The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
MSEWMKKGPLEWQDYIYKEVRVTASEKNEYKGWVLTTDPVSANIVLVNFLEDGSMSVTGIMGHAVQTVETMNEGDHRVREKLMHLF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
Gem-associated protein 6
|
| publication title |
The Gemin6-Gemin7 Heterodimer from the Survival of Motor Neurons Complex Has an Sm Protein-like Structure.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
19
|
| structure length |
86
|
| sequence length |
86
|
| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y96 B; 4M78 C; 4M77 B; 3JCM X; 3FB9 A; 3V7R A; 1LNX A; 3JCM J; 5GMK h; 5LJ5 j; 5GAN 3; 3L2Z A; 3RKX A; 3AHU A; 3FIF A; 2DZC A; 3JCM e; 3HSB A; 4PJO C; 4QVD A; 3BW1 A; 1N9S A; 4HT8 A; 4PJO B; 3EFR A; 5GMK l; 5GAN g; 4RCC A; 4C92 F; 2DKG A; 3JB9 G; 3RER A; 2JN0 A; 4J5Y A; 2YLB A; 4XTU A; 4EMH A; 4C92 A; 3JCM b; 5GAO l; 4M78 F; 2E1H A; 4M75 A; 3V7C A; 2DTO A; 1BIB A; 1WQW A; 1WNL A; 4EMK B; 5GAO n; 4NOY A; 5GMK e; 4M7D G; 3JB9 H; 5GAO m; 3RKY A; 4XQ3 A; 5LJ3 g; 4C92 C; 3JCM f; 3HFO A; 4M7A D; 4M75 C; 5GAM f; 5GMK i; 3L1A A; 4X9C A; 2K57 A; 4M78 E; 5GAN 7; 4M78 G; 3SWN A; 4C92 B; 4C8Q D; 1MGQ A; 5GMK j; 3QSU A; 4M7D D; 5LJ3 d; 4XTY A; 4M7A A; 4M78 B; 5GAM g; 4N0A A; 4M77 D; 5GAO r; 2YHT A; 4JLI A; 2EAY A; 4PJO A; 4PJO E; 4C8Q A; 4PJO G; 2FYK A; 3JB9 D; 3SWN C; 1D3B A; 1H64 1; 3JCM d; 3JCM W; 2CGH A; 2E64 A; 2VC8 A; 1LOJ A; 3QUI A; 5GAM d; 1KQ2 A; 4M7A C; 3SWN B; 2DTH A; 4JRI A; 2EJ9 A; 4N0A C; 4XTW A; 3V8K A; 5I21 A; 5LJ5 f; 2DXT A; 4C8Q C; 4M75 F; 1X01 A; 1I5L A; 3V8L A; 2RD1 A; 4MML A; 3HFN A; 1HK9 A; 5GAN j; 3QHS A; 4J6X A; 3JCM V; 1JBM A; 5GAN 4; 5GAO p; 1LJO A; 5GAN h; 2DTI A; 4MMK A; 4NL2 A; 3BDU A; 1I81 A; 4XU3 A; 4RCB A; 4C92 E; 4C92 G; 2VXE A; 2DVE A; 4OP0 A; 4M75 E; 1I8F A; 2DJZ A; 3INZ A; 4M75 G; 3RUX A; 3SB2 