1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
5EU7A 1F21A 2XY7A 1RT4A 1Y97A 1IKYA 1YT3A 1VSFA 4LH4A 1C1AA 1TL1A 2XY8A 3V1RA 5C25A 3U3YA 1S9EA 3S3OA 2PYLA 4E0DA 4EZ9A 4CJSA 3SI6A 1LW2A 3VQ9A 3PX6A 2R7YA 2QXFA 2GV9A 2XY5A 4QOZB 2GBZA 4JRPA 2FBVA 4O0JA 4E7LA 1J53A 2YV0X 1WSIA 4FJMA 1NK6A 1YTUA 4CK2A 4JLHA 3NF8A 5SZTA 3KLHA 4I2QA 3OYMA 3QERA 4KI6A 3K5NA 2OPQA 4CHQA 4CF8A 2ZE2A 3O4NA 2IGIA 2OPSA 3L2UA 3RMDA 2D0AA 1ASWA 3SPZA 4DFJA 1L3VA 3WNFA 1VRUA 4BE2A 4OKKA 3V4IA 2X6NA 1RNHA 3NGIA 4ZHRA 3DYAA 4BDYA 1NK5A 4M3UA 4B08A 4FJ5A 1HNVA 3LALA 4FJ9A 3G10A 3TABA 3DMJA 3ITHA 3KKRA 3QLHA 1IKWA 3THVA 2DFEA 1IKVA 3VQ4A 1JXBA 2DTUA 2O4GA 3LPTA 4CIFA 4E7HA 3AA4A 3AVBA 1BQMA 1K6YA 1S1VA 1I3AA 4OKJA 1YTAA 4CJKA 4Z4FA 1U49A 3AA5X 4CJPA 2YHAA 3HT3A 3QNNA 4O55A 4IDKA 1X9SA 1LW0A 2E6MA 4TSXA 4IG0A 3SCXA 1N5YA 1JL1A 5SWMA 3VA3A 5HRNA 2Y1JA 1QE1A 4PY5A 4CCHA 5JS2A 3A2FA 1BIUA 3RTVA 3F73A 3LAKA 4RW7A 4ELTA 1TGOA 5DK5A 1A5VA 4DTNA 3HP6A 2KW4A 4ZTFA 3EYZA 1J9AA 1SV5A 2BE2A 1RDBA 3O4QA 3K5OA 4PQUA 1CLQA 1CXUA 3PV8A 5HRRA 1ASUA 4Z4CA 1ZBIA 2B5JA 1HQUA 1NK0A 4Y1CA 4YFUA 3V1OA 3G0ZA 4K8XA 3PO4A 1KLNA 4B9LA 3SPYA 2G8IA 3SJJA 4OGEA 3OYKA 4M3WA 3FFIA 4FLYA 4GMJB 4DF8A 2WOMA 3TARA 3NBPA 1QHTA 3NGYA 3DRRA 1HRHA 1Z25A 3T3FA 3H08A 1D8YA 1HYZA 2XO7A 1U47A 1RBTA 4AHVA 2VG7A 3NH0A 3P1GA 4EP4A 4FW1A 3S3NA 4BE0A 4CF1A 3L2QA 2G8VA 3VQ7A 1UWBA 1T03A 3WNHA 2ETJA 4KHQA 4H4MA 1XI1A 4FJHA 2PYJA 2HNZA 4HCBA 4DTPA 1S1TA 3LZIA 3HM9A 2HVHA 4CJRA 4NCAA 4LSNA 4HCCA 1CZBA 1IH7A 1IO2A 3AO1A 5HBMA 2ZQBA 3OYEA 3LZJA 4N5SA 4M3RA 1G15A 3AO3A 3LP0A 3K2PA 2P1JA 1RTDA 3BDPA 3HPGA 5KGXA 2FBXA 3CFPA 3SQ4A 1TKDA 4CEBA 3PO5A 2P5OA 1DTQA 1RT1A 2HB5A 3SYZA 3NF7A 1GOBA 4B9SA 1J54A 3O3GA 2D5RA 3IS9A 4KB1A 3ZCMA 1C0MA 2HVIA 4AHCA 4E1MA 3AVLA 3ULDA 4L8RB 1N6QA 3PX0A 2X78A 3S9HA 3ZSOA 5J2NA 2KZZA 1U04A 4LH5A 3SV4A 3ASMA 1TK0A 4O4GA 4RW6A 3VQ8A 4FLUA 3VQEA 3V9SA 5J2MA 5KRSA 2QKKA 1U48A 4C8OA 4CJ3A 4DQPA 2VG6A 4B9VA 1KFSA 4K8ZA 1JL2A 3RR8A 4M41A 2OZMA 2LSNA 4F3TA 1LWFA 1RDAA 2YHBA 3AVHA 