The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
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| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
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| structure length |
79
|
| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AKK A; 5HCK A; 1OV3 A; 2KXC A; 1YWP A; 2DMO A; 2RNA A; 2HEQ A; 1B3Q A; 2KYB A; 2YT6 A; 1WXB A; 4OML A; 1SHG A; 3KFV A; 2KRS A; 3EHR A; 2DL8 A; 1T0H A; 4EIK A; 2IIM A; 1G2B A; 2EVR A; 4J9H A; 1ZX6 A; 2HBW A; 4RTW A; 4AFS C; 4GLM A; 1PKS A; 2CT3 A; 2JS0 A; 1VYT A; 1GFC A; 1WYX A; 4J9C A; 1UHC A; 1OOT A; 1YWO A; 4WCI A; 1OPK A; 2A28 A; 1KIK A; 1WX6 A; 2BZX A; 4J9B A; 3UAT A; 2DNU A; 2KNB B; 2YUQ A; 3NPF A; 2ABL A; 4DEY A; 1U5S A; 2RQW A; 5I22 A; 4CC7 A; 2AK5 A; 1CKA A; 2SEM A; 2FRY A; 1HJD A; 3VS4 A; 1U3O A; 3I9Q A; 1Y57 A; 2NWM A; 1VA7 A; 1UUE A; 2K79 A; 2AKL A; 1E6H A; 2RMO A; 1X6G A; 2KE9 A; 2LQW A; 1MUZ A; 3UA7 A; 3R6N A; 1K1Z A; 2FPD A; 2OAW A; 2O88 A; 2DM1 A; 4Z8A A; 1BK2 A; 2W0Z A; 2ROT A; 1RI9 A; 2LZ6 B; 1S1N A; 1AWX A; 1ZSG A; 2KRM A; 4KRT A; 2LX7 A; 2FO0 A; 4AFZ C; 1X2K A; 2K7A A; 3PE0 A; 1SPK A; 1TG0 A; 2ENM A; 3PVQ A; 3IQL A; 2CUB A; 2KT1 A; 4QT7 A; 2YUP A; 1X69 A; 2G6F X; 2EPD A; 2DA9 A; 4HVW A; 2X3X D; 4AFQ C; 1K0S A; 4JJB A; 2XMF A; 2DL4 A; 2O9S A; 1JO8 A; 1SRL A; 2JM8 A; 1SSH A; 2PTK A; 5IH2 A; 3FJ5 A; 4CC3 A; 4Z89 A; 1NEG A; 2I0N A; 2MOX A; 3VS2 A; 2L3P A; 3I5R A; 1H92 A; 2NUZ A; 1PRM C; 1UHF A; 1T3S A; 1M27 C; 1LCK A; 1SEM A; 4RTX A; 3REB B; 2HDA A; 1V1C A; 1AWJ A; 2F2X A; 4LUD A; 1GCP A; 1FMK A; 2CSI A; 2LJ3 A; 5GJW B; 4Y92 A; 2KRN A; 3M0T A; 1WA7 A; 1EFN A; 2DBM A; 2DIL A; 1NLP C; 2FRW A; 1M30 A; 2DL3 A; 5IHK A; 2J6O A; 1NYF A; 4HVV A; 2JMC A; 1PKT A; 5FWB A; 2M0Y A; 4OMQ A; 1WDX A; 2VKN A; 2DRM A; 2PNI A; 1T0J A; 2DRK A; 2J6K A; 1SHF A; 2FG0 A; 3A98 A; 1UG1 A; 2O9V A; 4LUE A; 2YSQ A; 2V1R A; 1RUW A; 2JXB A; 2L3Q A; 4JJD A; 1I07 