1VJI | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	361
structure length	351
Chain Sequence	SVPLLTPYKMGRFNLSHRVVLAPLTRQRSYGNVPQPHAAIYYSQRTTPGGFLITEATGVSDTAQGYQDTPGIWTKEHVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNSGFQPNGKAPISCSDKPLMPQIRSNGIDEALFTPPRRLGIEEIPGIVNDFRLAARNAMEAGFDGVEIHGANGYLIDQFMKDTVNDRTDEYGGSLQNRCKFPLEIVDAVAKEIGPDRVGIRLSPFADYMESGDTNPGALGLYMAESLNKYGILYCHVIEARMHTLMPMRKAFKGTFISAGGFTREDGNEAVSKGRTDLVAYGRWFLANPDLPKRFQVDAPLNKYDRPTFYTSDPVVGYTDYPFLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Plant protein
molecule keywords	12-oxophytodienoate reductase (OPR1)
publication title	X-ray structure of Arabidopsis At1g77680, 12-oxophytodienoate reductase isoform 1. pubmed doi rcsb
source organism	Arabidopsis thaliana
total genus	126
structure length	351
sequence length	361
ec nomenclature	ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date	2004-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vjiA00

1HG3A 4PFMA 1PV8A 4UCGA 3NM3A 4QISA 3SFKA 1HUVA 5A5WA 1LROA 3KRZA 2YW4A 3LHYA 2V2DA 2FFCA 1UASA 3PG9A 5K9DA 5AC7A 4OV9A 1GOXA 3KVLA 4BWLC 2RH9A 2JGQA 5H2ZA 2A7NA 5LNWA 1LBMA 3LXAA 3P5ZA 2X1UA 3C2FA 1LZOA 3HOJA 3MYPA 2ISWA 4JNMA 4WOQA 3LOTA 1JCJA 1WA3A 4O0KA 3M16A 2GPTA 4LVDA 4U28A 4O1BA 3RU6A 3LGEA 2ZZ2A 3MYOA 1EUAA 3TSMA 2DU2A 5KSWA 1OG0A 1WX0A 2V81A 1QNVA 1KFEA 1SW0A 3BG5A 4UTHA 1GJPA 3TAOA 2Z6JA 4NUWA 2WSYA 3DZ1A 3QMSA 4UMAA 2Q8LA 3HQ1A 5FF0A 3TUUA 5K7JA 2Y7GA 4QIUA 4LY8A 3LX9A 1LORA 4O17A 1SPQA 3HGRA 2VFEA 2VOMA 1QO2A 3GR8A 3BW4A 3PUEA 1NFBA 1ZAJA 2VXNA 3W1UA 2JBMA 3NQGA 1KW1A 5LKYA 4NZJA 1RD5A 3MHUA 2DZPA 2TSYA 4LVGA 5I3IA 4Z1CA 4IX0A 3QZEA 4UTKA 3TU9A 2NWRA 1V5XA 3RNDA 3O6CA 3M5VA 4MOZA 1MXSA 3G1FA 5AHNA 1FDJA 3W1AA 3L5LA 3MHGA 4FNPA 3VCRA 3T4CA 1KLZA 1GVQA 1PS9A 1R2SA 1RR2A 4E38A 2J24A 1SFJA 3RK8A 1ADOA 5F4SA 3W7GA 4FO4A 5FF7A 1DV7A 3W70A 3QW3A 1FCUA 1AW1A 2WPBA 2WV8A 1FDYA 4JTUA 3N3MA 3UY8A 2FPYA 1OHLA 3W73A 2RDWA 1JCYA 4UTWC 1PCKA 5I3HA 1AL7A 2A1YA 5L9FA 4XZ9A 4IPIA 3W9ZA 1YTDA 1ZHAA 3GX9A 2J9YA 4L4MA 5D03A 1MZHA 4EOUA 3C52A 2V5BA 1M6JA 