1VLRA

Crystal structure of mrna decapping enzyme (dcps) from mus musculus at 1.83 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
300
structure length
290
Chain Sequence
PVRLPFSGFRVQKVLRESARDKIIFLHGKVNEGEDAVVILEKTPFQVEHVAQLLTGSPELKLQFSNDIYSTYNLFPPRHLSDIKTTVVYPATEKHLQKYMRQDLRLIRETGDDYRTITLPYLESQSLSIQWVYNILDKDRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILREGQEAILKRYQVTGDRLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAQVIENLECDPKHYQQRTLTFALRTDDPLLQLLQKAQQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords mRNA decapping enzyme
publication title Crystal structure of an Apo mRNA decapping enzyme (DcpS) from Mouse at 1.83 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 80
structure length 290
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1vlrA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1vlrA03
3.30.2240.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain 1vlrA02
3N1SA 4NDHA 3SZQA 3SPLA 5FITA 4EQHA 1XMLA 4EQGA 3N1TA 2Q4HA 4INIA 1HXQA 3OHEA 4NJYA 4NDFA 2FHIA 3SPDA 1ST0A 4ZGLA 3O1CA 4NJXA 1KPAA 4QEBA 4ZKLA 3BL7A 3LB5A 5BV3A 2FITA 5ED3A 1KPBA 3OJ7A 4NDGA 1ZWJA 4EQEA 5I2EA 3O1XA 5RHNA 3ANOA 5IPDA 1GUQA 2EO4A 6RHNA 4NDIA 3BL9A 3IMIA 5I2FA 4NK0A 1Y23A 1GUPA 5IPCA 5IN3A 4QDEA 1KPFA 1RZYA 5EMTA 3O1ZA 1XMMA 5ED6A 1VLRA 3OMFA 5IPBA 2Q4LA 3NRDA 3TW2A 3I4SA 4XBAA 5CS2A 4NJZA 3OXKA 3P0TA 5IPEA 3L7XA 3RHNA 1Z84A 2OIKA 4FITA 3FITA 3I24A 3SP4A 1EMSA 3QGZA 4YKLB 1ST4A 1FHIA 4EGUA 1KPCA 3KSVA 4RHNA 1HXPA 1AV5A 4ZKVA 2H39A 6FITA 3R6FA 4QDVA 1KPEA 4INCA 3O0MA 3WO5A 3BLAA 1FITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BELA 3TMOA 4DGNA 5IQGA 3R9NA 4QTAA 3LLTA 4ZMFA 1ZRZA 2I0EA 4BDDA 2HY81 2J0LA 3FL4A 1F5QA 3GP0A 3N1TA 5EFQA 1OPKA 2XJ0A 5DBXA 5H2UA 3SRVB 3FZSA 4AN9A 