1XC4A

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase alpha-subunits from escherichia coli
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
268
structure length
240
Chain Sequence
MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYARCEKVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGYTYLLSRAGAALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKIIEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
publication title Structures of wild-type and P28L/Y173F tryptophan synthase alpha-subunits from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 78
structure length 240
sequence length 268
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2004-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xc4A00
3QC3A 5EPDA 3NEVA 4JTJA 1YTDA 4LC8A 1F2JA 4BWLC 1KV5A 1YXYA 1EUAA 6TIMA 2AAMA 1PV8A 3QSTA 3UNDA 1KA9F 3QH2A 4I9AA 1NAL1 2P10A 4OU1A 3N34A 3M43A 3QMTA 1GWJA 1KFLA 2NX1A 4MY9A 1EIXA 3P80A 1RVGA 4UUIA 3L68A 1OK6A 2BTMA 4GUFA 4UNKA 4FNQA 2QUTA 4H3DA 1TPC1 5AYXA 4O4VA 1O60A 1O4UA 2YDAA 2QR6A 3G3MA 3ATYA 2C16A 1W54A 4JDBA 3GAYA 2YFNA 3W6YA 4LT9A 1FXPA 3QFEA 3DI1A 2PRLA 3I7SA 4NJGA 1K3UA 2V9DA 2QJHA 3GK0A 3LCXA 1LBFA 3TX9A 4CQAA 2QKFA 3LBMA 4Y90A 3S6DA 1H7OA 4K39A 1XBZA 2ZRVA 3W7KA 5DXYA 3WK3A 5D02A 1CW2A 3SY5A 1VJIA 5I3FA 1G4EA 1PCWA 1W5QA 2EF9A 1K7FA 4XBSA 5DBUA 3DXIA 3SFKA 1WOAA 3TJLA 1Q45A 1SSDA 1F5ZA 2CLKA 2W6RA 3WJYA 3C0JA 1K02A 4K38A 5HWJA 1X6UA 3KRUA 3TR2A 1G6CA 1VPXA 1YTKA 3F03K 3DFQA 3L0GA 1Z48A 1JR1A 3C8FA 3KRSA 3W7GA 2DJLA 4UMBA 5DCBA 1TYGA 3DKJA 1QR7A 1YPFA 1P0KA 2ZA1A 4KWWA 3A5FA 3VI2A 4H6KA 5FEZA 1ZCOA 3AJXA 4H4IA 2QCEA 5K3VA 3QF0A 3RK8A 2C14A 1TPUA 3OHIA 5D2WA 2V81A 2X30A 4FO4A 2BXVA 3GDLA 2Q3OA 1OFOA 3W2KA 1QO5A 4YXGA 4HHPA 5KTLA 4WY0B 5CZ0A 2Z6IA 4DF1A 1OX4B 1S5VA 1I2NA 1QPOA 2QCHA 3PBVA 3CB8A 3JRKA 3M5ZA 2Z6JA 4M6PA 5G2WA 3G1VA 3R89A 1MO0A 4FXRA 1G67A 1HO4A 1P1XA 4O0ZA 2ZRWA 4WY0F 4Z0SA 5E1QA 5J5RA 3RU6A 3ZWSA 1JCLA 1KM4A 3NQCA 3THQA 3M0ZA 2TMDA 4AMAA 4UCGA 3C2RA 2QEZA 5LGZA 