1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
molecule keywords INTEGRASE
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
2EHGA 3OYCA 5FRMA 4CJ5A 2KZMA 3LALA 4CGDA 4FJNA 3NE6A 1HYZA 4KHNA 4KO0A 1LWCA 3LP1A 4KAZA 4DQSA 4NCBA 1O1WA 1IKYA 1VSFA 3AV9A 2X6SA 3RWUA 1XHXA 4CGGA 3K57A 4NCAA 4B8CA 3SNNA 4B9NA 3MEEA 4CF9A 3O4NA 3RMAA 2DFFA 3NH0A 3KJVA 1J9AA 3SQ4A 4N56A 3PX4A 4KI4A 2HHVA 2W42A 2A1SA 2KZZA 3LP0A 4H8KA 1WSJA 3TANA 4O5BA 3DM2A 3S9HA 2P5OA 4ID1A 4N47A 3MAQA 1LWFA 2XRIA 1REVA 4OGCA 1B9DA 4CFDA 4DFMA 1J54A 3P5JA 1XWLA 1S9EA 1UOCA 4AHUA 5HRSA 1ASUA 2XY7A 3F73A 4ZHRA 5CYMA 4B9MA 2OPRA 1LAVA 1LAWA 1VSLA 1Y97A 3VQCA 3LPUA 4DFKA 4CIGA 1DTTA 4DFJA 3AO1A 3CM6A 1HNIA 4M41A 4FXDA 1RT4A 1RTIA 4CEQA 1JXBA 1UWBA 3VQDA 2X74A 2R7YA 3RMBA 1IO2A 3MXJA 3HK2A 1IKWA 4BE2A 4M42A 4YFUA 2B6AA 1JLCA 2VWKA 3K58A 4DF4A 1LW2A 3DRPA 1RDDA 1S6QA 3NGZA 5FROA 1VRTA 3HJFA 3ZCMA 3ZSZA 4CE9A 1C1BA 1NOYA 3L2QA 4W5NA 1ITGA 2FBTA 1S1UA 1D8YA 5C42A 4QCLA 4OKKA 4B9UA 4M3XA 4E89A 2G8WA 1VK0A 4DLGA 3SUPA 4IG3A 2A1RA 4IFYA 4OKJA 4BDPA 2QK9A 4PWDA 1UAXA 1WSIA 4I9QA 3SPZA 4FK0A 1TL1A 2Z1JA 2ZE2A 1XHZA 2KTQA 4CEDA 1CXQA 1Z26A 4CGIA 3S3OA 4B8AB 3MXMA 4BWJA 3SI6A 2YHAA 3AVIA 1HQUA 4LSNA 4JRPA 3IG1A 4CFCA 4DG1A 3QLHA 4M3ZA 4J2EA 4I2QA 3S3NA 1RT3A 3AVNA 3DLGA 4Z4GA 1W9HA 1BI4B 3PUFA 1KVAA 3C95A 4UQGA 3TI0A 1KFSA 3LAMA 4KI6A 1CXUA 3QEPA 3DLHA 3SUOA 1IKVA 1GOAA 1WNSA 3F9KA 4N5SA 3B6OA 3CQ8A 4BDYA 1KLNA 4F2RA 2DTUA 4OLBA 3QEXA 1BQNA 1CZ9A 3V9XA 3NBPA 4DS5A 3HM9A 4TSXA 2Q3SA 3D0PA 1NKCA 3OYNA 1SKSA 4LH5A 5D3GA 1ZBIA 1X9SA 4AHCA 4CHPA 4JRQA 1S6PA 2HNZA 1C6VA 4Z0UA 1RCHA 2FC0A 1U45A 1U49A 4K8XA 3PV8A 3AVGA 1RT7A 3K5MA 3AO3A 3C6UA 1TVRA 2Z1GA 1RBUA 5I3UA 4JS4A 5C25A 3ZT1A 1X1PA 1RT2A 2IDOA 3NF7A 4DQIA 4F4KA 3PX6A 3P1GA 4KTZA 3O3GA 2ITGA 3PY8A 3KD1E 1U48A 3K2PA 3IRXA 1A5VA 4EZ6A 2RPIA 4CJEA 1VSKA 4Z4CA 3QEWA 3NGYA 3ULDA 1NJZA 4J2BA 3AO4A 4DU1A 4CECA 3I8DA 4DSKA 4FJXA 1D5AA 3V9ZA 4DTOA 2E4LA 3UIQA 4OGEA 1NOZA 3BGRA 3A2FA 3O3HA 4DU4A 3WNGA 3U3YA 4M3UA 3OJUA 3ZSRA 1NK4A 4E7JA 5SZTA 4R5PA 