The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M8A A; 4DV4 O; 1N34 O; 4JI7 O; 1R6T A; 3F5T A; 1I94 O; 1AIL A; 5IWA O; 1HNW O; 1XNQ O; 5LMN O; 1FJG O; 4X62 O; 4DV2 O; 1N33 O; 4DR3 O; 5BY1 A; 2HHH O; 3T1H O; 2N74 A; 4OX9 O; 3J81 N; 4LF8 O; 5H5N A; 4JI1 O; 4DR7 O; 4DR6 O; 4DV5 O; 4X65 O; 1F7Y A; 4LF5 O; 5BXZ A; 1N32 O; 5IT9 N; 2VQE O; 4YY3 O; 5A2Q N; 4JI3 O; 4K0K O; 4LF6 O; 4YHH O; 4LF7 O; 2JRI A; 4A5U B; 5LL6 Y; 2VQF O; 1FKA O; 4X66 O; 2LW7 A; 1IBK O; 3T1Y O; 4DUZ O; 4B3T O; 4DV7 O; 5FLX N; 2FKX A; 4JI0 O; 4KHP O; 2Z0A A; 4GKJ O; 1X59 A; 1HR0 O; 1G1X B; 5LMU O; 3J7A U; 4JV5 O; 1AB3 A; 4DV6 O; 1XEQ A; 3O65 A; 1XNR O; 2ZKO A; 4OPH A; 3SDL A; 5BR8 O; 4LF9 O; 4OPA A; 4JI8 O; 4LFC O; 4NXM O; 2UXC O; 4DV1 O; 2UXD O; 1A32 A; 2UU9 O; 4LF4 O; 4JI5 O; 3R66 A; 2AGA A; 2DJV A; 4JI6 O; 4DV3 O; 4DR5 O; 1IBL O; 2UUC O; 1R1B A; 1YZB A; 1J5E O; 4LFB O; 4B3S O; 4NXN O; 1HNZ O; 4AQY O; 1D2D A; 4DUY O; 1DK1 A; 4X64 O; 4GKK O; 4DR2 O; 3J80 N; 1KUQ A; 1IBM O; 1XMO O; 4DR4 O; 4JI4 O; 1N36 O; 3JAM N; 2E5L O; 2UUA O; 1NS1 A; 2F4V O; 1XMQ O; 2ZM6 O; 4DV0 O; 4LFA O; 3OTO O; 1HNX O; 3RT3 C; 2DOS A; 4B3M O; 1FYJ A; 4DR1 O; 2UUB O; 4B3R O; 4JYA O; 2UXB O; 4JI2 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G71 V; 3JD2 A; 5JWP A; 3SGI A; 1XNQ O; 1I08 A; 1TAE A; 3QF7 A; 3O9O A; 2YS8 A; 1RSO A; 2DYS C; 4JTC B; 5JQG B; 3UT5 B; 3TET A; 4O2A B; 4PJ0 Z; 4I7Z B; 4B08 A; 1JR9 A; 3Q4H B; 1N32 O; 3H1L H; 3B77 A; 2GBO A; 2PF4 E; 1XL6 A; 4DV3 B; 4FLT A; 1H2G A; 3VQV A; 2ODM A; 5L3E A; 2UUB B; 4JAS A; 3HKB B; 4J10 A; 4JI2 B; 5JQG A; 3UT5 A; 2YIA A; 4CH5 A; 3E86 A; 4MS2 A; 3KCX A; 3SJC C; 3G6E V; 1Q90 D; 3SJA C; 4J7J A; 1BE3 H; 4J11 A; 1NI8 A; 4ICG A; 3K08 A; 3ML0 A; 5B3S C; 3CS5 A; 5BR8 O; 3RYF B; 2ZIM A; 4OPA A; 3QO7 A; 3H1I H; 1D5N A; 1H8H G; 5JJE B; 3HKB A; 3FAV B; 3CME V; 1COW G; 2DW4 A; 3WU2 Z; 4B3S O; 4R6Z A; 4XDK