The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
GSSGSSGKVFRALYTFEPRTPDELYFEEGDIIYITDMSDTNWWKGTSKGRTGLIPSNYVAEQSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Osteoclast stimulating factor 1
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| publication title |
Solution Structure of the SH3 Domain of Human osteoclast stimulating factor 1 (OSTF1)
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
6
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| structure length |
68
|
| sequence length |
68
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C0I A; 3TSZ A; 1B3Q A; 2BZX A; 2SEM A; 2O31 A; 4OMQ A; 1X43 A; 1WXB A; 4DEX A; 4J9C A; 3GBQ A; 4IIO A; 4J9E A; 4K11 A; 2PTK A; 1YN8 A; 2C0T A; 1K0X A; 3CQT A; 3VS2 A; 2NWM A; 1OPL A; 1ZUK A; 2RQU A; 4AFS C; 1WFW A; 2ROT A; 5IHN A; 2EGE A; 1A0N B; 2MCN A; 1NYG A; 1Y57 A; 2JS0 A; 5IHK A; 2CT4 A; 2KE9 A; 1PRM C; 3UAT A; 1UJ0 A; 2RQT A; 5EC7 A; 2V1Q A; 4Y92 A; 3I5S A; 4WCI A; 4CC4 B; 4AG2 C; 2KT8 A; 2D1X A; 3ULR B; 2EYY A; 1XOV A; 1E7O A; 2EW3 A; 1KFZ A; 1WX6 A; 2LX7 A; 1MUZ A; 1U3O A; 2OJ2 A; 2SRC A; 2I0N A; 3VRZ A; 1UEC A; 1S1N A; 1X6B A; 4RTY A; 4CC2 A; 2JM9 A; 3REB B; 4RTT A; 4AG1 C; 1PRL C; 3M0P A; 4LN2 A; 2VKN A; 1N5Z A; 1BB9 A; 2ENM A; 3R6N A; 1QCF A; 1B07 A; 1OPK A; 2RNA A; 4ZNX A; 3ZL7 C; 2DL8 A; 3VS6 A; 2LZ6 B; 1NEB A; 2O2O A; 5ECA A; 2CSQ A; 3EG2 A; 2LMJ A; 1JXM A; 4GBQ A; 4J9G A; 1W1F A; 1AD5 A; 1T3L A; 1GBR A; 1K76 A; 1E6G A; 2K3B A; 3EG3 A; 1G83 A; 2EPD A; 1ZUU A; 2DL3 A; 3RBB B; 2LP5 A; 2LJ1 A; 2LQW A; 1AWJ A; 1M3A A; 1M3B A; 2K6D A; 1ABQ A; 4GLM A; 2GGR A; 1GCQ C; 1M30 A; 2B86 A; 3KFV A; 1QWF A; 1RLP C; 1U5S A; 1M27 C; 5FWC A; 1H3H A; 2KRO A; 3NMZ C; 1YCS B; 4RTX A; 1UDL A; 1M3C A; 5L23 A; 2NUZ A; 4ORZ A; 2O9S A; 3VS1 A; 1X2Q A; 3TVT A; 1WDX A; 1SSH A; 1FMK A; 3VS7 A; 4X1V A; 2J6K A; 2DYB A; 1TUD A; 2AZV A; 1GL5 A; 2KRM A; 2QDL A; 1FYN A; 3EHR A; 4AFQ C; 4ESR A; 3JV3 A; 4HVU A; 3RNJ A; 4DEY A; 4LNP A; 2FO0 A; 1W6X