1XUU | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	QNNNEFKIGNRSVGYNHEPLIICEIGINHEGSLKTAFEMVDAAYNAGAEVVKHQTHIVEDEMSDEAKQVIPGNADVSIYEIMERCALNEEDEIKLKEYVESKGMIFISTPFSRAAALRLQRMDIPAYKIGSGECNNYPLIKLVASFGKPIILSTGMNSIESIKKSVEIIREAGVPYALLHCTNIYPTPYEDVRLGGMNDLSEAFPDAIIGLSDHTLDNYACLGAVALGGSILERHFTDRMDRPGPDIVCSMNPDTFKELKQGAHALKLARGGKKDTIIAGEKPTKDFAFASVVADKDIKKGELLSGDNLWVKRPGNGDFSVNEYETLFGKVAACNIRKGAQIKKTDIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
molecule keywords	polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
publication title	Structural and mechanistic analysis of sialic acid synthase NeuB from Neisseria meningitidis in complex with Mn2+, phosphoenolpyruvate, and N-acetylmannosaminitol. pubmed doi rcsb
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	115
structure length	348
sequence length	348
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03102	NeuB	NeuB family
A	PF08666	SAF	SAF domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1xuuA01
3.90.1210.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12	Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain	1xuuA02

1EIXA 3IIVA 1LROA 5EBUA 1H63A 3KVKA 2HTMA 1QO2A 4I7UA 3UZJA 4RX0A 1DJQA 4ALDA 3LRLA 1OYBA 1KM2A 1LOQA 2J9ZA 2CZDA 3TX9A 4NQ1A 3AO0A 4YCPA 2NX9A 4X9SA 3LHVA 5F2MA 3NL3A 3KX6A 4FX7A 2ISVA 3W2NA 1QNVA 2OX1A 4UTJA 3PY2A 3S5NA 4NY6A 1ICSA 2YDAA 4E2BA 2LX2A 3MMTA 5AYXA 2Y7EA 1BTMA 2YW3A 3JRKA 3EX6A 3P82A 3A24A 5AYZA 2ZCGA 1X1OA 2QCHA 1OK6A 3PULA 4A22A 2GVLA 3DFPA 2A7NA 1H50A 2PRLA 2V5BA 2VFDA 1WA3A 4FXSA 3DFTA 4RJEA 2C0AA 1B4EA 4PA8A 5IM51 2G95A 4AXKA 3HJZA 5KZDA 3TQVA 3W23A 4N9CA 3TFXA 5KZEA 3GAKA 5IBXC 1OF6A 2VXNA 1TPH1 4FHAA 3SW6A 1YXDA 2BX7A 7MSIA 1GTEA 3JR2A 1L6WA 3SIZA 4X22A 1S5WA 3V1PA 4EOUA 5LHFA 4ADSA 3CWNA 1KTCA 3H55A 3MI6A 1R46A 4KFNA 4TMCA 2X1UA 1TPFA 4L4MA 3GIYA 5DBTA 3W7MA 3G1VA 8TIMA 2EPHA 5HINA 5G4WA 5J5DA 4DQWA 1KFCA 3UY8A 4GFSA 3JS3A 2HSAA 3FIGA 1MXSA 3B04A 3W70A 2VFGA 1UASA 5FI8A 2X1RA 4XTIA 3C2OA 6AMEA 3RNDA 4JIQA 4HPXA 5LNWA 3NQDA 2JKEA 1X8FA 2C13A 1L6SA 1WQ5A 5D02A 1VLIA 4RLIA 3W2KA 3WK0A 5HWJA 1KFKA 