1X6U | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title	Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	79
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2004-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1x6uA00

4GRSA 1MEWA 1B4EA 1YDOA 4M5PA 2Q8LA 4GUGA 4O18A 4L4MA 2PC4A 4A2SA 1KTBA 3W7PA 2A6LA 1K02A 5C5YA 3S42A 1K8XA 5DXYA 3DHDA 3C52A 3EX1A 2C6QA 1ZAIA 1H63A 2CFFA 2V30A 5F1UA 3L67A 4JTEA 3W1MA 4OWGA 3LRMA 4QNEA 1AW1A 5DCDA 1RQHA 3W1NA 1YTKA 3ABQA 1GVOA 5BRBA 4AAJA 2EKCA 5BMWA 2CZEA 2YYTA 3T44A 1LZOA 3EX4A 2A7RA 4MUZA 5LHFA 4I7VA 5AHMA 3DU0A 5KZDA 1KLZA 3EX6A 4JYDA 3W73A 2EGZA 1G67A 4HN4A 1JR1A 1KV8A 2X2GA 3OBKA 4NNBA 4RJEA 3ZWTA 1P5BA 3ZS4A 4LV9A 3FLUA 3LRLA 4XBSA 3P62A 4A2RA 3SECA 4FNQA 3GYEA 4LV4A 4W9TA 4AEOA 3HMJG 5D2YA 5LGXA 2X30A 4J9JA 2Z6IA 1G4SA 1W3TA 5DBTA 3HPZA 1UUOA 3P8JA 4NNAA 1OX5A 3TXZA 2LLEA 2QJIA 4UUIA 3C8FA 3ABSA 3B06A 3AO0A 3BGGA 5FEXA 3PWAA 3TFXA 4GUJA 1KBIA 4JDYA 1G4EA 2FB3A 1ZCOA 3LLFA 5ABTA 3OVQA 3RU6A 4EOUA 1FCBA 1G7VA 2DZWA 4OV9A 4M19A 4UMAA 1L9WA 1CX9A 1X1ZA 4H3DA 5HWNA 1HO4A 4LOCA 3NM1A 1DVJA 3QC3A 4YWIA 3Q94A 4NXSA 3KRSA 4I7UA 3LCFA 3THAA 2ATSA 3W1TA 3ZWSA 1ONRA 1D3HA 4NQ1A 4E2BA 1R30A 4JDBA 4O1CA 2GUUA 4FX7A 3IIXA 2DU2A 3IVTA 4KKXA 5G2IA 2ZRWA 1VJIA 3DBPA 2QKFA 5DCEA 3LV6A 3ABOA 1Q3NA 2DZTA 1W5QA 1JCYA 3I7RA 3N3MA 4DPQA 4RKAA 3GDRA 1F7BA 3AJXA 5EKYA 4O13A 4Q4KA 3SZ8A 3TK7A 3C3NA 2FB2A 2GJLA 5D32A 2Y61A 4P2VA 5U7SA 2RFGA 2A21A 1OFRA 4HSOA 4OBTA 3N2XA 2YX0A 4BK9A 5BMXA 3NA8A 2VFDA 3MHFA 2V81A 1LRQA 1KV5A 2AAMA 1O94A 2DZVA 1FWRA 1Z44A 3IIOA 3NAVA 5DCBA 4XKYB 2ISWA 1SPQA 5IM51 1IIHA 3IRDA 4MJZA 1XL9A 1DHPA 2ATMA 4Z1CA 1B57A 4O1BA 1GVFA 1RQBA 3L9CA 1HFBA 2ZZ4A 1G7UA 4UIOA 3GXPA 3NOEA 2NZLA 1PHWA 