3G8EA 2CZDA 2C1HA 5BOOA 4K6AA 4DO4A 2V2CA 4FNRA 1XC4A 3C52A 3P61A 1X7FA 4LVBA 3BG9A 3DFTA 2R8WA 2XN0A 2P1FA 4LRTA 5F2IA 4LW7A 3WK0A 3ATZA 1A5AA 1RQEA 2QDGA 2ZA3A 1JQXA 1OYCA 4MZ8A 3I7QA 2RHGA 4O12A 5AB3A 4AHQA 4D2JA 3IIOA 2VC6A 1KFCA 1TREA 1ICSA 4Z1CA 5KINA 1XCFA 3TU9A 2CZ5A 2H8XA 1A53A 2R94A 3QMSA 2FB2A 4O16A 3W1UA 1DL3A 5BMXA 3HG4A 4PEKA 1OYAA 1UJPA 2NX9A 1Q3NA 2YPIA 3GDTA 4GJ1A 4O52A 1DKWA 1XL9A 2E5BA 5KZMA 1MEIA 3FYOA 1R30A 2C13A 4JTKA 2V82A 3OIXA 3SGUA 4GWEA 4K8HA 3F1QA 3IVTA 4BK9A 1JCYA 2NV1A 3LTSA 4RX0A 3W1NA 3RF9A 1L6WA 5CSRA 3QJAA 3LBCA 3DU0A 3PY2A 4JEQA 5D2VA 2NV2A 4JTEA 2NWRA 3A23A 3B04A 4ICNA 2NXGA 5MHBA 5G1TA 4NX5A 4O1BA 1FBAA 1SW0A 2AQWA 4OWGA 3IGSA 5D2TA 1PS9A 3QZEA 5J5DA 3UPBA 4JTLA 2E6YA 2VEPA 4UTMA 3UWQA 1LCOA 5CG7A 1OFAA 1LROA 1X1ZA 3LM7A 3O6DA 3EX1A 4E2DA 3NQ8A 4MPQA 3G24A 1SO3A 1O5XA 1G4PA 1ML1A 5FF0A 4POCA 3LB0A 2NZLA 4AAJA 3C2FA 2VEKA 3W1XA 1NVMA 3EX3A 4DXVA 4CNNA 4UTJA 4GUGA 1W8SA 3JR2A 1V7YA 4XZ9A 2X1RA 1BTMA 3R12A 3BW2A 2DU2A 4NZJA 5G4EA 3OBKA 3ZR4A 5HWNA 3C2VA 1SO6A 3CT7A 1XXXA 4GXMA 4LWWA 3A5VA 3C61A 5DCEA 1H7WA 1TJRA 3BK0A 4HT3A 4Z0JA 1KM3A 1EX5A 1OFPA 1OHLA 2HS8A 4UTTA 4NUWA 2WJZA 5K7JA 3P5YA 1YPIA 1UUOA 2E6AA 8TIMA 3TC6A 3IIPA 3LCWA 4YCPA 3MW7A 4WZHA 2CZFA 4JYDA 3TH6A 4K37A 4RZ4A 3LHUA 3PG8A 4JTGA 2CLFA 4WXYA 2QDHA 2WPBA 5G2IA 3DZ1A 1OFQA 1Z42A 2NXHA 1VQTA 3EKLA 5F1UA 4DQWA 2J24A 4IPJA 4MJZA 2R14A 4MYXA 3NQAA 1TTPA 1XUUA 4DO6A 1K03A 2GJNA 3MP5A 3M47A 3LHWA 5EMUA 2FDSA 4K7YA 3EX2A 1ZAJA 2B7QA 1SU5A 1SUXA 3P7YA 4N4PA 1SZNA 4QSHA 2ABBA 2OT1A 4AWSA 1V5XA 3NOEA 4AXKA 3LTYA 5CZJA 1RQBA 4UFHA 1DQXA 1P5BA 1KBIA 4FXSA 1O94A 1O5KA 2ZRYA 4FEZA 1JRCA 1GOXA 1DV7A 2R91A 4B5NA 2NUXA 4JTUA 1TJPA 1DQWA 1RZMA 3W70A 4HSNA 4FHAA 2YW4A 1R2TA 1HL2A 4ZQRA 3S5YA 5DY2A 1TPH1 4YL2A 4LUIA 3LV6A 4JNMA 5C6MA 3DH7A 1JJKA 5D05A 5LHFA 2Y7DA 2ZTJA 4RKAA 4A2SA 4R34A 1U83A 4ORIA 1AL8A 3W07A 4TIMA 3E49A 3F4NA 1W5NA 3RMJA 3H54A 3E9AA 3CLMA 5HR7A 1H51A 1L6SA 1C29A 2ZQ0A 4UFJA 3MI3A 4NVTA 3M5XA 1QAPA 2OZ0A 3EWUA 4RXFA 5AC6A 3WJZA 