1WSFA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (d134a*) with mn2+
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsfA00
4KHSA 2YKNA 3AA3A 4OPJA 5DK5A 4AHSA 5KTQA 2G8HA 2OPPA 4FLTA 4AHVA 1S6QA 3M8SA 1RT2A 1WSGA 1QQCA 1HYZA 2X6SA 3DOKA 4DSJA 4KI4A 1RDDA 4IG0A 4KTQA 5JS1A 4DSIA 4B9LA 2HHWA 4CGHA 2P5OA 4YNQA 2B6AA 4I9LA 4J2DA 4KB0A 2KZMA 1GOAA 1HRHA 3MEEA 4CEFA 4BDYA 2G8WA 4FK4A 4R5PA 1A5WA 4ZTFA 3VQDA 3U6FA 3KK2A 4CJFA 4N41A 2YNGA 1ZYQA 4Y1DA 3NF6A 3HP6A 2P5GA 3TI0A 1N5YA 3HP9A 2XHBA 5E41A 3JSMA 3RTVA 1WAFA 3AVBA 1C0MA 3AVFA 1EX4A 1RT3A 1JLGA 3CQ8A 2ZQBA 2VG6A 4YFUA 4CJQA 1Z25A 3PO4A 3IS9A 4M3RA 3OS0A 1NOZA 4RW6A 3KLGA 3S3MA 3UIQA 4OKEA 3NH2A 4IBNA 4M3TA 3OYEA 1NKCA 2E4LA 2X74A 3DMJA 4CHNA 3NH1A 4HVJA 2PYJA 2HVHA 2YHAA 3IG1A 4W5RA 3TWHA 2G8IA 4DSEA 4CESA 1K6YA 4DLEA 4CGFA 4NYNA 4RG8A 2Z1GA 3LP2A 2IGIA 3QEWA 5I42A 4FXDA 3ITHA 1YT3A 2JLEA 5J2PA 3MXMA 1IKXA 1IH7A 3AO5A 4Q0BA 1Q8IA 1A5XA 1HJRA 4Z4HA 3LWMA 1UWBA 2Y1IA 1HQUA 4I2PA 3V1OA 4M41A 2D0BA 2RF2A 1BHLA 1BI4B 1C0TA 1KVBA 2Q3SA 4N56A 3I0SA 4FLZA 2G8UA 1NK4A 4O0JA 3OYNA 4B8CA 3LANA 3NF9A 1NJZA 1JL2A 4CEZA 1LAWA 4LD0A 4OLAA 2OZMA 1XHZA 4FJKA 4B9SA 1S1WA 4C8MA 4PUOA 5KI6A 2OYQA 3RR7A 1WAJA 3LAKA 1ZBHA 2OZSA 4BE0A 1RBUA 4E3SA 4DU3A 1HPZA 3E01A 3VQ9A 2OPSA 5FDLA 1BISA 5JS2A 3FFIA 2QKBA 2D5RA 4CECA 4CJKA 3TAQA 2DTUA 3EY1A 4DS5A 3AVNA 4QAGA 1BQMA 3QNNA 3QIPA 4IKFA 1DTTA 3AVKA 5CYQA 1ZBIA 4OKJA 3TR8A 1TV6A 4CK3A 5FROA 4B8AB 4FJ5A 4DMNA 2KQ2A 3OYIA 3ASMA 1TAQA 4J2AA 1EXQA 3MAQA 3OJSA 4FLVA 1D8YA 2X6NA 3HM9A 4RW9A 1NK7A 3ZSQA 4DF4A 4CJWA 3WNGA 4C8OA 4ELUA 4IFYA 4HCBA 1VSMA 1S1XA 3AA5X 4CJ4A 4E19A 1UA1A 3NAEA 4FYDA 3ZT1A 4EP5A 1DTQA 1B9DA 3QNOA 4GW6A 1L3TA 1F21A 1WN7A 1VSIA 3L2UA 4NCAA 2YNIA 1HMVA 3AA2A 1CXQA 3VQBA 3ZSOA 1UAXA 3OYMA 4W5NA 3THVA 4M3XA 4J2BA 3AVHA 2KZZA 4FJGA 2IS3A 1RNHA 4NYFA 4CIEA 3KLHA 3O4QA 3VQ4A 1KRPA 4E7IA 2I5JA 3B6PA 4DSKA 1SKWA 3NDKA 1ITGA 4B3OA 5KRTA 4BWJA 3SZ2A 1XI1A 2YHBA 3DYAA 3M8PA 4FM2A 1YTUA 3OS1A 1TAUA 4PQUA 2PYLA 3DLGA 1RBTA 3ULDA 3KKSA 3AVIA 4O0IA 2YV0X 3K59A 