1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
1QVGM 1S72N 3CCMN 1VQ7N 3CXCM 1YITN 2ZJPL 1W2BM 3J7ZO 4WFAL 1NJIO 3CMEN 1VQ9N 5DM7L 3DLLL 3G71N 1VQLN 3CCUN 3CCVN 1M1KO 1VQKN 3CC7N 5GAHP 1YIJN 3CD6N 4IOCL 3I56N 3CC2N 1VQ4N 1VQMN 1YJ9N 4U67L 3CCRN 5H1SQ 3I55N 1Q86O 2QEXN 1M90O 1Q82O 3CCEN 1VQPN 3CCQN 3CCLN 4WCEL 1VQ5N 3CMAN 5GADP 1YI2N 2ZJRL 2ZJQL 1N8RO 4WFNL 3CC4N 2QA4N 5JVHL 1KD1O 2OTLN 5JVGL 1K9MO 3CCJN 5GAEP 3PIPL 1JJ2M 4UY8O 1K8AO 3CCSN 3OW2M 1Q81O 1VQ6N 4IO9L 1OVYA 1YJNN 5HL7L 1K73O 1VQ8N 5MLCQ 3PIOL 1VQNN 3CF5L 3G6EN 4WFBL 1Q7YO 5DM6L 4WF9L 5GAGP 1YJWN 1KQSM 3CPWM 1QVFM 2OTJN 3G4SN 1ILYA 4IOAL 1YHQN 1KC8O 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LW2A 2HHVA 1J54A 1JCFA 2FBYA 2YHWA 3SYZA 1YITN 5M1FA 3MK6A 1B9FA 4CHPA 1S9GA 2ZJPL 3THWB 1JLEA 3ZT3A 3OYJA 3MEGA 3GG4A 2JWLA 3OS1A 1QQOA 3KD1E 2IVNA 3QBWA 5GAHP 3O9RA 4NLBA 1IBLK 2G8KA 1YJ9N 1LWFA 2UXCK 1SQKA 4C1NK 3QETA 2YI1A 3FLCO 4CZHA 4YOTA 5H1SQ 1HNWK 4I2QA 4EZ6A 1NK4A 3P5JA 1NGIA 3AVAA 4GY2B 3BEXA 5GIPA 3H3NO 1T44A 4NCAA 3VPZA 1A5WA 1T3VA 3F2KA 4OPAA 3K5OA 4ZTJA 1NK7A 5KQ8A 3NF7A 1VQ5N 4OKEA 4M3UA 3ZCMA 3MMVA 4WE1A 3CPEA 4O8KA 2UUAK 4X62K 4F3OA 3ULDA 3P83D 3SQ2A 3V9ZA 1KVAA 3B6PA 2KQ2A 5ADXA 3HM8A 4FCYA 2E2OA 2E1YA 4FWOA 4CHYA 4CJFA 2IDOA 3BY5A 2P9KB 3GDQA 4LF8K 4NCGA 4BRMA 4JV5K 4FWNA 2P9LB 4YORA 3K58A 4BC5A 1NGBA 1F21A 3I8DA 3CM5A 5MLCQ 1WNSA 4I6MB 3KZBA 3H45C 4FSVA 4GV3A 4Z4GA 1L3UA 3K57A 4BE0A 3TI0A 4YDUA 3ENOA 5FRMA 2IOCA 2OTJN 4DG1A 3C94A 3DXKA 4YOUA 3ZSZA 1YHQN 3VQDA 4GMJB 4CZGA 4JS4A 3KIOA 5LJVA 2AA4A 3VQAA 4E7HA 1NG9A 2LSNA 2FLOA 4EIAA 3DYAA 4B9VA 1LW0A 4X64K 3DLBA 1LCUA 2ZGZA 4Z4HA 4FM2A 2A1RA 1IKXA 1VQLN 3P4IA 1VQKN 1ZXOA 3M8SA 4Z0UA 2PAVA 3NHGA 3L6QA 2PYJA 5AQUA 3TTFA 1ZBLA 3J8AA 3FZFA 1VSMA 3QERA 1RBVA 2P9UB 3AVLA 4OLBA 3SPZA 3EZ5A 3EE8A 4ELTA 4C23A 5AQKA 1NJZA 1C0TA 1GLLO 1HUXA 1QSLA 2GV9A 1N5YA 4CZLA 3VEZA 4FWMA 3ZYYX 1LWEA 3FE1A 2GWKA 3ZEUB 4MO5A 5I9EB 3NGZA 2RHKA 3P1GA 4BR7A 3A5LC 4EZ9A 3O80A 4K43A 3SNNA 1L3SA 1J9AA 1GLBG 