A; 3H41 A; 2EQI A; 1VYU A; 1PWT A; 1BU1 A; 2EGA A; 3EGU A; 1QKW A; 3I35 A; 2J06 A; 1UJY A; 2DLP A; 2A08 A; 1AWO A; 2BTT A; 3EG1 A; 1AD5 A; 5GJV B; 1AZE A; 4RTV A; 3REA B; 1AOJ A; 3M0U A; 1YCS B; 2CUD A; 2EGC A; 2CRE A; 4FSS A; 1E7O A; 1W6X A; 4HVU A; 2DL7 A; 1Z9Z A; 2JT4 A; 4CC4 B; 2F2W A; 5IHN A; 5FWC A; 2BZ8 A; 2KXD A; 1X27 A; 2D1X A; 1UTI A; 1MV3 A; 1WLP B; 3M0R A; 5L23 A; 1GFD A; 2JW4 A; 2EBP A; 1UFF A; 4J9I A; 4OMO A; 2ESW A; 1JQQ A; 1KSW A; 2C0T A; 4M4Z A; 2AZS A; 1GRI A; 2GGR A; 4RTU A; 4K11 A; 1ZUU A; 1PNJ A; 1YNZ A; 2FEI A; 2RN8 A; 1ABO A; 1QKX A; 2DJQ A; 3VS7 A; 1ZLM A; 2O31 A; 2EYY A; 1ABQ A; 1ZUY A; 4JZ4 A; 3TSZ A; 1QCF A; 1ARK A; 4J9G A; 1KFZ A; 1M8M A; 2DBK A; 1H3H A; 4OMN A; 3UF4 A; 3EG3 A; 2RQU A; 1NYG A; 3ULR B; 2KBT A; 4D8K A; 2JTE A; 4RTY A; 2D0N A; 1X6B A; 2J7I A; 1GCQ A; 1AZG B; 1GBR A; 2MCN A; 1X43 A; 2PZ1 A; 2J05 A; 1HD3 A; 1WFW A; 1QLY A; 1K9A A; 4LN2 A; 2O2O A; 2RPN A; 2GQI A; 4J9D A; 4LE9 A; 4AG2 C; 1NM7 A; 5IXB A; 2K9G A; 2OJ2 A; 2X3W D; 2SRC A; 1W1F A; 2LP5 A; 3EHQ A; 1TUD A; 4IIO A; 2B86 A; 2VWF A; 2V1Q A; 3QWX X; 2KRO A; 4JJC A; 1FYN A; 2OI3 A; 4RTZ A; 2ED1 A; 2CDT A; 4CC2 A; 1TUC A; 1WXU A; 2EKH A; 4OMM A; 3H0I A; 1CSK A; 1VYV A; 5EC7 A; 2E5K A; 1NEB A; 2VVK A; 4A63 B; 1MV0 B; 1QWF A; 2GNC A; 2ED0 A; 2LQN A; 1ZBJ A; 1PRL C; 2RQR A; 3VS3 A; 3GBQ A; 3NHN A; 1I1J A; 1Z9Q A; 1GBQ A; 2A36 A; 1T3L A; 3JV3 A; 4ZNX A; 2GTJ A; 2DX1 A; 3NMZ C; 1H8K A; 2RF0 A; 4Z88 A; 1SRM A; 4F17 A; 5FW9 A; 4ESR A; 1OEB A; 1K4U S; 2A37 A; 1A0N B; 4JZ3 A; 1UE9 A; 2LMJ A; 2DVJ A; 3SHW A; 1BB9 A; 1XOV A; 1AEY A; 3H0H A; 2CT4 A; 1UDL A; 1K76 A; 1JEG A; 3H0F A; 4LNP A; 2ROL A; 3VRY A; 1M3B A; 1UGV A; 3CQT A; 1QWE A; 4HXJ A; 2YUN A; 1HSQ A; 3RBB B; 1WXT A; 3TVT A; 3QWY A; 2DF6 A; 2KEA A; 3I5S A; 1M3A A; 2EYW A; 3VS5 A; 2W10 A; 1KJW A; 2C0O A; 2YDL A; 3LH5 A; 1JXM A; 2J6F A; 2LNH B; 3TSW A; 2H8H A; 1G83 A; 2EW3 A; 2KR3 A; 4X1V A; 2RQT A; 