A; 3RIR A; 5LJ5 d; 3BFM A; 4JRK A; 2YLC A; 4M7A F; 1U1S A; 4M75 B; 3JCM g; 2FB7 A; 4F7U F; 5LJ3 h; 4C8Q F; 2ZGW A; 3VU3 C; 1TH7 A; 5GAN 5; 5GAO q; 4F7U A; 1N9R A; 2RA2 A; 4M78 D; 2QTX A; 2E10 A; 4M7D A; 3QO3 A; 1HXD A; 1BIA A; 5DY9 A; 1WQ7 A; 1Y96 A; 4M77 A; 3RES A; 1KQ1 A; 3JCM c; 5GAN e; 3JB9 F; 4M7A E; 5GAM h; 2EJG A; 4PNO A; 4F7U E; 4C8Q E; 4M7A B; 3JB9 J; 4PJO D; 4M7D C; 5GAN 8; 3JCM Q; 4F7U B; 4M77 C; 4XU0 A; 1I4K 1; 2DZ9 A; 4Y91 A; 4C8Q B; 5LJ5 g; 1D3B B; 3EFS A; 4JUV A; 2EWN A; 5LJ3 e; 1M5Q 1; 2DEQ A; 5GAN 6; 5GAN 2; 2Y90 A; 4XTX A; 2RM4 A; 3V8J A; 4A53 A; 5LJ5 h; 4X9D A; 5GAN f; 1YCY A; 4XU2 A; 5LJ3 j; 2DXU A; 4EMK A; 4HA8 A; 5GAM e; 4WF2 A; 4J6Y A; 4C92 D; 4EMG A; 3V7S A; 4M7D F; 1B34 A; 4M75 D; 3BY7 A; 4XU1 A; 1M8V A; 1JRI A; 4M77 F; 4QVC A; 2E65 A; 3JCM P; 3GIB A; 2E41 A; 4EMK C; 5GAM j; 3JCM h; 4A54 A; 1U1T A; 2RB6 A; 5LJ3 f; 3JB9 I; 4M7A G; 5GMK m; 5GAN d; 4XTV A; 2HNI A; 2EJF A; 4M78 A; 4C8Q G; 2VXF A; 4DQ2 A; 3M4G A; 4F7U G; 5CAI A; 4NL3 A; 4M7D E; 1B34 B; 4M77 E; 4M77 G; 4PJO F; 5LJ5 e; 4V2S A; 4XTZ A; 4J6W A; 3PGG A; 2I2L A; 4HT9 A; 1WPY A; 4M7D B; 3FJP A; 3RKW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TOV A; 1W1F A; 2NYS A; 4A4G A; 2J05 A; 4PJO C; 1M4Z A; 3G1J A; 3EFR A; 2XG8 D; 2RI2 A; 1VYV A; 3I9Q A; 3PT9 A; 1WQW A; 4FW2 A; 3X25 B; 3JCM f; 2LVM A; 3M58 A; 4LDW A; 1UJ0 A; 3PVL A; 3SWN A; 4C92 B; 3UWN A; 1RAF B; 2LQN A; 2WAC A; 2LC4 A; 3WVD B; 3M9Q A; 1YIJ Q; 3VJP A; 1YIJ T; 4BE1 A; 2F2V A; 2X4W A; 1RAH B; 2BZY A; 5AYF A; 1X01 A; 3UT1 A; 2YDL A; 3QHS A; 1N27 A; 1SRL A; 3VRY A; 3CCQ A; 2L8D A; 2DJZ A; 1IHW A; 2NUT A; 2YLC A; 5CKF A; 2X3W D; 2WSC E; 3C4S A; 3QJ6 A; 1VQ6 Q; 3C95 A; 1VQ6 T; 4LNP A; 1M9S A; 1M3C A; 2DBM A; 1GFD A; 4PNO A; 2MWO A; 2QI2 A; 2SEM A; 2X3X D; 3MKD A; 2PQW A; 3E19 A; 1AVZ C; 2O9V A; 4BE2 A; 1YI2 T; 3CBO A; 4AFQ C; 2DL3 A; 1YP5 A; 3RNJ A; 4YTL A; 3VYG A; 4C5E A; 5KYX A; 1U06 A; 5EG2 A; 3H0I A; 1VQ9 A; 3TCJ A; 3QYG B; 4M7D F; 1UGV A; 2MAM A; 5FRM A; 1E6H A; 1VQ5 Q; 2NUT B; 2DIL A; 2KVQ G; 1Z9Q A; 1VQ5 T; 5GAN d; 1NPP A; 2VAS A; 2DBK A; 3S3O A; 4HVW A; 1N8R C; 2I2L A; 4LUE A; 1U3O A; 1T0H A; 2DIQ A; 5GAN 3; 4C5I A; 3MEU A; 3SHW A; 1FXX A; 1W2B P; 2DJQ A; 4QVZ A; 2YUN A; 2DIG A; 2CP5 A; 4AG1 C; 3M54 A; 4J5Y A; 5GAO l; 1TU0 B; 5KYX B; 3V7C A; 4L6V 5; 3OS2 A; 1X6G A; 2CP0 A; 2V1Q A; 1WFW A; 4XQ3 A; 2FEI A; 2JJ9 A; 2BUD A; 2KRO A; 2ROL A; 3H0H A; 3MET A; 5GAM g; 1D3B A; 1X43 A; 3JCM d; 3S6W A; 1M2O A; 2QAZ A; 1M1K U; 2COZ A; 1NYF A; 5LJ5 f; 5HK0 A; 1OX8 A; 2LT1 A; 4DBR A; 2RK2 A; 3JCM V; 2SRC A; 2P84 A; 4MMK A; 1QVF P; 1UGQ B; 1S1N A; 5IAY A; 2A36 A; 2CSQ A; 3FJ5 A; 2KE9 A; 3INZ A; 3NGP A; 4KUD K; 3CC2 Q; 1WXU A; 3CC2 T; 4RTZ A; 2QA4 Q; 1JB0 E; 2QA4 T; 2NWM A; 4JZ4 A; 1PM3 A; 2QQS A; 3L42 A; 2RHY A; 2EJG A; 3QZ5 B; 1NG2 A; 3EHR A; 4XU0 A; 2X4X A; 1D3B B; 2JM9 A; 2OAW A; 2ABL A; 4JJB A; 1WYX A; 3HPW A; 1RL2 A; 2R5A A; 4RTU A; 2X9H A; 4ELY C; 3EG2 A; 1JU5 C; 2QG9 B; 3OW2 P; 2KXD A; 1X6O A; 3DKM A; 4JJN K; 4MDW A; 1X69 A; 4PLL A; 2V8J A; 4FSS A; 1VQ8 A; 4OVA A; 1Q81 C; 4FYW B; 3J80 E; 1KC8 U; 3QII A; 2B86 A; 1IGQ A; 3G71 A; 4KGX B; 4M78 C; 3VS7 A; 2LX7 A; 1Q86 C; 3QXE B; 2D8J A; 5KYY A; 1WDX A; 1VQM A; 4RCC A; 3UF4 A; 4XTU A; 3EHQ A; 2HDA A; 3OYN A; 1QCF A; 3FLG A; 4OMF B; 1EX4 A; 4II1 A; 2RQR A; 3HFO A; 2LDM A; 4D6W A; 2J6F A; 1NLP C; 5GAO r; 1VQP Q; 1VQP T; 2AHJ B; 2DD5 A; 2PU9 B; 1K8A C; 1K73 C; 2CP7 A; 4JRI A; 3M0S A; 4XTW A; 1FMV A; 1MND A; 3TU4 K; 3R6O A; 2XDD A; 3URG A; 3LGF A; 1PD1 A; 2L3S A; 3BDU A; 4C92 E; 5KYY B; 4LXC A; 4BI3 A; 1IXD A; 1YJN Q; 5FWC A; 3L2R A; 1I8F A; 5LJ5 d; 1YJN T; 1Q7Y