4HNVA 1XM3A 5LGXA 2ZZ1A 4UNLA 3W2KA 1QPNA 3IVSA 1Z44A 2C0AA 1KFLA 3CTLA 2V8ZA 1WXJA 3R5EA 4RV8A 1T0OA 2NV2A 1KTBA 1TPWA 4EWND 5D33A 1OABA 4Y9AA 3NPXA 4Q33A 4S1FA 1N55A 1SUXA 1TYGA 3BV4A 1IIHA 4M6QA 4ZQPA 5F4XA 3L21A 3PUOA 2BLEA 2DJLA 1GYLA 1XDMA 4I7VA 2OCZA 3P82A 4MZ8A 3IIPA 1XC4A 3O1NA 2VEKA 2QCDB 4Z1AA 2VFGA 2Q8ZA 1J2WA 2QR6A 4AXKA 1KTCA 3DKJA 4ONVA 4UTUA 1GVSA 1EP2A 5AYYA 4CQ8A 4JYFA 3NXFA 1W5OA 3PUDA 2E77A 2H3BA 3NPUA 3AJXA 5G2WA 2PRLA 1W0MA 4I9AA 3QQ0A 3LCXA 1M7OA 3L0NA 1YYAA 1CX9A 2EF9A 3DFNA 2DZUA 1KFJA 4JDBA 4ZVJA 3A9IA 1H60A 4RXFA 1NSJA 2X1SA 1KM6A 4MY8A 4HNTA 3INPA 3C4UA 2A6NA 4CCDA 2EKCA 1PVNA 1SFLA 3DBPA 3PY2A 1PIIA 3MP4A 3E0IA 1K03A 4E2BA 1SR9A 3S1WA 3OHIA 1N7KA 2NXGA 1DQXA 5LHEA 3NO5A 1KM1A 2GVLA 4O10A 1LRTA 1W5PA 2HS6A 3LTPA 4MLJA 2FPTA 3W7LA 3VFLA 2OT1A 1YDOA 4UMCA 1X1OA 3QM3A 1L6SA 1NF0A 3DFSA 4GXMA 2C16A 2J6XA 3LRMA 1A5BA 5D2YA 1FWRA 3PM6A 4I7WA 3RFAA 1KFBA 2QCDA 1XBZA 5F4WA 3NR0A 5TIMA 1P5BA 2B0MA 4JTTA 3QJAA 4I7UA 4UR8A 5KZDA 1ZNNA 3LI1A 4YXGA 2RKXA 2Z1BA 2V9DA 1XBXA 3EKZA 2ZDRA 4MIMA 5HUOA 4RZ5A 2WO5A 5H91A 2P10A 2YDAA 4FHAA 1V7YA 2OJPA 2QCLA 4QSHA 1SW3A 4RLIA 2A2IA 4PL2A 4ORIA 2I14A 1ALDA 2I9EA 1G4EA 2NLIA 4JS3A 4K36A 1H7WA 3W75A 4JIQA 4UTLA 3CU2A 4AHPA 1JQXA 4N2YA 4Q4KA 5G1TA 1O5XA 4OQVA 4AMAA 3DFPA 3G22A 4YWIA 3TKFA 3RF9A 3UWVA 1H1ZA 4BI5A 3LV5A 2J9XA 3AO0A 4WQ6A 1A5CA 1KM5A 3RLVA 2DZWA 3STCA 4TMCA 4JEQA 4GNJA 5LSMA 1YDVA 2IQTA 2X16A 3T44A 5D05A 3H53A 4OV4A 4JN6A 1O94A 1R46A 2CU0A 4JTSA 1GT8A 1VHNA 3W3OA 3W7JA 4LS1A 3QFEA 5AC8A 3M5ZA 3W2UA 4WUIA 1AL8A 4WX2A 4TU1A 2CLLA 2GVGA 3OEXA 2P0OA 1FWTA 1W1ZA 3W22A 3O6YX 2AQWA 3GK0A 1UUOA 5EKYA 4JY9A 2A21A 2OT0A 2ZFAA 3ATZA 3LBMA 4Z1DA 3P60A 3LLDA 2EHHA 3FS2A 1GYNA 1FWNA 3LCWA 5D04C 1MEWA 1A5SA 3NQAA 4LRSA 1K7XA 4LV9A 4XKYB 3DH7A 5IBXA 3Q2DA 1D3HA 5ABTA 1DQWA 1R2RA 3O16A 3N19B 2QCHA 3NVTA 3TXVA 4L4LA 2BX7A 3MP3A 4HPXA 1GEQA 4NU7A 2E1DA 5D02A 2V2CA 4CNPA 4O19A 3SR7A 2GQAA 4LTSA 4K38A 3S0CA 1W31A 3TC6A 3NL2A 4O52A 3UQNA 1YXDA 1OYCA 3DAQA 1EEPA 1TTPA 1HTIA 2NWSA 2ZZ6A 5G4EA 2WNQA 3MJYA 1FUYA 5G4WA 3GXNA 1A53A 