1WSIA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a/d134n)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
152
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
total genus 45
structure length 152
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsiA00
1RBVA 1L3SA 1LWFA 3ZT0A 1S6QA 3MXJA 4FJMA 2VG6A 1TL3A 1BL3A 1RBSA 3S9HA 4BWJA 1S1XA 2HNDA 1JLBA 1RDBA 5C25A 3F9KA 3KKRA 1SKSA 4DF4A 3F73A 4FVMA 3VA3A 4E3SA 1QSYA 4FK4A 1GOAA 3NF6A 3VQQA 4PWDA 4CJPA 1U47A 1LWEA 1IKYA 1IKXA 3MEEA 1RT5A 1C0UA 4KO0A 5CZ2A 3VQAA 3LZIA 4DU4A 1UA1A 2FBTA 2DY4A 4KTZA 3A2FA 1WN7A 3DM2A 2BDPA 3KTQA 1Q9XA 4FJLA 4GVMA 3AA3A 2W42A 4LSNA 2KZMA 1QSSA 3SUNA 2HHXA 1WSIA 1BI4B 3AO3A 3ZSWA 3HVRA 4FLWA 4DTUA 1RT6A 1NJZA 4Z4GA 1VRUA 3KLGA 1Y97A 3HPHA 2RPIA 4HTUA 1XHZA 3DLKA 1TK8A 2ZD1A 4CJFA 3I8DA 3KJVA 5J2MA 3K5OA 4CHOA 2GV9A 4OJRA 2HVIA 4ICLA 3RR8A 2D5RA 2VG7A 1XWLA 3OYIA 4PA1A 4L8RB 1RDDA 4PUOA 4F3TA 2KFZA 3NF7A 5DK5A 4BWMA 3KK2A 1O1WA 4FCYA 4RW7A 4MQ3A 1JLGA 4F4KA 3OYGA 5KGXA 5D3GA 4E19A 3KD5E 1J53A 3AVCA 4W5TA 3LWLA 1N6QA 3WNEA 3RWUA 4CJQA 2G8IA 2F8TA 3WNHA 4CJKA 4OLBA 4NCGA 4FW2A 3L3VA 4FLUA 3U3GA 2XY5A 3NGIA 2D0CA 4H4OA 3HYFA 1NKEA 4O44A 4EZ9A 1K6YA 3V1QA 1QQCA 1HPZA 2BE2A 3DI6A 3K5NA 3VQ7A 1IG9A 3QEWA 3WNFA 4CGGA 1WSJA 3AVIA 1IKWA 1ASWA 1UAXA 2HB5A 4KHSA 4CJEA 1XI1A 4FM1A 3PX6A 1TVRA 1EX4A 2YHAA 4CF0A 3NCIA 2YHBA 1BCMA 3HL8A 1I39A 3AA2A 4DTNA 3THVA 3S3OA 4O0IA 3CYMA 4CEZA 3MAQA 2HMIA 4KPYA 1YT3A 2ITGA 5E41A 1B9FA 5CYMA 3OYBA 4DQQA 3TI0A 1KLNA 1YTUA 4CFCA 4OKEA 4AHCA 4DTPA 3O4NA 3VQBA 3FFIA 2YNIA 2OPSA 1C0TA 3VQ5A 4I9QA 4KHUA 2EHGA 1WSHA 3L2VA 3NGZA 3SYZA 1Q9YA 1RBTA 2FBVA 4CHQA 4QOZB 1BQNA 4FM2A 3G10A 5FDLA 3KLEA 3RMDA 1DLOA 1RT2A 2X78A 3C6TA 4DS4A 1HRHA 3U3YA 4F3OA 4KB1A 3V4IA 4ELTA 2HHWA 4B3OA 3LWMA 1W9HA 3O3HA 4DU1A 1CLQA 2ZE2A 1HJRA 4E1NA 3RTVA 4M3XA 1T03A 3RMCA 4CGIA 3JSMA 3K5LA 3TANA 2QXFA 1A5XA 3I0RA 4M3UA 3SQ2A 2E4LA 1J5OA 4FZYA 1VSLA 3RR7A 4DS5A 4BE1A 2X6NA 1J54A 4LD0A 4DFMA 4CGDA 2B4JA 3I0SA 2PYLA 1SL0A 3NH0A 4ELVA 4DFJA 2F8SA 3V9WA 1CZ9A 3V81A 3QNOA 1VSJA 2X74A 3PO5A 3VA0A 4F2RA 