1X8F | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title	Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	76
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2004-08-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1x8fA00

3QFEA 3N3MA 1AG1O 3BW2A 3CM4A 3NPVA 3W7RA 5DLCA 1ME8A 4FXRA 4N4QA 3M6YA 3N2MA 3W7OA 4U4MA 1ICSA 3NDOA 2RDWA 3H55A 2Z2UA 4FX8A 1AMKA 3CPRA 2F84A 1GQNA 3STEA 3NZ1A 2EGZA 2C16A 2B7QA 2O7QA 4CCEA 3L0GA 4MJZA 4JICA 3BVJA 3PBUA 2ZRVA 2ZTJA 1H1ZA 2AAMA 3DZ1A 4M6PA 5AHNA 4MKNA 3G3DA 1TQJA 1I4NA 1ME7A 2WPBA 4LVBA 2A21A 3GXTA 4UTIA 2JBMA 1KM4A 4AVFA 1CW2A 4JY8A 2NX1A 3SJ3A 1SW0A 1X6UA 3E02A 4PTNA 1TJRA 2NV2A 5D2TA 4NX0A 2CU0A 1W1ZA 3TR2A 1YXDA 3H53A 3E96A 4O17A 5D2VA 4JX4A 1ICPA 3W7LA 5C2XA 4H6KA 1BWKA 1TTPA 2OT0A 1K02A 4OWGA 3DH7A 2FB2A 3CHVA 3E12A 3NYZA 2J27A 4DO6A 4WX2A 3P8JA 1KM2A 3UWVA 4AF0A 3VKJA 4DO4A 1KM3A 3BLFA 5DN1A 1H62A 1G4EA 3IVUA 5K4ZA 3PUOA 1W3IA 1TRIA 2BXVA 2NWRA 1RQBA 5F2LA 4ORIA 5D2XA 1ZJIA 1GVSA 3LXCA 2NXHA 4UIOA 2RHGA 1R47A 3W84A 4FO4A 2WNNA 4Z1DA 3DU0A 4M7TA 3W75A 1F2JA 4RR4A 4BI6A 2YX0A 4KWVA 3MYOA 1IXPA 2OT1A 1GYLA 2Y61A 3DKJA 1YXYA 4FX7A 4NX5A 2B4GA 6TIMA 1ZALA 1F76A 5CZJA 1B57A 4JTUA 3HG4A 1C29A 5D2WA 3NQAA 5CG7A 5K2ZA 5EL1A 4UFHA 1H7WA 1UBSA 5EYWA 3L65A 3VCRA 1OX4A 4K8HA 3W70A 3C52A 3Q2DA 4JNMA 1SSGA 1FQ0A 1RD5A 3M5ZA 2A2IA 1PCWA 3UY7A 2XN0A 4LS0A 4CLMA 1ML1A 4WXYA 3NXFA 3C2RA 2HS6A 4EIVA 4CQ9A 2YFNA 5I3FA 2A7PA 3C6CA 2Y63A 2Y6ZA 4PA8A 3EB2A 4A2SA 2EF9A 3LRMA 1Z48A 2TRSA 2YW4A 3L0KA 4JXCA 3HOJA 3PSVA 5FEXA 3JS3A 4JTEA 3UWWA 5LZLA 2C19A 1UCWA 3I68A 3SFKA 3GAYA 3M16A 2QEZA 3NGJA 3DKLA 4MJMA 4M19A 1AW5A 4DELA 4I7UA 1XBZA 3QYQA 1K3UA 1PV8A 4OGZA 2J9YA 4NNAA 5CZTA 3TW6A 4O15A 5EBUA 2CZFA 3MHGA 1NSJA 3V75A 1TPVA 3FKRA 2C3ZA 4YXGA 4GNJA 4HHPA 3RLVA 2KZHA 3C4UA 3G0SA 4O12A 2A85A 4K7VA 2QAFA 3O1NA 2YFOA 3W7JA 3HGRA 3N73A 3HJZA 1W5NA 1A53A 5H91A 4DQWA 5G2IA 3SW6A 4NVTA 1PL9A 2ISSA 1XBXA 1H7RA 5KINA 1MO0A 4AF0B 4IUOA 2P1FA 3NQDA 4I7WA 1A5BA 4W9TA 3QF0A 3TQVA 4PCFA 3NQ8A 3UY8A 1IXNA 3C61A 1EIXA 2QUUA 1XDLA 2Z6JA 1K7FA 1V7YA 4ZVJA 3UWQA 4GE8A 4XZ9A 1DOSA 5C5YA 1UB3A 2E77A 3L66A 1JJKA 1H61A 1IF2A 1SUXA 1VYSX 3LBMA 3PB0A 4NJGA 4JR5A 2B0MA 4WJEA 3G24A 3OG3A 5AYYA 3RFAA 4GUHA 4BF9A 4TIMA 1K7XA 2WSRA 4XKYB 4X22A 3TV8A 3OVPA 2I14A 2ZRZA 1M7OA 3E49A 2QJGA 1JUBA 5CPOA 4JS3A 1T0OA 3PWAA 2Q3RA 4N02A 4K39A 4MLRA 4YMZA 3DBPA 2QCEA 5FF0A 4MFDA 1JUKA 1WDWA 4CCDA 5LKYA 1Q6OA 2G96A 3W1TA 1OX4B 3ABQA 1Q6LA 4QSHA 2QAPA 3LCIA 1CI1A 2OCZA 3IGXA 1FCVA 4O1AA 3LTPA 1VH7A 5C6MA 3F1QA 1ZFJA 2QCLA 2V2HA 3GX9A 2CLMA 2E68A 3EWZA 5D04C 3PAJA 1Q6RA 3QW4B 3EWUA 1A5AA 4TU1A 3THQA 4O0KA 4AH7A 3O16A 1DQWA 1NFBA 4J9JA 4Z1AA 1MEHA 2DZWA 1L6YA 4O8RA 5CPLA 5EY5A 5F2GA 4Z1CA 2H6RA 1F74A 5E93A 5D02A 3P5ZA 3T7VA 1I8JA 4Z1BA 3RK8A 3ZR4A 2GUUA 2QCGA 2W0UA 2Y7GA 4DXVA 4QNWA 3GDLA 3KOFA 4IMGA 2E09A 1XUUA 1S3HA 3HQ1A 3INPA 3GK0A 3EWYA 4O11A 3NOEA 3KVMA 1GWJA 3M41A 3IIZA 4IJBA 3W1MA 1DJNA 1FXPA 1YPFA 2G97A 5HUOA 4N2YA 3NEVA 1JQXA 5I3KA 1WBJA 1O5XA 3CB8A 3EX2A 4HNUA 1SO3A 5AB3A 1NEYA 2E1DA 3BLEA 3QJAA 3ZS4A 4FEZA 4TMCA 3N9SA 3MMTA 3P67A 3S5OA 1OG0A 4S2CA 4QNEA 4ZZ9A 1P5BA 2C13A 4FNSA 2NUXA 2VFHA 3P84A 3M7WA 1BTMA 4C1KA 3GDTA 4KWWA 1HO1A 4RZ4A 4RK8A 3PBYA 2J88A 4R33A 1LOLA 2CLKA 2J9XA 1KFBA 3PBVA 2FQIA 1FWRA 4Y90A 1GPWA 1XI3A 3A21A 3NL2A 5K3VA 2BX7A 1LBMA 3ATYA 3S5ZA 1KV5A 2Y89A 5DY2A 3RU6A 2PCQA 2C14A 4QITA 1KBIA 1HFBA 2ZDRA 3AJXA 1F5ZA 3UXDA 1G4SA 1R2RA 3C2OA 3Q37A 3PM6A 4DF2A 1L6SA 2BWGA 3VFLA 4YCOA 2E6FA 1HL2A 1W54A 5CZSA 2OZ0A 3O15A 5MHBA 4K38A 1NF0A 1OFDA 1VQTA 1LZOA 5G1TA 2X30A 2HTMA 3LCWA 2V30A 3B04A 5AC7A 4U28A 1EWDA 2H8XA 2CLLA 4X3ZA 4B5NA 2Y85A 3A22A 2V81A 1T8XA 3BW4A 2ALDA 4ADSA 1AL8A 1U83A 2CLEA 4QIUA 1UJPA 3HG5A 2A6LA 3LHVA 4N6EA 3HMJG 4GUIA 1TIMA 3W6YA 4MZ1A 2Q3OA 5HUPA 1VCFA 1H63A 