1W0M | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	225
structure length	225
Chain Sequence	MRLPILIINFKAYGEAAGKRAVELAKAAERAARELGVNIVVAPNHLELGLVSQSVDIPVYAQGADVEAGGAHTAHVSLENIKEAGGSGVILNHSEAPLKLNDLARLVAKAKSLGLDVVVCAPDPRTSLAAAALGPHAVAVEPPELIGTGRAVSRYKPEAIVETVGLVSRHFPEVSVITGAGIESGDDVAAALRLGTRGVLLASAAVKAKDPYAKIVELAKPLSEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structure and Function of a Regulated Archaeal Triosephosphate Isomerase Adapted to High Temperature pubmed doi rcsb
source organism	Thermoproteus tenax
total genus	77
structure length	225
sequence length	225
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2004-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase
A	PF05690	ThiG	Thiazole biosynthesis protein ThiG

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1w0mA00

4M6PA 1SQ7A 3IGXA 2J27A 4XWUA 4R53A 2G96A 5DXXA 3B03A 1A5AA 3O05A 3C2VA 4O15A 3W7IA 4UFIA 4FB7A 4UTJA 1DKWA 2O7SA 4YMZA 2J6XA 2YW3A 3FJ6A 1CX9A 1SO4A 4UFKA 5KMYA 3EWXA 1OYAA 3SIZA 4LUIA 4K6AA 1VR6A 1F7BA 3NG3A 3HQ1A 4WY0A 3H53A 5AHEA 1JCXA 1H62A 1KA9F 3M7WA 3UWYA 2FJKA 3TJLA 5F1VA 1VHNA 4MZ1A 1NSJA 4NQ1A 4DPQA 4FNPA 2BZNA 5FEZA 4RCXA 4WY0F 5F4WA 2VFFA 3TJXA 3DH7A 3VI2A 3RF9A 3HPXA 3B04A 3PM6A 4MY9A 1TMHA 4EVZA 5CG7A 3SGUA 4Z08A 3P60A 2J9ZA 2ZZ3A 1K8ZA 4MPQA 3PG8A 1TB3A 4ZQCA 1PHWA 2CWNA 3M9YA 3QEZA 2C19A 4EF8A 1O4UA 4BR1A 3GXNA 3UWWA 3HG4A 4Z1BA 1JCNA 1OX5A 1OFDA 4N6EA 3LCFA 1Z42A 1JCYA 3LHWA 1W37A 1HL2A 4HPJA 5LNUA 4AHQA 2DZVA 3FYPA 3QMTA 2QDGA 2V30A 4TIMA 3PBYA 4JDYA 3QM3A 1P5BA 4JR5A 4ZL1A 2PURA 1QOQA 3UD6A 2WNNA 4PC8A 4DO5A 4LS1A 3TUUA 2ZZ2A 1W31A 5AC8A 1DORA 3G1FA 2Y6ZA 1DJQA 1KV5A 1LTDA 3M1ZA 5KINA 2PE4A 1J5TA 1A5SA 2C15A 3U6WA 2DJXA 3W2LA 1XDLA 2YSWA 1I45A 1GYNA 2CZFA 2FLIA 3IRDA 1SU5A 3LTYA 3JRKA 1CW2A 2CLMA 2C6QA 1UBSA 4KFOA 2GVGA 4FNQA 1F5ZA 3HPSA 3YPIA 1XXXA 2R14A 3VFLA 3IVSA 2E5BA 4I7VA 2J24A 3G0XA 4NX5A 3KXQA 3GXTA 1B9BA 1M6JA 6ALDA 1OK4A 1SO6A 3SFKA 3TFXA 1B4EA 3ABQA 2A0NA 1SPQA 4FF7A 4RV8A 1LOLA 3W7LA 2NUYA 4WZHA 1LDCA 1U5JA 