3S3OA 2FBVA 2YNHA 2A1RA 1RTIA 3PO5A 3HO1A 1IKVA 4DG1A 5FRNA 3BGRA 1JLAA 4BDZA 3QEPA 3QINA 4ID1A 4DTOA 4H4MA 3KIOA 1ZBUA 2F96A 3NF8A 3T19A 4OKKA 4DQRA 4DU1A 1RDCA 4BE1A 2W42A 3LPTA 4FCYA 1TK5A 3IAYA 1MU2A 1REVA 4CE9A 3QO9A 2EHGA 3KLFA 4F2SA 4FJJA 3HSTB 1HQEA 1ASVA 1VSJA 1TKXA 1EP4A 3LPUA 4AHUA 4LH4A 3KK3A 2G8VA 3LALA 4B9UA 1S6PA 2F8TA 3HXMA 3VQQA 2OA8A 2HB5A 3ZT0A 3CFRA 4CIFA 2FC0A 4PWDA 3QETA 4HUFA 4IG3A 3HL8A 1KCFA 3PX4A 5CZ2A 1D9DA 1KVCA 4O4GA 5C25A 4FK0A 3V4IA 3IRXA 2QK9A 3QESA 4PY5A 4FLUA 4CGJA 3TAGA 4KREA 1BIUA 4CJ3A 4ZTJA 2HHQA 5CYMA 1NK8A 2P1JA 1WSJA 1HNIA 4CFDA 3K58A 3KD5E 2PY5A 4W5TA 4FJXA 3MEDA 4HHTA 3V9WA 3PUFA 1L3UA 1HYSA 4CHPA 3SQ4A 4KFBA 1LV5A 1NOYA 4ID5A 2FBTA 1RT4A 3QERA 1RTHA 4OLBA 3T3FA 1TKTA 1Y97A 3LP1A 3K5LA 1FKOA 4UQGA 2XO7A 4Z4GA 1U48A 2P51A 3VN5A 2IOCA 1NK5A 4FJNA 3V81A 1BQNA 3VQ8A 3F73A 1WNSA 1QHTA 4CCHA 2E6MA 4CJ5A 1A5VA 4DLGA 3NGZA 4CHZA 4CIGA 3LDSA 2O4GA 1WSFA 1VSLA 3AO1A 1KLNA 3HT3A 3SCXA 4NCBA 1IKWA 2ITGA 3K2PA 4CF8A 3VA0A 4DFPA 3PV8A 2IC3A 1SL1A 3HVTA 4GVMA 3V9UA 3L2RA 3V6DA 4KHQA 3RWUA 5HRNA 3SV3A 3BDPA 3RRGA 3C6UA 1CZ9A 3OYCA 3A2FA 4CJVA 4M42A 4C8NA 1TVRA 3CM6A 4AHRA 3OS2A 4FZZA 4FW2A 2HVIA 3SPYA 1C1AA 1QE1A 2IAJA 3ISNC 4FM1A 4BWMA 1ZBLA 1KVAA 4E7LA 4O55A 4DF8A 3AV9A 4Q5VA 4KTZA 5CZ1A 4WE1A 1O1WA 1CXUA 1U47A 3OYGA 4FZYA 1KLMA 1RBSA 3M8QA 3MEGA 3MXJA 1B92A 2FBYA 3DLEA 2DFEA 1U4BA 1TKDA 4FJ7A 1KTQA 1D9FA 4FJ9A 3QEVA 2X78A 4LY7A 3NFAA 2HMIA 4CEDA 3ZT3A 3RMAA 4AH9A 4IDKA 3TANA 1RT1A 3CYMA 5J1EA 4N5SA 3NCIA 1QTMA 3QIOA 1RT5A 4JS4A 3MXIA 2GV9A 4I9QA 5HROA 3RR8A 4EP4A 2BE2A 4I7FA 4TSXA 1Q9YA 3KLIA 4F3OA 1LWEA 4FJHA 5DMRA 3NHGA 1C6VA 2OPRA 3AVLA 4KV8A 4Z4CA 4ICLA 3RMDA 2Z1HA 1J5OA 1BCMA 4KRFA 4AILC 2HHUA 3NH0A 3ALYA 4DTUA 1LWFA 4CEAA 3OY9A 3LZIA 4B9MA 3NGYA 3KLEA 4W5OA 2B4JA 1GOBA 2VWKA 4E1NA 4KHWA 4JLHA 3V1QA 3SJJA 1JLBA 2DFFA 3CG7A 1HYVA 3C95A 3WNEA 3EYZA 1W9HA 3K5MA 3HPHA 2BDPA 1WSEA 3VQ6A 2GBZA 1EKEA 1TGOA 4CEBA 3TAEA 2A1SA 2F8SA 2R7YA 4EZ9A 2Y1JA 1SUQA 4KHYA 3I8DA 4KPYA 4FJMA 4CHOA 1IG9A 1T8EA 1UOCA 3OYAA 2GUIA 