1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
3CF5L 1YITN 1M1KO 1VQ6N 1YIJN 3I55N 1KD1O 4WFNL 1QVGM 5DM7L 1VQKN 1VQ9N 5MLCQ 4WFBL 1ILYA 4IOAL 3J7ZO 1KC8O 3CD6N 4U67L 5GAHP 1Q86O 3CCEN 5DM6L 3CPWM 3CCVN 1S72N 3DLLL 1VQPN 5JVHL 1YHQN 3G71N 3CCJN 5HL7L 3CC2N 1VQLN 1VQNN 3CCQN 3CCLN 4WFAL 3G6EN 1VQON 1M90O 5GADP 1KQSM 4IOCL 1VQ5N 3CCRN 3PIOL 2ZJRL 1W2BM 4IO9L 1K73O 1QVFM 5H1SQ 5GAGP 1K9MO 3OW2M 1YJWN 3CCMN 2QEXN 2ZJQL 2OTLN 1YJNN 3CC4N 1VQ4N 1YJ9N 4WF9L 4WCEL 4UY8O 3G4SN 1VQ8N 5GAEP 3CCUN 2OTJN 1VQMN 3I56N 1Q7YO 1Q82O 3CCSN 3PIPL 3CXCM 5JVGL 1VQ7N 1OVYA 3CMAN 1YI2N 1K8AO 2ZJPL 1JJ2M 1NJIO 2QA4N 3CC7N 1Q81O 1N8RO 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0SA 4CEOA 1RDAA 3AVCA 3LP3A 3KZBA 1LW0A 3ALYA 1QVGM 1F21A 4CJ7A 3WT0A 3IKMA 1CZAN 2YNIA 4BQLA 2IOCA 3IMXA 2OA8A 2P9UA 4LC9B 3VQBA 2KTQA 3CD6N 4M3UA 3QIPA 1Q86O 2VCPA 4CECA 2G8WA 1TKXA 1KAZA 4N47A 1S1VA 3DLLL 4GV6A 3TTDA 1SL0A 1S9GA 5JVHL 3G71N 4BC5A 3CC2N 1Z26A 4BVOA 3QEIA 4CZLA 5SZTA 1XMOK 4H03B 3AA5X 2HNYA 3QMLA 3RMAA 1Y64A 3LDQA 2YKMA 3DRPA 2HVHA 4B1WB 5K14A 4BRLA 3R8EA 4CEZA 4KHPK 5HROA 4XH1A 2E2NA 3THYB 4Z0UA 1D4XA 4GKKK 4PA1A 5AR0A 1NKEA 3JXUA 3PO4A 1XNRK 3I33A 1N34K 4C1NK 3ZETB 3V1RA 3QFUA 3P5JA 4HUEA 3DXKB 4BWJA 1UA1A 4X64K 1EWRA 1NGGA 3ZEUB 3AVBA 1XUPO 1N32K 4BY9C 4JD2A 3THVA 1YJNN 3VQAA 2BUPA 3T69A 4E7KA 3V9XA 2VQFK 3KTQA 4CEBA 5AQQA 3DMJA 4KTQA 3I8DA 4CEAA 2Z1JA 4DV1K 3OS0A 1KFSA 3LANA 1YAGA 4DR3K 3D2FA 3CJ7A 3SUPA 1RDBA 5LMNK 4Z94A 1TK8A 4JKCA 1B9FA 2A1RA 2O8FA 2PBDA 3EE8A 3UKRA 4L3QA 3BZCA 4A59A 1O1WA 3T3FA 3S3MA 1HRHA 1YF5L 2HHWA 1K8AO 1A5WA 4ZTJA 3KK1A 1ATSA 2D4WA 3L4IA 4Z4IA 1NK8A 1L5UA 2XY8A 4TSXA 5HRRA 4IFEA 1X1PA 2XY5A 5AQSA 3IS9A 1T7PA 4KHWA 3E66A 4FJXA 3G0ZA 3DWLA 2CGLA 4IOAL 3WEEB 2O8EB 4JYAK 4M3WA 2HBJA 5I42A 5AFUH 2HHUA 4BR2A 5J2MA 1NWKA 3HBTA 3A5OC 2E20A 4W5OA 2XY7A 4CJSA 4FJGA 2VG6A 3QETA 2UUBK 4IOXA 1XMQK 4FWNA 4DSEA 4CIGA 4CD3A 3VEVA 4FCYA 5CYMA 2O8BA 2HHTA 3HL8A 3SBGA 4GW6A 3GOIA 2F9WA 3VQ5A 3LL3A 1CLQA 1BCOA 