1YWVA

Crystal structures of proto-oncogene kinase pim1: a target of aberrant somatic hypermutations in diffuse large cell lymphoma
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
PLESQYQVGPLLGSGGFGSVYSGIRVSDNLPVAIKHVEKDRISDWGELPNGTRVPMEVVLLKKVSSGFSGVIRLLDWFERPDSFVLILERPEPVQDLFDFITERGALQEELARSFFWQVLEAVRHCHNCGVLHRDIKDENILIDLNRGELKLIDFGSGALLKDTVYTDFDGTRVYSPPEWIRYHRYHGRSAAVWSLGILLYDMVCGDIPFEHDEEIIRGQVFFRQRVSSECQHLIRWCLALRPSDRPTFEEIQNHPWMQDVLLPQETAEIHLHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1
publication title Crystal structures of proto-oncogene kinase Pim1: a target of aberrant somatic hypermutations in diffuse large cell lymphoma.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 78
structure length 274
sequence length 274
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2005-02-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1ywvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1ywvA01
3QD3A 4BCPA 3O7LD 3COHA 3MFRA 4C62A 4OT5A 2XRUA 2BHEA 1CM8A 2R0IA 3PXRA 3T3UA 2ZDTA 3O23A 2PMNX 4IAKA 3UZPA 4RIXA 3CP9A 4J98A 5A54A 3U8WA 3FY2A 5J7BA 1YXVA 4BZNA 4CLJA 4EHZA 2OFUA 1B38A 3CPBA 3F88A 4BKYA 3U6IA 3LOKA 4J99A 4JQEA 3PPJA 3W33A 2X6EA 4FC0A 5HCZA 4G6NA 2CGUA 2C4GA 3FL5A 2XBAA 3FL4A 1L3RE 5J1VA 3BYVA 3TJCA 2OH4A 3EYGA 4RWIA 2HY81 4GIIA 2VAGA 5CEOA 1G3NA 3DU8A 4UMQA 3RAKA 4E7WA 2ITXA 3F3VA 5KBQA 4G5PA 1JKTA 2EVAA 3LCDA 5AUWA 4FV1A 4N57A 4FTMA 4K77A 4C37A 4RVKA 1ZY5A 5FDXA 5AUYA 5HCXA 4U43A 3BZ3A 4FTOA 3R9RA 2JIVA 2NRYA 1LUFA 4XLVA 1JNKA 1AQ1A 5ETAA 2DWBA 5A4QA 5I9YA 1MUOA 1Y8YA 4IEBA 5AUZA 4FGRA 5IF1A 1R0PA 3WF7A 2ETMA 4IE9A 3PJ3A 4TPTA 3AC4A 5LOHA 3FYJX 4XYFA 1HCLA 2WQOA 3I79A 4FKRA 4LV5A 3T8OA 5BUEA 4KBKA 4PQNA 4ACGA 3OUNB 3EN5A 4RJ6A 4ZLYA 1OUKA 4OTFA 4QQCA 3VS0A 3C51A 3RTPA 3EN9A 3MH2A 3NYXA 4G2FA 2QG7A 2C6EA 3HMOA 4EZ5A 5HTIA 2ZDUA 3OCGA 2C6DA 4I6FA 4RX8A 4QP2A 2YDJA 3L9NA 4U45A 5L2QA 5AAGA 3RP9A 4AA0A 2JKQA 3A4OX 4NCTA 4AGCA 3BBTB 5HQ0A 5HI2A 4BCKA 5HE1A 2OU7A 3BHVA 4M97A 3RPVA 2BRMA 3OP5A 3EQFA 4YJOA 2WTIA 5KMJA 4FZ6A 3RPSA 4BCHA 3OUKA 