2XHBA 3LDSA 4FJ7A 1SL2A 4FCYA 4Z4EA 4F8RA 2D0CA 3HVRA 4FJKA 1TV6A 2D0BA 4JS4A 1D9DA 1B9FA 1KTQA 4CFDA 1SL0A 5FROA 4KO0A 1KRPA 1KVAA 1HMVA 3ZSZA 3SNNA 3OYLA 4CJLA 3CFOA 4Q0BA 3VQDA 4CIEA 3L2VA 2IAJA 1RT7A 2DFFA 4GW6A 4CEFA 1XWLA 4BWJA 3PUFA 3V1QA 4B8CA 4Q5VA 3VN5A 3KIOA 4DMNA 4CK1A 3O3HA 2YNHA 1HJRA 3LP1A 4CJQA 3SUNA 5KRTA 3TAPA 4DSKA 4KAZA 4H4OA 3SV3A 3M8PA 3AVAA 1WSGA 3CYMA 2RKIA 4B9UA 4B3OA 3E01A 4CGHA 3HJFA 3NGZA 1IKXA 2Z1IA 3TWHA 4BDPA 2VWJA 3QETA 1X9WA 3LANA 4DSEA 3SUOA 3HO1A 1JLGA 2YNIA 4M3YA 3ZSXA 4ELVA 2JLEA 4KI4A 3VQCA 2F8TA 2BANA 4W5TA 1RBRA 1TVRA 2DFHA 1BQNA 3AO5A 1T8EA 4I9QA 3UIQA 4CGGA 3OY9A 3EY1A 4CGIA 5HLFA 3DLGA 4GVMA 4R5PA 3OYAA 1TKTA 1XHZA 1C0TA 1HNIA 4DQQA 1QSSA 1RILA 2B6AA 3MEEA 4OGCA 3AVIA 3AO4A 1NOYA 3C6TA 3LAMA 5T7BA 3HK2A 1KVCA 3RWUA 1QS4A 4RW9A 4KV8A 5KGWA 4KHSA 5FRMA 4Z4IA 4CJTA 4RG8A 4C8LA 4CGJA 4KTQA 1GOAA 4FM2A 1EKEA 1SKWA 2PY5A 3OJUA 2P5GA 3T19A 2A1RA 4B9TA 3F9KA 4IG3A 1WSJA 3V81A 1LAWA 3EZ5A 4B8AB 4N47A 2BDPA 2HHVA 2ATQA 1Q9YA 3I0SA 3DLHA 3OYNA 4DSJA 5CZ1A 4CEEA 4RW4A 1J5OA 4DTMA 4FLWA 3T1AA 3WNEA 3KJVA 4KPYA 3HPHA 5CYMA 1RT6A 3OJSA 3ALYA 1HYVA 5DMRA 3QEVA 3JSMA 3CQ8A 3DOKA 3TAQA 4Z4GA 3PX4A 4HUGA 3QESA 3ISNC 4ELUA 3OYDA 2HHXA 2YNFA 3KD1E 4LY7A 1BCMA 3NE6A 2PZSA 4DS5A 2KTQA 3KLEA 4FXDA 4I9LA 4CGDA 2G8KA 1ITGA 1VRTA 4CE9A 4HHTA 1RBSA 4DTUA 4FZXC 4FZZA 1JLQA 3BGRA 3JYTA 3C94A 1R0AA 3M8QA 3QIPA 1KVBA 1NK8A 3MECA 1EX4A 1JXEA 1TKXA 1SKRA 3DLKA 2DY4A 4O5BA 3HL8A 1ASVA 2IDOA 5C24A 2FC0A 1SKSA 1L3SA 4DSLA 1S1WA 1NK7A 4FJ8A 4OJRA 4BACA 3AO2A 2P51A 3S3MA 3KKSA 1D5AA 1NKBA 4KRFA 5J1EA 2HW3A 3K58A 5CYQA 4CF9A 5HP1A 4CGFA 4DTOA 3V9ZA 4FK0A 4W5NA 1RTIA 4FLXA 5KI6A 4ID5A 1UA1A 3KTQA 2KFZA 3TAMA 2OYQA 3M8SA 1BI4A 4H8KA 3ZSWA 4E7KA 4E19A 4FVMA 1C1BA 2FBTA 1VSMA 5E41A 3K59A 4JS5A 1S1XA 2YKMA 4G1QA 3U6FA 3I8DA 5FDLA 1VSEA 1VSLA 3ZT4A 3OYCA 1RBVA 3KLGA 2Y1IA 4CHPA 1NJZA 3CG7A 2F8SA 3CM6A 2YNGA 1TKZA 3ZSQA 3SQ2A 1ZBLA 4HUFA 1VSKA 3I0RA 1RBUA 3ZT3A 1SUQA 1MU2A 3ZT0A 3WNGA 4CK3A 3OYFA 3VQAA 1IG9A 1X9MA 1RT5A 