1YDDA

Structural basis of inhibitor affinity to variants of human carbonic anhydrase ii
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
Knots found
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSRTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydro-lyase
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
publication title Structural basis of inhibitor affinity to variants of human carbonic anhydrase II.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 76
structure length 256
sequence length 256
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1yddA00
4JSAA 2QOAA 4ILXA 4WW8A 4KV0A 3P3HA 1G53A 2FOQA 9CA2A 5BRWA 4XIWA 1JCZA 3M04A 1T9NA 3Q31A 4KNNA 1XQ0A 1G6VA 3MHCA 5E28A 4RN4A 3IEOA 3P5LA 3L14A 1G48A 4FPTA 3ML5A 1RZDA 3MNIA 4Q90A 3RG4A 3BL0A 3OY0A 4N0XB 4Q9YA 3NJ9A 3V3JA 2Q1BA 3KONA 1LUGA 1CCTA 2HFWA 3C7PA 3MNKA 3M98A 3MYQA 1HCAA 1UGCA 4YWPA 4LU3A 1G45A 3RYXB 4FRCA 4QK1A 3OIMA 3S77B 3M1QA 1FQRA 1G0FA 1H9NA 3EFTA 1IF5A 1I9QA 4R5AA 4HT0A 4Q6DA 1F2WA 3KWAA 1TB0X 3BL1A 4K0TA 3S97A 3S8XA 3M96A 4Q99A 1UGEA 5SZ4A 1TBTX 2NMXA 3N0NA 2VVAX 3JXGA 1I91A 4KP5A 1CNIA 2NN7A 4Q0LA 3T84A 5EH7A 3RYVB 5SZ7A 1I90A 2POWA 1AZMA 5LMDA 1BN3A 5FNIA 4CA2A 4HU1A 2X7SA 5FDIA 4FVOA 3S71B 1TTMA 4K1QA 3D92A 5FL5A 2ABEA 1KWQA 5CLUA 4Q8ZA 4XFWA 2FOVA 3MWOA 5FLOA 5CACA 4RUZA 5A6HA 3S76A 1FR7A 1CNJA 3M5SA 4Q49A 1CNKA 3DV7A 3SBHA 1CINA 4WUQA 1THKA 4N16A 5EHEA 1DCBA 4M2WA 3MHLA 2HKKA 2WEGA 4BF6A 3U47A 4ZX1A 1Z93A 1H4NA 1RZEA 3V3IB 3SAXA 1YDAA 1G52A 3T5ZA 1FSNA 8CA2A 1JV0A 4MLTA 4PYXA 4Q07A 3B4FA 5JQ0A 5L3OA 3N4BA 4L5VA 4QJOA 3U3AX 3P5AA 1KEQA 4PYYA 1RJ6A 4ZWXA 4IDRX 3IBLA 4YGLA 5DSOA 3S74B 1CVEA 1V9IC 1YO0A 1CALA 1TH9A 3SBIA 5BNLA 5EKHA 5G01A 2FMGA 5JQTA 2CABA 1CVDA 4CQ0A 1YDBA 3UYNA 2WEHA 4LP6A 1CVBA 5DSKA 3DC9A 5EH5A 4Q06A 1CVAA 2NWZA 3RLDA 1IF9A 4KUVA 1Z9YA 2NXTA 1CRAA 1ZSBA 1XPZA 3KS3A 4QK3A 1XEGA 2OSMA 4MDMA 2QP6A 4YXIA 3CAJA 4KUWA 4LHIA 5JDVB 1CCUA 4KAPA 2H15A 3KLDB 3S75B 5DRSA 4QSBA 5DSRA 3D93A 3HKQA 1ZSAA 4R5BA 3IBNA 3NI5A 5J8ZA 3MMFA 1G54A 4E3GA 3V7XA 3R16A 3V2MA 3R17B 5DSJA 1UGDA 1BNWA 1I9NA 4Q7PA 4E3FA 5G03A 1CNWA 