3UP2A 1YI4A 4BHZA 2V62A 4F70A 4EJ7A 1V0OA 4OTGA 3E3PA 4IQ6A 4MVFA 2OO8X 3VBVA 4FIEA 4GT5A 3CLYA 2JAVA 3QWJA 4UALA 2YM6A 2R3HA 4YJTA 4C8BA 2DUVA 4O0RA 4RJ4A 4GUEA 2X7GA 2XEZA 1M2RA 4FZDB 4E6QA 3ZC6A 5E8SA 1DAWA 1ZY4A 2X6DA 4RC3A 1QPDA 1MQ4A 1OKZA 2WOTA 3IOKA 2CJMA 3R83A 4IAAA 3Q9WA 4BHNA 4EC9A 2B9JA 4N6ZA 4Z9LA 1ZOEA 4BBMA 2Z7QA 3JPVA 4Y73A 3IK3A 1JSUA 4E20A 4NU1A 2PUUA 3R8LA 3V8SA 4F0IA 4PP7A 4FF8A 2G01A 4MBJA 2W5BA 4FIGA 5TO8A 3ZLYA 3RHKA 1OIUA 2EB2A 3R00A 4RJ8A 4YJPA 5HD4A 1M7NA 4U97A 4EBWA 2VX0A 3CIKA 3FKNA 3QBNA 4F9AA 3FI2A 4XNEA 5A46A 4ZSGA 2I0HA 3O8PA 4FR4A 1MQBA 3MA6A 4RWJA 5IG1A 1KE9A 4U40A 4HPUE 1OIRA 1X8BA 2ONLC 3H3CA 3L8VA 3R02A 4R3CA 4EZ3A 4O0WA 4Q5HA 2XIZA 3BLRA 4JX7A 4XX9A 4XMOA 3ANQA 1ZMUA 3QD2B 1FQ1B 3FI4A 2QG5A 4RFZA 4WD5A 5M4IA 2IPXA 3WZDA 2I0YA 3HLLA 2XS0A 4NT4A 4X7QA 5IQGA 1OUYA 3UQFA 3QL8A 2W4KA 5GZ8A 3BYUA 4NTTA 2VGPA 3V5JA 3DJ5A 4LG4A 5CYIA 4E93A 5A4TA 5BMSA 2FYSA 3FMDA 4E26A 3CE3A 4OLIA 4G3GA 3UYTA 2OIBA 1PJKA 3C50A 4O38A 3QKLA 4XG3A 3ZRLA 3IPHA 4O7SA 1JLUE 3BYMA 2FO0A 2GNGA 5CU2A 3LVPA 3UO5A 2JKMA 2ZMDA 4GU6A 4EEVA 5CAPA 3AGMA 5EW8A 4X6RA 4YLJA 2X1NA 3VW6A 4G6OA 3GU4A 3TIYA 4AQCA 2PUIA 3UE4A 4UBAA 3FMLA 3DZOA 2Z2WA 5AUVA 3WZJA 4EOJA 2RFDA 3NPCA 3OTVA 4U41A 5CU6A 3PJ1A 4IDTA 3U9NA 4BDHA 4LGDA 3L9MA 4H58A 2CGWA 4BDAA 1F3MC 3C4EA 3F5GA 4C36A 3TDWA 4ZK5A 4GV1A 3H30A 3BHHA 1PW2A 3UZTA 2C6IA 2ZV7A 3R28A 5BYZA 3MPMA 1KWPA 3OC1A 3AC3A 4NKSA 3A7IA 3BU5A 3K2LA 4A07A 2WMVA 2QC6A 4I6BA 3IW5A 3NSZA 2C5YA 5EW3A 3QLFA 5CF8A 4WHZA 3VUTA 4YURA 4PMTA 5D1JA 5I0BA 1BL7A 1YWNA 2CGXA 3WOWA 4C4IA 3ELJA 2JBPA 4ITIA 4YHJA 5EHLA 4AFEA 5DEYA 1PXIA 3HEGA 4JAJA 1NW1A 4IWOA 1WVXA 2GHLA 3O71A 3QQLA 4F7NA 1LPUA 1WFCA 3D5UA 4D4VA 4IWQA 5GJGA 3Q4ZA 5E1EA 3MB6A 3H9FA 2CKOA 3EL8A 4EYJA 2VWBA 3ODYX 3UVPA 4FG7A 1WBOA 4AT5A 4HZSA 2OJFE 3R9HA 3KU2A 3AC2A 4IWDA 4R3RA 5HVYA 2C3LA 2RFEA 5L8KA 1JKLA 5A4LA 1Q5KA 1ZOHA 4Y5HA 5AM7A 4AACA 4RIWA 4O7NA 4FT3A 4BR3A 3C1XA 1NA7A 4BTMA 2R3QA 3UVQA 4HGSA 3VF8A 4YHFA 4QTAA 4BDBA 2CGVA 3IGOA 1UKHA 4QMWA 4IVAA 1OMWA 2Q0NA 4I0RA 2PZ5A 3QF9A 1XH6A 3TTJA 