4E0DA 4DSJA 4FM0A 2O4GA 2FBYA 3CYMA 3DLRA 4GW6A 2XO7A 4FCYA 2PZSA 4I2PA 2BDPA 3VQ4A 3DLKA 5HRNA 3RRGA 1XC9A 5E41A 3ZSXA 4CJKA 1SL1A 2BGGA 4W5TA 1SKWA 3OS2A 2IS3A 5J2NA 1MU2A 4AH9A 4DTJA 3QNNA 4KHYA 1SUQA 3ZT3A 3LPTA 4O4GA 4FJGA 3DOLA 1JL1A 4FZXC 1WSGA 3QIOA 3V1RA 3NCIA 2VWJA 4KHUA 3TAPA 1CLQA 2E6LA 1JLGA 4M3WA 2OZMA 2E6MA 2HHQA 4ID5A 3AVAA 1A5XA 1SKRA 3V9WA 3L3UA 1NKEA 4H4MA 1FKOA 1RDAA 3L8BA 1VSDA 1RTDA 4F3OA 3VQ5A 1HQEA 4RG8A 4DTMA 1KVBA 2YV0X 3HP9A 3HP6A 3KIOA 5I42A 4ZTJA 4GVMA 2BE2A 1C1AA 2D5RA 3MEGA 1N6QA 4O44A 1TKDA 4AILC 5KI6A 3RR8A 1ZBHA 3I0RA 3G10A 1BCOA 4BE0A 1SL0A 4HHTA 4BE1A 4DQPA 4DSFA 4ELTA 4G1QA 4CJQA 4FJHA 3QO9A 2Z1IA 4CK3A 1WSHA 2IGIA 2DFEA 3OY9A 3SV3A 4E3SA 2G8FA 5HRPA 4CHYA 2G8KA 2OPPA 4FM2A 4CHOA 2PYLA 4DTNA 2D0AA 4YNQA 3VQ7A 4CIFA 4FLYA 4DQRA 3CM5A 3HYFA 1HYSA 4L8RB 2YKMA 3T3FA 1S1XA 2G8HA 3WNFA 4EP4A 4GMJB 1GOCA 5J2PA 4RW8A 1IKXA 3CFPA 4JS5A 4FLZA 1ASWA 2KW4A 1TAQA 3OYAA 1VSJA 3FFIA 3NF6A 3ZSOA 1BIZA 1DLOA 4ELVA 4M3YA 3HXMA 4CIEA 1J5OA 1HYVA 2B4JA 5T7BA 1JL2A 1RBTA 3OYGA 3KLHA 3LANA 3VN5A 4CJ4A 1LV5A 4DSIA 3AO2A 1JKHA 2YNFA 3TAEA 5HBMA 4DFPA 1JXEA 1NK9A 2P1JA 4IKFA 2YNHA 3AVKA 3WNEA 2VG6A 4AHSA 3TWHA 1R0AA 4B3OA 1L3VA 4FZYA 1RNHA 3OYJA 5HP1A 4FLVA 1X9WA 2D0BA 2FBXA 4CESA 4FK4A 3O3FA 3MECA 3VQBA 4CEBA 3SUQA 1LWEA 3V81A 4FJLA 4CJVA 3L2WA 4LH4A 3V4IA 2JGUA 3M8SA 4QAGA 3NGIA 5J1EA 3ZT0A 2G8VA 5CY4A 4FLTA 1KSPA 4KHWA 4CJUA 1NJXA 3MEDA 3C94A 4B08A 1QSLA 4KV8A 1S1VA 1D9DA 4M3TA 3SPYA 5KGWA 3DRSA 5J2MA 3KTQA 4FJ8A 4Z4IA 2X78A 4FJIA 1Z25A 1VSEA 3L2UA 4OJRA 1UA1A 4CF0A 2WOMA 1IG9A 3K5OA 4AHVA 2HHXA 4KHQA 1FK9A 3QINA 1HNVA 1HRHA 1BI4A 3DOKA 4FLUA 5SWMA 4FJ9A 1QTMA 1CZBA 4CFBA 4KHSA 3L3VA 4W5RA 3AVJA 3VQPA 4JLHA 4E7HA 1TKZA 3M8QA 4CERA 1BQMA 1YTAA 3SQ1A 4FK2A 3ZSVA 2XY8A 2YNGA 3ZSWA 3CFOA 4CJRA 1WLJA 1KVCA 3ASMA 4NCGA 1NK0A 3TAGA 1NK5A 4C8LA 3KK1A 4CJPA 2XHBA 3EZ5A 1RBRA 1S1WA 4FZZA 4FJMA 5CYQA 3VA3A 3SZ2A 2HW3A 4DF8A 3JSMA 1BISA 1TK8A 4CK1A 4BACA 3RMDA 2D0CA 3DLEA 4Z4EA 4AHRA 1JLQA 4CJTA 4CHQA 3OYEA 1KTQA 4O0JA 3LWLA 3S3MA 4ELUA 