The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
89
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structure length |
89
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Chain Sequence |
GATNATINFEAGILECYERFSWQRALDYPGQDRLHRLKRKLESRIKTHNKSEPENKRMSLEERKAIGVKMMKVLLFMDPSAGIEGFEPY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein NS1
|
| publication title |
Conserved surface features form the double-stranded RNA binding site of non-structural protein 1 (NS1) from influenza A and B viruses.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza b virus (b/lee/40)
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| total genus |
31
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| structure length |
89
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| sequence length |
89
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXD O; 2UXB O; 1X59 A; 2AGA A; 1DK1 A; 4JI7 O; 4DR6 O; 2UU9 O; 3OTO O; 4JI4 O; 4OX9 O; 1R6T A; 4GKK O; 4X65 O; 4NXN O; 5LMU O; 5LMN O; 1N36 O; 4DUZ O; 4DV6 O; 2UXC O; 1N34 O; 5BR8 O; 4DR7 O; 3O65 A; 1XNR O; 2DOS A; 3JAM N; 2ZM6 O; 1XMO O; 2ZKO A; 4DV1 O; 4AQY O; 4LF5 O; 2VQF O; 4B3T O; 2E5L O; 4JI8 O; 4DR4 O; 1XMQ O; 4LF8 O; 1HNZ O; 5H5N A; 3R66 A; 5A2Q N; 1XNQ O; 1XEQ A; 4DV7 O; 5IT9 N; 3F5T A; 4KHP O; 4X66 O; 1IBL O; 1HNX O; 4DUY O; 1AB3 A; 4DV3 O; 5LL6 Y; 4YHH O; 5BY1 A; 5BXZ A; 4X62 O; 2FKX A; 4GKJ O; 1IBM O; 4A5U B; 1HNW O; 4LFA O; 4B3R O; 4JI6 O; 1KUQ A; 4OPH A; 1HR0 O; 4DR3 O; 4LFC O; 4DV2 O; 1G1X B; 1N32 O; 5FLX N; 1N33 O; 1NS1 A; 4DR5 O; 3J7A U; 2JRI A; 3T1Y O; 2F4V O; 4DR2 O; 4JV5 O; 1FYJ A; 4LF6 O; 3SDL A; 2UUC O; 4DV0 O; 5IWA O; 3M8A A; 1A32 A; 2N74 A; 4JI1 O; 1YZB A; 4JI2 O; 3J80 N; 1R1B A; 2HHH O; 4LF7 O; 4LF9 O; 4JYA O; 4K0K O; 2LW7 A; 4JI0 O; 4B3S O; 1F7Y A; 2VQE O; 4B3M O; 4LFB O; 4OPA A; 1D2D A; 1J5E O; 2UUA O; 4JI3 O; 3J81 N; 1I94 O; 2DJV A; 4YY3 O; 4NXM O; 3T1H O; 4X64 O; 4LF4 O; 1FKA O; 4DV5 O; 3RT3 C; 1FJG O; 1AIL A; 2Z0A A; 4DR1 O; 2UUB O; 4JI5 O; 1IBK O; 