1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
3OYBA 5J2QA 2FC0A 4FJLA 3CFRA 4CJFA 2IAJA 2VG6A 2VWKA 2Z1IA 3IAYA 4FYDA 1WSEA 2GV9A 1UWBA 2IDOA 1IH7A 1QS4A 1N6QA 3QEXA 4AHTA 3I0SA 2VG7A 4LSLA 1BIZA 3VQPA 4I9QA 4FJ7A 5HBMA 5J1EA 5K14A 3P5JA 1ASUA 1VSEA 4AHUA 1VSKA 4CGDA 1VSDA 1JKHA 2XRIA 4OGEA 3H08A 2BANA 3O3HA 3C6UA 4FM1A 4RG8A 4KFBA 4QAGA 2XO7A 3T3FA 1KTQA 1NK9A 1JLAA 3AO4A 3LP0A 3FFIA 1LWFA 3QNNA 1NKEA 1KFDA 2G8UA 4FJ8A 4Z4HA 5I3UA 3C94A 4Q0BA 4E1MA 3MXIA 2PYLA 2IGIA 1R0AA 2GBZA 4I2QA 2DFEA 4KHSA 1X9MA 4O0JA 1Q9XA 3NBPA 3NF7A 1WAJA 4DS5A 1ITGA 4HUEA 3V1QA 4MQ3A 1RT1A 3QEPA 3VQ4A 3LAKA 4EP5A 3K2PA 3VQ9A 4E19A 3AO1A 4M3YA 3HP6A 4OVLA 4BE2A 4CF9A 1HRHA 3IS9A 3AVBA 4N5SA 4XIUA 5JS1A 4M41A 4DQIA 1NK0A 1RT4A 3MXJA 2RN2A 3DOKA 3TAMA 3NGIA 1QSSA 1KLNA 1XHZA 2YNIA 4EZ9A 4CGHA 1L5UA 3AO5A 1RDAA 1U04A 1A5VA 4FW2A 4NYNA 1RBTA 4B3OA 4OJRA 3AA2A 3ZSYA 4JRQA 2OPSA 4DLGA 3DMJA 1J5OA 4AHSA 4NCAA 1EKEA 4DF4A 1BI4B 5KGWA 4KHQA 1RTDA 4CJTA 3AVIA 4FW1A 1HQEA 3MEGA 3F73A 3AVJA 3D45A 4F8RA 1ZYQA 4RW6A 3HJFA 2X78A 4CFDA 1ZBUA 1X9SA 2AJQA 3G0ZA 1C1AA 4WE1A 1S1XA 1WSGA 3OYHA 3P1GA 1LAVA 3PX0A 3ZSRA 4DLEA 3KK3A 4M3RA 1XWLA 3TANA 3OS2A 1NK6A 3HK2A 3DI6A 2QKBA 3AV9A 1HMVA 2ZE2A 1WSIA 1RT5A 1L3UA 3TI0A 2IOCA 4LSNA 1BCMA 4DU4A 5DK5A 4CGIA 3MXMA 1UA0A 1TV6A 3ZT0A 5FROA 2KW4A 1D5AA 4CJQA 4ZTJA 4KHWA 4CF1A 3CFOA 3TABA 4CFCA 1T05A 1BCOA 4KO0A 4NCGA 2X6NA 1SL1A 4J2DA 4M3WA 3HPGA 3TARA 1TVRA 2KQ2A 3DM2A 2F96A 4M3UA 4LD0A 3U3GA 1EXQA 4O55A 3NHGA 3THVA 3HO1A 3SCXA 4HCCA 3S9HA 3B6OA 2ETJA 3QINA 3OYKA 3K5OA 3QESA 1SUQA 2HNDA 1BHLA 4CE9A 3AVNA 3RWUA 1CLQA 1U45A 2LSNA 3SQ2A 4I7FA 1VRTA 4PWDA 4E1NA 3D0PA 3PX4A 2G8KA 3SQ4A 1T8EA 2Z1HA 4DMNA 4LY7A 3RR7A 5FRMA 1C0UA 5HRSA 1QTMA 3QNOA 3G10A 1UAXA 4Z4FA 3TWHA 2YNHA 3QLHA 4FZZA 3PY8A 4RW8A 4GW6A 2YV0X 4KTZA 5C25A 5J2NA 2HHXA 3V9WA 1WSHA 2QXFA 5KRTA 2BDPA 1JL1A 1MU2A 4FZXC 1VSMA 3O4QA 4CK1A 2XY6A 2A1RA 4DU1A 4CGGA 3C95A 2FBXA 2P5OA 4PQUA 4HTUA 4KPYA 3CM6A 3ZSOA 3KLGA 1NJWA 3CM5A 4IBNA 4JLHA 4M45A 2HMIA 4CJ4A 3SPZA 4QOZB 3SUQA 5HP1A 2YKNA 3HVTA 3M8SA 4CF8A 4CGFA 4CHZA 4H4MA 2NUBA 3ASMA 3V81A 1N5YA 3AVKA 3LP1A 3VQ7A 2HHQA 1T7PA 3OYCA 4FZYA 1ZBLA 2QKKA 4IKFA 3AO2A 3HPOA 4J2BA 3DLEA 3HXMA 2Z1GA 3OYEA 1W0HA 4ZTFA 4E3SA 2Z1JA 3AVFA 3NH0A 4JS4A 4CEZA 3CYMA 4BDYA 2IS3A 4DWIA 3OYIA 1BQMA 2O4IA 5KRSA 2KFZA 4F3OA 3KLHA 2HVHA 1TL1A 1S6QA 3MEDA 3P83D 2EX3A 3OYAA 4C8KA 1HYSA 3VQ6A 4PY5A 4Y1DA 1HNVA 3WNEA 1YVUA 4DG1A 4CHNA 4CIGA 4CCHA 2HNZA 4CF0A 4BDZA 4FM2A 1C0MA 2E6LA 3QEWA 5CZ2A 4B9MA 2EHGA 1RBVA 1L3SA 4CEQA 2DY4A 4CEAA 3OS1A 1J9AA 4CERA 4GMJB 4CK3A 1HYZA 3CFPA 4E7HA 3SUNA 1HPZA 3LANA 4FJIA 5FRNA 3KKSA 4J2EA 1YTAA 3L2QA 2F8SA 3RTVA 4Y1CA 5T7BA 5KI6A 1K6YA 2VWJA 1D9FA 3OJSA 1RDCA 4FM0A 1WSFA 3PO4A 1NKCA 1NK4A 2YHAA 1ZBHA 3KTQA 4KB1A 2OPQA 3SV4A 3NH1A 3QIPA 4ID5A 3K58A 1HYVA 4OKJA 4M3XA 1HNIA 4CJKA 3TAQA 2OYQA 3NFAA 1RDDA 3ALYA 4C8NA 1KSPA 2KFNA 2JLEA 4E0DA 5JS2A 3AA5X 3U6FA 4IFVA 4ZHRA 3SQ0A 1HQUA 1RBSA 1NJYA 1VSJA 3HT3A 2D0AA 1S1UA 2GUIA 1NKBA 1D8YA 4M42A 4CK2A 3SJJA 4CEDA 3BDPA 1SV5A 1C0TA 4J2AA 4ICLA 1JLFA 1ZBFA 3ULDA 2HHWA 4CJRA 5KGXA 4Z4EA 2WOMA 4OGCA 1I39A 5SWMA 3KLFA 3RMBA 1Q8IA 5DMRA 2XHBA 3HL8A 1CXQA 2B6AA 3PO5A 4W5NA 4DQPA 1IKXA 2OA8A 2D0BA 5CZ1A 3HM9A 3VQ8A 4CEBA 3OS0A 4DTNA 1LW0A 3V9ZA 3JSMA 4FK2A 2Y1JA 3DLBA 1JLBA 1QHTA 2G8VA 3MEEA 1LWEA 3DLHA 3WNHA 3V1RA 3HP9A 1RTIA 1TKXA 1KVAA 4Z4CA 1RT7A 4CEFA 3OYNA 2HHTA 1RBRA 3V6DA 4L8RB 1VSLA 2B4JA 3T19A 1TK8A 4O5BA 1U48A 3EZ5A 2KZMA 1S1VA 4EP4A 1C1BA 1RDBA 4K8ZA 1KCFA 1DTTA 3ITHA 4I2PA 2FBTA 1ASWA 3VA3A 3OYMA 2D0CA 3VQCA 3M8PA 4H8KA 4JRPA 1REVA 1A5XA 4FXDA 4IG3A 3CQ8A 4BACA 3DRSA 4FLUA 3U3YA 3M8QA 3DLGA 1A5WA 1BISA 4CJUA 3LZJA 1NK5A 4BWMA 4ID1A 3V4IA 1TAUA 2Y1IA 4ELVA 2E4LA 5E41A 3SPYA 2JGUA 1B92A 1Z25A 2G8HA 2HNYA 3AA3A 1GOCA 4OPJA 3I0RA 3ISNC 1T03A 4N76A 1VRUA 1RTJA 3KK2A 1FK9A 1X1PA 3KKRA 1NK7A 1SKSA 4ELUA 3L2UA 1U47A 2HW3A 1JXEA 4O4GA 3V1OA 2P1JA 2X6SA 4AILC 1IKWA 3NF6A 4CJLA 2OZSA 2OZMA 3KD1E 2P5GA 1B9FA 4AHCA 1GOAA 3QO9A 3L3VA 3ZSWA 3O3FA 3SQ1A 4KHUA 3LWMA 1S1WA 3SV3A 1J53A 2PZSA 3OYFA 4B08A 3MAQA 3KJVA 1QSLA 1Y97A 3NH2A 2B5JA 3RMDA 1L3VA 4N56A 5KTQA 1JLEA 4N41A 4M3ZA 4CIFA 1JXBA 1FXXA 1RT2A 3DLRA 4FJJA 1S9EA 1XC9A 4CECA 3L2VA 4RW7A 4CJ5A 4CHOA 4DTOA 4B9TA 3HSTB 4AH9A 4FLVA 2E6MA 3QETA 1CZ9A 1RBUA 3AA4A 3AVGA 3DRPA 3NE6A 4CJVA 4HHTA 1HJRA 1KVBA 3L2WA 3NCIA 3SI6A 3VN5A 3QEIA 1RCHA 3OVNA 4LH5A 3OYGA 3K5MA 3C6TA 2G8FA 1EX4A 4FJMA 1JLCA 4RW9A 2KZZA 1JL2A 4IDKA 3VQAA 5CY4A 4IFYA 4KTWA 4E89A 4DTJA 3EY1A 2YHBA 4Z4GA 2RKIA 2X74A 2ZQBA 1VSIA 3LWLA 4HCBA 1X9WA 3LP3A 3SYZA 5HRPA 4G1QA 4DTSA 3TR8A 3OYDA 4N47A 3OY9A 3NDKA 4CHQA 4FLTA 1S6PA 2G8IA 1SKRA 4UQGA 2PYJA 3RRHA 3VQQA 1NOZA 3OYLA 2WONA 3A2FA 1F21A 4FJNA 3NF8A 3QIOA 4DFKA 1TL3A 4DSLA 4FJ5A 1TAQA 4I9LA 1TK0A 4NYFA 3ZSZA 4PUOA 2BE2A 4CJ3A 2YNGA 2IC3A 3L3UA 2HHSA 1NOYA 4FLWA 4C8LA 1G15A 5CYQA 3QEVA 4FJXA 1TK5A 1LWCA 1WLJA 4CEOA 3SNNA 3TAFA 2HB5A 3NGZA 5I42A 4YFUA 3AVLA 4BE1A 3MECA 4KREA 3HYFA 4DFJA 3LZIA 1BGXT 3PX6A 2YKMA 5D3GA 4DTUA 4DQQA 4B8CA 1C1CA 5HRRA 4CJWA 2ATQA 4DF8A 4EZ6A 4FK4A 3K5LA 3LP2A 1Q9YA 2QK9A 4OLAA 4FK0A 3AVCA 3HPHA 3PUFA 3NAEA 3ZT2A 5SZTA 1NK8A 3WNFA 5HROA 1XI1A 4GVMA 4KI4A 2ITGA 1RILA 4CESA 4DTRA 1TKZA 1UOCA 5J2PA 4YNQA 4F2SA 1WNSA 4HUGA 3BGRA 4RW4A 5FDLA 4B8AB 3WNGA 4CIEA 3RR8A 3ZSXA 5HLFA 3DRRA 3TAGA 4DU3A 4Z4IA 2PY5A 5CYMA 4MFBA 3HVRA 3S3NA 3EYZA 1SL2A 3T1AA 2DFHA 3ZT3A 4QCLA 1CZBA 1FKOA 4OKEA 4FJHA 1TKTA 3LPUA 3KD5E 5J2MA 1L3TA 2R7YA 4AHVA 4OPKA 3JYTA 4E7KA 4JS5A 4FCYA 4DS4A 3NF9A 3TAEA 4B9NA 3V9SA 4DSIA 4M3TA 2Q3SA 3NGYA 5C42A 1U4BA 1TKDA 1EETA 4W5OA 2KTQA 1IO2A 1WAFA 4E7JA 1O1WA 3DYAA 4DTPA 3KIOA 4ELTA 4B9UA 4FJ9A 1VSFA 1VSHA 4W5TA 1B9DA 1RNHA 3ZT4A 4DQRA 1SL0A 1BIUA 4DFPA 1LV5A 4CJEA 4KRFA 2XY5A 2OPPA 2DTUA 4CJSA 4BE0A 1NJXA 1W9HA 1KFSA 1JLGA 1GOBA 4NCBA 2D5RA 4KI6A 3LALA 4DFMA 1KLMA 4F4KA 2RF2A 3VQEA 3IRXA 1ZBIA 1D9DA 4PA1A 4CFBA 4B9LA 4FVMA 1SKWA 3PV8A 1IKYA 2XY8A 3AVHA 3E01A 3QERA 3ZCMA 4W5QA 3V9XA 2OPRA 4BDPA 4B9VA 2HHUA 2I5JA 5HRNA 1WSJA 1JLQA 4C8MA 3SZ2A 4DQSA 1RT3A 4F3TA 3B6PA 3F9KA 2P51A 1XHXA 3AVAA 4B9SA 4C8OA 2HVIA 4FLXA 4KHYA 5EU7A 