1W2VA

The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (xyn10a) from cellvibrio japonicus
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
GLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHTLVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNEYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
publication title The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases
pubmed doi rcsb
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 138
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w2vA00
5HPOA 2QMKA 1QI4A 1NOFA 3POHA 1JG9A 1JAKA 3EDEA 3CIVA 3THDA 4PUDA 4P7OA 4ATDA 1E6SM 2XVPA 5A2BA 1OT2A 3CZKA 5DFAA 4TX8A 3VIGA 1F4HA 5LA0A 4U5KA 7CGTA 1WKYA 3MUAA 2WVUA 3B9EA 3AIQA 1W9DM 3WKZA 1V6YA 4H2CA 2VR5A 5IDIA 2GDUA 1WDQA 2E9BA 2DDXA 2QLYA 4ZEPA 1WO2A 4AZHA 2ZX8A 1C90A 2Z1SA 1GOMA 4AISA 5E70A 1WZKA 3HU7A 3BLPX 3DYOA 2WMGA 5BXSA 4D6JA 5LA1A 3VIHA 1CDGA 1CPUA 3PZQA 3A4XA 1V3LA 5E0FA 4PN2A 3RDKA 3W6MA 5A2CA 3WFZA 4UCFA 3AS1A 3UR8A 3FW6A 1CTNA 1V3IA 4JL1A 5D4YA 1AQMA 1K6AA 1VIWA 1KQYA 1I75A 2V38A 1TFVA 1MFVA 2VNCA 2X2YA 5A1AA 3ARTA 2CKRA 3GXFA 4BF7A 4GINA 2RGMA 3K8LA 5AYIA 2Q8XA 4B9YA 5A8PA 4W7VA 4DM1A 2E9LA 3CUIA 1UH4A 1AQHA 4JIEA 3WNLA 3IANA 2YA0A 2YKKA 4CD8A 2QHAA 3CHEA 2NT0A 3KL0A 1GOQA 4N0RA 4P8UA 4PEEA 3HMCA 3B9DA 2VCAA 2YJQA 2X0HA 4U2YA 3VIFA 1OBAA 4PCSA 1W1VA 1TVPA 4FLOA 2DSVA 4YN5A 4KGJA 4UQ9A 3WDPP 1BYDA 1NWTA 2J8GA 4BA0A 4P8XA 3D3AA 3CLWA 3WL1A 5I24A 4AY1A 1ZBCA 3AIBA 3WQVA 2NT1A 1UA3A 2FHCA 1WDSA 2VVSA 1E6ZA 5D8ZA 4J3XA 2XUCA 2DIJA 4HA1A 1V0KA 1KGWA 2YL8A 2ZWZA 4MNKA 2BHYA 4F9DA 1ITXA 1UWRA 4GQRA 1NP2A 3NDYA 4WIWA 1HKKA 4IPLA 4KRUA 4E8DA 1UWUA 2HISA 4HOXA 5BYWA 2YDRA 1CXIA 4IISA 4OKDA 3RILA 2CBIA 1HNYA 2Z1KA 4MB4A 2WHMA 2CXGA 2BFGA 1UWTA 4HU0A 1G94A 1VRXA 1V3JA 5CLWA 