1Z48 | Genus

Total Genus 121

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEHIEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVIEIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQGVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAAKQLNTEIPAPVQYERGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM
publication title	The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes pubmed doi rcsb
source organism	Bacillus subtilis
total genus	121
structure length	337
sequence length	337
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2005-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1z48A00

1U83A 3UWVA 1JCNA 3O1NA 4NXSA 1L6SA 2V30A 3HGRA 1V5XA 1DKWA 3C2EA 2YDAA 3PUOA 4ZQNA 3OHIA 6ALDA 4MY1A 4UMAA 1A53A 3WK0A 5J5RA 1B3OA 2Y62A 3E0IA 5KSWA 1JRBA 4MIMA 3INPA 3FJLA 4YLWA 3L66A 3W6YA 3ZFHA 3GR7A 3IVSA 2A6NA 3HF3A 1O5XA 3LCIA 1KFEA 2ZTJA 2H90A 4E2DA 1YPFA 1UCWA 3PBUA 3G1SA 3LCWA 1OYBA 2NX9A 2PE4A 3MP3A 1H60A 4E38A 3LV5A 2PRHA 4MY9A 2A4AA 1Z42A 1B4KA 3IGXA 4U28A 2VFDA 4AWSA 3N9RA 1IXOA 3MP4A 5AHNA 4WX2A 1GPWA 3W2LA 3W76A 4PC8A 4JTSA 3DFNA 3CTLA 5I3KA 3G1FA 3GXPA 3Q37A 3CWNA 3TNOA 1ME7A 3WJYA 2BWGA 1GYNA 1EWDA 3S5YA 3TSBA 1YTKA 3W1NA 3DKLA 4IXXA 3S1XA 3LOTA 3M41A 2C3ZA 3UWUA 1EA0A 3S8HA 1G4PA 1SQ7A 2OT0A 4UC5A 4DPPA 1JCYA 4IMCA 4JTJA 3T40A 1AW2A 3Q2DA 4GUJA 3NR0A 3MBFA 3S1UA 1SFLA 2A0NA 1QFEA 5AB3A 5AHLA 1X7FA 1MEIA 4FNTA 3QEZA 2E5BA 3H55A 1TYGA 4W9TA 3LHZA 1TPH1 2VEKA 2WJZA 5D32A 2ZA3A 2E1DA 5AFDA 5I3IA 3F03K 3L5LA 1JCXA 1W3TA 3EXTA 2JKEA 2YW3A 3LBCA 2ABBA 2A7PA 1RQEA 4N9CA 3C3NA 1DVJA 2R8WA 1Z48A 5AHEA 1LOSA 5F2GA 4HPJA 3B03A 3G24A 1RR2A 3TMLA 2Q8LA 2QAPA 2VOMA 1TMHA 1P5BA 4X2RA 4LNYA 1FCUA 1W8SA 1YXCA 4ZZ9A 1HO4A 1Q6LA 2JGYA 5EBUA 3F1QA 3TK7A 5IM51 5CGQA 3PB2A 4IX2A 3SR7A 4LVBA 3GVGA 4ORIA 1N55A 3C0JA 3NPWA 4HNTA 1JCMP 2I14A 1ZCOA 3TR2A 3TFXA 2UV8G 5CPMA 1TPFA 4K36A 2ISSA 3VKJA 4Z1CA 1H7OA 3C61A 2J24A 2CZ5A 4JX4A 3R13A 4FIQA 4JICA 5DLCA 2G97A 5BMXA 3DHDA 3KOFA 3QMTA 