3MXMA 4C8KA 2KZMA 1NJWA 4PA1A 4IBNA 4KTZA 5CZ2A 3SUPA 4DS4A 1JLAA 1NK9A 3NCIA 1JLEA 3B6OA 3D0PA 1BIZA 3KLIA 4AH9A 4E1NA 3OS1A 4CEOA 3K57A 1LAVA 3QNOA 4NYNA 3AVJA 4FLZA 3NF9A 1I39A 1SL1A 1S1UA 3ZT1A 1HQEA 4B9NA 4QCLA 4DU1A 2G8WA 2Z1JA 3MXIA 3HPOA 3LP2A 4ICLA 1TL3A 4DU3A 1WAFA 1TAUA 2I5JA 1UOCA 5CY4A 1T05A 4CJVA 4CFBA 4EZ6A 1BL3A 4O0IA 4UQGA 3QEXA 4HTUA 4DLGA 1ZBUA 5KTQA 4FJIA 4W5QA 4BE1A 2OPPA 2VG5A 3CFRA 4AHSA 3TAFA 4KKOA 4AILC 4FJJA 4FJLA 5FRNA 3VQ5A 3KK1A 1FXXA 3HSTB 2G8HA 4OLAA 4FZYA 4DQRA 1FK9A 2ITGA 1REVA 4IFYA 4IFVA 1S6QA 3C95A 1B92A 4CJ4A 3OYJA 3K5LA 4BWMA 3L2WA 3HYFA 4KHWA 3MXJA 3U3GA 4ZTJA 4M3XA 1KCFA 1EETA 1QQCA 4O44A 1VSIA 1WSFA 1HPZA 3L3UA 4DSFA 4FK4A 4QAGA 4FJNA 1C1CA 3V6DA 3RMAA 3IG1A 4N41A 4CF2A 4FLVA 1RTHA 1QSLA 1QTMA 4YNQA 3P5JA 4OPKA 3NH2A 1O1WA 3OS0A 1ZBHA 4F4KA 4DTJA 1FKOA 4ID1A 3HXMA 3ZSYA 3VQPA 4CIGA 1RT3A 2KFNA 2Z1GA 3AA3A 1W9HA 4CJFA 1VSDA 4LD0A 4AHTA 1KLMA 5HROA 3V9WA 2RN2A 2G8UA 3DLEA 4FM1A 5I42A 1NOZA 4EP5A 1QSYA 2KQ2A 1XC9A 2OZSA 4HUEA 1YVUA 4F2SA 5D3GA 3KD5E 1UA0A 1L5UA 4CHZA 1CXQA 1LWCA 3IRXA 1DTTA 1RTJA 1KFDA 1D9FA 2G8FA 4E89A 2NUBA 1Q8IA 3AVGA 4CEZA 2HHUA 4F2RA 3LWMA 4PUOA 4N76A 4FW2A 3VA0A 3AVKA 1DLOA 1RT2A 5JS1A 4RW8A 1B9DA 3V9UA 4DWIA 3SQ1A 3V9XA 2VWKA 4E7JA 1U45A 4NYFA 3AA2A 3MEGA 2QKBA 2Q3SA 1BGXT 4DFPA 4M42A 4WE1A 3HVTA 1CZ9A 1Z26A 2B4JA 3NFAA 1BCOA 3DOLA 4PWDA 4FM0A 1C0UA 4AHUA 3RMBA 1W0HA 4FK2A 2AJQA 4MQ3A 1LWEA 4OKEA 3NH1A 2QK9A 2ZD1A 3MAQA 1C6VA 2HNYA 2EHGA 4DTXA 3M8RA 3OYIA 4DLEA 4KHYA 3ZSVA 1JLBA 1S9GA 1T7PA 1TAQA 3DI6A 4DF4A 1JKHA 3KK3A 4NCBA 3MEDA 4CJUA 2FBYA 4J2AA 1L3UA 3VQ6A 4FYDA 3NHGA 3SZ2A 1WLJA 4CERA 4OLBA 4DQIA 5HRPA 2IS3A 3QEPA 3TI0A 2HHWA 3ZSRA 1ZBFA 3LP3A 1XHXA 4CEDA 3D45A 4CJWA 3LWLA 4KHUA 4W5OA 1NKEA 3C6UA 4DG1A 2F96A 4DQSA 3QO9A 1BI4B 1RCHA 3L3VA 3KLFA 2E4LA 2WONA 4I7FA 4DFKA 4KHNA 4Z4HA 2GUIA 2X74A 4JRQA 4FJXA 3DLBA 1WNSA 4I2PA 4M3ZA 4MFBA 2IC3A 3QINA 1UAXA 5HRSA 1NJYA 4DSIA 1X1PA 4DU4A 1NK4A 5J2QA 2X6SA 4DTRA 2OA8A 1JLCA 3DLRA 1EXQA 1VK0A 3VQQA 1VSHA 3AVMA 