1YHQN

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yhqN00
2ZJRL 3J7ZO 3CD6N 2OTJN 3CPWM 3CCUN 3CCJN 3CF5L 2OTLN 1Q86O 3CCMN 5GAEP 1VQ5N 1ILYA 1KD1O 4IOCL 1QVGM 4IOAL 1VQ4N 4UY8O 4IO9L 1YJWN 1S72N 2ZJQL 1YJNN 3PIOL 1VQ9N 1KC8O 4WFAL 4WFBL 2QEXN 1Q82O 5JVGL 1W2BM 1Q81O 1YHQN 5GAHP 1YIJN 4WF9L 1Q7YO 3CCRN 3CMAN 1VQNN 3CCQN 1VQON 3DLLL 3CCEN 3G6EN 5DM6L 1VQKN 3PIPL 3CCSN 5H1SQ 3CXCM 1N8RO 2ZJPL 1K73O 4U67L 3OW2M 1QVFM 1YI2N 3CC7N 1JJ2M 1VQ7N 2QA4N 3G4SN 3G71N 3CC4N 4WCEL 5GADP 1YITN 1VQ6N 5MLCQ 1OVYA 5HL7L 1M1KO 1VQMN 3CCLN 3CC2N 3CMEN 1VQLN 1KQSM 4WFNL 3I56N 1VQPN 5GAGP 5JVHL 1M90O 1NJIO 1K8AO 1K9MO 1YJ9N 5DM7L 3CCVN 1VQ8N 3I55N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT7A 2FXUA 3HPHA 1TV6A 3CPWM 2P9SA 2XY5A 2XY7A 1D9FA 3GOIA 4JI1K 4HCCA 3CCMN 1U45A 4B1WB 3BZKA 4CJ5A 4B3SK 4CIEA 3JXUA 4I2QA 4K8XA 3O3GA 5JMVA 3QMLA 4IKFA 1GLCG 4PUOA 4DLEA 4LF4K 4B9VA 3EYZA 4FJ7A 5AQXA 1N36K 4GVEA 1X9SA 1NLVA 4CJKA 4NO7A 4DU4A 3K5LA 4B8AB 4IXCA 3M5RA 3VQAA 2R7YA 5BRDA 5HBMA 3M8PA 2YJEA 5AQMA 4DR3K 4C1NI 4FPAA 4LF6K 4AHSA 2E2NA 2O8DB 3SAGA 3MXJA 4HCBA 1JLGA 3TAMA 1VRUA 4FJJA 4BR9A 3K2PA 3VQDA 4M41A 4CF9A 2OYQA 2NRXA 2V51B 3PO5A 3HL8A 3L2RA 5AQZA 1HYZA 3B6OA 3VMFB 3CMAN 3LDLA 3G6EN 1VSIA 4DUZK 3U3YA 2P9IA 3H3NO 3J7YP 4YOXA 2ZJPL 4DR7K 3ZCMA 2DFHA 2YHWA 5KGWA 3L2UA 3SJJA 4NLBA 4E1NA 2FBVA 1OH5A 2UXDK 4FLZA 2P9KA 1NMNA 1TVRA 4FJLA 3HM8A 4BR5A 4W5NA 4JEPA 4O8KA 3T3FA 4FCYA 1N6QA 3RMDA 3SCXA 3M8SA 1VQ6N 3MN5A 4WQ5C 1XWLA 5DK5A 4CD3A 4CESA 1QZ5A 3O3HA 3OTOK 1HRHA 3TAEA 2Q1NA 1G99A 3THYB 4GV3A 3AV9A 1TKZA 4IWVA 3VQPA 2UU9K 3RRGA 3BEXA 1BO5O 4OKKA 4XIUA 5ADXH 4DTMA 3K5OA 2Q3SA 4HWIA 1ZBUA 2HNYA 4NYNA 3TI0A 1IV0A 3WNFA 5FDLA 4FJNA 1JCFA 4DF4A 1S1TA 3HZ6A 3V1RA 3NVMA 4BG9A 4IDKA 3S3OA 4CJ3A 5FPDA 4FWRA 2O8BA 2X74A 4RTFD 4IO9L 4FJHA 4GVMA 2FSJA 4JKDA 5B8HA 3EZWA 1VSJA 4XH1A 3CQXA 4X66K 3C6UA 4LY7A 4JHDB 1I94K 4YDUA 4JKGA 2F96A 4K25A 3KLFA 3AO5A 4Z94A 2I7PA 3CM6A 1I3AA 4CZEA 1ESVA 3G25A 4M3TA 1SL1A 4DWIA 4KV8A 4Z0UA 1U04A 