C; 2ENM A; 3CCV A; 2XKO C; 5IH2 A; 5I2S A; 1HJD A; 1HYO A; 2E5K A; 1BIA A; 5KH6 A; 3UAT A; 2FZG B; 3CBP A; 2GGR A; 5IN1 A; 1VQ4 A; 4C8Q E; 4DA4 A; 4DEY A; 2ZPH B; 9ATC B; 5D7U A; 1YJW Q; 3OA6 A; 3CMA Q; 1YJW T; 3A8L B; 3CMA T; 1OX9 A; 1QLY A; 2V1R A; 5GAN 2; 3OMG A; 3PFS A; 5LJ5 h; 1KG1 A; 2EQI A; 3EG9 A; 2KK4 A; 6AT1 B; 1RI9 A; 1NJI R; 1PSF A; 3OMC A; 4QVC A; 1ZHI A; 2DL5 A; 2EQK A; 3M59 A; 5GMK m; 1KHC A; 1B3Q A; 1AZG B; 2YUQ A; 4IIO A; 1YWP A; 4Y28 E; 1W2B A; 2GF7 A; 2HBW A; 3LH0 A; 2KY9 A; 2EYW A; 5HKC A; 5CR2 A; 2KDS A; 2F1L A; 4WCI A; 2EGA A; 3EAE A; 2DZC A; 3L2V A; 1MMA A; 3HSB A; 2HKN A; 3PE0 A; 3OQ5 A; 1RLP C; 5KYU A; 3PMT A; 4A63 B; 2L0A A; 2DER A; 1O9S A; 1Q95 G; 2KR3 A; 5GAN 7; 2K3X A; 3PIP A; 5LJ3 d; 2RPN A; 3A5Z B; 1G8X A; 4AFS C; 4B9X A; 1B7T A; 2XMF A; 2VC8 A; 2JS0 A; 5I21 A; 2EJ9 A; 2JZ2 A; 4KUI A; 4LDV A; 3KFV A; 4J83 A; 5FU6 B; 4J6X A; 4J9E A; 1WGS A; 2LCL A; 3CCL A; 3MO8 A; 1BI0 A; 3M55 A; 5KYU B; 3TQ7 P; 4M7A F; 4KUL A; 4RG2 A; 2CT3 A; 1IHV A; 2FL7 A; 2RI5 A; 3M0Q A; 5LJ3 h; 5CO7 A; 1R8O B; 2ZGW A; 1E6G A; 5IT9 E; 1WZO A; 3A8O B; 3SEM A; 2CYZ B; 2IPO B; 1VQN A; 4MDX A; 1Q7Y R; 1C6V X; 1M1F A; 3I35 A; 2ATC B; 3M57 A; 3OW2 A; 1CSK A; 1R77 A; 3H6Z A; 3CPW P; 3NTI A; 3QWX X; 4JUV A; 1PC0 A; 1VYU A; 2XDP A; 2RI3 A; 1QVG P; 4X9D A; 1ZSZ C; 4BAC A; 2M0Y A; 4EIK A; 3G4S A; 4XU1 A; 1Y07 A; 4M77 F; 1NYG A; 3OYC A; 2LQW A; 4O6J A; 4ANJ A; 3M4G A; 2QEX A; 4J9G A; 2CH4 A; 5LJ5 e; 3FB9 A; 3V7R A; 4AT1 B; 7AT1 B; 2XIC A; 2L5Q A; 3L2Z A; 3I56 A; 3CXC P; 3KUF A; 1K1Z A; 3BW1 A; 1JJ2 S; 4J9F A; 4KT0 E; 2FPD A; 1I5O B; 1VQO A; 1Q82 R; 2YLB A; 2DAQ A; 3O8V A; 2H8H A; 4ZN1 A; 3MPU B; 2E1H A; 4J9I A; 1W70 A; 2VKN A; 1TUG B; 2EQM A; 4M75 C; 3S3M A; 5A0G A; 5GMK j; 4C0D C; 1K9M U; 2CDT A; 4FSX A; 2EAY A; 3CME A; 3EG1 A; 4LD6 