1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords hypothetical protein
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
3VQ8A 3SQ2A 4CECA 4CGJA 4CK1A 4FJHA 1A5WA 1J9AA 3EYZA 3DLHA 3S3MA 2JLEA 1VSFA 2PYLA 4FK4A 1JXBA 3K58A 2G8VA 4CEOA 3HPHA 3SUQA 3KLIA 2KTQA 2A1SA 3RMBA 3AO2A 3B6OA 3ZCMA 1LW2A 4FLXA 3SNNA 4ZTJA 4B9NA 1TVRA 4KHWA 4CHZA 4DSJA 3L2QA 1BISA 4E1MA 4KI4A 1BCMA 1NJZA 2P5OA 1JLQA 4C8LA 3OYNA 2X74A 2B5JA 3HVTA 3OYMA 3K5NA 2XY6A 4FK0A 2HW3A 2RKIA 4OKKA 4E1NA 1CZ9A 1LWFA 1WSJA 3I8DA 4DTUA 1Q9YA 1KVBA 1JXEA 3DRSA 1HYZA 4FJGA 3RMDA 1ASUA 1ASWA 3TR8A 3LP0A 1EP4A 2E4LA 5C25A 3ZSVA 3ZSYA 4DWIA 1BI4A 3VA0A 2IDOA 4PA1A 3LZIA 1FXXA 2HB5A 1NK4A 1L3SA 4M3WA 2QXFA 1HMVA 3T1AA 4KTQA 2IC3A 3CFPA 2IAJA 3VQCA 1ZYQA 3DLBA 3TAGA 2A1RA 4B9SA 4CJUA 4KHUA 2ZE2A 5FROA 4O0IA 4IG0A 4C8NA 3O4NA 1SL2A 2G8HA 4FJNA 1JLCA 3ZSZA 1VK0A 4OGCA 3AVJA 3LALA 1NJYA 3O4QA 1DLOA 1RBRA 4AHTA 4BE2A 4F2RA 4GW6A 3ZSOA 2HHQA 3OYLA 4G1QA 2BDPA 3L8BA 4I9LA 4CF0A 1QS4A 3WNFA 1IG9A 3OJSA 3WNGA 2WONA 1TKTA 3NGYA 4JRQA 3LDSA 4E7JA 1C0TA 4MFBA 1U04A 3V1RA 4ZHRA 1T8EA 4AHUA 1ZBIA 2QKBA 1HPZA 4F3TA 1WN7A 1KLMA 2ZD1A 1S5JA 1EETA 4NYNA 1NK7A 5HRSA 3OS0A 1HYSA 4CGGA 3HXMA 2FBXA 3AO4A 3SZ2A 3ZT0A 4AHRA 2VG5A 4FZZA 5D3GA 1RT5A 4KFBA 4O0JA 3M8SA 4FJKA 1B9DA 3V9ZA 4E19A 3DRRA 2O4GA 1GOBA 4CEFA 4CJKA 5HLFA 1IKWA 3AVNA 2KW4A 2OPPA 3C95A 3HPGA 4LSNA 4L8RB 4CF9A 1TAUA 4CEDA 2VWJA 1WAJA 2VG6A 4DSFA 3PV8A 4C8KA 3NH1A 1RBSA 4B9TA 4N76A 3SUPA 1WSGA 3AVMA 4FJXA 1BL3A 2G8FA 3LAMA 3V1OA 4E3SA 3NHGA 5KTQA 3T19A 1ZBUA 3DRPA 1CLQA 3AV9A 1TV6A 1YVUA 4HVJA 4OVLA 3LP3A 3O3HA 1RT7A 3VQQA 4ELTA 4PQUA 3RTVA 4DTRA 3L2WA 4RW4A 1JLGA 4DS5A 3HP9A 4IG3A 3HK2A 3AO3A 2KZMA 1CXUA 2EHGA 3OYGA 3KK3A 1RTDA 4FZYA 1WLJA 2KZZA 4DTMA 3ZSRA 4DSKA 1LAWA 4TSXA 3QERA 1TKXA 1I39A 2Z1JA 3HPOA 3LWMA 4BDZA 1LWEA 1REVA 3HL8A 4CJ3A 4DU4A 3DM2A 