3O4WA 4KHQA 2HBKA 4M42A 1LW0A 4BVPA 4JI6K 4M63C 3CHWA 2O4IA 2BUPA 4KTZA 3AA2A 1QSYA 4FWMA 1YIJN 4CJPA 2HNZA 4CEOA 5EXWA 1NNEA 1BI4B 1EKEA 2Q0UA 3CCQN 2YNHA 4DKWA 3HJFA 4FVMA 3O5BA 1GLDG 4O0JA 5F2RA 3KK3A 2BH1A 1UWBA 2HB5A 1K73O 3V9WA 3HP6A 1YI2N 3F73A 3OYKA 3BDPA 3VQCA 3FZHA 2GUIA 5FPNA 1KVCA 3K5NA 3I8BA 4LFAK 2KFNA 3MN7A 5GADP 4E3SA 3W3DA 3LP0A 3CMEN 4DR1K 3DXKA 1BWFO 2VQFK 4IJAA 5JVHL 4FLVA 5JS1A 1C0MA 3Q7BA 1R0AA 2QKBA 3VQ7A 1XQSC 1BA0A 3KKSA 1FJGK 2O8EB 3J7ZO 3KD5E 4CHQA 2OA8A 4QOZB 1J5EK 3CCJN 4K42A 4NXNK 3QIPA 4DFMA 1WBDA 2EWSA 3OYDA 1QQMA 3VTHA 4JN4A 3L2VA 4CK3A 3K58A 1ASVA 4DFJA 5FROA 2RE2A 4F2RA 3OS2A 1FK9A 2Q2RA 3MN9A 4Z4CA 1VSFA 1RCHA 3D2FB 3V9UA 4FK0A 3ZT3A 3C65A 5AQRA 1NG9A 5T7BA 2NRVA 4E0DA 4IZ9A 3ATUA 4F4KA 1QE1A 3LZJA 5JVGL 3CJ9A 1SQKA 4M7YA 1OKJA 4LFBK 2HHVA 3O9RA 3CJ7A 5GAHP 4H5NA 4CEQA 1KFDA 4DSKA 1U2VA 4RCHA 3EY1A 1J9AA 4CJVA 1N32K 3BGRA 1NGHA 4C8MA 1D9DA 3WXJA 3VQ4A 3M6GA 4GW6A 1HR0K 3THXA 4FPBA 3FFIA 3FR0A 4XH4A 4DS4A 1RT6A 3EO3A 3CCSN 3VF4A 3SYZA 1F21A 1RTHA 1JLQA 5AR0A 4EIAA 1MDUB 4IEEA 1RBVA 3RR7A 2QXLA 5HOOA 3TU5A 3HM9A 3HRGA 1N34K 5M1FA 3SJHA 1GLFO 3PX6A 2E5LK 3DOKA 3AAPA 3CCLN 4DR2K 2Q97A 3KZBA 3SI6A 4WFNL 3THWA 2VG5A 3SMSA 4DV0K 1SUQA 1ZBFA 3KK2A 2G8HA 1EETA 3T1YK 3QEXA 3KK7A 2E6LA 4KFBA 1NGJA 3V9XA 2GWKA 3S9HA 1HNIA 4KHUA 3VOVA 1NOZA 3BP8A 4BR0A 5KGXA 4DS5A 4OVLA 2GWJA 5F0XA 2IVOA 3E9OA 4PL7A 5BPNA 4HTLA 1NM1A 2IIRA 4B1XB 4JRQA 3ID8A 4E7JA 4JI5K 4DQRA 3ZT0A 5AQPA 5M1OA 3ZSRA 1NGAA 4BRPA 1YUWA 2GELA 5AQLA 1P8ZA 3QDKA 3PLAA 3HK2A 2P9IB 3TSUA 2YV0X 5EU7A 3A0IX 2D0AA 1WAFA 4H0YB 4BRCA 1RT5A 1WOQA 1KLNA 3GL1A 3OYFA 4ICLA 4JKBA 2VWKA 4IEIA 1TKTA 5KRTA 2FBXA 4CCHA 3R8EA 1S1XA 1U48A 3QNOA 5AQIA 4WF9L 3U6FA 1CLQA 4CGDA 4ZTFA 4MLEA 4CHOA 1DTTA 3CJ1A 4CHNA 4Z4IA 2ZWHA 4C8KA 4FJGA 3WXMB 1MWMA 1DKGD 3O9TA 3EZ5A 3CXCM 4B3MK 2I7NA 3W0LA 3ZT4A 2W6KA 5AQQA 3J8AA 1HJOA 1IKXA 2G8UA 4PY5A 4K43A 3FZFA 3DLHA 1QS4A 3A2FA 3OYHA 2KLAA 1RTDA 2A3ZA 3TAGA 1LV5A 1TK8A 3DRRA 3VF2A 2DY4A 1RDUA 5AZJB 3ZSWA 3T7ZA 