4Z4IA 4FJ7A 1C0MA 1JL1A 4CIFA 4KI4A 1SKRA 4W5NA 5J2PA 4KHWA 1FXXA 4FXDA 3BDPA 2E6LA 1C1AA 4CEOA 3DLBA 1NK0A 3AV9A 4JRPA 4M3YA 4CERA 1WNSA 3QEXA 1R0AA 3EYZA 4HCBA 4Y1DA 2G8KA 1VSDA 4Y1CA 2OA8A 4QCLA 2OYQA 3KK1A 4N5SA 2VWKA 4QAGA 2I5JA 4FJJA 4KHQA 1JL2A 2G8HA 3DLEA 1KVCA 3ASMA 4CEQA 4E7HA 4CJTA 1KCFA 1T05A 2RF2A 3AO4A 4DSEA 1HQUA 1RT4A 1VRTA 1RBUA 3C94A 3NFAA 2D0AA 4I7FA 4DLGA 1X9MA 3C6UA 1CZBA 3CM6A 5SWMA 4DTOA 1L3UA 3D45A 4IKFA 3OYJA 2XO7A 1LW2A 2G8WA 4CJUA 2AJQA 4OKKA 3VQ6A 1A5VA 1NOZA 2ETJA 4CHPA 1NK9A 1ITGA 4EP5A 1JLCA 1TGOA 3M8RA 1NK8A 5HP1A 1HYVA 4FJIA 4KI6A 2HVHA 3DOKA 1LWCA 1TK0A 3OVNA 3HSTB 3SV3A 4O4GA 3V6DA 1JXBA 4IDKA 1NJWA 4CCHA 4KFBA 3OYCA 4FLTA 4C8OA 4FJ8A 3RRGA 3VN5A 3MEDA 3NH2A 5K14A 4Z4CA 1TL1A 3AVMA 2OZSA 3VQ4A 3MEGA 4JS4A 4DG1A 4JS5A 1LW0A 5SZTA 1XC9A 3OJUA 4DMNA 4PY5A 4B08A 1ASVA 1WSEA 3AVAA 3T1AA 3WNGA 3ZSOA 3NAEA 1GOCA 4CFBA 3TAFA 4OGEA 1L3TA 2KTQA 4CEDA 1N5YA 4I2QA 4Z0UA 1BISA 5CY4A 3ITHA 5I42A 1RTIA 2O4GA 1NK4A 2KZZA 2QKKA 5HLFA 3QIOA 1U45A 1X1PA 1RBRA 3AVNA 2QKBA 4FLVA 1C1CA 1NJXA 2Z1IA 2JLEA 1ZBLA 4FLXA 4M42A 2BGGA 3OY9A 2HHVA 3ZSVA 4DSLA 3KIOA 2OPRA 3NF9A 2D0BA 1DTQA 2GBZA 3EZ5A 4CJVA 1B9DA 3AVHA 4FJGA 5HRSA 3PY8A 1XHXA 3OS1A 1UA0A 1D8YA 4CIEA 4KHYA 2LSNA 1L5UA 5CZ1A 3K59A 3TWHA 3HO1A 4JLHA 2A1RA 1KSPA 3KLIA 1HMVA 4M41A 1TKXA 4CJ5A 5HRPA 3L2QA 2HNYA 3ALYA 1QHTA 4IFVA 3SJJA 2P51A 4DQIA 4J2BA 3H08A 3ISNC 5HBMA 1RNHA 3ZT4A 2G8UA 3L2WA 2YNGA 4ZHRA 4C8NA 3M8SA 4BE0A 3V1RA 2XY8A 2YNHA 4E7KA 3HPOA 4ZTJA 1BIZA 4FJ5A 4K8ZA 2ATQA 4DF8A 1HQEA 3RMAA 4DTMA 3NGYA 3OYLA 4Z4HA 1RCHA 3ZT2A 3AVBA 4FJ9A 2HW3A 3OYAA 3SCXA 3LPUA 4B9NA 3VQEA 3IAYA 4PQUA 1TKZA 3PO4A 1EKEA 4CFAA 2P5GA 1BHLA 4CGJA 1RT3A 1VSKA 3TAEA 2OZMA 4ID1A 5KGWA 2E6MA 4CE9A 5J1EA 4AHRA 2OPPA 3PX4A 3AVGA 4DSKA 3UIQA 3SUQA 1U04A 4HVJA 1S9GA 4B9UA 2DFHA 4HUGA 1RTDA 4CJRA 3OYEA 4AILC 3QINA 4FK2A 1S9EA 1WLJA 4DTJA 3D0PA 3K57A 4KB0A 4YFUA 4MFBA 3LANA 2VG5A 3SUPA 1RTJA 4CHZA 3V9SA 3QEVA 2Y1JA 3HK2A 3HJFA 4OLAA 3ZSXA 2QK9A 3SNNA 4CEEA 3AO1A 3IG1A 1CXQA 4O5BA 5HRRA 5C42A 1C1BA 1VSMA 4IFYA 4Z4EA 4FYDA 4DTRA 1S1WA 3K58A 3L2RA 4HCCA 3DLHA 3TR8A 1ZBFA 3LZJA 3C95A 3ZSRA 4HUEA 1NKBA 2FBXA 4Q0BA 3M8PA 4AHTA 4B9LA 3HXMA 3V9UA 1ZBIA 5J2NA 3TAGA 1TK5A 4IG3A 3LP0A 1I3AA 2G8FA 3P83D 4AHSA 4O0JA 2R7YA 2IOCA 4HUFA 3L2UA 1TAQA 4E1MA 4DLEA 3B6OA 3T19A 2Y1IA 3QERA 3VQ9A 3QLHA 2X6SA 2G8VA 2KFNA 3DOLA 2IAJA 1JLFA 4IG0A 5T7BA 4W5RA 2HHSA 2EX3A 1YTAA 4E7LA 4BDZA 3L3UA 4BDYA 3IRXA 1FKOA 3EY1A 2F96A 3HP6A 4N76A 3V9ZA 3OJSA 2IDOA 3CFPA 5KRTA 2VWJA 3HPGA 1HYSA 1S6PA 4KAZA 5CYQA 4OGCA 1DTTA 4CF8A 1YVUA 4C8KA 4ZTFA 4CF1A 4G1QA 1NJYA 2GUIA 3MECA 3SUOA 3DMJA 3O4QA 1EP4A 2B6AA 2DFEA 4M3RA 4NYNA 1NK7A 4B9TA 1VSEA 5EU7A 4FJNA 2YKMA 1NKCA 1JLEA 4UQGA 1RDCA 3KLFA 4KTQA 2XHBA 4DTSA 2PYJA 1Z26A 4KTWA 2WONA 1KVBA 1SV5A 3OYHA 1VSHA 4CFDA 1D9DA 2XY6A 4CJLA 4EP4A 4XIUA 2P5OA 3AVJA 1JKHA 4B9SA 3SV4A 4B9VA 3SI6A 3OYDA 3G0ZA 1WSGA 1U49A 4NCBA 4OKJA 2JGUA 4RW4A 3KLHA 3V9XA 5JS1A 4LH4A 1FK9A 1JLQA 1WAJA 4CEBA 1KFSA 4FZXC 1BCOA 3HVTA 5KTQA 4ID5A 3P1GA 1W0HA 4LY7A 3M8QA 1LAWA 1LAVA 4BACA 1C6VA 1U4BA 4M3ZA 2BANA 3U6FA 4FJHA 1S1UA 4ELUA 4FJXA 1A5WA 3ZSYA 4E0DA 4LH5A 4CESA 3TAPA 3NHGA 4DSFA 1KLMA 1UWBA 4B9MA 1BGXT 4Z4FA 4KREA 3QIPA 2OPQA 1MU2A 2HNZA 3ZSZA 2KW4A 3RRHA 1GOBA 3AA5X 3TAMA 2O4IA 3PV8A 4FM0A 4CK1A 4GW6A 4WE1A 1D9FA 4J2DA 4GMJB 2IGIA 4RG8A 4AH9A 1VSIA 3DRPA 1IKVA 3OYKA 4B8AB 1JXEA 1ZBUA 4CECA 4CEAA 4B8CA 1RDAA 3DLGA 1S1TA 4FJKA 2P1JA 3DRRA 1HYZA 1SL1A 2XRIA 3SQ1A 4DQPA 4OPKA 1LV5A 1J9AA 4I9LA 3OYFA 1ZBHA 3AVFA 4CHYA 1KTQA 3OYMA 1TKTA 3K2PA 3S3NA 3VQPA 3LDSA 1S1VA 3LP3A 4J2EA 3CQ8A 3AO5A 3TARA 3T3FA 1QSLA 3KKSA 3KD1E 1RILA 4DTXA 3AA4A 1SKWA 4M3WA 5DMRA 2Z1JA 3VQDA 2HHQA 2Z1HA 5KI6A 4CJ4A 3PX0A 3NDKA 4RW9A 1HNVA 3SPZA 1NOYA 3CM5A 4KRFA 5JS2A 1ASUA 1KFDA 4CHNA 5I3UA 4NCAA 4CEFA 3JYTA 4E7JA 3O3GA 1G15A 4DFKA 3QNNA 2PY5A 4FK0A 4Q5VA 1RT7A 1IO2A 1VK0A 4N47A 4F8RA 1FKPA 2Z1GA 3LPTA 3NE6A 3AVLA 3ULDA 1F21A 2Q3SA 4CF2A 1KRPA 2PZSA 2HHUA 1RT1A 3E01A 3IS9A 1REVA 4W5OA 1HNIA 4C8MA 4IBNA 3S3MA 1QTMA 3O3FA 2YKNA 3ZT1A 4CGFA 1T7PA 1U48A 4DSJA 3LP2A 4CJSA 1D5AA 4CK2A 1IH7A 2RN2A 3B6PA 3LAMA 3VQCA 3QEIA 1NK6A 1BI4A 3DRSA 1WSFA 2B5JA 2RKIA 