1WSHA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
total genus 43
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wshA00
1VSMA 3NF9A 2YNHA 3PUFA 4KO0A 4WE1A 5CZ1A 5C25A 4CHYA 1NK0A 4KHSA 2HHWA 3QLHA 3O4QA 3HL8A 5HRSA 5KRTA 1TK0A 3DRRA 1TAQA 3MEGA 4CIGA 2KZMA 3O3GA 2GV9A 4DTPA 2IDOA 4FK2A 3HJFA 4I7FA 1CXQA 1C1CA 4CF8A 4B9NA 4E3SA 1UAXA 4DSJA 4CFCA 3ULDA 3TWHA 1U48A 4CCHA 1BIZA 3SJJA 2NUBA 1BHLA 4NYFA 3NE6A 5HLFA 3SQ4A 4NCAA 3K2PA 1RNHA 3CM5A 1CZBA 2FBXA 3L8BA 3M8SA 4CEOA 1RBUA 2XY8A 3CG7A 3ZSQA 4TSXA 4HUGA 4M3RA 3MXMA 3QEPA 1KVAA 4LY7A 4OKEA 5DK5A 2DFEA 2P5OA 3KKSA 2HHUA 4Z4IA 2RN2A 1XWLA 4FLVA 4CGHA 3ITHA 3I8DA 3SZ2A 4DTRA 4O4GA 3KLFA 4KB0A 3VQBA 1TKDA 1D9FA 4IFYA 1WSGA 4EP4A 4DTMA 4DFJA 4MFBA 1KCFA 4KFBA 3IG1A 3ISNC 1R0AA 3P83D 4YFUA 4O0IA 4FM2A 4DTOA 3LP2A 4CF1A 2ZQBA 3NF8A 1LW2A 3VQ8A 4CJWA 1T7PA 3SPZA 4CGDA 1X9SA 1NK7A 1NK6A 1EKEA 3RWUA 3V81A 4KAZA 2BGGA 2HVHA 1JL2A 2P1JA 3DM2A 2W42A 1U47A 3M8QA 2OPQA 3QO9A 1TKTA 1U45A 4DF4A 1ZBUA 4FJXA 3ZSVA 4FK4A 4ZTFA 5DMRA 2KW4A 1RT3A 4FJLA 3AO3A 3ALYA 3OYNA 3AVGA 4CJQA 1L3VA 4N76A 1WLJA 3AVKA 5HRRA 1D9DA 4FJ7A 4FZYA 1RDAA 4IG3A 3PO5A 3VQCA 2QKBA 4F8RA 4E7LA 5HBMA 3T1AA 2KFZA 4B08A 1KFDA 1LW0A 1TKXA 4DLEA 4I2QA 4OLBA 3O4NA 1QSYA 1VSJA 4E1MA 3TR8A 1IKWA 1B9DA 1FK9A 3FFIA 4B9VA 1JLFA 4FJNA 1NJZA 4Z0UA 3AVBA 5SZTA 4R5PA 2D0BA 3RTVA 3AV9A 3K57A 3TAFA 4NYNA 3LWMA 4B9TA 1RT2A 4Q5VA 4ID5A 3HVTA 3K5NA 2HNDA 3JYTA 5C42A 4HUEA 4DTJA 4J2AA 3NDKA 1CXUA 3H08A 4DMNA 4ZHRA 4CHPA 5CYQA 1KLMA 1N6QA 1BCMA 3K5MA 1TV6A 1UOCA 3RMBA 4CEAA 4BDPA 1JXBA 4OPKA 2OZSA 4FLXA 4CF0A 4Z4EA 1ZBFA 3OYDA 1YTUA 2QKKA 3VQ9A 2ZD1A 1A5WA 2LSNA 1L3UA 1Q9XA 4Z4FA 4GW6A 3AA5X 2D5RA 4C8MA 3CFRA 4C8KA 2DFFA 1JL1A 2PY5A 1X9MA 3S3MA 4CF9A 2YV0X 5KTQA 3L2RA 3QEVA 3DRPA 3HYFA 4B9LA 3EYZA 3P5JA 3AVFA 4CGIA 4ELTA 4KHWA 4K8XA 3S3NA 1JLQA 3G0ZA 4KRFA 3U3GA 4HVJA 2XHBA 4DQQA 4PUOA 2DFHA 4OPJA 3RMCA 3QNOA 1NOYA 4RW8A 3VQQA 1L3TA 3I0SA 4OLAA 1RT1A 4RW6A 4CJTA 2KTQA 1WAJA 3QIPA 3CYMA 4DTSA 3T3FA 4FW1A 1NK4A 3HM9A 3K5LA 4FK0A 2B4JA 3RR8A 1YT3A 