1W0OA

Vibrio cholerae sialidase
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase
pubmed doi rcsb
total genus 195
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0oA02
2DUOA 2W52A 1IVCA 2EXHA 4FP2A 1WBFA 4LBQA 3U4XA 4XJZA 3D5OA 2D44A 1S0DA 3V64A 2JE7A 1NCBN 4WA3A 2AYHA 1LGCA 2QWBA 4BPZA 3GNEA 4DPNA 3WVJA 2HT7A 4HANA 1V3DA 3OY8B 1WBLA 3O5SA 2F11A 2HTWA 1CVNA 1LGBA 4P9WA 1W6OB 1W6MB 1USXA 2DU0A 4FOVA 1GLHA 3WHUA 3UJQA 1W21A 2QWGA 1LENA 1Z4VA 3ZVXA 3SILA 4M3CF 4X49A 4YFZA 3AP7A 4R9BA 4GKXA 3FLPA 3CL0A 1UPSA 4DQAA 2PHWA 1Z78A 4Q8LA 4PBOA 1MS5A 3INAA 5DUUA 3VUOA 1RIRA 2DVBA 4GEZA 1UX6A 2ERFA 4B7MA 3RS6A 3NN9A 4FPHA 1H9WA 2YA5A 3WCSA 1IKPA 1V3EA 4Q27A 1WLDA 1WW4A 4M3CA 2VW1A 4Z8BA 3SH3A 4X6KA 4Y1UA 2ARBA 5H9QA 5JOYA 4XJ9A 2BQPA 4QN4A 2OUHA 4YG3A 2YA4A 1S0GA 4Y1YA 4CPOA 1LOBA 2G4IA 3PVEA 1EURA 5T52A 3TIBA 2EXKA 2B7YA 1FAYA 1Z4WA 1V00A 4MWWA 5KXEA 4P9YA 3OBTA 4ZXKA 3N7JA 3UK9A 1MS0A 4GZTA 1Z0HA 4GDIA 1Z4ZA 1MS9A 1AX0A 2V5YA 2DTYA 5CB7A 1DQ6A 1DIMA 1UZYA 3WZ1A 2A6XA 4CPMA 1E8VA 2C5DA 1LHNA 4LBJA 2FHRA 4XBNA 4Y20A 1NCCN 1A78A 2QWEA 2ZGOA 1ULFA 5H9SA 2R49A 4TYSA 3AP4A 5T50A 2QWFA 4H53A 3TI5A 1ULCA 5H9RA 3HR9A 3SNMA 3GALA 1Q8VA 5JOZA 4ATFA 3V0AA 4XOGA 4WV8A 5HUNA 3O9JA 3D4KA 1IS4A 3RMXA 3OGGA 1INWA 3PVNA 1OFSA 3K3AA 5GLTA 2NN8A 4F83A 2SLIA 3ZXLA 5EXOA 2EXJA 1GNHA 4PBPA 3ALWA 1G7YA 3TB0A 2F25A 4YW3A 4K1IA 4GXLA 2DURA 1Q8QA 2E7QA 1CJPA 1ZA4A 3OYWB 1S0FA 3RMYA 1L7GA 4NN9A 1LEMA 2RKCA 2DU1A 3TIAA 2VW2A 4Q26A 5FRAA 1A3KA 1MZ5A 4PCRA 1S0EA 4YZ2A 1BZWA 2W5OA 4GWNA 1IVGA 4WEFA 5NN9A 4HZZA 4R9DA 1SLBA 4TZDA 2D43A 4FPOB 1WUVA 1V6KA 1H9PA 2ZMNA 1F31A 1N1YA 2WT2A 1YYNA 2ES3A 4GJTA 1V3BA 2CYFA 3H73A 1IVEA 5GZGA 1JYIA 1F9KA 2WT1A 5B2CA 1G9FA 2BATA 3N3HA 1FYUA 5HCFA 2W39A 3R4SA 4YLZA 4AYUA 4M3MA 1JOJA 3CNAA 4ISRA 5FREA 1N1SA 4XBQA 1QU0A 1KJRA 2A3YA 2DVAA 1WCSA 4UW6A 4AGGA 