2WMSA 1DI9A 1H26A 4APCA 4BI1A 4EC9A 2FUMA 2Z60A 4X2GA 4IZAA 3EYGA 4DYMA 1DM2A 1YXXA 1V0OA 2JAMA 2ZDUA 5HLPA 5AUZA 3UIXA 4CZUA 5B2MA 3AC5A 4OTRA 3CKXA 5BYYA 5EM8A 2VO0A 2WIPA 3IW8A 4QTDA 5ETCA 3PY0A 5KZ0A 3SOCA 3UIBA 1UNGA 2RKUA 2C1AA 2WMVA 4JG6A 3MS9A 3WYYA 4JVGA 5FTOA 4YO6A 3NW5A 2NP8A 2R7BA 2XJ2A 4D4RA 3Q52A 4BDCA 2WO6A 2QKWB 4FKGA 4HGEA 3R63A 4JG7A 3RMFA 3MFTA 3DTWA 1YHWA 3H0YA 1X8BA 3MA3A 3W2PA 4NSTA 3FWQA 4WD5A 5HU9A 3PG3A 3FPMA 5D7VA 3KULB 5HEZA 4EK4A 5HGIA 4UB7A 5J1WA 1I09A 3CP9A 3I4BA 4K1BA 2BDFA 1BL6A 3R01A 4TYHB 3DFCB 3E5AA 5E8TA 3L8PA 4AQKA 4D1ZA 5RHNA 4BIDA 3D15A 1O6KA 5FQDC 5BYLA 4AG8A 4DLJA 2P2HA 3HGKA 3HP2A 3RPVA 3W2SA 2WTDA 4PNKA 5AAEA 4D4YA 3U4WA 4ZZOA 5JK3A 4DA5A 4EKLA 5KZIA 3COHA 4GUBA 4HOKA 5IISA 1MQ4A 2RF9A 3Q60A 4O81A 4C4EA 5M57A 4HCUA 2W1ZA 3QCQA 2CKOA 3PJ2A 2R7CA 4AW2A 3QQJA 4DTBA 5FTGA 4FTCA 3W8LA 1B39A 3OWLA 3ANQA 2CMWA 3OZ6A 4NWMA 1KUTA 4UBAA 2B53A 4JBQA 2OGVA 3ORMA 4UEUA 4IACA 4MD8E 2YWPA 3CLYA 3TDVA 4AE9A 2PUPA 3T8OA 4IVDA 4FKQA 3IS5A 4ANQA 3WBLA 3MB6A 4DG3E 1ND4A 1TVOA 3G2FA 4FKJA 1VJYA 3I5ZA 3TNIA 3DQXA 2XRWA 2CCHA 1NA7A 5HG5A 5FEDA 2YIYA 2WZJA 3MB7A 4J71A 4YTIA 3KRRA 3ODYX 4M97A 4O7TA 2F4JA 4DDIA 2W4OA 4D5KA 2V0DA 4QPSA 4EK3A 2XP2A 3NW6A 4FUYA 2XCKA 3MPTA 1E1VA 1S9IA 3NRMA 4BB4A 5M4IA 3GC7A 5AP3A 5FP6A 3CGOA 4E6DA 3FZOA 3S2PA 4CGAA 4BI0A 3MVMA 2XKFA 1YKRA 5EQYA 3UPXA 2NPQA 1ZZLA 1Q8WA 3P9JA 5L6WL 4GU6A 4IM2A 5KKRB 3OTVA 3NUSA 2Y9QA 1WVXA 2VUWA 3SW4A 4BTMA 3UPZA 3D5VA 2BHHA 3IDPA 3MY1A 3UOKA 4C3FA 3R7VA 3WIKA 1WVYA 5EDQA 5KBQA 5J8IA 4FZDB 5CAQA 1ZXEA 2H6DA 5CAOA 2C6TA 3M1SA 5CSWA 4IJ9A 3SZQA 2C3IB 4N0SA 1HCKA 4F70A 3R8UA 3O8TA 3LCSA 4TY1A 3NAXA 5TF9A 3VWAA 3PVGA 2JC6A 4O0RA 3RZBA 3ZCLA 5L6OA 4FICA 3OOMA 2UW7A 4BKJA 3TZ7A 3SPDA 2BFXA 3AC4A 4ASXA 4CG8A 1LUFA 3ENMA 3F88A 2O2UA 