1VSKA

Asv integrase core domain d64n mutation in citrate buffer ph 6.0
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus - schmidt-ruppin b
total genus 53
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vskA00
3OJSA 3V9WA 4FJGA 4NCAA 3ZT3A 1TK8A 1L3UA 1ZBFA 4DTOA 1RT6A 2YKMA 3HVTA 3KLGA 4CHZA 1WSEA 4BE1A 4AHSA 3ZSQA 4KHWA 1RT1A 1B9FA 3OVNA 3O3FA 1LW0A 5HROA 3KLIA 4FK0A 2Z1HA 4FLZA 4PWDA 4ZHRA 3A2FA 3KKSA 3KK1A 3KJVA 4KAZA 4RG8A 3AVKA 4E19A 1SKSA 3KLFA 3OYMA 4F2SA 4NYFA 4MQ3A 4LY7A 3SUQA 3PY8A 4K8XA 2OA8A 1WN7A 2F96A 3HK2A 4KFBA 4YFUA 4FJ5A 4DFPA 3DOLA 1QTMA 4FJIA 1IKVA 1W9HA 2VG7A 1HPZA 4DTXA 4L8RB 1LWEA 4KTQA 3ZCMA 1Z25A 3LZJA 4E3SA 1WSHA 1CXQA 2BDPA 3V9SA 4CF9A 3NGYA 5J1EA 4CJFA 4KPYA 4F3TA 3KLEA 4FM2A 4LH5A 1IKWA 1RBTA 5HRRA 3LAMA 3QLHA 4FW1A 1O1WA 4DQRA 4DSEA 4F2RA 5DK5A 4CEDA 2HVIA 1S1XA 4UQGA 4BWJA 5C42A 4B08A 3PX6A 3AVGA 1SKWA 4FJ7A 5DMRA 4OKJA 2WOMA 4E7LA 2WONA 3AA5X 4CHYA 4I9QA 4C8OA 4OPJA 3HVRA 1Q8IA 4KHUA 4M3YA 3ZSRA 3AA4A 1LV5A 3NF9A 3SPZA 4BACA 4DLEA 1QE1A 4Z4EA 4KREA 4DTPA 2DFHA 4FVMA 3P83D 4CEOA 1WAFA 5FDLA 3D45A 4KI4A 3WNEA 1LW2A 4HUFA 4E0DA 3OS1A 4F3OA 3OYNA 1NKBA 4DFKA 1C0TA 4N47A 3NE6A 3L3UA 4G1QA 1ASWA 3I8DA 3AVNA 3QEVA 1N5YA 4PQUA 1RTHA 1A5VA 2IAJA 1JLBA 2YHAA 5E41A 3OJUA 3L2RA 3NDKA 5J2PA 1CZ9A 1IKXA 1VRUA 2OPSA 2Z1GA 1NJZA 2I5JA 1SL0A 4CJVA 2F8TA 4DU1A 4DTMA 4KHYA 4E89A 5K14A 3ZSXA 1TV6A 4MFBA 4FYDA 1U49A 4C8MA 3VN5A 4FLXA 3SI6A 4PUOA 2BANA 3V4IA 1VSMA 3ZSYA 3PO5A 4CJLA 4DTUA 5HRSA 4DQQA 2KTQA 4JLHA 3PX4A 4CK3A 3S3OA 3VQPA 1ASVA 3V1RA 4FJMA 3ISNC 5KGWA 4H8KA 4CK1A 4CEFA 3DRSA 3O3HA 4K8ZA 1F21A 3NCIA 4RW9A 4N5SA 1I3AA 2W42A 3SV3A 4M3ZA 3MECA 4CEZA 4ID1A 3NFAA 3CG7A 3K58A 4Z4FA 1JXEA 3SUNA 4FJ8A 5FRMA 2E6MA 4CJEA 1RTDA 3C6TA 3D0PA 4E7HA 2Q3SA 2F8SA 4CIFA 5KI6A 4CEAA 1XHZA 2HHXA 4W5OA 1C0MA 2DTUA 2VWJA 4HTUA 1VSEA 3HL8A 1S6QA 1CLQA 1JLQA 4O0JA 4FM1A 3AA3A 1BIUA 3OYCA 4QOZB 1FK9A 4M3TA 1RT4A 4LH4A 4IG0A 4DTJA 2XHBA 1WSGA 1SV5A 2GBZA 2OPPA 1JLFA 4CJPA 3L8BA 3SCXA 4FM0A 4AHRA 3HPOA 3EY1A 1HYSA 1TGOA 1RNHA 1JXBA 3QNNA 2YNHA 3KD1E 2DY4A 4CGFA 1KVAA 4FW2A 3S3NA 2KZMA 3T3FA 3RMCA 3AVMA 3K5NA 3CYMA 2HHWA 3SQ4A 1HNIA 2Z1JA 4O5BA 4Q0BA 4RW4A 2P1JA 3AVBA 1CZBA 4FLWA 1BI4A 3SUOA 3ALYA 3VQ4A 2PYJA 3ITHA 4I7FA 4EP4A 5EU7A 1ITGA 3AVJA 3QEIA 1Q9YA 4B9VA 2LSNA 4KI6A 4CCHA 3M8QA 2P51A 4OVLA 4PY5A 3HT3A 2ETJA 4GVMA 3G0ZA 3KLHA 1MU2A 2XY6A 3RMAA 3SQ0A 3MXIA 1REVA 1HQEA 2DFFA 1KFSA 1U04A 2FBYA 3KD5E 4AHVA 3LPTA 2X78A 4JRPA 4CJQA 3V6DA 3SPYA 3QESA 3SJJA 2X74A 4B9NA 3HO1A 1C1AA 4KV8A 4H4OA 4CFCA 3OYIA 4I9LA 1NKEA 1S9GA 4FJJA 4CHQA 4CGJA 4CHOA 3RMBA 3KTQA 4EZ9A 2KFZA 2XY5A 4DQSA 4NCBA 4M41A 5FRNA 4WE1A 1JL1A 2D0AA 2OYQA 3L2QA 1VSDA 3TABA 3DRPA 4ELTA 4J2AA 4BDPA 3TAPA 2XO7A 1S1VA 1A5WA 2G8UA 2PYLA 4DQIA 1UOCA 4F8RA 4HCCA 5C25A 3DYAA 1Y97A 4CF1A 1TK0A 1D9FA 2QKKA 3AVLA 1RT3A 1TL3A 4CJ3A 3V81A 3AA2A 1S5JA 3ZT0A 1T7PA 2HNDA 2OPQA 2B5JA 4IKFA 2BE2A 1NK6A 4NCGA 4CK2A 3AO1A 1D5AA 4JS5A 2YHBA 4KHNA 4I2QA 4O0IA 4M3UA 1U4BA 1J9AA 1TAQA 4DF4A 1D8YA 4J2DA 4ID5A 1S1TA 1XI1A 3HJFA 1DTQA 2ITGA 1RBRA 4TSXA 4DTSA 3EZ5A 1VSKA 3EYZA 2Y1JA 1NK7A 1QHTA 1S1WA 3LANA 1KFDA 3QINA 4I2PA 4O55A 4CF0A 4KB1A 1HYZA 2P5GA 3JSMA 4LSLA 2GV9A 4BDYA 2G8VA 4IFVA 3BGRA 1VSHA 3CM5A 4AILC 1RDAA 5CZ2A 2P5OA 4M3WA 3C6UA 2VG6A 3ZT1A 4FLVA 4JRQA 4DU3A 1S9EA 1ZBHA 1QSSA 3MXMA 4FK2A 2HHVA 1L3SA 3AO3A 4OKKA 4B9SA 1W0HA 1A5XA 3P1GA 1BL3A 3HPGA 4GMJB 4CJWA 1NK9A 3LP2A 1NK0A 4F4KA 3RTVA 2KZZA 1RBUA 3HYFA 4OGEA 4CESA 1YT3A 3HP6A 4CIGA 5JS1A 4ZTFA 3LALA 4BWMA 4FXDA 4B9UA 3TI0A 1GOBA 5CY4A 1IH7A 1J5OA 2FC0A 2HW3A 5HBMA 3OS2A 3MEEA 3WNHA 4DSLA 3TAQA 4OLAA 4M42A 2D5RA 2HB5A 3ZT2A 2IGIA 1S1UA 3QEWA 3ZSWA 2BGGA 1VSIA 4DMNA 4KRFA 3CFRA 2OZSA 2RF2A 3L2WA 3LPUA 1HRHA 2ZD1A 2HHUA 4FZXC 3NBPA 3OYBA 3UIQA 