The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
129
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structure length |
127
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Chain Sequence |
LFDEVVGAFLKGDAGKYQAILSWVEEQGGIQVLLEKLQSGGLGAILSTWLSNQQRNQSVSGEQLESALGTNAVSDLGQKLGVDTSTASSLLAEQLPKIIDALSPQGEVQANNDLLSAGMELLKGKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
hypothetical protein S4005
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| publication title |
Structure of YidB protein from Shigella flexneri shows a new fold with homeodomain motif.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Shigella flexneri 2a
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| total genus |
47
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| structure length |
127
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-03-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | YidB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z67 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JHF A; 4HF0 A; 2GIZ A; 4HST A; 3L9F A; 5HOD A; 1FEX A; 3GTO J; 4ZYD A; 1EKE A; 1S72 I; 2E1M C; 2EZL A; 3C1D A; 3EQL F; 4KN7 X; 4RMN A; 2DA1 A; 4CCO A; 5IP9 J; 4WCG A; 3L7W A; 3IKV A; 1K4T A; 2PN6 A; 4B3X A; 4BGD A; 4G12 A; 4LOC A; 1APL C; 1EH6 A; 2E60 A; 5LGU A; 2HVS A; 4DZP A; 3K70 D; 1X1A A; 3TOB A; 3GVA A; 1O3R A; 1ZRE A; 2P5V A; 2XDV A; 5GAD J; 2OJE D; 2PMZ N; 2O9L A; 3IH3 A; 3PQK A; 1WI9 A; 4A3G J; 1VI0 A; 5E3N A; 3CJT B; 3FK6 A; 4XOP A; 3KP6 A; 2EH3 A; 4U7D A; 1IN7 A; 1LVK A; 5E17 F; 4QTR A; 3FKJ A; 4ASN A; 1WJF A; 4D0P A; 4QPQ A; 3ZQC A; 3RPU D; 2UV1 A; 3CZ6 A; 3VYR B; 3H5A A; 3IRR A; 2KPM A; 2MGQ A; 3QOE A; 1USS A; 2XB0 X; 3Q0W A; 2DDB A; 1IO2 A; 1S9H A; 1O3S A; 1NK2 P; 4BQA A; 2AQF A; 1TL8 A; 3ZCO A; 1DGW Y; 4V2F A; 1FLI A; 1QVU A; 1FSE A; 1WGX A; 2IS4 A; 5FLX K; 1U9N A; 5E3L A; 5FJ8 J; 1KA8 A; 2L2O A; 1J9I A; 3QWL A; 4RA2 A; 1VQM I; 3ECO A; 2CWE A; 3E97 A; 3P9I A; 3JRB A; 5EGO A; 3WTY C; 2FD5 A; 1TBX A; 3F8M A; 2ECB A; 2N8G A; 2D1H A; 4IJA A; 3JSP A; 2X51 A; 2DT6 A; 4BUP A; 3IUO A; 3RSN A; 3LA3 A; 4L9N A; 4ZDO A; 3NAR A; 2QLZ A; 2V9V A; 5BNG A; 5CVV A; 1ZKG A; 4GGG A; 1E17 A; 1GV5 A; 1IN6 A; 2XB5 A; 4HV5 A; 2HS5 A; 2V9P A; 3BG6 A; 1XC5 A; 1ZG3 A; 4A3J J; 1T8I A; 4OMZ A; 3F6V A; 1QZY A; 2YUS A; 4KIF A; 4UVB A; 4F3Q A; 3WGI A; 4HX8 A; 