1SW0A 4LRSA 3NL2A 4FNPA 2OMAA 2CZDA 2EAWA 3CWNA 1DKWA 3G0XA 1S5VA 3SGZA 1XBZA 3I6RA 4PA8A 3OHIA 1FBAA 4IMGA 4LVDA 3IIZA 3SW6A 4A21A 2FPVA 3TX9A 3DGRA 2Y6ZA 4LVGA 4KFPA 1O4UA 1OFPA 3MI2A 1YTDA 4CNNA 3S5OA 1VPXA 1W5OA 3PBVA 5LHEA 1QPOA 4ZQNA 2KZHA 2DZXA 2BXVA 3QH2A 2C18A 4Z0JA 1W0MA 2NX3A 3E12A 1JCLA 3W7IA 1EA0A 1KW1A 3TC7A 4FB7A 3NQ2A 1FWTA 3TIMA 3LCLA 3HG5A 1OX6A 1Q45A 4Y90A 1H62A 4MFDA 3SIZA 1ZFJA 2BSLA 1BWLA 4Y9AA 3LCWA 3TCEA 4NNCA 3HPSA 2FPTA 4OE7A 3UZ5A 4O4WA 4RCXA 5FF3A 1DJNA 1N55A 1PCKA 2A6NA 3QEZA 2H6RA 4WX2A 3TXVA 2H8XA 3YPIA 4CCCA 2X1SA 4UC5A 3LGEA 2B4GA 5G1TA 1EUAA 3TW7A 1KFKA 3NR0A 4GE8A 2ZZ1A 3LTSA 3W7NA 2JBMA 4JY9A 5D2WA 3U2OA 4HNVA 1MEHA 2ZA2A 4RV8A 4ZVJA 4LC6A 5C54A 1W56A 2E09A 4QM1A 1DL3A 2YYUA 3SY5A 1IIGA 1OK6A 3NQMA 5AC8A 1R2RA 4A29A 3CTLA 2VC6A 1R2SA 4K36A 1Z48A 3HIJA 3NNTA 4L4LA 3HPXA 4CNPA 4I9AA 2Z1BA 1K8ZA 1LP6A 4JICA 2NV1A 3DHFA 1O5KA 4FO4A 4GWEA 2JGYA 3S1XA 3MWAA 5TQLA 5D04C 4UTMA 3B8DA 2F7FA 1QAPA 1OF8A 3KXQA 3TSMA 3FOKA 2W79A 4KWWA 2E6AA 1TPC1 5D05A 1R46A 2YW3A 3MYOA 5F2MA 1TPWA 3IGXA 2E6YA 5TIMA 4FNSA 2DJLA 3W1UA 3KOFA 2Y63A 4CQAA 1ZHAA 1VZWA 5EMUA 3GKAA 2A1YA 3W6YA 3PC0A 5D2XA 5K9XA 3P7YA 1KFJA 1SO5A 1WYIA 5D02A 4M6PA 1S5WA 2XFWA 3O8AA 2Q3OA 5KZMA 1X1OA 1QPNA 2QCNA 4UNKA 3RF9A 1V5XA 2P10A 4DELA 1XM3A 5F2GA 1F6KA 1KLYA 2V0TA 4X3ZA 4U28A 3HGSA 5IBXC 3NM3A 6TIMA 2ABAA 1OFDA 1P4CA 2WSYA 3CM4A 4NJGA 3B03A 5HWJA 3B05A 3C0JA 5HUOA 4FNUA 3TAKA 5GVJA 3BV4A 3T7VA 3EXTA 3TDFA 5HWMA 1H7PA 2CLEA 4GUHA 2JKPA 4PL1A 1OFEA 3LV5A 4LUIA 4XQ6A 1TPVA 4O15A 1TPB1 2Y7DA 3NYZA 1KM6A 3NL3A 4O1AA 2GJNA 5CZSA 3HG4A 3TMLA 3W23A 2W6RA 1IXQA 1LORA 3SSJA 2Y88A 4ICNA 3WJXA 1W1ZA 3TUUA 2QCHA 4MZ8A 2ZBTA 4DXVA 4XKYA 2Y89A 2YR1A 4N4QA 1W54A 2AQWA 