5D30A 1M7OA 5G2WA 2V8ZA 1PCWA 3ABRA 1WYIA 3W2NA 3G1DA 4IQLA 5AHFA 2YX0A 5K3VA 3LRMA 3BW2A 1DHPA 2BZNA 1TPWA 1TV5A 2C1HA 4BR1A 5GVJA 1OG0A 3L9CA 1Z44A 3W73A 3N2MA 1AL8A 2NUWA 1SW3A 3MUXA 3KVLA 4O16A 2CLOA 5A5WA 5F1UA 3BG3A 1R2TA 1LRTA 3MI2A 4WXYA 3G1YA 3I7RA 3MYPA 1LOQA 3T78A 3T44A 1NF0A 7TIMA 4JTGA 4Y6GA 4UMCA 4JDYA 5HQEA 1SZEA 1VHCA 4XZ9A 1P0KA 2J9ZA 1FWWA 2E6FA 4DO4A 3KHJA 5AYYA 4IPIA 1TREA 1RD5A 3V1PA 3TXVA 3L68A 2ZDRA 5G2IA 3B05A 3W1XA 3I6RA 4KFOA 1LRQA 5LNVA 5D2XA 1QO5A 3EWBX 2I1OA 4O1DA 3EX2A 3VNDA 5FF0A 4K37A 1SO6A 1ZALA 3GXTA 4ZVJA 4D2JA 2A2IA 2RFGA 4FF7A 2HS8A 4OV4A 4MLRA 4M19A 1LORA 1VYSX 3M6YA 3L0GA 2AAMA 4ADTA 1WXJA 3QRHA 5CSRA 3CEPA 3TROA 4LS0A 2YR1A 4P61A 5CZ0A 4LT9A 2DORA 4UCGA 1KM2A 2FFCA 3LXAA 5HJLA 4O4WA 1OHLA 3W7MA 1W1ZA 4JTIA 5FF4A 2GVLA 1TSIA 3IVUA 4K8EA 1GQNA 4JN6A 5DCDA 3RLVA 3MW7A 3M9YA 4YXGA 5EA9A 3A24A 5KINA 2JBMA 1ZFJA 4S2CA 2PRMA 3DHFA 1VCGA 3USBA 2ATSA 2OMAA 2PURA 3GKAA 2Y7GA 4EWND 1THFD 5G1YA 4AWUA 1K7FA 1P0NA 3GAYA 3GX9A 3NQDA 4KWWA 1LDCA 1AW1A 1K03A 2VKZG 5HINA 4S2BA 2V81A 1S3HA 4QNWA 2E68A 2J9XA 4JGDA 3N14A 2P1FA 1KFKA 3B06A 4TMBA 1QNVA 1D3GA 3G0XA 2JGQA 3HPSA 4XTIA 1VPXA 5CZJA 2Y7EA 5CPNA 3UYCA 3DH7A 2FQIA 4LOCA 1KM6A 3Q94A 2DJXA 3KVKA 4UTLA 4XQ6A 4R7JA 3TQ0A 3W7CA 3TX9A 4AF0A 3G18A 3DFQA 1G7VA 1LTDA 3OBKA 5HWMA 2GVGA 4M6QA 3SZ8A 3W7NA 4AHOA 2ABAA 1HG3A 4TIMA 4OE7A 3QSTA 1LYXA 3QYQA 2FB2A 3TU9A 1F73A 1W5PA 3NQ8A 1FWRA 3S42A 3PSVA 5AN7A 1ML1A 3CT7A 3DGRA 3NM3A 2QKFA 1XL9A 3O06A 4JXCA 4Z1AA 3R89A 1AG1O 2QR6A 1G69A 5EMUA 2X16A 1DJQA 3FYOA 1VR6A 2RH9A 2VEPA 1OK6A 4LVAA 1GVFA 3HGOA 1LBLA 1KA9F 2O7SA 1FWNA 4O0ZA 4BI7A 4RJEA 1B4EA 1QR7A 4NNCA 2PCQA 3BW3A 2C18A 4GNJA 1XI3A 1OFRA 4ICNA 1OFAA 4BFAA 4YCPA 1Z41A 4AWTA 4HHPA 3VCRA 1HO1A 2BX7A 2QUTA 5G1TA 1P4CA 4N2YA 2AQWA 3A9IA 2XN1A 2Y61A 3P62A 5CZTA 1VYPX 5T26A 4FX7A 3M43A 4X3ZA 4HT3A 4Q4KA 5FEPA 1F5ZA 4GUIA 5D37A 4NJKA 3NQEA 2W79A 1MEWA 2DZXA 2NX1A 3W23A 4O54A 1G7UA 3C2VA 4LV9A 1W31A 1M7PA 1PHQA 3G0SA 1W5NA 5G4EA 1E51A 3LCXA 