1VSJA

Asv integrase core domain with cd(ii) cofactors
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endonuclease
molecule keywords INTEGRASE
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsjA00
1BL3A 4ELUA 2FBTA 2HVIA 3OYMA 1X9WA 2RN2A 1D8YA 4BWJA 3I8DA 4PUOA 3NGIA 3B6PA 1TK8A 3QINA 1ZBIA 4F2SA 3NF7A 5JS1A 4UQGA 1NJYA 1JLEA 1FKOA 3M8SA 4B3OA 3NGYA 1KVCA 4FM2A 4FVMA 1NK5A 4FYDA 3KLEA 1LV5A 3ZT1A 3VQ5A 3VQAA 3MEEA 5HRPA 1T8EA 3HK2A 3AA4A 3MEGA 1TKTA 3I0RA 1VK0A 3A2FA 2Z1JA 4WE1A 4AHRA 4CJFA 4DFMA 1VSFA 4FJLA 4M3UA 3VQ8A 3VA3A 1Q8IA 2X78A 3AVAA 1HMVA 3HPHA 4DSFA 4DTOA 3IAYA 1ZBLA 1ASVA 1JLFA 1GOAA 4KI4A 4FM0A 4F8RA 1WLJA 4FLWA 3AA2A 4MFBA 4O44A 2YV0X 4Z0UA 4KKOA 5K14A 4FW2A 3S9HA 3NH0A 4J2BA 2HB5A 4AH9A 3BDPA 1DLOA 1BISA 4CIFA 3L8BA 4E7JA 5FRNA 3AVGA 2O4IA 2HNDA 1IH7A 2JGUA 4KV8A 3V9UA 5J2QA 3VA0A 3MXMA 3PV8A 4HCBA 1JLGA 3DRPA 2ZQBA 4CEOA 1TGOA 5J2MA 1S9EA 3E01A 3G10A 2P5OA 3OYNA 5KGWA 4L8RB 2KFNA 3CFOA 3IRXA 1D5AA 3C95A 4B9VA 2BGGA 3PY8A 1JKHA 2PYJA 2KZZA 4IBNA 4Z4FA 1L3UA 4C8MA 3AVFA 3QNNA 3VQEA 2IC3A 4CIGA 1HPZA 5C24A 3OYGA 4DTUA 4ID1A 3OYEA 4DU4A 1IKWA 1WAFA 4AILC 3SQ2A 3TI0A 4FK0A 4FLUA 4CEBA 3VQ9A 4FZYA 3QEWA 3CM6A 3HL8A 4CF9A 3DLEA 3O3FA 4BDZA 5CY4A 4BE2A 4DTJA 3SQ0A 2G8VA 1EX4A 3KKSA 1C0MA 3KK3A 5FDLA 1X9SA 3KTQA 4DTNA 4FJNA 4OGCA 3OYJA 2E6LA 1RNHA 1RDCA 2BDPA 4CCHA 4OKKA 3DLGA 4KHQA 4KHUA 4B9SA 4FZXC 2VWKA 3LZJA 4FJ8A 4KREA 1LAVA 3V4IA 3HSTB 1X1PA 1VSHA 1JXBA 3M8QA 4W5OA 3F73A 2Z1IA 2F8SA 2B6AA 5HRNA 2IOCA 4DS5A 4CF1A 4DU3A 1VSKA 5FROA 1CZBA 4I9LA 3L3VA 5HP1A 3S3NA 3UIQA 3QO9A 3NCIA 4Y1CA 1RBVA 2OPRA 2YKNA 3KLIA 2P1JA 1C1AA 1LWCA 4O55A 1WSIA 2ETJA 