1VSFA

Asv integrase core domain with mn(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
molecule keywords INTEGRASE
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsfA00
1C0UA 3HPGA 5C42A 3PX4A 1X1PA 3NF7A 4RW7A 5T7BA 3OYNA 2XY8A 1ZYQA 1HYSA 4W5RA 4CHYA 2DY4A 1DTQA 2F96A 1IG9A 1TKDA 1KFDA 4HVJA 3O3GA 3AVMA 3TANA 3KD1E 5HRNA 4OKEA 4DQRA 1VSFA 3L2UA 3KLEA 3JYTA 1BI4A 2PYLA 4DSIA 4PY5A 1EETA 4M3RA 1L3TA 2P5OA 4FZYA 1IH7A 4W5NA 4M45A 3O4NA 1LWFA 3QNOA 1S6PA 4OKKA 3SQ0A 1RTIA 1TKXA 4CJ4A 1BQMA 3VQEA 3IG1A 1RDDA 4E19A 1EXQA 3S3NA 1YVUA 4I7FA 5I3UA 1ZBFA 4F3OA 3HL8A 1HNVA 1IKVA 4RW9A 2G8IA 3M8PA 4CHNA 4DQSA 4DQQA 1SKSA 1TL1A 3ZSRA 4DSKA 4KI4A 3DI6A 4YNQA 5J2NA 4DTOA 1RCHA 1NK6A 1JXEA 3NH0A 1ZBLA 4FJMA 4OGEA 3ZSXA 1JKHA 3H08A 4H4OA 2HHXA 1RT7A 2HHVA 1BCMA 3B6PA 4W5QA 3RMCA 5D3GA 3OYMA 4KV8A 1RT1A 4O5BA 1EP4A 1TVRA 3TWHA 1LWCA 4DTUA 3ZSOA 4CEEA 1JLEA 1RNHA 3HSTB 4CF2A 4ELVA 2Y1IA 1B9FA 3S3MA 4Z4GA 3SJJA 3K58A 2IOCA 3LZJA 4R5PA 3L3VA 1BCOA 1S6QA 1REVA 4DSFA 4E7KA 1VRTA 2WONA 3P83D 4AH9A 4OKJA 3SV3A 1TAQA 4I9LA 4FVMA 1BL3A 4NCAA 1DLOA 1A5VA 4CFDA 4E3SA 3RRHA 2X6SA 1XHZA 4B9UA 1BGXT 3LP0A 1BHLA 1D8YA 2QXFA 1GOCA 1XHXA 4CK3A 3THVA 2ZQBA 3DRSA 2O4GA 4C8NA 3NAEA 3CQ8A 3V9UA 1SL2A 4KB0A 3KLIA 1VSKA 5KTQA 4DSLA 4CEOA 1RDBA 5CZ1A 2W42A 3K5LA 3RMBA 1K6YA 3MXMA 2NUBA 3LWLA 1B92A 4E89A 4MQ3A 1JLGA 3T1AA 3CFRA 1BIUA 2XO7A 4JRPA 1L5UA 4KB1A 3KK1A 1NJXA 2B6AA 2HHQA 1L3UA 2IDOA 3DOKA 3O3HA 3AVLA 1KSPA 2G8HA 4DMNA 2OA8A 1TKZA 2ATQA 1ITGA 1RBUA 3C94A 3OS1A 4FLTA 3TARA 2XY6A 4LSNA 4CHPA 4DQPA 1ASVA 2GBZA 1RBVA 1RTJA 3AO4A 4FM0A 4E0DA 3ZT4A 3LZIA 3DLBA 4J2DA 2FBXA 1NOZA 2Z1GA 3KIOA 1J9AA 1KFSA 4B9MA 3MECA 4PWDA 4E7IA 4AHCA 2RKIA 1TGOA 3NGYA 5J2QA 4KTZA 3OYGA 1SKWA 2ETJA 1ZBUA 1RBSA 1KRPA 3MEDA 2EHGA 4RW6A 2HMIA 1IKXA 1HJRA 3CM5A 5KGXA 4LH5A 2P51A 3AVAA 3KKRA 4UQGA 3DLKA 5HP1A 4FW1A 4DFJA 4KO0A 1WSJA 2IS3A 4FJJA 3HM9A 3DLGA 4CJEA 2HHUA 2D0BA 1XI1A 1WAFA 4CEQA 2WOMA 1UA0A 1KTQA 4B9TA 1LV5A 2DFHA 3TABA 1JLQA 1I3AA 5J2MA 1NKEA 3M8RA 3VA0A 4O55A 4KHYA 4Q5VA 2FBTA 3DRRA 5KGWA 