1JLFA 4B08A 3DI6A 4N76A 1JKHA 3B6OA 4GMJB 1JXBA 3V1RA 3RMBA 4BDPA 4LSNA 1NJYA 1FXXA 3O3HA 3L3VA 1WSHA 1FKPA 2RN2A 4DQIA 4FJ8A 3L8BA 3V9ZA 1Q9XA 3OYDA 3LZJA 1I39A 4B9VA 1SL0A 4ELTA 1NJXA 3D0PA 3ZCMA 4CJRA 3V9SA 3LP3A 3P5JA 1WLJA 1X1PA 4E7HA 3AVMA 1T03A 1S1UA 4C8LA 4G1QA 5CY4A 2HHXA 2KFZA 1RDAA 3ZT2A 2XY5A 3WNHA 3TAFA 1J53A 4DFJA 3HVRA 4FJLA 4C8KA 2VWJA 4Y1CA 1KFDA 2ZD1A 4KTWA 3DLBA 4OGEA 4CF0A 4MFBA 3QEIA 1X9WA 2PZSA 1Z26A 2BANA 1BI4A 4B9NA 3QEXA 4JRQA 3AVCA 1XHXA 4CF2A 4E7JA 3SQ0A 1KSPA 2DFHA 1LWCA 1RTJA 1S1VA 4LSLA 4DU4A 1ASWA 1NKEA 1RT6A 2HNDA 4CJLA 3DM2A 1TK0A 2ZE2A 3WNFA 2KTQA 5HBMA 1BGXT 3OYLA 2QKKA 2WONA 4CEOA 1QSLA 3L2QA 1XC9A 4RW8A 2D0AA 1RDBA 3DRPA 1SL2A 1JLCA 4QCLA 1VSFA 1VSEA 1BCOA 5D3GA 4NCGA 1C1BA 1EETA 4Z4IA 3O3GA 1ZBFA 4FM0A 1G15A 1L3VA 4ELVA 2WOMA 3OVNA 4AHTA 1X9MA 1KFSA 5SWMA 1S9GA 3SPZA 2VG7A 3U3YA 4F3TA 4OPKA 3NBPA 1UA0A 4FJIA 1CZBA 4DFKA 4FK2A 3L2WA 3K5OA 5KRSA 4DS4A 2XRIA 3TARA 1TL3A 3TAPA 4FLWA 2G8FA 3DLKA 3AO3A 4LH5A 4OGCA 1QSYA 4FW1A 5J2MA 4M45A 1T05A 1RBVA 3HPOA 3ZSZA 2ATQA 4H8KA 3OYKA 1J9AA 4CGIA 1DLOA 1VSHA 4DQQA 3LP0A 3PX0A 1CLQA 1VSDA 4KKOA 4DWIA 3HJFA 2HHSA 4F8RA 3SV4A 3DOLA 4CGGA 2BGGA 3NE6A 3G10A 4HCCA 2OPQA 4MQ3A 4CGDA 3OYFA 2DY4A 3TAMA 4N47A 3LAMA 3ZT4A 3ZSRA 3VQ7A 4M3WA 1S9EA 3AO4A 4CF1A 3DLHA 3VQAA 3ZSWA 1SV5A 4RW4A 4FLXA 3DRRA 4DQSA 2EX3A 4CHYA 1JL1A 2YKMA 5HRRA 3ZSYA 3S3NA 1XWLA 1HNVA 3L3UA 4HTUA 3HK2A 5C24A 2XY6A 4HUGA 4RW7A 1JXEA 2AJQA 3O4NA 3KD1E 3SUNA 4BACA 3AVAA 5HLFA 2VG5A 4CJEA 3JYTA 3SQ2A 4B9TA 3OYBA 4AHCA 4HUEA 5KGXA 3OJUA 3F9KA 1U49A 3D45A 1N6QA 4DSFA 3I0RA 5HRPA 1VK0A 4FLYA 3U3GA 3SI6A 3P83D 1ASUA 2HNZA 1C1CA 1J54A 4DQPA 3CFPA 1TL1A 3OYHA 4CEQA 4XIUA 2HNYA 3VQPA 5SZTA 1TK8A 1WSIA 4Z4FA 3G0ZA 3QLHA 4DTSA 1RTDA 3DRSA 5KGWA 4DSLA 3M8RA 3LWLA 3SUOA 1LW2A 1RBRA 4H4OA 3T1AA 1RT7A 4K8ZA 5FRMA 4OJRA 1NK9A 3AO2A 1YVUA 2RKIA 3HYFA 1U45A 2HW3A 4EZ6A 1C0UA 1JLQA 1BIZA 3DLRA 1RCHA 1D5AA 3SNNA 2HHVA 5J2QA 4CJTA 1R0AA 4M3UA 4M3YA 4DTJA 4I2QA 4CHQA 4F4KA 3SYZA 4O44A 5J2NA 4CK2A 2B5JA 2O4IA 3CM5A 3K5NA 2Z1IA 3VQ5A 