2CBJA 1S46A 4PCTA 2ZX6A 2E40A 1BHGA 2XFRA 3BLKA 3QOMA 1C8QA 5GPRA 5LA2A 3ZM8A 1B31A 3EBVA 1U2YA 3E1F1 1TVNA 1UKPA 1R7AA 5CLTA 2CKSA 2X0YA 3SCVA 9CGTA 3BAIA 1UR0A 4MNMA 2JE8A 1IV8A 1GCYA 1Q6EA 4M1RA 4AYSA 3LPPA 3GTNA 2EXOA 3TONA 5EBAA 3VGGA 1XCXA 3AS2A 1QHOA 2D0FA 3AXXA 1UKQA 3G6LA 2IUZA 4PMOA 2YBUA 1BG4A 1QVBA 2J7DA 3SCOA 1JNEA 3WL0A 2Y24A 4OOZA 4GZJA 5JBDA 5IHSA 2PI6A 4AZBA 3IAPA 2Y8KA 5A6AA 1C8YA 3BAJA 1FFQA 5E09A 1H09A 1EGZA 4HU8A 5EB8A 5E9AA 3OLIA 1VF8A 2V3FA 1KXQA 2A3CA 4QP0A 3AIRA 3W37A 3UR7A 4DWSB 3WD1A 1MQPA 1R86A 4W8AA 1ZS2A 4IUGA 2J7HA 3DHUA 3WDJA 1V6WA 2WCSA 2OSXA 4LX4A 2VX7A 3TTQA 3VUPA 2DIEA 3ZJKA 3PBGA 1MW1A 3N18A 2J74A 4ZENA 5D8WA 1OGGA 1BYCA 1H1NA 2WXDM 3AI0A 1V3KA 4P7RA 1D3CA 2W62A 3GZAA 3ZQ9A 4M24A 1B3YA 3EDDA 3WEMA 2WC3A 1D7FA 2WKLA 1PIGA 4QDMA 4AXNA 1JF5A 2WVTA 2A3HA 4N42A 2NSXA 1M53A 1VB9A 1ISWA 6TAAA 1WB0A 1V6UA 3CH9A 4HTYA 4JFTA 4CD7A 2VURA 4LYRA 3WENA 2VX4A 1JD7A 1B3VA 1FFRA 2WZEA 1W2PA 3RJYA 4XB3A 4M8UA 5GQBA 2YA2A 1BAGA 3RCNA 1OINA 1CGWA 4IM4A 2HVMA 3GH7A 2V3EA 3VINA 1NP0A 2BS9A 4OZOA 1LQ0A 3PTKA 3EMCA 4OBSA 1QBBA 1HT6A 4JCMA 4U5IA 4JKKA 4BCEA 1UYQA 4GXPA 2C0HA 4JZ5A 3VD7A 5CGTA 4AZCB 1E40A 5A8MA 4CVWA 3GNRA 1Q6GA 3J7HA 5BXRA 1JZ5A 1CWYA 3PZVA 4XV0A 3VIKA 1J0JA 3T0AA 1E3XA 1HJVA 4DUWA 3NIYA 2WLZA 3KL5A 3IAQA 3LPFA 5CPQA 4AD5A 2UWFA 1FP9A 2VOTA 2BY1A 2PBGA 4DWSD 1VEOA 2ZX9A 3UESA 1NQ6A 5I78A 3KWXA 2VQUA 1G0CA 3ZMRA 1XCWA 1ZBWA 1J0KA 1HX0A 3LPOA 4H8VA 2WVVB 3VDCA 2J77A 5JBFA 4E2OA 1BLIA 3ARVA 5CPTA 4CD6A 3U57A 2X1IA 3NYDA 1JZ2A 4UOJA 3WNPA 1QW8A 3BSGA 4CU6A 3TTOA 1JXKA 1HF6A 2WHLA 1EIBA 4XX6A 2PWGA 3SCQA 3BH4A 2GDVA 2Y2WA 3ZJ8A 4EAMA 3MUY1 5FOOA 4NRRA 4JAWA 4XUYA 3ZT6A 4LYQA 3QGVA 3THCA 2UY5A 3WEOA 3AHYA 3N11A 5CG0A 3L4WA 4WKHA 4C7DA 2DSKA 4TVUA 6A3HA 2WWDA 2WAGA 4CCCA 2PBOA 5ABEA 