1ULGA 4QNPA 4FPYA 3AZXA 1NMAN 3BTAA 5IK4A 4FQ4A 1LTEA 4HZXA 2CTVA 1Q8OA 2AREA 4XMIA 2PHUA 1INHA 2GN3A 1V0ZA 3ZXFA 2SILA 3TI3A 2ZGMA 2AEQA 1SACA 2ZGLA 3ZYRA 1QNYA 1UMZA 4LBKA 4U2AA 2VXRA 4ATEA 4WZFA 4NC5A 1V6JA 2WKKA 3WDXA 3CL2A 2F13A 1Q8PA 5DG2A 1N3PA 4H52A 2W08A 4C1WA 5GLZA 1V6LA 2W5NA 4KS3A 2CWMA 5HUKA 4Y24A 2DVFA 3D6EA 1AXYA 2UWCA 2I2SA 3B00A 4CPLA 3L2YA 3WG1A 2ZMLA 2A6WA 5GJ6A 3N35A 4XXPA 5DZFA 2AUYA 3PJQA 2SIMA 4FPGA 2WNEA 2XG3A 4CTEA 3ZSKA 4XJWA 3T2TA 1VAMA 4YM1A 1VALA 2C4LA 2YA6A 3TAYA 1JBCA 2ZHNA 3GVKA 1W0PA 4FPJA 4D69A 1W20A 3A0NA 1SLIA 1GBGA 1V3CA 2QWHA 1V6NA 4HZYA 1W6PB 5CBLA 2BERA 1QDCA 3RRDA 2WSVA 5JOWA 4XJAA 3ALXA 4YM3A 3V0BB 3NSSA 4U36A 2YY1A 4ZKTB 2JE9A 3AJYA 1SCRA 1INYA 3N7MA 3JU9A 3VKLA 4GA9A 4Y22A 2E6VA 4I00A 4M01A 3I8TA 3R4UA 1GICA 1W8OA 1MVQA 1AJOA 3AP5A 2D3SA 2X9MA 4DRVA 2AENA 1LHOA 1NN2A 4DFSA 1D0HA 1VIWB 1N3OA 5CAZA 4XJUA 5T5LA 4GALA 2OVUA 5T54A 3IKWA 3WDWA 4B7QA 1LHWA 2ARXA 4Q6KA 1BQPA 2P3JA 2A3WA 1USRA 4FVKA 1SNTA 4BOWA 5T5OA 2DTWA 5JLVA 1E8TA 2ZBJA 3BODA 5JOXA 2SBAA 2P34A 3B01A 3VKMA 2YV8A 2ZKNA 1WW6A 2QWCA 3WUCA 5T5JA 4Y1ZA 4MWJA 2FMDA 1DLLA 2EXIA 2D6PA 1RINA 1W6QA 1QDOA 1JN2P 3H72A 2D6MA 4QN6A 2ZGQA 1F8BA 1G9BA 3WDVA 2TEPA 2LALA 3AZZA 2QWJA 4JC1A 5E88A 2F12A 1IVFA 1KITA 4UF7A 2W38A 4GZSA 2UU8A 3VKFC 2NM1A 4XHXA 1AX1A 3QLQA 5IUQA 4LBLA 2ZA9A 1A4GA 1G9DA 3O9KA 1MS3A 3OBRA 1V0FA 3VKNA 1DQ2A 2ZGKA 2P3IA 2NMNA 1DQ5A 5JVVA 4KS2A 4FPEA 1WLWA 2OUJA 4M4UA 1W8NA 3ZSMA 2PHRA 2VW0A 2DVDA 3D11A 1JUIA 4RA0A 4XMAA 1S0BA 1GYKA 1Y7BA 3OY8A 1GZWB 1WW5A 4I30A 1NMCA 1W6OA 3AZYA 1C57A 2F27A 4NCSA 3ZXKA 1W6MA 4FVVA 4CPYA 1OKQA 1LEDA 2P3KA 2PELA 5E89A 2VWDA 1CQ9A 2A7AA 1C1LA 3APBA 1XOEA 2F24A 4MWQA 2CY6A 2A75A 1UAIA 4FPFA 2F28A 4XIOA 3JU4A 1L7FA 1LOFA 2P2KA 1NSCA 2HTUA 2GNDA 2VSKA 4YGDA 3UJOA 3WCRA 1HQLA 4M3CE 5AVAA 4MWUA 4JRAA 4ASMB 1VAVA 1LOFC 