3MEDA 2X6SA 3OYLA 4PA1A 4N41A 4JS4A 1VRTA 1RBVA 4EP5A 4DFMA 1NJWA 4CEQA 4CJ4A 1TKZA 1RT5A 3IRXA 3HPHA 3PX0A 3H08A 3VA0A 4O44A 4M3RA 3RMDA 1JL2A 4Y1DA 1SKRA 1D9DA 3OYEA 3G10A 1J54A 3QIPA 4CFDA 4DG1A 1TKDA 1YTAA 1KCFA 4GW6A 5HRNA 3LDSA 4DSJA 1T8EA 4AHCA 3QNOA 3NGZA 4DLGA 1R0AA 1WSFA 3VQDA 3ZSVA 5HLFA 2QXFA 4RW7A 3PV8A 3L3VA 3HXMA 3TANA 1I39A 4LSNA 1ZBIA 3TAFA 4W5RA 2KW4A 3QO9A 1LWFA 3WNFA 4DF8A 1TL1A 1BHLA 1FKOA 4CF2A 3CM6A 2HNYA 4M45A 4Z4GA 4FLTA 4FJHA 1VSJA 2VWKA 1Z26A 3DLBA 3AVCA 1NK8A 1TKXA 3SYZA 1BIZA 3HP9A 4HUEA 2OPRA 1ZBUA 3SUPA 5CZ1A 4FJXA 3TARA 1IO2A 2EHGA 3SV4A 3VQ7A 3MEGA 2ZQBA 3SQ1A 3TAMA 3NGIA 1KSPA 3NH0A 4C8NA 3C94A 1L5UA 1LAVA 4CERA 2HNZA 3LZIA 2KFNA 4DS5A 1RT2A 2XY8A 3RRGA 3BDPA 2YKNA 5KTQA 2G8WA 3QIOA 1EXQA 3NAEA 1T05A 4FJ9A 5KRSA 3E01A 4Y1CA 1KVCA 4J2BA 4BE0A 2Y1IA 1EX4A 1C6VA 1RBSA 3VQ8A 4AH9A 3K5LA 3U3YA 4FCYA 3LP3A 4HVJA 3ULDA 1NJXA 3AVHA 1TVRA 3V1QA 4YNQA 1U48A 3PO4A 3ASMA 2RKIA 3OYJA 4H4MA 1HMVA 1KLMA 3K5OA 4CJKA 3L2VA 3S9HA 3FFIA 4FZYA 5I42A 3LWLA 1BGXT 4CJ5A 1TK5A 1NOYA 3DLHA 1J53A 2QK9A 1GOCA 3AVIA 3OYDA 2RPIA 1NKCA 4FK4A 2Z1IA 3AVFA 4HHTA 5I3UA 3O3GA 3THVA 3DLRA 1BISA 2D0CA 1IKYA 3NF7A 1YVUA 3U6FA 1N6QA 3B6OA 3DLEA 2O4IA 1RTJA 5J2NA 2XRIA 1BI4B 1U47A 1RDCA 3OYKA 3QERA 3C95A 3K2PA 1RTIA 1S6PA 5FROA 5HRPA 2HHSA 2FBXA 1SL1A 3DLGA 3QETA 4ELVA 4EZ6A 3LAKA 4DSFA 2HHQA 1KRPA 4OGCA 4IBNA 4CIEA 2G8FA 1FXXA 3VQ5A 3TWHA 1ZBLA 4CHNA 1QSLA 1BCOA 4Z4IA 1RDBA 1SL2A 3KIOA 1TAUA 3TAEA 3ZSZA 3RRHA 1EKEA 1JLEA 2A1RA 4DWIA 4B9LA 4QAGA 2DFEA 1L3VA 3CQ8A 3DRRA 3NH1A 2YNFA 1UA1A 1LAWA 1KVBA 1VK0A 4R5PA 3DOKA 3DMJA 2ZE2A 1HQUA 3NH2A 3L2UA 4QCLA 2IOCA 4CJRA 3I0SA 1FKPA 5J2MA 2FBTA 2HMIA 4O4GA 4DFJA 4Z0UA 3ZT4A 1HNVA 1B92A 4KHQA 3KK2A 1JLCA 1K6YA 4B8AB 5SZTA 3IG1A 2PZSA 4CECA 4DTRA 4XIUA 2QKBA 3TAGA 3U3GA 3B6PA 1EETA 3F73A 2A1SA 4B8CA 3VQ9A 4DSKA 1RILA 4DS4A 4E1MA 4Q5VA 4DQPA 3NF6A 