3BGRA 3LWMA 2F7TA 4CZKA 2P9UB 1WUAA 4FVUA 4M7XA 1MWMA 1JL1A 1K9MO 2ATQA 4DSFA 4KFBA 3TAEA 4DFPA 5AQTA 3CQXA 3O4NA 5C24A 5AQFA 1MWKA 1I94K 1NU0A 1NGCA 1EKEA 3MN9A 2E1YA 4CJPA 3A2FA 3IG1A 5FRNA 1QHAA 1Q18A 3OYBA 1T8EA 5C25A 2DY4A 2V7YA 3FE1A 2WUSA 3SV3A 1IG8A 3L0QA 1TVRA 4M3RA 2QWMA 3SJHA 2FC0A 3ENHA 3HP9A 2BDPA 2UXBK 1JLEA 2KLAA 4E3SA 1N5YA 2E2PA 2E88A 5KRSA 4J2AA 4GKJK 2D0PA 4BRMA 5D3GA 1ATRA 3RSEA 3AO1A 3WQTA 4HUFA 4JD2B 2GV9A 3KKSA 1V4TA 2FSKA 4JKDA 4BGBA 2H3GX 1GLCG 1QE1A 1S1TA 1XQSC 3L2QA 5EX5A 4E7IA 5FDLA 1NGDA 1SV5A 3LDPA 3LAKA 3TI0A 1YVNA 4B1XB 1EQYA 2YJFA 3D2FB 3LDSA 3ZT3A 2RKIA 5CZ1A 2O8FB 1NOZA 2P9PA 3UKRB 2QWNA 1NK4A 3KHYA 4Z4CA 2JWKA 4M3TA 1QQOA 4MLEA 4CHNA 1ATNA 3FR0A 3L2RA 2F9TA 2WFBA 3PO5A 4BR5A 4F3OA 3CJCA 4W5RA 1NJWA 1RTIA 1BOTO 3H6EA 3HTVA 4DFJA 4M3YA 3R1XA 1WAFA 3CCLN 5FLXO 1VQON 3VQQA 2P5GA 1VSMA 5BPNA 4QAGA 3AV9A 5M1NA 3CJAA 1HNVA 4MDAA 4CBWA 4JS5A 3KLIA 1XHXA 3OS2A 4BDZA 4FOEA 1K6YA 5A2QO 3TAFA 2FSJA 1DT9A 4EZ6A 3MWTA 4YOTA 2E5LK 2KQ2A 1LAWA 1FW6A 3PY8A 4GV3A 3V81A 2O8BB 2Q0RA 1YTUA 2VYPA 3VERA 4BRPA 5E41A 3VA3A 1NMNA 1YVUA 2E6LA 2BTFA 3NGYA 4A57A 4B9QA 1IKYA 1KLNA 2HMIA 4YFUA 1RBSA 2OPQA 4CJQA 2QTDA 4JI1K 3DLKA 3K59A 3AVHA 3LZIA 2WC9A 3NF6A 4Z4FA 3CMAN 4AHTA 2XHBA 4NCBA 3U4LA 4IJNA 1Q81O 2X6SA 1WBBA 2HNZA 4H5RA 3VQPA 4DMNA 2HOEA 3FLCO 1HQUA 1HKGA 5AQNA 1E4FT 3RR8A 5AQGA 4O5BA 4DS4A 1LWFA 1TK5A 3EZ5A 4C8NA 2NRVA 1NOYA 3RSEB 4K8ZA 4JHDA 1HJOA 3DLEA 3CQYA 2ITMA 4XEIA 3BUZB 2NLXA 5KQ8A 1VRTA 3TTFA 3NVMA 3CERA 3DXMA 1SZ2A 3J80O 4BDPA 3THXA 3MN5A 2KFNA 4X62K 3L4QA 4I9QA 5M1QA 5FPNA 5M1FA 1IV0A 4CF0A 3AAPA 3ZX2A 4O8UA 4YORA 2RF2A 1WNSA 3AGRA 3M8PA 4Z4HA 3CJ9A 2GEMA 2P9PB 2VWKA 1KVAA 4B1ZA 3MX2A 3ATVA 4JI6K 3V1QA 1BA1A 4W5QA 4JK8A 5C42A 3K5NA 3V9WA 4FJ7A 4LFCK 4GY2B 1VSFA 4HTLA 4CJTA 5F1XA 4CK2A 3SMPA 3CETA 4F9OA 4C1NI 2Y1JA 2Z1HA 4WF9L 5IT9O 1RFQA 2OPRA 3HO1A 2O8CA 5FRMA 5AZJA 3KLGA 3PLAA 5HLFA 3O6WA 3VTIA 1GLDG 4FJ5A 4WQ5C 2E2OA 3PUFA 3PIPL 1SL2A 3VETA 1WN7A 1VQ7N 4EFHA 1OVYA 2GELA 3HPOA 