1Z41 | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
source organism	Bacillus subtilis
total genus	120
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z41A00

1ML1A 2PRLA 3W7DA 3C2EA 5EA9A 3W83A 1LOSA 1M6JA 3TJXA 3EKZA 2C0AA 3MJYA 1LRTA 3DI0A 4N02A 4N6FA 3DU0A 4O28A 3W7IA 2H3DA 5HULA 1B9BA 2OT0A 3G1SA 4LUIA 3C3NA 3GR7A 4GC4A 5CPMA 5L9FA 1S3HA 2ABBA 2C19A 4IGHA 1XM3A 4IMFA 5SWUA 3W1QA 1LCOA 3IIPA 4TMBA 2QUTA 2RKXA 1X8FA 4JX6A 1ZJIA 3QJAA 3W2LA 4MIMA 1AG1O 3PB2A 4UTHA 1SFLA 2W79A 1J5TA 1W3TA 3EKLA 4WJEA 1M5WA 2P10A 1PHQA 1ZAHA 3L5MA 2R14A 4CQ8A 4FNPA 2V9DA 1IXQA 1OX5A 3MI3A 1NVMA 1OFEA 3DFQA 2D73A 3N9RA 1W8SA 4HNNA 4JTHA 3KVJA 1EIXA 3T40A 1VCFA 4HN4A 2A7RA 3W70A 4O18A 3HGOA 3LV6A 2FDSA 5BMXA 2VFHA 1L6WA 4X3ZA 1Z42A 2VFDA 3EX3A 2FQIA 3CHVA 3PY2A 3EWYA 1Q6RA 3UNDA 3KX6A 4ORIA 4QNEA 1JUEA 5AC7A 1YPIA 1OFDA 3QSRA 4HIBA 4CQAA 4FIRA 2C3ZA 3OIXA 1TTJA 5FESA 4JS3A 2C15A 2WOQA 5F2LA 1SU5A 4O52A 4DO6A 4GUHA 2CWNA 2YZRA 3P81A 1KFJA 3FYPA 4PA8A 4M7TA 2CZDA 5FEPA 4IXHA 5FF7A 2ZDRA 3GNNA 3INPA 3L66A 3TK7A 2G5WA 4Z1DA 2JK2A 4LVDA 1B3OA 1JULA 5KTLA 5FF2A 5AHFA 3W72A 5I3JA 2FIQA 4LWWA 2E1DA 3JR2A 5F1UA 4NNBA 4MZ8A 2Z6IA 4YLWA 4LV4A 3TSBA 2V5BA 4NXSA 8TIMA 2O7SA 3LHTA 4E38A 2CW6A 4MYXA 4ICNA 3H54A 1GVQA 1H7RA 1LBMA 3M0ZA 3E49A 1OF8A 4DO5A 3O07A 5K4ZA 2CLOA 2RFGA 2Q3RA 3UZ5A 4JYDA 3U2OA 1G4EA 3IV3A 4YXGA 1P0KA 2XFWA 4XTDA 4JXCA 1FUYA 4GUIA 4LC8A 3OA3A 1QPNA 2QKFA 1LROA 2CLEA 2ZFAA 1TPVA 1QOQA 3M9YA 5LGXA 4P2VA 2H3BA 2YYTA 4O4VA 1EP1A 3NO5A 4A21A 5AYYA 2X2GA 3P5ZA 3VCRA 2ZZ3A 4YCOA 1D9EA 1OHLA 4ORMA 4NJHA 4P61A 2E77A 3S5NA 1FCQA 5DBTA 4Z1CA 1NEYA 3IGUA 1KFLA 3TFXA 1J4EA 2WNZA 5DCEA 1TQXA 3DI1A 3W88A 3LHWA 4L4MA 3IVTA 4ADUA 1EP2A 4MPQA 2ISSA 3THQA 4N9BA 1XUUA 2A6NA 1JUBA 3IIVA 3B4UA 5F1VA 1R2SA 4NT0A 3FEMA 4GNJA 1UB3A 1FBAA 4O17A 5AHMA 1SZEA 3TDFA 2YCEA 1WXJA 3F4WA 2VC6A 3UWQA 4JX5A 2X1UA 4DELA 