3IIXA 1W54A 3STCA 6TIMA 1XUUA 2QCNA 1SZNA 3G1SA 2WSRA 3VE7A 3GVGA 1I2NA 3EKZA 2H8XA 3BK0A 3BARA 4JEQA 2JGYA 2WQPA 3NO5A 2QCFA 4Z0JA 5H2ZA 3MBDA 1XCFA 4OQVA 5G1TA 3LGEA 1H7RA 3GDTA 4EIVA 1K02A 2J9XA 1JR1A 1YXDA 4TU1A 1GPWA 4IOTA 2YGYA 4TX9A 5D2WA 4UFHA 3M41A 3STEA 4MVAA 4LY8A 4CCEA 3NM3A 3MP3A 5LSMA 2H8ZA 3L0KA 4Y6GA 3ATZA 3C8FA 3NR0A 2QAPA 2OMAA 3PWAA 1KTBA 2CLFA 3KVLA 1P1XA 1AW2A 4FX7A 4IJBA 1GZGA 1LP6A 3THAA 3D0CA 4OU1A 4IXXA 3RMJA 1OF6A 1IXPA 1IIGA 2RH9A 4O16A 5DLCA 1GWJA 1JRBA 1RQHA 1QDSA 4R7JA 3PS7A 4IMFA 3OHIA 2Y85A 3C6CA 5AC7A 2ZRVA 1FBAA 2VEMA 2DJLA 1FY6A 2A1YA 2ISWA 4UCGA 4LVDA 1FWWA 4UFLA 3BO9A 3TXVA 3B8DA 1XBYA 4IX0A 2Y70A 3G18A 4UMAA 3LCXA 3VNDA 1H5YA 1RQEA 1DV7A 1YXCA 1TTQA 3RU6A 1BTMA 5I3JA 2V81A 5MHBA 4AVFA 2I9EA 4JICA 3KOFA 4ZQNA 2DZTA 5D2XA 3W1PA 4C1LA 4ADSA 3DXIA 4MZYA 2WOQA 3UY8A 2NX9A 3TFCA 3W1TA 1SZFA 3PAJA 4XKYB 3O6DA 1H7WA 3O15A 1H51A 1JRCA 1L9WA 1W1ZA 4O57A 4DBEA 2IQTA 3CHVA 4YL2A 4ADTA 2G5WA 2VOMA 1I2PA 3CPRA 3LV5A 4RLIA 3L0GA 2A6LA 4N6FA 4O54A 1EUAA 1SW3A 1YDNA 5IM51 4AAJA 2B7QA 3PF3A 3W23A 3W1XA 1JCMP 1GVQA 2P1FA 3A5FA 3LBCA 1KM0A 2QUVA 3DGRA 1FCQA 3N34A 1LROA 3EKLA 3NGJA 2H90A 2FPTA 3HGRA 3LRLA 4IMDA 3I68A 4UNLA 4BK9A 3EXSA 3N2MA 3N9SA 4OBTA 1BKSA 3I7SA 3ZWTA 3LXCA 1Z44A 2OCZA 2GOUA 5EL1A 4UTMA 3BG3A 3IV3A 3QRHA 3ZS4A 4XZ9A 4RKAA 3G1AA 3W7CA 1H7NA 3TH6A 3NM1A 1FCVA 5CPLA 1XUZA 4HPXA 1LBLA 1FDZA 1F05A 1FQ0A 1PHQA 1ZAJA 5K2ZA 4UTLA 1AL7A 1RD5A 4NZFA 1EP2A 5CKSA 3NQDA 4QIUA 1TTJA 3L66A 4MOZA 4XTDA 3KVJA 3EB2A 2GPTA 4AF0B 4CQ9A 4UTKA 3KRZA 4U28A 1OFRA 2NV2A 4UNKA 3I6RA 2YYTA 1GYLA 3QMRA 3L2IA 3LRMA 1J2WA 3S42A 1TQXA 5TIMA 4EWND 3STGA 1X1OA 1TTPA 4G1KA 5AYZA 1Q3NA 1WDWA 4BI6A 4GUGA 4GC4A 5HQEA 4UR7A 4K39A 5HWMA 3RLVA 4E2BA 1X6UA 3S1VA 3UWVA 3C0JA 5G4WA 4JY8A 3W75A 4Z1DA 3RFAA 3NA8A 1EUNA 4NNCA 3UPWA 3INPA 3W6YA 1EX5A 1EA0A 3NQ2A 4A3UA 2A7PA 4PEKA 4Q33A 1FCBA 1TPC1 3E0IA 3LHUA 4N2YA 4UXDA 1DQXA 1XDMA 1UASA 3GX9A 3GNDA 4YXGA 4R34A 3FLUA 4RX0A 4BF9A 1R2RA 3CB8A 3QQ1A 3W1AA 4UMBA 2DU2A 5BRBA 4J9JA 1GG0A 1HG3A 1LCOA 4MFEA 