NGY A; 3IKM A; 4W5O A; 4IG3 A; 4YNQ A; 1OH6 A; 2Z1H A; 3TAB A; 5AQQ A; 3FZM A; 1E4G T; 4C8M A; 1LCU A; 3DLH A; 3N4P A; 2HHV A; 3HXM A; 3HPG A; 2QK9 A; 3LDQ A; 2DFE A; 3QDK A; 1TAU A; 3I8D A; 3G6E N; 4DF4 A; 1WN7 A; 1KRP A; 4CJE A; 1RT6 A; 4FLY A; 2FF3 B; 4H5N A; 3DXM B; 5AFU A; 1FKO A; 3IAY A; 2D0O A; 3OYB A; 3MEE A; 1KSP A; 2G8H A; 1NK8 A; 1KQS M; 4YFU A; 3TI0 A; 4H5W A; 1BI4 A; 5FPD A; 1L3U A; 4FWK A; 4UY8 O; 2P9L B; 1YJN N; 4CE9 A; 1VSH A; 4JLH A; 5AQT A; 3H3O B; 4OJR A; 4CJK A; 4AH9 A; 1RBV A; 3SUP A; 3KLH A; 4Z4C A; 4QCL A; 4Z94 A; 4M3T A; 3TTD A; 3M8Q A; 4M3W A; 2A41 A; 4LY7 A; 3HT3 A; 3EYZ A; 2P9U A; 2D4W A; 4GV9 A; 4NYF A; 3DM2 A; 4IOX A; 3MEG A; 3VGL A; 4JI5 K; 3BEX A; 1RTJ A; 3MDQ A; 1JLG A; 1MU2 A; 4DCH A; 2QWM A; 1QVG M; 4L8R B; 4BRA A; 1YAG A; 3H46 O; 2Q0R A; 4CJ5 A; 1ZBI A; 1BI4 B; 2VWK A; 2PZS A; 4CK3 A; 5CYQ A; 4EFH A; 3MK6 A; 3QBW A; 2G8I A; 4ZHR A; 3HRG A; 2YV0 X; 3CCM N; 5C42 A; 2VCP A; 1HYZ A; 1N32 K; 5ADX A; 2YX6 A; 4B1V A; 1VQN N; 4CHQ A; 1GOA A; 2P9U B; 4RWT A; 5JVH L; 4FZX C; 4CZE A; 1N33 K; 1TUU A; 1N8R O; 5AZI A; 4GNI A; 2ITG A; 3LPT A; 5AQM A; 5MLC Q; 3CCR N; 4B9S A; 3K9K A; 2D0A A; 4EP5 A; 1VSD A; 5C25 A; 3NGZ A; 3M8P A; 4ID5 A; 1NLV A; 3SUQ A; 4F2S A; 4CES A; 5SWM A; 3ID8 A; 3CC2 N; 4PL8 A; 2PYJ A; 4H0Y B; 1JLB A; 5HBM A; 3S3M A; 3CI5 A; 4M3Z A; 3PUF A; 3CER A; 4MDB A; 4KAZ A; 5AZJ A; 3SQ0 A; 4JKD A; 1K8A O; 3OVN A; 1D4X A; 3WNH A; 4CCH A; 1YHQ N; 4CEA A; 3MMV A; 2HBM A; 3VQP A; 2F96 A; 4CZK A; 4DFK A; 4CEB A; 4KHY A; 3LDP A; 3TAR A; 4BVO A; 5I9E B; 4FJK A; 5AZI B; 3DYA A; 4FPB A; 2G8W A; 1W2B M; 1HYS A; 3MN7 A; 4FM1 A; 1J9A A; 4BR7 A; 4K41 A; 4YOY A; 3A5M C; 3NH2 A; 2WUS A; 2EWS A; 1U04 A; 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