1VRDA

Crystal structure of inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (tm1347) from thermotoga maritima at 2.18 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
457
structure length
321
Chain Sequence
MKEALTFDDVLLVPQYSEVLPKDVKIDTRLTRQIRINIPLVSAAMDTVTEAALAKALAREGGIGIIHKNLTPDEQARQVSIVKKTIMSVIEHPNAARDEKGRLLVGAAVGTSPETMERVEKLVKAGVDVIVIDTAHGHSRRVIETLEMIKADYPDLPVVAGNVATPEGTEALIKAGADAVKVGVGPGSICTTRVVAGVGVPQLTAVMECSEVARKYDVPIIADGGIRYSGDIVKALAAGAESVMVGSIFAGTEEAPGETILYQGRKYKAYRGMGIEGMVPYKGTVKDVVHQLVGGLRSGMGYIGARTIKELQEKAVFVKIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
publication title Crystal structure of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (TM1347) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.18 A resolution
rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 102
structure length 321
sequence length 457
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00478 IMPDH IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A PF00571 CBS CBS domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vrdA00
3BLIA 3B4UA 5C6MA 2A6NA 3GXTA 3QC3A 2NXHA 5FESA 5I3HA 1W3TA 3C6CA 3A23A 2W79A 4IX0A 2B7NA 2WSRA 1ZNNA 4O19A 1KFEA 2JKPA 2F7FA 3PUOA 3TKFA 3FFSA 5A8GA 1XXXA 4QM1A 1D3GA 1EP1A 4CCDA 3GVGA 3PF3A 1ME8A 4D2JA 3NAVA 4POCA 4FIQA 2DZPA 1L9WA 4K8EA 2V2CA 1VS1A 3NPVA 5CSSA 5AHNA 2V2DA 3FS2A 4O57A 5J5RA 4WOQA 4RZ6A 5CZSA 1BKSA 3NQ8A 1F6PA 3IIOA 5E0KA 4AMAA 1M7OA 2I1OA 4LWWA 1A53A 3FJ6A 3G1FA 3LI1A 1FUYA 3RU6A 1UUMA 3C56A 5LHFA 2X2GA 4O13A 5IBXA 1S3HA 1Z48A 4GUGA 2DORA 3MUXA 1TMHA 2Z1BA 1JULA 2A4AA 3NEVA 3G18A 3I65A 2VEMA 3ZWTA 5FEZA 3CM4A 5C54A 1MO0A 1P0NA 4MVAA 4O53A 4Q4KA 1QPQA 4Q33A 5K9XA 4NJGA 5EBUA 2H6RA 1TPWA 3NL5A 5TQLA 3P5ZA 2B7PA 4NJIA 3EWYA 2BX7A 3M43A 4E38A 3L5AA 1JCYA 4IPIA 2QUTA 2ZCGA 3DKLA 4YWIA 1KM5A 1WOAA 1E51A 2NWRA 4NUWA 1VLWA 1H63A 4TU1A 4RK8A 5LNUA 2FQIA 4XWUA 3DHDA 1OFAA 2CLOA 4AF0B 1TSIA 1YTKA 2ZTJA 3EXSA 1HFBA 1VCGA 1KTCA 4JIQA 4M6QA 3NDOA 1ML1A 3HBLA 4QJ1A 5I3GA 1I2QA 3STEA 4R34A 3M6YA 5IBXC 5EMUA 3EB2A 1L6YA 3VKJA 1LLWA 1TJPA 1I2OA 2NUXA 4Z0JA 