A; 3GB7 C; 2NN4 A; 4IYI A; 1FS0 G; 4DUZ B; 4JTA B; 2A7W A; 2IBZ H; 2JS3 A; 2E5L O; 2EIK C; 2Z3Y A; 1PKX A; 5CBF A; 2HJD A; 1CP9 A; 1VF6 A; 2W0X A; 3P32 A; 1JVM A; 3GWK C; 4LFC B; 1SES A; 4MW8 A; 1WN7 A; 4NTY A; 3M8A A; 3L74 H; 1XUQ A; 2Q69 A; 3FB5 C; 1OHH G; 1WP8 A; 2P67 A; 4X1I B; 3B8N A; 4FJC C; 4GX1 A; 1OCC C; 5LHG A; 2F23 A; 3HKD A; 1R73 A; 2DMX A; 1WNS A; 2ATK C; 3KZI Z; 3L75 H; 1QBZ A; 3LNN A; 1K5S A; 4TWK A; 1FFX B; 1PNK A; 1R3L C; 5BR8 B; 2E75 B; 2EZP A; 3APO A; 5LA6 B; 4LH7 A; 4LP8 A; 4ZIB A; 3D36 A; 4D7T A; 3CB2 A; 3CCM V; 1GAX A; 4MT8 A; 2JJ1 G; 4IT5 A; 5LL6 Y; 4UCR A; 4X88 A; 3HB3 B; 4B3S B; 3G80 A; 4X1I A; 4AI8 A; 2LW7 A; 1AR1 B; 1US6 A; 5IJ9 B; 1JCH A; 3MHH C; 5EZY B; 2Y4U A; 3SJQ C; 1Y76 B; 2R70 A; 2HEP A; 4GZR B; 5IWA B; 3H01 A; 5KAI Z; 4LC1 A; 1WPX A; 2GUZ B; 1HW7 A; 3AG3 B; 1UPG A; 4GYC B; 3SPI A; 4LF5 B; 2GV9 A; 1SRY A; 1FXK B; 2P90 A; 1MZE A; 5IJ9 A; 1VQ9 V; 2UUC O; 4LF6 B; 5EZY A; 2YXY A; 4TV9 B; 1Y76 A; 3BAA A; 1AR5 A; 2XOK G; 3GVM A; 4DR2 O; 1S5J A; 3CD6 V; 4B3T B; 1GM8 A; 3RBZ A; 4JAA A; 3M7M X; 4YJ2 B; 1B3Q A; 2GUZ A; 4OXS A; 1NH2 B; 3QTC A; 3K03 A; 1SER A; 4DV0 O; 4JV5 B; 5BZB A; 3OGC C; 5H6R A; 2V7Q G; 2DOS A; 2QJ1 A; 2B1I A; 1FXK A; 2UXC B; 2H94 A; 4PDL A; 4WFE A; 5FPR A; 5L3C A; 3DSQ A; 3EFF K; 3ABM B; 1YXB A; 5CA0 B; 1AIL A; 2E76 B; 4KP4 A; 3ZN1 A; 4WFF A; 5LP6 A; 4YJ2 A; 1KBH A; 3OAA G; 1ROP A; 1AR4 A; 2K9P A; 1HDJ A; 3JAS B; 2HR3 A; 2WSS G; 2P22 C; 1JOY A; 2ZD9 A; 5L3G A; 2WLK A; 4X8A A; 3F7Y C; 4K0K O; 3CXC U; 3ZRV A; 3ZHT A; 2KQX A; 5TIS Z; 1URF A; 4A5U B; 5CA0 A; 1SQG A; 1B06 A; 5JJN B; 2N05 A; 4LCU C; 5CMU A; 2VRZ A; 1VAR A; 5A9G A; 1I7F A; 2OYQ A; 3H1J H; 1V55 B; 1M1K W; 3X2Q B; 1VF6 C; 3E8H A; 1G8M A; 1THZ A; 2XAH A; 4TUY B; 2EIM B; 1FJG B; 1B04 A; 4U7N A; 3AK2 A; 1QLE B; 3I56 V; 4HAM A; 2OT5 A; 3SDL A; 4NXM O; 5J2T B; 1L0L H; 4UCT A; 3ABK B; 1Y67 A; 