1YXQA

Crystal structure of actin in complex with swinholide a
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
367
structure length
355
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of swinholide a binding to actin
pubmed doi rcsb
total genus 120
structure length 355
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1yxqA03
3O5BA 4CZFA 2W40A 3O4WA 5AZJA 4HWIA 4JD2A 2AP1A 5JLFA 3H6EA 5FPEA 2KHOA 4BRFA 5AQRA 3HBTA 3M6GA 5BPNA 4FL9A 4CD1A 2FSNA 2FLOA 4MLHA 4CZKA 1NGGA 5LJWA 4J8FA 3MK6A 4IO8A 2PAVA 3A0IX 1D4XA 1X3MA 2EWSA 4EIAA 1WUAA 1SZ2A 3VENA 4MO4A 2ZGYA 2P9PA 5E26A 5BPLA 3LL3A 3J8AA 4QS7A 1KAZA 3KHYA 4YDUA 1H1VA 4BC5A 3HSCA 3EL2A 3CI5A 1T6DA 5E84A 3ZX3A 4KBOA 3CJ7A 4JD2B 5F2RA 1ATRA 2A6AA 4Y0WA 4JNEA 4BRDA 3CJAA 2HF3A 4EAHD 4IJNA 5JMVA 5JLHA 3HM8A 1RFQA 1XUPO 2ZF5O 3H1QA 2Q31A 2W41A 3MDQA 3FE1A 1HLUA 4I6MA 4A62A 4O8KA 3FZKA 1GLEG 2P9PB 3M1FA 4DB3A 1NWKA 1ZC6A 5AQXA 4BVOA 1ESVA 1QZ5A 4CZJA 2QWPA 3QFUA 2AA4A 2P9NA 3HTVA 1NGFA 3U9ZA 3QFPA 4DQ8A 1IG8A 3CIPA 1TYQA 4FWOA 4QS9A 4B1XB 3DAWA 1WOQA 1XC3A 3GDQA 1Z05A 2YHXA 3LDPA 3RSEA 3L6QA 1GLBG 3AAQA 4H0TB 3WUHA 2GUPA 4FWPA 3H1VX 3CJ9A 4FO0A 4I6MB 3A5OC 4EHUA 1IJJA 3DWLA 1GLDG 1C0GA 3VF2A 1KAYA 1YAGA 4EFHA 1QZ6A 2OANA 1BUPA 3KVGA 4AM6A 2P9IA 4BVPA 5FPNA 3CJBA 4PKHA 2P9NB 5AQVA 4CZMA 4BRLA 2P9KB 4CZGA 2YI1A 4JN4A 4WQ5A 3VESA 1U2VA 5BN8A 3O80A 4EHTA 1TYQB 3D2EA 4BR0A 4JHDA 2ASPA 1BWFO 2VWBA 4FWSA 1NGAA 1YXQA 2CH6A 2HF4A 1OKJA 3GL1A 4IZ9A 3LDNA 3WXKA 3D2FA 5AQNA 3RSEB 2YCHA 5ADXH 1Z6RA 4L3QA 3CJCA 5BRHA 2Q36A 1HJOA 3H45C 2QWLA 3ENOA 5JICA 4DCHA 5FPDA 2Q2RA 5AQUA 2CH5A 3VOVA 2V51B 1LOTB 1GLAG 2D0PA 2P9IB 5EVZA 4PL7A 5AQLA 1XQSC 2J4RA 1MWMA 5AFUH 3F9MA 3VF4A 1JCEA 4FWNA 1NGHA 3WEEA 3D2EB 2DPNA 1BA0A 4MLEA 5B8HA 4BROA 3IMXA 2FSJA 3QBWA 3A5NC 3QBXA 4H5WA 2E1YA 3D2FB 1BU6O 3EN9A 4CD3A 2NRHA 4PKGA 3ULEA 1HUXA 3WXJA 2WUSA 3R9PA 3C7NB 4BRIA 2IVPA 1RDWX 4JAXA 4C23A 3SLCA 5AZIA 4GY2B 1DKGD 2GWJA 2ZGZA 4B1VA 4YDUC 