3THQA 3QRHA 3W2MA 1HG3A 3W72A 3A21A 4UFJA 3KX6A 4NJHA 1DV7A 3LBMA 3S5YA 1N8FA 4LC8A 4AHOA 1WQ5A 3KHJA 2G5WA 1K7FA 1VLWA 4C1LA 4JGDA 2JGQA 1UJPA 4IOTA 5EY5A 2Q8ZA 2WSRA 4QNWA 5LNSA 2GQ9A 3BVJA 3R12A 5CG7A 4XUGA 2RHGA 3P60A 3RNDA 4ONVA 2A4AA 2OX1A 3TNOA 1HTIA 2X1UA 2R94A 3L68A 4MVAA 1W31A 1YXCA 1SQ7A 4K8EA 4HHPA 3G1HA 3CU2A 1TMHA 2VFIA 3L5LA 3W7EA 1LBFA 1S3HA 3DI1A 3USBA 4CCDA 4JIQA 3LTYA 1H5YA 2E6DA 1H7OA 1RV8A 4AVFA 3EEGA 3LHYA 4PFMA 3LCXA 2A7PA 3NPXA 1TTIA 3GZ3A 1ZAJA 3CEPA 2WO5A 3HB9A 1CW2A 3T55A 4RR4A 4G1KA 2QUVA 4ZQRA 2PRLA 3NQ6A 3LHZA 3TJLA 4LRTA 2NXIA 3HG2A 3BO9A 5F2IA 3UPWA 3S1WA 1LCOA 2E5CA 4MY1A 1XXXA 3HO8A 3S6DA 3S9YA 1LOQA 3GR7A 5LNUA 1MO0A 1J2WA 4D2JA 1EIXA 3A5FA 2J24A 3WJYA 4FF7A 1K7EA 1LBLA 3PB2A 3M5ZA 1AW2A 3GNDA 2ABBA 4CNOA 5HULA 1SO4A 2FTPA 2XN2A 3FIGA 3WK1A 1ZJIA 2WKJA 4DF2A 3QQ0A 5KMYA 1GWJA 3WJSA 2WJZA 1SW3A 2GQ8A 4UFHA 4DO4A 3QMSA 4A22A 3C56A 1VQTA 2QR6A 4E38A 1HO1A 4CCEA 2BX7A 3E0IA 3QPZA 2YGYA 1TO3A 5FF2A 3W1PA 2P1FA 2TRSA 1TJRA 3MHGA 2BZNA 3W7JA 3W76A 5A5WA 3L0GA 4O0ZA 3GNNA 3R2GA 4IXHA 1KBJA 3GDMA 4NX0A 3W7GA 1M6JA 3CWOX 4PODA 5AC6A 2JKEA 5SWUA 4RZ6A 3TMQA 3TFCA 3FS2A 4JX5A 4BI5A 5K9CA 2VFGA 4NUWA 4I7WA 3TSDA 2O7QA 3UZJA 1H7NA 3NQDA 3DKJA 3PY2A 3VFLA 2OT1A 2BWGA 1O95A 5D09A 2ISSA 1PL9A 5K2ZA 4LNYA 3PS7A 4AHQA 2PRHA 5HR6A 5CPMA 2Y7EA 2ZRUA 3B0PA 4UR8A 1YPIA 3WJWA 4DO6A 4JTGA 2FIQA 4HNUA 4NU7A 1H50A 4Y8FA 5FI8A 3NPVA 4QITA 3W2UA 4AHPA 4MZYA 3W75A 3DFSA 3IVUA 4LW7A 5AHLA 4AXKA 1ICQA 1QMLA 3NPWA 3G1VA 3NQ7A 3STCA 3QW4B 2BTMA 2X16A 3A22A 4UTTC 4JEQA 4JYFA 1X6UA 3C61A 1VH7A 4ZMGA 2GOUA 3E02A 4PL2A 5KITA 1PV8A 1VYSX 1L6YA 5G4EA 1FWNA 3LCHA 1NFBA 2OCZA 2VEKA 3C6CA 3CB8A 1SO6A 2TSYA 4XTIA 2QCFA 3HQ1A 4HT3A 3MHUA 2VEIA 3N9SA 5LNRA 