5LVNA 4IWDA 1CM8A 2BIKB 3A4OX 2CNVA 3QRJA 4YGAA 3FYJX 5FG8A 3AT2A 2BKZA 4WOVA 2PU8A 4R3PA 4KNBA 3F9NA 5H8EA 1KPAA 2HIWA 2ZM1A 4F78A 3GBZA 3NLBA 3IQ7A 3BHYA 3BHUA 3QTIA 2C6IA 4E4MA 1Q41A 5CXHA 3RKBA 4YJOA 2XIKA 3QWKA 5K5XA 4FTJA 3NUPA 4QMTA 1GIJA 3BRBA 3WF8A 4EHGA 3PXRA 1G5SA 3EJ1A 4NKAA 4C59A 1IRKA 1I44A 2YCRA 5KO1A 3FLSA 4U81A 1ZOGA 3QKMA 5FEEA 1M2QA 3BWFA 4C35A 4G6OA 3ATTA 4TYGA 4GIIA 3NUNA 5JGAA 1URCA 4NDGA 3LQ5A 2IZSA 5E9EA 2RFNA 2FSMX 5L2IA 3BGZA 4ZTHA 4YZBA 2PZYA 2WPAA 3UDZA 2IO6A 2C3KA 3NYVA 4DFNA 2F7ZE 2WMXA 4G3DA 5A54A 2OWBA 5M07A 4XLVA 1RDQE 3RPSA 4B9DA 2J50A 4YUQA 4MXOA 4J52A 3BL9A 1PXLA 3ZO4A 2YITA 4EOLA 4IAYA 2YIQA 4U44A 4IC7A 4NK0A 5EYCA 2QOLA 2UW9A 2WMRA 4I6LA 3HMNA 5HVKA 4I4FA 4L53A 2PZ5A 3TUBA 2ZB0A 4J7BA 4TWOA 1P4FA 4P5ZA 2BKKA 3PA5A 5LARA 1FOTA 2C6DA 4I5PA 3HAVA 2VN9A 4O0XA 4EK6A 5J1VA 1JPAA 3G6HA 3KXNA 5H3QA 4O2PA 4EJNA 3VO3A 5A4EA 5JFVA 1SVHA 3QHRA 4XV9A 1WBNA 3OY3A 4EOKA 3IOPA 3BWJA 3VHEA 5AM6A 2HZNA 1ZY4A 2JLDA 3PZEA 4J95A 5BVOA 3TZ8A 2ZFYA 4YKLB 5LWNA 1OL2A 4CV8A 3KKVA 4Q2AA 2EB3A 4GCJA 2WTIA 5AUXA 4RJ3A 3E3BX 3D5XA 3E87A 2VTRA 4UZHA 5DRDA 3G51A 4IH8A 1Q4LA 1R0PA 2C5OA 4NFNA 3QYWA 2P2IA 3OTUA 3C0IA 3MN3A 4XYFA 2HZ0A 4ACCA 1OBDA 4BIBA 3PP0A 3P7AA 1PRYA 3U9NA 3KREA 3QYZA 3C0GA 1OKVA 3T3UA 3JY0A 3TT0A 4GIHA 4FZ6A 4V01A 5GNKA 4DT8A 4EJ7A 5KMIA 5HICA 2GCDA 4JS8A 5CEQA 4CFUA 3V8SA 1QPEA 2JBOA 2XIXA 3CGFA 3IDBA 2R0UA 2YISA 2IZRA 3O51A 2VTMA 4F64A 3V5QA 2ITUA 2B1PA 5AP0A 3ROYA 4RLLA 4CMOA 4OTFA 4A9YA 5CLPA 4I23A 3E64A 2VWXA 3FI8A 3GXLA 5CNNA 4BCIA 4IJPA 4E4XA 5AA9A 5HBJA 2UW4A 4YJNA 2XARA 5CX9A 1GJOA 2FGIA 2I7QA 3VS1A 1YOLA 4GS6A 1IEPA 1STCE 2JKOA 3CE3A 4RJ6A 2B7AA 4E4NA 2YCQA 4FSMA 4L7FA 4RIOA 5AFVA 5DN3A 3RK5A 3U9CA 2UV2A 4WSYA 3IPHA 2NO3A 5HE0A 3UJGA 3ZZWA 4DN5A 5KHWA 2W5HA 4MXAA 