1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
molecule keywords INTEGRASE
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
2HW3A 3HP6A 1L3TA 3KK3A 1GOAA 4E89A 1LW2A 3TAQA 4KRFA 1KFDA 1RBSA 1X9SA 4F2RA 4B9UA 2Y1JA 4YFUA 2G8WA 1RT1A 4KPYA 3ZT1A 3MXIA 4MQ3A 5EU7A 4KHUA 3S9HA 1RT2A 1WSEA 2YKNA 1TK8A 2G8FA 1X9WA 4DMNA 5D3GA 4FJXA 3HYFA 1HNVA 2Z1HA 3DLEA 1BL3A 4O0JA 2Z1JA 4LSNA 5HP1A 1U04A 3OYEA 3QNOA 1Z25A 1IO2A 1JLAA 5CYMA 4M45A 3SV4A 4CJUA 3QERA 1T05A 4AHCA 4FJ5A 1WSJA 4DTUA 3QEVA 1VSIA 4CK2A 3OJUA 4WE1A 5HBMA 4W5QA 4DTPA 3AO5A 4B8CA 1JLFA 3EYZA 4KHQA 1C0MA 3L8BA 2EHGA 3ZSQA 1SV5A 2DY4A 1REVA 2DFFA 3QINA 1RDBA 4J2DA 4FW1A 4PQUA 2HVIA 1B92A 2ZQBA 3CYMA 3T19A 1BHLA 3TAPA 3ZSRA 1JLCA 3VQQA 1NOZA 3MECA 2W42A 1VSDA 1RILA 2HNYA 3DRPA 2OA8A 1TVRA 4CF2A 4CHNA 3OYHA 3V9WA 1EP4A 1WLJA 3QNNA 1UA1A 1Q8IA 4B9LA 1QQCA 4H8KA 3C6TA 4KI6A 1B9FA 1ZYQA 3OYFA 1RT4A 4AHRA 3RRGA 1VSEA 4IFVA 2OPSA 1BQNA 3F73A 2HHWA 4BACA 4FM2A 3C95A 1U4BA 3TI0A 1RT7A 1KLMA 3RMCA 2KFNA 3D0PA 1Q9XA 1S9GA 1XHXA 4CJ3A 2HHXA 4KI4A 3K59A 4DF4A 1TK5A 1FKPA 3AVCA 2ITGA 2WONA 4HUEA 1U45A 4F8RA 2Z1IA 3JYTA 4B3OA 4AHVA 3NBPA 3VN5A 3O3HA 3OYDA 1W9HA 1SL1A 4IFYA 1L3UA 1KRPA 4DQIA 4FJJA 1VSFA 2I5JA 1C1CA 2HB5A 4W5OA 3V4IA 1RT5A 4FJHA 1RDAA 4W5NA 4I7FA 1CXUA 4E1MA 4M3WA 2PZSA 1SKRA 4LSLA 4AH9A 3PX0A 4QCLA 4IKFA 4B8AB 4Z4CA 4DQQA 1ITGA 1S1XA 4CFDA 3CM6A 4QAGA 3ZSXA 1NJYA 1O1WA 3K2PA 5J1EA 4NYFA 2ZD1A 1LW0A 4M3UA 4DLEA 4KB1A 4CGDA 3AO3A 3VQCA 3V81A 1IKWA 4M41A 1VRUA 3HM9A 1B9DA 4DTSA 1KFSA 1FKOA 4FK0A 4CFCA 1DTQA 3LPUA 3MEEA 4BDYA 4M3XA 1TKZA 4DU1A 4DFPA 1WSFA 4CIFA 2KFZA 1QSYA 3KLFA 3VQ7A 2OPRA 4FM0A 1Y97A 4KHWA 1ASUA 1CZBA 4JLHA 4DSKA 1NKEA 3VA0A 1BCMA 4Q5VA 1S1VA 3V9SA 2XY7A 1XI1A 4F3TA 3NGZA 1N6QA 2XRIA 1RNHA 3FFIA 1U49A 3F9KA 4M3YA 4CCHA 3L3VA 4FJMA 4CJQA 2IGIA 4E1NA 2X74A 2Z1GA 1N5YA 3THVA 2JGUA 3G10A 5CY4A 1BQMA 3SQ1A 4FZYA 3AV9A 3QEXA 4M3ZA 3AVAA 4KHNA 4DSEA 3LP3A 4KTQA 4Z4FA 3ZT4A 3NDKA 3P5JA 4DU3A 2D0CA 1TK0A 5HLFA 1KLNA 4CEEA 4CHQA 4RW4A 4BE0A 1KVCA 3KLIA 3SV3A 3T3FA 2PYJA 4EZ9A 