4FLRA 4W8LA 5FIPA 3FY1A 3CHCA 2BVTA 1GQLA 2YLAA 1E5JA 1V0LA 3OB8A 1CLXA 2WZHA 3UERA 2JEQA 3M6DA 1L0PA 3GM8A 1HJQA 5CJ5A 2IXUA 3W29A 2CBVA 1EA9C 1XC6A 4PMXA 3VDAA 3W53A 2Y4SA 5CSUA 2ESCA 2GJRA 4WJXA 3W38A 1OIFA 1B30A 4MNLA 3T08A 3WH7A 3ARXA 1H3GA 1HJSA 3NUKA 2ZX5A 2ZUSA 2EBNA 1ISXA 5I23A 1KR1A 1Y7VA 3MUIA 3WUBA 4CVUA 3OBAA 5GNZA 1B3WA 1ITCA 3VD5A 2V5CA 5CXPA 4AIUA 1W1YA 3RMEA 4LGXA 1NH6A 3OA5A 3N04A 3VNYA 1CNVA 4PTXA 3RM4A 3EYPA 1V6VA 1KGUA 2BXYA 3ZR5A 4CGTA 3CPUA 1VFOA 4AZ7A 4BQ5A 1OGSA 1JF6A 4FLQA 4ATWA 4P8VA 3BAWA 1W9PA 4R5EA 1WPCA 2GVYA 2BHZA 1GUVA 2XHYA 3CHFA 2VUYA 2VC9A 3WMBA 4NRSA 1XGZA 3CUFA 1EDTA 3ZOAA 2W67A 1GQKA 4W8BA 1U33A 2CETA 5M3WA 1E1EA 3OZPA 1I1XA 2XVGA 1QI3A 5CSYA 1CIUA 1PJ9A 1OGBA 3OGVA 2F2HA 2YL6A 2EPOA 1TZ7A 1XYZA 4CN6A 1WZLA 2WHKA 3A4AA 3K1DA 1C91A 1WCGA 2WC7A 4KMQA 4DWSA 4HPHA 5A2AA 2CCRA 3O6AA 1OD0A 1UWSA 4GI8A 1MXGA 3WY1A 4PSPA 2UY2A 3DYMA 4F66A 3GNPA 3FHQA 3AICA 4V27A 2DGAA 2XSAA 2IXVA 3QHOA 4MAVA 1UZ4A 4Z2IA 1FOBA 5HOSA 1MVYA 2D22A 4XZWA 2V3GA 1E70M 2CYGA 2QMJA 2EJ1A 4HMDA 1XRVA 1J0IA 1B1YA 1AQ0A 2XWEA 4Q22A 1BG9A 1NWRA 3W82A 1GHRA 4R27A 3AROA 3WDQA 3F5JA 3UG3A 3SUSA 2J4GA 2WW5A 4JKLA 3WQWA 3VX0A 1QNOA 3ZJ6A 1E43A 2ZUVA 3L4ZA 1ISVA 1M04A 3ARPA 1VBUA 1UR4A 1W2VA 3AMLA 3GDBA 4JHOA 1KQZA 2ZUTA 2W63A 3SUWA 3TTSA 1HJXA 2W92A 4CU8A 1RP9A 1JYNA 4YHEA 3A6OA 2X8RA 4D6IA 1UD3A 3ZO9A 1BQCA 5CGMA 1CEOA 3WF0A 3VIOA 1CECA 1RPKA 1OB0A 5FL0A 2GK1A 2JF7A 5FKYA 2OWXA 1BSIA 2V5DA 2VX6A 1XH0A 5M03A 3A47A 1LWHA 4J28A 2X05A 3WBAA 1QHPA 1JI2A 4AEFA 2E8YA 2CIPA 2ZIDA 1P6WA 1B2YA 1KXTA 4HZ7A 3UETA 2WMKA 4GI9A 3W24A 1ISYA 4QFUA 4WLCA 4AZCA 2VRKA 4UR9A 3TTYA 2D23A 1EDGA 2BXZA 4HOZA 4PYSA 1SR0A 4F8XA 1GW1A 4RE4A 4S3JA 3GXIA 1G1YA 3F4VA 1C7SA 3BC9A 1SFSA 3PZNA 4HPGA 5BWFA 3AYSA 4IPNB 4PMUA 2W91A 4TUFA 