4XHKB 4YJUA 4DH8A 5K4IA 3UC4A 5KMJA 3KFAA 3EQHA 1OI9A 4ALWA 4ITHA 1DAYA 4GYIA 2JGZA 2Y0AA 3G9NA 3SW7A 1U5RA 4V05A 3VJOA 4FV3A 5E4HA 4AAYA 5GJGA 3MIYA 4AXAA 2F57A 5HIDA 4W8DA 2C6EA 3PY3A 3Q6UA 1KPBA 2QODA 3N4TA 3TNHA 3ORKA 5KMLA 3EQDA 3OCBA 3QGYA 2F49A 5FM3A 5FP5A 5BUIA 2R64A 1GNGA 5JT2A 3LXNA 4RMZA 3VONA 2XMYA 1XBCA 4ZSEA 4AGCA 2CGWA 2YM3A 3RAHA 1Y8YA 4L45A 4ZTMA 1B38A 3ATSA 5F9EA 4OW8A 5FXQA 4X3FC 2UZWE 2YIRA 3FLZA 3NZ0A 4PF4A 5CAUA 5ITAA 2YWVA 4FV9A 4TWCA 3EFJA 4A9SA 2XAOA 1AGWA 2XEZA 1Y57A 2YAAA 2J5FA 2VX3A 4CFVA 4WRSA 3DKFA 2X9FA 3PE1A 4I5MA 4M84A 4MYGA 2WQOA 2JIUA 2C5NA 4GMYA 2BZHB 4YNOA 4EONA 4YO4A 3C4EA 4MXCA 1MRUA 3JUHA 4QDEA 5A4CA 2PUUA 2UVXA 3TM0A 5EMTA 1NVRA 2BRBA 1OL5A 3QQLA 4NJDA 1CKJA 3G0FA 5EHOA 4HZRA 3FZRA 5C9CA 5AP2A 3C4WA 4ERKA 3Q4TA 4J97A 3H4JA 4OT6A 1ZYSA 4Q9ZA 3V5JA 5CU0A 3ZH8A 4ITIA 1NVSA 1J1BA 2UZLA 4FODA 5HKMA 4E4LA 4QP3A 2OKRA 3FZ1A 4FEXA 4DITA 1OKYA 2QU5A 3HEGA 3OCSA 4RVTA 5FD2A 4GVJA 3OXKA 3P0TA 1GAGA 3ANRA 5IPEA 5E8YA 2YN8A 4BCNA 4PY1A 1BKXA 2W1DA 3O7LD 3F5PA 4FIEA 5HBHA 2R2PA 3AQVA 4RHNA 4GEOA 5AUUA 4BCKA 3TV6A 3FLQA 4CFXA 4PUZA 2Y6MA 3FXWA 3AD6A 3I60A 3TNWA 3LM5A 3HP5A 1LP4A 3QAME 2G2IA 4QP6A 2R3QA 4N70A 4XCUA 1PXJA 1O9UA 4FTIA 3U6HA 4B7TA 4HYHA 3SKCA 1YDRE 4CFMA 2G2FA 2JFMA 5M4UA 1QPCA 3PLAE 4K9YA 4YSMA 1MQBA 3RP9A 3KRWA 5AP1A 2RIOA 2ITOA 4FV6A 4IX4A 5E90A 3AGMA 3E8NA 4FKRA 2HXLA 4NKSA 3WYXA 5AAGA 3C5IA 3OW4A 3VJNA 4IAKA 5CF4A 4EQHA 2J6MA 4QMYA 2VTOA 2B4SB 2V5QA 4XUFA 3OCTA 1ZWSA 3K5VA 3W32A 3MDYA 4EHEA 3AC3A 5AV4A 2WU6A 3CBLA 2CJMA 4BCJA 2R3PA 2JKMA 3NNXA 4L3JA 3MY5A 3FXZA 3R8ZA 4AFJA 4AOIA 4KRCA 3EQBA 3QZIA 5D7AA 3O1CA 3HRFA 4C2WA 3MTFA 4AAAA 3QRIA 4BHNA 4KA3A 3RGFA 3HYHA 3FUPA 1BMKA 3L9LA 2Z2WA 5BYZA 5IQFA 5DR6A 4FEUA 3BL7A 1ZYJA 1SNUA 3R21A 3UQGA 3R1YA 2ITPA 5A6NA 3NIEA 