1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
4WFBL 1N8RO 2OTJN 1Q82O 4UY8O 3CCUN 3CC2N 1VQ7N 3CD6N 4WFAL 2QA4N 3I55N 1VQ8N 1VQKN 5JVHL 5GAEP 5GAGP 5DM7L 1KD1O 2ZJPL 3CPWM 1VQON 1K73O 3CF5L 4WF9L 3CCSN 3G71N 3DLLL 1YIJN 1YJWN 2OTLN 3J7ZO 2ZJRL 3CC7N 3G4SN 3CCEN 3CMAN 1VQNN 1VQ4N 3OW2M 1M1KO 1Q81O 3G6EN 3CCRN 1YJ9N 4IO9L 3CC4N 1KQSM 3I56N 1KC8O 1VQMN 1JJ2M 3CCMN 5JVGL 1M90O 2QEXN 1VQLN 5GAHP 4WFNL 4U67L 1VQ5N 1OVYA 1YITN 5DM6L 5H1SQ 1YI2N 1QVGM 1Q7YO 1K9MO 3CCLN 3CCVN 4WCEL 4IOCL 1K8AO 3CXCM 2ZJQL 1ILYA 1VQ9N 1VQPN 3CMEN 3PIPL 3PIOL 5HL7L 1W2BM 1QVFM 5MLCQ 1Q86O 1S72N 3CCJN 1VQ6N 1YJNN 1NJIO 5GADP 4IOAL 1YHQN 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFBL 3VMFB 3ZX0A 1RT5A 4DSKA 5EVZA 2W6KA 4CJKA 1FKPA 1Q82O 4AHCA 3AVJA 4CF1A 3HSCA 1NGGA 2QKBA 4GKKK 1L5UA 3DJCA 5ELZA 2YI1A 4BDPA 3LAMA 3NH1A 1NMNA 4CJLA 1KD1O 1KAYA 2ZJPL 3HZ6A 3C0BA 3CPWM 4B1XB 3EZWA 3M1FA 1NK6A 3CIPA 4I9LA 3PY8A 4DV0K 4WF9L 4CZMA 1T03A 1XHXA 4DQPA 2Y1JA 4ILJA 5J2QA 3VENA 1CZAN 3CQ8A 1N5YA 4PWDA 3RSEA 2GEMA 1VSDA 4CFBA 3OW2M 4PY5A 1MU2A 3VEZA 4BG9A 3H45C 3VF2A 3RMCA 1HYSA 2V7ZA 3F9MA 4Z94A 3NBPA 3WEEB 2ZGYA 4KKOA 2P9LB 4H0OA 3EN9A 2A42A 3LL3A 4M3YA 2G8HA 1EKEA 3HVTA 4KHNA 1JKHA 1WSGA 5B8HA 1SV5A 4FLZA 5FPNA 1YITN 4KRFA 1MA9B 5KRTA 1XC3A 3N4QA 3CFRA 1EWRA 1T6CA 5CZ1A 4O55A 3FLCO 3A5NC 3GDQA 4M7YA 4FYDA 3AA3A 1TGOA 4X66K 3ALYA 4EIAA 4NYFA 3VF4A 1FXXA 2OZMA 4YOTA 3L6QA 5JLFA 3NGZA 5GIPA 2O8CB 2YHXA 1IG8A 2DFFA 3LP3A 4FLTA 4F3TA 3SJJA 4M3XA 3SJHA 3M5RA 3MEDA 3WXIA 3TANA 2F9TA 3TSPA 2PYLA 2PAVA 4CF9A 4KAZA 4JI8K 3NDKA 2G8VA 3RR7A 1RDDA 3DLKA 4BY9C 4O4GA 1IBMK 3T69A 3V6DA 1ATSA 4BACA 4JHDA 4GVMA 3SLCA 3CJBA 1NU0A 3VGMA 4JYAK 2P9KA 2XY7A 4CW7B 1BHLA 3LDPA 4NCAA 3JXUA 3OYNA 4LSLA 3RVCA 4JKGB 4FK0A 5GAGP 2DFEA 5EX5A 1HNXK 1BI4B 4ILGB 2FBTA 1BG3A 2FXUA 1YJWN 1TAQA 1WB9A 4FWMA 4DR3K 4LFAK 4QS8A 4QS7A 1OVQA 3F5TA 2E5LK 1BUPA 3L4QA 4CBUA 5KPRA 1VRUA 4IJNA 4CZIA 4B9TA 5AZIA 3I8DA 1J5OA 3FR0A 1YJ9N 4PQUA 2O8EB 3O4QA 3I56N 3L2QA 5E26A 