3LDSA 3ISNC 4QOZB 3LWMA 1DTQA 4Y1DA 2WOMA 5T7BA 4AHTA 3RTVA 2KW4A 1UOCA 1SUQA 1KFSA 2KTQA 3QLHA 5CZ2A 3L2UA 2YKMA 4CJTA 4CFAA 1NJZA 1WN7A 4M3WA 4NYNA 4F3OA 4E7KA 2GV9A 4EZ9A 3JYTA 3RMAA 2XRIA 4M3YA 1MU2A 3HPGA 3LP0A 4F3TA 1T7PA 5EU7A 3ZCMA 3AO5A 3LP2A 1J53A 1WNSA 1KVBA 4DF8A 3DLBA 4DSJA 4PY5A 1NK9A 4N41A 1J9AA 3C6UA 3C6TA 3DRSA 3DLHA 4KB0A 4JLHA 1B92A 4Q5VA 4BWMA 1O1WA 2XHBA 3ZSVA 5KI6A 4CJWA 3OYAA 1A5WA 4CK1A 3S3MA 4CGGA 2HNYA 3SUQA 2HW3A 3BGRA 1HRHA 1LWFA 3V6DA 3ZSRA 4YNQA 4CEZA 5HBMA 3RMDA 1TAQA 4F4KA 4JRPA 1W9HA 3KD1E 4FLVA 1DTTA 3WNEA 4FM1A 4J2EA 4FJ7A 3ZSYA 4KHNA 1SV5A 2Z1GA 3K58A 3QEPA 1QSLA 1WSHA 2OZMA 4DWIA 2HHUA 1HQUA 4CHNA 3V1RA 3G0ZA 4CEAA 1B9FA 5JS2A 3ZSWA 3FFIA 3TARA 5DMRA 1U04A 1JXEA 1U49A 1S9GA 1J5OA 4FJJA 3KK1A 3OYBA 1HJRA 1RT7A 3K2PA 5HRRA 4JS5A 1S1VA 1SL2A 4J2AA 3RR8A 1JL2A 3OYFA 2YNGA 3SQ1A 4HVJA 3T19A 4CJVA 4FJXA 1VSDA 4FJKA 4E1NA 4E7IA 4B9TA 1W0HA 3AA3A 4DQSA 2Y1IA 3DOLA 3ZSQA 3K5MA 3THVA 4KHSA 4OVLA 1BCMA 4FJ5A 3DRRA 3VQ7A 1XWLA 3OYLA 4KHYA 4IFYA 4NCBA 2P5GA 4I2QA 1RBTA 3WNHA 3LP3A 1Z26A 4LY7A 5CYMA 3OYKA 1KLMA 3ZT3A 3LPTA 3ZT2A 2G8HA 2OZSA 4HCCA 2HHVA 1U47A 1TK5A 1ZBFA 3AA5X 3KIOA 3LWLA 4OGEA 4DSLA 3RRHA 3MXIA 3VQDA 4RW8A 3TAQA 1QS4A 2OPQA 3V9XA 4W5NA 3AVBA 1U45A 1LAWA 1JLCA 3NAEA 1WSJA 1REVA 4FLXA 1NKEA 3SUOA 1ASWA 3SPZA 4FJHA 4OPKA 1RBSA 2RPIA 4BE1A 3O3GA 2NUBA 4CHPA 2XY8A 4NYFA 4B08A 3SZ2A 4OKEA 1VRUA 1NK4A 1SL1A 4DQQA 3CYMA 2G8UA 1WSFA 1JL1A 1BQNA 3NF6A 4KB1A 2G8KA 1NJXA 5KRTA 3AO4A 4N47A 2X74A 4GVMA 1IKXA 4RG8A 1RT5A 1X9MA 2BANA 3LAKA 1C6VA 1BQMA 3EY1A 3TWHA 4DTRA 4B9MA 1RT2A 4C8KA 5FRMA 5D3GA 4FK4A 3SV3A 3QEIA 4O0IA 1U48A 4FJMA 4Z4HA 1TVRA 2E6MA 