3G6B A; 1BZK A; 2GTA A; 1XIL A; 2LFS A; 3OD4 A; 3K3W A; 1RP3 B; 1SQQ H; 4MSW C; 4TUY A; 1DK1 A; 3D36 C; 2BTQ B; 3IC9 A; 2WLN A; 1KUQ A; 3UCS C; 1M90 W; 2AZ2 A; 1ARO P; 1EZJ A; 2QE7 G; 3CEI A; 1N4C A; 4K3A A; 3CE2 A; 1YI2 V; 1Y4M A; 2CE4 A; 4H37 A; 4DR1 O; 4FFK A; 1BL8 A; 2QTO A; 3CC2 V; 2FML A; 3RYC B; 1BHB A; 1NTK H; 3JAR B; 3M99 B; 3SYO A; 4H0L B; 3ASN B; 1WP7 A; 4HBN A; 2DYR B; 3CC4 V; 4FM2 A; 3SPH A; 1JPX A; 4BIZ A; 3LNM B; 3ZRX A; 2N74 A; 2GDS A; 4PHZ A; 1SS3 A; 1HWY A; 1M4U A; 4UUJ C; 3CCE V; 1P84 F; 3RYC A; 1XMQ B; 2QTS A; 2XAS A; 3UO2 A; 2PYL A; 3K9S A; 1WB7 A; 3B2E E; 4WBN A; 1M57 B; 3JAW B; 2V1D A; 1M56 B; 5B66 Z; 2PI5 A; 3DC6 A; 3AG3 C; 2Q7E A; 2F95 B; 1TVK A; 3UKM A; 3OEE G; 4KHP O; 1FXK C; 4GLX A; 4KFM A; 4R7C A; 1WA8 B; 3ABT A; 3C90 A; 3ETE A; 1FAF A; 3AG1 B; 2YEV B; 2MK3 A; 5KHH A; 4DO2 A; 1RPO A; 4TOI A; 4ZOL B; 4ZHQ A; 2P06 A; 2UXD O; 3RW0 A; 4FIP C; 2WLL B; 3JAW A; 1YCI A; 3K9A A; 3JD4 A; 2AZ0 A; 1JJO A; 1S5L Z; 1HP8 A; 3RVZ A; 1J95 A; 2VQF B; 1SC5 B; 4AQY O; 4DUY O; 1WA8 A; 1QCE A; 3T4Z A; 4GKK O; 5KHI A; 3J80 N; 2P4K A; 3IFX A; 2Q0O C; 4JYB A; 3ABM C; 1H38 A; 4JI0 B; 4ZOL A; 4GKJ B; 1SET A; 2ZE8 A; 4H13 B; 4CS3 A; 5KMG A; 2M7W A; 1IX9 A; 1XQ8 A; 1S76 D; 2WLL A; 4JZG A; 1MA1 A; 5D5P A; 1ORQ C; 3CRQ A; 2QWP B; 4MTO A; 3OFN G; 5ITZ B; 2AHZ A; 1KKC A; 2ZXW B; 5LHI A; 1HNW O; 2HKO A; 1Y66 A; 2OWO A; 1YDX A; 4MW3 A; 1N33 O; 4X64 B; 2Z5U A; 1XRE A; 1W0J G; 1V55 C; 2K1E A; 5EBW C; 3X2Q C; 1I5X A; 4JI1 O; 1ZUQ A; 2P4V A; 2UXD B; 1Z5V A; 2EIM C; 5IT9 N; 1VQN V; 4JAU A; 1QLE C; 3ZN0 A; 5ITZ A; 2A9H A; 3VBB A; 3D3Q A; 2G38 A; 1NVP B; 1K9M W; 3ZHV A; 4BW9 A; 4J7Z A; 3D3I A; 4DUY B; 4JZ2 A; 1K3E A; 3ABK C; 3E8B A; 3ZHR A; 1NVP D; 4CC5 A; 2JEX A; 5JJJ B; 5LMU O; 3CCS V; 3J7A U; 3TCU A; 2ZKO A; 5EIB D; 1VQ5 V; 4XBF A; 4DRX B; 5IE9 A; 2AGA A; 2QEX V; 4PA9 A; 1OCR B; 2GHY A; 5D5Q A; 2JJ2 G; 