4CJVA 4K8XA 3LP1A 3AO1A 3PO4A 3NF7A 3DLRA 4IBNA 3QLHA 4CESA 3K5NA 4J2EA 4KHSA 4BE1A 4BWJA 4OLAA 3PO5A 3SPYA 4PY5A 3VQPA 3V1RA 3L2WA 4FJ9A 4OPJA 2OYQA 4E0DA 3JSMA 4EP5A 1HRHA 1XWLA 4CHZA 2P5OA 4CJ5A 2XO7A 3PV8A 4CJ4A 1SL2A 4KFBA 4HUFA 3ZT3A 3KLGA 4N41A 3TAFA 4AHUA 1LWEA 4FJNA 2G8KA 1TKTA 2YV0X 4AHSA 4LY7A 4R5PA 4BE2A 1XC9A 3DLHA 1CLQA 4I9QA 4W5TA 1W0HA 3ISNC 4OVLA 3WNEA 4B9SA 3HO1A 4CERA 3SYZA 4AILC 4DS5A 3SUPA 1NK0A 3VQAA 4XIUA 4FLYA 3IAYA 3SNNA 4NCAA 1A5XA 2WOMA 3VQBA 3SQ2A 2HHUA 3V1OA 1IKYA 2IC3A 3OS0A 4DS4A 5KRSA 4FLZA 4B9MA 4CJPA 4FM1A 1ASVA 3UIQA 2HVHA 3AA2A 3RR8A 3DRSA 5I3UA 1QSSA 3KLHA 4J2BA 2VWJA 2AJQA 1IKVA 4ZHRA 4F2SA 4E7IA 3B6PA 1A5WA 4FLWA 4GW6A 5FROA 3WNHA 1D8YA 2OZSA 1NJXA 4CGHA 2VG5A 3L2UA 3AA3A 4IDKA 1EXQA 5J2QA 5E41A 2A1RA 4DTNA 2G8VA 1CZ9A 4PUOA 1RT6A 3VQ6A 4N56A 4Q0BA 1RTHA 3O4NA 4CEAA 3D45A 2FBVA 2YHBA 4MFBA 3AVJA 4CHPA 1SL0A 4LH4A 4CEQA 2ATQA 1EX4A 3LWLA 4AHTA 4CJWA 4JS4A 1LV5A 2O4GA 4BDPA 1G15A 2E6MA 3DLKA 4O0IA 2P51A 3L2RA 4KTZA 1VK0A 4BDZA 4C8KA 3OYGA 4CFBA 4CEOA 3KKRA 4CFAA 1BIZA 2KQ2A 2B4JA 3LWMA 2BDPA 4FZXC 1UOCA 3AVMA 3NFAA 1MU2A 3OYCA 1NK6A 1L3SA 2VG7A 1JL2A 4BWMA 1X9MA 1S9EA 4Y1DA 2P5GA 1VSJA 3I8DA 3TARA 3KD5E 2VG6A 2QK9A 3SI6A 4C8OA 1U48A 4N5SA 4OKKA 2A1SA 3DLGA 4OJRA 1RDCA 4DTOA 4G1QA 3HVRA 3RRHA 1ZBHA 5KGWA 1JLQA 4FLTA 3OYIA 4DWIA 2YNFA 3T1AA 2PY5A 5C25A 1T8EA 3CM5A 4FK4A 3NGYA 1QE1A 1TKXA 4CF8A 1RTJA 5KRTA 2O4IA 1JLGA 3CG7A 1DTTA 4CJEA 5HRSA 2F8SA 1QTMA 4DSJA 5FRNA 3AVGA 4DQSA 3NCIA 4DTJA 4F4KA 2B5JA 4L8RB 5T7BA 4OPKA 3DOLA 3HT3A 1NK7A 1X1PA 5SZTA 4FXDA 4DG1A 4ID1A 2YKMA 3AO2A 3OYLA 3KK1A 3LZIA 3TWHA 1C1BA 2B6AA 4TSXA 2BE2A 4I2PA 4GVMA 1UAXA 3NF9A 4KV8A 3CFOA 4OKEA 4J2AA 5FRMA 3G0ZA 4C8NA 3AVIA 4F3OA 3SQ0A 3L2QA 4E7HA 3WNFA 2OPQA 5JS2A 3ITHA 4C8MA 1HQEA 2KZZA 1SUQA 3SCXA 4FCYA 1C0TA 2YNIA 3LDSA 2XY8A 2VWKA 3ZT2A 1IH7A 1S1UA 3P1GA 4OKJA 4O4GA 4PA1A 4KB0A 3I0RA 2P1JA 4DQPA 3AO4A 3AVLA 3OYBA 2DFHA 2HHSA 1JL1A 1HPZA 1UWBA 3LALA 5DMRA 3V9XA 2RPIA 1R0AA 2KW4A 4ID5A 1QS4A 2LSNA 3ZCMA 3NGIA 3TANA 1RTDA 4FVMA 1WN7A 