5C24A 4CGIA 1UOCA 4OKEA 4EZ9A 1TL3A 3QNNA 1QSLA 4K8XA 2X6SA 4F8RA 1HQEA 3CQ8A 1ZBLA 4O5BA 3M8QA 2I5JA 2DTUA 1TK0A 4MQ3A 3VQ5A 4DTSA 3ITHA 1S1VA 3QEPA 2HHVA 4CJ5A 1X9WA 3C6UA 4DSLA 4HUGA 5HRRA 1S1TA 1HNVA 2Z1IA 2Y1JA 3HJFA 1C6VA 4CFAA 4M3RA 4CF8A 5J2PA 4FJIA 1VSLA 1JLBA 1Q8IA 1UAXA 4CJEA 4E7KA 2XO7A 4QCLA 1VSHA 4EZ6A 4CEBA 4B08A 2YKNA 3AVCA 3ALYA 4E0DA 3TABA 3UIQA 5CY4A 1TAQA 2X78A 2YHBA 3L2UA 4KHYA 4DTNA 3PX0A 5CYQA 2VG7A 2HNZA 3AVKA 3TAMA 2E6MA 1KTQA 1RBTA 1FKPA 1QQCA 3D45A 4GMJB 2YNFA 2R7YA 2RN2A 3AA3A 2YNGA 3ZSWA 4KB0A 4CF2A 4W5QA 4CJPA 5J2NA 1RILA 4CIFA 4BE1A 4IFYA 4DFMA 1NK8A 3SYZA 1EX4A 1TL1A 4J2BA 2HVIA 1EKEA 1JL1A 3KLFA 1J5OA 2Q3SA 3THVA 4RW8A 3CM5A 4FLWA 4FLTA 1L3TA 2O4IA 4CHQA 2KFNA 4E7LA 2P51A 5I42A 1NK9A 3LZJA 4RG8A 1XHZA 4BDYA 4O4GA 3ULDA 3KKSA 2OYQA 3L3VA 1IKVA 1XHXA 1D8YA 3QEVA 4YFUA 3QNOA 2E6LA 3PY8A 3AVBA 4H8KA 4FM1A 2PZSA 4FJ8A 4Z4GA 3DLRA 1YTUA 1RBUA 3AVLA 1C1AA 3DLGA 3KIOA 1YTAA 3TAQA 1UA1A 4F2SA 3AVAA 4KHSA 2BE2A 3QIOA 3LWLA 2JGUA 3AVIA 3CM6A 4HCCA 3P83D 3LPUA 1S1WA 1HQUA 3NF6A 3KLEA 3RR7A 1RCHA 4I7FA 5JS2A 3SPYA 4KB1A 4Y1CA 1IKYA 3DLEA 1WSEA 4FJJA 3V6DA 4PUOA 4AHCA 3ASMA 3QLHA 4H4OA 4ID5A 4O55A 1IO2A 1SKSA 3HVRA 4JLHA 1BI4B 3PO5A 1MU2A 1HNIA 1BIZA 4CGHA 4CJWA 3RMAA 1KFSA 2PY5A 4KAZA 1RT4A 2LSNA 3MECA 3V1QA 3P1GA 4B8AB 4YNQA 4DTXA 1NK6A 4DFKA 2P5GA 3JYTA 4FCYA 4CEQA 1RNHA 4AHVA 3V9UA 4DQSA 5J2QA 3S3OA 4J2EA 4DQRA 4ICLA 4DSIA 4IDKA 2XY8A 3U3YA 3DMJA 4IKFA 3NBPA 5SZTA 1RTIA 4DU3A 1RDDA 1WSFA 3BDPA 1W0HA 3MXMA 1XI1A 4CJTA 1JL2A 3AO5A 3OVNA 3NGZA 1VRUA 3AO1A 4NCGA 1WSIA 3VN5A 3AA5X 1SUQA 3SQ1A 4CF1A 1X1PA 3OS2A 5HBMA 3KLGA 4HUEA 1TKZA 5DK5A 3NF7A 4PY5A 2G8IA 4N47A 1J53A 1JLFA 2ZQBA 3VQ4A 3VQDA 5KRTA 5SWMA 1U49A 1SL0A 4E7HA 1NKEA 2WOMA 3V9XA 4FW1A 4B9LA 2YNHA 3AA2A 3MXJA 4CE9A 3TAFA 1NJWA 4FJ7A 4DF8A 3TANA 3MAQA 4OLAA 1VSMA 1X9SA 1NKCA 3LP2A 4B8CA 