2CLOA 1J5TA 2BTMA 3LHZA 5MHBA 3Q58A 3PBVA 2TRSA 3S6DA 1H1ZA 4N4PA 1KLZA 5U4NA 2B7QA 3R89A 3TIMA 5HWMA 2E5CA 3THQA 2NUYA 5DY3A 1ALDA 1PHWA 2ZZ2A 1DHPA 1TQXA 2ZFAA 4DXVA 2OZ0A 3IVUA 5T26A 5K9XA 5FF2A 3S9YA 1K8XA 5F2LA 2CLHA 2RDWA 2YXGA 3NQMA 3MBDA 4MJZA 1TV5A 5EKYA 3DI1A 2Y61A 2Y6ZA 2AGKA 4LS2A 4LVFA 4JTGA 6TIMA 3O06A 4EWND 3FJLA 1OF8A 1KLYA 1I8JA 4RK8A 1JUEA 1S5TA 4FB7A 3W1UA 3P84A 4M19A 3OVPA 3HPXA 3GX9A 3GKFA 3LCLA 5KMYA 1JQVA 4JTSA 1KV8A 4UNLA 4G1KA 3B4UA 2H8ZA 3NL2A 1UB3A 3S8HA 3ELFA 2A2IA 5LSMA 3O1NA 3W88A 1O60A 2H90A 1H7PA 3W3OA 4KWWA 2VENA 4DEFA 3FEMA 5ABTA 1SO5A 1T99A 1W5NA 4MFEA 1KM4A 3EX3A 2RDTA 2PCQA 3BVJA 4M5PA 1GVFA 4O53A 4TIMA 4N4QA 3IIZA 3LHTA 3L68A 4PC8A 2QCEA 2R94A 4TR9A 5CGQA 3R2GA 3UWYA 1ZAIA 3I68A 3TXZA 3ZS4A 4E0CA 1RQHA 3IIPA 4GUFA 4O4VA 4Z1BA 1W56A 2RDUA 3L0KA 3LHYA 1KM3A 4O12A 1UBSA 1B57A 4LU0A 4WUIA 3A22A 4OT7A 1L2UA 1U5JA 1H7WA 3P60A 5D2VA 3N19B 1DJNA 1SO6A 3VCRA 5DN1A 3E96A 4BFAA 3QZEA 3G1YA 4LVAA 4JTFA 4D2JA 2E6YA 4HSOA 3NQ2A 3W1AA 1LM1A 3SI9A 2VFIA 2C1HA 3A5FA 2E09A 2WNQA 5K2ZA 2QDGA 4IMGA 3D0CA 3W1PA 4GUHA 4N9DA 4NUWA 1SZEA 1M5WA 4BI7A 4DF2A 4FNTA 3GAYA 3G0XA 4YCOA 4Z1DA 3C61A 3M44A 4WY0B 4GRSA 3N9RA 4IMFA 4IGHA 1YDVA 3ABSA 3W7NA 2DJLA 4UTTA 1ZJIA 2ISSA 1HUVA 2OCZA 3W84A 2QF7A 1W5QA 3ABQA 3DI0A 1QAPA 4NX0A 5DCEA 5HR6A 2E77A 4OQVA 4XTDA 1IF2A 5D30A 3NYZA 4FEZA 1OX6A 1IXNA 4UNKA 3S1UA 1ZENA 2I1OA 3C6CA 3PUEA 1JCMP 2ZA1A 1WVOA 2PE4A 5AFDA 1B7JA 2SPGA 1DOSA 4GE8A 3MUXA 1M6JA 5AC7A 4LUIA 3G1XA 4JY8A 2VFFA 3Q94A 3FS2A 4MZYA 3GVGA 2A7RA 4IOTA 2Q3OA 1ME7A 3OA3A 2PURA 4WX2A 4AHOA 1SFJA 3QC3A 3ATZA 3W73A 3KRUA 3FYPA 3L0GA 1FWTA 1RV8A 3W72A 4PEKA 5CPNA 4ZQOA 1OHLA 5CKSA 3A9IA 3QW4B 1B3OA 3M0ZA 4U28A 1AW5A 2Q8ZA 4AWTA 5AB3A 3DFSA 4XUGA 1RPXA 1VHCA 4KFPA 1RQBA 1Q6LA 4MPQA 1OPSA 4PL2A 3M16A 1Z41A 3O6DA 4JTTA 3TW7A 3O05A 3UXAA 1GVRA 5F2GA 3O07A 4UR4A 3EXSA 3LX9A 2GVJA 4FIRA 3P67A 1FWSA 3HF3A 4LNYA 2JBMA 4KKXA 3FA5A 4CQAA 4EIVA 4HPJA 5KSWA 4Y9AA 4FX6M 1JR1A 1LORA 3GDTA 2GVGA 1JQXA 4LVGA 2Z6JA 1XFBA 4OHQA 3L0NA 4EF8A 5D03A 2V0TA 4PCFA 5G1TA 3TQKA 4JIPA 3P5ZA 2J24A 1EB3A 4FIQA 1YYAA 2QUUA 2V2DA 2A7PA 2BLEA 