4O5FA 2I7PA 5AQKA 2BUPA 4CZIA 2FSKA 4PL8A 4QS8A 3ZX2A 3WEEB 2V52B 3BEXA 1BO5O 5AQWA 5LY3A 5AQSA 5LJVA 4B9QA 3BP8A 4NB4A 3SMPA 5AZJB 4CI6A 1HKCA 1BDGA 1G99A 5FPMA 1Q18A 1NM1A 4M7YA 3UE5A 3ULEB 3GE1A 4K25A 5AZIB 2QWRA 4H0OA 1RGIA 4FPBA 3MN6A 4Z94A 4H0PA 3ZEUA 1GLCG 4IWVA 3VERA 4BRNA 2IVNA 3W3DA 4B1ZA 1MDUB 4M7XA 2HOEA 3EKUA 2Q97A 3DXMA 2NZTA 3H3NO 2D1KA 2QWMA 3BF3A 2I7NA 4IJAA 4A61A 3DXKA 3DJCA 1NMDA 1SQKA 4GNIA 1YUWA 2YJEA 3CETA 2A3ZA 4H5VA 2ASMA 3VEVA 3ZETA 2V7ZA 4A2BA 4K41A 3WT0A 2FXUA 3O6WA 4BRMA 2ZWHA 5AQMA 3I8BA 1KXPA 2E20A 3SMSA 4F9OA 3MN9A 3VGLA 3FGUA 1X9JA 5AQTA 1QQNA 4BQZA 2QWQA 4WQ5C 3UKUA 4H0VB 1GLLO 1NGIA 4H5RA 4BR2A 3FZLA 3W0LA 4ISGA 1K8KA 2YJFA 4K42A 5AR0A 3FZHA 5BN9A 3DXMB 1JCFA 3VGKA 5AQOA 2ASOA 3BUZB 5AQYA 1NLVA 1X3NA 3R6MA 1QQMA 2A40A 4NO7A 1U6ZA 3MMVA 4CBWA 3SJHA 3VEZA 3ZETB 3SK3A 3VETA 3BF1A 2ITMA 2FF3B 4WQ4A 4BR9A 4BRHA 4BRGA 2A5XA 1S22A 2E88A 4CJ7A 5TKYA 1BG3A 1TUYA 3FZFA 3A5LC 1T44A 4FWRA 3O1BA 2Q0UA 3LM9A 1YVNA 3MN7A 1JCGA 2CGKA 3JS6A 2F9TA 1K8KB 1DGKN 3CHWA 3LDLA 3TPQA 5I9EB 2GTDA 1CZAN 1LCUA 4RCHA 1MWKA 1U2VB 2GWKA 1P8ZA 4BC3A 4JHDB 3WXIA 3GG4A 3AARA 3QB0A 1ZXOA 3TU5A 5F0XA 4BREA 4FWMA 3QDKA 1ATNA 5KPTA 3R8EA 3KZBA 2P9UA 3QICA 4XH5A 1NGBA 5CE3A 5KPZA 4BC2A 3VGMA 2H3GX 2A42A 5AQQA 2E2PA 3MN5A 5KPRA 1NGEA 3H3OB 2Q1NA 2QWNA 3AAPA 3MCPA 1ATSA 3WQTA 4H03B 4BGBA 3M3ZA 3OHRA 1NBWA 5BREA 3CQYA 3A5MC 1HX1A 4BRQA 4BR4A 3I33A 1ZBSA 2BTFA 1QHAA 1V4SA 3D7EO 1MA9B 3ATUA 1BOTO 4BRCA 4BG9A 3VEOA 4A2AA 3WQUA 3L4IA 3LDQA 2P9UB 4ISFA 4K43A 4MO5A 2D0OA 1KAXA 3IDHA 4FOIA 3U4LA 2UYTA 3B8AX 2Q0RA 2YHWA 4CZLA 1GLFO 2CGLA 1NGDA 3L0QA 5BRDA 1DEJA 5EX5A 4H5NA 1GLJO 2A41A 3U9DA 3HZ6A 3GOIA 4FWKA 4E1JA 5EY4A 2QXLA 5BRFA 3VEYA 3HI0A 3LDOA 3ATVA 1EQYA 2HMPA 5AQFA 4PKIA 1V4TA 3A8YA 5BR9A 5KQ8A 3QMLA 4B1YB 4H0YB 1NGJA 3FZMA 3O1WA 3CERA 2CGJA 3ZEUB 4BR5A 3CQXA 4CZHA 4FWQA 2E1ZA 2GELA 3FR0A 2NLXA 4XEIA 2P9KA 3CJ1A 3GBTA 4BC4A 5ADXA 4BRPA 3ID8A 3AY9A 3VEXA 1E4FT 4BG8A 4WQ4C 