A; 2ED0 A; 1PHT A; 4N0A C; 2OJ2 A; 4ATO A; 2JMC A; 1GFC A; 5CKE A; 1I5L A; 2DL7 A; 1HK9 A; 3QZ9 B; 3LLR A; 2RK1 A; 3GPL A; 4FYY B; 2F2X A; 5IHK A; 4FYV B; 2J06 A; 4KGV B; 3SB2 A; 1YWO A; 2DRK A; 1B07 A; 4NS5 A; 2FZK B; 2K2V A; 1C0M A; 2K3Y A; 2RN8 A; 4KBM B; 4HVV A; 4F7U A; 1CKB A; 3S3N A; 2HQH A; 3OBW A; 2KRM A; 2RQU A; 1HXD A; 2DFU A; 2BZ8 A; 1YJ9 A; 1UGP B; 2RHX A; 3RBB B; 4DOV A; 2E6N A; 3CCM Q; 1SRM A; 3CCM T; 4FIB A; 3VS4 A; 1A0N B; 3JV3 A; 1ARK A; 5LJ3 e; 5GAN 6; 4KGZ B; 4C5G A; 2JT4 A; 4P5N A; 3EFO A; 4C92 D; 4EMG A; 2RH2 A; 1UJY A; 2RQT A; 3GIB A; 4CC4 B; 2JW4 A; 2BKD N; 4JZ3 A; 2YXY A; 3M0R A; 4Z8A A; 3G6E A; 2BE9 B; 2KT8 A; 4C8Q G; 4M7D E; 4OB0 B; 4M77 G; 2LJ0 A; 2K2M A; 3CCS A; 5FLX E; 1FX7 A; 2EBP A; 1YHQ Q; 4GY5 A; 3JB9 G; 1YHQ T; 1NE8 A; 2CUD A; 1OPL A; 3GNG A; 1GBQ A; 3G7Z A; 1KQS P; 4MZP A; 1T0J A; 3KBG A; 2CRE A; 2HEQ A; 2JN0 A; 2D0N A; 4C92 A; 2NUP A; 2HSP A; 3EFO B; 1YN8 A; 2HSE B; 3EH2 A; 1RAC B; 2VYT A; 2ZPE B; 3X28 B; 3CCJ Q; 3OYJ A; 3EH1 A; 3CCJ T; 2YHT A; 1PG5 B; 4C8Q A; 3M0P A; 4PJO G; 3SWN C; 3QWY A; 2QYZ A; 1X2K A; 4PL6 A; 3I55 Q; 1NEG A; 3I55 T; 4LUD A; 4FT4 A; 1O75 A; 2GTJ A; 3DLL A; 2YUO A; 4GLM A; 4XU3 A; 3VKI A; 1M90 U; 4OP0 A; 1NEB A; 4IUQ A; 3THK A; 2E4H A; 1I07 A; 2NUP B; 2AT1 B; 2E3H A; 4IUT A; 3VU3 C; 2DMO A; 5GJV B; 4IIM A; 1M1K R; 4MZT A; 2G6F X; 2RHI A; 1KQ1 A; 4OB1 B; 1QVG A; 4CC3 A; 1AWX A; 2PVG B; 3REB B; 3GP8 A; 4PJM A; 2OAU A; 4C8Q B; 1QVP A; 5DLO A; 1BK2 A; 3MP1 A; 1H8K A; 1YFN A; 1VIE A; 3QKJ A; 2LNV A; 4XU2 A; 2AKK A; 4HA8 A; 1R0B G; 2CSI A; 1M8V A; 5LL6 S; 2L3P A; 3IQL A; 1PKT A; 3HRU A; 4CI0 C; 3CXC A; 3CBM A; 4EDU A; 1B34 B; 1YI2 Q; 1UB4 A; 4DBH A; 3PGG A; 2FRW A; 2JTE A; 1ABQ A; 4K11 A; 2XHC A; 4ZGE B; 4QVD A; 1YIT A; 1ZUU A; 4PJO B; 3OYF A; 3FC3 A; 1KFZ A; 2KYM A; 4M78 