4FM0A 1V4SA 2CGKA 1QSLA 2UYTA 4IKFA 1ZYQA 3AVLA 4DS5A 4G9ZA 3M3ZA 1WAJA 3HRGA 1LW2A 4FJMA 1NGBA 4MLHA 4LF7K 3SQ2A 3ZCMA 4DSKA 4JKFA 4WFNL 3HM9A 4FJ9A 1NK0A 1ASVA 2HF3A 4FLTA 4PKGA 3CFPA 2GUPA 3QIOA 4FLZA 1HX1A 1RBRA 1IG9A 4DV2K 3NHGA 3LP0A 3KWIA 3NAEA 4U67L 3M8QA 4JN4A 3ENBA 1RT2A 1NJZA 3AO3A 1WB9A 1C1BA 4FJLA 2IVOA 2R7YA 1NGJA 4J2BA 5SWMA 3B8AX 3DRSA 2P9IA 3T7ZA 4OPHA 1HKBA 4JKBA 1WLJA 2Z1GA 4PY5A 1IJJA 4BRAA 2NRZA 4M45A 3G6EN 4FVMA 4H5TA 1M90O 4JI2K 1QZ6A 3O5BA 3OJUA 4AHUA 1TL3A 4YDUC 4JNEA 5BPMA 3CCRN 1ZXOA 5CZ2A 3O9QA 1SAZA 4WQ4A 5FPMA 2E2QA 4JHDB 3CFOA 3NH0A 1TV6A 1RDWX 5J2PA 2HHXA 4KTZA 4A62A 3KWGA 4CHQA 4W5NA 4LFBK 4H0PA 3DXMB 2YHBA 2ZJQL 3THXB 1HYSA 3AVMA 3NF8A 4DV7K 3K2PA 1VSDA 3DOLA 3WNGA 4BRCA 1SUQA 4IG0A 3CYMA 2EHGA 4EZ9A 1QS4A 1QQMA 4RG8A 1SKSA 5ELZA 2DFFA 2BANA 3P1GA 3CCSN 5BRDA 4HTUA 1BQMA 4CZEA 4N56A 4MO5A 2NRWA 5AQVA 1J5EK 2WONA 2IS3A 1D9FA 4KBOA 1X3MA 1NJIO 1TAQA 4ISFA 1L3TA 1VSHA 4ICLA 3CF5L 2XY6A 1P8ZA 1REVA 1NJYA 2ETJA 4JKEA 3SPYA 2DFEA 2W6KA 4FWSA 4DTMA 2O8CB 5AZJB 4M41A 1SKRA 4C8OA 2NUBA 2I7NA 4M3XA 1J5OA 4H0XB 5BRHA 3HOSA 3UKUA 4FK4A 1RT3A 3KLFA 1HKCA 1GLFO 1NGAA 3AVFA 2KZZA 3L3UA 3HZ6A 2ZD1A 4RW4A 1C0FA 4K42A 2HHSA 4O0JA 2B6AA 3EE9A 4DTPA 4KAZA 5BPLA 3SK3A 2BE2A 4A5AA 4CFBA 3NH2A 3RVCA 3HT3A 4B9NA 1VK0A 4OPAA 4CZIA 2HB5A 3IFRA 1HR0K 4IWVA 4GNIA 4KHQA 3NGIA 3K5OA 4CF8A 1HLUA 4EHTA 1NKCA 4CEQA 1U6ZA 4PKHA 1D9DA 1MA9B 3M1FA 4E7JA 2P9IB 3KIOA 4BRHA 2Q3SA 4DV3K 1IBLK 3VQ6A 3PSFA 2OPSA 4ELUA 3SQ1A 2OYQA 3SAGA 1WSJA 3THWA 2VG5A 3SZ2A 4PQUA 4CZMA 1TUYA 4RTFD 3SUOA 3ZX0A 3HYFA 3ID6A 1NK5A 4RWTA 1JLAA 5LY3A 1T44A 2NRHA 3NDKA 2BH1A 1Q82O 1P90A 4FZYA 1U04A 5AJ3K 5BN8A 3V6DA 4DKWA 3JYTA 3DOKA 1XC3A 1BIZA 2JWLA 2QWQA 4DR7K 2E6MA 1C1CA 2W42A 2QWOA 3SYZA 4OGCA 3VGKA 4PWDA 2ITGA 1TGOA 2NRTA 1YITN 1IO2A 4BRDA 5AQJA 5C0YA 5DM7L 2PAVA 3ITHA 2FBXA 2G8FA 3J7ZO 4OLBA 2HBMA 3VF2A 3CG7A 4DFKA 2BGGA 2QKBA 3P4IA 3E9OA 3L2UA 1ZBIA 2HBLA 2NRRA 3EEQA 4OX9K 2VWBA 1S3XA 3DAWA 4JKAA 1X9SA 2IAJA 1RDUA 3ZT1A 2FBVA 