1VQK | Genus

Total Genus 48

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ribosome
molecule keywords	23S ribosomal rna
publication title	Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction. pubmed doi rcsb
total genus	48
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
N	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	1vqkN00

5JVHL 1K73O 1VQKN 1W2BM 1ILYA 3PIOL 1K8AO 3G4SN 3CXCM 1M1KO 1VQ7N 1YJNN 4WFNL 5GAEP 1VQMN 1YJ9N 3CF5L 3CCUN 3CC7N 3G71N 2ZJQL 4WFAL 2OTJN 2ZJPL 1VQNN 1OVYA 3J7ZO 1QVFM 1YIJN 2QA4N 1YI2N 5H1SQ 1VQ8N 5GAGP 1VQON 1KD1O 4WCEL 3CCMN 5GAHP 5GADP 4IOAL 4IOCL 5HL7L 1S72N 4WFBL 1VQLN 1YHQN 3PIPL 1VQ9N 3CCSN 1YITN 3CCRN 2ZJRL 1Q81O 1M90O 3G6EN 3I56N 4WF9L 1VQ5N 3CCVN 1KC8O 3CCQN 3CPWM 4U67L 1KQSM 3CCLN 1Q7YO 1QVGM 5MLCQ 2OTLN 1VQPN 3CD6N 3CMAN 3CC4N 3CMEN 4IO9L 2QEXN 4UY8O 1Q82O 3CCEN 1N8RO 3DLLL 1NJIO 5DM6L 3CCJN 1VQ6N 3OW2M 3I55N 1VQ4N 5JVGL 1YJWN 5DM7L 1K9MO 1Q86O 3CC2N 1JJ2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4X65K 4ZHRA 2GTDA 2E88A 1K73O 3LWLA 5BR8K 4DFMA 4DF8A 2V52B 3AA5X 5GAEP 1IG8A 3U6FA 4H5NA 2VWBA 4OPKA 4J8FA 2CGJA 4KHWA 3UKRB 2UYTA 2OTJN 2HBKA 2NRHA 1XHXA 1HX1A 3O8MA 3EL2A 3SLCA 3NH1A 4DR1K 1SS6A 1KRPA 4NLBA 2QK9A 3BY5A 3FR0A 1TV6A 4NCGA 3L2VA 3HM9A 3QEIA 1XUPO 4H4OA 4N56A 2UXDK 1ZC6A 2P1JA 3F9MA 2G8VA 4FWPA 2VQEK 3V81A 4NXMK 3MECA 1ZBSA 2WONA 1MDUB 4DQ8A 4B3OA 2HMIA 5AQOA 2CH6A 2O4GA 2F8TA 3CCSN 3CG7A 4CJVA 1VSHA 3NMUA 4C1NI 4H0XB 3KK1A 4DTUA 4ILHA 4B1WB 5LL6Z 2OA8A 5FPMA 2Q2RA 3H1QA 3L3VA 4A57A 4BG9A 1XC3A 5CHIA 4GW6A 3ZSYA 4U67L 1NU0A 4F9OA 4JI7K 1L3SA 2B4JA 3D7EO 4C8NA 4BQZA 2F8SA 4AQYK 3O9TA 4E19A 4H0VB 3DRSA 3AA2A 4CIFA 1QQCA 3ULDA 5LJWA 1VK0A 5GIOA 4IO9L 4E7KA 3VEWA 3QETA 4BC5A 4BGBA 3EE9A 4DTOA 2Z1IA 3VOVA 3HOSA 4BDZA 5EXWA 4BRHA 3BGRA 4PUOA 3EKSA 5HRNA 2A5XA 3TSQA 5I9EB 4GV9A 4FPBA 5FDLA 4ISGA 5LY3A 3D45A 1VQKN 4E7JA 