4LUJA 1FXQA 1QOPA 2FPYA 1YXCA 2C19A 2QAPA 4UR8A 5K9CA 5HWNA 1WX0A 3NAVA 3PM6A 3SFKA 1AL8A 3PC0A 3BG5A 1KFJA 1HTIA 3CEPA 2GOUA 3T4CA 2G97A 3S5ZA 4IQLA 3MSIA 1OG0A 1V5XA 1N8FA 2CLMA 2QDHA 1LRQA 9MSIA 5LGXA 1O4UA 1K8YA 3B06A 1PS9A 1B4KA 2BXVA 1AMEA 4JX6A 4UFJA 3S1WA 2DP3A 3SSJA 1LOLA 4GWEA 1EEPA 2CW6A 2ZZ5A 3M9YA 3UWQA 5C6MA 9AMEA 1C29A 1FCVA 3PG8A 1XM3A 1HO1A 3IVTA 3QPYA 4LRTA 4Y8FA 4RKAA 4LOCA 2NV2A 1T0OA 2ZZ7A 2X16A 2QCDB 5LZLA 3GNNA 1G4TA 3FJ6A 5FF3A 1CW2A 3S1XA 3PBYA 3NOEA 4IJBA 3WJZA 3KVLA 3I7QA 2HS8A 4CCCA 2QCLA 3N34A 1R2SA 2TPSA 1JCYA 4Q32A 2HMCA 3DFQA 1W3IA 4Y6GA 5TBOA 3DHDA 4AVFA 1NVMA 2J6XA 1O5KA 2E6AA 2GJLA 3ZWTA 4Z0JA 1IXOA 1B7KA 4POCA 5D2YA 3SGZA 3NR0A 4KWVA 2AAMA 4M6PA 3F03K 4GUJA 3CQ0A 2B4GA 1OFRA 2E6FA 3LI1A 4FXRA 2NWSA 4JDBA 3TMQA 2QJIA 1TPEA 3P62A 1FCQA 4AEOA 3MO7A 3RLUA 2DZXA 4JGDA 4UTLA 2R91A 1Z42A 1TB3A 3FLUA 4JTLA 5K4XA 1LYXA 4DPPA 5CG7A 1XBXA 2DZTA 1TTJA 3M7WA 3A21A 2CZFA 1U83A 4ZQCA 1XL9A 2GUUA 2ZA2A 5A5WA 5H2ZA 1W5OA 1F73A 4O17A 1KDFA 1C8VA 3P61A 2YFOA 3NQCA 3MP4A 2QUVA 3GB6A 5EMUA 1AMKA 3LI0A 1G7VA 1MSSA 4UFHA 2QCFA 1PE1A 4PH6A 2ZTJA 3IEBA 5HNRA 4JYDA 2ATSA 1K7XA 1OFBA 4WD0A 2C14A 1X6UA 1GJPA 3C2EA 4EVZA 2PC4A 3PWAA 2V2HA 4N02A 4LVBA 3QMSA 1WBHA 1W3NA 1ML1A 4LTSA 5HMSA 4BF9A 2ABBA 3BGJA 1D3GA 4E2DA 3W7DA 1EKLA 5DXXA 4L4LA 3C8FA 5AC8A 1XI3A 5TQLA 3KVMA 1TTPA 3I7SA 3MYOA 1OK4A 4O54A 1CI1A 3HG3A 1QR7A 1UUOA 3MHGA 3I7RA 3KHJA 1H7NA 3N73A 1OX4A 1QMLA 2A85A 2V8ZA 2TMDA 2P0OA 4WY0A 3L5LA 5LGZA 3EB2A 3O6YX 1RD5A 2CLLA 4JEQA 1MEWA 1YADA 3G1HA 1AK5A 3QF0A 3F1QA 5BNKA 3N2MA 1W0MA 1RR2A 3NL5A 4FF7A 3TROA 3W7LA 2JGYA 3NQFA 2QR6A 3SGUA 4LT9A 3TK7A 1NF0A 3EX1A 3O16A 4HNVA 4LWWA 1A53A 1G4EA 3NQ6A 3FFSA 4O52A 2ALDA 4ADTA 3PR2A 1B7IA 1VGAA 1VHNA 4AF0B 5I3FA 3EWZA 3YPIA 5HUOA 3EX2A 2DZSA 3L5AA 2X1SA 4PL1A 3TSBA 5K9DA 4BK9A 1ME9A 3P5YA 1IXQA 3E9AA 3R8RA 3GLCA 3C56A 1PL9A 1D3HA 2YR1A 1GYLA 4P61A 2NUXA 1ICQA 1G6CA 3W6YA 5I3GA 3KAOA 4ZQNA 3DKLA 2PRMA 4O13A 4RZ6A 5AHIA 3LERA 5L6UA 3OVRA 3LRMA 3GKAA 4NXKA 5LNRA 2F84A 1F6KA 1DQXA 5D32A 2FTPA 2ZRZA 1OFAA 1GOXA 4NJHA 4MUZA 4UMBA 3WJWA 2XN2A 4BI5A 3M5YA 3WFAA 4O57A 3BLIA 