2Y1JA 3MAQA 1SL0A 3L3VA 2YNFA 4Y1DA 4GMJB 3HPGA 1WSJA 2XY6A 4Z4GA 1RDCA 1XHZA 2G8KA 2F8TA 1O1WA 3NH1A 3L2UA 5FRNA 2YNIA 4CJ3A 3QERA 3SUOA 1HQUA 4DWIA 2FC0A 1HYVA 2E4LA 4B9SA 4LD0A 3HO1A 3ZT0A 1TL3A 4FW2A 3ZCMA 4CESA 1A5VA 3QESA 3SV3A 1FXXA 4E0DA 1T03A 3S9HA 1BIUA 4AH9A 4CECA 4DU4A 2Y1IA 4IKFA 4IBNA 3UIQA 3U3YA 4CJKA 3VA3A 1WN7A 1KVCA 3HPHA 3V9WA 3AA4A 4CEQA 4BDYA 1SKSA 4FLTA 3OYMA 2G8WA 3AO2A 3C6UA 3KLGA 3VQAA 3TARA 1DTTA 3CFOA 3WNFA 4KTWA 1BISA 3HK2A 1SV5A 4FVMA 3IAYA 4OKKA 1SL1A 2F8SA 3AVNA 4LH5A 4DQRA 3O3FA 4DQPA 2VG6A 1ASWA 1REVA 4AHVA 2OPPA 2HB5A 3OJUA 3AO5A 4FJ9A 4KKOA 3AVAA 3WNGA 4DSKA 2G8VA 4F3OA 5D3GA 5J1EA 3CQ8A 2FBYA 2WONA 2YHBA 3PX6A 3V9UA 1B92A 1L5UA 5FRMA 2HHTA 3F9KA 1LWEA 1WSIA 1GOCA 2XRIA 3DMJA 1HYZA 4OGEA 4CJPA 3K59A 4E7KA 5JS1A 4DLGA 1RCHA 1TAUA 2X6NA 3LAKA 3PY8A 2D0CA 2KQ2A 4AHCA 2HNYA 3DYAA 3LP3A 2IGIA 4BACA 4M42A 4KI4A 4IDKA 1Z26A 4PQUA 3M8PA 1TK8A 2RKIA 3AVJA 1ITGA 4KPYA 4BWJA 2B6AA 4B9UA 4MQ3A 3RR7A 5E41A 3OJSA 2VWJA 2OYQA 1JLCA 3VQ4A 4FM0A 1VRTA 4CIFA 3LAMA 2XY5A 3SCXA 3NBPA 4CHNA 5HROA 3V1RA 3OYIA 1EETA 1EP4A 4IG0A 4DU3A 2G8IA 4FYDA 1BL3A 3MEEA 4L8RB 2OPRA 3AVMA 3SV4A 4CEEA 4W5TA 1SKRA 1NKEA 1KSPA 2Z1GA 1BQMA 4O55A 2X78A 1RTJA 3NHGA 1J9AA 2R7YA 1X9WA 1RT6A 4E1NA 3OYEA 3SUPA 1MU2A 1X1PA 1HMVA 2P51A 4DFMA 3SUQA 1KRPA 3NF6A 4CERA 4DSLA 3LANA 4KB1A 4QOZB 4Y1CA 3VQPA 4H4MA 3LWLA 4FJGA 1JLBA 5I3UA 5KGXA 2HHVA 1S9EA 2G8HA 1C0TA 1WSEA 1NJXA 1RBVA 2ITGA 4CJSA 2EHGA 1VSIA 3V4IA 1JLEA 4O5BA 3OY9A 3JSMA 4JRQA 1N5YA 5C24A 3RRGA 1RBTA 3EY1A 1QSLA 1IH7A 1QSSA 4EP5A 3AO1A 3AVLA 4DTNA 3KIOA 4CJRA 3B6OA 4ICLA 3SPYA 1NK8A 3L3UA 4PWDA 1TVRA 3C95A 3V1QA 2X74A 4CEFA 3ZSZA 3C94A 4CK1A 2DTUA 4UQGA 3ZSYA 4I9LA 1D8YA 3MECA 2VG5A 3G10A 3V1OA 3TABA 3NGYA 4FLZA 2IAJA 3ZT4A 1I3AA 2YKMA 4QAGA 2G8FA 5KRSA 4M45A 3IRXA 4H4OA 2Z1IA 4Z4HA 4CHQA 4N41A 3SQ0A 1FKPA 3U6FA 3KLEA 2OPSA 3PO4A 4DQIA 2Z1HA 3I0RA 2KFNA 1NKBA 4EZ6A 1RT7A 1S1VA 3B6PA 4JS4A 4PY5A 1LWCA 2VG7A 3V9SA 4CJLA 2ETJA 2O4GA 1NJWA 1XC9A 3LZJA 2F96A 3ZT2A 4RG8A 5KI6A 4FLUA 1DTQA 3KD1E 1BI4A 