1IKVA 3V9XA 1P8ZA 1S22A 1RT7A 2YHBA 4CFAA 3OYNA 4OGCA 1MDUB 3A8YA 1EWQA 4W5TA 2HBJA 2QK9A 5C24A 3AVCA 2YHAA 1WSGA 3LAMA 3VQPA 4M3YA 3WNGA 4C8NA 3CERA 3VQ5A 3THYA 3PV8A 2OPSA 2O8BA 1KTQA 3HO1A 4ZTFA 3CQYA 3WXJA 5J2QA 1C0FA 4OPHA 3TTDA 3CF5L 3JXUA 3G6EN 2VWKA 3VN5A 1NKBA 3BGRA 5AQLA 4IG3A 3I0SA 4Z4CA 1TL3A 1RT5A 1EO1A 4DV4K 1VSIA 4CF2A 4E7KA 4CF9A 2O8EB 4F3TA 1SS6A 3SLCA 4LY7A 1ZBHA 1UA1A 4OO1J 1GLCG 4K0KK 4DFMA 3QEIA 5KRTA 1SKWA 5HP1A 4GV9A 4H0VB 3MWPA 3HSTB 4FLXA 3VQ9A 3MCAB 4KHNA 5SWMA 4ELUA 3KK3A 5CE3A 5BRDA 1Z25A 3D7EO 4CEQA 4IO8A 4CGJA 4IDHA 4LF6K 3NGIA 4BQZA 2NRVA 3L0QA 4DV5K 2V52B 3OBWA 4CFBA 4BC3A 2HHQA 1WSHA 4JKEA 5LMUK 2KLAA 2GX9A 1TUUA 3M6GA 1REVA 4OPKA 2GTDA 4AHSA 3D2FA 1FXXA 2HF3A 3RMCA 3KTQA 2NRRA 4DF8A 4PA1A 4O0IA 4BRGA 1NKCA 4BRIA 3VTIA 1VQPN 3KLHA 1W0HA 2A6AA 4WCEL 3HSCA 4JYAK 4JD2A 3AO3A 5DK5A 3AVHA 4DFPA 1Q18A 4DR6K 1YTAA 1HJRA 4BWMA 1QTMA 3DMJA 3JAMO 1RGIA 4LF7K 4CHQA 5CZ1A 4AHUA 3P38A 2HHSA 3TSPA 2D1KA 4FM1A 1VSDA 1KVBA 5GAEP 4MO4A 1UAXA 3CQXA 2E2QA 2HOEA 1I3AA 5C25A 1GOAA 2A40A 4BRNA 3AA5X 1FKOA 1GOCA 2KZMA 5TKYA 2ZWHA 4FK4A 5J1EA 1QSSA 4ID5A 4BRHA 3RMAA 5HRRA 3THXB 1OH5A 3HZ6A 4DCHA 4YDUC 2QM1A 2BH1A 4EP5A 3G10A 4AILC 1Z05A 1S72N 2P5GA 5M1OA 4CJVA 2HVIA 4FVMA 2ASPA 3QIOA 3R8EA 4J8FA 3VOVA 3CXCM 2OPPA 1NLVA 4RCHA 4BRKA 3IMXA 3V4IA 3M1FA 3R9PA 2PZSA 3A0IX 4BGAA 1JLAA 4RW4A 3NBPA 1XQSC 1HNIA 4FJ9A 5HLFA 4N5SA 2G8WA 3VGKA 3H08A 5C42A 1VQ4N 3ZSWA 3R3LA 4KHWA 3EE9A 1RBRA 4C8KA 4CGIA 4KAZA 3DRRA 3NGYA 2P9IA 3UB5A 4DV6K 5AZJA 2NLXA 2GWJA 4I9LA 1YVNA 3VGLA 3L8BA 1YAGA 4FW2A 1NOZA 4CJRA 4DSIA 1JCGA 5LY3A 3J81O 3KJVA 2O8FA 3A5MC 5LMNK 1KFSA 4I7FA 5AQHA 3I33A 3HVTA 1RT1A 4KI6A 3D6RA 2G8FA 1N32K 1ASWA 3MN7A 3SCXA 3ULEA 1NK8A 3A5OC 2UU9K 1NGHA 5M1QA 5F2RA 4FZXC 1CXQA 2UXDK 1WLJA 4UQGA 2NRWA 3TAFA 3O9TA 2BANA 2P9PA 4XEIA 3AVJA 2O8DA 3QICA 1ATSA 5AJ3K 4Y1CA 4KPYA 4GVMA 5HOOA 1T03A 1NJXA 4FLYA 1ATNA 4O5BA 3GL1A 3O1BA 2E1ZA 3HJFA 3QMLA 1HJOA 3BP8A 2F8SA 5HL7L 2IVOA 1BCOA 4N56A 5BPMA 2OANA 3ZSOA 3C7NB 2NNWA 