1OH5A 1QE1A 4JK7A 3A5LC 4KB0A 3TAMA 1RT1A 2YKMA 1BA1A 4BDPA 1YT3A 4B1YB 4JI0K 4CERA 1GLLO 4FLTA 3AAQA 1E3MA 3OY9A 2Q0UA 2ZJQL 4M3YA 5BN8A 4BE0A 5DK5A 2ATQA 4FWQA 1RT2A 3EE8A 2ITMA 1YIJN 4E0DA 4DR7K 5M1OA 4H5RA 3AA4A 5I42A 2VG5A 3E01A 3J7AP 5KRTA 1VQON 1TUUA 4HTUA 1NGBA 1T7PA 3LPTA 4GVEA 3ZETB 4QAGA 3J80O 4JKGB 4H8KA 5CY4A 3L8BA 5HL7L 1Q18A 4IJNA 1NK8A 2FBXA 4CJ7A 2Y1IA 2YKNA 1QSLA 3AVJA 3K9JA 2ZF5O 4IFVA 2YCHA 3CQYA 4LF4K 1HPMA 4C8KA 1S22A 3ITHA 4YOTA 4YOWA 3NF7A 3G10A 2VGNA 2ZGYA 3NVKA 5HLFA 3CCVN 4DSKA 3T1YK 2QWRA 3QIOA 1KC8O 1S6PA 3A5OC 1VSJA 4GV6A 1SKRA 1NKEA 1WUAA 4KHUA 3BZCA 4O5FA 4Z4HA 3DLGA 3CERA 4CGGA 3K57A 2ASOA 1ZBIA 3SQ1A 4W5TA 2FBTA 5KPTA 4B1XB 2KTQA 4JKDA 4KHNA 3DLLL 4BGAA 3PO5A 3MEEA 3O5BA 4Q5VA 2VG6A 4ID1A 4M3TA 3VQAA 4JI5K 1U6ZA 1SL1A 3OTOK 2QWLA 4CEOA 4MFBA 3ZSXA 4I6MB 4CGJA 4H0YB 3D2FA 1K8AO 5AJ3K 3MWTA 3WNGA 3CXCM 3S3NA 3M5RA 1WBBA 4EAHD 4V19S 1K6YA 4Z4CA 3CF5L 3AO5A 3LANA 4JYAK 3QBXA 1BWFO 2FSKA 2E1ZA 4BRNA 3HO1A 3NBPA 2RE2A 2QTDA 1QTMA 1QQOA 3HXMA 4BR4A 3SJJA 5ELZA 5FPEA 1K8KB 3ZX0A 4BRMA 4TSXA 3KKRA 1ZBFA 4CBUA 4ELTA 1BIUA 3M6GA 4O55A 1WSGA 1CXQA 1TKDA 3O80A 5AQWA 1S1XA 2P9LA 1RFQA 3AVFA 4FJKA 2B6AA 4GY2B 2FLOA 2FBVA 5HRPA 4DTXA 2HOEA 1TK8A 1NOYA 4CHQA 3AVNA 3LDLA 3IUCA 4KH5A 3GE1A 3HZ6A 3KIOA 3F2KA 2E6MA 5M1KA 3PSIA 4IXCA 1VQ5N 3MK6A 4KH6A 4MDAA 1B9FA 2IC3A 2E6LA 1YTAA 3D0PA 4CEZA 4B9NA 1OH6A 3HPHA 1P8ZA 3THYA 4FM2A 1QSYA 1RDAA 4EZ9A 4BRKA 4E1JA 2HBLA 2E1YA 3CI5A 3CQXA 2FF3B 4DTPA 3ZEUA 1X9JA 1KVBA 3DWLA 1TKTA 4QCLA 3KLEA 3DAWA 4DR6K 3FZMA 3U8XA 1BQMA 3OYMA 4CZIA 1BL3A 3TU5A 3CCJN 1T6DA 5KTQA 1QS4A 4U7BA 5JVGL 5C0YA 3BF1A 3BP8A 1X9WA 3DLRA 3CJAA 3CC2N 4DQPA 2YNHA 1DT9A 2CGLA 4FJGA 4DSIA 5FROA 3LWMA 2P9UA 1VSEA 3K9KA 3UIQA 1Z26A 3ALYA 5F2RA 4WFNL 4CVNE 3DI6A 2P9PA 1BGXT 3O6WA 4CGFA 3NE6A 1JL2A 4HCCA 5JICA 3QEXA 1TUYA 1EQYA 3PUFA 1JCEA 2O8CA 3KK2A 3SAGA 4CJKA 2KZMA 