1NKD A; 1HNW B; 4PA6 A; 3T1Y B; 2ILM A; 1SKV A; 2Y0P A; 3EVK A; 4EKW A; 2EX3 A; 3OR7 C; 2QKA A; 2YXH A; 4IYH A; 3DGE A; 2Q0A A; 3NR7 A; 3JAM N; 3ASN C; 1NS1 A; 2N04 A; 3OR6 C; 1VIB A; 2DYR C; 1QR9 A; 4JI1 B; 2XUM A; 4FM0 A; 4YIP A; 3I5D A; 3QG5 A; 1VF7 A; 1DF4 A; 2XAG A; 3QO8 A; 4LBE C; 2UUB O; 1QVF U; 2CTW A; 3JSN A; 1GN2 A; 2YID A; 3OMI B; 4JI2 O; 2ETN A; 3OGI B; 2W6I G; 1VP7 A; 3F5T A; 1K8A W; 1BSM A; 3BA8 A; 5CA3 A; 3MDS A; 1M57 C; 4UXN A; 1AI4 A; 1XDC A; 1M56 C; 1XHZ A; 1MMM A; 1W0K G; 1XMO B; 2A0L A; 3N27 A; 4DR6 O; 4LH6 A; 1SQB H; 1FD9 A; 2B5U A; 4JI3 O; 3AG1 C; 1G4Y B; 5LGT A; 4Z2W A; 2OCH A; 3OMN B; 4OGQ B; 4K35 A; 3T1C A; 2KG7 A; 4TT3 G; 4DUZ O; 1VQM V; 1QLN A; 3CCQ V; 1ENV A; 1W59 A; 4FLZ A; 4YJ3 A; 4P9P A; 3RGB A; 4WF9 V; 4FPP A; 5JH7 B; 4IGG A; 1QHT A; 2FL4 A; 3RYH B; 1P7B A; 2CDY A; 4QE7 A; 3W7W A; 4NB5 A; 4O4H B; 3O65 A; 4PA3 A; 2BOC C; 4PI2 A; 4Z1M G; 1VQ6 V; 2LGW A; 3U10 A; 1CPY A; 4LFC O; 2QA4 V; 2P7T C; 4U3J A; 3H1K H; 1GN4 A; 3W7T A; 1YZB A; 3HKC B; 1J5E O; 4FFB B; 2RJZ A; 2H3O A; 4ZKI A; 1YEW A; 4RO2 A; 5JH7 A; 3RYH A; 1BMF G; 5BMV A; 1IVS A; 4FLY A; 4O4H A; 4DW1 A; 4U3F H; 1E1R G; 1SQX H; 3BHP A; 2ZXW C; 4JTD B; 3JAL B; 4C7U A; 2AXT Z; 3K5O A; 4DR6 B; 4WFB V; 1K33 A; 1NTZ H; 1Y74 A; 2BSK B; 4JI3 B; 2ITC C; 3HKC A; 4JI8 B; 4FFB A; 2IU0 A; 4B3R O; 2QGN A; 2UXN A; 3TJT A; 3B8M A; 1P7G A; 5FNV A; 4Z1V A; 5IWA O; 5KUM A; 4FMT A; 4NXN B; 3SYC A; 2PZS A; 3JAL A; 3HKD B; 3K0D A; 3FYI B; 1WAZ A; 5BY1 A; 1MNG A; 2BSK A; 5EIB C; 4UB8 Z; 3ZX6 A; 4NTX A; 4CH3 A; 4LF5 O; 2F4V B; 2WLH A; 3QVN A; 5EBM C; 1KMI Z; 4LFA B; 4LF6 O; 4YHH O; 1QNM A; 2CTP A; 4LF7 O; 2XAF A; 1J5E B; 1IXB A; 1JX9 A; 5B1O A; 2JEU A; 4X66 O; 4IHJ A; 4WCE V; 2IM9 A; 1Q8I A; 4B3T O; 5DN6 G; 4FLV A; 4FLW A; 4PDM A; 1OCR C; 1S3J A; 4Q20 A; 4I9Q A; 1X59 A; 1G1X B; 2Q5Z A; 3DTU B; 3F7V C; 2VWJ A; 4JV5 O; 4X20 B; 3K0G A; 1Q6I A; 4PV1 B; 2ZCE A; 2UXC O; 3ZED A; 1VQ7 V; 4Q6G A; 1K4C C; 3ETQ A; 2QKS A; 3SPG A; 1YJN V; 2CAZ C; 3R66 A; 4GX0 A; 4RQE A; 4B3R B; 2EIL B; 4DR5 O; 3DXR A; 1IBL O; 1R1B A; 1SF9 A; 1H2N A; 4GUN A; 4FM1 A; 2PTM A; 3OT7 A; 1JA8 A; 3ZIA G; 3SYQ A; 2Q68 A; 2QM4 A; 2Y4T A; 4X20 A; 3JAK A; 3C3S A; 4BR6 A; 1ZLZ A; 2LJ2 A; 1WJZ A; 1BQ0 A; 3BFR A; 4DV6 B; 2RMK B; 5KHK A; 3CMA V; 4QGP A; 2CGO A; 3KCY A; 4YHH B; 4LF7 B; 2GTS A; 2OCC B; 1YIJ V; 4GX5 A; 4X66 B; 2BOB C; 1FFT B; 5LP6 B; 1FJG O; 2L35 A; 5KA6 A; 3AG4 B; 3BY6 A; 1K7D A; 3JAT A; 5EC2 C; 2B1G A; 4DR3 O; 2ZE6 A; 4ASU G; 4LF8 O; 2PYJ A; 4IIJ A; 3OTF A; 1LUW A; 2FTK A; 2ZM6 B; 2B9Z A; 4TSF G; 4DR5 B; 2JRI A; 1IBL B; 3ZHS A; 3U0Z A; 3DC5 A; 3OE7 G; 1P4R A; 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3ZMV A; 3ZBH A; 5F2V O; 4I0X A; 3GWO A; 4F6R B; 4JI7 B; 1HNZ O; 5B1A B; 4HNA B; 3N2K B; 1H2M A; 4X64 O; 2OCC C; 4QPK A; 5EYP A; 2OTL V; 4K8Z A; 5LYJ A; 3CSX A; 5LP6 C; 5KMG B; 3AG4 C; 1OV9 A; 3CXH F; 3MD0 A; 4F6R A; 5JCO C; 3E89 A; 2EIJ B; 4HNA A; 4BIO A; 3N2K A; 3RWR D; 3IC7 A; 1SQF A; 2BCC H; 2Q73 A; 1AJP A; 1NR7 A; 1GM7 A; 4I50 B; 5H5N A; 4JI4 B; 4X1Y B; 4QIW F; 1N36 B; 4LF9 B; 4UVA A; 5GTH Z; 3H9V A; 3ICX A; 1E79 G; 5HFM A; 3P30 A; 3HPL C; 1DF5 A; 2JDI G; 4QE9 A; 2WA4 A; 4WFG A; 3OEH G; 1HNZ B; 1JQ0 A; 3E35 A; 1IBK O; 3T1Y O; 1F51 A; 2O57 A; 5IYD O; 4RUE A; 1N34 B; 1DTO A; 1OCO B; 3L73 H; 1XL4 A; 3JD1 A; 4I50 A; 3S3W A; 2LQT A; 4X1Y A; 3T4D A; 3OM3 B; 4BAY A; 1KU9 A; 1CXZ B; 4CZZ A; 2HHH B; 1IUR A; 1O9H A; 2VS0 A; 3FB8 C; 3WG7 C; 1Q6H A; 3TXS A; 3AK1 A; 4I9W A; 4LNU B; 1K34 A; 2R72 A; 4UB6 Z; 2KSD A; 1ZX3 A; 3CRM A; 1EN4 A; 2X0L A; 2ZIN A; 1PNL A; 4BWA A; 3I55 V; 1KP2 A; 2YI8 A; 1XMO O; 4DR4 O; 4WFH A; 4EB6 A; 1BCC H; 2R9A A; 3E8F A; 2RQ6 A; 4L87 A; 5LOV A; 3OTO O; 5KAF Z; 1XNR B; 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