4U4MA 3STFA 4OHQA 1LOQA 1CW2A 4BR1A 1L2UA 4UTUA 1YXDA 1IIHA 2I9EA 1SUXA 2DZTA 3RNDA 2VFFA 4QISA 2HTMA 3W71A 1Z41A 3I65A 1IXPA 5DXXA 1HL2A 3GDMA 1ME7A 3N3MA 3TXZA 1VYSX 3Q58A 2P0OA 4O16A 5G1TA 2X1RA 3LLDA 1KM5A 1A5SA 4Q33A 5K9XA 4CCEA 3W2MA 2TSYA 1KLYA 5KSWA 3LLFA 3W1XA 2ZZ6A 3T78A 1KM1A 3NQ6A 2PURA 4CCCA 3TA6A 3FA5A 1H51A 5G2WA 1YADA 2Y7FA 4HKPA 1GT8A 4RZ4A 1TPDA 2DZSA 5ABTA 5AFDA 3CEPA 2TMDA 3S6DA 4O12A 4GUFA 4R7JA 1KM0A 3NQMA 4E0CA 3S1WA 3MHUA 4UFKA 1NAL1 2ZRVA 4E2BA 1SZNA 4QAIA 4JTFA 2GPTA 1ICPA 2ZZ4A 3PWAA 4IX0A 4AAJA 2VFGA 2A4AA 4LT9A 3EWUA 1WBHA 3W76A 3LI1A 3P60A 3S0CA 3TAKA 2H90A 3PS7A 3OVPA 1HG3A 3P8JA 3L0GA 4JTEA 3MP4A 2NV2A 2A6LA 4LVGA 1TTIA 1ICQA 1FXPA 2QCHA 1TPEA 4M5PA 1U5JA 1JJKA 1I2OA 3FKKA 4AMAA 4FX7A 2VEPA 5D02A 5U4NA 3SY5A 3EXTA 3W74A 4A22A 1AMKA 3N2XA 1SO5A 2QCEA 1QDSA 1VR6A 3S5YA 1SW3A 1SZGA 2QDHA 3C6CA 2H6RA 4K38A 2JKEA 1LBFA 2QCDB 1LZOA 1K8YA 3PBYA 1WBJA 5K4XA 2QF7A 3P82A 1WDWA 2V2DA 4H6KA 1DHPA 1TB3A 3I7SA 5TBOA 2ISVA 4HSNA 4TR9A 5DY2A 1VRDA 4UTMA 3HPSA 4AH7A 3G1XA 1TSIA 3SGUA 3UY8A 2V0TA 5KZEA 4NJGA 1EWDA 1FWNA 3B03A 3P5YA 1DVJA 1L9WA 5FEZA 2Y89A 4GWEA 5L6UA 3B0UX 4PL2A 3TW7A 3B05A 4UUIA 5D09A 4R33A 3GDRA 3W87A 3GDKA 3QSTA 3STEA 1HO1A 3QRHA 3G1AA 2I1OA 5H2ZA 1WOAA 2AGKA 1TYGA 3LTPA 1LOLA 1MEIA 3M5VA 2VENA 2QJGA 3UWUA 3LBMA 3GIYA 3BO9A 1DV7A 2DP3A 3LTSA 1R2RA 3P62A 1XFBA 3I7RA 3R12A 3LCLA 1O5KA 2VFIA 3QW3A 3QPZA 5CPOA 1GOXA 3GDLA 3EX4A 3GAKA 2PE4A 4O4WA 4UTTC 3BV4A 3NQVA 3PULA 1LM1A 1F74A 2UV8G 5FF3A 3AJXA 1RQHA 3WJZA 5CPLA 4FNSA 3NQ7A 3LI0A 4ZQRA 1QPRA 1I2PA 2B7NA 5LNSA 3V75A 1H7PA 5D37A 3NNTA 3ABQA 1W5OA 4TIMA 5HWMA 1ZAIA 4D2JA 4GBUA 4FIQA 3BW4A 1F2JA 3A24A 3KRUA 1IXOA 1LRNA 2OZ0A 5HWJA 1ZENA 3SIZA 4KWVA 4BWLC 1OYBA 3W6YA 3LGEA 4QJ1A 2WV8A 3O8AA 3BG9A 4JEQA 3LCXA 1IXNA 2Z0IA 2DORA 1FWWA 3S1UA 4MLJA 1RD5A 4WD0A 3ZS4A 5LZLA 3Q37A 4AHOA 4WUIA 1OFPA 1W5QA 3KOFA 