4DEX A; 3SEM A; 1IO6 A; 2K6D A; 1J3T A; 1GCQ C; 3THK A; 2C0I A; 2CH4 A; 2D8H A; 2L0A A; 1RLP C; 1Y0M A; 1N5Z A; 3M0S A; 1YP5 A; 3NGP A; 3M0P A; 5I11 A; 1UEC A; 4D8D A; 2JMA A; 5IHI A; 2KYM A; 2HCK A; 2CSQ A; 3VRZ A; 3U23 A; 2KGT A; 2M51 A; 2CH4 W; 1ZUK A; 2LCS A; 3VS1 A; 1AVZ C; 1PHT A; 3M0Q A; 2GBQ A; 4OMP A; 2RQV A; 3EG0 A; 4AFU C; 4F16 A; 2L2P A; 2DL5 A; 1M3C A; 2D8J A; 1YN8 A; 3VS6 A; 5IXF A; 3PVL A; 1JU5 C; 5ECA A; 2AZV A; 1CKB A; 1GL5 A; 4AG1 C; 1NLO C; 2KT8 A; 1NG2 A; 1AWW A; 1U06 A; 1B07 A; 1WI7 A; 2EGE A; 4J9E A; 2K3B A; 2DYB A; 4GBQ A; 4RTT A; 4HCK A; 1RLQ C; 2JS2 A; 2FPF A; 2P4R A; 2ECZ A; 2FPE A; 4E6R A; 1X2Q A; 2L3S A; 1UJ0 A; 2EYZ A; 4RUG A; 1OPL A; 2K2M A; 3EG2 A; 4J9F A; 2YUO A; 4JPB W; 1K0X A; 4IIM A; 1W70 A; 1JXO A; 3C0C A; 4F14 A; 2MIO A; 1E6G A; 2JM9 A; 1BBZ A; 1I0C A; 3VS0 A; 4R0K A; 3ZL7 C; 2GTO A; 2HSP A; 2LJ1 A; 3O5Z A; 1WIE A; 2DE0 X; 2QDL A; 3RNJ A; 3UA6 A; 2LJ0 A; 2BZY A; 2F2V A; 4ORZ A; 2EYX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E7H A; 5HCK A; 1OV3 A; 4GLK A; 2DMO A; 2A7Y A; 2RNA A; 2FYK A; 2HD0 A; 2IIM A; 3M55 A; 4JLI A; 1ZX6 A; 1YJW A; 3CC2 A; 1ZSZ B; 4QVD A; 1AHJ B; 2YRC A; 4GLM A; 1PKS A; 4Q5W A; 3CCV T; 1VYT A; 1WYX A; 4J9C A; 1YWO A; 1YFN A; 4J7I A; 2A28 A; 4BDZ A; 5KYW B; 1M1G A; 5J26 A; 4D6W A; 1D1B A; 3G6E Q; 4B6M A; 2E1H A; 4J9B A; 1M90 C; 1MNE A; 2DIQ A; 3UAT A; 2KNB B; 3NPF A; 3WVD B; 2DET A; 3PGG A; 2HQE A; 4FM4 B; 2AK5 A; 2ZPH B; 1VQL A; 1VQK Q; 2SEM A; 3MEV A; 3H9N A; 1M1K C; 2OAU A; 4IUU A; 1YJ9 Q; 1B34 B; 1VA7 A; 3J80 E; 2AKL A; 1E6H A; 2RMO A; 3CBO A; 2IVW A; 2DZC A; 3QYG B; 1G5V A; 2K5L A; 3I56 Q; 3RES A; 1BK2 A; 2WSE E; 2KVQ G; 1RI9 A; 1QP2 A; 1ZSG A; 3QG1 A; 1Y71 A; 1YI2 A; 4Y91 A; 2RJC A; 4XTW A; 2K57 A; 5LJ5 e; 1BI2 A; 3CCR T; 1M5Q 1; 4PJO B; 2DA9 A; 1MMG A; 5GAM f; 2DL4 A; 2O9S A; 1JO8 A; 2WAC A; 2JM8 A; 2PTK A; 3HSB A; 2HBP A; 2VGM A; 1PSE A; 4Z02 A; 1D1A A; 4CC3 A; 4Z89 A; 