1B9BA 2NXHA 1GOXA 4QAIA 1F6KA 4UTMA 4GUHA 4MFDA 1TQJA 5CSSA 2WOQA 1I45A 3E49A 2YYUA 5LKYA 5FI8A 3C4UA 4O53A 2C16A 3GLCA 1H7PA 1GTHA 1SSDA 1YADA 1Q3NA 3DFOA 4FO4A 4WOZA 4XBKA 1DV7A 3LTSA 1FX6A 3TMQA 2NWRA 3LI0A 4P2VA 2NX3A 1OX4A 4K6AA 4R33A 2CLIA 3MI6A 3LXCA 2QEZA 1OVDA 2E5CA 3W86A 3GIYA 4QIUA 1F74A 1KW1A 1TPC1 3CU2A 3WJWA 1VCFA 4EF9A 1OFDA 1PV8A 4RKAA 5TQLA 4HNUA 3GDRA 3W7HA 4Z08A 5I3JA 2BTMA 3BLEA 4LVFA 1PCKA 4JD4A 4JTLA 4XKYB 4Z1BA 2O7QA 3HQ1A 1NFBA 1JQXA 3PY2A 3KRZA 4UFKA 5TIMA 3TUUA 3IGSA 2TSYA 1XUUA 3TDFA 1H50A 1CI1A 4A21A 1QMLA 3EKLA 3KRSA 4UTTA 1FDZA 2QCDA 3BG5A 3HB9A 3DKJA 1H7XA 3G8RA 1L6WA 3M1ZA 5CG7A 3NQVA 3HMJG 3UPWA 4AB4A 2YPIA 1TCDA 3RMJA 2DZPA 2VEIA 3G1HA 5K9CA 2B0MA 4ADUA 4DF1A 3NVTA 1IIGA 1F7BA 4ZQRA 4CCCA 1EIXA 3T4CA 3GDMA 3UZ5A 1OFOA 2YCEA 3UY7A 4MZYA 4RZ4A 2X2GA 5BMWA 3IIOA 3O63A 1IIHA 3M44A 1JRCA 1Q6QA 3NZ1A 3RK8A 4IUOA 1WBHA 3CPRA 3QMSA 3LCLA 3W3OA 3BO9A 4O28A 1ZENA 1JUEA 1QPNA 4JEQA 3ZR4A 1KM4A 2PRLA 3LHUA 4ONVA 5D09A 2ALDA 4H4IA 4O14A 4C1KA 3O8AA 4I7VA 3WJZA 1VC4A 3M5XA 1NSJA 3LV6A 3M0ZA 2EF9A 5DBUA 2Q8ZA 2J88A 3WJSA 3NQ7A 2C14A 3P67A 1A5CA 2NV2A 3WFAA 4O17A 2V5BA 4MPQA 4A2RA 3C2FA 1YDOA 1W5OA 1W5MA 3N9SA 4Z1DA 1O60A 2Y7DA 4UTIA 2EPHA 3TW6A 5TBOA 1VYRA 2CLKA 1YPIA 4UR8A 3R5EA 4BWLC 3LRKA 5D03A 1KV8A 4EF8A 2Y85A 1FWTA 2RKXA 1EUNA 4ZQMA 1UUOA 3T7VA 4A2SA 1HFBA 3BPWA 4N9EA 2CLMA 1QPOA 4L4MA 4Y8FA 2E6DA 4MUZA 4OHQA 4WY0F 5LZLA 1EEPA 2ATMA 4WY0A 3NPVA 4U4MA 4IMDA 5H91A 4LV4A 5I3HA 4NNAA 1JR1A 4MZ8A 5IBXA 4JTFA 3MYOA 3TQKA 3PBWA 3PBVA 1IF2A 4ZQOA 1TV7A 1O4UA 4A3UA 1JUKA 1GZGA 5FESA 4RR4A 5EYWA 4DQWA 1I2NA 2DP3A 2GQ8A 3GKFA 1KFBA 2CLHA 3TW7A 4GRSA 1GVSA 4O4VA 1TTQA 4K7VA 2TYSA 1PL9A 1LRNA 1JJKA 3SY5A 2CU0A 5LGZA 4FXSA 1GYLA 3FIGA 3B04A 3W2JA 4A22A 1OFPA 3STFA 4KFPA 4MYXA 2WNZA 4X22A 2GVJA 2QF7A 5C6MA 3PAJA 1CW2A 2A7RA 1MXSA 2V5LA 3PG9A 5EL1A 4MOZA 3NL5A 4CNNA 1LBMA 1WX0A 3S5OA 2RDWA 3ATYA 2QCNA 5KITA 4L4LA 5LHFA 4BK9A 3PWAA 1T99A 3LRLA 5FEZA 2WSQA 3EWWA 3I68A 3SIZA 3R8RA 3SGUA 