2XN0A 3LDVA 3W87A 3STGA 2EF9A 3CTLA 4RV8A 3G0UA 4ML9A 1JJKA 1N55A 3NEVA 2FJKA 5G2IA 1OFEA 1Y0EA 1TIMA 3S5YA 1TSIA 2RFGA 3VE7A 4NJGA 3C2RA 2GJNA 3WK1A 2B0MA 1WV2A 4GBUA 3TSDA 3LBCA 4MOZA 3DENA 1A5SA 2ZRUA 1TPUA 4CNPA 2X1TA 1VH7A 1T8XA 1XUUA 1SFLA 4FNRA 3PF3A 5A8GA 2A1YA 2NZLA 2FDSA 3P8IA 4CCEA 5AN7A 3B05A 3MBFA 1KM1A 4UFIA 2TSYA 1GQNA 4H3DA 4WOZA 3STFA 2QEZA 4CQ9A 2QCNA 2A4AA 1UCSA 2WQPA 3LTSA 3EWUA 1I45A 4JTIA 1M7PA 1L9WA 3TA6A 4O15A 1W8SA 2FIQA 1EP3A 3FYOA 1MSIA 5AOUA 2W79A 3PUDA 3HGJA 3GXNA 3VE9A 3ZWSA 1YTDA 3GDRA 2DZWA 5AC6A 3NXFA 2LLEA 1VYRA 2BWGA 1H7RA 4S1FA 5EL1A 1Z44A 1OFOA 1I2NA 1OYAA 4NXSA 1XBYA 4MIMA 3KXQA 1SR9A 1ONRA 4WY0F 1THFD 1YPFA 2EAWA 1YPIA 3TAOA 1R47A 5BOOA 5FF0A 3HG4A 1YDNA 3LGEA 3TUUA 5C54A 2BZNA 2WO5A 4M6QA 1GZIA 3SJ3A 1TPWA 2MSIA 4WXYA 1ZFJA 3NA8A 3GYEA 5D37A 3UWUA 5EA9A 3G1SA 3TR2A 2GPTA 3NZRA 4ICNA 3O15A 1RVGA 2RHGA 3BPWA 3UWWA 3MHUA 3USBA 3R12A 3UNDA 1VQTA 4QAIA 2CLKA 1KTNA 3BG3A 3FKKA 4MY8A 1XKYA 2JGQA 2C16A 3W7RA 2ZRVA 2VEPA 3QH2A 2QCDA 2WSYA 2J88A 3N14A 1WYIA 2H3DA 2WNZA 5K3VA 1QPRA 3TE9A 2F7FA 1UUMA 2JK2A 1J4EA 1JUBA 2YPIA 2VFEA 5DBUA 1XCFA 1H1YA 3MI2A 1E51A 3NM3A 2CFFA 2FPTA 1VCVA 2X30A 4JNMA 4QISA 3LTYA 3QRHA 4LY8A 3TKFA 4NU7A 1HO4A 1OX4B 5D33A 4Z08A 2V9DA 3SZ8A 4MFDA 5D38A 3G8EA 4TU1A 4UTMA 4YWIA 3MW7A 1W37A 4IMCA 2NV1A 3NZ1A 1LOSA 2B7OA 3C52A 1VS1A 4I7VA 4O1BA 5G2HA 3UXDA 3N9SA 3PUOA 5FEWA 3WK2A 2AQWA 3W75A 1BWLA 3L21A 5KTLA 4CNNA 3NNTA 2WV8A 1LRTA 3NGJA 4O1CA 1FDYA 3BLFA 4JTKA 4R34A 3CU2A 5I3IA 4BWLA 1H61A 1WBJA 5AHFA 5D2TA 5E0KA 1SW0A 3BGGA 4ZMGA 1H5YA 4ZVJA 3AMEA 2Y62A 5FEPA 4K6AA 3BG9A 7TIMA 2ZZ1A 2CLEA 4UC5A 3QQ0A 1SO3A 1OJXA 1ZALA 4R7JA 4DO5A 3E49A 3LOTA 5D2WA 4BR1A 3HPZA 2RH9A 4IUOA 1AW1A 4JICA 1CX9A 1H51A 1DL3A 4XBKA 2VEMA 2ZBTA 2NWRA 3PS7A 2EKCA 2ZQ0A 3DHFA 2DORA 3DZ1A 3CHVA 3NQGA 3PB2A 3S1VA 3H54A 2YYTA 3KRSA 1QOQA 3W1QA 2Q3RA 1NFBA 3W7IA 1R2TA 5G1YA 5D2XA 3BO9A 5AYYA 3LLFA 1TV7A 4UTTC 1W1ZA 1SSDA 2QCCA 8MSIA 3TFCA 4ZQMA 4IMEA 4JTJA 2CU0A 3DKJA 3MP5A 1W5MA 3CPRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XUUA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations