The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
76
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
NINKLKSSIESTNEAVVKLQETAEKTVYVLTALQDISSQISSMNQSLQQSKDYIKEAQRLLDTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
fusion protein
|
| publication title |
Crystal structure of Nipah Virus fusion core
rcsb |
| source organism |
Nipah virus
|
| total genus |
33
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
76
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | YojJ-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FZ0 A; 2L35 A; 3S3W A; 2FB5 A; 3S3X A; 4NTW A; 3IJ4 A; 4NTY A; 1WP7 A; 4NTX A; 4NYK A; 1WP8 A; 4FZ1 A; 2QTS A; 3N27 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FB5 A; 2DWD C; 4EEQ A; 5KUK A; 1W0J G; 4B3R O; 3QTC A; 2EZO A; 5LP6 B; 1F23 A; 3P3N A; 5GON A; 4O4I A; 3VQX A; 4DR3 O; 1PV0 A; 2OIG A; 1R3K C; 5JJJ B; 4MW3 A; 5B3S C; 1MMM A; 2ODM A; 3RVZ A; 2QM7 A; 3OUS A; 3RYF A; 5LHG A; 4QPK A; 3OTO B; 4LF8 O; 3Q4H A; 2P7T C; 2HP8 A; 1DF5 A; 3ABM C; 1U97 A; 3H1H H; 1ZUQ A; 1N0N A; 1IBK O; 4IIJ A; 2YIB A; 2HR3 A; 4I4T A; 4MVU A; 3K3W A; 1N4C A; 4L87 A; 1WPB A; 3LSS A; 3H1K H; 1YIT V; 4O4L B; 5LMU O; 2UUA B; 4JV5 B; 4K8X A; 3CCJ V; 1XRE A; 3AG4 B; 3B40 A; 2ADQ B; 4ABM A; 1R3L C; 3LNM B; 5IWA O; 4I55 B; 3ZX6 A; 3B09 A; 1V55 B; 5BR8 B; 3CPW U; 3T1H B; 3TXS A; 5CA0 A; 2GHY A; 1YJW V; 1F4N A; 1YJ9 V; 5IYB O; 2LW7 A; 4LNU B; 1BQZ A; 1WA8 B; 5LBQ A; 2CTW A; 1KQS U; 3JCU Z; 4FPP A; 2F4V O; 5EZY B; 1ARO P; 4E2L A; 1B6Q A; 2UXN A; 1VF5 B; 4X1Y B; 1VQ8 V; 2YXH A; 2V7Q G; 2W0X A; 2UXB B; 1QVF U; 3FAV A; 1OHH G; 4EB6 A; 1S77 D; 1RSO B; 2Q68 A; 4UCT A; 4FLV A; 3BY6 A; 5EIB C; 4UCS A; 4OPA A; 1M9N A; 2PZS A; 4BW5 A; 1HNZ B; 5LGT A; 4UB6 Z; 5AG2 A; 1KC8 W; 4TT3 G; 3CC4 V; 3A0R A; 5KMG A; 5LGN A; 1US6 A; 5K1P A; 2P67 A; 1K73 W; 3E2E A; 2HHH B; 1LR1 A; 3ZN1 A; 3K5M A; 4AHC A; 1CP9 A; 4U7O A; 4LF9 O; 4H13 B; 2F95 B; 1Q6H A; 4LFC B; 5EBW C; 4DRX A; 2IJI A; 5JQG A; 1S72 