4NJJA 4JX4A 4FO4A 4LW7A 1EUAA 2F84A 2E6DA 2A1YA 3PB0A 3NPWA 1F73A 3QF0A 1XUZA 3ABRA 1H51A 3C8FA 3FOKA 4N9CA 2QDGA 4UCGA 3HG4A 2FB3A 1XKYA 5C2XA 3TAOA 3W7OA 4DF0A 4AF0A 1H7WA 1UB3A 4LVFA 3Q37A 4JD4A 3I68A 5CPOA 3C2VA 3O07A 5DXXA 1H1YA 5K3VA 4GUHA 1TPDA 2O7QA 3PBUA 4ADTA 3PAJA 4UTJA 1D9EA 5CG7A 1VJIA 2G97A 1H7RA 4MYAA 3CEPA 3UQNA 3W1UA 4ADSA 1LP6A 3QSTA 1H7PA 5AYYA 4QAIA 5LKYA 4N9EA 5AB3A 5FF3A 3I6RA 3G1AA 5FF7A 3SIZA 3W7GA 1AW5A 2Z6IA 2A6LA 3R89A 3TFXA 4CQAA 2J9YA 5KZMA 3M47A 2ZZ1A 1FDYA 2X1SA 3S9YA 2QCFA 1H60A 3NPUA 2AQWA 4W9TA 1Z44A 3QMRA 1JCLA 2WSQA 1JRBA 1A5CA 5EY5A 1RV8A 4K38A 5KITA 2E1DA 3I7RA 2C0AA 4RV8A 3TW6A 3BV4A 5U4NA 3G1VA 3R13A 3T44A 3D0CA 5C55A 5G2IA 1KTBA 1LBFA 4YCPA 5E1QA 4RCXA 3LCLA 2ISSA 4K8HA 2OZ0A 1JCMP 4WY0B 1NVMA 1H7NA 1RR2A 4UTMA 2ZYFA 3OVQA 3HO8A 3KVLA 3STGA 3LCWA 4IXHA 3OG3A 1H1ZA 1GVQA 4ORIA 1B57A 1W0MA 2RDWA 2Y85A 2YGYA 4K36A 3N2MA 2Q3OA 2QJIA 4LRSA 1NSJA 1DV7A 2X16A 3TDFA 3DENA 3GX9A 4NU7A 3E96A 4R53A 1YXCA 3O05A 3OA3A 2QCDB 4UFMA 1QOQA 4LOCA 1FWWA 1KLZA 1W56A 3HPSA 3TC7A 3YPIA 5K2ZA 1UASA 3KFTA 3W85A 3IGXA 4Y8FA 5KSWA 1K8YA 1XC4A 1OX5A 2V5LA 6TIMA 1FCVA 3PG9A 1K7EA 2QAFA 3NQCA 4MOZA 4TMBA 5K9CA 3W73A 7TIMA 2J9ZA 1TRDA 3JS3A 3C3NA 3QSRA 5LZLA 3LBCA 5KMYA 2Z2UA 4I7VA 4HSNA 1TPC1 3LHUA 4O16A 3SY5A 1BWLA 3IVUA 1I45A 3KVMA 3M41A 1VYSX 3EWXA 4O4WA 4O0ZA 1I2RA 2ZRZA 2FPTA 5F4XA 1MEWA 2E5DA 1A5SA 1Q6QA 3N14A 2VFIA 3W1NA 3HIJA 3F4WA 2FPYA 4HT3A 4FNPA 2GJNA 5D03A 5CSRA 5L6UA 3T55A 4XBSA 1O4UA 3CWOX 1ZAJA 5FI8A 2ATSA 1B4KA 2H8XA 2JGYA 3LHZA 5AC8A 1EWDA 3M9YA 2CLFA 2WO5A 2Z0IA 1EIXA 1SR9A 4DEFA 3NYZA 1I4NA 2NUYA 3VI2A 4Q32A 3W1TA 3W1XA 2PC4A 3KVKA 3SW6A 3GAKA 1DQWA 3SGZA 4PEKA 5D2TA 1LOLA 3OBKA 2E77A 3RF9A 4ZQMA 3FYOA 4K39A 5LNRA 1OFPA 1SFLA 3KRZA 4Z1DA 1TV7A 1PS9A 3A22A 3C0JA 4H3DA 3M1ZA 1OF8A 3QEZA 2TRSA 3G1SA 3DH7A 2YX0A 2CLMA 3LRLA 3C61A 3BW4A 2YDAA 4RR4A 5CZJA 1GEQA 1ZY9A 1YPIA 3PC0A 1KLYA 3TFCA 2FFCA 4NVTA 1Q6OA 4PODA 1O5KA 1AMKA 4GXMA 3N34A 2B4GA 2E5CA 1SSGA 5HULA 1IIHA 4XKYB 4YL2A 1SZEA 3PSWA 1FX6A 3GKFA 1FXQA 2HSAA 3FKRA 4DF1A 3N9RA 1QR7A 1A50A 2VEIA 3NQAA 1QOPA 3TMQA 3HGOA 