3NGIA 4Q0BA 2HHTA 2VWKA 3ZT0A 5DK5A 1Z25A 2HHSA 3JSMA 1WLJA 4DU3A 4O4GA 4FK2A 1HMVA 4Z4HA 2XY5A 2YNFA 2G8VA 3IRXA 4BWMA 3T19A 2YV0X 4CEAA 4ID5A 1N5YA 2PYJA 5HRSA 1QTMA 1L3VA 3PO5A 4M3XA 4Z4FA 4DQIA 4FLUA 1IKYA 4AHTA 4CGIA 3L2VA 4M42A 5EU7A 3ZT1A 1S5JA 4OPJA 4M3YA 3PUFA 4CJFA 4FLYA 4OLAA 4F2RA 3QINA 1S1TA 4OVLA 4FJ8A 4DF4A 4CJLA 1TL3A 2JGUA 3IAYA 3LANA 3KK3A 1WSEA 2Q3SA 4CFAA 3VQBA 2G8WA 3TAFA 3U3GA 3DM2A 4CJQA 4DTSA 3ULDA 1LWEA 1RT2A 1NK0A 1S9GA 1CXQA 2OPSA 4B9SA 4KFBA 4J2BA 4CGDA 1S1VA 2BANA 1J54A 3LALA 1WAJA 3P1GA 4LY7A 3WNHA 5HROA 1TAUA 3QEVA 3QO9A 4AILC 1QSLA 4IG0A 3AVHA 3MEEA 3HPOA 5FRNA 4CJWA 3BDPA 4DG1A 1KCFA 1TV6A 1GOBA 2RPIA 2JLEA 4CJVA 3ITHA 5K14A 4DLEA 4CJ5A 2G8FA 3PX6A 2LSNA 4B9VA 1RT4A 3HVRA 4XIUA 1F21A 1RDAA 2DFFA 3D0PA 1NJWA 1WSIA 4BDYA 4CERA 1VSLA 3MEGA 3LAKA 3HVTA 3OYEA 2KFZA 2E6LA 1GOAA 4I2QA 3NH1A 1FK9A 2DTUA 4W5OA 1CZ9A 3QIOA 4CHZA 1BISA 1TK5A 4ZTFA 1RTHA 3V1RA 1U48A 5E41A 1T7PA 1L3SA 4ICLA 3VQQA 4FCYA 1C1AA 1KLNA 4E7HA 2YKNA 2FC0A 4C8MA 1QE1A 3G10A 3OYHA 3TAQA 3V9SA 3OS2A 1VSMA 1YT3A 3AO2A 3LAMA 3ZSVA 4CEFA 4OPKA 5C25A 3KK2A 3RR7A 3AO5A 3G0ZA 1BIZA 4YFUA 3PY8A 4DFPA 4FLVA 1UA1A 3AVGA 1LAWA 3KD5E 3M8QA 2VG7A 3OYAA 1VSIA 3K59A 3C6UA 4FW2A 4HUFA 3SV4A 4IDKA 3DLHA 2IC3A 1UAXA 2YNIA 3QESA 4WE1A 3SUOA 4C8KA 4FJXA 2O4IA 1RBTA 1YTAA 2PY5A 3S9HA 5CYQA 1Q8IA 4BDPA 4CGJA 2YKMA 4E1MA 4M3TA 1RTDA 4FXDA 4DLGA 3SQ4A 3DOLA 4CIGA 1B9DA 3CG7A 2F8TA 1NJYA 2KQ2A 3ZT2A 5HRRA 4HUGA 4KRFA 1XWLA 3KKSA 3OYBA 4DSJA 2E6MA 4O0JA 4CIFA 4L8RB 4CF9A 3V81A 1XC9A 3NHGA 3OJUA 3OYFA 4ID1A 3PV8A 2D0CA 3L2RA 3I0RA 3WNGA 1UOCA 1TK0A 5JS1A 3NBPA 3CM6A 4CESA 5KRSA 1KVAA 2XHBA 2X78A 3KLHA 4B3OA 2HVIA 3TAPA 3K5OA 3SZ2A 1JLBA 2YNHA 4LH4A 3ZCMA 2G8UA 3RWUA 3CYMA 1ZBHA 3V9ZA 2PZSA 3SUNA 4FJ5A 4JS4A 4PUOA 1W9HA 2KFNA 2BGGA 1HQEA 4KREA 3SPYA 3C6TA 1SL0A 4FZZA 2FBYA 4CHQA 4FM1A 4C8LA 3SUPA 4BE2A 2HNYA 4CJKA 2ZD1A 1NK4A 2IAJA 4DTMA 4Z0UA 4F3TA 4B8AB 3UIQA 4Y1CA 1WNSA 5KI6A 4DTJA 1CXUA 3ZSYA 4EP4A 2D5RA 3LWMA 3AA5X 1NKCA 2AJQA 1NK7A 2OPQA 4B08A 3P5JA 1FKPA 2P1JA 4O44A 4OJRA 3RR8A 