1GONA 3WD4A 1W3HA 3CMGA 4JL2A 1IT0A 1GHSA 5E6ZA 1QNPA 3L4VA 4PMDA 4RE3A 1QNQA 3I3EA 3VGBA 1KWGA 3B9AA 4P8WA 3SCUA 1ODUA 4PMRA 3W28A 4ACYA 1CGVA 3CZLA 4NI3A 3AZSA 1B0IA 1QI0A 5A8QA 2DH3A 1US3A 1CBGA 2WVVA 4AMCA 2NW0A 3W81A 2ZX7A 1Q6CA 4H04A 4W88A 4FK9A 1EOKA 1KR0A 3S2CA 1UR9A 4KH2A 4AD0A 4E4PA 3ARSA 1GNXA 3AMCA 1UQZA 3MSDA 1JZ3A 1E15A 2D24A 1CYGA 2CEQA 3L2LA 3WD2A 2XM1A 3CBWA 1JYXA 1VAHA 3N13A 3IJ8A 1GJWA 2J47A 2WK2A 3TP4A 1GORA 4UTFA 5A6LA 2G3JA 3A4WA 2ZUUA 1BYAA 4PUEA 1VJZA 4NSBA 1QI2A 1ECEA 1UD6A 5A3HA 3NSXA 1GZJA 5ABFA 5C71A 2JFEX 3WUFA 4GIAA 1QNSA 3BSHA 4E8CA 1DP0A 1EH9A 5JIWA 5IFTA 2WKGA 5A6MA 1NWUA 4MJ4A 5E6YA 1GOWA 5A69A 1KWKA 3ZJ7A 1J01A 3BMVA 1FH7A 2J8FA 2F61A 2XVKA 3QHNA 2CBUA 1ZJBA 3M07A 1K9DA 4QLJA 4MAZA 1JDDA 1EO7A 3SCNA 4OOUA 2RGLA 1UKOA 1JDAA 2YOCA 4JFUA 3MS8A 3T2PA 2QPSA 3CHDA 1J0YA 4WK9A 3AIUA 2J7FA 1E0VA 3N17A 3AHZA 3VO0A 3N9KA 3UG5A 3WD0A 3U5YA 3F5KA 1JFHA 2PC8A 4URIA 3AMGA 1WDPA 5ABHA 1W9UA 3ARYA 3ZSSA 3M46A 3DHPA 1RH9A 4JCLA 3WMSA 2DSWA 1WE5A 1TR1A 5CQ1A 2DEPA 1HN1A 3JUGA 2D3NA 1CXLA 4MTVA 3VGDA 1JYVA 4WKFA 2WMHA 2J25A 4Z2LA 3MANA 3QR3A 2G3MA 3PHAA 3TOPA 4H7VA 3AXIA 2VO5A 1BFNA 1JZ4A 2BVDA 4D71A 1QBAA 1WZMA 3PZIA 2D2OA 3APGA 1HXJA 1W9XA 4W7UA 3ZT5A 1RD6A 4H8HA 1JZ6A 3NSMA 1G5AA 3W0KA 2ZXAA 4PTVA 1V3MA 2WSPA 4X0NA 1TUXA 3WFLA 4AIEA 1PEZA 1UH3A 1YQ2A 3EDFA 2YDQA 2OYLA 2WMIB 5I79A 1HL9A 1WZAA 3VIJA 4B3LA 2ZE0A 1AVAA 1E6QM 4W5UA 1E72M 2AOSA 4CN1A 1ZU8A 1MW3A 4D6DA 4J27A 1HKMA 2GK1B 2BV9A 2BNJA 3FXYA 5ABGA 2CERA 1PX4A 1BGGA 1J0ZA 2E8ZA 1PX8A 2OYKA 3NSNA 2YLLA 4GZEA 4HMEA 2PWDA 1FHDA 1V3HA 1C8XA 1GQJA 4ZE4A 4UQAA 4PMYA 3WD3A 4GO8A 4JFWA 5F7UA 2FGLA 3F5LA 1A47A 2VI0A 3L4YA 1PAMA 2BY3A 5FD0A 3CZEA 1V02E 1TA3A 4Q7NA 1GOKA 4WKAA 5M17A 1ESWA 1E0XA 3MO4A 4CCEA 2J62A 4UFHA 1HVXA 3B8SA 4LQ1A 3RPMA 