4H5TA 1HKGA 4IXCA 2D4WA 4DHYA 3FLCO 2F9WA 3DXKB 3VPZA 3EZWA 2P9SA 3H46O 3O08A 5AQIA 1TUUA 3S41A 3VF6A 3ZX0A 3UKRA 4B1UB 1BA1A 4FWLA 4CBXA 4RTFD 3IUCA 1SAZA 1NGCA 4XH4A 4CZEA 4CBUA 5F1XA 1S3XA 2PBDA 5BPMA 2E2NA 2VCPA 5AFUA 3ENHA 3G25A 4LC9B 4HTLA 2QWOA 3FFKB 5EOYA 4RWTA 2E2OA 5AQPA 3UKUB 3P4IA 2QM1A 2E8AA 2P9LA 2YHYA 1J6ZA 4B1WB 1T6CA 1Y64A 5EXWA 4ISEA 3JXUA 2QW9A 2VYPA 3EKSA 4BGAA 2P9SB 4WYBA 4FPAA 4FSVA 3UB5A 3UKRB 5AQJA 1R59O 4BR7A 3VEWA 4BRAA 4BRKA 5ELZA 1E4GT 4BQLA 2IIRA 3C7NA 2E2QA 5AQGA 5AQHA 2FF6A 3LM2A 4AM7A 1HPMA 3IFRA 4XH1A 4M63C 3WXLA 2GEMA 3U8XA 1HKBA 1C0FA 3O8MA 2P9LB 5AQZA 4FOEA 3C0BA 1QQOA 5KQDA 3EO3A 2V7YA 4H0XB 2IVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8DA 3VMFB 4HCCA 4HWIA 3HSTB 3HXMA 4X64K 4FM2A 5HBMA 3MAQA 5EU7A 4IEEA 5AQRA 1EKEA 1LAWA 4BECA 3M6GA 4LH4A 4Q5VA 4CZKA 3S3MA 3L3VA 4WFBL 3MK6A 3A0IX 2EWSA 1S72N 1VQ6N 4CJQA 1Q81O 1SZ2A 2ZQBA 4MO4A 2HHVA 2E6MA 2ZGYA 4FCYA 1IBLK 1JL2A 3ZSYA 3K2PA 5E26A 3D45A 3LL3A 4QS7A 3PLAA 3PX0A 1JLBA 3CI5A 5E84A 1VQPN 4KBOA 4DLGA 1FW6A 5F2RA 1ATRA 4Y1CA 4Y0WA 1HYZA 4B3SK 4EAHD 1S6PA 4DV3K 3SBTA 5JMVA 1FJGK 3WNHA 4I7FA 3K5MA 3MWPA 3CXCM 4KB1A 4B08A 3KLGA 3DLLL 1BI4B 1WSGA 2Q31A 2W41A 3RVCA 3M8SA 4DTPA 4F2SA 3FE1A 4I2QA 1HLUA 1Y97A 4BWJA 4A62A 1U48A 3V6DA 2D5RA 3ZSWA 4DB3A 1NWKA 3THYA 1NK5A 3QFUA 3LP0A 3TAMA 4CFAA 3MXIA 3QFPA 3ZYYX 4Z4GA 3CIPA 2IC3A 4FWOA 1C1BA 2GUIA 4YHHK 2GX9A 4BDYA 1RILA 3GDQA 1JLQA 1CXQA 3L6QA 3TAGA 2G8FA 2X6SA 1RBRA 4H0TB 4OPAA 5JVGL 4GMJB 3DRRA 4IFVA 3CJ9A 1SL2A 4I6MB 2NRWA 1GLDG 3VF2A 2VG5A 2OANA 3KVGA 1RNHA 4E7HA 3VQ8A 4BRLA 3E1YA 1D9FA 2WOMA 4WQ5A 4PHTX 4CGGA 3OYAA 3O80A 4BR0A 5J2MA 2VWBA 3G4SN 1RDUA 3RTVA 3EY1A 5DK5A 2HF4A 3HRGA 3GL1A 4YFUA 5AQNA 1Z6RA 3CJCA 2NNWA 4FJXA 3AV9A 4CEQA 4DCHA 1VSJA 1QSLA 2Q2RA 5FRMA 1WSIA 3AVJA 2V51B 1CXUA 1YIJN 1W97L 5CZ1A 2XY8A 3DRPA 1RDCA 4FWNA 2VG6A 3D2EB 3KD5E 1BA0A 3PUFA 2PY5A 2VQEK 3IMXA 1HYSA 2FSJA 5DMRA 2XY6A 5LMNK 3CCQN 2NRHA 3SZ2A 