2VEMA 4NNCA 3CT7A 3G0SA 3LERA 5F2LA 3C0JA 1H7PA 3CHVA 4EIVA 3JR2A 1PCWA 1K7EA 1SZFA 2YFNA 1VZWA 1QPQA 1NVMA 2JKPA 1Z48A 3P74A 1GPWA 4NXKA 1OK6A 5AHMA 4LT9A 3SSJA 3W7NA 2NZLA 2A5HA 4NJJA 2A85A 5D30A 2CZEA 1OX5A 1FBAA 3W7DA 3W74A 2ZZ7A 4AWUA 3GYEA 2ZRVA 3BO9A 5KMYA 1LRNA 1WQ5A 2ISVA 1OFOA 1TPFA 2VFHA 3ABQA 4XKYA 2QKFA 3TMLA 1TPH1 3UWWA 5FF2A 4Z1BA 3QSRA 4IGHA 4UUIA 3W1TA 5MHBA 1W3NA 1W37A 3WJZA 4BFAA 1PHWA 3UWYA 3G3MA 3WJYA 2QJGA 3CM4A 1OYAA 4UIOA 5SWUA 1Q45A 1K8XA 1K3UA 4DF1A 1QMLA 1EWDA 3NL6A 3OIXA 2FDSA 5DLCA 1VCFA 1EP1A 1JVNA 1DOSA 1FY6A 1G4TA 4O1DA 1VH7A 3KOFA 1F73A 2YW3A 5F2MA 2A4AA 3PSVA 1DKWA 1OJXA 5LNRA 4FB7A 3MHFA 5DBUA 4MJMA 3TNOA 3P67A 4Q32A 3KX6A 3TA6A 3EX6A 3NG3A 5CZTA 3NDOA 3PF3A 3KAOA 5D38A 3C3NA 4JY8A 1TREA 4IMDA 3PS7A 4BWLA 1YXCA 4HSOA 4AAJA 3BPWA 3R12A 2YR1A 3NGJA 1W3IA 3CIXA 1K8ZA 2B7OA 3SIZA 3SGUA 5KTLA 4MVAA 2QJHA 4RZ4A 2Y61A 2QUVA 3GDMA 2DJXA 1AK5A 2C6QA 4TO8A 3MWAA 3L65A 1GG0A 3I65A 3TJLA 3GDLA 3P80A 3KRSA 2I1OA 5CSSA 4WXZA 4A2SA 4FF7A 4FX6M 2A6LA 1VJIA 4O1CA 1JRBA 4JIPA 4R7JA 1DVJA 3NPWA 4ZZ9A 3NQ8A 1YLVA 2ABAA 2F7FA 4YL2A 3DGRA 3S1VA 5EMUA 1C9DA 3G0UA 3GAKA 4K39A 1ZALA 3M0ZA 1W8SA 4N02A 3A5VA 1SZGA 2E6YA 2GQ8A 3U2OA 4BK9A 2WQPA 1OFEA 3HMJG 4M6PA 3TAKA 3O15A 3DFTA 2E6FA 3IEBA 3Q58A 4K6AA 2O7QA 4KFPA 2NX1A 3DI0A 1OFDA 3T40A 5CPLA 2TYSA 2Y85A 4UFLA 3HGJA 3UXAA 3RMJA 3PWAA 4DPPA 4Z0JA 3P8JA 3W1LA 5J5RA 3GXPA 3EXTA 3WJWA 2AGKA 2RDTA 1GG1A 3EWYA 4AB4A 1PE1A 2VFDA 5EL1A 2Y7FA 2CLKA 3DXIA 5D37A 3O63A 1EIXA 3V75A 4E2DA 1WV2A 2R94A 3F03K 2JGYA 3EB2A 1YXYA 1TPVA 1H63A 4JTHA 5HUPA 3W2JA 2DORA 2OZ0A 3TW7A 1FCBA 1QOPA 2DP3A 1DJNA 2OX1A 2PE4A 2ZRWA 1L2UA 3HGOA 3KVMA 3QRHA 4CLMA 4JDYA 4OBTA 2ZA2A 1LOSA 2FLIA 3UD6A 5AHIA 3E9AA 4WY0B 3DFOA 3EWUA 4Z08A 2WSRA 5D09A 4O18A 1SO6A 3KFTA 3UPBA 1G67A 3Q37A 4QNEA 4IWWA 1TV7A 3MO7A 5FI8A 3G1HA 5CPOA 3C2VA 2QAPA 2WOQA 3W1XA 4IQLA 1QFEA 3WJSA 3I6RA 4DBEA 4RXGA 4TIMA 3EXSA 3PVFA 3STEA 5D2VA 4MZ1A 4U4MA 3TH6A 1Q6OA 3NEVA 4N9DA 3GLCA 2C13A 4TX9A 4DF2A 1FX6A 1ZJIA 4C1KA 3E12A 2E68A 8TIMA 2CZDA 3F4WA 3LHUA 5EY5A 1GWJA 5F2GA 4PA8A 1OX6A 