3NDKA 1A5VA 4EZ6A 3U6FA 5KGXA 3VQ4A 1N6QA 4FLYA 3M8RA 1NK0A 1Z25A 4BDYA 3DM2A 3EYZA 1CXQA 1RT1A 3AVJA 3KLFA 3EZ5A 4RW4A 3DMJA 4TSXA 2GUIA 1GOBA 3HVTA 1RT3A 3VQCA 3VQBA 3SUPA 1N5YA 4IFVA 1C0UA 3PX4A 1BI4B 4DSIA 2VG5A 3I0SA 3CM5A 2YNFA 3NFAA 2FBXA 4Z4GA 1TAUA 1BI4A 5SZTA 1A5XA 4HHTA 1L5UA 2PY5A 2F8TA 4LD0A 2QK9A 1WAJA 2D5RA 3SPYA 1TL1A 1RT6A 4BDPA 3DI6A 3OVNA 3KLGA 2A1SA 4FXDA 1HQEA 1RDAA 4OLAA 2DFFA 2IGIA 3NGZA 4CGDA 3V9WA 1SKRA 2OA8A 3P1GA 2HHQA 5I3UA 1D9FA 2B4JA 4KFBA 4B8CA 4CJSA 4CF2A 1QE1A 4M3RA 4DLEA 4DLGA 4MQ3A 2HNZA 3TR8A 4EP4A 4YFUA 1EXQA 3DYAA 2XY7A 4O5BA 5DK5A 4HUFA 3LAMA 1WSEA 1L3VA 1LW0A 4PQUA 4DU1A 3JSMA 3O4QA 1U4BA 1Q9XA 1IO2A 3ZT0A 2HHSA 2YNIA 3DLKA 3RMBA 1ZYQA 2ZD1A 4CIEA 3TANA 1UWBA 2GBZA 3AVHA 3AVLA 2FBVA 4CGHA 4F2RA 1SKSA 3AO1A 2ITGA 3M8PA 1KLNA 3D0PA 4KI6A 1RTHA 2IAJA 1FKPA 2VG7A 3AVCA 1QHTA 1HYVA 4CF0A 1XI1A 3IS9A 4J2DA 1RCHA 2A1RA 1L3SA 3K5NA 4ELVA 4AHUA 3RRGA 4M42A 3TAFA 1TK0A 1QSSA 4B9UA 1R0AA 3K59A 3VN5A 3HYFA 3QEXA 3QIPA 1IKVA 1S1XA 2JLEA 3KKRA 1RBUA 2R7YA 4ZTJA 3CQ8A 1NK7A 1CZ9A 1BIZA 4QAGA 4CJRA 4CJ3A 4HUGA 4M3ZA 2B5JA 5KRSA 1S6PA 2Z1HA 1FK9A 2O4GA 3AVKA 4IDKA 4FJ9A 4H4MA 3ASMA 3NBPA 4CJEA 3AVNA 1UA1A 1SKWA 1B9DA 1BGXT 1JLBA 4AHSA 3AO2A 3B6OA 3TAGA 1VRTA 1LWEA 1EKEA 1NJWA 3QESA 1QQCA 2P51A 4I2PA 3HT3A 3SV4A 4RW9A 1KRPA 4O0JA 4E3SA 4KHWA 3HP6A 2ZE2A 2X6SA 3VQ6A 4CJLA 1I39A 4ID5A 2D0CA 1VSLA 3LZIA 2YHAA 1TKDA 4GMJB 3PO5A 3VQPA 4DSKA 4E1MA 2I5JA 3L2QA 1EETA 1ASUA 1KSPA 4KTQA 3ITHA 3V1QA 1L3TA 1GOCA 4CESA 3QEVA 3SUNA 2HMIA 2PZSA 3WNFA 3SQ4A 4ICLA 1WSGA 3D45A 5HLFA 3U3GA 4DTPA 4JS4A 4LSNA 2OYQA 1EP4A 3V9SA 5HROA 3AVMA 4H4OA 2HHTA 2XY5A 3OYIA 2RF2A 