4DV6K 4CZKA 5BRHA 3CYMA 5TKYA 2E1YA 2P9UB 5J2MA 4MFBA 4I6MA 4FJKA 4BDZA 3MEEA 4FWNA 4Z0UA 4AM7A 1RILA 1X1PA 3U3GA 4A2AA 1IBKK 4B8AB 3T1HK 3QMLA 1BISA 2GWKA 1IKVA 3DXKA 5M1OA 5LY3A 4O44A 4YOUA 1NK8A 2OANA 3CXCM 4LF7K 3VEVA 3ZEUB 1WNSA 1MWMA 1VSJA 4I2PA 3ZSOA 3AVGA 3CMEN 3MN9A 2HSTA 3KJVA 4F3OA 1RDBA 4QCLA 5ADXA 4DQQA 3AV9A 1N32K 3QBXA 3KK3A 4NLBA 3CCJN 2NRHA 4YDUC 4BRDA 1RDWX 3PO5A 1S5JA 1HNWK 3MECA 3THXB 4FSVA 2YHYA 2HW3A 3A2FA 3C7NA 5C2FA 4N56A 4CVNE 3FZFA 4C8KA 3SUQA 5AQWA 3Q7BA 5AQQA 3V9ZA 5J2NA 4BR7A 1C0TA 3I33A 3KLHA 1KRPA 2QKKA 3O9UA 2JGUA 4DUYK 2HMPA 1REVA 2YHWA 4A2BA 2NRTA 2P9NA 4IEEA 3V1OA 4JS4A 5AQIA 4ISEA 1L3TA 1K73O 4O0JA 3HPGA 1Z26A 3J7ZO 2QWMA 3J7YP 3G4SN 3MXMA 3NH0A 1X9WA 2Z1JA 1NOZA 4BVPA 4ID1A 3O9SA 4B1ZA 2YJFA 1T44A 4N76A 4N41A 3VEYA 5C25A 1RBVA 2FC0A 1ZBIA 4EFHA 1ZBLA 2BDPA 4ICLA 3C6TA 2E6MA 1WBBA 1NWKA 2ZWHA 3LP1A 3R9PA 4KI4A 4DU3A 2GUPA 2HNYA 1KVCA 4M41A 3P31A 4BWMA 4BR5A 4BRCA 4Q0BA 3ENOA 3PLAA 4NCBA 2D4WA 1B9DA 3VEWA 4W5NA 3WXLA 2BGGA 4KTWA 1Q8IA 3CCLN 1X9SA 3C6HA 1IO2A 2ASPA 2Z1IA 3EE8A 3VQDA 3OS2A 1RT1A 3NAEA 3KLIA 4W5TA 4A57A 4KB1A 3QFPA 2O8BA 2XY6A 1IG9A 1TAUA 4JKCA 3U6FA 1S1XA 3SV4A 2KQ2A 2FBYA 2YKNA 3RMDA 3MCPA 3O4WA 5LL6Z 2VWJA 1S72N 4DTOA 4RW9A 3TTCA 1VQ6N 3K5LA 3BEXA 4DTSA 3SMSA 1XC9A 4FZZA 3UKRB 3DLGA 2VWKA 2F4VK 4B1VA 4A61A 3D0PA 4BQLA 3ZX2A 3OYJA 4IFYA 3LP2A 1JLAA 2WOMA 2HHUA 3CJCA 4BE1A 4NYNA 4AH9A 1RBRA 4IG3A 4NXMK 3PSIA 3CJ9A 3VQAA 3SBGA 3OYGA 2FF6A 1J53A 4FWOA 2P9SB 1B9FA 4DU4A 4NCGA 4CE9A 5M1FA 4EHTA 5HOOA 1HRHA 4KHYA 2KLAA 2HNZA 4CI6A 1JL2A 4MQ3A 3KD1E 1HPZA 2AP1A 4CJUA 5J1EA 1C1BA 3CCSN 3JS6A 3GBTA 4OGEA 4DV1K 2XHBA 3KTQA 1SQKA 4CJ7A 4OLBA 3MWTA 1HQEA 4GKJK 4H5VA 3KZBA 1Z05A 3UIQA 3OYFA 5I42A 4PA1A 2AJQA 1Q18A 1LWFA 4JKEA 3MXJA 4BVOA 1BDGA 1BA0A 1VSMA 4K25A 3HJFA 4H5TA 4BRLA 5CYMA 2QK9A 4CD1A 3QEPA 3J7AP 2O8FA 4TSXA 4Z4HA 5JVGL 3KK7A 1Z25A 2YNIA 4CEDA 4F2RA 3P1GA 1NK9A 4CEAA 3ENHA 1XI1A 5BR9A 4BRIA 1EQYA 1GLAG 3GL1A 4CEFA 4CJ4A 3ZT1A 3L3VA 2GTDA 5AQKA 1L3VA 4RG8A 