V; 3FB5 C; 3JD4 A; 1S5H C; 3D3Q A; 5C93 A; 4DR7 O; 1AI6 A; 3K04 A; 3N2G B; 1KKC A; 3K58 A; 1OCR B; 3EXA A; 3P3P A; 2MW2 B; 3CMA V; 2AXT Z; 1CPY A; 4GX1 A; 4JGS A; 4X89 A; 1ZWI C; 4JF3 A; 3CRM A; 4LWS A; 1WPX A; 4K8Z A; 2JK5 C; 2UXC O; 1Q6U A; 1L0L H; 4J9Y B; 1AI5 A; 1OCZ B; 1ZTE A; 3OTO O; 2ZT9 B; 1XHZ A; 3MHS C; 1DK1 A; 3OR6 C; 3OM3 B; 3OFN G; 4PA7 A; 5B66 Z; 2EIM C; 4J7J A; 5JVD B; 3B2E E; 3S3X A; 2H8P C; 5IJ9 B; 5B1A B; 1IBL O; 4ZIB A; 1OCO C; 2EIK B; 5LA6 B; 3G6B A; 3SJB C; 2UUC B; 2Q4P A; 1RM1 B; 3WFV A; 3J7A U; 1UPG A; 5K1X A; 2Z0A A; 2XAQ A; 2ZR2 A; 5C8Y B; 1IUR A; 4B7K A; 5HFM A; 2C2A A; 5LHH A; 4G2K A; 3STZ C; 4NXN O; 3TK1 A; 2WLL B; 1JJO A; 1MSW D; 5CMU A; 2EJR A; 1WP7 A; 2YS8 A; 3RYC A; 3T1H O; 5JCO C; 3LDC A; 3ZHR A; 2Q8V A; 1XNR O; 1R1B A; 4LF6 B; 1ZL8 A; 3JAL A; 4HYO A; 2X6B A; 4N23 A; 2DWE C; 2JIZ G; 2OCC B; 4I50 B; 2A06 H; 4DR1 B; 2EUL A; 2X6A A; 4O2A B; 2H94 A; 2A0L A; 4X9Q A; 4JYA O; 3OE7 G; 1Z2G A; 2ZIN A; 4X88 A; 3ETD A; 1AJQ A; 1QVG U; 1MNG A; 3D3I A; 3JAK B; 2XAJ A; 1HNZ O; 1I7F A; 1YHQ V; 1SQG A; 4NTX A; 4MVS A; 3HKD A; 1M56 B; 4OPH A; 3CCL V; 4LC1 A; 4JTA B; 1W59 A; 1FKA O; 2CGN A; 1VAR A; 2CTQ A; 2ZE7 A; 2HHH O; 2HVK C; 4E4E A; 3LDE A; 4ASU G; 3X2Q B; 2ZDI C; 4IGG A; 5CA1 A; 1RFY A; 5LL6 Y; 2QGN A; 4OX9 B; 3CE2 A; 1Q5O A; 4LFC O; 5J2U A; 4NYK A; 3G4S V; 1GKF A; 2K9P A; 4PDV A; 4FZ1 A; 4G27 B; 3U0Z A; 1UFI A; 2OCH A; 4J7Z A; 4JPR A; 4JI1 O; 4ZI7 A; 3CRA A; 4JI3 O; 5JJE B; 3THO A; 4Z1M G; 2R70 A; 3EVK A; 2Y4U A; 1VQN V; 5IY5 B; 1PNM A; 2RCV A; 2DQ3 A; 4DUY B; 4UXN A; 1KP2 A; 4O2B B; 1J95 A; 2CH7 A; 3AG2 C; 4CS3 A; 3FFQ A; 1K92 A; 2IJJ A; 3CS5 A; 3SJC C; 2IH1 C; 4JI8 B; 2ITC C; 3LDD A; 4WFF A; 1QCE A; 2EJ7 A; 4CS2 A; 5LMN B; 3GB7 C; 1SA0 B; 2Y69 B; 4IL6 Z; 3ZHT A; 4LFA O; 2ZXW B; 3ASN C; 4J9Z B; 3SGI A; 4CC5 A; 4P2Z A; 5HFL A; 1JA8 A; 3QO8 A; 3AEI A; 4K35 A; 4BWA A; 4TWK A; 3I55 V; 1K5S A; 4J7K A; 5EYP A; 5B1B C; 2X0L A; 2EBO A; 4PDL A; 3B4S A; 2P06 A; 4HAM A; 3CCQ V; 1NH2 B; 4X65 O; 5KA6 A; 2QTS A; 1NTZ H; 2N74 A; 4JTC B; 4WFA V; 3CRR A; 1SQQ H; 3C3S A; 2PGG A; 3RGB A; 4X64 B; 4TV9 A; 5EBL C; 1PM9 A; 4GX5 A; 4DR1 O; 1K34 A; 2XHB A; 4LF5 B; 1U96 A; 4GKK B; 2BSK B; 2NLJ C; 2P5O A; 1GM9 A; 3H1L H; 1BMF G; 2QWO B; 2UU9 B; 4UVC A; 1JOY A; 2WLI A; 1BS3 A; 2Y0P A; 2EIJ C; 1GN3 A; 4X1K B; 1WLE A; 2QKC A; 3GVM A; 2WLK A; 4NB5 A; 3RW0 A; 3SPH A; 3AG1 B; 4XDL A; 3OAA G; 3K59 A; 1AI7 A; 2R9R B; 4W4L A; 3NXS A; 3SPI A; 1WNS A; 1BL8 A; 2Q69 A; 5L3G A; 2CGO A; 5TIS Z; 4BIO A; 4J11 A; 1TUB B; 4DR5 B; 3JSN A; 3DXR B; 2VQE B; 1M93 A; 4X20 A; 3I5D A; 2YIC A; 4OX9 O; 4FM2 A; 1OCZ C; 4DR3 B; 5B1N A; 4Q20 A; 2OT5 A; 4JI4 O; 2BOB C; 2FL4 A; 3IGA C; 4LF8 B; 1VEW A; 3K5L A; 3HKE B; 3ZCC A; 2IU0 A; 3G71 V; 4D7S A; 4LH6 A; 3RFR A; 4R8C A; 1HR0 O; 2VS0 A; 3OR7 C; 1IBK B; 1FPO A; 4QGP A; 1VQM V; 1PL4 A; 1RM1 C; 3CXH F; 1AR1 B; 5LP6 A; 5LMU B; 1BT8 A; 5DED A; 4MS2 A; 1XMO B; 1HNX B; 1F7Y A; 4JI8 O; 4RQE A; 2QWP B; 3GWO A; 1SC5 B; 5LMN O; 3RBZ A; 2ZDI A; 3E8H A; 2A79 B; 1IBM O; 5IWA B; 3VQW A; 3ASO C; 3UO2 A; 2UUB O; 1WB7 A; 2ZQM A; 3SJA C; 1VQP V; 2DYS C; 4L8J A; 5CBF A; 3F5T A; 1S5J A; 3ZN0 A; 4FVM A; 1BQ0 A; 2ZM6 B; 4CH5 A; 3ZMU A; 4U3J B; 1FS0 G; 2Q9L A; 1BZK A; 1JQ0 A; 2ARH A; 3JAW B; 4PHZ A; 1FJG B; 2VQF B; 4I55 A; 2QDO A; 2LFS A; 2WAM A; 4MSW C; 4KL1 A; 3E22 B; 2OWO A; 4JI0 B; 1MOF A; 4DR2 B; 1X59 A; 4GKK O; 1ROP A; 4OXS A; 4D6T H; 1I5X A; 3SPG A; 3A2F A; 2JS3 A; 1WA8 A; 3X2Q C; 1SZT A; 3ZRW B; 1TA8 A; 3DGE A; 2UU9 O; 2QWQ B; 1XL4 A; 5EZY A; 5IYZ B; 4LF9 B; 3QO7 A; 3BRC A; 2JDI G; 4X1Y A; 3ZMS A; 1NBM G; 3IC9 A; 1S3J A; 1EN5 A; 1H2S B; 3HKC B; 3JAS B; 1NU1 H; 2DE0 X; 3F7Y C; 5F2V O; 4DR7 B; 1VQL V; 3WG7 B; 4DR5 O; 2VQE O; 3W7T A; 3CYO A; 4UVB A; 1DF4 A; 1B06 A; 1GH6 A; 1H2L A; 1AJN A; 2XAH A; 4UV8 A; 3M8A A; 4IHJ B; 4ZBM A; 2UXC B; 2DYR C; 3JAM N; 4QE9 A; 3TJT A; 2Y69 C; 4O4H B; 1ZAU A; 2ZXW C; 3OMI B; 5LXT B; 3QNE A; 4WBN B; 3JD0 A; 1SQB H; 1Y76 B; 4AIL C; 2UXD B; 1KEC