1VSIA 4R5PA 3OS0A 1S6QA 3K5OA 1HNIA 5CZ1A 4CK3A 4PA1A 4DF4A 4N5SA 1ITGA 2EHGA 4I7FA 4LH4A 5C42A 4CJ5A 1NOZA 2W42A 3NE6A 3IG1A 4M3XA 3VQQA 4C8OA 2D0AA 3T3FA 1S1TA 4K8ZA 4O4GA 2FBYA 3ZSXA 1I3AA 3OYHA 3RR7A 1CLQA 1KFDA 4ZHRA 4EP5A 2OPPA 3TAMA 3HXMA 1ZBUA 4W5QA 2VWJA 3SJJA 1C1BA 4W5TA 4B9NA 3AVIA 4KO0A 1YVUA 4B9LA 2Y1JA 3KK2A 2DFEA 4DFKA 4IKFA 3MECA 4E89A 3S3OA 3KJVA 1T05A 1ZBHA 2YHBA 3DLRA 4B8AB 2IS3A 4HUEA 1KCFA 1QTMA 4FK2A 2F96A 3V9ZA 2X6NA 3OS2A 1JLAA 1TL3A 4FW1A 3K57A 4CHYA 3PX6A 1SL0A 4FCYA 3LALA 3PUFA 4CJPA 5SWMA 4OJRA 3QETA 1NOYA 3P83D 4FJIA 1RTJA 1TKXA 4M3TA 4FJGA 3V1OA 3HJFA 5C25A 3WNGA 5J2PA 3CFRA 1IKYA 3MEDA 4DG1A 4LSLA 4E19A 4BACA 1Q9YA 1J54A 4CF8A 4KTZA 1KTQA 2XO7A 4ZTFA 2DTUA 1XC9A 4RW6A 5KTQA 4Z4IA 2YNHA 3ZT4A 4CHZA 3CG7A 1NK8A 4K8XA 1RBRA 5CYQA 5E41A 3L2WA 4CJUA 2LSNA 1Y97A 3QIOA 3LPUA 3C94A 4CFDA 4HTUA 5J2NA 4Z4EA 3K5LA 4KRFA 1CXUA 2HHWA 3V81A 3HVRA 4BE0A 4FLZA 4DSEA 3OYDA 1F21A 4JRQA 3HP9A 3ULDA 3RMCA 2WONA 1KVAA 3H08A 3OYCA 1TV6A 2RKIA 1C1CA 1RILA 3O4NA 4CECA 4CHQA 3TAEA 1D9DA 3HO1A 4DMNA 3QNOA 2HHXA 2VG6A 4E0DA 4OPJA 1TKZA 3U3YA 3LANA 1K6YA 1BCOA 4DQIA 2PYLA 2QKKA 4XIUA 4RW7A 3MXJA 2XY6A 4NCAA 4M45A 4E7LA 1G15A 1UAXA 2OPSA 5HRSA 3HM9A 4GW6A 1NK6A 4CGFA 2BE2A 3SNNA 3ALYA 1RDDA 3OJUA 5I42A 4PWDA 2QKBA 2EX3A 2Q3SA 3SYZA 1JLQA 4E7HA 1VSEA 4N76A 3OS1A 4QCLA 3NHGA 2ATQA 3SCXA 4DQRA 3CFPA 3KLHA 1RTDA 3AV9A 1HNVA 1XHXA 2QXFA 4CK2A 3L2VA 1RTIA 4W5RA 2G8FA 4CEFA 4DTMA 1YTUA 1S5JA 2D0BA 4G1QA 1HYSA 2AJQA 4DTXA 3RWUA 3LP1A 4KTWA 4CE9A 4LH5A 3NH2A 3TAPA 3KD5E 3AO3A 3OJSA 4DFJA 3ZSOA 4C8LA 2G8IA 1IG9A 4Z4CA 4ELTA 2HVHA 2KZMA 4OKJA 2KQ2A 3F9KA 3NF8A 1S1WA 4CEQA 4AHVA 