1PCWA 3S5ZA 1DQXA 3USBA 5E0KA 5CKSA 2NUWA 3HOJA 3QF0A 3C2OA 2Z6JA 1KBIA 5D2TA 1OK4A 3MYPA 3ELFA 4O50A 1K8XA 4UFMA 1DJNA 4GJ1A 3EXRA 1HO4A 5LGZA 3GR8A 3W1RA 2JGQA 4IX2A 3EWZA 3QC3A 1N8FA 3THAA 1C9DA 1W3NA 1M7OA 3B0VC 4DBDA 4DO4A 2WSQA 4O53A 2YR1A 3BGJA 1ONRA 3ATYA 3NVTA 3CC1A 3NQFA 2CZFA 4LRTA 5CZ0A 5K3VA 5K9CA 1SR9A 2WSRA 5AYXA 4KFOA 3HG3A 4ZMGA 3O05A 4WOZA 4CQ9A 6ALDA 1G7VA 3KRZA 1IGSA 3HIJA 3M16A 2NXGA 3BG5A 5FEWA 1GG0A 2WQPA 3TMLA 2J6XA 4Y8FA 4NJIA 1PV8A 3PF3A 1K02A 4NQ1A 4M6PA 3RU6A 4HPJA 5E1QA 2J88A 3LCFA 2YW3A 1KV5A 2QJHA 2CLIA 5D2XA 2NLIA 4GUJA 3CWOX 2XN1A 1JCJA 4Y6GA 1JCYA 1OFBA 5F4WA 1EA0A 5HMSA 2E5BA 1JQXA 4NX0A 4KFPA 4MJZA 2C18A 3AO0A 4NU7A 3CLMA 3TAOA 3QW4B 4DF2A 1XI3A 2EKCA 2GVLA 3L21A 1OABA 3W2UA 3HO8A 1JCLA 3W7LA 2C16A 3TSMA 2QCDA 3GZ3A 4A29A 5K9DA 2E5DA 1TO3A 3PBWA 4IOTA 4JIQA 3UXAA 3ZR4A 3MI6A 5LHFA 3QPYA 2JKPA 3NAVA 4KFNA 2FTPA 1EB3A 1QMLA 1TTQA 2NX1A 1W31A 2CLKA 1DBTA 2V30A 3L5LA 1S5TA 2FLIA 1I4NA 1W5MA 1A5BA 4G1KA 1GVRA 4MFEA 4NX5A 3V1PA 1QWGA 1G69A 3BLEA 2YFOA 3UWZA 1A5AA 5A5WA 3PSVA 1VC4A 4XWUA 1OX4B 4MY9A 3EWXA 2RH9A 4LRSA 4YCPA 4PTNA 3CIWA 2V8ZA 3SR7A 4UTTA 3LM7A 4ADSA 1PIIA 1H1YA 1AL7A 1VLIA 2RDWA 3FKRA 2J27A 3P84A 2TYSA 4EF9A 4R53A 4JNMA 2NZLA 5AHEA 3G24A 1Q6OA 2ZRZA 3Q94A 4EWND 4N6EA 3R2GA 3UD6A 4FXSA 1QAPA 3UWYA 2ZRXA 1ZY9A 3O6DA 5G2IA 1G4TA 1FDYA 5D03A 1VJIA 3W7NA 3GAYA 2QDGA 4K6AA 4BWLA 2VEMA 1K7FA 4RLIA 4OU1A 2CLFA 1KM3A 5E93A 3P61A 2FB3A 2HSAA 4JTTA 2ZQ0A 2HS8A 2PRMA 2NWRA 4PL1A 3LOTA 2AAMA 4QIUA 1NF7A 2Y63A 2A2IA 1WV2A 5LSMA 5AB3A 3DKLA 3T7VA 3K30A 3GXPA 1BWLA 4UFIA 4PH6A 4GFSA 4I7WA 4XTIA 3W2KA 2V81A 3VKJA 4C1LA 3UPBA 4LNYA 3UWVA 2ZZ1A 1VCGA 3QFEA 2VXNA 5EYWA 1EUAA 5TQLA 4MZ1A 4X9SA 3M5ZA 2VFEA 3W1TA 3PAJA 3CTLA 4A2RA 2VELA 2E6DA 5TIMA 1NF0A 4PC8A 3NL6A 4WY0B 1HFBA 1H5YA 2EHHA 1VCVA 5EL1A 3DHFA 4O19A 1ZFJA 1DQWA 1XBYA 2Y61A 5DELA 3C2RA 1GG1A 2JKAA 