A; 1RLQ C; 1YWP A; 4KRT A; 2JS2 A; 2HBW A; 4OMO A; 2A37 A; 3IQL A; 3VRY A; 2DMO A; 1W70 A; 2K9G A; 3QWY A; 3C0C A; 2CUD A; 4HVW A; 2GTO A; 2EYX A; 2F2W A; 4LE9 A; 4OMP A; 2V1R A; 2DIL A; 2AKK A; 1RI9 A; 1NEG A; 1VA7 A; 5GJW B; 1WLP B; 1TG0 A; 1K9A A; 5HCK A; 1QKW A; 5IH2 A; 2KXC A; 4OMM A; 1HJD A; 2W10 A; 1UJY A; 1OEB A; 1NLO C; 1I1J A; 1HSQ A; 1JEG A; 2J05 A; 2KEA A; 1X27 A; 1X6G A; 1QKX A; 4FSS A; 2J6F A; 4OML A; 2RQW A; 1HD3 A; 3M0T A; 2A28 A; 1BU1 A; 3UA7 A; 1ZUY A; 2DL7 A; 1SHG A; 1UG1 A; 2H8H A; 2YT6 A; 1UHF A; 3VS5 A; 4A63 B; 4HVV A; 1H92 A; 2JT4 A; 2BZY A; 2M0Y A; 2D0N A; 2J06 A; 1OOT A; 1VYT A; 1K4U S; 2AZS A; 4JZ4 A; 2YUP A; 2DE0 X; 2RQV A; 5FW9 A; 3H41 A; 1CKA A; 1SPK A; 2DBK A; 2LJ3 A; 2DJQ A; 3M0Q A; 2RMO A; 2DVJ A; 1TUC A; 2FG0 A; 1G2B A; 1GFC A; 1WXT A; 4J9B A; 4JZ3 A; 2DRM A; 2RPN A; 2O88 A; 2DX1 A; 2EBP A; 1SHF A; 2LNH B; 2YSQ A; 1SEM A; 2ECZ A; 1UTI A; 2DBM A; 4Z8A A; 5FWB A; 1WI7 A; 2BZ8 A; 3I5R A; 2DLP A; 1LCK A; 2ED1 A; 1ZBJ A; 2KBT A; 2MOX A; 2FPD A; 1VYV A; 2EGA A; 2GQI A; 1PNJ A; 1E6H A; 2DM1 A; 2K7A A; 4LUD A; 1GCQ A; 4OMN A; 1V1C A; 1ZX6 A; 1Z9Q A; 1T3S A; 1Z9Z A; 3VS4 A; 1NYF A; 2MIO A; 2YUO A; 2ESW A; 5I22 A; 3M0U A; 1MV3 A; 2LJ0 A; 1KJW A; 3H0H A; 3NHN A; 1U06 A; 1UE9 A; 2RQR A; 1EFN A; 4AFU C; 1BBZ A; 2KYB A; 2C0O A; 2G6F X; 2GBQ A; 3SHW A; 3PVQ A; 1PKS A; 4QT7 A; 4JJB A; 2KYM A; 2P4R A; 4D8D A; 2L3S A; 1QWE A; 4D8K A; 2HEQ A; 2GTJ A; 2CH4 W; 2KGT A; 2CDT A; 2YDL A; 1T0J A; 4AFZ C; 2ED0 A; 1BK2 A; 2EGC A; 1H8K A; 1GRI A; 2E5K A; 3UA6 A; 2EKH A; 3A98 A; 2F2X A; 2KT1 A; 4E6R A; 1T0H A; 2FRY A; 2LQN A; 3REA B; 2AKL A; 2HCK A; 3PVL A; 4J9I A; 1NLP C; 2EYZ A; 3EG0 A; 4F16 A; 2JMC A; 2RN8 A; 2DL5 A; 1OV3 A; 3THK A; 1YWO A; 2DF6 A; 2KNB B; 2CSI A; 4R0K A; 1YNZ A; 4CC7 A; 2EQI A; 1VYU A; 2CH4 A; 2EVR A; 3M0R A; 2D8H A; 2FPE A; 1ZSG A; 4IIM A; 1QLY A; 1ARK A; 2F2V A; 1AOJ A; 1ZLM A; 1RUW A; 1I07 A; 1SRL A; 1JXO A; 1KIK A; 3O5Z A; 1M8M A; 1SRM A; 1WIE A; 2AK5 A; 2VVK A; 