1TSIA 4MFEA 3HGJA 1L6WA 4LW7A 3HGOA 3TJLA 1DVJA 1SW3A 1OYCA 1ZAHA 4O28A 2TPSA 2C18A 3KHJA 2W6RA 3S1XA 3W2LA 1YLVA 1YDNA 1QMLA 3G18A 2CLOA 1C9DA 3PG9A 1AW1A 2X2GA 3VNDA 3M5VA 1TPH1 1O94A 4FF7A 4NJHA 3GXNA 3ABRA 3LTYA 4EVZA 1QPOA 3DFPA 4UFIA 4IXHA 1KFLA 3KRZA 4UMBA 1E51A 5LNSA 4YLWA 4UXDA 4O4VA 1SO6A 3W87A 4TO8A 4E0CA 1LCOA 3CWNA 3JR2A 4LRTA 3W73A 3P7YA 3LHTA 3GB6A 4YCPA 3LXBA 3TAKA 3TU9A 3QPYA 5SWUA 3BG9A 2ZZ5A 3B8DA 4O14A 2GQ9A 2BTMA 2GPTA 3TA6A 3TMLA 3LCFA 2V5LA 1LLWA 1W5PA 2D73A 4LVDA 3PSWA 2R8WA 3G22A 3M1ZA 1JRBA 3N14A 4MUZA 3L5LA 1QO5A 3C8FA 1LP6A 3SR7A 3R89A 3S5YA 4ZQCA 1LOQA 1FY6A 1VJIA 2B7OA 2FLIA 3TFCA 2PURA 3QRHA 5LNUA 4GRSA 3MUXA 3DFNA 3MJYA 4WOQA 3T55A 2EAWA 4JD4A 4XTDA 5G1YA 3IVTA 3HBLA 1FWNA 1G6CA 5I3JA 1OYBA 2CZ5A 3GDMA 3LRKA 4LUIA 1SFLA 3GNNA 1TQXA 3HPXA 3LM7A 2YYUA 3PB2A 1OK6A 1EP2A 1GT8A 3MO7A 4AWUA 3GDKA 5CSSA 1EX5A 4UFKA 1I2PA 1N55A 1TPB1 1TPFA 1K8XA 1YYAA 1VC4A 4DPQA 2DORA 5KMYA 2ZA1A 4N9DA 4C1LA 2B7PA 2NX3A 3CIXA 4M6VA 1OF8A 4M7SA 3QQ0A 2ZYFA 4ADTA 1Z44A 3NPUA 4UR7A 1R30A 1ICQA 3SGUA 5EPDA 4LC6A 3QZEA 4BR1A 3L21A 3MYPA 5HWJA 3W2UA 4FNUA 3MW7A 1VPXA 3W3OA 4JTGA 3WJSA 1Q45A 2YDAA 3W7PA 2Y7EA 1W3TA 3WK0A 4D2JA 3N19B 4GFSA 1GEQA 4A22A 1SR9A 1F73A 4LT9A 1ZAJA 1NVMA 2ABBA 1NF7A 3M5XA 4WZHA 3KX6A 5DCDA 3GKFA 1OX5A 5F1VA 3NPXA 3R12A 4PEKA 1EB3A 4AHOA 4O0ZA 2TYSA 2WKJA 2V2DA 3LLFA 1FBAA 1GVOA 3GYEA 4NJJA 5FEPA 1EWEA 2WOQA 1FX6A 2JK2A 3BGJA 1O4UA 3FIGA 3NZRA 2ATMA 4IMCA 1OFRA 2VENA 2FIQA 1DJQA 3W2NA 3G8EA 2Z0IA 3DFOA 1XCFA 4DO5A 1EUNA 1YADA 4UTTA 4N9BA 4IGHA 5LHFA 1XFBA 4NNCA 3W1RA 2H3DA 1DORA 3TX9A 3SSJA 1W3NA 1TPWA 4UC5A 4JYDA 1QAPA 4O4WA 4A29A 1PS9A 3WK3A 3E9AA 1TTIA 1Z42A 3HB9A 1WA3A 3QW3A 2YSWA 1O5KA 3CC1A 1TO3A 2ZQ0A 1TV8A 1SZGA 3M44A 1A5SA 3CEUA 4PC8A 4Y6GA 3QQ1A 3EX4A 5C55A 4RZ5A 3RLUA 1PCKA 5LNRA 1SZNA 3I6RA 5BW6A 2QCDB 4K6AA 2E5BA 2WJZA 3NL5A 3RNDA 1EPXA 2ZZ3A 4HNTA 3UXAA 2ATSA 