4DV4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CTW A; 1XMO B; 1X59 A; 4AHC A; 4PDM A; 1YIJ V; 3IJ4 A; 4IL6 Z; 3VBB A; 3OW2 U; 3K5O A; 1Q43 A; 4PA4 A; 3ABM B; 1S5L Z; 3JAT B; 4TV8 A; 3U10 A; 1N4C A; 1VQ6 V; 3UQ8 A; 2CK3 G; 2KG7 A; 2DOS A; 3BA8 A; 4GT1 A; 3OAA G; 4DUY B; 4JAA A; 1I0H A; 1ZLZ A; 4LH7 A; 2YIA A; 3U0Z A; 3QO7 A; 4CS2 A; 2Y4T A; 1BS3 A; 3CXH F; 2D3O W; 2Z5U A; 2F23 A; 4PHZ A; 1SKV A; 2FL4 A; 1SES A; 4X9Q A; 3T1Y B; 4NTX A; 3FB7 C; 4RWU A; 1I5X A; 1M1K W; 5BY1 A; 5IWA B; 1QR8 A; 5LP6 A; 1AR4 A; 5IDJ A; 5H6R A; 4U7N A; 3SJQ C; 5CMU A; 4FLV A; 1AR5 A; 4EKW A; 3CCU V; 4LH6 A; 1VF7 A; 2GDS A; 1SRY A; 4QPK A; 2JIZ G; 4IHJ A; 4GYC B; 1YTF B; 4LF9 O; 2UXB B; 1WB8 A; 2YSU B; 3OGI B; 5JJE B; 4ZI7 A; 3D3I A; 3IAY A; 1Y74 A; 2XT9 A; 5B3S B; 3CRR A; 3MHS C; 2XAF A; 2Q5Z A; 3BAB A; 5CBH A; 1Z5V A; 4X64 B; 3K79 A; 4LNU B; 1VF6 A; 3DXR A; 1NVP B; 4ICG A; 2IM9 A; 1RSO A; 1XOU A; 4R7C A; 4UCU A; 4CH6 A; 4NKG B; 3Q4H A; 2YID A; 1FXK C; 2Y4U A; 1Y4M A; 3JAW B; 1HW7 A; 4UUJ C; 1XNR O; 4K35 A; 3JSN A; 1IBL B; 2EBO A; 1SET A; 3I56 V; 5KHK A; 1AR1 B; 1H2S B; 3T1C A; 3E86 A; 4LF8 O; 4U3F H; 3CSX A; 4DV2 B; 1XNQ O; 2D2C B; 4YJ2 A; 5JH7 A; 5DN6 G; 3F5T A; 2GTA A; 3JAR A; 1M56 C; 4JV5 B; 2A79 B; 3AG3 B; 4DV0 B; 5GON A; 3DC6 A; 4J10 A; 4UCS A; 5C93 A; 1TVK A; 2PY5 A; 1M9N A; 1NTM H; 3AK1 A; 1GAX A; 3T4D A; 1MNG A; 1V9P A; 4WFH A; 1L8D A; 3J7A U; 4JI3 B; 2EIK B; 4O4H A; 2Q6A A; 3T1H B; 5L3E A; 3SDL A; 1KMI Z; 2UUB B; 1K73 W; 1K4D C; 2P7T C; 1OCR B; 2WAM A; 3CJH A; 3K5N A; 3JAS A; 1XQ8 A; 3JAK B; 2QKS A; 2BSK B; 2QM7 A; 5DM6 V; 5LXT A; 3QVN A; 3N2K B; 4DUZ B; 3JD3 A; 3IFX A; 1U97 A; 4IIJ B; 2KB1 A; 1QNM A; 3KKY A; 4DR7 B; 1BHB A; 5J2T B; 3RT3 C; 3CRQ A; 1IUR A; 3CC7 V; 1PL0 A; 1OHH G; 3JAL B; 1TUB B; 5DED A; 4I4T A; 4UVC A; 2ZR3 A; 1FXK B; 1TGO A; 4JZG A; 4EB6 A; 5IJ9 A; 1PPJ H; 1COW G; 2EJR A; 5LMU O; 2GTS A; 3FYE B; 3ETG A; 1QLE C; 5LOV B; 1N34 O; 4U3J A; 2E75 B; 5BR8 O; 1JFF A; 1YHQ V; 3LNN A; 4RO2 A; 2GBO A; 1NVP D; 5KA5 A; 2L35 A; 4DV1 O; 2DWD C; 4GKJ B; 2CH7 B; 3OD4 A; 3HKB