2EX3A 4OPKA 2G8KA 4CJSA 2HVHA 2G8IA 3WNGA 2XY7A 4N76A 4FLYA 4CFAA 5D3GA 3VQBA 3QEXA 3HSTB 3T19A 3S3MA 3HM9A 1RDDA 2D0BA 3M8SA 3OYHA 3VQEA 4E1NA 4FJKA 1YTUA 4B9TA 2IS3A 4J2EA 1QS4A 4CEBA 2YNIA 4ICLA 4AHTA 1GOAA 3K5MA 2OZMA 3VA3A 2E6LA 4DU4A 2AJQA 1G15A 4FZZA 1C0UA 5HP1A 3V9UA 4DSIA 4KO0A 1NK5A 2B6AA 4DTNA 1Q9XA 4IG3A 1DLOA 1NJYA 3NF8A 1BCMA 1HJRA 4Z4CA 2G8HA 4C8KA 3F9KA 3DLKA 1XWLA 3QEPA 1L3TA 3RR8A 4HCBA 1RT7A 4ZTJA 2R7YA 4CJUA 1BQNA 3SNNA 1C1CA 3T1AA 1VSLA 5KRTA 3AO5A 1U45A 3AV9A 1QQCA 2E4LA 1WLJA 1RCHA 4N56A 1JLAA 3KK3A 4OKEA 1JKHA 2RN2A 4ELUA 1ASUA 2B4JA 2JLEA 5JS2A 1WNSA 4NYNA 3DI6A 4W5QA 4IDKA 2O4GA 4KTZA 5T7BA 4B3OA 4CE9A 1NOZA 3M8RA 1HYVA 4BDZA 2VG5A 4CFBA 2YV0X 5CYMA 4OJRA 4OLBA 3V9ZA 2GUIA 1C1BA 2X6NA 4CGIA 3IS9A 3OS0A 3LP0A 3PUFA 2ATQA 4E7IA 1ZYQA 3IAYA 4W5NA 3RR7A 4BE2A 1WAJA 5KGXA 3AO2A 1WSJA 2JGUA 3AO4A 3CFPA 1IG9A 4CEEA 4CGGA 1XC9A 1TKTA 3K59A 4FJNA 4KHSA 3LWMA 1UA0A 4E7JA 1EP4A 4M3XA 3OYFA 3VQQA 3RWUA 3CFOA 3K57A 4AHUA 4CGDA 1SUQA 3JYTA 1BQMA 3P5JA 3OYGA 3SQ2A 1JLGA 2FBVA 1X9MA 3MAQA 4E7KA 5CYQA 1UWBA 1LWCA 3O4QA 2PY5A 4CF8A 2HHTA 3V1OA 3VQ6A 2NUBA 4CGHA 1T03A 4FLUA 1X1PA 4KKOA 3O4NA 3VQAA 1VSFA 3M8PA 2YNGA 3KKRA 1NK4A 5J2QA 3TR8A 4CHPA 1XHXA 4B9MA 1CXUA 3ZSOA 3I0RA 1QSYA 4FJLA 4Z4HA 4RW8A 1KLNA 4HUGA 4LD0A 3OYAA 3V9XA 2IC3A 4C8LA 1WSIA 4RW6A 3MXJA 2IDOA 1X9WA 1KTQA 2KQ2A 5C24A 4CJTA 3NHGA 4KB0A 1DTTA 3LP1A 5SWMA 4KTWA 3VQCA 4W5TA 1UAXA 1X9SA 4IFYA 3OY9A 3DM2A 3SZ2A 3AVAA 1B9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCAA 1L3UA 5LJVA 2O8DB 4DTOA 3ZEUB 1N32K 1LOTB 4AHSA 4HTLA 5BR8K 4KHWA 3OHRA 1B9FA 3O3FA 4FK0A 3LDPA 3VEZA 3RSEB 2VCPA 3VEYA 4IEIA 4MQ3A 3PY8A 2P9KA 5EY4A 1E4FT 4YFUA 4DFPA 4BQLA 1QTMA 2VG7A 4FWKA 1CXQA 4OX9K 4BREA 4CJFA 4KPYA 4F3TA 2HF4A 1IKWA 3LAMA 3QLHA 4CZEA 4F2RA 5DK5A 2O8EA 1D4XA 4UQGA 4B08A 2WONA 4BVPA 4CHYA 4I9QA 4LFCK 4NLBA 5AQNA 3HVRA 