3DKLA 5I3FA 2J9ZA 2YXGA 2YPIA 1XUZA 3HF3A 1YDVA 5AHNA 4DBDA 1EPXA 3EWBX 1AW5A 1GPWA 2V5LA 1FDZA 1GOXA 4LVFA 4S2CA 4UFKA 4IGHA 2ZRVA 5HQEA 3SGUA 3U6WA 4B5NA 1TJPA 4JNMA 4XWUA 2QCMA 3M41A 2GVJA 3C2FA 5F2LA 4JXCA 1ICSA 5EYWA 1WOBA 4UFIA 3PBUA 3W7OA 1THFD 1ICPA 2ZQ0A 1GG1A 3N73A 4IWWA 4M7SA 3DFPA 4QJ1A 3JRKA 1XBYA 2VELA 3O1NA 4UTJA 4WY0B 2VXNA 3UPBA 3M16A 2VEMA 1O5XA 4ADTA 4O8RA 2DZUA 1TPH1 4YCOA 1W5MA 1KM3A 3P74A 4AMAA 4M7TA 3NZRA 4DF0A 4DO5A 3M5XA 4Y6GA 5FEZA 3W22A 3FKKA 4FX6M 1KFBA 5CGQA 4N9EA 4AF0B 1BEUA 3BW3A 3EX2A 3A9IA 2H3DA 3ATYA 3S8HA 3CIWA 1DQWA 3I7QA 1PCWA 3DFTA 2GPTA 3W85A 1M7OA 1C8VA 2I14A 3GX9A 3LXCA 1TPEA 5D2TA 3W7CA 1OYCA 2YZRA 2E5BA 4MY8A 2WNNA 1TTJA 3BW2A 3EWUA 3PBYA 4GC4A 1GYLA 5AB3A 3P5YA 4CLMA 1P1XA 2CWNA 3E9AA 2QDGA 4HNNA 3H53A 3R5EA 4WD0A 4FXRA 5AFDA 3B04A 4MFEA 4O0KA 3MBFA 3T40A 1U5JA 5KZEA 5DY2A 5LNWA 2UV8G 1KFCA 1TB3A 4N02A 3ZR4A 2J9XA 4NX5A 5BW6A 4HNTA 1B4KA 3L2IA 3ELFA 4C1KA 4TU1A 3F4NA 3LCGA 4JTKA 3T78A 3PM6A 1M7PA 5HMSA 2RDWA 4O53A 3G1DA 3I68A 1LRTA 1Y0EA 3EX3A 1ME7A 4PC8A 2A0NA 3G3DA 3FFSA 2J27A 4JIPA 2C3ZA 2C14A 4HIBA 3IVSA 2G96A 1A5SA 4UFMA 6ALDA 5BOOA 2FDSA 1KM4A 1N7KA 3M5VA 4KFNA 1I2OA 4PH6A 1PS9A 4WJEA 2Z0IA 3O6CA 2NUWA 3GIYA 3G24A 2NUXA 3LXAA 4UTWC 5I3IA 2B0MA 4ZQPA 1IF2A 2YW4A 3NEVA 2E1DA 4MLRA 4U4MA 3QSTA 3LRKA 4Z1DA 1Z41A 5L9FA 3INPA 4RXGA 4BI7A 5EBUA 3W1XA 5CZ0A 3LXBA 5CSSA 2ZZ5A 1W3NA 2NXGA 5FESA 1F73A 3S5ZA 1JULA 3H54A 1KTNA 2O7SA 4AWSA 5KINA 3N2MA 2CU0A 3TU9A 3I65A 1NF7A 3N9RA 3S1UA 2WNZA 3C2RA 1SR9A 5KSWA 3WK0A 2ZRXA 5E93A 4JTSA 2A85A 3L66A 3IV3A 5DLCA 3UWYA 4IX0A 1R47A 4IMEA 2EPHA 2WSQA 1VCGA 2PE4A 4K8HA 3KRUA 4UNLA 4AB4A 4BFAA 4EWND 4WY0F 5AHFA 1Q6LA 3VCRA 2CLMA 5J5DA 1KFLA 2B7OA 3S5NA 3W87A 3PUDA 4GUIA 