B; 4O4J B; 1YEW A; 4O2A A; 1IZ3 A; 2E5L O; 4DR3 B; 3R66 A; 3WB0 A; 1XUQ A; 2ODM A; 2X6A A; 3A0B Z; 3SJB C; 3UCS C; 3VOU A; 1EBO A; 5GW7 A; 4FM1 A; 3BAA A; 3K0G A; 1NR7 A; 5FNV B; 2V1D A; 4LR3 A; 4FZ1 A; 1VQK V; 3A2F A; 4K8Z A; 2CTP A; 2ILM A; 3O9O A; 1K5S A; 2PI5 A; 1BGY H; 2W6I G; 3ETQ A; 5FLX N; 5EYP A; 4H33 A; 2ZQM A; 2A06 H; 4X1Y A; 3RYI A; 2RCV A; 1SQV H; 3VQY A; 3H9V A; 4PA6 A; 2W6J G; 3JD4 A; 3K08 A; 5IJ0 A; 2HVJ C; 1K3E A; 3AEI A; 5J2U A; 1KU9 A; 1P4R A; 1DGS A; 3QNE A; 3OEE G; 4D7S A; 4RUF A; 3FKS G; 3QO5 A; 3W7T A; 2PI4 A; 1AJN A; 2HHH O; 4LF7 O; 1SA0 A; 2UU9 B; 2DYS B; 1EN4 A; 4GKK B; 1BQ0 A; 1Y76 A; 1GK9 A; 4UXN A; 1QBZ A; 3KCX A; 2P4V A; 2Q7H A; 1AP6 A; 2Y0P A; 5EBW C; 4G2K A; 2Q7E A; 4J7J A; 3MDS A; 4P30 A; 1GN6 A; 3JD0 A; 3LUT B; 1WAZ A; 2NN4 A; 3ABT A; 2VQF B; 4LF5 B; 4JI4 O; 2OIE A; 3CXC U; 2JGD A; 3K5M A; 2LP7 A; 3E22 A; 1VQN V; 2E3C A; 2LO1 A; 1XL6 A; 4PD4 F; 5BMV A; 2PUS A; 3D36 C; 4PI2 A; 2B1G A; 3SGI A; 3JD2 A; 1RPO A; 4X62 B; 4UV9 A; 3FYI B; 3RYF A; 3OMI B; 4FFB B; 1ZL8 B; 4X1I A; 1XMQ O; 5B1B B; 4LFC B; 1M57 C; 2E5L B; 4BAY A; 3DTU B; 1XEQ A; 2WLJ A; 1MOF A; 5LYJ B; 2OCH A; 4B08 A; 2Y69 B; 2W0F C; 2Q0A A; 2QA4 V; 5KHG A; 3TCU A; 2OTJ V; 2RN9 A; 2EIJ C; 3LSQ A; 3W7W A; 1TUE B; 5LGU A; 1HR0 O; 5JQG B; 2KQX A; 3WG7 B; 1PNM A; 4DRX B; 2ZD9 A; 3OT7 A; 4Q20 A; 1Z5W A; 1N32 O; 1JCH A; 1S5H C; 4DR5 O; 2P90 A; 2QDO A; 3RYC B; 1AI6 A; 3OMA B; 3X2Q C; 4FLY A; 4MT8 A; 4MVR A; 3JCZ A; 3UO3 A; 5FPR A; 3B4S A; 2DWE C; 3CCQ V; 3FFQ A; 4DV4 B; 3J80 N; 1GN2 A; 2IH1 C; 4J41 A; 2Y48 A; 4JI0 O; 3P3N A; 4TQD A; 2YIB A; 4X65 B; 1WJZ A; 4ZHQ B; 4LFB O; 3BRC A; 4P2Z A; 2OWO A; 2WLL B; 3J81 N; 1VQ8 V; 2BTQ A; 5K1X A; 2JJ2 G; 2ZIO A; 2OYQ A; 4X20 B; 1ORQ C; 1KBH A; 3APO A; 4JI5 O; 1T5E A; 4RAI A; 3C90 A; 3BCC H; 4WBN B; 5GTH Z; 3SPC A; 4TQF A; 4DO2 A; 4EFE A; 2YEV A; 3K3W A; 1IVS A; 1VIB A; 4P9P A; 1K34 A; 3ABU A; 4X66 B; 1TAE A; 4MVU A; 3M99 B; 2YI9 A; 4CH4 A; 1XMO O; 3AG1 C; 4U7O A; 4YHH B; 2E74 B; 1ARO P; 4QE9 A; 1HNW B; 1K9M W; 4QPJ A; 4TV8 B; 4D7T