2A08 A; 4JJD A; 1IO6 A; 3VS3 A; 2FRW A; 3EG1 A; 4Z89 A; 1K0S A; 2YUQ A; 3QWX X; 1AWW A; 2KRN A; 2J7I A; 2OI3 A; 4J9H A; 2HDA A; 1AWX A; 1PHT A; 2K2M A; 3NPF A; 1J3T A; 2L3Q A; 2CRE A; 2DA9 A; 5IXF A; 1JO8 A; 3UF4 A; 4Z88 A; 1AVZ C; 1Y0M A; 2L3P A; 2M51 A; 3LH5 A; 3M0S A; 2BTT A; 1AEY A; 2PNI A; 4F14 A; 1AZE A; 2K79 A; 1GFD A; 2A36 A; 1MV0 B; 2PZ1 A; 4LUE A; 2ROL A; 3TSW A; 4RTU A; 2GNC A; 2J6O A; 1X69 A; 3I9Q A; 4EIK A; 1GCP A; 3FJ5 A; 4J9F A; 2X3X D; 1WYX A; 2IIM A; 5IXB A; 1UGV A; 1WA7 A; 3PE0 A; 1X2K A; 2O9V A; 4RUG A; 1ABO A; 2JM8 A; 2HSP A; 1AWO A; 3EGU A; 1JQQ A; 2D8J A; 4RTV A; 2L2P A; 1GBQ A; 2CUB A; 2FPF A; 5IHI A; 1CSK A; 2RF0 A; 2YUN A; 1YP5 A; 1KSW A; 2VWF A; 2CT3 A; 1UHC A; 3NGP A; 2DNU A; 2FEI A; 3U23 A; 1I0C A; 1CKB A; 2OAW A; 2JMA A; 3VS0 A; 1PKT A; 1K1Z A; 4M4Z A; 1NG2 A; 5I11 A; 3SEM A; 2JXB A; 2JTE A; 3H0I A; 1WXU A; 2DRK A; 2X3W D; 2EYW A; 4RTW A; 2L0A A; 2JW4 A; 2W0Z A; 4RTZ A; 2LCS A; 1PWT A; 1NM7 A; 3H0F A; 3I35 A; 2XMF A; 2KRS A; 4CC3 A; 4J9D A; 1AZG B; 1JU5 C; 4F17 A; 2ABL A; 2KR3 A; 1UUE A; 1UFF A; 5GJV B; 2DL4 A; 3EHQ A; 4JJC A; 4JPB W; 4HXJ A; 4HCK A; 2KXD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C0I A; 3GF5 A; 4FCY A; 1WHM A; 1WXB A; 3BE3 A; 4DEX A; 4J9C A; 4IIO A; 5EG2 A; 1PD0 A; 5D6X A; 2PTK A; 3JCM e; 2G3R A; 4EPC A; 1HK9 A; 1K0X A; 3JCM X; 3VS2 A; 1OPL A; 1WFW A; 3BW1 A; 3G7Z A; 5IHN A; 5CQY A; 3HRT A; 1NYG A; 4FM4 B; 1NE8 A; 2CT4 A; 2ZCF B; 3KXT A; 5DM7 R; 3OYA A; 4HKE A; 5GMK i; 1BIA A; 5EC7 A; 3OQ5 A; 5GAN 2; 4R56 A; 5GAN h; 1QP3 A; 4WCI A; 2JN0 A; 4M77 D; 2D1X A; 2A0F B; 2E3I A; 2P0K A; 4M7D A; 1KFZ A; 3CCQ T; 3A1P A; 2CP2 A; 2HKQ B; 5HK0 A; 3M58 A; 4FW1 A; 3CCM T; 1FXX A; 5CO7 A; 2SRC A; 2I0N A; 3NTK A; 3VRZ A; 3ASK A; 1Q86 U; 1S1N A; 1FMV A; 4RG2 A; 3SDZ A; 1BI1 A; 4AG1 C; 1YIT Q; 1U1S A; 1PRL C; 1YIJ T; 2KMT A; 1N5Z A; 1KQS P; 4GLK A; 3V7R A; 4ZTF A; 1YJN A; 3HKS A; 2RNA A; 3I55 T; 4XK8 E; 2DL8 A; 4M7A D; 3CCJ T; 4XU2 A; 2O2O A; 4QQ6 A; 5FU6 C; 