2O4IA 1WN7A 4CEAA 1BHLA 2RPIA 3KK2A 3QEIA 4W5RA 1A5XA 3OVNA 4XIUA 3L2RA 3RR7A 3SUQA 5I3UA 4FJGA 2XRIA 3CM5A 4C8MA 4CFCA 3OYBA 3PY8A 4F3OA 1NKCA 1TK8A 3K5MA 4KB0A 3AV9A 4OPJA 1JLFA 4CECA 2XY6A 4KTWA 4LSLA 4M3TA 2EX3A 1S6PA 3NF6A 2HHQA 2HMIA 2RF2A 2BGGA 2E6LA 4E7IA 4IKFA 2OPRA 3QEWA 3DM2A 2HHTA 3RRHA 3QIOA 2W42A 3TANA 4C8NA 3OYGA 4Y1DA 4BDZA 3TAGA 4CEQA 1Q9XA 4KREA 2JGUA 3AVCA 4CJEA 4J2BA 4J2EA 1TK5A 3RRGA 4FLTA 5J2PA 4DFMA 2Z1HA 4HVJA 3AVFA 4CF0A 4CJ5A 2HNDA 1GOCA 2IOCA 1NJXA 1BISA 3VQBA 1KSPA 3O3FA 1WAJA 1RDCA 3OS2A 1L3TA 4DTSA 3AVNA 3LPUA 5K14A 1LV5A 3B6PA 4CHOA 1S5JA 3DRSA 1WSHA 4CFAA 1FKPA 4CHNA 3TAEA 5C42A 4M45A 3P83D 3NDKA 1VSJA 4KFBA 3IAYA 1A5WA 2HHSA 1ZYQA 1RDDA 3TR8A 3L8BA 1HYSA 4OVLA 4CHYA 3RMCA 1U4BA 3ZT2A 4CESA 4NCGA 3OYHA 2A1SA 3DRPA 3SQ0A 1EP4A 2YKNA 4J2DA 3HP9A 4Z0UA 4N56A 4E3SA 1WSEA 3NAEA 4AHRA 4B9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY7A 4PDKA 5D5UB 4H0TB 3CXCM 1YTUA 1W7PD 1LQ1A 4CK2A 2CH6A 4I2QA 4AQYK 1X3UA 1EH7A 2IGIA 5H20A 4B44A 2OPSA 1QQNA 4RGSA 3IH4A 2XRLA 1I94K 3TSPA 4LFAK 1HNVA 2KLOA 4AM7A 1TWFJ 1D8JA 2GLOA 4G6DA 2P81A 3L0QA 4KBOA 1S1VA 3CF2A 5HNHA 1Z7LA 4DR6K 3CP8A 2O3FA 5SWMA 3WODF 5HRNA 3TMOA 1DKGD 3F73A 4FASD 4L18B 1GV5A 3H45C 3E0JB 3VEZA 5K5OA 2VYPA 1X3WB 2VG7A 1XGNA 1YW9A 1ZR4A 1X3ZB 3RZDJ 2G8VA 3WNHA 2F2EA 2ETJA 2XAHA 3RPQA 3LZIA 4CJRA 4NCAA 3LSJA 4YDUC 3DKWA 3CF5F 3AO3A 3CC2I 5KCMA 1YJ9N 3BDPA 3HPGA 1B72A 3SQ4A 2HBMA 1DTQA 1VQ6I 4HX8A 4P9UA 2EH3A 4NLCA 4Y0WA 3ZXSA 3MZYA 4O4GA 3VQ8A 4XH4A 3QRFF 1B1BA 1TYQB 4I6MA 4BXUA 1Z3YA 4YFXF 2MBFA 3E1SA 3MKZA 1RR7A 1KTQA 4IPAA 1Z7UA 3H3OB 4Y3OA 3T69A 2M0MA 4DBQA 4FWKA 1HKSA 3NRVA 2JA8J 4KIGA 3CTAA 3MVPA 2K9LA 3LA7A 1D5YA 2ZJPF 2VWJA 4DSEA 4ELVA 2HHHK 3FZLA 4I9QA 3FXMA 1Z21A 4PZJA 3S93A 2KDZA 3C6TA 5E1XA 3RWUA 5FRMA 3E7LA 3ULEA 1YX5A 4CYCA 3J7YP 2P5GA 4AD9A 4IG3A 1WSJA 3HSFA 1BG3A 2CQQA 3JCUC 3S14J 3J7AY 3QESA 2CH5A 1P6RA 2EZIA 3TL4X 4YIRX 4MO5A 5C24A 1HJOA 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 2E6L A;  4E7I A;  4IKF