1CDKA 3RAHA 4KA3A 4CMTA 1Z5MA 4LOOA 4D2PA 5KMLA 1XHAA 4I6HA 1KUTA 4EOQA 3QKKA 3DAJA 1H0VA 3G5DA 2WD1A 3ETAA 2YWVA 4O7YA 1UNGA 4PDSA 3VUIA 3HA6A 4A4LA 3HP2A 3UNKA 3W55A 5FXQA 1L8TA 3ZDIA 4ANMA 2X81A 4IX4A 4EC8A 2HAKA 1WCCA 4FT7A 3FEGA 3IW6A 3ITZA 1OI9A 3LCTA 5EW9A 3U54A 1Z57A 1Y6AA 2HZIA 4CVAA 4EH7A 5DHJA 3PSBA 3OOGA 5ANOA 3KRJA 4WNOA 4UZHA 2JBOA 2V5QA 2QKRA 3ALOA 4MEDA 4ZTLA 5AV1A 2IW8A 3VS5A 3W2RA 4C34A 1H08A 2I0EA 3CTHA 4MF0A 2B7AA 5CT0A 3HL7A 4QT1A 1W7HA 2YACA 3PIYA 4FSNA 4FKGA 5AIKA 3UODA 4C35A 3F2AA 4QOXA 3ZEWA 3UIUA 4HVIA 5IEYA 5KHWA 4IAYA 2B4SB 1GZKA 2REIA 4LGHA 1XBBA 4D58A 5BUIA 4UZDA 4WG3A 5IPJA 3A7FA 4BIBA 2V7OA 2OF2A 2WGJA 3MFSA 4ACHA 4J8NA 2I6LA 4N4SA 3RWPA 4B6LA 2X7OA 2ITVA 4CMUA 2XK8A 4RIYA 3U87A 3VS7A 4G9CA 4L00A 5DN3A 5HIEA 4CD0A 4E6DA 4ERWA 4OGRA 5AP2A 2OF4A 3F7WA 3E63A 4R6VA 3S3IA 4CRLA 2GDOA 4LUEA 2BTRA 5I5ZA 3GI3A 3F2NA 4PPBA 5BVWA 5JGDA 5LVMA 2VWVA 2WHBA 3G0EA 5LMKA 4ZEGA 4DG0E 3P7CA 1KV2A 4RA5A 3K5UA 5JQ8A 3IW7A 5EOLA 2QHNA 3D7ZA 2XCHA 4FKVA 5J5TA 3G15A 4PMMA 4W8DA 5BNJA 3ZSGA 3L1SA 2BKZA 4N70A 1XH5A 4C38A 3ERKA 3RPYA 1J7IA 2A27A 4V05A 3FSFA 3LZBA 4USDA 3S1HA 3F6XA 1B39A 4HW7A 4PL3A 1JAMA 3CD8A 1G5SA 2OK1A 1UWJA 3DV3A 3NUYA 4H36A 1KE6A 3SOCA 3T9TA 2X4ZA 2ZM4A 2GHMA 5DOSA 2F2CB 4NWMA 2C3KA 2OLCA 3QQGA 5IEXA 4ZJVA 2Z8CA 4TWNA 5IQFA 2QO9A 3CCNA 1XR1A 5ANKA 3HA8A 2VU3A 3MYGA 1YDTE 3B2TA 2PZPA 2X9FA 3D4QA 5CT7A 4FTRA 3LMHA 1ZYCA 5CNNA 2XRWA 4FGBA 3OY3A 1FINA 2WMQA 4KINA 4JDIA 3MFTA 2VTSA 3EOCA 4QMUA 5EI8A 2CLXA 3C4WA 3I1AA 4MX9A 3VC4A 5EQEA 4GH2A 3ORIA 3SQQA 4ZY6A 4DH7A 4R78A 4JOAA 2WNTA 3I4BA 3K3JA 2UZEA 1YXSA 3FWQA 5M4FA 5AX3A 2WAJA 4DINA 5M55A 5ANDA 3V04A 5JFVA 5LCKA 1ND4A 3PZHA 3UC3A 2ACXA 2XM9A 4GVAA 4YJQA 4BFMA 3DXPA 4DTBA 3FQHA 3L9LA 3EH9A 1W8CA 2P3GX 3FXWA 3TDVA 2IVSA 4F6UA 2J90A 1PMNA 5EK7A 2HW7A 3QQKA 4G6LA 3KC3A 3RZBA 4YP8A 1XH9A 4EWHA 5KHXA 2IW9A 5KKRC 3O8UA 4KBCA 5KCVA 1R78A 1PHKA 3PRFA 2QONA 3UQGA 5LMAA 3HUBA 4PL4A 1YWVA 4AZTA 3I81A 4CKRA 3MS9A 4IZ7A 3GNIB 1OB3A 1K3AA 5HX8A 5E90A 4KWPA 3ULIA 3V5PA 1UU3A 3P7AA 3R0TA 3U6HA 4TWOA 2NP8A 3G6GA 