3SMPA 1EXQA 1SUQA 5GAGP 3ZSYA 1KAXA 2CGJA 4AHRA 3ZSQA 4IJAA 3G4SN 4MLEA 1P90A 4JK8A 1E3MA 3RRHA 5FDLA 1VQ7N 4F2SA 3QDKA 2PY5A 4YOXA 1RNHA 5M1KA 1G15A 3LDPA 2HNDA 4CBWA 1HNZK 1N34K 3L2RA 2YNIA 3ITHA 2QWMA 4FWPA 3SJHA 1J53A 4IEIA 4H5NA 1WAJA 3AA3A 4Z94A 4FJJA 5AQSA 5CYMA 3FR0A 4O4GA 1SZ2A 2P9NA 2CH5A 4BRCA 2O4IA 1S6QA 3ZETA 4KI4A 3IUCA 1IBKK 1HKBA 4IZ9A 4LSLA 4BWJA 4BC4A 1YXQA 2OCEA 1XC9A 4CZIA 3O08A 4FWQA 5KI6A 1J6ZA 2JLEA 3MX2A 3CQ8A 1GLAG 4KH4A 3R6MA 4DR3K 4YNQA 4CEBA 4KKOA 1HYVA 2Q3SA 2OZSA 4JS5A 1VRTA 1V4TA 1KCFA 2NRHA 4GKKK 3QINA 3N4QA 4FWRA 4GNIA 2ZJRL 3AO1A 3K9KA 3VEYA 3RTVA 4YY3K 3HYFA 5JVGL 2E6LA 3K0SA 3OYMA 3LWMA 4CEZA 4CJ7A 3OYGA 2HHHK 2PFUA 4F9OA 1K8AO 1JCEA 4E7JA 1S1XA 5J2NA 3C65A 2OZMA 3TWHA 1CLQA 1SKSA 4ICLA 1XUPO 4FWSA 2ZD1A 3SAHA 1ESVA 1Z6RA 3WUHA 1X3MA 2ASOA 3VQ4A 1EX4A 1TYQA 5C15A 1GLDG 4CZEA 3VA3A 2VWBA 4CJTA 3WXMB 4FJLA 3DJCA 2XO7A 4Q0BA 4DSEA 2XY7A 4CHOA 1VSFA 1N36K 4JAXA 1KXPA 4BRQA 1RDUA 4MFBA 2P9SA 3CMEN 2OA8A 5FPEA 4FLVA 4E7IA 3C6AA 1FJGK 4CJ4A 3V9SA 5E26A 1U2VA 3U3GA 4K42A 3K5LA 3HRGA 5DM7L 1RBUA 4B8AB 1XHXA 1LV5A 1NK5A 2UUBK 3AGKA 4FJGA 3LZJA 1WSEA 4A62A 4FYDA 4DQRA 3BZKA 3J7YP 3KK7A 3S3MA 4GVEA 3B6OA 3HVRA 4LFAK 1RTJA 2P1JA 2KKZA 4B8CA 4JEPA 4FJ8A 3DLEA 3OJSA 2WONA 4CJ5A 1C1AA 4H5WA 3KVGA 4RG8A 2BTFA 1WSFA 3KD5E 1JKHA 4A2BA 3CCQN 4CECA 4NCBA 4B9LA 3L2UA 1XI1A 1VHXA 3DOKA 4J2DA 3DRSA 2ZE2A 1HR0K 2F9TA 4LH4A 1S9EA 4WFNL 3PX4A 1TGOA 4K8XA 4LFCK 4CERA 3BUZB 1DT9A 3L3UA 1LAVA 1V4SA 3F9MA 5AQMA 4BVPA 1WAFA 4H5RA 1S5JA 4BRPA 4A2AA 1Q81O 1RTIA 4C1NI 3OA9A 3AVMA 3M8PA 4DLGA 2D0OA 1TV6A 2F8TA 2X78A 4CJSA 3EL2A 3THYB 1JL1A 3KK2A 4JHDA 3DXMA 4HVJA 3NVMA 3AO2A 1CZBA 4IOXA 3RWUA 2I7NA 1E4GT 1ILYA 4OKJA 4DSLA 4CGGA 4ILHA 4M7YA 4M45A 1Y97A 3AO5A 4B1WB 3OTOK 1RT6A 4O0JA 3LP2A 4FJ5A 4QS7A 4M3ZA 3O4NA 3IG1A 3LWLA 1NJIO 2OPRA 3FFIA 1VQ9N 4QOZB 2FC0A 1MU2A 2ATQA 2V7YA 2RF2A 5I42A 3GOIA 4JKGA 4CJUA 3CC7N 1TKXA 1YIJN 4DUZK 3CD6N 3LP3A 2VQEK 1BWFO 4FM0A 4HTUA 4V19S 2ASMA 3AVNA 3ZT2A 4DR2K 3K59A 4BR5A 2XY5A 