2I0N A; 2PUO B; 5EG2 A; 2LT4 A; 3I5R A; 4O6J A; 2RHY A; 1PRM C; 4E7Z A; 1U1S A; 1K9M C; 4LDY A; 3G71 Q; 5GAN 4; 2QYZ A; 4RG2 A; 4VUB A; 1IHV A; 4LUD A; 1GCP A; 3JCM d; 1YIJ T; 4XU1 A; 3HL8 A; 2YWW A; 4ZN3 A; 3N5B B; 1VIF A; 1YJN A; 1VQM A; 1EFN A; 2DAQ A; 1NLP C; 3SFM A; 3VJP A; 3A1P A; 1OU9 A; 1KQS S; 2LDM A; 4AT1 B; 5GAO l; 5FWB A; 5GMK i; 2RJE A; 3MEU A; 2J6K A; 1SHF A; 2FG0 A; 2CP0 A; 5FU6 C; 1G3T A; 4KUL A; 2OTL T; 1QVF P; 1C6V X; 4DA4 A; 2V1R A; 1RUW A; 2JXB A; 4QKU A; 1VYU A; 2DXT A; 1VQ8 Q; 2IPO B; 3JB9 F; 2QA4 A; 1XTD A; 2DLP A; 4O5V A; 1IHW A; 1MMD A; 1S72 T; 1AWO A; 2LCC A; 1AOJ A; 3I55 A; 4PJJ A; 2E10 A; 4ME7 A; 4PJO G; 3TQ7 P; 4LDW A; 4E7J A; 1W6X A; 1GXI E; 5GAO p; 2DL7 A; 5LJ3 f; 1VQP A; 2JT4 A; 4MML A; 4M7A A; 5IN1 A; 2KAF A; 2KXD A; 4FW1 A; 1X27 A; 3CXC S; 3TCJ A; 3MP6 A; 4MDW A; 4F7U F; 1X75 C; 3CCU Q; 2EBP A; 4TVR A; 5FRN A; 4J9I A; 2ESW A; 1JQQ A; 3HRU A; 1KSW A; 2R57 A; 2RH2 A; 4ZN1 A; 5D7U A; 3OYH A; 4K11 A; 3HTR A; 1PNJ A; 9ATC B; 3CCQ T; 2O01 E; 3VS7 A; 1NPP A; 4OB2 B; 1ZUY A; 2AIR B; 3SWN B; 2AT1 B; 1KQS A; 2HZY A; 2QQ9 A; 3QBY A; 3OYJ A; 1PD0 A; 2DK3 A; 4PL6 A; 4IUV A; 3EH2 A; 1RAB B; 3TU4 K; 4A4K A; 5GMK m; 1K8A R; 4C0Z A; 3PNW C; 2C06 A; 3JB9 D; 4M7A E; 1QVG S; 5GAM j; 4PLI A; 3VYG A; 2NYS A; 3JCM Q; 1AZG B; 2KSS A; 2MCN A; 2F69 A; 2XDP A; 2PZ1 A; 3G4S Q; 1K9A A; 3KBG A; 2O4X A; 4NL3 A; 4FYY B; 5GAN f; 3EG9 A; 3CME A; 4LE9 A; 4AG2 C; 5IXB A; 4XQ3 A; 2K9G A; 2X4J A; 1WPY A; 1PD1 A; 4C8Q G; 4IIO A; 2OX7 A; 2V1Q A; 3GF5 A; 3JCM c; 3CCE A; 3OW2 P; 2KK4 A; 2FB7 A; 2CDT A; 2DJZ A; 1TUC A; 4E7L A; 5GAN 3; 3CXC A; 2QQR A; 2EKH A; 4OMM A; 2COY A; 1DJ7 B; 1KG1 A; 4N4G A; 3G6E T; 1MV0 B; 2LQK A; 4CI0 C; 1YHQ A; 3JB9 H; 2BUD A; 2LQN A; 3VS3 A; 4KT0 E; 1VQK T; 3NHN A; 1Q81 U; 1FMW A; 3L1A A; 1Z9Q A; 4YTL A; 3CPW A; 2A36 A; 2QI2 A; 5GAM g; 1YJ9 T; 3KUF A; 2VXE A; 5FU7 C; 3CC4 T; 2RF0 A; 1R77 A; 2QGG A; 4LDU A; 1OEB A; 4NOY