4BR1A 5EKYA 1QO2A 2AGKA 4UMCA 5DCBA 4JTGA 3W83A 4UTWA 4JTJA 2GJLA 1XCFA 3BO9A 1RQHA 1THFD 2PE4A 2QCGA 2CZEA 2E68A 3EEGA 2A7NA 1H5YA 1VYRA 4NJHA 4IMEA 4UIOA 3L0KA 1YLVA 3GIYA 5D2YA 3UD6A 3N2XA 1D3HA 1MXSA 3ZS4A 4GRSA 4BI6A 4EF8A 2VFFA 3ELFA 3TSDA 3W2UA 3UWYA 1T99A 3S5ZA 3A9IA 5KTLA 4XKYA 5DN1A 1XBXA 4JEQA 4KFPA 3STFA 2XN0A 1GZGA 2QCEA 3VCRA 4O1CA 4M5PA 3UYCA 4PL1A 4UFLA 2EF9A 3NZRA 4ZQRA 3LLFA 3NM1A 5LGZA 3PM6A 1H7XA 2Y89A 4Z0SA 3L65A 3UWUA 1MZHA 1GYLA 4NXKA 2WV8A 3ABSA 1OK4A 4UTKA 1X1OA 3NA8A 2Y63A 2B0MA 2JBMA 3MP3A 3G3DA 1LCOA 3WJZA 4LTSA 2JK2A 3G1XA 3HPZA 3JR2A 3MYPA 2GOUA 5EL1A 4UTWC 3PS7A 1OX4B 4UMBA 4UNLA 3UZ5A 1W3NA 3HOJA 3S6DA 5DCDA 4CQ9A 3W2JA 4AVFA 1Q6RA 1O95A 1V5XA 4IMGA 3HG3A 1TRIA 3FEMA 1AW2A 1KV5A 1OYBA 4BI5A 3G0SA 3VNDA 2PRLA 1LYXA 1IF2A 4WJEA 4UR7A 1SO4A 1N7KA 1DKWA 4I9AA 1FWTA 1B4EA 1WDWA 3DGRA 4Z08A 3QRHA 5T26A 2TMDA 2J88A 4JTEA 4O4VA 1QCWA 3WJXA 3A24A 2CFFA 1T96A 2DZTA 3W1QA 2GUUA 5FF2A 3DFTA 4RZ5A 1VCFA 5DELA 4FEZA 3HG2A 1LBMA 4A2SA 4MPQA 3GDTA 3CIWA 1WA3A 4JTUA 2YCEA 4UNKA 4GUIA 2A0NA 3G0UA 5DCEA 1K03A 3W7HA 3O06A 1VHCA 3UY7A 1EP2A 3L0GA 4P2VA 5G1YA 2X30A 4DELA 3T7VA 3TR2A 2ATMA 4MLRA 4AWSA 3WJYA 1K3UA 3O8AA 2Y62A 4Y90A 2C19A 1GTHA 2X1RA 5KINA 4O12A 3TMLA 2YZRA 3MI3A 5D2WA 3U6WA 1GVRA 1WBJA 3BARA 2V8ZA 1RZMA 1L2UA 1VRDA 3L2IA 4KKXA 3SR7A 4HNUA 2WSYA 4IMDA 4FNRA 1UCWA 3LCFA 2KZHA 5DY2A 2QUUA 4HPJA 4FX7A 2DJLA 3EX6A 3WK3A 1H61A 1VYPX 4O10A 1Q6LA 1VQTA 4WXZA 4XQ6A 1HUVA 3BLFA 1YXYA 4JYFA 4WXYA 2V9DA 4RX0A 4LUJA 3SSJA 1H7OA 4N6FA 1QDSA 4IXXA 3U8GA 3W2LA 2JKEA 2RH9A 2VFEA 4UUIA 5G2HA 4UMAA 2QKFA 3EKZA 1MEHA 4AXKA 2H3BA 2WQPA 4RZ4A 3VFLA 1X7FA 3CT7A 4FXSA 1SZGA 3QQ0A 4EWND 1Q45A 5LNVA 3LHYA 4WZHA 2VEKA 3EX2A 3L9CA 1S5WA 3G8RA 3BG3A 2BSLA 3S1VA 3QFEA 2WNNA 1TTJA 3NQDA 4MKNA 1N55A 2Q8ZA 2Y7FA 1G67A 3PY2A 3E0IA 4TMCA 3GXNA 4K6AA 2XFWA 4N4PA 1R47A 5F4SA 3TW7A 1OYAA 4NXSA 3O6DA 5FF0A 2BTMA 3QM3A 4P61A 3W70A 4DBDA 1L6SA 1JQXA 1SPQA 4XZ9A 1PVNA 4MIMA 1FWSA 1ICQA 3WFAA 2QDHA 1ZAIA 2FLIA 3LB0A 3LBMA 3O15A 4LS0A 4PH6A 5I3JA 3B0UX 1XDMA 4Y6GA 4FX8A 2ZDRA 2ZRWA 5ABTA 3L66A 1FDJA 2RHGA 2GQAA 4EVZA 