1NXD1 4R9CA 5B2DA 1INVA 3AP6A 3BIWE 3BOPA 2ZGNA 1JW6A 2ENRA 3CKZA 1LESA 1LU2A 5DUVA 4Y1XA 1KQRA 2HYKA 4HIZA 4FPKA 3WHTA 2HT8A 2R16A 1XOGA 4Q1RA 1DIWA 1HKDA 1C1FA 2NYYA 4MZEA 1DQ4A 1V6IA 3NV4A 4K21A 1A14N 2HT5A 1BKZA 3WOGA 3FLTA 3B69A 1LECA 3WNXA 3FUOA 6NN9A 2P37A 1FV3A 3POYA 4QN7A 3ZSLA 1KRIA 4HZWA 4DGRA 1NMBN 5F9TA 5HUMA 1DILA 1N47A 1PZ8A 3O0VA 1F8DA 1DYPA 1O4ZA 1KJLA 1F8CA 4MWLA 4AGRA 2YROA 4BMEA 5HX0A 3A71A 3M3EA 4YG0A 5LK5A 2YDPA 2A71A 5EYXA 2DWRA 2CWSA 4AGVA 1CR7A 1MZ6A 3RQ0A 2C9AA 4M00A 1X50A 4YGCA 3OYWA 2CL2A 4BBWA 2VSMA 2CMLA 3O0XA 2HTQA 1SO7A 2JD4A 3WLUA 2DUQA 5T55A 1G9AA 3CYEA 2ZB6A 1PZ7A 4KS1A 3ENRA 4K1ZA 2ZACA 1QGLA 4CZSA 4K1JA 1S0IA 1FATA 2V73A 3POWA 2OW4A 4GDJA 1AXZA 2VVZA 1N3QA 1ULEA 1AJKA 3AYDA 4FOYA 1DYKA 2QWIA 1F8EA 5GALA 1UL9A 2WSUA 1NNCA 4XTMA 2XB6C 3A0KA 1LJ7A 1Q8SA 2Q5TA 3ATGA 1SLAA 3IN9A 1WLCA 1ONAA 2WLQA 3POSA 1G86A 2C4AA 4Q8KA 2DV9A 3ZYPA 2PHXA 2GALA 4WVWA 5DUWA 1CONA 5E8AA 3NV3A 2VH9A 4FOWA 2JJ6A 3IPVB 3WDTA 4MWRA 2AGSA 2AEPA 4YZ5A 1ENRA 1B09A 2ZGPA 1NCDN 3T1EA 4KBBA 1C4RA 3OPZA 5EWSA 4GZWA 1DQ0A 1IVDA 1QF3A 2HU4A 1LOGA 3R05A 2VUAA 2GNTA 4FPCA 4MWVA 1HDKA 4AVTA 1CPNA 2AR6A 1LODA 4K3YA 4YW1A 2GNBA 3USUB 3ILFA 3A4UA 5GZCA 3D12A 1YO8A 1W6NB 4YZ1A 2LTNA 5CA6A 3PMEA 2W20A 4M4NA 4MZAA 2B8HA 3QCWA 4Y1VA 4XJRA 1QKQA 1NSDA 1SBDA 3H71A 3W59A 4LBMA 1GKBA 3T1LA 1FNYA 1AVBA 4YW2A 1SLLA 5GLVA 4RL7A 3SANA 4LBQB 3SISA 3TI6A 3AYAA 3PVOA 3DGTA 2XZKA 3AYEA 4MC7A 2ZB5A 4WEGA 5GZDA 1VLNA 5KXBA 2YA8A 1WW7A 1CPMA 1Q56A 4H55A 4FZHA 3W58A 5JMCA 2EF6A 1W1XA 2WJSA 3UL2A 3M3CA 3I4IA 1MS8A 5JYYA 4NOTA 4JF7A 2NP0A 5HUGA 2ZABA 4K1HA 2QWDA 2YMZA 1EUSA 3INBA 1ZM1A 3IM0A 3H6JA 1NCAN 2E51A 3ILRA 3JUUA 5GLWA 1APNA 1QOTA 3ZXJA 3MEPA 5HCAA 4XDQA 3RG0A 1JYCA 4UW4A 2GMEA 1EUUA 1U0AA 1Z4YA 2ZZJA 3VV1A 3O12A 3GVJA 4GZQA 1S0JA 1XQNA 3GVLA 4SLIA 2QWAA 1BXHA 4YW4A 1EPWA 1V2IA 