A; 4M77 F; 1X6O A; 3P8D A; 3QJY A; 2RM4 A; 2LMJ A; 3SHW A; 3I56 T; 2X4W A; 1QP3 A; 4X34 A; 4IKF A; 4C92 F; 1ZSZ C; 3C4S A; 1QVG A; 1M3B A; 4HXJ A; 1WXT A; 4EMK B; 3QWY A; 3I5S A; 1M3A A; 5CKB A; 3VS5 A; 5KH6 A; 1B34 A; 2W10 A; 2J6F A; 7AT1 B; 2JOY A; 5FRM A; 4X9D A; 2EW3 A; 4MZP A; 1IXD A; 3L2Z A; 2HL3 A; 1P92 A; 4J83 A; 5KYY B; 1VQM T; 1ZSZ A; 2K6D A; 1GCQ C; 3THK A; 5CQX A; 1Q95 G; 3M4Y A; 5DLQ E; 2JZ2 A; 1Y0M A; 5KYW A; 3M0S A; 3M0P A; 1UEC A; 2M1H A; 3G71 T; 4D8D A; 1OZ2 A; 3M5A A; 4M78 B; 1KQS P; 3CCV A; 4DBQ A; 3HRT A; 4BY6 C; 2M51 A; 2CH4 W; 1ZUK A; 5CKH A; 3VS1 A; 1VQO Q; 2COZ A; 2KMT A; 2JUF A; 5GAO m; 3M0Q A; 4OMP A; 3L2Q A; 3JCM X; 4LDX A; 2ZCF B; 4AFU C; 2QAS A; 1NBE B; 1M3C A; 4M75 E; 1RAA B; 2HQX A; 4M77 D; 1IB8 A; 2KT8 A; 1U06 A; 1IGU A; 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3PT9 A; 3UA7 A; 3R6N A; 2FPD A; 2CYZ B; 2OAW A; 3G4S T; 4LXC A; 2O88 A; 2OTL A; 1VOM A; 4Z8A A; 5CAI A; 2ROT A; 4NS5 A; 2E70 A; 3OYG A; 4OB0 B; 1S1N A; 3MET A; 1EX4 A; 5KYX B; 2HSE B; 4WF2 A; 3X24 B; 4N0A C; 5AYF A; 4AFZ C; 3PE0 A; 3GLX A; 2KT1 A; 2E6Z A; 3X20 B; 1S72 A; 3EGD B; 4HCC A; 4RCC A; 4M7A F; 2EPD A; 4M77 C; 3NTI A; 1KC8 C; 5A0D A; 4M7D G; 4QVC A; 4EDU A; 1SRL A; 1BCM A; 1TUG B; 1SG5 A; 1K9M R; 4RKU E; 1UHF A; 1Y7X A; 4KH0 B; 3X26 B; 1T3S A; 3BFM A; 3REB B; 2XHC A; 1KQ2 A; 3SWN A; 2LJ3 A; 4C8Q E; 5GJW B; 2MMP A; 2BKD N; 4Y92 A; 2KRN A; 2MYS A; 4FYW B; 1WA7 A; 3JCM W; 3CCQ A; 2DBM A; 2FRW A; 2F1L A; 2NUT B; 2J6O A; 6AT1 B; 2FVU A; 4JS5 A; 4M75 B; 1R0C B; 2XIC A; 1WDX A; 2IG0 A; 2VKN A; 3CC7 Q; 1T0J A; 2DRK A; 4RCB A; 3A98 A; 1YJW Q; 2H3E B; 1UG1 A; 2O9V A; 2VV5 A; 5GMK h; 1C1A A; 1RAG B; 3DB3 A; 3JCM b; 3H41 A; 2DO3 A; 1PWT A; 4M7A D; 2EGA A; 1UJY A; 2A0F B; 2JN0 A; 2BTT A; 3QHS A; 1FMV A; 2GFA A; 3H8Z A; 3GIB A; 3REA B; 1IGQ A; 3M0U A; 1YCS B; 3OSS C; 2CUD A; 2CRE A; 3C95 A; 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