3LERA 3IGSA 3RLVA 2LLEA 4UTIA 2JGQA 4ZQCA 2PURA 3LXAA 1LRQA 3M5VA 3FIGA 3NL2A 4WD0A 4FNUA 4PL2A 1TIMA 2BLEA 3EWZA 4EF9A 4GFSA 1JQVA 4GJ1A 3RLUA 2YYTA 3A21A 1PV8A 1XBYA 3TH6A 3B0VC 3P7YA 1VZWA 4CCEA 3IGUA 3QYQA 4UFIA 3NPXA 1RQBA 1V7YA 1YDNA 4EIVA 1WYIA 2QCMA 4M6PA 3UXAA 1FWRA 3W7RA 3W9ZA 1TB3A 2G96A 3BGJA 3IIPA 3S1XA 2TSYA 1OYCA 4OHQA 4ZVJA 3W1RA 4JS3A 4DQWA 2CZDA 3LHTA 2OJPA 4A22A 1SW7A 1PHWA 1H50A 3LTSA 4OBTA 4M6VA 4Z1AA 3W7LA 1NAL1 2ZZ3A 4KFOA 2E5BA 5AC7A 2RDTA 3P61A 6ALDA 3QZEA 1IXNA 2E6YA 3WK0A 4NNAA 4IOTA 4BK9A 1RPXA 3E49A 3S1WA 1HL2A 3P74A 2NV2A 3RNDA 1UUOA 2DU2A 3MI6A 2C13A 4X22A 3BW2A 2NWSA 3E12A 2W0UA 3SGUA 1EP3A 5D37A 3LHWA 1TV8A 3H53A 4A21A 3SZ8A 1PIIA 2ZA2A 1GWJA 4S2BA 4AEOA 2YFOA 1FXPA 2HS8A 5D04C 1CI1A 3S1UA 1QO5A 2BZNA 4O28A 5F2GA 1LRNA 1JVNA 3W7DA 3TA6A 1LOQA 4O50A 3U2OA 4MJZA 3W76A 1K02A 5FEPA 4AAJA 3W86A 1TTIA 1KM6A 5HR6A 5EA9A 2OX1A 2CU0A 4QNWA 2Q8LA 1F5ZA 2QCHA 1AL8A 4JY9A 4IPJA 1G69A 5D32A 1W3IA 1J4EA 4OV4A 1M6JA 3H55A 1DL3A 4IGHA 1YPFA 3BK0A 3CEUA 3VE9A 2E6FA 2VOMA 2GVJA 4MZ1A 1G4TA 3W7MA 2Y7DA 3KOFA 4LS2A 3W87A 2G5WA 4M7SA 1O60A 3TROA 3WJSA 1ZAHA 3BPWA 4UR8A 4CQ8A 1GVOA 3PBYA 3LTPA 1SW3A 3W1AA 4WY0A 2NXIA 1W54A 1FDZA 2YPIA 3M5YA 3ANYA 3KAOA 2CZ5A 1VC4A 1QFEA 5U7SA 4B5NA 1QAPA 4LC6A 4NZJA 5AOUA 4A3UA 4S2CA 5FEXA 1KM3A 4O18A 1Z42A 3LXCA 5DXYA 3BGGA 3EWWA 1NEYA 3W72A 2R14A 3TK7A 1DHPA 5BRBA 1ADOA 3MI2A 3DXIA 2CLHA 3LCIA 4X3ZA 2QCDA 1DOSA 1MSSA 2A7RA 4K7VA 4QSHA 1OFOA 3PWAA 1W31A 3C4UA 1FCUA 1LZOA 1U5JA 3S5NA 1BTMA 3HF3A 2DJXA 3B0PA 2VFHA 1G4PA 1F6KA 5FEWA 4OV9A 1KM0A 1G7UA 1X1ZA 2GVGA 1PE1A 2FTPA 5F2LA 1GQNA 1GOXA 1C9DA 2H3DA 5KZDA 3CIXA 2AAMA 2QEZA 4E0CA 4MJMA 3L5MA 2QCLA 1OFQA 3IV3A 1RQEA 2OT1A 3CTLA 1P4CA 5CGQA 4AB4A 4N2YA 4UFJA 1OFDA 2YW4A 4CNPA 3IVSA 4QQ3A 5D30A 1EWEA 3P67A 2ZZ2A 3W3OA 1VR6A 5CZ0A 4ICNA 5D05A 3TXZA 4JTLA 2DZUA 1KBJA 1BEUA 2VFDA 1IIGA 4EOUA 3B8DA 1JCJA 1VHNA 3OVRA 4NJKA 2ZA1A 5E93A 5CPMA 3TC6A 3N3MA 4FNQA 3QMSA 5GVJA 5AYZA 1AK5A 3WK1A 2C3ZA 3T78A 3DHFA 1U83A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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