2WNNA 3EWWA 4UNLA 3NA8A 4O1DA 2WKJA 3HF3A 3A5VA 2F84A 1CI1A 3SZ8A 1PL9A 4ZQOA 3PVFA 3R8RA 3L0NA 1H63A 3WJYA 2VEKA 5CZTA 1QPOA 1BEUA 3W1AA 2HMCA 5FI8A 1TMHA 3STGA 1OFQA 4MYAA 3W7CA 5AOUA 1SO6A 1GEQA 2OJPA 4I7UA 2QR6A 4PODA 4MUZA 4UC5A 1H7NA 3OBKA 2NUYA 2QUVA 2ZRWA 4OT7A 3QMSA 1T8XA 2FJKA 3MHGA 3EX1A 2CLLA 4UIOA 1SW7A 1KM2A 2RDUA 3IVUA 5A8GA 4AHPA 4BF9A 2OT1A 4UTKA 4QQ3A 1F05A 4JTJA 4JN6A 3GKAA 4AVFA 3LRLA 5CGQA 4CCDA 3PG9A 3HPXA 3LCHA 3G1HA 1KTCA 3MP5A 4LVBA 3U8GA 1K03A 5EPDA 1OFAA 2ZZ7A 3KVLA 4BI6A 1KFEA 4A3UA 3EXSA 1MXSA 1LLWA 4QM1A 5HJLA 3ABSA 4LC6A 1TV7A 3GB6A 1F5ZA 4DBEA 4ML9A 3NPWA 1H50A 2OX1A 4Y9AA 4MY8A 2BWGA 3DGRA 2YFNA 3SECA 4K7VA 1O95A 3G3MA 3SW6A 2VOMA 3IIZA 1GYNA 1UCWA 3CIXA 3N9SA 4JDYA 1W5PA 1JQVA 2QAFA 3TQ0A 5C54A 5AC6A 1V5XA 1UASA 3CU2A 1H7WA 3TSDA 3W7EA 1LORA 5G4EA 1Q6LA 2B7QA 4AXKA 5HUPA 3LV5A 1SPQA 4KWWA 2WSYA 3YPIA 3G0SA 1PS9A 4ADTA 3N73A 3W1LA 4HNTA 3DENA 2E6YA 4M7SA 5K7JA 3CPRA 4S2BA 5H91A 5I3IA 1CX9A 4ZQPA 4C1KA 1Q45A 4RKAA 1JCNA 3E02A 3LX9A 1YDNA 5D2YA 1OX4A 3A22A 6TIMA 1XDMA 1JCXA 3DH7A 4Q4KA 3QZEA 3PG8A 2QCNA 3NQDA 5HUOA 3EWBX 4Q32A 3GVGA 3GX9A 2X30A 3HMJG 3NEVA 2GVGA 4FEZA 1SO3A 1F7BA 4U28A 4LS0A 2G95A 3G18A 5LNVA 1X1OA 1SZFA 4MY1A 2WJZA 2C6QA 2GJLA 3TE9A 2CZEA 4MOZA 1P1XA 3ABOA 3VE7A 2C14A 3S9YA 2CU0A 4LW7A 4PFMA 3W07A 4OQVA 1MSSA 2EF9A 3LHZA 2FFCA 3F03K 4NNAA 1V7YA 4UXDA 1FCUA 3FYOA 2JGYA 2NXHA 3ATZA 3EX2A 1MZHA 2BSLA 3GDTA 2DZUA 3GK0A 4N4PA 5AHNA 1ALDA 3HG5A 7TIMA 3IIXA 1T96A 1D3HA 2ZYFA 5AYZA 1TPFA 5DXYA 2PCQA 3E96A 1UUOA 2VKZG 3OG3A 5D04C 5LNUA 1KBJA 1S5WA 3RFAA 1THFD 5IBXA 1JVNA 2X16A 3QMRA 2Y88A 3F4NA 3SSJA 5D05A 2QCGA 4WXYA 4IJBA 5D33A 3CQ0A 3SI9A 3W9ZA 1YTEA 4O57A 2X1TA 4HNVA 4OWGA 2GVJA 4JICA 5G5IA 1N55A 2NWSA 3ZWTA 5HNRA 1J2WA 1OF6A 2WO5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Z41A

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