4NVTA 4BF9A 1GQNA 3W88A 3M1ZA 1D3GA 4JTJA 3G0SA 2QUUA 3NL6A 3N19B 1EX5A 3FJLA 1EP2A 1GZGA 3E49A 3LX9A 1GYNA 2NX1A 4N9DA 1QR7A 1OFOA 1T99A 4E0CA 4NJKA 1I2PA 4MLJA 2I1OA 4XTDA 3LHTA 1JVNA 1VC4A 2HS8A 3M7WA 3NG3A 4IXXA 4O52A 4BWLC 4Q33A 1R2TA 1AMKA 1XDLA 3U8GA 2YCEA 3P81A 4R7JA 1EB3A 3JR2A 5E0KA 4KFOA 4UXDA 5H2ZA 3IIVA 4M6VA 4Y96A 4HSNA 4ORIA 4JTTA 1TRIA 1XC4A 3P84A 1UBSA 5E1QA 4YXGA 4DF1A 3PAJA 1DOSA 2EF9A 5I3JA 3KFTA 1A5BA 4NJJA 2PRMA 2E6FA 3EWYA 4UR7A 4RK8A 1SFJA 4O57A 2V82A 2WNQA 4QIUA 4TMCA 3NQAA 3W1RA 3UWZA 4OGZA 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1EWEA 5FF4A 4IQLA 1OYBA 1OX4B 2VFHA 4FIQA 3OA3A 3VE9A 2QUTA 1WOAA 3UWQA 1GTHA 3MW7A 3PSVA 3PF3A 1YDNA 3VE7A 3PVFA 5F4WA 1KTCA 1TIMA 3MBDA 4PCFA 4YCPA 4X2RA 3ANYA 3LCIA 1EUNA 3TH6A 2QCCA 4FIRA 1I2QA 1LOSA 1S5TA 4WOZA 3W7RA 3CQ0A 1WV2A 3C2OA 3BPWA 2ZTJA 3GDLA 1QOPA 5F4XA 5IBXA 5CSRA 2TMDA 4N6EA 3H55A 2V5BA 2GVGA 2CZ5A 1GEQA 2J9YA 1LYXA 1IGSA 4N4PA 2B7PA 3QPYA 1B3OA 2CLLA 4JS3A 3RMJA 3GVGA 5A8GA 1IXOA 3EWXA 2XN0A 1QPQA 3GXNA 3W7DA 1I4NA 3GXTA 3QMTA 3R89A 1G6CA 3KVMA 1KFEA 2DORA 3W7QA 4IMDA 4JTLA 2VEPA 4FXSA 3CHVA 3NPUA 2C13A 2NLIA 3E96A 1VYRA 1H7XA 4ADSA 4DBEA 1LRNA 4MIMA 3EKLA 3TSBA 3I7SA 1JQVA 3G1XA 2QAPA 5DY3A 4ADUA 4AWTA 4GXMA 4QSHA 5AC7A 3D0CA 4UTUA 3RLVA 1XI3A 1KM0A 2H3BA 4MKNA 3TQKA 3G18A 1AL7A 2V2CA 3DH7A 2ZCGA 3LLDA 1YXDA 2QF7A 2C1HA 4JTFA 4RXFA 3W7HA 3TQVA 4HPXA 4O4VA 3NL5A 3NVTA 3KVJA 3R8RA 3C2VA 3IEBA 3QQ1A 1OABA 5AOUA 4LT9A 3LDVA 4ZQMA 1IXPA 2FFCA 3O15A 3STGA 1LLZA 3WK3A 3TW6A 1TTQA 2QEZA 1FX6A 5K3VA 1NVMA 3EKZA 2J6XA 1Q6RA 1TYGA 3NO5A 1P0KA 1OF6A 4H4IA 3TROA 2E68A 1XDMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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