4BC3A 2A42A 3UE5A 4CFDA 5GAGP 3FLCO 5EOYA 1DKGD 4J2DA 3M8QA 4LSLA 4Y0WA 2XO7A 4KHYA 2ETJA 5BPMA 4BRDA 3AO1A 2A6AA 1JXBA 4OVLA 4AM6A 4WFBL 4GV3A 1J9AA 1YHQN 4O4GA 3H08A 1E4FT 3HP6A 3CCRN 4W5NA 3U3YA 3H3OB 2F4VK 1FJGK 3PX4A 3LDPA 4WF9L 2O8BA 3SQ2A 1Z6RA 3NH0A 3KWIA 2GEMA 1RDDA 3VENA 4MLEA 3LP3A 2GUIA 4CZHA 4JS5A 3K59A 3P83D 5AQFA 5KGWA 3IKMA 1CZAN 4L3QA 4X62K 2PYJA 1HLUA 1R59O 4KI6A 4KRFA 2G8UA 1YTUA 2HW3A 2OPSA 4K8ZA 4WQ5C 1XHZA 2VGMA 3TWHA 3MN9A 4DU1A 4PKHA 2IGIA 1LOTB 5AQJA 5BRDA 1D9DA 1Q82O 2ITGA 1RDUA 3LM9A 3OW2M 2XY7A 3WT0A 5SWMA 1QHTA 4NXNK 3FFKB 3JXUA 3V1RA 1LWFA 1XNRK 1WSFA 3AARA 1KVCA 5AQHA 5AQLA 4LD0A 3FZLA 3LDSA 4KTWA 1M1KO 4FM0A 3VQ5A 4LC9B 5C12A 4JK8A 4E1MA 2O8FB 5AZIB 3CCUN 4YDUC 4DCHA 3THWA 3OYEA 1BCMA 1BO5O 3KWGA 2XY6A 4O0IA 3RVCA 4FK4A 1N6QA 2HHWA 3VQCA 4M63C 2YHYA 1NGJA 3GDQA 1IBMK 2P9NA 3QO9A 4LH5A 4DTRA 4ICLA 5HRRA 1L3VA 3F9KA 3JYTA 1RBTA 3VQ7A 1S5JA 5AQKA 3A8YA 5E84A 4OGEA 4FW2A 1CXUA 3FZFA 3VF6A 4CZKA 3L2WA 2G8WA 4HHTA 2A1SA 3K2PA 4IJAA 2G8IA 1S72N 1VQLN 1U49A 4RW6A 3LL3A 1DLOA 1YITN 3CJCA 1JLEA 2KZZA 4CJ3A 4M3ZA 3G6EN 1D4XA 3SMSA 1UA0A 3C94A 3RMBA 5I3UA 4DV3K 3CHWA 2YHBA 4FWMA 4AF1A 3TANA 3IG1A 2DFFA 1J5OA 1U4BA 2I5JA 3C6AA 3IAYA 4FZYA 3CCLN 2NNWA 2UUAK 4FJMA 3OYHA 4AILC 1J5EK 4JN4A 3G25A 2P9IA 2IVOA 5KQ8A 2EHGA 3DXKA 4HCBA 3KZBA 4MDBA 4FWNA 4RG8A 1VHXA 1HNIA 5JS2A 2FSNA 4CEDA 3RSEA 3M8SA 2D0OA 3S9HA 1NJYA 3SZ2A 3AO2A 3QBWA 4KV8A 4XIUA 5C2DA 2V7YA 3OHRA 1LV5A 3RRHA 3SBGA 3VQ9A 3WNHA 3KTQA 2PZSA 1C6VA 4OO1J 2OZSA 4OPJA 1NGDA 3TAPA 2UXCK 3MXJA 3O1BA 3VEXA 3L2RA 1WAJA 1D8YA 2AA4A 2G8FA 1NNEA 1J6ZA 4M3WA 1A5VA 5AQGA 3T69A 1S3XA 1NLVA 3UB5A 4YOYA 3G71N 4BRIA 2NUBA 4GVMA 4LFBK 4A2AA 4DWIA 2D0BA 4OKEA 4B9QA 3CJ9A 3OYBA 1DTQA 2HNYA 1OVYA 3V9XA 1LWEA 3OYDA 3TTDA 4BRAA 1VAZA 2QA4N 4I2PA 1GOAA 2P51A 4YHHK 1YI2N 3WQUA 2HHTA 3THVA 1U2VA 4FZZA 2P9SA 1LWCA 4YY3K 1SUQA 4FLZA 2VG7A 2X74A 