5DBTA 3E9AA 1LBFA 3MMTA 1VHNA 3PULA 4MFEA 5U7SA 1N7KA 2VFFA 3N73A 2DJLA 3EEGA 1EP1A 4UIOA 5DY2A 5F1VA 3P74A 4HSOA 1EWEA 5D2WA 1YDNA 4UFIA 3KRUA 3F4WA 3AJXA 1KFLA 4JIQA 1RV8A 3GK0A 3QMRA 3QF0A 5A8GA 5HUOA 2G5WA 3VE9A 2B7NA 2ZBTA 1RQBA 3BGGA 2QCGA 1LP6A 1W37A 3F4NA 1TTIA 5I3GA 2QCLA 4PCFA 3EWXA 3G3MA 1VGAA 4H6KA 3OG3A 5KZMA 1A5AA 1XDMA 4NJJA 4Q33A 1WV2A 4MZ1A 3QQ0A 4PTNA 4IOTA 4RZ6A 3EX6A 2ZZ3A 4O11A 1K02A 1LZOA 4I7WA 5DN1A 3P84A 1EP3A 4HIBA 3PB0A 5C54A 3NPUA 3DFPA 1JULA 3P7YA 2G95A 5F4WA 3NQAA 3PM6A 3NQ6A 4LS2A 1YXDA 3BGJA 4MLJA 1K8ZA 2C0AA 2WNNA 3LCHA 4FIRA 1KFCA 4UFHA 1DQXA 1S5TA 2NXGA 3LBMA 3UXDA 1IXPA 4K7YA 4M7TA 1TRIA 2R14A 3DAQA 3W1LA 5CPOA 1BWKA 3W7RA 4JTUA 3UY8A 2Z6IA 4A29A 4O57A 2I9EA 2VFEA 3LHYA 2YSWA 2YFOA 4FNUA 4ZQPA 1TPEA 3MJYA 3N19B 2JKPA 2WKJA 3L5MA 2OT1A 4AHQA 1H5YA 3W2UA 2H6RA 2F7FA 4AF0B 1OFQA 4UTWA 2B7PA 3RF9A 5FEXA 2ZYFA 4WUIA 4O10A 3TCEA 4AH7A 1IXNA 1S5WA 1KM5A 4WXZA 3OA3A 2WNQA 3CC1A 3UNDA 3DENA 3MHGA 2GQAA 4ML9A 1QPQA 3VFLA 1X6UA 3P60A 4NJGA 3VE7A 1Q45A 1R2SA 2Z0IA 4O19A 3SGZA 4XTDA 4DXVA 1W0MA 2HMCA 5HMSA 3SW6A 1C8VA 3G1AA 4XUGA 4N6EA 4K8HA 4CNPA 3PF3A 3LTPA 1LROA 1R30A 2AGKA 1FWSA 3FLUA 4NU7A 2OZ0A 3E02A 1TRDA 3I7QA 3THAA 3FS2A 5K2ZA 4M6VA 4UTKA 1OABA 3HG3A 3B0PA 4MVAA 1XBXA 5G5IA 1LLWA 2GUUA 3THQA 4GUGA 4DELA 2QCCA 5BRBA 4ZQCA 1I2PA 4HKPA 2VELA 3P61A 1ONRA 5D38A 1DORA 4DPQA 3LGEA 5LNUA 4GBUA 4NJHA 1JCLA 2OJPA 1WAUA 3NM1A 4Y96A 4TO8A 2DZUA 4CQAA 3EB2A 1DQWA 1QOPA 2H3DA 1NVMA 1AK5A 3ZS4A 5D33A 4H3DA 3DFTA 4LRSA 1H1YA 3DFSA 1DOSA 1FY6A 2C19A 3L2IA 1G4EA 2VC6A 2ZZ7A 3T55A 2GOUA 2ZFAA 4I7UA 3M47A 4JTKA 4EOUA 1TTPA 1OFEA 3C52A 4Z0JA 4FX8A 3TAOA 3OEXA 1TPB1 4HN4A 3WK3A 4JY9A 3OVQA 2J27A 5E93A 5AC6A 1KTBA 1SZGA 4KKXA 1K7EA 3TXZA 4O50A 3QH2A 4BI5A 3L67A 2V0TA 2DZSA 3P5ZA 1XFBA 3OVRA 1CX9A 1OF8A 4JYDA 4KFNA 2NUYA 1M6JA 1OX4B 3N2XA 4UTJA 2QDHA 4Y9AA 3E96A 1AW5A 3BK0A 1XDLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1Z48A

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