4EYMA 4QMNA 3BI6A 4O27B 1HCKA 5IQDA 5A3XA 5DRBA 1YQJA 1GAGA 5CU0A 4IWPA 2W9ZB 2C0TA 5GNKA 4IB1A 2Z02A 4XG9A 5TKDA 3R22A 2LGCA 3Q52A 5JH6A 2X2LA 5BVFA 1U5RA 5AJQA 2OH0E 5HESA 4PDYA 4BCOA 3KY2A 5AMNA 4CZYB 4X2KA 4ZAUA 5DA3A 1T45A 1G8AA 2O64A 3A99A 4JXFA 2ZM1A 4ZZMA 3G90X 1PXLA 4O2ZA 4E8AA 2P2HA 5I9VA 4KD1A 4IC8A 4RMZA 5HVKA 3I7BA 3PA5A 4F08A 1J91A 3DKFA 5AP0A 4D2SA 2R3JA 3VJOA 4DTKA 4IX6A 3LFAA 2WQEA 5FGKA 3OWJA 5KMIA 1WZYA 2BROA 1XKKA 5C03A 3JR1A 2J0IA 4QQ5A 2J50A 3G33A 2YHVA 3QTRA 4GMYA 3NVMB 3U55A 4HOKA 3NW7A 3R04A 5IA4A 4R7BA 2YA9A 5JRQA 4O7ZA 2UW9A 5FG8A 2QOBA 3CEKA 3WIKA 4EHVA 1ZARA 2O8YA 2E9NA 3F3WA 4HCTA 1KE8A 4MXYA 3LFSA 4O91A 4QMOA 3UGCA 4AOJA 3CS9A 4RX9A 1IRKA 2PVYA 5A4EA 2W05A 4PP9A 4JAIA 3I6UA 4IM3A 4W4WA 5L3AA 3EN6A 5K0XA 3NGAA 4QMYA 4JIKA 1LP4A 1DS5A 4AOTA 4NFNA 3SHEA 5C01A 4YR8A 5DR6A 4K8AA 4EOMA 4QNAA 5HLNA 3AD5A 3HRFA 3VAPA 4MBLA 1R1WA 5IUGA 4FEUA 3BELA 3JXWA 3HRCA 5CVGA 5BX0A 4DITA 2HXLA 4P4CA 4XG6A 3KXMA 4JQ7A 4CSVA 1OL1A 2AYPA 3H0ZA 3KA0A 5ETCA 1FOTA 3MDYA 3ZU7A 4U3ZA 4KKEA 2RGPA 2R3IA 2UW3A 1UWHA 1U59A 3OEFX 2WB8A 3UOLA 3HGKA 4MK0A 4EH5A 1P14A 5I9WA 5FWKK 3BV3A 2R64A 4PMSA 3ZLWA 3LFEA 4O22A 4DLIA 5EI2A 3DKGA 2WTKB 2R5TA 4F0FA 4QNYA 3GOKA 2BTSA 3QCXA 4HYIA 5JFXA 4F1OA 4BC6A 2VRXA 5CU3A 3VBTA 2FSTX 5G1XA 3VULA 1BI8A 3Q6UA 4AW5A 4BDFA 5JEBA 5LVPA 5IQAA 2X0GA 2PE0A 5JRSA 1E9HA 3FY0A 4LRMA 2GQRA 3DQXA 1V0PA 3ZSHA 1H4LA 4NCTC 1WMKA 3RMFA 3UDBA 1IAJA 5JFSA 3RM7A 5FM2A 3UJGA 3ZRKA 1GY3A 2GS6A 2Q83A 4BKJA 3D15A 4FOBA 1A9UA 3FMJA 2PVFA 3AT3A 5HX6A 1NT2A 4X2NA 3TI1A 4WBOA 4WOVA 4FTQA 5GJDA 4MTAA 3COKA 3G6HA 2G2HA 5AV2A 3VBXA 2OFVA 4DEDA 3FZ1A 3ZFMA 4EHGA 4O96A 4Y83A 5CVHA 2BZKB 4WNPA 1U5QA 3CQWA 3Q3BA 3ZBFA 4C61A 3A4PA 4M15A 4GU9A 4RZVA 2UZDA 4M66A 5HU3A 4QPSA 3E64A 4HZRA 5T68A 3EQGA 3PPKA 3T3VA 2GFCA 4DH5A 3BGPA 3B8RA 3EQIA 2EWAA 4JBVA 3GCUA 3ALNA 4JI9A 4XV3A 4ANQA 4E4NA 4RIOA 4EL9A 4ANBA 4UXLA 3RALA 5EM8A 4JQ8A 3LM0A 4F1MA 1S9JA 3ZOSA 3SXRA 1CTPE 1NVRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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