4TMBA 1O60A 3DI1A 5J5DA 2V2CA 4JYEA 3GLCA 5HMSA 2Z6IA 3MP3A 4H4IA 3ZWSA 2OX1A 5U7SA 3W86A 4GXMA 4A3UA 3PS7A 4O54A 5K9DA 3HPZA 3EKZA 3VI2A 2Q8ZA 4GJ1A 3A9IA 5LGZA 3C0JA 4ZQPA 1UUMA 3KVLA 3NM1A 2NLIA 2X1TA 2WSQA 1YTKA 3O6YX 4DEFA 1KLYA 4O10A 3TSBA 4H3DA 1ZHAA 1H50A 5D37A 4HKPA 4UTUA 1QR7A 1SFJA 2JKAA 2RKXA 3WJWA 2HSAA 3EX1A 1WYIA 5LNWA 1W37A 3B4UA 4L4MA 3W7DA 7TIMA 1S5TA 1ZAIA 5C54A 1VHNA 3I7RA 1JUEA 1IXOA 3W1LA 5U4NA 3LRLA 1G4TA 1XL9A 2VFIA 3OIXA 1MXSA 3SZ8A 3HGSA 4JGDA 5AN7A 1TPUA 1OFEA 1K8ZA 5AC8A 4HIBA 2WQPA 5AFDA 3N34A 5BMWA 3N2XA 3EKLA 1PHQA 5AHFA 5D32A 4Z0SA 4LS2A 4ALDA 3A24A 5AHMA 1HUVA 4EF8A 3NQFA 5G4WA 3LERA 3RMJA 4JIPA 3DFQA 1KLZA 1JVNA 1A50A 4FB7A 3LB0A 1AW2A 3DI0A 1ZENA 4IXXA 5A5WA 3W1QA 1SO5A 1X1ZA 3G0XA 3NR0A 1SW7A 1RQEA 2YYTA 3U2OA 1Q6QA 2ZRWA 3WK2A 4FX6M 1IIGA 1ZY9A 1X7FA 3EX6A 3G8RA 4AHQA 3NM3A 3HPSA 1H5YA 1KM5A 3TSMA 3NO5A 3G1DA 5D2YA 3P61A 2C0AA 3P74A 1GTEA 1R2SA 5D03A 3S9YA 1FUYA 2PRLA 3LDVA 2OJPA 2VFDA 2V0TA 2RDUA 2QCHA 1ALDA 3Q94A 1BWLA 3CT7A 1EEPA 2R91A 3MBDA 3HIJA 1FDJA 2J6XA 3NAVA 4UTJA 5D30A 5DELA 4O16A 3EXTA 4FNTA 3NQGA 2ZZ2A 3I65A 3W7HA 3PY2A 1K8YA 2QDGA 1IGSA 3W71A 1LLZA 4BWLA 4ZQNA 2DZSA 4QQ3A 4JTKA 3IIPA 4PH6A 4O57A 3VE9A 2YR1A 3QMTA 1DL3A 3LLDA 3IIOA 3W22A 2EKCA 3G1YA 4MZYA 3VE7A 3NG3A 2X16A 2XN2A 5F2IA 1JR1A 1VZWA 4NXKA 3TNOA 2QCNA 3OA3A 1B4EA 1P0NA 2EPHA 2V82A 4IQLA 1RPXA 2FJKA 3FJLA 3W1XA 3BG5A 4K7YA 2J9ZA 1FCBA 1H7PA 2GQAA 3P60A 2YPIA 3DENA 2JKEA 4JEQA 3KAOA 2CZEA 4O52A 3BGGA 1LRQA 3GNDA 2C6QA 5AYZA 4RLIA 1MZHA 3L5AA 4JTSA 3QC3A 4UTTC 1GVQA 4UFMA 3TXZA 2DP3A 4MYAA 4CNOA 3KRUA 4CNPA 1SZFA 1QDSA 3EWWA 1F6KA 1YTEA 1GYNA 3QH2A 4ZQOA 1O95A 5F2MA 3TROA 2V8ZA 4UFLA 2H8ZA 2ZCGA 1I45A 5E1QA 4A21A 5AHEA 2DJLA 3W1AA 4DF1A 3W2JA 2H90A 3ABSA 5D09A 3B06A 2EHHA 5D33A 3BK0A 3MP4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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