4DV7K 3DXMA 3NF9A 3ZETA 1QE1A 4KREA 2FSKA 3CJAA 5FDLA 4KI4A 1LW2A 5TKWA 2E20A 1NKBA 4WYBA 4N47A 3L3UA 1ASWA 4PQUA 2YHAA 4DV3K 3NDKA 1IKXA 2Z1GA 3CCUN 4CJVA 4B1UB 2VQEK 1RDWX 2QI2A 3V4IA 4A5BA 3ZSYA 2BH1A 4GNIA 4DTUA 5HRSA 4DQQA 2KTQA 2CH5A 1S22A 1BO5O 4K8ZA 3H3NO 2W42A 1KD1O 1BDGA 4BGAA 3MECA 3SV3A 3NFAA 3VF2A 4LC9B 5LJWA 4FJ8A 3SAFA 3C6TA 3D0PA 2ZJPL 2F8SA 4CIFA 5KI6A 3ZX3A 1XHZA 2KKZA 1C0MA 3HL8A 3M6GA 1CLQA 4O0JA 3FE1A 1IBMK 4QOZB 4M3TA 4IG0A 4H0XB 1HYSA 2NRXA 1O13A 2ZWHA 1RNHA 4FW2A 3S3NA 2KZMA 3H45C 3AVMA 3K5NA 3THXB 3WXIA 3CYMA 4A61A 4LFAK 4Q0BA 4FLWA 1Y64A 2W41A 1BI4A 3A8YA 3LDNA 4LF6K 2PYJA 4EP4A 4K41A 3AVJA 3M8QA 1GLAG 3AARA 4K25A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NCA A;  1L3U A;  5LJV A;  2O8D B;  4DTO A;  3ZEU B;  1N32 K;  1LOT B;  4AHS A;  4HTL A;  5BR8 K;  4KHW A;  3OHR A;  1B9F A;  3O3F A;  4FK0 A;  3LDP A;  3VEZ A;  3RSE B;  2VCP A;  3VEY A;  4IEI A;  4MQ3 A;  3PY8 A;  2P9K A;  5EY4 A;  1E4F T;  4YFU A;  4DFP A;  4BQL A;  1QTM A;  2VG7 A;  4FWK A;  1CXQ A;  4OX9 K;  4BRE A;  4CJF A;  4KPY A;  4F3T A;  2HF4 A;  1IKW A;  3LAM A;  3QLH A;  4CZE A;  4F2R A;  5DK5 A;  2O8E A;  1D4X A;  4UQG A;  4B08 A;  2WON A;  4BVP A;  4CHY A;  4I9Q A;  4LFC K;  4NLB A;  5AQN A;  3HVR A;  4DV7 K;  3DXM A;  3NF9 A;  3ZET A;  1QE1 A;  4KRE A;  2FSK A;  3CJA A;  5FDL A;  4KI4 A;  1LW2 A;  5TKW A;  2E20 A;  1NKB A;  4WYB A;  4N47 A;  3L3U A;  1ASW A;  4PQU A;  2YHA A;  4DV3 K;  3NDK A;  1IKX A;  2Z1G A;  3CCU N;  4CJV A;  4B1U B;  2VQE K;  1RDW X;  2QI2 A;  3V4I A;  4A5B A;  3ZSY A;  2BH1 A;  4GNI A;  4DTU A;  5HRS A;  4DQQ A;  2KTQ A;  2CH5 A;  1S22 A;  1BO5 O;  4K8Z A;  3H3N O;  2W42 A;  1KD1 O;  1BDG A;  4BGA A;  3MEC A;  3SV3 A;  3NFA A;  3VF2 A;  4LC9 B;  5LJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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