4GZOA 1YI7A 1HLCA 1W6PA 1INXA 4PF5A 4YM2A 2F29A 1OQ1A 3V0BA 2DUPA 5HCBA 3M2MA 4YFWA 4M3CB 5F5QA 4GKYA 4K1KA 4HL0A 2ZGSA 3AK0A 3O0WA 3C2UA 5KXDA 3N7LA 4XXAA 3A72A 1LULA 1BJIA 4LBOA 3V65A 5GZFA 1GV9A 4K1YA 4B7NA 4KS4A 2D3PA 2HTVA 5H9PA 3SALA 3FUQA 3AZVA 2UWBA 3KM5A 1LGNA 1TEIA 3NV1A 4X4AA 1L7HA 3TI4A 2XZJA 4XIKA 1V6MA 4W65A 3K39A 3N7KA 3TICA 3H0OA 4WA4A 5IK8A 4XJQA 4LBQD 4HZVA 4OZXA 2YZ4A 5GZEA 4MJVA 1UN1A 2HTYA 1CESA 1E8UA 3AXDA 3B9CA 3WG2A 1A4QA 4Y20B 4YGBA 1LU1A 4CPNA 1IS3A 1RITA 1HQWA 2ZMKA 3WDYA 3V0AB 1NNBA 4FP3A 3K36A 4XJ8A 4R9AA 2F26A 2A6ZA 5EYYA 2ZHKA 2E7TA 4Q2FA 2D6LX 1YXWA 1IKQA 2A6YA 3M3QA 4KS5A 1A8DA 4XBLA 3ASIA 3WG3A 5IT6A 3FFZA 1LOEA 1V6OA 1LHVA 1QOOA 1DZQA 2D6NA 5DG1A 4MJUA 1MWEA 3LCPA 1YRZA 4QN5A 3DUIA 3SLIA 2D6OX 2ZHLA 3MW3A 1SBEA 1W0OA 2YDTA 3ZPYA 3LSDA 1D2SA 5DZEA 4B7RA 1N1VA 4XILA 1NSBA 5SV8A 1MACA 1IOAA 2F10A 3M3OA 3NV2A 2NMOA 2H0BA 3AZWA 4Q1PA 4WVVA 1GZWA 2VU9A 3HN1A 2D7FA 3VKOA 3LSEA 2VK6A 4C1XA 4X47A 1FNZA 3SH4A 4WA5A 4BMBA 1O4YA 5DUXA 4P9XA 4YW5A 2A6VA 1MVEA 2D6KA 3AP9A 1NNAA 4XZPA 1KDMA 1G8WA 3Q9OA 1BJQA 2KM2A 3T1MA 2ZAAA 3SH5A 4ISQA 2F0ZA 1I3HA 3K38A 2DYCA 3KQRA 1AZDA 1DQ1A 1FV2A 1LOAA 1JHNA 1CIWA 2AH2A 4AVVA 3RSJA 3WDUA 4BQ1A 5M1ZA 1INGA 1VCUA 4MWYA 1DFQA 1PZ9A 2R1BA 1V0EA 3WG4A 1MR5A 1N1TA 2DVGA 1FX5A 1ENQA 1QOSA 2A5ZA 5CNAA 4BLJA 1ULDA 2PHFA 1Z50A 2W68A 1LCLA 2D3RA 1YIFA 2EIGA 1AXKA 3B3QE 2Z42A 1B9TA 5BYNA 3AJZA 1NLSA 4J9TA 2GN7A 2ZGTA 4UW5A 5JDBA 1F5FA 4DRRA 1WD4A 2EAKA 1WCQA 4LBNA 4XHBA 3W09A 2GMMA 1UKGA 5GM0A 1DGLA 4MYEA 2QWKA 5T5PA 4XTPA 1INFA 1VCJA 3WUDA 4YZ3A 1GZCA 3NWKA 5DZGA 2RHPA 4BLIA 2BZDA 2GDFA 2VY0A 2VK7A 3WV6A 1CN1A 2HU0A 3OJBA 3B7EA 4YG6A 2ZHMA 4NO4A 4FJ6A 2GMPA 4AVSA 2A70A 4P14A 3FLRA 2PHTA 3MW2A 1DHKB 2NZ9A 4MX0A 3K37A 1LHUA 4M4VA 1ENSA 1JXNA 3ZSJA 2YA7A 3SITA 4BM8A 4GWMA 4D8SA 1SBFA 1MS4A 4YM0A 2BF6A 2CNAA 3HMYA 