4FJ5A 4DG1A 5HP1A 1TK8A 1JLAA 2XHBA 3OYCA 1QSSA 4W5TA 1VSIA 4DLGA 3F73A 4B9UA 3KD1E 3K5LA 2YKMA 1FKOA 2B4JA 1T7PA 3SV4A 1L5UA 3P5JA 1Y97A 1Q9XA 2D0CA 1KFDA 1YT3A 3SUOA 3TARA 2HNDA 3V9WA 1RT6A 3LPTA 3K57A 3TWHA 1C1BA 2ETJA 4FVMA 1L3UA 1RTJA 3OS1A 2QK9A 2XY7A 3WNHA 4KHNA 2PYJA 3CFOA 3OYAA 1KLNA 3EZ5A 3QEWA 4CEZA 4FXDA 1RT3A 1LWCA 3VQEA 4H4MA 4EP5A 3JSMA 5JS1A 1S9GA 2B6AA 3VQAA 4FLYA 4LSLA 4CERA 3SI6A 4J2DA 3DLKA 1BIUA 4KV8A 2DFHA 5KGWA 4Z4IA 1LAVA 3I0SA 4FLVA 3HO1A 2EX3A 1S6QA 4CJ4A 3LP1A 1A5XA 1XC9A 1HYVA 2HNYA 3S9HA 4F4KA 3OYFA 3U6FA 1IKXA 4C8OA 2FBYA 1Z25A 2HHXA 4CJSA 4FM0A 1I3AA 3ZSXA 4Z4EA 2DY4A 1NK0A 1KVAA 4DFPA 2G8KA 4KI6A 1CZBA 4W5OA 2HHUA 4CFDA 1BQNA 2IS3A 1HJRA 4CHNA 4FLUA 1UA0A 4FYDA 4WE1A 4DLEA 4CGDA 4JS5A 3D0PA 1F21A 4M3YA 4IBNA 2XRIA 4O44A 1NOYA 3TI0A 2OZMA 4DTOA 3M8RA 2YNIA 4M45A 5J1EA 4HUFA 3NH2A 3RMCA 1T03A 1TKDA 3RR8A 4M3XA 3KKRA 3NF9A 1QHTA 4CGFA 2VWKA 3ZT1A 4AILC 3SUNA 1C0MA 4ID1A 1KRPA 3DOKA 5FRNA 1RBVA 4LD0A 2HMIA 5KI6A 1BHLA 4DF4A 3OJUA 1N6QA 1BCOA 4B9VA 1D9FA 1RDCA 4CIEA 3MXIA 4HHTA 3KTQA 2OZSA 1S1UA 2W42A 1JLEA 3B6PA 2F8TA 1D9DA 3HYFA 2P1JA 4ELVA 3K2PA 3QO9A 4FZXC 4FW2A 3K59A 3ZT4A 5KGXA 4NCBA 1BQMA 2DFEA 3FFIA 4RW7A 3G0ZA 3HP6A 2GBZA 4Z4CA 1EXQA 3DOLA 4QAGA 1VSEA 2RPIA 4JRPA 3MEDA 4RW6A 5HRNA 3U3GA 4N56A 4KKOA 4BE0A 4CK2A 3WNEA 4EP4A 3OY9A 2ATQA 3OYEA 2DFFA 3OYIA 1A5VA 3L2VA 4DTPA 3AVHA 3T3FA 1RT2A 2G8WA 1XWLA 2AJQA 4OLBA 1KVCA 3L2RA 2XY5A 4DQQA 2YV0X 4GVMA 3ZT2A 4KRFA 2HHWA 4W5NA 3IRXA 4CCHA 5CZ2A 3LANA 2D0AA 1GOCA 1S9EA 4KPYA 4Z4HA 3AA4A 3KD5E 4Y1DA 3AVGA 3OYDA 3PUFA 4M42A 3QETA 2Y1IA 3NDKA 1L3VA 1JKHA 2FC0A 3NGIA 2G8UA 2HHSA 4CK3A 4CESA 1RDAA 4E89A 5DMRA 1S1XA 2D0BA 3HM9A 3L3UA 4OKJA 3HT3A 4Z0UA 3KK1A 2OPQA 3AVFA 4FM2A 4K8ZA 3ZSQA 1U48A 3H08A 5C42A 1WNSA 4FLZA 3MEGA 1KCFA 4KHQA 3DI6A 3SQ0A 1RTHA 4J2AA 3V4IA 4FK2A 3E01A 1D5AA 3QIPA 1WSHA 