3D45A 4OVLA 4M3YA 1HYSA 4CGJA 4CFAA 3PX0A 4ELVA 1JLAA 1W0HA 5FROA 3V9XA 4FJ8A 1C1AA 3OVNA 4E7IA 4Q0BA 4BE1A 1IKYA 1YVUA 3DRSA 1RT4A 5EU7A 5FDLA 4F4KA 3E01A 5CZ2A 3QEXA 4XIUA 4K8ZA 4CEBA 3HSTB 4KHNA 1KLNA 4O0JA 4G1QA 2O4IA 5HRNA 3AO4A 4N56A 3VQ7A 1IKXA 4OJRA 1HNVA 1ZYQA 3TAGA 3OYGA 5J2PA 2QK9A 1KVBA 1HJRA 3T19A 2PYJA 4QCLA 2WOMA 3LALA 1S1TA 3LPUA 1VSFA 4E19A 2AJQA 4E89A 1WNSA 2FBVA 1ZBLA 1GOBA 4OGCA 4CJEA 3PV8A 1S1UA 4M3ZA 1ZBHA 2HHSA 3OS0A 3RRHA 2A1RA 2EX3A 4CHZA 1HNIA 3OYHA 2IC3A 1HPZA 3KK2A 4JS5A 4HHTA 3SUNA 1T8EA 4FZZA 2G8UA 4B3OA 3AA3A 3CM6A 1RTHA 3OYLA 5J2MA 1J5OA 4I9QA 4FJIA 3K58A 3SQ1A 3EZ5A 4BDZA 1BI4B 4DS4A 3PX4A 4EZ9A 1C0MA 3O3HA 1BCOA 2P5GA 3BGRA 3ASMA 3MXJA 4DS5A 4M3TA 4DSEA 2BANA 3L2QA 1RBRA 5T7BA 4LSLA 3VQDA 3SI6A 3LPTA 3NCIA 4FLYA 4HUFA 4M41A 2OZMA 1C0UA 4DU1A 2YNGA 3NF7A 1F21A 4IFVA 3BDPA 3DI6A 3OYCA 1RTIA 4FJKA 1C6VA 4DFPA 1NOZA 1YTAA 3DLEA 4CE9A 3ZSOA 3C6TA 1VSEA 3NH0A 2JGUA 3QEIA 3QNNA 3DOLA 5J2NA 1IG9A 4FXDA 1VSKA 3V9ZA 1RDDA 4C8OA 3P1GA 3OYAA 3KD5E 4CJVA 3KK3A 4KI6A 2HMIA 3AVCA 1U49A 4CIEA 4H8KA 1JKHA 4W5QA 3NGIA 1RTDA 3ZSXA 4AHTA 3LDSA 3TANA 4DFKA 2PZSA 2KZZA 3L2WA 3V6DA 4E7JA 4CJ4A 2I5JA 4J2DA 3A2FA 4O44A 3M8RA 4FZXC 2E6LA 1TKZA 4CFBA 4FJMA 1QTMA 4GVMA 4I2PA 5HRPA 3QETA 3DLBA 1S1XA 3OS1A 4ELUA 4LH4A 4AILC 3MXIA 1UWBA 3HP6A 1UA1A 1WSHA 4CJ5A 2HHXA 4JLHA 4NCGA 4FM1A 3RMDA 3S3OA 5I42A 1FKOA 5KGWA 4N47A 2GBZA 1S5JA 3OS2A 4AHRA 3KLIA 2HVIA 1RDBA 1DLOA 2Z1JA 3KKRA 3OYBA 4FJ5A 1CZ9A 1HRHA 3VN5A 4NCBA 1I39A 4ZTJA 1ASUA 4DTUA 3TAQA 3ZT1A 4KHUA 4DF8A 1D5AA 3CFPA 5CY4A 3LP0A 3SNNA 4J2BA 3VQ5A 1B9FA 2Q3SA 1VSHA 4B8AB 3IS9A 5J2QA 2DY4A 3KTQA 1U04A 3HP9A 1TK5A 3TI0A 2GUIA 1ASVA 4RW9A 1RILA 3VQEA 4FJHA 4HTUA 1RT5A 5HP1A 4FLWA 2X6SA 3F73A 1WAFA 1J53A 2RPIA 4Z4CA 2BDPA 4OKJA 1LAVA 1G15A 3ZSWA 1UA0A 3LP1A 4M3UA 3KK1A 1NJYA 1JLGA 2PYLA 1J54A 3OYFA 1KFSA 4CEZA 2FBTA 4ID1A 1SKWA 1LAWA 3ZSRA 4BE0A 1VSLA 3DLKA 3SYZA 3K5OA 3NGZA 1QQCA 1S6PA 4F2RA 1S6QA 4KTQA 1TGOA 2YHAA 1W9HA 4KTZA 4DTXA 4DQSA 1U4BA 2QXFA 2ATQA 4FCYA 1WSFA 2XO7A 4CHOA 1EX4A 