4N56A 4CERA 1VSMA 4CEEA 3PO4A 1RDBA 3ZSZA 3O3HA 3PX0A 4FLTA 1FXXA 3QERA 4CGIA 4C8NA 1YTAA 3NH1A 3TABA 1QSYA 2IDOA 2KFZA 3T1AA 3P5JA 4CJ4A 4CHOA 1UA0A 4CEDA 3NF9A 1HYZA 1LW2A 1VSJA 2FC0A 1NKCA 4DQPA 4KAZA 4I9QA 4CJKA 3L3UA 1YT3A 4IG3A 4M41A 4CGJA 4Q0BA 4DTSA 1NKBA 4KPYA 1C0TA 4NCGA 5J1EA 3MAQA 2G8WA 3SI6A 4AHCA 4DFPA 3HPOA 4CJQA 2E4LA 2DY4A 4CFCA 3OY9A 1T03A 1XHZA 4FZZA 1RT4A 4H8KA 3L2RA 1BHLA 1BIUA 1S1UA 3DOKA 4DS4A 4OLBA 2DFHA 4CFBA 4IG0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U9DA 2FBTA 4H03B 4QS8A 3VENA 3OYMA 2RN2A 1D8YA 4JKHA 4BWJA 3I8DA 1U2VB 3NGIA 4DV2K 3C65A 2E2PA 3NGYA 1KVCA 2HBLA 3EN9A 4WFNL 4FYDA 5JICA 3ZT1A 3A5NC 3VQAA 1E4GT 3A2FA 4PL8A 1W7AA 3R6MA 3VQ8A 1Q8IA 3HPHA 3WXMB 1ASVA 5AR0A 4KI4A 3BEXA 4FLWA 3NVMA 5KPRA 5M1FA 1VQPN 5K14A 4Z0UA 4KKOA 3NH0A 2HB5A 4IOXA 1DLOA 1EQYA 5ELZA 4FWKA 4KV8A 4MDBA 3DRPA 2P5OA 4L8RB 5KGWA 3CFOA 3IRXA 2HMPA 1HNZK 4IO8A 4C8MA 5AQNA 3AVFA 3CCQN 5EXWA 3VQEA 2IC3A 4DHYA 5C24A 3ZEUA 4ID1A 4WFAL 3TI0A 4FK0A 3VQ9A 3GOIA 4JK7A 3QEWA 4CF9A 3R8EA 3AARA 3DLEA 2ASOA 3KKSA 1C0MA 5FDLA 4CCHA 1Q82O 4KHUA 4FZXC 2VWKA 4FJ8A 1LAVA 1HLUA 3HSTB 3QMLA 4W5OA 2B6AA 4BC2A 3O9QA 4DU3A 4XH4A 2YHYA 3QO9A 5BPLA 3LDOA 2P1JA 4AF1A 3CCMN 3ATUA 3ISNC 5I9EB 4QOZB 2ZWHA 1P8ZA 1DTQA 3R3LA 3WXKA 4BRAA 4AHTA 2KTQA 1KFSA 3QLHA 1EWQA 4IFEA 4DR5K 4E7KA 3U9ZA 3RMAA 4BR0A 1T7PA 1T44A 3M5RA 4PY5A 4DSJA 1QVFM 4K25A 3ZX3A 3C6UA 3C6TA 3DRSA 4EIAA 1HKBA 2XHBA 1BOTO 3CQXA 5KI6A 1NBWA 2HNYA 4EAHD 4XH5A 3ULEB 4F4KA 3L4QA 4JRPA 1NGCA 3LDLA 3WQUA 3ZSYA 3C0BA 4GKKK 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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