4ZQOA 1T0OA 3U8GA 4JX5A 3IEBA 4JTTA 4QJ1A 3V75A 1GT8A 1TIMA 2HTMA 3LXBA 2ISWA 5LNRA 1HO1A 1HFBA 2Q8ZA 3G0SA 4P2VA 5K4XA 4Y9AA 4IMGA 2QAFA 1R2SA 4ZQNA 4AHOA 4JX4A 4OHQA 5DELA 3EXSA 1SZGA 3TQ0A 3P67A 4O17A 2RDWA 1MXSA 2EPHA 1GG1A 4UIOA 2JKAA 5TQLA 2DZUA 4UTHA 1FDYA 1TPB1 2RFGA 1TSIA 3PG9A 4JY9A 2C6QA 4BR1A 2CWNA 2X1UA 3PBYA 2Y89A 3FKKA 1W3IA 3BW4A 4ORMA 2ISSA 5EBUA 1TO3A 2PE4A 3EXRA 1EWDA 3G1DA 3LHTA 1FWWA 3L5AA 3H53A 1OF6A 3NAVA 3PULA 4RCXA 4HNUA 1FDZA 3DFPA 3WK1A 5FEXA 2Y85A 1Z44A 3LCGA 1IXPA 3GKFA 2W0UA 3G1AA 2B4GA 3E12A 2YYUA 2E77A 4LVFA 4PTNA 1LORA 4JD4A 1NF0A 1GYNA 1LP6A 3G8RA 3QSRA 3TQKA 3HG2A 2JBMA 3SECA 2A6NA 4P61A 2GPTA 2O7SA 4Q32A 5HQEA 1KFJA 3SJ3A 3TKFA 1QPRA 1YXDA 4GNJA 1IIHA 3FLUA 3NNTA 4UTWA 1G7UA 5D33A 4LV9A 3UWWA 1ZHAA 5F2GA 1LBMA 2PC4A 3S1XA 4UTLA 4IJBA 5F2MA 4U4MA 3HO8A 3DI0A 4DEFA 3PUDA 5TIMA 3B0VC 2P0OA 3GB6A 1GVQA 3S5OA 3M44A 3NQVA 1P0NA 3W1LA 3W76A 5AC7A 3SI9A 3IIXA 2YCEA 3EX4A 1W31A 1TTIA 4NJKA 2H3DA 2DP3A 3MI6A 1D3GA 3LGEA 5K9XA 1XBVA 1ALDA 1IGSA 2OCZA 3NYZA 2VOMA 1LRTA 2V5LA 3UWYA 5LKYA 2BLEA 1L2UA 3VE9A 3LRKA 2DZWA 4ALDA 3NQMA 5D03A 3LHZA 3LCHA 2VXNA 1H1ZA 1FWNA 3YPIA 4N9DA 2G95A 3N14A 4JTSA 3STFA 3N9RA 5DXXA 1DJNA 2Y70A 3NA8A 4PL1A 5E0KA 2NWSA 3L0NA 3W7OA 1F76A 4LOCA 1SFJA 1YADA 2XN1A 5CZTA 4HSOA 1FUYA 1YTEA 3R5EA 4LY8A 3WK2A 4Y8FA 4DPPA 1J2WA 2VFGA 1I2RA 4O19A 4AH7A 5CGQA 1D9EA 2EAWA 3PC0A 3L66A 3G1HA 4AF0A 4JDYA 2GVLA 1GJPA 3VFLA 2OJPA 3TIMA 1WDWA 3SR7A 3BLEA 5CSSA 3S5NA 2YGYA 3TCEA 1ZALA 5IBXA 3M9YA 2Y6ZA 1GQNA 1GTHA 4O53A 5HJLA 4RLIA 1GPWA 1ICQA 4A2RA 4BI5A 5AHFA 4EIVA 1XKYA 3H55A 3LCIA 5K9CA 3ZFHA 3TJXA 1F05A 4O18A 3UXDA 1QNVA 3M7WA 3TXZA 5EKYA 3PUEA 2BWGA 3NPXA 2H6RA 1A5SA 2FPVA 1IXOA 2WNZA 3VE7A 1TTJA 3GYEA 2VENA 1VCVA 1ME8A 1J4EA 4O1DA 2Q8LA 1IXQA 2E6DA 4JYEA 3AO0A 3FIGA 3CU2A 3P81A 5EY5A 4WQ6A 1QOQA 4NJJA 3O63A 4FX7A 2X1SA 4O50A 5BRBA 3S1VA 3W83A 4GBUA 4MJMA 1B3OA 1TQJA 3Q58A 2NLIA 4E2BA 4AWUA 4MY8A 1AG1O 1NSJA 3TAKA 3MYOA 1H7NA 4CQ8A 3GLCA 3HF3A 3L2IA 3DKLA 3MHFA 2WV8A 1SFLA 1SW3A 