3VA0A 3RMAA 4KHYA 1JXEA 3KJVA 4M3WA 1NK5A 3NAEA 4CFDA 4RW7A 4HCCA 4HCBA 1XHXA 4LSNA 4AHUA 4CGFA 4J2EA 4YNQA 4KHQA 3LZIA 2HHQA 2OA8A 1CLQA 1L3SA 3AVHA 2YKNA 4PA1A 2ZE2A 4DG1A 1QS4A 1SUQA 4W5RA 3DOKA 3OYKA 3KLHA 3TAMA 2XY7A 1IKVA 1LV5A 4KV8A 3WNEA 3ZT3A 4BE2A 3MEDA 3DLHA 4AHSA 1TL1A 1A5XA 5K14A 4CK3A 3SQ2A 1S1WA 2E6MA 3NFAA 1IO2A 5SWMA 3D0PA 1XI1A 2B5JA 1NKCA 1BGXT 1BQNA 4B9MA 4KREA 4F3TA 1GOAA 3QEWA 4CEDA 2IS3A 3DLGA 3DLRA 4C8NA 3WNHA 3QIOA 4CJUA 1VK0A 1VRUA 5JS2A 4CJFA 4FJJA 3AA2A 4CK2A 2JLEA 4B8CA 3L2VA 1Q8IA 1QHTA 3TAEA 3HPOA 2VWKA 1NK9A 1Q9YA 1RBSA 4RW4A 1ZBIA 1KTQA 4CF2A 3HT3A 1HQEA 4C8LA 3HVRA 2BE2A 3OYJA 3THVA 1EXQA 4E7HA 4N5SA 2D0AA 4CGGA 4JRPA 2HW3A 4W5OA 3TAPA 3NH2A 4DSFA 1QE1A 1S9GA 1SL2A 1C1BA 1K6YA 1T05A 3VQ6A 3QINA 2RF2A 4DSIA 4M3XA 1LWFA 3HXMA 3AVIA 4BWMA 1Y97A 5CYMA 4W5NA 2A1SA 4F2SA 2HNZA 1Z25A 2IOCA 1VSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF9A 5CZ1A 3CCEN 4CHYA 2O8BA 1HLUA 3O4QA 3DRRA 1C0FA 3MEGA 4DV5K 3O3GA 2GV9A 4DTPA 1NU0A 4FK2A 2P9SA 5AQKA 4R79A 3OBWA 5BR9A 1E4FT 4NCAA 2QWRA 4XH4A 1CZBA 2FBXA 3L8BA 3THXB 2FSNA 3MXMA 4B1WB 3QEPA 4CZEA 2DFEA 5CE3A 4JV5K 2W6KA 4FLVA 3G6EN 2NNWA 3O5BA 3ITHA 2O8BB 3I8DA 4EAHD 4H0VB 4DTRA 5MLCQ 1TKDA 4DTMA 1KCFA 4MLHA 4KFBA 1IBLK 2P9SB 3P83D 4ISFA 5M1KA 4YFUA 3LP2A 5IT9O 1LW2A 3VETA 3VQ8A 3SPZA 1X9SA 1NK6A 1EKEA 3RWUA 4GV9A 2Q2RA 2BGGA 3DM2A 2W42A 4FJXA 4XH5A 2GWKA 3QO9A 1U45A 5E84A 5DMRA 1NGDA 4OX9K 1RT3A 4FJLA 5JICA 3AO3A 3P38A 3AVGA 1J5EK 1RDAA 3VQCA 4OPAA 3T1AA 5CHIA 1KFDA 1LW0A 4DLEA 3CI5A 1VSJA 2WFBA 3FFIA 1HKGA 4Z0UA 3E66A 3AV9A 4NYNA 3LWMA 4B9TA 1RT2A 3B8AX 3K5NA 3HVTA 5C42A 4J2AA 3NDKA 4DMNA 5CYQA 4X66K 2ZJPL 1SS6A 1TV6A 4CEAA 2CGLA 1JXBA 2OZSA 3OYDA 5AFUH 1Q9XA 4MO5A 4GW6A 1NGHA 2D5RA 2UU9K 3FLCO 3O1WA 1JL1A 4C8KA 1W97L 2YV0X 5KTQA 1VQNN 3EYZA 3MN6A 3AVFA 4JEPA 4BR5A 4DQQA 3RMCA 1JCEA 3QNOA 4RW8A 3VQQA 1I94K 1NOYA 1VAZA 2BH1A 4RW6A 3AARA 4CJTA 4IO9L 3T3FA 1NK4A 2KLAA 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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