3HS4A 3M1JA 1IF7A 5CJFA 3W6IA 5EKMA 5SZ2A 1FSRA 3DBUA 2EZ7A 1FQMA 3K34A 1TE3X 1I9LA 3HFPA 1I9PA 4Q8XA 3W6HA 3RZ1B 2W2JA 4KNMA 1RZAA 3KIGA 3M2XA 2NNGA 4QSJA 1IF6A 1FR4A 3DA2A 4Q6EA 4K0SA 3V3HB 5FL6A 3MHIA 3P44A 2AW1A 1EOUA 3B1BA 1CAZA 4Q8YA 4RUXA 3T5UA 4GL1X 4JSWA 3M1WA 5FNHA 4L5UA 4ZWYA 3DCWA 1TG3A 1BNQA 4M2VA 2POUA 1YDCA 1CNHA 3M2ZA 3RZ8A 1KWRA 3CZVA 4QJ0A 2NNSA 3GZ0A 2FNNA 3S72B 3VBDA 4C3TA 3M2YA 12CAA 1CAHA 1OKLA 1RAYA 1TEQX 2FOSA 1CA2A 1MOOA 4COQA 3M5EA 4HBAA 1CNGA 1HEBA 4R59A 3P4VA 4E4AA 1ZNCA 4ZAOA 4MTYA 1HVAA 4HEYA 3HKUA 3RYZA 3ZNCA 2WEOA 1CVHA 7CA2A 1Y7WA 1CAYA 3DVBA 4KUYA 4QTLA 3U45X 2O4ZA 1CNCA 3CA2A 3RG3A 3FFPX 3RGEA 5FLSA 3OYQA 3IBIA 1LG6A 5EKJA 3RZ7A 4WW6A 1OKNA 4RH2A 4E5QA 1IF8A 2FNKA 4Z1KA 1KOPA 4UOVA 5DSNA 4MDGA 5SZ0A 4KP8A 3MNUA 2CBDA 4CACA 1LG5A 5AMLA 4HF3A 3P3JA 5EHVA 5DSPA 2FMZA 2X7UA 4MDLA 4L5WA 3IAIA 3MZCA 4Q78A 3DCSA 2NXRA 1CZMA 4QY3A 4RFCA 3TVOX 1DMXA 3V2JA 1BN4A 4QIZA 4PZHA 1CAOA 3MNAA 1ZSCA 4FVNA 1CIMA 1UGAA 1A42A 1BNUA 5FNLA 1I8ZA 1Z97A 5DVXA 1DCAA 4RFDA 4TWLA 4ITOA 4K0ZA 5EOIA 2QO8A 2WD2A 4Y0JA 4Q7VA 1YO2A 5DSIA 5JEPB 4MLXA 4CNWA 4Q83A 3RZ5A 1UGBA 4CNVA 4FU5A 5SZ3A 5FNKA 3MHMA 4JSSA 1BZMA 3DVDA 4IWZA 3D0NA 3LXEA 3M40A 3OILA 1AVNA 2FNMA 3F7BA 2EU2A 3T85A 2IT4A 3QYKA 4PXXA 1CNYA 5JGTB 3SAPA 1OQ5A 1CAKA 4Q87A 5EZTX 1BN1A 4TWMA 3MNJA 4Q7SA 5BYIA 1CNBA 3CYUA 2NN1A 3V3FA 4YXOA 5FLQA 2OSFA 4G7AA 5AMDA 5HPJA 3M5TA 1CVCA 3OKVA 1ZE8A 2NNOA 1YO1A 4E9OX 3DC3A 3ZP9A 1I9MA 4PQ7A 4RIVA 5E2RA 1J9WA 4DZ7A 2CBCA 4Z1NA 1HEAA 4Q81A 5SZ1A 3DVCA 3KOKA 4MO8A 4ZWZA 5FNJA 1DMYA 2H4NA 4QEFA 5AMGA 2CBAA 5G0CA 5DOGA 1V9EA 3V3GB 4Z1EA 1G0EA 3M67A 2CBEA 2AX2A 1MUAA 5FLPA 3S9TA 5FL4A 5FLRA 4E3HA 2POVA 5EHWA 2NNVA 1LGDA 4HEWA 3U7CA 1IF4A 1CILA 3F7UA 4FL7A 4YVYA 5SZ6A 3RYYA 3OIKA 5DSQA 5G0BA 3DD8A 1I9OA 3S78B 5JGSB 2CA2A 3M3XA 3N3JA 4K13A 1KOQA 1BNVA 5EIJA 1XEVA 3TMJA 3FW3A 1FQLA 5JG3B 1YDDA 1TG9A 5FNMA 3P58A 1CNXA 1RAZA 1BNMA 2HL4A 4XE1A 3S73B 4BCWA 1CAMA 1URTA 3OYSA 1BICA 1FQNA 1HCBA 4QSAA 5DOHA 1TEUX 2VVBX 1UGGA 3MHOA 5DSLA 4XIXA 4YGFA 1ZGEA 1ZGFA 4X5SA 4BF1A 3PO6A 4E3DA 5BRUA 3KNEA 4RUYA 4JSZA 4JS6A 1FSQA 5JESB 2ZNCA 