3TSDA 4OGZA 3TROA 3ABQA 1W0MA 1W37A 2YSWA 3BVJA 4LVDA 4N2YA 4OV9A 2WKJA 1H5YA 3QW3A 5EYWA 5F4XA 2HSAA 4IMFA 2E5CA 3W71A 1FX6A 1MZHA 4FIRA 3O16A 3M6YA 2OMAA 3TMQA 4UR8A 3IGUA 1SO5A 3N2XA 2CLEA 5AHEA 3TNOA 1ZAIA 5HULA 3PB2A 3L65A 1LOLA 3ZS4A 3W2UA 3TV8A 3THAA 3IIVA 1GVFA 3FOKA 2GOUA 4X3ZA 3UWVA 4IX2A 3LI1A 1VCGA 2ZBTA 2A1YA 3JS3A 1XDLA 5D38A 2B7NA 4NX0A 3W7JA 4EWND 3HOJA 1PCKA 4CNOA 3W7QA 3MBFA 1J5TA 3HG5A 1U5JA 1G69A 2WO5A 4QNWA 3NQGA 4E38A 4KWVA 5U4NA 1LLWA 5TBOA 1HUVA 2WSYA 4GUIA 3L5LA 1R46A 1EB3A 1KFBA 4UC5A 3P62A 1AW5A 1VYRA 4R53A 5D37A 3DFOA 1GVRA 3O6YX 1OK4A 5HINA 1F74A 3BG3A 4QISA 3GXTA 3V1PA 4QITA 3HIJA 1FCBA 1VGAA 1OG0A 4BFAA 5U7SA 4HKPA 3E02A 4BI7A 4N9BA 3EB2A 1PL9A 1OFEA 4MKNA 5AC8A 1NEYA 3QYQA 5BW6A 1JUEA 2GJLA 3T40A 2WNQA 4JTHA 1H60A 1A5BA 2VFHA 2A7PA 5LGXA 1FDJA 5H2ZA 4JN6A 3QW4B 3NM1A 3SW6A 3C6CA 3KVKA 4RJEA 1QCWA 1Q6QA 3LX9A 1OFBA 4LNYA 2TSYA 2YW3A 4LU0A 3W2NA 4JX6A 1LM1A 3I68A 4PCFA 3KVJA 5DBTA 1PHWA 4ZQPA 5HUPA 4EVZA 2OX1A 1VCFA 1NF7A 3T44A 1L6YA 3FJ6A 5AHLA 4YCOA 3W1MA 3W86A 4KFOA 3B0UX 3U6WA 5FEWA 5E93A 2Y7FA 3GAKA 5F2LA 4O54A 3O06A 1Q6RA 1XM3A 3IVSA 3EWWA 1N55A 3W7MA 4GUJA 1CI1A 4MFDA 4UFIA 3RLVA 3TSBA 4DELA 5AN7A 4XKYB 3G1SA 3L67A 1H63A 3MWAA 1K8YA 1WV2A 4LVAA 4FX6M 2DZXA 5CPOA 3EWBX 3OG3A 3T4CA 4XQ6A 4IMCA 3GR7A 1TQXA 4XUGA 3STCA 1EEPA 4FX8A 3GDMA 4HPJA 4MFEA 2E09A 2ZZ1A 4MLRA 5C2XA 2B0MA 3KVLA 3W9ZA 4KFNA 3VNDA 3PBWA 2ZCGA 3PR2A 4DO5A 1JCJA 2VEIA 4ZL1A 1HTIA 5I3GA 2QJIA 2ZZ6A 3TXVA 3EX6A 5HMSA 1EA0A 1SW7A 3PSVA 1JVNA 4EF8A 1I4NA 2ZZ2A 4HIBA 3MP4A 1VS1A 1QFEA 4OV4A 4LRSA 4Q33A 1FCVA 2QCDB 2NUWA 3HG3A 4AHPA 3C56A 3NG3A 3EKZA 2CU0A 3CWNA 2GVGA 3MO7A 3IGXA 5CPNA 1RQHA 4HNTA 1W1ZA 3NPVA 5LNVA 2J6XA 3QEZA 5FF4A 2X16A 4ZQCA 4XTIA 4N9CA 1BKSA 1AW2A 2CLIA 1KBJA 5I3HA 3TQVA 4IOTA 2Y88A 4S2BA 2ZYFA 3CWOX 1TV5A 3TA6A 1KLYA 4O14A 3LDVA 5F4WA 4N02A 3S8HA 1IF2A 2ZZ7A 4HNNA 5EL1A 1QPQA 3W1PA 2CLMA 4N6EA 6ALDA 3B06A 4LUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1KM6 A;  4CCC A;  2YZR A;  3A9I A;  5DLC A;  