3DDPA 3TIYA 5BVFA 2WFYA 3TL8A 4LUDA 4L9IA 3C4CA 2R3RA 3K3IA 4FL1A 1EH4A 5EI2A 5FXSA 3RAIA 3RPOA 2PWLA 3LFBA 1SM2A 2VTPA 4RQVA 4IADA 2WQNA 1E1XA 4F4PA 2OJ9A 5IH4A 3BPRA 1RQQA 2ITQA 3OT3A 3O1XA 2E9UA 2OXDA 3DZQA 5IA3A 4Q5HA 3UZTA 4O7ZA 5ACKA 4KBCA 3VF8A 4M0YA 2WMTA 4XRLA 5DHJA 2YDJA 3EN4A 3LJ2A 2QOOA 4I5HA 2P3GX 4QMUA 3TV7A 3ZDIA 1XH6A 4NDIA 2WQBA 5EW8A 3AC8A 4C62A 4TYJA 3N4UA 5GJDA 5L2WA 4M7IA 4V0GA 2XCHA 2R3LA 3QTUA 4ZTLA 5HG9A 4YBKA 3UNJA 5J95A 2C5XA 3KXMA 4F99A 2WU7A 4QRCA 3UGCA 3OS3A 2JITA 2OI4X 4U8ZA 4A07A 3FMJA 4IHPA 4OLIA 3PUFC 5EH0A 3G9LX 5LVMA 4CNHA 3ML1A 4FKOA 5KMKA 4YLLA 3VS3A 5JGBA 1ZY5A 1U46A 4USDA 5HTCA 4RQKA 4RVLA 5AUYA 5HNGA 4E6CA 2X2KA 3ALNA 4CLJA 4QOXA 3JVSA 4FSYA 3F6XA 1HOWA 1K3AA 1XH7A 3M2WA 3OWKA 3QKKA 4C36A 3RHNA 4Y8DA 3FBVA 3OHTA 2BRMA 2HW6A 3G5DA 3KMUA 2BTRA 3TDWA 4UN0C 4JL9A 1H27A 5D10A 5AMNA 3MH0A 5H9BA 4YTCA 4MX9A 3A99A 3ORIA 1XJDA 3LCOA 1W7HA 2R8FA 4BR3A 1TKIA 2QO2A 3LHJA 4ZSJA 4QTBA 1AV5A 2C6MA 5DE2A 4C34A 4MCVA 5E91A 5BX0A 2I0HA 4YJVA 2V7OA 4JIAA 1PXIA 3SOAA 5BUJA 3FQHA 2QD9A 4RIXA 5IA4A 4IAAA 2FA2A 3O0MA 2GMXA 1DI8A 3HNGA 1OIUA 2FYSA 3BU5A 3P86A 3QRKA 3BYMA 4V0GB 3UP2A 2NNWB 3KN6A 2UZEA 3IG7A 2ITXA 2PTKA 1GZOA 4JQEA 3AOXA 2NRYA 2P55A 4FV5A 4CQEA 3SPLA 4X7QA 3EFWA 4RX7A 5B2LA 3IOKA 3BYVA 4ZS4A 3OXZA 2ONLA 1ATPE 1W84A 3FMMA 5LCKA 4AW1A 3LMHA 2I40A 1W98A 4JMQA 4ENYA 4EH2A 2YCSA 2YZAA 3QQKA 3BGQA 3DT1A 3IGOA 3GCPA 4YSJA 3V04A 4IB0A 4KABA 3UVRA 4C4HA 3DJ7A 4XG8A 4KIQA 4IBMA 3THBA 3UMXA 3D7TB 4W4VA 1ZYCA 3B8QA 1PMEA 2QOFA 4NJXA 3KGAA 3LMIA 4PTCA 4BDBA 5M55A 2BZKB 3Q2MA 5F94A 1OKZA 4JBPA 5IA0A 2R3KA 1G3NA 4D9UA 3UIUA 2WTKB 5L2TA 1BI8A 4TWNA 2GSFA 4RC3A 2YM7A 5DR2A 3ZUUA 4DFXE 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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