1ZFQA 3MDZA 1G3ZA 5JG5B 1AM6A 5JEGB 2GD8A 3RZ0B 4YXUA 4HT2A 3NB5A 4QJMA 5C8IA 4CNXA 1G4OA 3F8EA 3K2FA 1FLJA 3KOIA 3DD0A 2CBBA 2NWPA 3UYQA 4M2UA 5JEHB 2ILIA 2WEJA 2HD6A 3T83A 4ZX0A 4YYTA 3V5GA 3HKNA 3M14A 3IGPA 3HLJA 5E2SA 5L6KA 1HECA 1HUHA 3D8WA 1UGFA 2F14A 5E2NA 5FNGA 4WR7A 4QJWA 4WUPA 3ML2A 5CA2A 4QJXA 1RJ5A 4G0CA 2NXSA 3TVNX 1LZVA 4YGKA 5E2KA 3KKXA 4Q08A 5A25A 4QK2A 4KNJA 1ZFKA 4Q09A 3T82A 2WD3A 6CA2A 3P55A 3DCCA 4RIUA 1OKMA 2FOUA 4QIYA 4CNRA 5FLTA 3OKUA 4YHAA 1CAJA 1HEDA 1BCDA 3EFIA 3FE4A 3IBUA 5DSMA 4Z0QA 3HKTA 2HNCA 2Q38A 2Q1QA 3M1KA 3RYJB 1H9QA 5SZ5A 4KNIA 4XZ5A 1BNTA 5BRVA 4YX4A 5E2MA 2HOCA 1CVFA 2NWYA 4FIKA 4YGNA 5IPZA 1RZBA 3PJJA 2EU3A 4YGJA 2GEHA 4ITPA 2FW4A 3N2PA 4E49A 1G46A 1CA3A 1CRMA 3DAZA 3M2NA 5E5UA 4ETQC 3PYKA 1G4JA 1ZH9A 2NWOA 3JXHC 1HUGA 4DZ9A 4QJPA 4ZWIA 2FOYA 3BETA 3D9ZA 4QSIA 1JD0A 1BNNA 1CAIA 5E5RA 4HEZA 5EH8A 4Z1JA 2X7TA 5FDCA 1G1DA 1RZCA 3JXFA 4M2RA 3RJ7A 3K7KA 3MNHA 4Q7WA 4WL4A 1BV3A 1CCSA 1CANA 3F4XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JSA A;  2QOA A;  4ILX A;  4WW8 A;  4KV0 A;  3P3H A;  1G53 A;  2FOQ A;  9CA2 A;  5BRW A;  4XIW A;  1JCZ A;  3M04 A;  1T9N A;  3Q31 A;  4KNN A;  1XQ0 A;  1G6V A;  3MHC A;  5E28 A;  4RN4 A;  3IEO A;  3P5L A;  3L14 A;  1G48 A;  4FPT A;  3ML5 A;  1RZD A;  3MNI A;  4Q90 A;  3RG4 A;  3BL0 A;  3OY0 A;  4N0X B;  4Q9Y A;  3NJ9 A;  3V3J A;  2Q1B A;  3KON A;  1LUG A;  1CCT A;  2HFW A;  3C7P A;  3MNK A;  3M98 A;  3MYQ A;  1HCA A;  1UGC A;  4YWP A;  4LU3 A;  1G45 A;  3RYX B;  4FRC A;  4QK1 A;  3OIM A;  3S77 B;  3M1Q A;  1FQR A;  1G0F A;  1H9N A;  3EFT A;  1IF5 A;  1I9Q A;  4R5A A;  4HT0 A;  4Q6D A;  1F2W A;  3KWA A;  1TB0 X;  3BL1 A;  4K0T A;  3S97 A;  3S8X A;  3M96 A;  4Q99 A;  1UGE A;  5SZ4 A;  1TBT X;  2NMX A;  3N0N A;  2VVA X;  3JXG A;  1I91 A;  4KP5 A;  1CNI A;  2NN7 A;  4Q0L A;  3T84 A;  5EH7 A;  3RYV B;  5SZ7 A;  1I90 A;  2POW A;  1AZM A;  5LMD A;  1BN3 A;  5FNI A;  4CA2 A;  4HU1 A;  2X7S A;  5FDI A;  4FVO A;  3S71 B;  1TTM A;  4K1Q A;  3D92 A;  5FL5 A;  2ABE A;  1KWQ A;  5CLU A;  4Q8Z A;  4XFW A; 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