3PUFA 4DLGA 3LANA 1U47A 5FDLA 4M3RA 2QKBA 1I39A 2R7YA 3KK2A 5C42A 3IS9A 1KVBA 2E4LA 3DYAA 3OS1A 4HVJA 3QIOA 3TABA 4OLBA 3U3GA 5HROA 3NH1A 2QKKA 5CYQA 3SPZA 3SUOA 1K6YA 3LP0A 4FJLA 3K5OA 4O5BA 1SKWA 3SUNA 3RMDA 4FJKA 5K14A 1TAUA 2RF2A 4RW9A 1IG9A 3RMAA 2FBTA 2E6LA 4RG8A 4CF9A 2G8HA 1HYVA 1TGOA 3HPHA 4CHYA 4CJRA 1F21A 3M8SA 4ELVA 1KCFA 1VSHA 1LWFA 2Q3SA 4NCBA 3NF6A 3OYAA 4KKOA 1J5OA 3BDPA 4N76A 1JLBA 3AVFA 3LAKA 4ZTFA 1C6VA 4DSFA 5HRPA 4NCGA 4E7LA 4CK3A 4DFKA 3V9UA 4CK1A 1WSHA 5DK5A 1NK5A 4O44A 3HK2A 2HHVA 3QESA 4OGCA 2IDOA 3KJVA 1NK9A 3RWUA 1RTIA 1VSMA 4E19A 4DTXA 3NF8A 1NJWA 1TV6A 2HNDA 3EZ5A 4Z4GA 3IG1A 3U3YA 2FBXA 3OJSA 3ZT0A 3O3FA 1LAWA 1UA0A 3DLBA 5CZ1A 4Z4IA 4YNQA 1FXXA 5SWMA 3NH2A 4FZZA 4JRQA 1BISA 3MEDA 4JRPA 4HUGA 3IRXA 3QIPA 3NHGA 4EZ6A 3AVKA 4FJIA 3ZSYA 4CJTA 1NKBA 4CGFA 3LP2A 4DF8A 2HHTA 4Y1CA 1YTAA 1T7PA 1NK8A 1RBUA 1VSLA 3ZSWA 1YVUA 3VQ5A 1HNIA 3OYNA 3KD1E 3QEPA 3KIOA 1VRTA 3ZSVA 2FBYA 3C6UA 5J2PA 2X6SA 1WAFA 3AVHA 1GOBA 1LAVA 5C24A 4GMJB 4EP4A 3SJJA 4ZTJA 3TR8A 4B08A 2GBZA 5J2MA 2DFEA 4FJGA 1I3AA 2D5RA 3V6DA 2IOCA 3HP9A 4CIGA 4NYNA 4ICLA 2F96A 4UQGA 1T03A 3RR7A 3LZJA 4H4MA 4DSLA 3M8QA 3CFRA 1S1TA 2ETJA 1NK4A 1HJRA 3VQ4A 4I2QA 3V9ZA 4DU4A 1A5VA 1S6QA 2IS3A 4M42A 1SKSA 4FLXA 4CJKA 3MAQA 3A2FA 2G8UA 3M8RA 3DOKA 3HXMA 4O55A 3CQ8A 4ELUA 1S5JA 3MEGA 2BGGA 4RW8A 1JLEA 4Z0UA 3ULDA 2GV9A 4OGEA 1D9FA 4KAZA 2HNZA 3SZ2A 2YNHA 4LD0A 3HPGA 3O3GA 1LWCA 3DM2A 4CGGA 3L2VA 4IG3A 4Z4HA 3AA4A 3VQ9A 4FJ7A 1WSGA 4IG0A 4CE9A 1HYSA 1C0UA 4W5RA 4M3TA 4K8ZA 1KSPA 4Z4EA 2D0AA 2D0BA 1D9DA 3OVNA 4QOZB 3KTQA 1RCHA 1L5UA 3MXMA 3I0SA 3NE6A 1KVAA 2XHBA 1RBTA 4LH5A 4FYDA 3HL8A 5HRNA 2Y1IA 1TL3A 2QXFA 2F8TA 3RTVA 1J9AA 4KHYA 3QO9A 1J54A 4I9LA 3QEIA 1S1WA 4FLUA 4DFMA 4CECA 4CJSA 4HCBA 2GUIA 3OYJA 4CF1A 3HPOA 3CFPA 1QSLA 3C94A 3K58A 2XY5A 2IAJA 3ALYA 3QEWA 3LPTA 1IKXA 3WNGA 4ELTA 3PX6A 4HTUA 1BIUA 3LAMA 1ASWA 1XHZA 4CIEA 4DQRA 3QETA 4DTRA 2PYLA 4KREA 1YT3A 1NJZA 2KZMA 3TAMA 1TKDA 1Q9YA 1KTQA 2EX3A 1Z26A 3ASMA 1RBVA 3KKSA 3TAGA 2G8IA 3BGRA 1QHTA 1NKCA 4FW2A 1EETA 1TL1A 