A;  2OPR A;  3QEW A;  3DM2 A;  2HHT A;  3RRH A;  3QIO A;  2W42 A;  3TAN A;  4C8N A;  3OYG A;  4Y1D A;  4BDZ A;  3TAG A;  4CEQ A;  1Q9X A;  4KRE A;  2JGU A;  3AVC A;  4CJE A;  4J2B A;  4J2E A;  1TK5 A;  3RRG A;  4FLT A;  5J2P A;  4DFM A;  2Z1H A;  4HVJ A;  3AVF A;  4CF0 A;  4CJ5 A;  2HND A;  1GOC A;  2IOC A;  1NJX A;  1BIS A;  3VQB A;  1KSP A;  3O3F A;  1WAJ A;  1RDC A;  3OS2 A;  1L3T A;  4DTS A;  3AVN A;  3LPU A;  5K14 A;  1LV5 A;  3B6P A;  4CHO A;  1S5J A;  3DRS A;  1WSH A;  4CFA A;  1FKP A;  4CHN A;  3TAE A;  5C42 A;  4M45 A;  3P83 D;  3NDK A;  1VSJ A;  4KFB A;  3IAY A;  1A5W A;  2HHS A;  1ZYQ A;  1RDD A;  3TR8 A;  3L8B A;  1HYS A;  4OVL A;  4CHY A;  3RMC A;  1U4B A;  3ZT2 A;  4CES A;  4NCG A;  3OYH A;  2A1S A;  3DRP A;  3SQ0 A;  1EP4 A;  2YKN A;  4J2D A;  3HP9 A;  4Z0U A;  4N56 A;  4E3S A;  1WSE A;  3NAE A;  4AHR A;  4B9M A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XY7 A;  4PDK A;  5D5U B;  4H0T B;  3CXC M;  1YTU A;  1W7P D;  1LQ1 A;  4CK2 A;  2CH6 A;  4I2Q A;  4AQY K;  1X3U A;  1EH7 A;  2IGI A;  5H20 A;  4B44 A;  2OPS A;  1QQN A;  4RGS A;  3IH4 A;  2XRL A;  1I94 K;  3TSP A;  4LFA K;  1HNV A;  2KLO A;  4AM7 A;  1TWF J;  1D8J A;  2GLO A;  4G6D A;  2P81 A;  3L0Q A;  4KBO A;  1S1V A;  3CF2 A;  5HNH A;  1Z7L A;  4DR6 K;  3CP8 A;  2O3F A;  5SWM A;  3WOD F;  5HRN A;  3TMO A;  1DKG D;  3F73 A;  4FAS D;  4L18 B;  1GV5 A;  3H45 C;  3E0J B;  3VEZ A;  5K5O A;  2VYP A;  1X3W B;  2VG7 A;  1XGN A;  1YW9 A;  1ZR4 A;  1X3Z B;  3RZD J;  2G8V A;  3WNH A;  2F2E A;  2ETJ A;  2XAH A;  3RPQ A;  3LZI A;  4CJR A;  4NCA A;  3LSJ A;  4YDU C;  3DKW A;  3CF5 F;  3AO3 A;  3CC2 I;  5KCM A;  1YJ9 N;  3BDP A;  3HPG A;  1B72 A;  3SQ4 A;  2HBM A;  1DTQ A;  1VQ6 I;  4HX8 A;  4P9U A;  2EH3 A;  4NLC A;  4Y0W A;  3ZXS A;  3MZY A;  4O4G A;  3VQ8 A;  4XH4 A;  3QRF F;  1B1B A;  1TYQ B;  4I6M A;  4BXU A;  1Z3Y A;  4YFX F;  2MBF A;  3E1S A;  3MKZ A;  1RR7 A;  1KTQ A;  4IPA A;  1Z7U A;  3H3O B; 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