3J7AP 1VRUA 1HUXA 3WXJA 3SPZA 3R9PA 4CK2A 4BRIA 2G8VA 2IOCA 1GOAA 5AZIA 2ZGZA 2YV0X 2KKZA 3AVCA 4CCHA 3NMUA 1Q9YA 4CZIA 2HHIA 5A2QO 3CCUN 4JI8K 4U67L 4PL8A 3ZT0A 4UQGA 3WEEB 2KTQA 2V52B 1BO5O 5AQWA 5LY3A 2FBTA 3BP8A 4NB4A 3SMPA 1VSEA 3OYHA 1RT1A 5FPMA 1Q18A 1C1CA 1NM1A 3HOTA 4JKGB 3HJFA 4K25A 4FZXC 2QWRA 2PZSA 1BHLA 4FPBA 1WBDA 1YTAA 3ZEUA 1GLCG 4CEZA 4FJ9A 4CEOA 4BRNA 4CJEA 2X78A 3VQEA 2JLEA 3C95A 4AILC 1RT5A 1IKXA 4CFDA 4M42A 1MU2A 3H3NO 5J2QA 3BF3A 3DJCA 3ZT2A 2I5JA 4LSNA 2A3ZA 3SNNA 2ASMA 4LSLA 3O6WA 1RDDA 4BRMA 3L2QA 2ZWHA 4JV5K 3CCEN 3VGLA 3FGUA 4FJMA 3LALA 3TI0A 4FZZA 5FROA 4BQZA 1XI1A 4WQ5C 1EX4A 4C1NI 4H5RA 4BR2A 5HRNA 1KVBA 4ISGA 2YJFA 3CFOA 3OJUA 3DXMB 4GW6A 4YORA 3ENBA 3VGKA 3CCSN 2NUBA 5AQYA 4IDHA 2A40A 4B3MK 2YNHA 1U6ZA 3SJHA 3VEZA 2KFZA 3VETA 1YJ9N 3BF1A 1ITGA 4CGHA 3ZSVA 5TKYA 1IKVA 1IH7A 4M3YA 1T44A 3TR8A 4CHOA 3WXMB 3DOKA 1DLOA 3I56N 3CHWA 5GADP 5I9EB 4YY3K 4FLYA 1NKCA 1MWKA 1J9AA 1S5JA 2ETJA 2GWKA 3I0SA 3NGZA 3PX6A 4LF9K 3NFAA 2WFBA 3GG4A 3QB0A 1REVA 3K57A 3TU5A 1EP4A 4IFYA 1EWRA 2QTDA 1CZ9A 3O3HA 5KPZA 3VGMA 4ILJA 5AQQA 1QS4A 1QHTA 4MDAA 2QWNA 4H03B 4DFMA 4BGBA 4IOAL 3V9ZA 1J53A 1T05A 3I33A 1QHAA 1V4SA 1NK0A 3D7EO 3ATUA 3OA9A 2YNFA 2HBLA 4RW8A 4GV3A 4B9TA 4BRCA 3VEOA 4CHZA 4DV1K 4A2AA 4GKJK 2Y1IA 1KRPA 1RDAA 4ISFA 3SAHA 4MO5A 5CZ2A 4HVJA 3ULDA 3U4LA 2UYTA 2OTLN 3U3GA 2YKNA 4FJJA 2Q0RA 2YHWA 2UU9K 2CGLA 3LPTA 1BL3A 4CF2A 3L0QA 2ZE2A 1JLEA 3MX5A 2VQFK 5JENA 4ID1A 4AHRA 3JYTA 1NNEA 3RR8A 3TSPA 3GOIA 2HHSA 2QXLA 5BRFA 4KHPK 1EQYA 2Y1JA 3NDKA 1VQMN 1QE1A 4G1QA 3A8YA 5KQ8A 3QMLA 3N4PA 3CCJN 3OS2A 3SAGA 4BR5A 4CZHA 2E1ZA 1SKSA 4AHSA 3AVFA 4BACA 4DU4A 3LAKA 1LWFA 3O9QA 4B9NA 5ADXA 3AY9A 3HVTA 3VA3A 4FLXA 3VQ7A 3Q7BA 2F9WA 3PIPL 4KHNA 3EZWA 3H46O 1TUUA 3ZX0A 4IDKA 1NK6A 1BA1A 3IUCA 4CIEA 3T3FA 3CFPA 4CZEA 1W0HA 2E2NA 4RW9A 1TKDA 5AFUA 3UIQA 4IOCL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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