1WAJA 2F8TA 1N5YA 1RTHA 4CGHA 4HUEA 1ZBLA 1XI1A 3QNOA 2KQ2A 1K6YA 3AO5A 5DMRA 3HVRA 4K8ZA 1RT6A 3U3GA 4FJ5A 2G8IA 1GOBA 3L2RA 3NF8A 3CG7A 4DU3A 3NDKA 2GBZA 3TAMA 3D45A 4LD0A 4E7KA 4DTPA 4HCBA 4F2SA 2NUBA 4FLWA 2OYQA 4DS4A 2VG7A 2Y1JA 4CJLA 3OYFA 3K59A 4E1NA 4NYFA 3SUNA 3HL8A 4FYDA 2P5GA 4J2AA 4HUGA 3C6TA 4OVLA 4BWMA 3HVTA 1L3UA 2FBVA 3AA5X 4CEFA 3HSTB 4CHNA 1EXQA 1SV5A 1BIUA 2ZD1A 5KTQA 4BDZA 2HHSA 1KFDA 2HVIA 3VQ9A 4HCCA 3E01A 3ZT4A 3KLGA 3H08A 1VSMA 3QEVA 2KFNA 1TK5A 3V9UA 1C0TA 4J2DA 3RRHA 1WSEA 3HPHA 4AHTA 5KRTA 1F21A 4E7LA 4N41A 3DLBA 4F3TA 3ITHA 3JYTA 2HNYA 2X6NA 1YVUA 1I39A 4LSLA 2PYJA 4Y1DA 3KK2A 2XY5A 1D9FA 3SQ2A 4CCHA 2HVHA 4EZ9A 3ALYA 3TABA 1T7PA 4B9LA 3LAKA 2KFZA 3AVHA 3LP2A 1NK6A 3DI6A 1T03A 3AA3A 2PY5A 4KB1A 3V9SA 3LWMA 1U4BA 4CFAA 1HMVA 4RW4A 1KLMA 3VQAA 1EP4A 5HLFA 4FJKA 4DMNA 4OPKA 1U47A 2F8SA 4H4OA 4OLAA 4I9LA 2OPSA 5KRSA 4HTUA 5JS1A 1S5JA 3PO5A 4FW2A 4B9SA 4RW7A 1C0MA 2RF2A 4W5QA 4EP5A 3AVFA 3OYMA 3K5LA 4KB0A 1VSIA 4HUFA 5C24A 1Q8IA 2DY4A 3O4QA 4CGFA 3KK3A 4CEZA 2VG5A 4E7IA 3SCXA 4FJ7A 3CFRA 1QE1A 3PO4A 2G8UA 4DLEA 4MFBA 1ZBUA 4KRFA 4CEOA 2O4IA 3T1AA 3M8RA 2OPQA 3THVA 3QETA 1YT3A 2GV9A 3HO1A 2RN2A 1TKXA 4CF8A 1VSHA 3SJJA 3OYIA 1NK8A 2GUIA 3NF9A 1JLEA 4KFBA 4CEEA 2I5JA 3LZJA 4CEAA 1EETA 4CF1A 1HJRA 2IC3A 4CHZA 3KD5E 3HT3A 1DTQA 4DSLA 3VQ8A 3AVMA 4KPYA 1RT1A 1QHTA 2WONA 4OPJA 1QSSA 3T19A 2HHTA 3EYZA 3B6PA 3VQQA 5HRRA 4IG0A 4FW1A 2OA8A 3KKSA 3SYZA 2QXFA 4CJSA 4DTSA 3VQ6A 4CK2A 4E1MA 3OS0A 3TAQA 1G15A 1J53A 1WN7A 3PX0A 2HMIA 3M8PA 4KTQA 5EU7A 3NFAA 4XIUA 2YHBA 2ZQBA 2QKKA 4OKEA 3AA4A 1RILA 4C8MA 3TR8A 1S1TA 4PY5A 1RBSA 4KTWA 2P51A 4FJJA 1NK7A 2LSNA 1Q9XA 3HPOA 3TARA 4IDKA 3OS1A 4DSEA 1QQCA 4KKOA 4RW6A 3QERA 4MQ3A 1T8EA 3AVLA 4WE1A 1ASVA 3KLIA 3ZSYA 4C8KA 2B5JA 3AA2A 1TK0A 4QOZB 3EY1A 1SL2A 1BCMA 2BANA 1S9GA 3G0ZA 4PQUA 4W5OA 3VA0A 2AJQA 1L5UA 2HB5A 1KRPA 1ZBFA 3IS9A 3OVNA 3RTVA 3RR7A 5JS2A 4FLXA 3ISNC 1B9FA 1KCFA 1QSYA 1RDBA 1L3SA 4FM1A 3DMJA 1JLBA 1JLAA 3AVBA 5FRNA 4KREA 3OYDA 3AVCA 1VRUA 3LZIA 4DTUA 4C8OA 4N76A 5CZ1A 3HPGA 2YKNA 