4EHUA 5C12A 4CZLA 3A5MC 1RDDA 3M8RA 2O8BB 2HF3A 4Z4GA 4CF1A 4YFUA 3UKRB 1B9DA 2VWBA 1K8AO 5ADXA 4JNEA 4DSEA 4EZ6A 5EOYA 4BRIA 3PV8A 3V1QA 4YDUC 3HVTA 4JKGB 4CFDA 2V7ZA 3QEWA 3OVNA 4BROA 4YNQA 3OBWA 4AM7A 1HQUA 3LWLA 4HUFA 2IAJA 5CE3A 3PX0A 1VSDA 4JI3K 2KHOA 1NKEA 4Y1DA 4DV4K 2W41A 3NH1A 1HX1A 1RBUA 1WUAA 3J7AP 4BC5A 4KPYA 2FSKA 4BC2A 2FBYA 1NJYA 2P51A 4CIGA 3HOSA 3K9KA 5AQWA 4FJ9A 3VQBA 3C6HA 2A1RA 3VEYA 1KC8O 3VGKA 4CBXA 2A6AA 4WFBL 1HNVA 1BOTO 1WSEA 1JLFA 4GMJB 4FK4A 3O9QA 1W97L 4O55A 1XHXA 4FOEA 2XRIA 4ISFA 2OANA 1FKOA 4AH9A 3QERA 2ASPA 4JI0K 1QHTA 1S9EA 5SZTA 3UB5A 3CETA 3P5JA 1CZ9A 3AVKA 2F9WA 5C0YA 1U4BA 4OJRA 4DV1K 2EX3A 4FWNA 1SL2A 4FWKA 4OPJA 3DXKB 4B1UB 4FLYA 3NE6A 1L3UA 4DMNA 3EN9A 1TYQA 2DFEA 1WB9A 3TANA 2KZZA 3R6MA 5GINA 5AZIB 3AVFA 3LP2A 3MX2A 4CEAA 2HHWA 4KKOA 3AA4A 3KLHA 4AHRA 5CYMA 4RWTA 3ZT1A 3BY5A 2D4WA 2OPPA 2QWMA 4KTWA 3NAEA 3KHYA 3WNGA 4KTQA 5FRNA 1VQMN 1C1CA 3WNHA 3U9DA 1VQLN 4CBUA 1L3VA 4LH5A 4AHCA 2QI2A 2KKZA 4EHTA 4G9ZA 4E1MA 4RW9A 3MDQA 4HUGA 4QS8A 2FSNA 1FKPA 2B6AA 4N56A 4AQYK 3ZX2A 3CFPA 4NXMK 4IO8A 5TKYA 1NGEA 1XMQK 3QFUA 4DV6K 1B9FA 4IDHA 4AILC 4CHYA 4EP5A 4FM0A 2YX6A 2OCEA 4BC3A 4BRAA 2JWKA 2A41A 2G8VA 4YOWA 2D0PA 3E66A 1E4FT 3M8QA 4UY8O 1S1UA 2YHXA 4RW7A 2A1SA 1GLEG 1QSLA 4B1YB 3PY8A 1KFSA 4R5PA 3OYEA 3H45C 1K6YA 3D6RA 1UOCA 3THXB 4M3ZA 3KKRA 2ATQA 4DHYA 4Q0BA 3D0PA 1IBLK 5FRMA 4ID5A 4MO5A 3AO3A 4BGAA 1CZBA 1OH7A 1R59O 1RTJA 4BRMA 4FM1A 1SZ2A 1NGDA 3LWMA 1V4SA 2ZE2A 3EL2A 4PHTX 1S9GA 3MEDA 2QM1A 4JKFA 4PWDA 1KLMA 1QQOA 4DCHA 3U4LA 3R1XA 4O4GA 4BQLA 4BRKA 3CCEN 4CERA 3THWB 1BIZA 4BE0A 1SAZA 2W40A 1FXXA 5KPTA 1B92A 1S6QA 1NJWA 3NH0A 3O3FA 4OPHA 4H5VA 4KH6A 3O08A 2ITGA 4I9LA 4N5SA 4FJKA 2O8CA 4JD2A 4CW7B 1NK6A 5C2FA 4F8RA 3GE1A 3SAHA 1LWCA 1XNQK 3SQ0A 4TSXA 3TAPA 4KHWA 4FJ5A 2WFBA 2QWQA 2UYTA 1GOCA 1NJIO 1S3XA 2PAVA 3KLEA 2Q0RA 1QQCA 3VQEA 4NCBA 3CCVN 1NGGA 3KWGA 4FWOA 1W7AA 3AVAA 1WNSA 2YI1A 3I33A 3CD6N 5AJ3K 3ZETA 1IH7A 5J2QA 3TTFA 1C1AA 2VCPA 2X78A 5BRHA 3SQ4A 2NLXA 4BR4A 5KI6A 