F; 3CCQ Q; 1GRI A; 2MI6 A; 3CCQ T; 1V29 B; 2XID A; 2DE0 X; 1RAG B; 4BI8 B; 1M3B A; 4HXJ A; 1DJ7 B; 4QKU A; 1WX6 A; 3EG0 A; 3GLX A; 2QGF B; 4X34 A; 2OTJ Q; 1QWF A; 2OTJ T; 1VUB A; 2KQW A; 1KQ2 A; 1SPK A; 1ZLM A; 2EKH A; 2MCN A; 2QXF A; 1U5S A; 2X4Y A; 3VS3 A; 4OF1 A; 1VA7 A; 5GAN h; 1AOJ A; 4C5H A; 5KE3 A; 1I81 A; 1BB9 A; 4BY6 C; 1VQ9 Q; 3MP8 A; 4ZGJ B; 2LNH B; 1KHI A; 1VQ9 T; 4JRP A; 3RIR A; 1U1S A; 2D1X A; 5DM7 R; 4AFZ C; 2L89 A; 3QDF A; 3I5S A; 2W10 A; 4WTO B; 3P8B B; 3E2U A; 5C0M A; 2X4J A; 3SFM A; 2YT6 A; 2GTO A; 3RDV A; 2RMO A; 4HVU A; 2IG0 A; 1LPL A; 2P4R A; 1WXB A; 1R0C B; 4J9H A; 2QQA A; 1MNE A; 1JXO A; 3OYY A; 2RM4 A; 4CC7 A; 4PK4 A; 1M1G A; 4F04 B; 3OYH A; 1LCK A; 1PKS A; 1JRI A; 2HAX A; 1VQK A; 3JCM h; 1KQS A; 2DPP B; 2XD0 A; 1G3T A; 4KH1 B; 2CZ7 B; 3A98 A; 1IRX A; 1NJI C; 2EQJ A; 3WVE B; 4FW1 A; 3OY9 A; 4X1V A; 4PJJ A; 2DL8 A; 3H9N A; 2JUF A; 2LZ6 B; 2DKG A; 2C0I A; 4E7Z A; 1RAD B; 2I0N A; 1KD1 U; 2FVU A; 4E47 A; 4M7D G; 2MYS A; 3NPF A; 5LJ3 g; 2KMT A; 1VYT A; 4M78 G; 2ZAE A; 1NM7 A; 4ZGD B; 1TS9 A; 4M7D D; 4JRQ A; 2EVR A; 2EYQ A; 4XTY A; 1HD3 A; 4JJD A; 4QQD A; 2CGH A; 1D1C A; 4PLI A; 1WLP B; 1M27 C; 4QQG A; 1P92 A; 2DXT A; 2X51 A; 2D8H A; 2LJ1 A; 4IUP A; 1Z9Z A; 1Y7X A; 1BCM A; 4C0G A; 2BE7 D; 3N5B B; 4AG2 C; 4Z89 A; 1WJQ A; 2HD0 A; 1BI3 A; 3VS5 A; 1VQ8 Q; 4DOW A; 1QMC A; 1VQ8 T; 1YJN A; 4E2F B; 2JOY A; 3CCU Q; 4A4F A; 8AT1 B; 5CVI A; 3CCU T; 2KEA A; 2NUZ A; 4LD9 K; 4M7D A; 4M7A E; 5GAN e; 2F69 A; 1OI1 A; 1KSW A; 4KRT A; 2AZS A; 4LDY A; 3F70 A; 4L5G A; 4F14 A; 4BDZ A; 2XDB A; 1S72 A; 2DZ9 A; 1SSF A; 3M0T A; 1WHH A; 1UFF A; 4ESR A; 2Y90 A; 1YJW A; 4HCB A; 1XNI A; 3UDC A; 2DXC A; 2DL4 A; 2QAS A; 4EMK A; 4BDY A; 3HHT B; 1PCX A; 2P4T A; 2JNG A; 2RB6 A; 4PFZ A; 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