4E38A 5HJLA 1A50A 2C1HA 1EIXA 4HNNA 2X16A 2QJIA 3PUOA 3C2RA 1JUKA 5IBXA 5J5RA 3PSVA 4JIPA 3DKLA 5FEXA 4ADUA 1LLWA 1F6KA 5D2TA 3PBVA 2ALDA 4BWLC 2VFDA 5KZEA 5KITA 1TV8A 2Y88A 3HO8A 4Y90A 1DQWA 2Y7FA 2TPSA 4LRTA 5L9FA 2NUWA 3LOTA 3CEUA 1WX0A 4O1CA 7TIMA 3GIYA 3E02A 2NWSA 1KM5A 1X8FA 3L65A 3MW7A 1W5MA 3LCLA 5LKYA 4O4VA 3EX6A 3DFSA 3PVFA 1ZCOA 5HINA 3W22A 3C56A 1T8XA 1MEWA 2P0OA 2R8WA 3W1QA 1H7XA 4PL2A 4GWEA 5AYYA 4WD0A 3SZ8A 4I7WA 1KTCA 1JCLA 1EWEA 2Q3OA 5DCBA 4PTNA 2JGQA 1O94A 2QAFA 3BLFA 4HNTA 4POCA 3G1YA 4X22A 5F4XA 5K7JA 1PVNA 5U7SA 2X1RA 2FPVA 3AJXA 1G4TA 4NT0A 3EXTA 4WOQA 1CI1A 1S5TA 2NXGA 4LW7A 2QJGA 3KVKA 1Q6LA 2ZQ0A 2CLKA 4E2DA 1W3IA 1VJIA 4BI7A 3TX9A 1XKYA 1G4EA 2V8ZA 3BGGA 4EOUA 4DO4A 1EP1A 1KM6A 3K30A 3W72A 2RDTA 4KWVA 4W9TA 4R33A 1JJKA 4AMAA 1OABA 1IF2A 2BSLA 5EYWA 2E6FA 2V82A 3G22A 3BG9A 1TV7A 2ZRWA 1YXYA 3N3MA 1G4SA 3W2KA 3WK2A 1D3HA 2ZBTA 1IIHA 4NXKA 5K3VA 4JN6A 1FWSA 3EXRA 4O10A 4QITA 2RDWA 1H63A 4UTWC 3U8GA 5FF0A 3W7EA 4LV9A 4NJJA 1XL9A 4AEOA 3DHFA 1TJPA 3LB0A 4Q32A 3HGSA 3W7GA 2Y63A 1QOPA 1SFLA 4DO6A 4IGHA 4MY8A 3PBWA 3G8EA 1FUYA 5TBOA 3O8AA 4UTTA 2A21A 1W5OA 2E1DA 1LM1A 1OYCA 4JTTA 5I3IA 1N8FA 2QDHA 1I2RA 3W7OA 1KFJA 3VE9A 2VXNA 1ONRA 3MP4A 3QW4B 4MYAA 3S5ZA 2HTMA 5DXYA 1ZFJA 1UCWA 4O52A 5DBUA 1D3GA 4AXKA 4GJ1A 3O6CA 5I3HA 4O19A 3PBUA 3R12A 5FF2A 1K8YA 1AL8A 4DF1A 3C2FA 2Q8ZA 4LTSA 3DKJA 1LLZA 1VPXA 1W8SA 2F7FA 4RR4A 4QSHA 3F4NA 4FXRA 1MO0A 1TRIA 1TPFA 1ZY9A 1G67A 5D02A 2X1SA 3KHJA 4UFMA 4GUFA 3BPWA 4LVBA 1JUEA 2CLOA 2ABAA 3NL5A 3NVTA 4NX0A 1LBFA 1R2TA 1VCVA 3DFNA 1ZHAA 4RK8A 4A21A 4FIRA 1O5XA 3IGSA 2Y7EA 4LS2A 1TREA 1UB3A 1O95A 3TSBA 1R47A 5TQLA 5C54A 2XN0A 3LBMA 3M0ZA 4P61A 5AFDA 3P82A 3B4UA 3ABSA 2ZZ1A 5H91A 5D05A 4ORIA 2RKXA 1K03A 2EGZA 1F76A 1GVOA 5U4NA 4IMEA 3WJSA 2Y7DA 2UV8G 3M5YA 4LWWA 1T0OA 4O1BA 4LRSA 5F2IA 1G69A 3DI0A 2YR1A 3GZ3A 2V2DA 3B05A 4S2BA 2A2IA 2NV1A 3ZWSA 1H60A 4XTIA 2BTMA 2O7QA 3MHUA 4LV4A 4UC5A 3WJYA 3TSDA 4DF0A 5G4EA 2NXHA 3UWQA 5D30A 3MWAA 4RZ5A 4N02A 3EX1A 4CCDA 3F4WA 4M7TA 3T40A 1LYXA 1RVGA 1K3UA 4AH7A 3LCGA 2BX7A 4MFDA 2C3ZA 2PRHA 1JUBA 4PH6A 3UXAA 2Y62A 1KFLA 1XM3A 4AWUA 4LUJA 3MI2A 3G1DA 5D32A 3W1MA 5FEWA 3S6DA 2GVJA 4Y8FA 3GB6A 3HG2A 2GQAA 2CLEA 3S5YA 3NPWA 2ZRUA 3TK7A 2PC4A 4MJZA 1JCJA 2JKEA 3GAKA 5K9XA 3A21A 3NXFA 4UMCA 3W2NA 1S5VA 5HUPA 1RPXA 3W2MA 2E09A 3R5EA 4TMCA 3LHVA 2RFGA 3GR8A 3W7HA 3QW3A 5SWUA 5A5WA 2E6DA 2FTPA 3NZRA 1LRQA 1YLVA 1DOSA 2G97A 5FESA 1FX6A 1QFEA 1WQ5A 3DFPA 1PS9A 4L4LA 2QF7A 4LVAA 3GDMA 4BFAA 1KM4A 3KVMA 3I65A 1TQJA 1EWDA 3TQVA 2A5HA 2AAMA 1KLYA 1H7OA 1ML1A 3LI0A 1VYSX 5D2VA 4HNUA 4YCPA 5LNVA 3QPYA 4MIMA 1UJPA 2NX3A 1TPWA 3I7QA 3SSJA 1Q6OA 3CWOX 2C13A 4KFNA 4KKXA 5D09A 2G95A 3GDRA 5FF7A 2ZCGA 1ICSA 4IPJA 3N9RA 1FXPA 3SY5A 3CIXA 1R2SA 5I3KA 4ONVA 3M5XA 4DXVA 5FF4A 3EX2A 1DJNA 1FWNA 1XC4A 5K9CA 3W71A 4JYEA 1MEIA 3MBFA 3EX3A 3EWZA 4OV4A 3G1HA 2QKFA 1W0MA 1FWTA 2YXGA 1KV8A 1OX4A 3LLFA 3FKRA 2AQWA 1D9EA 2E5CA 3QMSA 4RXGA 3W88A 1VLWA 2NXIA 2R91A 3BLEA 4PCFA 1GVFA 4Z0SA 3BGJA 4HIBA 1TJRA 4HKPA 2FPYA 1SSGA 1TPVA 4K36A 3N2XA 3QF0A 1NFBA 1B3OA 1X1ZA 1VQTA 1R30A 1A53A 2ZZ6A 3G0UA 2ATMA 1WBJA 4O0ZA 1Z48A 2CZEA 2H3DA 4UIOA 2QCMA 3ELFA 2ZFAA 2NX1A 3OVPA 3TC7A 1OK6A 1SW7A 2WKJA 3W7KA 1XBXA 4KWWA 3KX6A 1OFPA 4GUIA 1YADA 5CZ0A 1YTDA 3R2GA 2X1UA 4JTEA 3DBPA 1P0NA 1HTIA 3IIVA 3O07A 3W7NA 5D2YA 4O11A 5AYXA 3GXPA 4WXYA 3NAVA 2B7NA 1M7PA 3HMJG 3B0PA 4OHQA 3W2UA 3NQ7A 2A7NA 1GT8A 4GBUA 3TU9A 1TPEA 3MO7A 1SFJA 4MKNA 4UTHA 2OZ0A 3P7YA 4NJGA 3IVTA 3W7RA 4BI5A 3UZ5A 3CT7A 5BNKA 4UFJA 3FFSA 5AN7A 2EPHA 4N9DA 1LRNA 2TRSA 1RQBA 3CM4A 3W1RA 4LC8A 1GTEA 3DZ1A 4ZZ9A 4UTUA 2Z2UA 5IBXC 3M5ZA 2OT0A 1WBHA 1K8XA 2WO5A 3CIWA 3NQGA 2ZRYA 2NUXA 3RLUA 4OGZA 4JS3A 3G0SA 3C2EA 4WY0B 1G7UA 1VLIA 4Y9AA 1XBZA 4MLJA 2B7PA 1VYRA 2J88A 1JQVA 3T4CA 1HO4A 3GAYA 1WYIA 5HULA 2C0AA 1MZHA 3L67A 5L6UA 3E12A 4P2VA 3NOEA 4WUIA 3DU0A 3IIPA 4DPPA 3LTSA 3NL6A 1IXNA 2QCDB 3W1LA 3N14A 5AC6A 3BW3A 3NPVA 4XBKA 1KFCA 3GR7A 4A2RA 2CU0A 4NZJA 5KTLA 1RR2A 4S1FA 4JTSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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