1HPZA 1VSLA 3LP3A 4A5BA 4F3TA 2AA4A 1TAUA 1KD1O 4KHPK 4CJSA 3GG4A 1IKWA 3ZYYX 2UUBK 3VEXA 1XHZA 5BN8A 4RW6A 4CGFA 3L2WA 4DV7K 4RW8A 3MN6A 4MDAA 1KXPA 1H1VA 3ULEB 3ZSOA 1N5YA 1D4XA 3PIOL 2G8KA 4FYDA 4KB1A 3VQ5A 1X9WA 2D0OA 4J2BA 4QCLA 4ILGB 4F9OA 4CI6A 2NNWA 3OYMA 4PKIA 3PUFA 2QK9A 4BQZA 3FZKA 4CGIA 5AZJA 2PZSA 4BDYA 1RGIA 3VEOA 4C8OA 3AA5X 4DR6K 3LAMA 1JL2A 3L8BA 3NF8A 3D2EA 3UKRA 1GLLO 5M1NA 5AQYA 4FW1A 1U49A 2AP1A 3P38A 3DWLA 3LPTA 3QFPA 3SV4A 4DQQA 5DM6L 3CPEA 1EP4A 3OY9A 1S1WA 3IFRA 3P39A 4OLAA 3JSMA 1TKXA 2GX9A 2HW3A 4JKCA 4DTJA 1RDCA 2HMPA 4DQPA 4QS9A 4JRPA 4OGCA 2KTQA 2HHUA 1VSEA 3QESA 1NKBA 1LWEA 1N33K 4BC4A 1YT3A 3VTIA 3MEEA 3QEVA 3CM5A 2IS3A 5AQGA 1VQPN 3QB0A 4KO0A 4AHVA 4LF7K 2Z1IA 5AQVA 2CGJA 1YJ9N 2OZMA 1LOTB 2VGMA 1S5JA 2VGNA 4G1QA 3TAQA 2Z1GA 4GV9A 3CCUN 4E7HA 1X3NA 3DMJA 2O4GA 4CJ4A 3O1WA 3MCPA 3UKUA 3HBTA 4AHTA 2E88A 3AGRA 3I0SA 4H5WA 3QEPA 4BRNA 1VQ4N 2F8TA 3LALA 4FLWA 1E4GT 3NGIA 2ZJQL 1L5UA 3U3GA 5AZIA 3TPQA 2PFUA 3WQUA 4BY9C 1S1VA 4B9TA 5IWAK 1QHAA 4IFVA 2V7YA 5E26A 1JXEA 3D45A 1TYQB 2HMIA 3WT0A 3SQ1A 1NK9A 2NRTA 3F9KA 3E01A 3K59A 5IT9O 3K5MA 1LAVA 5I3UA 1J6ZA 3AVLA 3V4IA 1RILA 4CGGA 4N76A 4FO0A 2HF4A 3C6TA 4ILJA 2OZSA 3LDNA 2RKIA 5KQ8A 3HSCA 3SNNA 3HPGA 4BRGA 4F2SA 4B9UA 3ZSYA 4Q5VA 4J8FA 4DV2K 2HOEA 1SV5A 2F9TA 4AHUA 4AF1A 1Z05A 5H1SQ 3F9MA 1UA0A 2DPNA 1Y64A 3T19A 1YTAA 1BHLA 4BE1A 1JJ2M 1VQ7N 4YORA 3OYCA 4J2AA 2A40A 3CFOA 3QIOA 4I2PA 4ELTA 1EX4A 2F8SA 2HHHK 2HSTA 3HPOA 2HBLA 2JLEA 2OPQA 4WCEL 4B9MA 1BISA 3G10A 3M1FA 2NRHA 1DEJA 4CZMA 3I56N 3THVA 1X9JA 3NMUA 1HKGA 3CJBA 3HSTB 3CG7A 3LZIA 3CI5A 1BCMA 1BG3A 3DM2A 3P1GA 1EXQA 1BIUA 5DM7L 3DLKA 4KH5A 5EY4A 1ASWA 3VF6A 3AVBA 4B9SA 1JKHA 3C7NB 3VEZA 5LMUK 3HO1A 1BQMA 3V9ZA 3NF6A 1L3TA 3DJCA 5BR8K 2UUAK 1XC3A 3QBXA 4KHNA 2UXCK 2W42A 5KRSA 2CH6A 4F3OA 1SL0A 4KH4A 5HRNA 2PYJA 4XEIA 3LDQA 4DF8A 1WSJA 3AVIA 5JLHA 1WAJA 2B5JA 4ISEA 4BR2A 3OYIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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