A; 4XDL A; 2XND G; 3VQW A; 2KG7 B; 4J7K A; 2QKC A; 5ITZ A; 1FD9 A; 3AG7 A; 3CHX A; 3WU2 Z; 4TSF G; 2VWJ A; 2HEP A; 4ZBM A; 1QHT A; 2LFS A; 2F43 G; 1K4C C; 4MW3 A; 4GX0 A; 2QWN B; 4DUY O; 1E1R G; 2FKX A; 1UPG A; 2IJK A; 5B66 Z; 3FB6 C; 1F51 A; 2V4D A; 3STZ C; 4J9Z B; 3CP1 A; 4OPH A; 1R3J C; 4PA9 A; 1KD1 W; 1R3I C; 2IJJ A; 3CCM V; 4HYO A; 4JGS A; 1DF5 A; 2UXN A; 3LSU A; 4B3M B; 4CS3 A; 3BY6 A; 1VQP V; 4Q6G A; 1SQB H; 4TOI A; 3T1Y O; 3ASO B; 2A7W A; 3L70 H; 5LP6 B; 3PN1 A; 4I55 A; 5LA6 A; 2QKA A; 2EIM C; 2RNB A; 3S3W A; 5IWA O; 1NU1 H; 4DR2 B; 1QVG U; 1ZUQ A; 1RP3 B; 5L3D A; 3E8G A; 1YI2 V; 4JI7 B; 2EUL A; 4J80 A; 4OX9 B; 5LMN B; 1XHX A; 3HPL C; 3SR2 C; 4IHJ B; 1OCZ C; 2DJV A; 1YIT V; 1RM1 C; 3B8M A; 4ZI7 B; 5L3C A; 1NH2 D; 4FMT A; 2YIC A; 1Y74 B; 4FIP C; 2ZM6 B; 5IY5 B; 1EZV H; 1L0N H; 2UXB O; 3LSS A; 2EIL B; 2R72 A; 4ZIB A; 4B3T B; 1MZF A; 1M4U A; 2P67 A; 3DXR B; 1J95 A; 2BE3 A; 3K0D A; 1DF4 A; 1RSO B; 1FXV A; 2P6J A; 3CEI A; 1NR1 A; 5CB4 A; 2A3Q A; 1NTZ H; 3D36 A; 3ZMV A; 3SJA C; 3CC4 V; 4HNA A; 3Q4H B; 3ZX6 A; 4FLU A; 1GMG A; 3CCS V; 2JEX A; 2XUM A; 4JTD B; 1QLN A; 2RDC A; 3I5D A; 3ZBH A; 1XRE A; 4FZ0 A; 3A0H Z; 1H2M A; 2N04 A; 3B8N A; 1IBL O; 4UB6 Z; 2F4V B; 4EFB A; 3ZIA G; 5EC1 C; 3TET A; 3BFR A; 3GWK C; 4A5U B; 4YJ2 B; 4R6Z A; 3AG4 B; 4I9W A; 5JH7 B; 3CCJ V; 2JVD A; 5CA1 A; 4D6T H; 3JAR B; 4DV2 O; 4QIW F; 4CC5 A; 1WA8 A; 2DW4 A; 1VQL V; 4WFF A; 3APQ A; 2EIN C; 2IU0 A; 5GON B; 2LW1 A; 3BEH A; 1TVK B; 5KX5 A; 4JV5 O; 4NYK A; 3CYO A; 4LF4 B; 2AHY A; 1DTO A; 4DV0 O; 3JYC A; 2PGG A; 3ZRW A; 2ITC C; 2L6L A; 3QF7 A; 4DR6 B; 2WA4 A; 1D5A A; 4O4H B; 1H2L A; 3ABK B; 1F7Y A; 1YJN V; 3ZRV A; 4I9Q A; 4JI3 O; 4DV6 B; 3ASN B; 3T1H O; 4W4L A; 1FKA O; 3CJH B; 3KG2 A; 3ZN1 A; 3P32 A; 3K5L A; 2UUB O; 3JAS B; 1Y67 A; 2HJF C; 4RQE A; 3L72 H; 2IJH A; 4XDJ A; 5LXT B; 2CTR A; 3QTC A; 2O57 A; 3RVZ A; 3ABL B; 1GM9 A; 4DUZ O; 4NTY A; 3RWR D; 4I4T B; 4DR7 O; 4OXS A; 3JAM N; 1HNX B; 1H8E G; 3ZMZ A; 1VQ4 V; 4EB6 B; 5IJ9 B; 3K58 A; 1JX9 A; 1XBL A; 4LFA B; 4U3J B; 4B3R B; 5EIB