4CHZA 4BR4A 3OYFA 1XHZA 3WXKA 2O4IA 3V9SA 4DTUA 4XH4A 1RDDA 2RHKA 2G8KA 4NB4A 1BO5O 3JAMO 3V9ZA 1W2BM 4IO9L 1D8YA 3F2KA 4KH5A 3WNHA 1B92A 3WNFA 3D0PA 3UKUB 3VQ9A 3HI0A 4JI4K 4CJEA 1KAXA 3EL2A 1FKPA 3OVNA 3QLHA 4CFAA 2DTUA 1J9AA 4LH4A 1O13A 2X6NA 3NVKA 3E9LA 4NYFA 4YOWA 1X9WA 4B3TK 5KPZA 1BIUA 1X9MA 1LV5A 2UUAK 1TKDA 2CH6A 5C2DA 3KLEA 3LDOA 4B1VA 1NG9A 4F4KA 4OVLA 4PL8A 4PHTX 3V1OA 3ZT0A 4AH9A 4BE1A 3W0LA 1QZ5A 3CCUN 2YJEA 5CHIA 1VQMN 3EYZA 4JRPA 4JK7A 3SI6A 4O0IA 1LWCA 4IFVA 3BDPA 1I39A 1WOQA 2OCEA 4E1JA 2KFZA 4E19A 3VEOA 1ZBUA 1GOBA 4EHUA 4KPYA 2IC3A 3NFAA 3ISNC 4CF1A 1J54A 2RE2A 1KAYA 5AQWA 3QESA 1HNXK 3E01A 4CK1A 4K8XA 3L2VA 3VN5A 3J7AP 1VSIA 2D0BA 4DUZK 1HUXA 4B8AB 1HPMA 3HOTA 3THWB 3R6MA 4Z4EA 2P5OA 4C23A 3U9DA 4OPKA 1RBVA 2J4RA 1CXQA 2YV0X 2PZSA 3M8RA 2Y1IA 5M1PA 4DTJA 4HWIA 4FO0A 3EN9A 1S9EA 1RT5A 2HSTA 1H1VA 4EAHD 4KTWA 4MO4A 3UE5A 2VQEK 2KKZA 4FJIA 5AFUA 1QSYA 1YHQN 3A5MC 4IO8A 4DTOA 2YHAA 3EKUA 4FWKA 3CCQN 3RWUA 5KQDA 1ZBHA 4BRQA 2A1SA 2ZE2A 4LD0A 2YHWA 3SQ4A 1VRUA 3KD1E 4KHSA 1OH5A 2D5RA 3R9PA 1W7AA 4LH5A 4F8RA 3KK2A 1N6QA 3C6TA 4CESA 4JRQA 3VEYA 4NYNA 5HOOA 5DMRA 3VA0A 3S3NA 5AQLA 1YJWN 2GWJA 3OYJA 4FJ8A 5AQXA 3BF3A 4BC4A 3OYGA 2F96A 1VSJA 4NLBA 2FSNA 3O3HA 3FFIA 1VQ4N 3CI5A 3F9MA 3VQ4A 4GV9A 4ELVA 4CEFA 4AM7A 3RRHA 5BN9A 4CHYA 4A61A 1RTJA 2A6AA 3IUCA 5CY4A 2W41A 5LL6Z 3GBTA 5TKWA 1HNIA 3HK2A 1YT3A 1NLVA 3QERA 2A3ZA 3CXCM 3DLHA 5F2RA 3MDQA 4YOXA 3CHWA 5AQKA 3O3GA 4I7FA 2D1KA 4JS4A 3KJVA 4B1YB 4CJKA 4C8KA 1N8RO 1UOCA 3OYMA 4FK0A 4CGDA 4FLYA 1U45A 3W3DA 4GVMA 1KFDA 3WXMB 5JMVA 5J1EA 1NKBA 3SMSA 1WSEA 1KC8O 1HJRA 3LP2A 3ZX3A 3MAQA 4I9LA 4FZZA 4M42A 4AM6A 4IZ9A 5DM6L 2ZWHA 3EY1A 1S72N 4KKOA 2AP1A 1NK6A 3T19A 4J2EA 1TK0A 3U9ZA 2FBTA 4B3OA 5HL7L 4DG1A 3ZT2A 3SV4A 2Q97A 1DEJA 2UU9K 3DM2A 1ESVA 2WTUA 3VESA 3MN7A 1KQSM 4H5VA 1WSHA 2ZGZA 4FOIA 2YHYA 1XWLA 4NCAA 2YX6A 4FL9A 4FW1A 4FWMA 4K25A 4OKKA 3HVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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