1VSEA 3DYAA 4JLHA 4CJUA 2OPRA 1HQUA 3KLGA 3EZ5A 4DF8A 5I42A 1D9FA 2OYQA 1R0AA 4FK0A 4H4MA 3ISNC 1U4BA 4FM2A 3NCIA 4W5TA 3SQ1A 4CEBA 1BQNA 4KTWA 4N41A 4CFBA 2OZSA 4ELTA 3VQ7A 4C8OA 1T03A 2KTQA 2A1RA 3DRPA 3ZSWA 5SZTA 3SUQA 3AVBA 3L3UA 5SWMA 1TK8A 4B9NA 3NDKA 3LDSA 4CK2A 4BE0A 4F4KA 4PA1A 2VG5A 1ZBIA 4GW6A 3DLEA 3VN5A 4E7JA 3KJVA 4CJTA 4DU1A 2X74A 4FJNA 4OLBA 4NCBA 4FJ9A 4RW8A 3NF8A 4KHUA 3T3FA 2QK9A 1A5XA 2B4JA 1EX4A 2ZE2A 3AO1A 3TR8A 3VQDA 4B8CA 3CFPA 4E1NA 3AVJA 3SCXA 1NKBA 4B9LA 4QOZB 5CZ2A 3NF9A 1JLFA 3WNFA 2EX3A 3VQAA 4CF8A 5HRPA 2A1SA 3D45A 3NGZA 3SI6A 1HYVA 5J1EA 1U45A 2I5JA 1JL1A 4FJHA 4DS5A 3HP6A 4HTUA 3QEXA 4CGFA 2P5GA 4IFYA 4FYDA 1RILA 3L2WA 3M8SA 1RT5A 1WSGA 4CIEA 1WSHA 3NFAA 1SL1A 4NCGA 2QKBA 3TAGA 1T8EA 3HXMA 1YTUA 1LW0A 3DMJA 3HYFA 3U3YA 3V4IA 1QQCA 1QS4A 3ZT3A 1FKOA 3SQ2A 3EYZA 4M3ZA 4FJLA 1Q9XA 1W0HA 2IGIA 3OYDA 3O3FA 5DMRA 4CEDA 1VK0A 2VG6A 4AHUA 2B5JA 3OYJA 3L2QA 4H8KA 3OJSA 3NH2A 2HVHA 1X9WA 4J2AA 1HRHA 3K2PA 3AVFA 3K5MA 1EKEA 2HHWA 4CJSA 4FJIA 2OZMA 3AVCA 4DFMA 3ZSQA 3RMAA 1T05A 2ITGA 3QNNA 1UWBA 1VSDA 4CJ3A 2BE2A 4CFCA 1ASUA 1Z26A 3AA4A 4NYFA 3OY9A 4M41A 4FJGA 1WN7A 3QLHA 3DLRA 4IKFA 4HCBA 2HB5A 3VQPA 1LW2A 1NK8A 2HW3A 2XRIA 3AVNA 3F9KA 3NF6A 3KLFA 1D9DA 4ELUA 1VSJA 3AV9A 1U04A 3WNEA 1RBRA 4DSEA 4GMJB 4DWIA 3LP3A 4CE9A 3K5NA 5CY4A 1KVCA 2R7YA 4RG8A 4KI6A 3AVIA 1RT3A 2DFEA 4KTQA 3MXJA 1C6VA 4BWJA 3I8DA 1RT6A 3QEWA 4KHQA 5J2PA 4K8ZA 5FDLA 4EZ9A 2E4LA 1QHTA 2QKKA 1JXBA 5CYMA 3KTQA 1FXXA 5FROA 4N5SA 3K57A 1X9MA 4Z4EA 3VQ8A 4GVMA 1DTTA 1HYZA 4EZ6A 3VQCA 1X9SA 4FJ7A 4E7LA 2OPPA 3QIPA 3RMDA 1N6QA 4KHSA 2YHAA 1G15A 3ASMA 3TAMA 4DS4A 1KLMA 2RN2A 2GUIA 4CEZA 2FBVA 4M3WA 4NYNA 2KZMA 4CECA 3V6DA 4FJKA 2Z1HA 2Z1IA 2HNDA 3C95A 3LPTA 4CF1A 4CHOA 3SPZA 2RF2A 4I9QA 1ASWA 3OYCA 4JRQA 4FZXC 4BDZA 1S1UA 3QEPA 4N76A 2YNGA 4CF0A 3HO1A 1RDCA 4AHVA 3OYLA 4OGCA 1A5WA 1MU2A 3CFOA 4AHSA 3NE6A 4DTPA 3OVNA 1IKWA 4M3UA 1QSSA 4G1QA 4F8RA 4CJPA 5KRTA 4KHWA 1VRUA 2GV9A 4JS5A 3PO4A 3QERA 3AA3A 1HNIA 3HPHA 3ALYA 3O4QA 4IFVA 4LSLA 3F73A 4DTRA 4CCHA 5FRMA 2F8SA 1JL2A 4TSXA 