C; 1SER A; 1JFF B; 1PKX A; 3IC7 A; 5IE9 A; 2HJD A; 3L9D A; 3E8H A; 4JAS A; 3OE7 G; 3JD1 A; 2CGO A; 2ADP A; 3HB3 B; 2ARH A; 5KMG A; 2WA3 A; 2Q8V A; 2P5O A; 1O9G A; 3L74 H; 4FM0 A; 2DE0 X; 1BHA A; 4O2A B; 5JVD A; 4LF6 B; 2ZE8 A; 4TT3 G; 4GKJ O; 4BR6 A; 3OR6 C; 1H2G A; 2HR3 A; 4DR3 O; 2ZNJ A; 4E2L A; 1Q8I A; 3RVY A; 4MSW C; 4J9Y B; 2AW9 A; 2X7R B; 3OUF A; 1WB7 A; 1OV9 A; 1Q6H A; 3ETE A; 1PL4 A; 3UM7 A; 4BIZ A; 1WP8 A; 1K7D A; 3G67 A; 2RMK B; 5EYP B; 1IBK B; 4X1Y B; 3E89 A; 3RYI B; 2QM4 A; 3NR7 A; 3H1I H; 3ZHU A; 5IJ0 B; 5B1A C; 4N21 A; 5J2U B; 4ASU G; 4LWS A; 2GSM B; 2UXC B; 1B06 A; 4GUN A; 3CCE V; 1SA0 B; 2MW2 B; 3ETD A; 2HVK C; 4JZ2 A; 1Y76 B; 3H01 A; 2UU9 O; 1SC5 B; 1KP2 A; 1LR1 A; 3HKD A; 1GKF A; 4GKK O; 5L3G A; 2H3O A; 1VQO V; 3CRC A; 1HNZ B; 1AI5 A; 2VWK A; 2IBZ H; 3G6E V; 2JK5 C; 4GCZ A; 3MHH C; 3A0R A; 2YS8 A; 5CA0 A; 3GVM A; 3O65 A; 2DYR C; 3FB5 C; 1JMK C; 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3JAK A; 5ITZ B; 4MTX A; 4YHH O; 5BXZ A; 1HNW O; 1WPX A; 1NZ6 A; 5CBF A; 4JI1 B; 1KUQ A; 4I50 A; 2QWO B; 4JYA B; 4CBC A; 1NI8 A; 1LUV A; 3ZHR A; 4CC6 A; 3STL C; 4PDV A; 1LUW A; 2BTO A; 4YY3 B; 1W2B U; 3H1K H; 4DV5 B; 3ZMS A; 4FPP A; 4F6E A; 1A32 A; 5BZB A; 5KAF Z; 1CP9 A; 1R1B A; 4BW5 A; 5LGN A; 3HKC A; 2LW7 A; 3LDD A; 2WLI A; 1YXB A; 4I55 B; 5LA6 B; 4NXN B; 3ZED A; 4B3M O; 1R73 A; 2YXH A; 1YF2 A; 4NTW A; 1B04 A; 3FAV A; 4TUY A; 1VMG A; 4X88 A; 4UCV A; 2DQ3 A; 1RPR A; 1AIL A; 1BSM A; 3RW0 A; 4DR2 O; 1Y66 A; 4N23 A; 3AG2 C; 4JI7 O; 5B5E Z; 1F23 A; 4AQY B; 4OX9 O; 5L3B A; 4H44 B; 4FK5 C; 5LMN O; 5CN0 A; 4JI8 B; 5FPO A; 3IGA C; 3CE2 A; 2OT5 A; 2Q9L A; 2C2A A; 2ZR2 A; 3CD6 V; 4ABM A; 2X6B A; 2YIB D; 2ZM6 O; 1JJ2 U; 2ETN A; 1BQZ A; 4DV3 B; 1CPY A; 1V54 C; 4TWK A; 4FLW A; 4B3T O; 2QEX V; 2EZO A; 3RGB A; 4PDL A; 1NT2 B; 2YI8 A; 4DR4 O; 1QR9 A; 5EZY A; 1WP7 A; 5CB4 B; 4PA7 A; 4ZOL A; 1VEW A; 5JWP A; 1MG1 A; 2GV9 A; 5KHI A; 1BZK A; 3BVO A; 4HNA B; 2V7Q G; 2CAZ C; 2YC0 A; 5KUM A; 3W7X A; 5D5P A; 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