3T1YK 4JI2K 4LSNA 2PZSA 3TAMA 3KLFA 3THYB 5D3GA 3C6AA 3OJUA 3O9RA 3ULEB 4F2SA 3J81O 3QDKA 2P9PB 1HJRA 1OH8A 4KHPK 4JI6K 1ASWA 2Q2RA 3VQCA 4CK3A 3JSMA 2P9IB 1LW2A 4DMNA 3THWA 1S1WA 3PV8A 3KVGA 1BCMA 2VGMA 3SNNA 3CHWA 2HBJA 3LDNA 5I3UA 5IWAK 3CCQN 3PX0A 1LWEA 3R8EA 4W5QA 2OPPA 4H4MA 4CZEA 2YJEA 1HQUA 3LALA 3OBYA 4KFBA 2OTJN 4HCBA 1DLOA 4PL7A 1LOTB 3HYFA 4KH6A 3O8MA 1SL2A 3NF9A 3FZHA 3OYIA 3H6EA 3ZETA 4B3RK 1E4GT 1BA1A 3TI0A 2XY5A 4O8KA 3ZSQA 4HUGA 2QWQA 3ATVA 1C1CA 3VEOA 4JI3K 1T8EA 3G71N 3LZJA 3VN5A 3QEXA 3O3FA 1WSFA 1NG9A 1WUAA 2I5JA 3NHGA 1KXPA 5BN8A 1N36K 4FM0A 2HHWA 1YVNA 3IS9A 5HBMA 3RSEB 4CHPA 5EU7A 4R5PA 4FWKA 3V9SA 2FF3B 1H1VA 5KGXA 3TR8A 1HR0K 2Q31A 4CGGA 1KC8O 3R6MA 3OHRA 1F21A 3ULDA 4DR2K 4DU1A 3ZLJA 2OPSA 3OYBA 4PKIA 4A5BA 1YTUA 1OVYA 5LJVA 1YUWA 2NRXA 4CIGA 2Z1GA 5HRRA 3S3OA 1D9FA 2G8UA 3CCVN 3RTVA 3TAQA 3S41A 2PFUA 4FM1A 5C2DA 1YF5L 4JD2A 3MCAB 4FLYA 1NGDA 1HPMA 4DV3K 2E2PA 2QI2A 4CZLA 2QWPA 4FOIA 1RDUA 1TVRA 1YT3A 3SQ4A 1IJJA 5KPZA 3SMPA 4W5RA 2PBDA 1K8KB 1MDUB 3ZT3A 2G8FA 3WXJA 2WONA 3VQQA 1B92A 4IXCA 3MN5A 4JI4K 4DUZK 3PX4A 3HPHA 3ISNC 2EX3A 1RTJA 2F9WA 2E2OA 2QWOA 2UXDK 4YFUA 1UA0A 2CGLA 1ZBHA 1SL0A 3KHYA 5FPDA 3MAQA 4WYBA 5F1XA 3OYAA 1FJGK 4XH4A 4BRAA 3D2EB 3DRSA 4I2QA 1DGKN 1A5XA 4E0DA 1RDCA 3FFIA 4FO0A 5LMUK 4CEEA 3K0SA 3VA3A 1XHZA 3CI5A 1VSFA 1U6ZA 1W0HA 4FJHA 3AA5X 3LDLA 2JWLA 1HUXA 2VQEK 2XO7A 3OJSA 3MX5A 4HUEA 4XIUA 2IGIA 5KTQA 4ELUA 1ATNA 2PYJA 1VQNN 2NRZA 1VQ4N 4IDHA 1RDAA 4C8LA 3G6EN 4KI6A 4FJ9A 2YNHA 4WE1A 1QHAA 3O1WA 3NF7A 4KHQA 3AVHA 2YKMA 3LPUA 4A59A 3CCMN 3DOLA 3KWIA 4KTQA 4GV3A 3O80A 4AHRA 2AA4A 1ZXOA 3E9LA 4FPAA 1ASUA 3ZSZA 4B3TK 3E01A 4PUOA 3WNFA 4B3OA 4RW6A 3VQBA 4LH5A 3SAHA 3NGIA 1JXEA 1T05A 2WBNA 4B9QA 2IAJA 3F9KA 5JLHA 4H5WA 4BREA 4KHSA 5CR4A 3KIOA 4RCHA 4CHYA 4JN4A 2QWRA 2KHOA 2ZF5O 5AQUA 4H8KA 4FWLA 1LWCA 3EKUA 3H1QA 2LSNA 1XNRK 3J80O 3QIOA 3ASMA 4NB4A 4BWJA 3PX6A 1NKCA 4L8RB 4ELTA 4IJAA 3V4IA 1GLCG 1I39A 1QTMA 4FJXA 1C1AA 3HBTA 4PKHA 3OYLA 3NF6A 4CJVA 1NOYA 3C7NB 