3LXCA 1ZCOA 3QW4B 2CLEA 3M5XA 2C14A 4M5PA 4PTNA 3EX1A 1QDSA 3QMTA 4CQAA 4WY0F 2GVJA 1L6YA 5FF4A 3NQ6A 1H51A 5E93A 4HNUA 1KLYA 3W07A 4RR4A 4X22A 3B0PA 5LNUA 3MW7A 1OFBA 5C5YA 3DU0A 4DQWA 3NQ2A 3UNDA 2B7PA 3QH2A 3E02A 4WY0A 2A0NA 1XXXA 3MMTA 2V82A 2FB3A 3I7QA 1JUKA 5FEZA 5LHFA 1LP6A 3R89A 4IXHA 2E09A 4UMBA 4LVAA 4WOZA 1I4NA 5DBTA 4Y96A 2EPHA 2ZRXA 4GUGA 4YLWA 4G1KA 1EPXA 3HG3A 3A21A 1XKYA 5CGQA 4DBDA 1KFKA 3CIWA 3E49A 2RDUA 3FKRA 4AHQA 3L5AA 2VC6A 2GJLA 3T7VA 3WK3A 3S1UA 3GKFA 4XWUA 4NVTA 4JTJA 5KZMA 4CNOA 4K7YA 1U5JA 2PRMA 1EP3A 4AHOA 1T8XA 1KM4A 2HMCA 3M43A 2CZFA 4ICNA 1TRIA 5D32A 4FNRA 2ZQ0A 1X8FA 4ORMA 3N14A 4O0ZA 2YPIA 4OGZA 1ZENA 2YX0A 1OX4B 4RK8A 1K8YA 3PR2A 4UFIA 3EWZA 5DN1A 4JTIA 5I3GA 4BI7A 3TROA 3C2EA 4DPQA 3IVUA 3SJ3A 3W86A 1H50A 3OBKA 1RV8A 3TFCA 1VYPX 1A5AA 3K30A 2QCMA 3GKAA 4IMCA 1KV5A 1QPOA 4FNSA 5HWNA 1I2QA 3EX3A 1H1YA 4NX5A 5HULA 1B3OA 2X30A 1ME8A 2H3DA 3TSBA 1OFQA 4XBKA 3GNDA 3H54A 3FJ6A 6TIMA 1S5WA 3BG9A 4MFDA 4QITA 1KBJA 3M5YA 3G0XA 3S9YA 1F6PA 2E6DA 5FEWA 5HR6A 3G1AA 4NNAA 3G1DA 1WOBA 3TMQA 2Y62A 3FEMA 5EPDA 1MEHA 3PBUA 1RVGA 3IGUA 2ZZ3A 2QCFA 1DL3A 3LCLA 3L66A 4UTIA 4GUIA 4O4VA 3BK0A 2GOUA 2JKAA 1WBHA 2DZTA 3HPSA 2E6AA 3C8FA 3L9CA 3M1ZA 2XN2A 1W3TA 1R47A 5CSRA 3OVRA 4CQ9A 1IF2A 2YCEA 3EX2A 1OX4A 3TC7A 3S5ZA 3L2IA 4J9JA 4NX0A 5GVJA 4N4PA 1SU5A 3N34A 4TMBA 3W7KA 4E0CA 3E96A 1I2NA 3B0VC 2NX3A 4MYXA 3EKLA 4NQ1A 3S5OA 4UFHA 4O53A 5HWJA 2LLEA 1HL2A 3FYOA 2VEIA 3SECA 1LOLA 4NNBA 1O60A 4JYEA 1VYRA 4O4WA 5AYXA 3THQA 3N2MA 4OHQA 4M7SA 3F4NA 4O14A 3BW3A 4O8RA 3IGXA 1EA0A 2QEZA 3BARA 1ICPA 2JKEA 3QEZA 4RKAA 1XBVA 1GVFA 1GTEA 3BGJA 4MKNA 1IXQA 3GNNA 4FXRA 1LM1A 2DZSA 1P4CA 3G1YA 4WXYA 1VS1A 3CEPA 1ZAHA 3P8IA 1SW7A 3TFXA 4UTTA 3ABSA 1GTHA 1S5TA 3THAA 3BW2A 1TO3A 1NEYA 1I2OA 1EUNA 3USBA 4NXSA 4ZQNA 3S5NA 1GZGA 3PB0A 4WZHA 2QDGA 3M9YA 4X2RA 5KITA 3UYCA 4UTJA 5TBOA 3W1MA 3G1VA 2W79A 3HG4A 3O07A 1OVDA 4QAIA 4AF0B 1YPIA 4ZQMA 4ZMGA 2R8WA 1O95A 1G4PA 5K9XA 3ATYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1VJIA

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