3ID8A 4CZJA 1BHLA 4NB4A 2QWQA 1E4FT 1CXUA 2FF3B 3QFPA 4FK2A 4CGFA 1W7AA 3NH0A 3PSIA 3PSFA 1M90O 4JKBA 5FPNA 3D2FB 5FRNA 1FKPA 1Q9XA 4E3SA 4B3RK 4DR1K 5JMVA 3VQ7A 3SI6A 4JI0K 3BF3A 4B1UB 3H6EA 4DR5K 3TANA 2X6NA 2KTQA 1D9DA 3QB0A 4CZMA 2HMIA 4DR4K 2Y1JA 1RDBA 1EKEA 5KQDA 3M3ZA 5EU7A 3L2QA 2OTLN 2D4WA 2E4LA 2WC9A 3AGRA 3WXLA 3HI0A 2YJFA 1S1UA 3LP0A 1QZ5A 4IFVA 5KTQA 4FJXA 2D0BA 4M42A 1C0GA 1IG8A 3J7AP 1D8YA 3U6FA 4BDZA 2E8AA 3ZT1A 4CFCA 4K41A 4RW9A 3UE5A 3SUOA 3THWA 3DOLA 2FBVA 5KPZA 2DFHA 1U48A 1BL3A 4B9QA 3RRGA 1VQNN 3HM9A 3UKUA 2HBLA 4CHZA 3SV4A 4W5RA 3DLGA 4ID1A 3C6UA 1QQNA 3CI5A 4NXMK 1X9SA 4PKGA 2HB5A 4BR0A 5T7BA 2FBTA 4K8ZA 5EY4A 2RPIA 2G8IA 3UIQA 3S41A 4DWIA 1RTDA 4KB0A 2E2PA 5I3UA 2ITGA 1RDAA 3U3YA 1IO2A 3MX5A 4LH5A 1JLFA 2GUPA 1W2BM 4QS9A 4BE1A 3F73A 4A61A 4H8KA 3CJCA 4JKDA 4JI2K 2EWSA 2YHXA 4FZZA 4B9NA 2YNGA 1Y64A 3QNNA 5KPRA 1KLMA 4CJWA 3EKSA 3WXIA 3CJAA 4M7XA 3WQTA 2EX3A 4OJRA 4FJHA 1ASVA 2HF4A 4DTOA 2P9IB 4B1XB 1X9MA 3AAQA 5AZJB 4FLUA 3IS9A 3VF2A 4DFKA 4H0OA 1YUWA 4JI6K 1D4XA 4ZHRA 1TAUA 4Y1DA 1WBDA 4WQ4A 4DTUA 4N47A 4KRFA 3WEEB 5K14A 2O8FB 4C8MA 3CMAN 3TSQA 1T8EA 1IV0A 3NH1A 4CBUA 3C0BA 3O3FA 3CM6A 2P5OA 5HRNA 1TK0A 3ULEB 5IT9O 4BGBA 3AAPA 2IVPA 3WNEA 3THVA 2E2NA 1H1VA 2Q97A 1JJ2M 3AVFA 3EZWA 1J5OA 1IBMK 2UYTA 4JKAA 5BRFA 1B9DA 2ZGYA 4WQ5A 2FSNA 4FVUA 4B08A 2VGNA 1VSLA 2QXFA 1T05A 5AQIA 1G99A 4E19A 1NGGA 4JLHA 1K73O 1VQ8N 4Z4EA 4O5FA 2A5XA 2IC3A 4DV0K 2F7TA 2IIRA 4CIEA 4DMNA 1XMOK 4JI5K 5DM6L 3CG7A 3VEXA 4H0XB 4NXNK 5AQQA 3LP1A 2Z1JA 1JL2A 2W6LA 3SQ1A 2AJQA 3O9UA 1KC8O 1D5AA 5M1PA 3N4PA 3NDKA 5FPDA 1WB9A 4PL7A 5KPTA 1NGEA 2KHOA 1LWCA 2P9UA 3NMUA 5AQGA 4PKIA 1S6PA 3T1HK 4QS8A 1BIUA 2Y1IA 3KLGA 4CEOA 4DTXA 3SBTA 3SUNA 1EWRA 2I7PA 3L2VA 4AQYK 1YT3A 5AQVA 3LM2A 1KAYA 4KHQA 4BQLA 1BO5O 2YHYA 3FZKA 1SL1A 3DLRA 4W5NA 1XWLA 4H4MA 1RBSA 3TABA 3FFKB 4CEFA 1W97L 1SL0A 1VQMN 2XRIA 2YNHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QVG M;  1S72 N;  3CCM N;  1VQ7 N;  3CXC M;  1YIT N;  2ZJP L;  1W2B M;  3J7Z