4KV8A 5KRSA 3KK3A 3CFRA 3MXMA 1Q8IA 4NYFA 1L3VA 4HHTA 4CJ3A 4KHNA 4CJWA 3BGRA 5HROA 3LALA 2DFFA 3VQ8A 3OS0A 4CIGA 3QESA 1SL2A 4M3TA 1CXUA 1EETA 2YNFA 4M45A 1ZYQA 4FLYA 4H4MA 5FRNA 3OS2A 1TKDA 3SQ4A 4E89A 1JLAA 3HM9A 1BIUA 3HP9A 1SUQA 4C8LA 5HRNA 4TSXA 1QE1A 4F2SA 3HT3A 3AO2A 4K8XA 3SZ2A 3PUFA 1TAUA 4CF9A 3MXIA 5FROA 2WOMA 4RW6A 3TAQA 2ZQBA 4AHUA 5C24A 3DYAA 4DQSA 1QS4A 4H8KA 3QEPA 4R5PA 3CG7A 4CGHA 2FBYA 2FC0A 4OPJA 3RMBA 2IC3A 4DFPA 3QETA 3SPYA 3NBPA 3NF8A 1VSFA 4DSIA 3LAKA 3LP1A 2XY7A 2HHTA 4OVLA 4N56A 2NUBA 3DLRA 4BDPA 1TV6A 4AHVA 3NH1A 2KQ2A 3AVKA 3P5JA 4I2PA 4CK3A 1X9WA 4J2AA 1S5JA 1B92A 3V1OA 5FRMA 4W5QA 4KKOA 3ZSQA 4FLZA 4BE2A 4FZZA 2DTUA 4O55A 1EXQA 3ZT3A 4N41A 3ZCMA 3L8BA 4DWIA 4YNQA 3K5MA 1BQMA 4LSLA 4RW8A 1RTHA 1X9SA 1UOCA 4FW1A 4JRQA 4E7IA 5J2QA 2IS3A 2YV0X 4DU3A 2A1SA 3OYNA 3TABA 1Z25A 1NK5A 3SQ0A 1KVAA 1T8EA 4EZ6A 3CFOA 1WAFA 4DQRA 3QO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBVA 1S6QA 3CPEA 1TL3A 1BL3A 1RBSA 4BWJA 2HNDA 1JLBA 4X66K 4DF4A 3F73A 5C0YA 4CJPA 4KO0A 1C0UA 3DM2A 1Q9XA 2W42A 4CZLA 5M1PA 5GADP 2KZMA 4JK7A 3AO3A 3G71N 1Y97A 3F5TA 2RPIA 5CR4A 4IJNA 4BRDA 4BRMA 5JICA 3DXKB 4CJFA 5J2MA 2QWPA 3FE1A 3RR8A 4F3TA 1XWLA 4BR4A 4PA1A 2KFZA 4PUOA 5BRHA 2GWJA 4BRNA 3J81O 4F4KA 1O1WA 4MQ3A 1JLGA 3L6QA 4H5NA 5KGXA 3HZ6A 2YHXA 3KD5E 3AVCA 3LWLA 3RWUA 3WNHA 4FLUA 2XY5A 3H45C 3HYFA 3WT0A 1K6YA 4NXNK 1BA0A 3VQ7A 3WNFA 3EO3A 1ASWA 1UAXA 2GELA 4KHSA 4CJEA 3WQTA 1XI1A 1TVRA 2YHAA 5GAEP 1NGJA 4JKFA 1BCMA 3AA2A 2YCHA 4KPYA 4O0IA 3D2FB 1YT3A 2ITGA 1GLBG 5CYMA 3OYBA 1C0TA 3VQ5A 5BRDA 3OBWA 1WSHA 3SYZA 3NGZA 1Q9YA 2P9LB 2FBVA 5TKYA 5FDLA 3C6TA 4F3OA 1HRHA 4KB1A 1CLQA 3O3HA 2ZE2A 3RTVA 1T03A 4CGIA 3UE5A 5JMVA 3I0RA 2E4LA 1J5OA 4DV4K 4DS5A 3K9JA 3MK6A 4WCEL 3I0SA 4ELVA 2F8SA 2VGMA 1CZ9A 3QNOA 2X74A 4F2RA 4Z4IA 1SKRA 1FXXA 3J8AA 3WQUA 3DWLA 2D0PA 4Y1DA 1VSDA 3ZEUA 3NVMA 4PHTX 4QCLA 4K42A 1YUWA 2YJFA 3DLEA 3ASMA 4CZGA 2FSKA 1Y64A 4DSEA 1HQUA 1VRTA 1X9JA 1YXQA 3C94A 2JWKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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