4FK0A 3ENOA 4JI6K 2GBZA 5C15A 4FXDA 2A41A 3MEDA 3KLFA 3WXIA 1ZBUA 1NGCA 3QEWA 3HVTA 1EP4A 2I7NA 4H5WA 5AZJA 4DV0K 4BRLA 5AQSA 4CIGA 2CH5A 1ASVA 4CGDA 2QXFA 2KW4A 1LAVA 3VEVA 5FLXO 4LF8K 4JV5K 5CR4A 1RTDA 4K43A 3QMLA 3QINA 3FZHA 4BRQA 4IBNA 4FO0A 4DQQA 1Q9YA 1WSEA 4Z4FA 1LAWA 4KHSA 3M1FA 1HQUA 3RWUA 4CD3A 1QQMA 4IFYA 4PL7A 2G8KA 4CJFA 1J53A 4KHQA 1HR0K 1N32K 3MMVA 3BZKA 3OJUA 2O8EA 2R7YA 5E26A 3Q7CA 2XRIA 3ZSZA 2DFEA 3VGKA 4R79A 4W5RA 1N36K 1B92A 1RBRA 4M7XA 4FPAA 5SZTA 5CZ1A 4CK2A 4KAZA 2IOCA 3OYJA 3TTFA 4JI8K 1WAFA 3THXA 3QB0A 2UUCK 5IT9O 1F21A 2PY5A 1A5XA 1YJ9N 4DUYK 1WSIA 4JLHA 2DPNA 5M1FA 2D5RA 3GL1A 1ASUA 4ILJA 3PO4A 4WQ4C 3O1WA 3VA0A 2VYPA 4IKFA 3D2FB 4CZMA 3TAQA 2E2OA 3ZT1A 3NHGA 3OBWA 5FPDA 3K5NA 3NCIA 1NGEA 2NRWA 2D0PA 3L3UA 3SMPA 3DLEA 1HYSA 1KXPA 2HHHK 1TL3A 2Q3SA 3KKSA 3LDOA 1XC9A 1FK9A 3AO3A 4BC2A 3QDKA 1C1BA 4CGHA 3PIPL 3O9SA 2BE2A 4DS5A 2ZJRL 1TK0A 3QNNA 4FVUA 3C6UA 5DMRA 1NKCA 5JLFA 1W97L 3LALA 3P5JA 2Q0RA 2ASPA 4LFAK 4GKKK 4IEIA 1VSKA 3VQQA 2P9LB 2KQ2A 2D0CA 2DFHA 3UKUA 1CZBA 3EN9A 4BR5A 3QEPA 2OPQA 3VERA 1HMVA 2YHAA 4FJHA 4F2RA 3VEZA 1JLBA 3DYAA 3K5LA 4FZXC 3CD6N 3CIPA 1HNZK 4H0PA 4CFBA 1OH7A 2VWJA 2BUPA 3CPEA 4IO8A 2VWKA 1JXEA 2E20A 3DMJA 1IKXA 3KJVA 1GLBG 2ZGZA 3HYFA 4DG1A 1G15A 3VQBA 3HRGA 1TKZA 4UY8O 2QWQA 3MXMA 3THYB 1L3TA 4F3TA 4FJJA 1HYVA 4CJSA 4CF1A 4DTMA 4JS4A 1SQKA 2ZE2A 3L4IA 3OYFA 1ZXOA 4PKIA 4HVJA 3FE1A 1NOZA 1VRTA 3HM8A 3ZEUB 5BPNA 2X6SA 2X78A 3D2EA 2IAJA 3N4PA 1QQNA 4AH9A 3ZX3A 2QW9A 4KFBA 3SAFA 4HTLA 4A2BA 3U9DA 1ATSA 1JCFA 1BQNA 3T7ZA 2QWMA 1MU2A 3TSUA 1XMOK 1BIZA 5TKWA 3WXLA 4QOZB 1GLAG 2E8AA 1VQNN 5AQYA 3SUNA 3ATUA 4YNQA 3SJHA 1KLNA 1HPZA 5M1NA 1T03A 4K41A 1D9FA 4B9VA 2PAVA 4FL9A 1LCUA 4JD2A 5J2QA 5A2QO 5LMUK 2P9UB 4E7IA 4NYNA 4ZTFA 4QS8A 1LW2A 2P9PB 1WN7A 1KSPA 1RTIA 3KHYA 1NJZA 3PY8A 2O8CB 4CJEA 5C2FA 1TAUA 1YUWA 2B5JA 3VQ8A 3VA3A 4PWDA 1JL1A 2LSNA 5C42A 