1B9FA 4R5PA 2HVHA 3PX4A 4E7IA 3SJJA 4FJMA 3A2FA 3V81A 3QESA 1T05A 4CIGA 4Q0BA 4W5RA 3QEXA 4NCAA 2X6NA 4CJQA 1ZBHA 1IH7A 2KFZA 4DTJA 3OYHA 1QTMA 4AH9A 2F8SA 2Z1HA 4B9MA 1WAFA 3IAYA 3OYBA 1BGXT 3VQBA 4ELUA 4M3UA 1LW0A 4OGEA 3IG1A 4DSEA 4FJ9A 1LV5A 1B92A 3VQ7A 4CFBA 1U45A 4M3TA 3K5MA 4F3OA 4QOZB 5CZ1A 4I2PA 3OYJA 1UWBA 2FBTA 1ASVA 3G10A 3VQPA 5J2MA 1W9HA 3BGRA 1SKWA 1CXQA 1VSJA 1K6YA 4I9QA 3F9KA 4NYFA 4CJLA 5FRMA 3VA3A 3M8PA 3I0RA 4LH5A 1NKBA 4Z4FA 2YHAA 5KRSA 1R0AA 3PO4A 2QKKA 2BANA 4Q5VA 3LAKA 1DTTA 5T7BA 3IS9A 1U4BA 4IFVA 5HRPA 2GUIA 2KQ2A 1O1WA 2FBVA 2OPRA 4KTWA 3VQ9A 5E41A 4OPKA 4UQGA 3OYKA 3SPZA 4DS4A 2F96A 4DU1A 5I3UA 3K5OA 4B3OA 4RW9A 1QSYA 4DQPA 4JS4A 1Z26A 3NE6A 1ITGA 3VQ6A 4OPJA 4HTUA 4FJLA 4KREA 2NUBA 4CEEA 3CFRA 1FK9A 4I2QA 3ZT3A 4CHYA 3TAEA 2OA8A 3HSTB 4CHPA 3CYMA 4OJRA 3KK2A 1ZBFA 2D5RA 3QINA 4CJVA 1J54A 4BDPA 5FDLA 1KSPA 1N5YA 4LH4A 4DFJA 2BGGA 3CG7A 1DTQA 4LY7A 4C8MA 2GV9A 1HRHA 3QEIA 3DYAA 3RRGA 3SQ4A 3KLHA 3TAPA 4N41A 1SV5A 2HHTA 4HCBA 4BWMA 4DMNA 5HROA 3RRHA 1VRTA 1QE1A 3S3NA 4CFCA 3RWUA 4PWDA 2OPSA 1NOZA 2RF2A 3O3GA 1GOAA 3V9SA 4CJRA 1U47A 3SV3A 5CYMA 2Z1GA 2IOCA 3NFAA 3C94A 1SKRA 1NJXA 4M41A 4ZTFA 1X9MA 3NAEA 4AHSA 1TK5A 4KTZA 4CEAA 3C6TA 4M3ZA 3NH0A 1RT1A 4KO0A 1VSKA 1VSDA 1TGOA 2IGIA 2ITGA 5K14A 3O3FA 3SCXA 1C0UA 1S6PA 1RDBA 4DQIA 1C1CA 3MEEA 5EU7A 4XIUA 3ISNC 1G15A 3EY1A 3NCIA 4BWJA 3PX6A 3KJVA 4CJFA 3NF8A 1SL1A 4BACA 1NK5A 4N5SA 4CHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQOA 4H03B 4FJHA 1J9AA 3WEEB 4EHTA 3EE9A 2PYLA 5BRDA 2KTQA 2FSKA 3B6OA 3SNNA 3FE1A 1TVRA 4OO1J 1E4GT 4KHWA 1VQLN 5ADXH 1NJZA 3BEXA 2X74A 3EEQA 3HVTA 3C65A 3H45C 3CQXA 3GG4A 3R8EA 3RMDA 3TR8A 1EP4A 2E4LA 3ZSVA 5AQZA 3BZKA 3J80O 1FXXA 2HB5A 1O13A 5AZJB 3BP8A 1L3SA 4M3WA 1JCGA 4IXCA 4C1NK 3VQCA 4U7BA 3THXA 5FROA 3PLAA 2G8HA 1JLCA 3ZSZA 1NJYA 3AVJA 3ZSOA 4G1QA 