2ETJA 4DTXA 3V6DA 1NJYA 4Y1CA 4Q5VA 4DTRA 3U6FA 3QEIA 1JLFA 2F96A 5KGXA 1BL3A 1A5WA 4IBNA 4O0IA 3KKRA 4FVMA 1C1CA 1RTJA 4Z4FA 4O55A 2JLEA 3NAEA 4IFVA 4CJFA 4B9TA 1BGXT 5HROA 2IAJA 4PA1A 5DK5A 1U04A 3BDPA 1FKPA 2ATQA 3KLFA 1I3AA 1HPZA 3V1OA 4Z4HA 1NJWA 2YNIA 4CJWA 2OZSA 1L3TA 1RBVA 3LP3A 2RKIA 4I7FA 4M3RA 4Q0BA 3RMCA 4E19A 3QESA 1TKTA 1WAFA 1RT5A 3WNHA 3OYLA 2QKBA 1TGOA 3OYHA 1X9MA 3SV4A 1TAUA 2HHWA 4LY7A 3TAFA 4CF2A 4NYNA 1Q9YA 3K5NA 1QS4A 4M45A 3IAYA 3VQEA 5K14A 3P83D 1UA0A 1RDCA 3DRRA 1EKEA 3NHGA 1T05A 2XY6A 2EX3A 3ZT2A 3I0SA 3OYKA 5J2QA 1IH7A 2Y1IA 5FDLA 3MXIA 2HHUA 2Z1HA 3V1QA 4CJ3A 4PUOA 4CGJA 1LW0A 5CZ2A 4DQQA 3NH2A 3L2VA 2HNDA 3NH1A 2IOCA 3LDSA 3OYBA 3KLEA 1W0HA 3SQ0A 4B9VA 4HVJA 4F8RA 4RW9A 1TL3A 1TV6A 3ZSQA 3OJSA 1NKBA 4DWIA 1BHLA 1C0UA 3DYAA 1EX4A 1B92A 3QIPA 4ZTFA 2DFHA 4ICLA 1FXXA 4C8NA 1ZYQA 1WSFA 1YTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRMA 1K8KB 2HOEA 4YOXA 2ASMA 4DQSA 4KHPK 4CGGA 4B9NA 2DFFA 1J9AA 2HBMA 2P5OA 1EO1A 5AZJB 2YCHA 2XRIA 1I94K 4RWTA 4DFMA 3CETA 2QWMA 4WYBA 2P9PB 1H1VA 1Y97A 1LAWA 3ZETA 5BN9A 1HNIA 4FXDA 2GUPA 1RT4A 4PL8A 3TTCA 1JXBA 1UWBA 4CEQA 2R7YA 4L3QA 1IO2A 3VPZA 3HK2A 2D4WA 1NLVA 4H5WA 1S6QA 3NGZA 5FPDA 5ADXA 3HJFA 4CE9A 3D2EB 3K9JA 1ITGA 2UXBK 1U2VA 2FBTA 1D8YA 1VHXA 5C42A 4DV7K 4B9UA 4M3XA 4E89A 2J4RA 3SUPA 4IFYA 4BDPA 3EN9A 1FW6A 1NGCA 3S3OA 1BG3A 3JAMO 4BWJA 4A62A 3AVIA 3IG1A 4CFCA 4M3ZA 3MN9A 1NGDA 3S3NA 4V19S 3TI0A 1BI4B 1T44A 3C95A 3DLLL 1XMOK 1CXUA 3SUOA 2IIRA 1WNSA 1KLNA 3FFKB 5ELZA 2YHXA 1Q82O 1CZ9A 5M1OA 4TSXA 4JD2A 3D0PA 2F9TA 3OYNA 1SKSA 5EX5A 3WXIA 1X9SA 4CHPA 1BDGA 4JI7K 1X9JA 2HNZA 4B1YB 3C6UA 4JKGA 4JN4A 3UB5A 2GX9A 1VQ4N 1X1PA 1RT2A 3KK7A 2QEXN 2ZJQL 4F4KA 3B8AX 4KTZA 1NGBA 4EZ6A 1WBDA 3J80O 1NJZA 4DU1A 3R8EA 4FJXA 1D5AA 1HKBA 1TYQB 3O3HA 3WNGA 3U3YA 3H45C 4WQ4C 1K73O 2O8FA 1WOQA 5SZTA 2I7PA 4DSJA 4GW6A 4MO4A 2E8AA 3ZSXA 3OS2A 5J2NA 1MU2A 4BRDA 4KHYA 3LPTA 4O4GA 1HPMA 3NCIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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