4DS0A 1UZZA 2JKBA 5KXCA 4Y22B 2JECA 1B9VA 3AX4A 3N36A 4XE9A 4CRQA 3BEQA 1SCSA 1B9SA 1IVBA 4YZ4A 2JDZA 4UW3A 2UWAA 3TI8A 2R0HA 1S0CA 4B7JA 3M1HA 1KDKA 2EALA 1GNZA 3IMNA 2A3XA 1SLCA 4GB1A 4K20A 1R1ZA 3AYCA 3FBYA 4YGEA 3MPPG 1EUTA 1GZ9A 3MW4A 2YXSA 4AWDA 4CPZA 1DBNA 5GLUA 4GZXA 2ZGRA 4QN3A 1J1TA 2GNMA 4JCKA 2VK5A 3IPVA 1BYHA 3AFKA 3AXEA 1AX2A 2ZGUA 2R0FA 1QNWA 1S1AA 4FOQA 4PQ9A 4Y26A 1W6QB 1IS5A 2UURA 4XYXA 2HTRA 4FQZA 1GSLA 1H30A 4ITCA 4MWXA 2WT0A 1URXA 1I1EA 1WD3A 1IS6A 4GZPA 3ILNA 3USUA 2WQZC 5DXDA 1G9CA 4IQPA 1SLTA 1W6NA 2R1DA 1SFYA 3ZXEA 2XCYA 1GANA 1MS1A 5IK7A 1LOCA 4FPLA 5L73A 2XZIA 7NN9A 1QMJA 5IK5A 1AF9A 2E53A 1Z4XA 4L8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8SA 2DUOA 2W52A 1IVCA 2EXHA 2X5IA 2C9KA 1POV1 4FP2A 4BQ4A 1WBFA 4LBQA 5D1IA 3ZX7A 2RE9A 3U4XA 4C90A 4XJZA 5FMOL 3D5OA 1US3A 2WL1A 2PLV1 5AC91 1UY4A 3ZMOA 5FYCA 2RS53 2FD8A 2D44A 3CZUA 3WQ7A 4R4ZA 2ZX0A 1PM7A 1S0DA 3PHMA 1JH5A 3V64A 5JI9A 2JE7A 3KCYA 3UESA 4XF3A 1NCBN 3G4EA 5BPXA 1ZZ7A 4IYGA 4WA3A 2AYHA 1LGCA 2X5IC 4BPZA 2AEYA 4EROA 2QWBA 3GNEA 5FIXA 1CRUA 4LIUA 1QJX3 3PTYA 4DPNA 3VDDB 3U0ZA 2RR11 4K1JA 2RJKA 1CZTA 1B35A 1CAUA 3EMRA 2EAAA 3HD8B 4WBBA 1VBD1 2EVXA 4JV4A 1ND2A 2CU5A 4L7BA 5CGJA 5A6ZA 3WVJA 5I8YA 2HT7A 4HANA 3V64C 1V3DA 2WABA 3RNSA 4K40A 3OY8B 1RUD2 4FXKB 1WBLA 3O5SA 2F11A 2HTWA 2C6SA 2H2NA 1CVNA 1LGBA 4YSFA 4P9WA 1W6OB 3E6DA 5C8WA 4QKBA 1QJY1 2BWCA 1B35C 5HUGA 2AEZA 1W6MB 3R0RA 2DU0A 2JXAA 1GLHA 4FOVA 4QQPA 3D3AA 3WHUA 3WXPA 5BY5A 4Z92B 4AH4A 3ALQA 3UJQA 5A6XA 2WNVA 1LENA 4CEYA 1W21A 1Z4VA 2QWGA 4DNYA 3POGA 3ZVXA 5FZBA 1VE0A 1S1DA 3SOBB 1P8JA 2BGPA 3I2FA 5APAA 3SILA 3MLKA 5GX3A 4L2NA 4B1MA 4M3CF 3O1PA 4MGIE 4A42A 4AEDC 4X49A 4YFZA 1CJDA 5FPVA 2QFEA 5FDBA 3AP7A 1SPPB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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