2BDPA 3CC4N 3M5RA 4A5AA 3JAMO 2FSNA 1TKTA 1J6ZA 3LDSA 4E7JA 3THWA 3QDKA 1ZBIA 1T8EA 2QKBA 1HPZA 4BRFA 4CI6A 1WN7A 3O1WA 1HYSA 4A59A 3SZ2A 4LFBK 2VG5A 5D3GA 3VF4A 4CZGA 5HLFA 4CJKA 1IKWA 3AVNA 3OBWA 3C95A 4CEDA 3MX2A 2GWKA 1RBSA 3DXKB 5F0XA 2IVPA 1BL3A 2OTLN 3V1OA 1OKJA 3DRPA 4ISGA 1TV6A 3SAHA 3R1XA 4BC2A 4RW4A 1JLGA 3HK2A 2KZMA 3OYGA 3KK3A 1EO1A 4ISFA 2V51B 1D4XA 4TSXA 3QERA 1NNEA 1REVA 1KAYA 4JD2A 3DM2A 4OKEA 3QNNA 4K8XA 3KWIA 5M1OA 1NG9A 3CQ8A 1ZBLA 4X64K 1DEJA 2I5JA 3M8QA 3QEPA 3OBYA 4NXNK 4CJ5A 3PIPL 3C6UA 4CD3A 4K25A 1HNVA 4BGBA 1C6VA 4CFAA 4FJIA 4LF8K 4K43A 4CJEA 4FPBA 2YX6A 1VSHA 3AVCA 3FZLA 3TABA 1JJ2M 5CY4A 3UIQA 2P9SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQO A;  4H03 B;  4FJH A;  1J9A A;  3WEE B;  4EHT A;  3EE9 A;  2PYL A;  5BRD A;  2KTQ A;  2FSK A;  3B6O A;  3SNN A;  3FE1 A;  1TVR A;  4OO1 J;  1E4G T;  4KHW A;  1VQL N;  5ADX H;  1NJZ A;  3BEX A;  2X74 A;  3EEQ A;  3HVT A;  3C65 A;  3H45 C;  3CQX A;  3GG4 A;  3R8E A;  3RMD A;  3TR8 A;  1EP4 A;  2E4L A;  3ZSV A;  5AQZ A;  3BZK A;  3J80 O;  1FXX A;  2HB5 A;  1O13 A;  5AZJ B;  3BP8 A;  1L3S A;  4M3W A;  1JCG A;  4IXC A;  4C1N K;  3VQC A;  4U7B A;  3THX A;  5FRO A;  3PLA A;  2G8H A;  1JLC A;  3ZSZ A;  1NJY A;  3AVJ A;  3ZSO A;  4G1Q A;  2BDP A;  3CC4 N;  3M5R A;  4A5A A;  3JAM O;  2FSN A;  1TKT A;  1J6Z A;  3LDS A;  4E7J A;  3THW A;  3QDK A;  1ZBI A;  1T8E A;  2QKB A;  1HPZ A;  4BRF A;  4CI6 A;  1WN7 A;  3O1W A;  1HYS A;  4A59 A;  3SZ2 A;  4LFB K;  2VG5 A;  5D3G A;  3VF4 A;  4CZG A;  5HLF A;  4CJK A;  1IKW A;  3AVN A;  3OBW A;  3C95 A;  4CED A;  3MX2 A;  2GWK A;  1RBS A;  3DXK B;  5F0X A;  2IVP A;  1BL3 A;  2OTL N;  3V1O A;  1OKJ A;  3DRP A;  4ISG A;  1TV6 A;  3SAH A;  3R1X A;  4BC2 A;  4RW4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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