3O1N A;  5A5W A;  4UTK A;  1H1Y A;  2W79 A;  4EOU A;  1OFR A;  1VZW A;  2A7N A;  2DOR A;  2VFE A;  1SZE A;  1QOP A;  1W3T A;  3B03 A;  5FF3 A;  1LLZ A;  2V5B A;  2C15 A;  1ZY9 A;  4XKY A;  4DF2 A;  4Y96 A;  4IQL A;  2X1T A;  3C2E A;  4GRS A;  1X8F A;  4PA8 A;  3NR0 A;  2A4A A;  4DPQ A;  4JS3 A;  1TPF A;  1OX5 A;  4YWI A;  1VR6 A;  3W84 A;  3WJW A;  2QCL A;  3W23 A;  4MIM A;  4FB7 A;  2GQ9 A;  2NXI A;  3CEU A;  3W85 A;  5IM5 1;  4IGH A;  3RFA A;  1UB3 A;  2NX3 A;  3F4W A;  3W7C A;  2EKC A;  1KTB A;  4UR7 A;  3NL2 A;  1Q6O A;  3W74 A;  3P74 A;  3IRD A;  3P5Z A;  1CX9 A;  3L0K A;  3NVT A;  1Y0E A;  3NL3 A;  3BAR A;  1ICP A;  2JKE A;  1SO4 A;  2QCN A;  4QNE A;  2CW6 A;  3PBU A;  1W3N A;  2ZZ5 A;  4JR5 A;  5D2Y A;  3NQ6 A;  1THF D;  1LOQ A;  1K8Z A;  3GVG A;  3HPZ A;  2CZE A;  2RKX A;  2QCD A;  1WA3 A;  4N6F A;  1KV8 A;  3FS2 A;  3W7L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LC8 A;  1EFZ A;  1F2J A;  4BWL C;  3RLH A;  2HVO A;  2WLZ A;  2PPG A;  3QH2 A;  1NAL 1;  4DY1 A;  4OU1 A;  3M43 A;  4P5U A;  1A5U A;  2NX1 A;  1KRB C;  2PF8 A;  3H2N A;  1RVG A;  4PCT A;  4RNJ A;  4XD6 A;  5A6T C;  6ENL A;  4FNQ A;  1TPC 1;  1O60 A;  3VD7 A;  3KDO A;  4F66 A;  3ATY A;  4IFK A;  1W54 A;  2CWX A;  2YFN A;  5EMY A;  1BG4 A;  4LT9 A;  3EAU A;  3QFE A;  4HHH A;  1UG6 A;  3GK0 A;  3LCX A;  3RPT A;  2ZWZ A;  3GHT A;  2VWS A;  4Y90 A;  1WUE A;  1DIK A;  2VX7 A;  2WB5 A;  5FL0 A;  1CW2 A;  1O12 A;  3WNK A;  4GH1 A;  1VJI A;  2XHY A;  4RW5 A;  1G4E A;  5I3F A;  1RJQ A;  5TF0 A;  3OOQ A;  3SFK A;  1XYZ A;  3TJL A;  1Q45 A;  1SSD A;  1F5Z A;  2CLK A;  3VKB A;  4H9U A;  1X6U A;  2PDQ A;  3PJW A;  3GSM A;  3SGG A;  1KKR A;  3V7P A;  4M1B A;  3L0G A;  3KRS A;  1DQU A;  3QY6 A;  2PWD A;  3GG1 A;  3A5F A;  4YTQ A;  1UKO A;  4B5W A;  3BSM A;  2D23 A;  4NIR A;  4H4I A;  2IUZ A;  5K3V A;  3UA3 A;  4HMD A;  4LEF A;  3GDL A;  2Q3O A;  3H7U A;  4OUI A;  3NDZ A;  5HAO A;  4XAZ A;  1X96 A;  4HHP A; 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