A; 3SPJ A; 2AHZ A; 1V9P A; 4WCE V; 2CUG A; 1IBL B; 3N2G A; 4NKG B; 1O9G A; 1P49 A; 1Z5V A; 1YXB A; 2R72 A; 2Q5Z A; 1XMO O; 1HNX O; 3H9V A; 3QVN A; 5L3E A; 3ABL B; 4YJ3 A; 5KHK A; 3CCR V; 4NXN B; 3K5O A; 2DMX A; 2ZNJ A; 4YJ2 B; 2OYQ A; 2EIN B; 3RVY A; 3IJ4 A; 4AQY B; 1N36 O; 3HR0 A; 1XNR B; 5JVD A; 3OGC C; 5IJ9 A; 5GW7 A; 1AJP A; 4F4L A; 1K3E A; 3RYI B; 5IJ0 B; 5DEC A; 2R9I A; 2AZ0 A; 1I94 O; 2ZM6 O; 5LA6 A; 1E79 G; 5ITZ B; 3CB2 A; 1R3J C; 1PL0 A; 1QR8 A; 4PA3 A; 3CJH B; 1SKV A; 5C8Y A; 2L6L A; 4IT5 A; 4JYA B; 2AHY A; 2DJV A; 3A0H Z; 3OMN B; 2WLL A; 1XQ8 A; 1Y66 A; 1YF2 A; 3BPZ A; 4JAA A; 1FJG O; 2VQF O; 3AG1 C; 2EIL C; 4I0X B; 1VQ7 V; 2IW5 A; 3ABU A; 1NVP B; 2RDC A; 3PN1 A; 3L74 H; 1TVK B; 5A9G A; 5GTI Z; 4JI0 O; 1VQ6 V; 1SQP H; 1V54 B; 4DR2 O; 5EK0 A; 1YIJ V; 1SF9 A; 4TUY B; 2WA3 A; 2ZIO A; 3ETG A; 4I50 A; 4TSF G; 1XMQ B; 2N05 A; 4WFH A; 2ZCE A; 1F51 A; 3K5N A; 4O2A A; 2H3O A; 1MZE A; 4NVP A; 1VF7 A; 1MSD A; 3QF7 A; 3H1I H; 4PI0 A; 4TQF A; 3JD1 A; 3G6E V; 2YUA A; 2WPD G; 5CB4 B; 3HB3 B; 2Z3Y A; 1KMI Z; 1JPX A; 1GK9 A; 4DV5 B; 3JAK A; 2ITD C; 2LGW A; 4RO2 A; 4B08 A; 3UQ8 A; 4JI1 B; 2RNB A; 4R50 A; 1N34 B; 4JI3 B; 2YEV B; 4NXM B; 4B7E A; 4RAI A; 2PI5 A; 3O65 A; 1D5A A; 4G28 B; 1Q86 W; 1VQK V; 3BAB A; 4F6R B; 1H8E G; 1Y67 A; 2IM9 A; 1P4R A; 1XDC A; 2BOC C; 1PD3 A; 3D8C A; 2P22 C; 3DTU B; 2ATK C; 2EX3 A; 2QEX V; 2BE3 A; 4CS4 A; 4J10 A; 5L3F A; 3CD6 V; 2UXD O; 4LFA B; 2ZD9 A; 4FLT A; 1KBH A; 1Q82 W; 4A5U B; 5CBG A; 2W6I G; 4DV3 B; 5LHI A; 4DR6 B; 2Y0I A; 3TET A; 3E8F A; 1XBL A; 1XNQ B; 5CA0 B; 5FNV B; 3AK3 A; 3RT3 C; 4O2B A; 2BTQ B; 1BCC H; 3HKB A; 4X65 B; 3CP1 A; 4H0L B; 4BW9 A; 2A7W A; 5KAF Z; 3FKS G; 4X62 B; 4AQY O; 5BMV B; 4FMT A; 4H33 A; 4KUM A; 1SA0 A; 2JVD A; 3G67 A; 3P32 A; 3K9S A; 5B5E Z; 1TUE B; 5KA5 A; 1M57 C; 4KHP B; 3I56 V; 1Y74 B; 1AP5 A; 4MW8 A; 4ZHQ B; 3SDL A; 1JCH A; 1W0K G; 1R6N A; 1RPO A; 2KB1 A; 1D2D A; 2Y48 A; 4FLZ A; 1Q81 W; 4LBE C; 4Q6G A; 1KP3 A; 4H37 A; 1N8R W; 4OGQ B; 5KUM A; 4QNH B; 2JEU A; 4UV9 A; 3F5W C; 1JVM A; 5IYD O; 5JH7 B; 5JJN B; 1SS3 A; 5LP6 C; 4DRX B; 1S76 D; 5KHI A; 1KB9 F; 1YZB A; 5BZB A; 1XMQ O; 3N2K B; 4JYC A; 2CDY A; 2E75 B; 1GM7 A; 2BSK A; 4LCU C; 1BHB A; 2LJ2 A; 3ABK B; 2GTA A; 2P4K A; 1A32 A; 1JX9 A; 5EC1 C; 3LUT B; 4TV8 B; 4JI4 B; 2ADP A; 3AG3 B; 2IJH A; 2GBO A; 2Q7E A; 4X1K A; 2QSA A; 4DV5 O; 4LWS B; 5FPO A; 5IDJ A; 4DR4 B; 1N34 O; 4B3M B; 1HR0 B; 4NXM O; 2W0F C; 1VF6 A; 2P4V A; 1XL6 A; 4CC6 A; 1NVP D; 1TUB A; 1VQ4 V; 3DXR A; 3AG4 C; 4JI6 B; 1I0H A; 2F66 C; 2QE7 G; 2D2C B; 2KSD A; 3ZHQ A; 3F7V C; 3LSU A; 2FYU H; 1V55 C; 1M1K W; 4KFM A; 1LUW A; 4PEL A; 1IBM B; 4WFG A; 2V4D A; 2HEP A; 1EZJ A; 1HNW B; 4LF7 B; 4LH7 A; 3AG7 A; 2UUB B; 4DV3 O; 4DR6 O; 4CH6 A; 1H2K A; 2E76 B; 1YTF B; 3EHB B; 4JI7 O; 2PYL A; 4ZOL A; 4HBN A; 4YIO A; 3W7U A; 1KKD A; 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1ORQ C; 2EIK C; 3JYC A; 2PI4 A; 3UCS C; 1FAF A; 5KHH A; 2A3Q A; 3WU2 Z; 4YXW G; 3JD2 A; 3T1C A; 1WAZ A; 1OCC B; 1GM8 A; 1XOU A; 4JI6 O; 1GTO A; 3UT5 B; 4UCR A; 4UVA A; 1HW7 A; 4JAS A; 2PUS A; 4IHJ A; 4BAY A; 5B1O A; 1HNW O; 2BTO A; 4O4H A; 4LF7 O; 2ZIM A; 2Q0O C; 5BY1 A; 5LXT A; 2D3O W; 1BSM A; 4WBN A; 3T4Z A; 1N36 B; 4LF4 B; 2OCC C; 4DO2 A; 1AI4 A; 1WB8 A; 3ZRX A; 1XUQ A; 1M90 W; 3PJS K; 3LNN A; 4FLU A; 3DC5 A; 4PJ0 Z; 4YY3 O; 3CX5 F; 3FD9 A; 4BIU A; 1I94 B; 4MT8 A; 4LR3 A; 4O4L A; 4QPJ A; 2KKW A; 4TV9 B; 1CEZ A; 4JTD B; 2JS5 A; 2JJ1 G; 2WLN A; 3ZMV A; 4DUZ B; 5L3B A; 2ZE8 A; 4UCU A; 2Z5U A; 4PDR A; 4IYI A; 1SRY A; 4YJ2 A; 1OCO B; 2JGU A; 3JAT B; 4WFB V; 1M56 C; 4DV7 O; 4C7U A; 4JYB A; 4EFB A; 5FPR A; 2LO1 A; 5CBH A; 4MTX A; 2LW1 A; 3K03 A; 3RYH B; 3C3T A; 4LNU A; 3WB1 A; 5IJ0 A; 3ZBH A; 3ABK C; 3BA8 A; 4PA9 A; 4DK1 A; 5ITZ A; 1YTF D; 5J2T B; 2FTK A; 3H01 A; 2IJK A; 3NR7 A; 4B3T B; 3L75 H; 3M7M X; 1NH2 D; 1RSO A; 1PPJ H; 2ETN A; 3T2M A; 4I0X A; 1QLN A; 3QO5 A; 1G1X B; 2HVJ C; 4NTW A; 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