4WSKA 1C93A 2WB5A 4AW7A 1E9LA 1CXEA 4MB1A 1H0GA 3W27A 1H2JA 5D9PA 1BTCA 3CZJA 1SYTA 4LXFA 1UKSA 2VT0A 3ZR6A 2W61A 3AISA 1JI1A 4MDPA 2TAAA 1LWJA 2VCBA 2GJPA 3PZTA 2WWCA 4PTMA 4TTUA 3RJXA 1LL4A 1Q4NX 4PBGA 1QOXA 1WNOA 3BGAA 1V0MA 2JALA 3OGRA 3AIWA 4AC1X 4UQCA 2E3ZA 1J11A 1B90A 2FDMA 1E1FA 4UQBA 3GBEA 5EMYA 1GJUA 3VKKA 1B3XA 2WVSA 1H41A 2DH2A 2XGBA 1VFMA 1HKJA 1ISZA 2VZSA 1F4AA 5I0DA 1JZ7A 2FH6A 4KWUA 4BQ4A 2EO7A 3II1A 3S6TA 1E4MM 1PPIA 1OT1A 3UG4A 5HXMA 3CGTA 3WIJA 4PRWA 3ALFA 3AQUA 2YDSA 2PWFA 3O9NA 4TVDA 4F79A 4AD2A 1WP6A 1VBRA 5M5DA 4PMVA 3VNZA 3MUZ1 2OWWA 3EDKA 5ABFB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HPO A;  2QMK A;  1QI4 A;  1NOF A;  3POH A;  1JG9 A;  1JAK A;  3EDE A;  3CIV A;  3THD A;  4PUD A;  4P7O A;  4ATD A;  1E6S M;  2XVP A;  5A2B A;  1OT2 A;  3CZK A;  5DFA A;  4TX8 A;  3VIG A;  1F4H A;  5LA0 A;  4U5K A;  7CGT A;  1WKY A;  3MUA A;  2WVU A;  3B9E A;  3AIQ A;  1W9D M;  3WKZ A;  1V6Y A;  4H2C A;  2VR5 A;  5IDI A;  2GDU A;  1WDQ A;  2E9B A;  2DDX A;  2QLY A;  4ZEP A;  1WO2 A;  4AZH A;  2ZX8 A;  1C90 A;  2Z1S A;  1GOM A;  4AIS A;  5E70 A;  1WZK A;  3HU7 A;  3BLP X;  3DYO A;  2WMG A;  5BXS A;  4D6J A;  5LA1 A;  3VIH A;  1CDG A;  1CPU A;  3PZQ A;  3A4X A;  1V3L A;  5E0F A;  4PN2 A;  3RDK A;  3W6M A;  5A2C A;  3WFZ A;  4UCF A;  3AS1 A;  3UR8 A;  3FW6 A;  1CTN A;  1V3I A;  4JL1 A;  5D4Y A;  1AQM A;  1K6A A;  1VIW A;  1KQY A;  1I75 A;  2V38 A;  1TFV A;  1MFV A;  2VNC A;  2X2Y A;  5A1A A;  3ART A;  2CKR A;  3GXF A;  4BF7 A;  4GIN A;  2RGM A;  3K8L A;  5AYI A;  2Q8X A;  4B9Y A;  5A8P A;  4W7V A;  4DM1 A;  2E9L A;  3CUI A;  1UH4 A;  1AQH A;  4JIE A;  3WNL A;  3IAN A;  2YA0 A;  2YKK A;  4CD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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