4Z0UA 1LAWA 3ZSVA 3TAPA 1QSYA 1CXUA 1RT6A 1YT3A 2YNFA 4CFAA 3L2RA 3S3OA 1DTQA 4DSFA 3DOLA 3CG7A 3VQDA 4R5PA 1BL3A 1Z26A 3OYJA 1LW2A 1QQCA 4O44A 4KAZA 4H4OA 1BQNA 4CF2A 3SUPA 4FJGA 1IG9A 3RMCA 4CGJA 3KLEA 3AVMA 4KV8A 5C24A 3LDSA 4IG0A 4FLZA 1DLOA 3RMAA 3SUOA 1FKPA 4CEEA 4E7IA 1NJZA 3OJUA 4OLBA 1BI4A 1S5JA 1KRPA 1IKVA 1C6VA 3K57A 2VG5A 4CHPA 4KB0A 1U49A 4HVJA 1ASVA 4OKKA 1I3AA 2ZD1A 4E7LA 4F2RA 4W5RA 1YTUA 2BGGA 4CJPA 1S1TA 3LAMA 4FJKA 4Q5VA 1TGOA 1QE1A 2W42A 4DSJA 1RTHA 2FBVA 4DSKA 3ZT1A 3O3GA 3VA0A 4CHYA 3IG1A 1KVCA 4KTQA 3V9UA 4BWJA 1S9GA 2DFFA 2F8TA 2HHVA 3ZSQA 3O4NA 4HUFA 4O0IA 3LPTA 1VK0A 3AO3A 3VQBA 4LH4A 3KK1A 4DSEA 4KKOA 3RRGA 2O4GA 4AHRA 4K8XA 2XY7A 4DTMA 1EP4A 3K5NA 3M8RA 3I8DA 1UA1A 4TSXA 3K59A 4FLYA 2A1SA 4DTXA 2RPIA 3S3MA 2G8WA 4KHNA 3KLIA 3UIQA 3VQ5A 3DLKA 3L8BA 1J54A 1WN7A 2FBYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VETA 2VG6A 2VWKA 4X62K 2P9PB 5GADP 4DV7K 2GV9A 1IH7A 1QS4A 2QXLA 1BA1A 4FL9A 1M90O 1N32K 4FVUA 3IMXA 3RVCA 1KC8O 1BIZA 1DEJA 4BGAA 1VQPN 4FPBA 1JCGA 3D7EO 5K14A 1VSEA 1R59O 1JKHA 3EKUA 3U8XA 3O3HA 3VEOA 4QAGA 2OANA 5AQHA 3AGKA 4F9OA 1LCUA 3QNNA 5EVZA 3CJ9A 5I3UA 2PYLA 2GBZA 4B3TK 2E5LK 3CC7N 1X9MA 3L6QA 1WAJA 4DS5A 1ITGA 4BR7A 4HUEA 4LFAK 1T3VA 3AO1A 4M3YA 3HP6A 3SJHA 4OVLA 4BE2A 5JS1A 4E1JA 2ZJPL 1NK0A 1DT9A 4I6MB 3DOKA 3J7ZO 3NGIA 1XHZA 1BUPA 1L5UA 1RDAA 4FW2A 4NYNA 3ZSYA 4JRQA 4BQZA 4LF9K 2P9LB 3DMJA 1RTDA 4UY8O 1EQYA 3AVIA 4X65K 3MEGA 1P90A 3VTIA 3D45A 2PBDA 1Z6RA 2X78A 1X9SA 5KPRA 2AJQA 4DR5K 3P1GA 5AQNA 1ATSA 4M3RA 3TANA 2ZE2A 1DKGD 1RT5A 1L3UA 2JWLA 2IOCA 1VQLN 2KLAA 4DU4A 5DK5A 5FPMA 1UA0A 3H46O 3MK6A 5BN8A 3CFOA 1T05A 3FZMA 1BCOA 4KO0A 1VQMN 3HPGA 2KQ2A 3DM2A 4MLEA 4BG8A 4B3SK 4M3UA 4MDBA 4CBXA 3SCXA 4BREA 3WXJA 1YITN 1NGJA 1BDGA 3OYKA 1K8KA 1SUQA 2HNDA 3BF1A 3QESA 3AVNA 3RWUA 1U45A 4PWDA 2UU9K 4E1NA 3D0PA 2G8KA 3RR7A 5FRMA 1QTMA 3CMEN 3QBXA 3CIPA 2YNHA 3FZFA 5J2NA 2YV0X 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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