4DTMA 3P1GA 2E6LA 1S1TA 3RRHA 4E1MA 3VQCA 5C42A 4DFMA 3AVJA 2ETJA 4CJUA 4QOZB 4KI6A 3S9HA 2KFNA 3NF7A 2XY8A 4E89A 3SQ1A 3H08A 3KKRA 3C6TA 3KJVA 4ZHRA 4E0DA 1YTAA 4K8XA 5I3UA 5EU7A 1RILA 1NK6A 3VQEA 4CEEA 1W0HA 4Z0UA 4PA1A 2JGUA 4FVMA 3ZSVA 5T7BA 2D0CA 4M3ZA 1S5JA 1X9SA 4KAZA 2Z1JA 1JLEA 3VA3A 3PX6A 4IFVA 4DTXA 4CK1A 2FBXA 4E7KA 1TKZA 4DTRA 1L3SA 3AA4A 1L5UA 4CJPA 1SKSA 4KHUA 1VRUA 3K57A 4F2RA 1IO2A 3TABA 2HHTA 5K14A 3EZ5A 4KO0A 1QS4A 1NKBA 3AVGA 2QXFA 2XY7A 3C94A 3CFOA 4KHNA 3RMCA 2IDOA 3HPGA 5HRSA 4CFAA 4JS5A 4Z4EA 4FZXC 1FK9A 4JRPA 1I3AA 3SUQA 4KB1A 4OVLA 3O3FA 3L2VA 3MECA 3OYJA 1B9FA 4L8RB 1T7PA 2G8KA 1GOCA 4CF9A 1BL3A 1VSKA 3KK1A 1QSSA 5HP1A 3V9XA 1SKRA 3ZSXA 2RPIA 2LSNA 3KTQA 1U04A 2YNFA 4W5QA 4DTNA 4DTPA 4O5BA 4CFCA 4BE2A 3SUPA 4CFBA 3NGIA 1NJWA 1IKYA 2NUBA 4J2EA 1VRTA 4CERA 4CJSA 2KW4A 1NK0A 1LW0A 3PY8A 1LAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA3A 3THXB 2G8HA 2OPPA 1S6QA 2ZGYA 1RT2A 3VMFB 4BRPA 3M8SA 1HYZA 4DSJA 1RDDA 3OHRA 4KTQA 5JS1A 3QICA 4DSIA 2W40A 5ADXA 3K9JA 1OKJA 3CXCM 2KZMA 1HRHA 2I7PA 4CEFA 2G8WA 4FK4A 3LDNA 4YOUA 3J81O 3U6FA 2VCPA 4N41A 2F4VK 4YY3K 4Y1DA 3NF6A 3HP6A 3TI0A 2XHBA 3THWA 4FVUA 3EZWA 1MWKA 2HMPA 3A5LC 4BR2A 4CJQA 4GV3A 1NKCA 3WQTA 3DMJA 4CHNA 3NH1A 3FZMA 2HVHA 3IG1A 2G8IA 4J8FA 2CGJA 3P38A 2O8FB 2YI1A 2WUSA 3QBWA 4RG8A 3LP2A 3DXMB 3QEWA 2JLEA 2V7ZA 5J2PA 1GLFO 5JICA 4Q0BA 5LL6Z 4Z4HA 1UWBA 3T69A 1HQUA 3DWLA 1MWMA 4DR6K 1BI4B 2D0BA 2Q1NA 5CHIA 4X65K 4HWIA 4YOTA 2G8UA 1NK4A 3LDLA 1NJZA 3LL3A 3J80O 1XHZA 4C8MA 3RR7A 1RBUA 3E01A 4M63C 2D5RA 4CJKA 3AVNA 2GUPA 4IKFA 3AVKA 1ZBIA 4CK3A 2A41A 2OCEA 3OYIA 4J2AA 1EXQA 3MAQA 3HM9A 4FWRA 4RW9A 5HL7L 4UY8O 3I8BA 4HCBA 1S1XA 1UA1A 3CMEN 4DR4K 2YJEA 4EP5A 3GE1A 1L3TA 2NRHA 1VSIA 1HMVA 3VGMA 3ZSOA 3OYMA 3O08A 4J2BA 2NRRA 4CIEA 3FZHA 3O4QA 5F1XA 3VESA 1SKWA 5E84A 4BC3A 4BWJA 1XI1A 3M8PA 5AQZA 2VGMA 3ULDA 3AVIA 1ILYA 4LF5K 2YV0X 3K59A 1RDUA 3C6HA 2UUAK 5FRNA 4DG1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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