1VRTA 4JI7K 3OYDA 5FROA 4CBWA 1UAXA 4CJ3A 5CY4A 4FLVA 4G1QA 2Q0UA 1NGEA 3KWGA 5AQPA 1QSYA 1HYVA 1IKYA 4IFVA 2A1SA 2IVPA 3P5JA 4ISGA 2P9NB 3DLLL 2XRIA 1ZC6A 4LH4A 3LDSA 4DSIA 4FK2A 4RWTA 4E3SA 3TTFA 4CFAA 3T7ZA 5C10A 4F8RA 1NJWA 5SWMA 3I8BA 1JLFA 4JRQA 3T3FA 2W42A 2UUCK 5ADXH 3BGRA 5EXWA 4CHOA 1W9HA 3VTIA 3FZKA 3VERA 4CZJA 3FZMA 3AARA 1NGAA 3EL2A 4LF8K 3U9ZA 4B9LA 1W97L 3IG1A 4ID5A 3O5BA 3QBWA 3VTHA 5C15A 5H1SQ 2F8TA 4YDUA 4BRNA 5HROA 3QLHA 4FJIA 3MX2A 3ZT4A 1BO5O 5JS2A 4NLCA 1R59O 1RT7A 3DXMA 4L3QA 2IDOA 2OPRA 3TPQA 5CE3A 3SV3A 3OTOK 2YNGA 1YTAA 3K59A 4GV9A 3PIPL 1RBUA 3LWMA 4H0VB 4CJTA 1QQNA 2RE2A 3AA4A 2X6NA 1QVFM 3RMBA 4IG0A 3NE6A 2RN2A 1U4BA 2BANA 1HLUA 3G25A 1HMVA 2HF3A 3WNGA 4BROA 3SUNA 4Z4CA 5KQDA 4CBXA 1U48A 2A40A 4R79A 4DTMA 3QINA 1WSEA 4C23A 1YHQN 1WAFA 3BY5A 4IFEA 2WC9A 3QNOA 3DYAA 4M63C 4CEQA 2RKIA 5AQZA 4E7IA 1VSKA 1GLBG 1WOQA 3SQ1A 2ZGZA 2Q1NA 2V52B 1KCFA 3V9WA 1TL3A 2IVNA 1DTTA 4J2BA 2YNFA 4WFAL 3SAFA 3TU5A 1VQ8N 3WEEA 5BRFA 4MO5A 4ILHA 4XH1A 1MWKA 1O1WA 1XQSC 2HMIA 1IBLK 4BC2A 4B9UA 2H3GX 3CG7A 4H4OA 4PL8A 5BPMA 2FSJA 5F2RA 1SKRA 4CK2A 2EHGA 4KBOA 3ZYYX 3SI6A 4B3SK 1EETA 3CJ7A 1M1KO 1KFDA 4DTRA 4JI0K 3HT3A 3L2VA 4O8UA 3IDHA 2WTUA 4BQZA 4DR1K 4CIEA 4IO9L 4DSFA 3DLBA 1XNQK 1WBDA 4OKJA 1RT4A 1VK0A 3MK6A 2Q3SA 3L2RA 3DLHA 4DFJA 4Z4EA 4BGAA 3NH2A 4B9NA 3PUFA 4H0XB 2QXLA 3VQEA 3ZSXA 4DTPA 4AHVA 1HNZK 4DR6K 3DOKA 1QVGM 1ZBSA 5IT9O 3ENBA 1RT2A 2IIRA 1QQOA 3G10A 4J2EA 4UQGA 4HCCA 2R7YA 4CF2A 1VQ9N 4QAGA 2D0OA 3TSQA 5I9EB 4OVLA 2HHSA 4OKKA 2GWJA 1JXBA 2ASOA 3M8PA 3DLEA 2HBMA 3RRHA 2E4LA 4JKGA 4IKFA 4EZ9A 5KI6A 4Y0WA 1Q86O 1BCOA 4WQ5A 1NGCA 3KKSA 1BI4A 4YORA 1I3AA 3OY9A 1QSSA 4CFDA 3THWB 4FJMA 2NNWA 4M3RA 5T7BA 4DTJA 2VG5A 4FZYA 3HRGA 3SCXA 1TYQA 4H5NA 3AVLA 2E88A 3DI6A 1J9AA 3CPEA 4B1UB 2UXBK 3E9OA 3OA9A 4CCHA 1Z6RA 2DTUA 4JKBA 1ZBFA 1NK0A 4CEBA 5JVHL 4FWQA 3V81A 4EP5A 4GV6A 5DM7L 1NGIA 4KB0A 3M8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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