1SV5A 1SUQA 4CK1A 3LP1A 1QSYA 1C0MA 3AA2A 2D0AA 3TI0A 4LD0A 3HK2A 1C1CA 1IO2A 5JS2A 3HT3A 4K8XA 3OYKA 3SYZA 4N47A 4MFBA 4DTXA 4FLZA 3ZSZA 3MXIA 4PQUA 3VQ6A 2HNZA 2G8KA 2Y1JA 4IG3A 1J53A 1D5AA 4BE1A 1NJZA 1J5OA 4F2SA 3HJFA 2KZZA 4AHRA 1NK5A 1BI4B 3EY1A 1CLQA 3I0SA 1I39A 4RW4A 3B6OA 3S3OA 3V1QA 4ZHRA 1S9EA 3SNNA 4QCLA 3BGRA 4DFKA 4DTNA 1O1WA 1S1WA 3V9XA 4Z4IA 3OS0A 4CJRA 1VSHA 2X6NA 3HP9A 4O0IA 3TAEA 3AO3A 4J2EA 1U49A 1U47A 1NOYA 4Y1DA 3RTVA 1WSFA 3VQ9A 3V1OA 4KHNA 4KKOA 3QETA 2VWJA 3FFIA 1KVBA 3QEIA 4DU4A 1S1XA 4IBNA 3OYIA 3U6FA 1CZBA 1C1BA 4I2PA 1Q9YA 3E01A 1Y97A 2Z1JA 3A2FA 3VA3A 2BDPA 4HHTA 1HPZA 3AVKA 4FLXA 3MAQA 5HBMA 3LPUA 4HUEA 1SKRA 4KPYA 4BACA 1NK9A 3LP2A 4QAGA 4CGHA 4CGGA 3PX0A 4FLWA 1JLAA 1LAVA 1TKTA 3L8BA 4FK4A 4KAZA 3RRGA 4HCCA 3VQ4A 4Z4CA 5HLFA 4ZTJA 2YHBA 4N56A 3IS9A 1JLCA 3VQ5A 2XY7A 2KW4A 5C24A 1C0TA 3V9WA 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY8A 3O9UA 3O80A 3F2KA 1SQKA 4CHYA 3SMSA 1J6ZA 4GY2B 1KFDA 1XNRK 2PYLA 4FZYA 1IH7A 1V4SA 4BGAA 4LFCK 1DT9A 4OKKA 1RTIA 1JCGA 4XH4A 4E19A 1YVUA 4I7FA 4ISGA 3HL8A 1IKVA 1CZAN 3M8PA 4DQSA 1SKSA 4DSKA 4KI4A 1S72N 5H1SQ 2QWRA 4CZGA 3NH0A 2E2OA 4NLCA 4W5QA 4OPAA 1R59O 1EP4A 1TVRA 4JK9A 2OCEA 4DTUA 5JLFA 1X3MA 3O1BA 4CEEA 2A40A 2VWBA 2HHHK 5AQIA 3SJJA 1XQSC 3LZJA 3QFPA 4BREA 4DR1K 4IEIA 4DSFA 1VRTA 4OKJA 3QICA 3ENOA 3RRHA 4B9UA 5AQSA 4DR4K 3LP0A 4ISEA 2QXFA 4CK3A 3OBWA 2O8EB 4BRQA 3SAHA 3K5LA 2NUBA 1B92A 2P9SB 2Q1NA 3T1AA 3I55N 4JRPA 4KB1A 4YY3K 3AVLA 3ID8A 1KSPA 4DMNA 3CJ9A 1GLFO 2FF6A 3SK3A 4JNEA 3L4QA 4FM0A 3MN9A 3DLBA 4BY9C 3THWA 1J9AA 3WXLA 3R6MA 4PWDA 4CZMA 4AHCA 3NVMA 1TGOA 1ZBUA 2ETJA 2EHGA 1HJRA 3C6HA 4KO0A 2HHUA 3DLGA 1VAZA 2D0BA 1QQMA 4DKWA 2DFHA 2ZJRL 4DB3A 3NGIA 3LDOA 1Z25A 2HHSA 4DU3A 1OH6A 1KAYA 1HKBA 1IJJA 1N5YA 2YV0X 4JKDA 5AQZA 5AQVA 4NB4A 4M3XA 3PO5A 1Z05A 4Z4FA 4M42A 3L2VA 4M3YA 3ZT1A 1S5JA 3PUFA 4BRLA 4G9ZA 2NRRA 3O9SA 4FWQA 1YUWA 4DTSA 3LDLA 4BC2A 4LY7A 5HROA 3QO9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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