2DEU A; 5IN1 A; 4XTX A; 5I2M A; 5J39 A; 2MYS A; 4C92 B; 1JB0 E; 1VIF A; 3M54 A; 4C92 F; 2DXC A; 1GBR A; 2K3B A; 2MWP A; 1G83 A; 4C0D B; 5CR2 A; 3QDR B; 3RBB B; 2LQW A; 3H6Z A; 1JBM A; 2D0Q B; 1ABQ A; 5KYU B; 5GAN 8; 3X24 B; 3KFV A; 1QWF A; 2R5M A; 3CPW S; 1VQ9 T; 1U5S A; 5FWC A; 3AHU A; 4PJJ A; 2DZC A; 3MEW A; 2X35 A; 2M16 A; 3NMZ C; 1VQ7 A; 1VQL T; 4KUI A; 1UDL A; 2BE7 D; 1M3C A; 3R6O A; 1WJR A; 2PVG B; 2WSF E; 1M1F A; 3CCL T; 1VQO T; 2NUT A; 4B6M A; 1FMK A; 1QCO A; 2JZ2 A; 3L2R A; 5CKF A; 2EAY A; 2M9U A; 2DYB A; 2QDL A; 4ESR A; 3JV3 A; 3JB9 D; 1W6X A; 2VUB A; 3RKX A; 5J26 A; 3OYL A; 1WHL A; 2ZPH B; 1YJW A; 3CCV T; 4M75 E; 4IUV A; 1M1K C; 2Y4Y A; 4YTL A; 4E7Z A; 2F5K A; 3E9F A; 2NYS A; 4DOV A; 1KC8 R; 4C5I A; 2DIL A; 2AKK A; 1NEG A; 3MKD A; 2RB6 A; 4MDX A; 4A4E A; 4A53 A; 4VUB A; 1UJY A; 1K9M C; 2J05 A; 1YJN Q; 4LXC A; 2KEA A; 3L1A A; 4JRP A; 4FSS A; 2EJG A; 4OML A; 3DLM A; 3QYG B; 9ATC B; 5LJ5 j; 1KQ2 A; 2HAX A; 3UA7 A; 2QDY B; 1K8A U; 1UG1 A; 2H8H A; 2LRQ A; 3MHX A; 1UHF A; 4Z02 A; 3G6E T; 3VS5 A; 2OTL A; 4M77 C; 2BZY A; 1Q82 U; 1QVF A; 1NPR A; 3CXC A; 4ATO A; 4RG8 A; 3QSU A; 2DE0 X; 2RQV A; 5FW9 A; 1VQP A; 5HK3 A; 3CME T; 1SPK A; 1ZSZ A; 1VQ6 A; 1IXD A; 1VQ7 Q; 5J3B A; 4JLI A; 1WXT A; 3EGX B; 4M7A C; 4M7D G; 1Q7Y R; 2RPN A; 3OY9 A; 4FIB A; 4PJN A; 4M78 D; 3JB9 J; 1U1T A; 4FT2 A; 2QGG A; 1ZA1 B; 3RER A; 4IUQ A; 1LCK A; 1VUB A; 1R77 A; 3ZBD A; 1YJW Q; 1R8O B; 5GAN 3; 1WGS A; 4BUG A; 2DM1 A; 4LUD A; 3OMG A; 1NJI R; 4E7I A; 1V1C A; 4WTO B; 2BKD N; 1Z9Q A; 3VS4 A; 1OYX A; 2RJF A; 2YUO A; 4N4H A; 3EGD A; 2KSS A; 3LLR A; 3OYB A; 2KYB A; 2RHY A; 4LD9 K; 4HA8 A; 2GBQ A; 1IGQ A; 2EIF A; 2GCX A; 2QK0 A; 4FT4 A; 2WSC E; 2HEQ A; 2CP3 A; 3FDR A; 2KGT A; 1QCN A; 2ED0 A; 1N27 A; 3SD4 A; 3HRU A; 4Y28 E; 5FRN A; 2XD0 A; 4L6V 5; 2OTL Q; 3CBM A; 2KT1 A; 4M75 B; 4C8Q A; 3SFM A; 5IT9 E; 4M75 F; 1T0H A; 3KUF A; 4EDU A; 1KQS A; 2XKO C; 2DTH A; 2YHT A; 2K5L A; 2DL5 A; 1OV3 A; 2LCC A; 2OTJ A; 3CPW P; 1P92 A; 3H8Z