1C0MA 2WTUA 3MN6A 3HSTB 1JLQA 3TI0A 3S3MA 2KFZA 3LPUA 4C8MA 3HI0A 4H5VA 3VQEA 2BGGA 5KI6A 1T44A 2HBMA 3GG4A 2YHWA 4FK2A 1B9DA 2ZD1A 3LP1A 1QVGM 1C0UA 3WNFA 3O4QA 4J2BA 3SPYA 3OYGA 2O8BB 4IOXA 1S6QA 4R5PA 4RW9A 1RT6A 1NGGA 4JI1K 2P9KA 3KK7A 2GUPA 4LSNA 5TKYA 4CEBA 1IBLK 2HHSA 4FLWA 4AHVA 4Y1CA 3NGZA 4FJ9A 2WFBA 3TAFA 1JCGA 1VRUA 4CK3A 2HB5A 1C0TA 2D1KA 4FJXA 4CHNA 4CEFA 4EIAA 2EX3A 3SQ4A 4CEEA 4FJ8A 4ISEA 5E41A 5CE3A 4BVPA 3JSMA 4B3MK 2FSJA 3AVKA 3IS9A 4A5AA 4A62A 2V51B 4BQLA 4JRPA 5AFUA 2GWKA 5T7BA 4DQRA 4FJLA 4DS4A 3GBTA 4CBWA 4CZLA 4ISFA 3SUOA 2W6LA 5M1QA 1NGFA 1C1CA 3J7ZO 4CGIA 3SQ0A 1YVUA 4I2QA 1KTQA 4X66K 4NCBA 1NK9A 4WCEL 4B08A 4BRCA 1SZ2A 4BREA 5ADXA 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2ZWHA 3VESA 1U45A 1U2VB 4JHDA 2P9SB 3C65A 3ISNC 1NJXA 1TK5A 4FLXA 2QKBA 3A0IX 2HHUA 3ZCMA 3HK2A 1U47A 1HNVA 2E2NA 2YJEA 1FW6A 4LY7A 3AO4A 3MEGA 5AZJB 3L2UA 2NRZA 2HHXA 2G8HA 4DV5K 2J4RA 1HNWK 3OBYA 4AHTA 1NKBA 1NWKA 1L5UA 3E9OA 2ASMA 1NGHA 1LW0A 2Z1GA 3L2QA 4CE9A 5EX5A 1IKWA 1RILA 2HHVA 3A5MC 5DM6L 3V9UA 5AQZA 3MWPA 4DMNA 4CZGA 5AFUH 1CLQA 5DM7L 4CZEA 2YHXA 4CEQA 2O8DA 4JKFA 4BR2A 1WB9A 2PFUA 4BY9C 1QHAA 1GLEG 3SI6A 2O8EB 3PIOL 5J2MA 3ZSQA 2NRRA 3O9QA 3H45C 3T19A 4B9LA 2I7PA 4CJ4A 1YJNN 2KFNA 4B1UB 3U9ZA 3DXMA 4XH5A 4JKAA 2W40A 3K5MA 5ADXH 4F4KA 1QVFM 4KHPK 4BWJA 2UUBK 5H1SQ 3P1GA 1VQ8N 4EHUA 4QS9A 2RF2A 2Z1HA 1GLCG 4B8AB 1HYZA 3THXB 3MX2A 4LH4A 3VEOA 5GAHP 3R9PA 3E66A 3W0LA 4ELUA 3GOIA 4DSJA 3OJSA 4BE2A 4DHYA 1IH7A 4DR4K 3ZSRA 4H03B 4B9TA 4FLUA 4IG3A 3DRRA 3ID6A 4RCHA 4DFJA 1X3MA 3ZT3A 1IJJA 4JKHA 4FM1A 4F8RA 3ULEA 3P4IA 3RMAA 4LF6K 1Q81O 3BF3A 3EZWA 4JNEA 3DLKA 3O08A 5KGXA 2UU9K 3VQ6A 4DV1K 5C24A 4CI6A 4B8CA 4J2AA 1EXQA 4E3SA 3CPWM 2YX6A 3V6DA 1WLJA 2OANA 4KBOA 3HT3A 3K58A 3WXMB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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