O;  4WFA L;  1NJI O;  3CME N;  1VQ9 N;  5DM7 L;  3DLL L;  3G71 N;  1VQL N;  3CCU N;  3CCV N;  1M1K O;  1VQK N;  3CC7 N;  5GAH P;  1YIJ N;  3CD6 N;  4IOC L;  3I56 N;  3CC2 N;  1VQ4 N;  1VQM N;  1YJ9 N;  4U67 L;  3CCR N;  5H1S Q;  3I55 N;  1Q86 O;  2QEX N;  1M90 O;  1Q82 O;  3CCE N;  1VQP N;  3CCQ N;  3CCL N;  4WCE L;  1VQ5 N;  3CMA N;  5GAD P;  1YI2 N;  2ZJR L;  2ZJQ L;  1N8R O;  4WFN L;  3CC4 N;  2QA4 N;  5JVH L;  1KD1 O;  2OTL N;  5JVG L;  1K9M O;  3CCJ N;  5GAE P;  3PIP L;  1JJ2 M;  4UY8 O;  1K8A O;  3CCS N;  3OW2 M;  1Q81 O;  1VQ6 N;  4IO9 L;  1OVY A;  1YJN N;  5HL7 L;  1K73 O;  1VQ8 N;  5MLC Q;  3PIO L;  1VQN N;  3CF5 L;  3G6E N;  4WFB L;  1Q7Y O;  5DM6 L;  4WF9 L;  5GAG P;  1YJW N;  1KQS M;  3CPW M;  1QVF M;  2OTJ N;  3G4S N;  1ILY A;  4IOA L;  1YHQ N;  1KC8 O;  1VQO N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LW2 A;  2HHV A;  1J54 A;  1JCF A;  2FBY A;  2YHW A;  3SYZ A;  1YIT N;  5M1F A;  3MK6 A;  1B9F A;  4CHP A;  1S9G A;  2ZJP L;  3THW B;  1JLE A;  3ZT3 A;  3OYJ A;  3MEG A;  3GG4 A;  2JWL A;  3OS1 A;  1QQO A;  3KD1 E;  2IVN A;  3QBW A;  5GAH P;  3O9R A;  4NLB A;  1IBL K;  2G8K A;  1YJ9 N;  1LWF A;  2UXC K;  1SQK A;  4C1N K;  3QET A;  2YI1 A;  3FLC O;  4CZH A;  4YOT A;  5H1S Q;  1HNW K;  4I2Q A;  4EZ6 A;  1NK4 A;  3P5J A;  1NGI A;  3AVA A;  4GY2 B;  3BEX A;  5GIP A;  3H3N O;  1T44 A;  4NCA A;  3VPZ A;  1A5W A;  1T3V A;  3F2K A;  4OPA A;  3K5O A;  4ZTJ A;  1NK7 A;  5KQ8 A;  3NF7 A;  1VQ5 N;  4OKE A;  4M3U A;  3ZCM A;  3MMV A;  4WE1 A;  3CPE A;  4O8K A;  2UUA K;  4X62 K;  4F3O A;  3ULD A;  3P83 D;  3SQ2 A;  3V9Z A;  1KVA A;  3B6P A;  2KQ2 A;  5ADX A;  3HM8 A;  4FCY A;  2E2O A;  2E1Y A;  4FWO A;  4CHY A;  4CJF A;  2IDO A;  3BY5 A;  2P9K B;  3GDQ A;  4LF8 K;  4NCG A;  4BRM A;  4JV5 K;  4FWN A;  2P9L B;  4YOR A;  3K58 A;  4BC5 A;  1NGB A;  1F21 A;  3I8D A;  3CM5 A;  5MLC Q;  1WNS A;  4I6M B;  3KZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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