A; 2CSI A; 1VQP Q; 3OW2 S; 1D1C A; 3MEV A; 1D3B A; 2CH4 A; 5GAM j; 4QQG A; 1QLY A; 3E2U A; 2F1L A; 3L2W A; 1VQ5 T; 2EJ9 A; 3LGL A; 3JCM f; 1H3Z A; 3TQ7 P; 2QQB A; 3L42 A; 2JTF A; 1JXO A; 3O5Z A; 3VS3 A; 2A08 A; 2RI3 A; 2C06 A; 3QWX X; 1AWW A; 2KRN A; 3J80 E; 2E1H A; 2K2M A; 1J3T A; 1PHT A; 4J6W A; 5A2Q E; 1S72 A; 2KI7 A; 2IVW A; 4DA4 A; 2CRE A; 5GAN d; 4BAC A; 1VQK A; 4Z88 A; 3EFS A; 1Y0M A; 3M0S A; 2M51 A; 4A54 A; 2KK4 A; 1OU8 A; 2HBP A; 4F14 A; 2Z0W A; 1WPY A; 1GFD A; 2A36 A; 1RAC B; 1MV0 B; 2FHD A; 2PZ1 A; 4HCB A; 3ER0 A; 1RAG B; 1YI2 A; 2J6O A; 5IXB A; 1VOM A; 5GAN e; 1WA7 A; 1UB4 A; 3MO8 A; 3FLG A; 2V8J A; 2E4H A; 2QEX T; 1AWO A; 3EGU A; 1JQQ A; 3CPF A; 2E12 A; 3VYH B; 3L2Z A; 2LT4 A; 3DB4 A; 1N8R U; 3CCU A; 4P5N A; 2EQM A; 1YP5 A; 4OF1 A; 2VWF A; 1UHC A; 5C6S A; 3U23 A; 1I0C A; 1HYO A; 4M78 A; 5C0M A; 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1YJN T; 2NUP B; 4N4I A; 2F5T X; 4GLM A; 2MMP A; 3QBY A; 1FWZ A; 1M30 A; 1OZ3 A; 2B86 A; 3CD6 T; 3EFR A; 4ELZ C; 1M27 C; 2FZG B; 1VQN Q; 2O4X A; 3OS1 A; 3CCR A; 3CPW A; 2XI9 A; 1OX8 A; 3OBW A; 1KD1 C; 1LVK A; 5L23 A; 1W2B S; 4OGC A; 2O9S A; 3MEA A; 3MP1 A; 3TVT A; 1SSH A; 3PGG A; 1BCM A; 1IRX A; 4X1V A; 4PJO B; 4PJO F; 1TUD A; 2AZV A; 3VYG A; 4BB7 A; 1GL5 A; 2JVV A; 4HVU A; 4ANJ A; 2FO0 A; 1VQ7 T; 1R0C B; 4M78 G; 5FRO A; 3IQL A; 4II1 A; 3CC2 Q; 2DMO A; 1IB8 A; 3QWY A; 1MGQ A; 2CUD A; 3FIF A; 1BI2 A; 3F70 A; 2DXU A; 4J5Y A; 2EYX A; 1MMD A; 2D9T A; 4OMP A; 2V1R A; 3BY7 A; 5GJW B; 3PFS A; 3LWH A; 1QKW A; 1N9S A; 3G4S Q; 2KXC A; 4XTU A; 3QO3 A; 4M7D B; 2ZGW A; 1JEG A; 1X27 A; 3X25 B; 4BE0 A; 5CAI A; 4PNO A; 1YJW T; 2F69 A; 4JUV A; 3A5Z B; 4FYW B; 2J6F A; 2RQW A; 1RAF B; 1M5Q 1; 2XDD A; 3JB9 H; 2DL7 A; 4J7I A; 4DBF A; 1SHG A; 3CMA A; 2PVO B; 1Q86 C; 2YT6 A; 3M9Q A; 3O8V A; 1VQ8 A; 2VC8 A; 1FX7 A; 4A63 B; 2M1H A; 3NTI A; 2JT4 A; 2DYI A; 2QTX A; 2K3X A; 3PTA A; 5GAO p; 2AZS A; 3FRN A; 4OGE A; 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