3PX4A 4CJFA 5CZ2A 2XY6A 4CEBA 5I42A 4C8LA 4PWDA 4B9VA 1HMVA 3S3OA 1RT3A 1JXEA 3VQ8A 1CXQA 4CJLA 3K57A 4JS5A 1YTUA 2OZMA 3DI6A 5KGXA 4DTMA 1VSKA 1RBRA 3K5MA 3MXJA 2DTUA 3U6FA 2JLEA 5HRRA 3OYKA 3DMJA 2ZE2A 1BI4A 3AA5X 4KTWA 4CEZA 3AVBA 5KI6A 3OY9A 1D5AA 4HHTA 1ZBLA 3S3NA 2X78A 1ZBIA 3SUQA 1FK9A 3DRRA 4KO0A 3VA3A 3K5LA 3O4QA 1GOCA 1TAQA 1WNSA 4H4OA 4N47A 2KTQA 1WSIA 2HHQA 3M8PA 1C1AA 4DSIA 3HSTB 1JKHA 1BCOA 3OYMA 3SQ4A 1ZBFA 4CEFA 3TAEA 3H08A 3P83D 4E7JA 4HCCA 5J2NA 4B9NA 4DFJA 4B9TA 1EKEA 4CEDA 2YHAA 4RW6A 1BI4B 4FK2A 1RDDA 1DLOA 4FLVA 2BANA 2X6NA 3VQEA 3L3UA 4RW7A 4CHOA 3NH0A 1S6PA 2RN2A 1HQUA 4E7KA 2YNGA 2RKIA 5KTQA 1NOYA 2HMIA 1BGXT 3HVTA 2OPPA 4E3SA 4CGJA 1L3VA 5JS1A 3V1QA 3VQDA 1JXBA 3NAEA 4FJ8A 3KLEA 3HJFA 3AVNA 3ZSOA 3S3MA 3RMBA 2FC0A 1J53A 1HYZA 1ZBUA 3B6OA 3OS2A 1WAJA 3PY8A 4CF0A 3ZSZA 3E01A 4CGIA 2NUBA 3EY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BEXA 1L3TA 4HTLA 4E89A 5ADXA 3TTFA 2Y1JA 1RT1A 2NRZA 3C0BA 1TK8A 1X9WA 4DMNA 5LY3A 4FJXA 3DLEA 3WQUA 4LSNA 4IEIA 4CVNE 1BA0A 4DTPA 3AO5A 1QZ5A 1KAYA 3EYZA 4GKKK 1REVA 1IJJA 2DFFA 3QINA 4J2DA 1BA1A 2ZQBA 3TAPA 3VQQA 1NU0A 3IUCA 2W42A 2HNYA 4CF2A 4CHNA 3OYHA 3QNNA 1UA1A 4KI6A 1XQSC 3OYFA 3D2EA 2OPSA 1BQNA 3F73A 1RFQA 3C95A 3TI0A 1RT7A 3D0PA 1Q9XA 4CJ3A 3ULEB 3EE9A 2HHHK 4DF4A 3AVCA 4B3OA 3OTOK 4ILJA 2Z1IA 3E9OA 3VN5A 4FWLA 3ZETA 2HB5A 3V4IA 4BGAA 2ZWHA 4I7FA 2GTDA 1SKRA 5FPMA 1YXQA 4IKFA 4H0OA 5EOYA 3CJ7A 1YI2N 4QAGA 5J1EA 4X66K 4DLEA 4X62K 3EKUA 3EE8A 4K43A 1HKGA 3HM9A 1B9DA 3WXMB 4M3XA 3MEEA 4DU1A 4DFPA 1NWKA 1WSFA 1QQOA 4KHWA 2CGKA 3VQ7A 3IKMA 4CZMA 3ATUA 1NKEA 3VA0A 1BCMA 2E2OA 1S1VA 1TYQA 3V9SA 1XI1A 3W0LA 1RNHA 1U49A 2UU9K 4M3YA 4CCHA 4FJMA 4JD2B 3DJCA 2FXUA 1N5YA 3AV9A 4B3RK 2NRHA 4KHNA 4Z4FA 4KTQA 3ZT4A 4DU3A 4WQ4A 4CZFA 2D0CA 3SJHA 4K8XA 4EIAA 1KVCA 3SV3A 3D2FB 3GBTA 3A5LC 3NF7A 4IO8A 3QLHA 4CESA 3K5NA 1XMQK 3SPYA 3VQPA 3D7EO 3V1RA 4FJ9A 4LFCK 4MO4A 4KH4A 3JSMA 1HRHA 5LJWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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