4Q48 A; 1TTY A; 1SFO J; 3ELK A; 2BXZ A; 1Z9C A; 3L2C A; 3G1L A; 1I3A A; 1FMV A; 1HKS A; 4GRI A; 4YRV A; 3A01 B; 4Q5S F; 2L0K A; 5LFA A; 5HNH A; 3OOP A; 3T0Y A; 1W5C C; 5J40 A; 2F5D A; 5B1A H; 1VQP I; 1B8I B; 4I0B A; 3CO6 C; 2F4I A; 3D0S A; 5HLG A; 1XD7 A; 3AL0 B; 2Y0S N; 4ZTJ A; 2PBI A; 3D5R C; 2ZJR F; 2FE3 A; 3S1R J; 3LSM A; 2H8R A; 4C2U A; 1T98 A; 3BTC A; 2EIJ H; 4Y15 A; 3GFJ A; 1SC7 A; 4XID A; 2MLG A; 2E7W A; 3AG3 H; 5FLX Z; 1J7K A; 4EM0 B; 2O03 A; 4GO1 A; 1VQK I; 1JKO C; 5D5U B; 4CSW A; 2GXA A; 4IRI A; 3LFU A; 2R7W A; 4B43 A; 4PJL A; 3BZ6 A; 4KIG A; 1I6X A; 3DKW A; 1V5F A; 2O6G E; 2LBF A; 4LK0 F; 4Y4R A; 5FGM A; 2UZK A; 1LE8 B; 1FYK A; 4XKW A; 1UFM A; 2M0C A; 5J8F A; 2RRE A; 4EJT A; 2DOF A; 3A4C A; 1OFC X; 3VYT B; 5E3M A; 1VFC A; 4JX4 A; 2HZT A; 2CW8 A; 4CGZ A; 1YYV A; 2M7B A; 5M3F J; 1IRX A; 3O8H A; 4A5M A; 4Y7N J; 2KP6 A; 3FZV A; 4D9J A; 2DQR A; 3CF2 A; 3KP4 A; 2VT3 A; 1D8J A; 1FTZ A; 1YS7 A; 3FIS A; 3QP5 A; 3ROU A; 3HXL A; 5IT3 A; 3K1M A; 1BOA A; 4UV9 A; 4E7I A; 3TW7 A; 5CVR A; 2DBB A; 5F1J A; 5GPC A; 2ISZ A; 2X48 A; 3MKL A; 3KLO A; 1MKM A; 1RPW A; 4M3F A; 1FYL A; 4DQ2 A; 3EUH C; 3K1N A; 1ETK A; 3A01 A; 4PFO A; 2VAS A; 4F52 A; 3K4C A; 2EIN H; 1I3Q J; 3F0C A; 3DQV C; 4I0A A; 2EZI A; 2CJJ A; 3OYE A; 4E7Z A; 1VQ6 I; 1B8I A; 2JQ7 A; 2H09 A; 2E5Z A; 1WH7 A; 3ZN1 A; 3BY6 A; 3KP2 A; 2OC6 A; 4UB8 C; 1G3T A; 4TV7 A; 3L2V A; 3FMR A; 2NS8 A; 4M9X A; 2K9M A; 2YX4 A; 3EUK L; 4C30 A; 2XGC A; 2OQR A; 4A93 J; 2KRC A; 2MAB A; 3I56 I; 1GT0 C; 1S29 A; 1IGN A; 3MZY A; 1TT5 B; 2DK5 A; 3OIO A; 3ONQ A; 5DM7 F; 4S0H B; 1R6R A; 4HQE A; 3G1M A; 4BNC A; 5HLI A; 2XAU A; 4FTH A; 4M9Z A; 2AQE A; 4ZC3 A; 3S17 J; 3IL2 A; 4D7N A; 2QSF X; 3JRD A; 2OUM A; 1SFU A; 3SFZ A; 3W2A A; 4BY1 J; 1JE8 A; 4A5N A; 1ETQ A; 2JJ7 A; 4PK4 A; 3ZMD A; 2AXL A; 3W6K B; 5CYV A; 1R1U A; 3P9K A; 2Y9Z A; 3H5N A; 1NH3 A; 3LNQ A; 4UY8 I; 2UXN A; 2LR8 A; 4M6Y A; 2LRE A; 4GXO A; 3IKT A; 4J00 A; 1A5J A; 5J4V A; 2DPU A; 3BP8 A; 1HCR A; 1UCR A; 1ZYR F; 1MIJ A; 2BHZ A; 2ME0 A; 5DV5 A; 4PFP A; 1UHW A; 4BH9 A; 5IP7 J; 1SD7 A; 4Q4Z F; 2E1N A; 1JXS A; 2F5C A; 1JKR C; 2V1U A; 3AG1 H; 2CMP A; 2DMN A; 4FIS A; 4IO9 F; 2IP2 A; 2RKH A; 2XRO A; 5D4S A; 2P7V B; 1SMT A; 4HNT A; 3G4S I; 1ZRC A; 1E0E A; 3C7J A; 3LQQ A; 4CH7 A; 5FD6 A; 2VC0 A; 2Q0O A; 4XON A; 4LIT A; 1QU3 A; 3SDG A; 1R49 A; 3SQN A; 2ZME B; 4LB6 B; 4CYC A; 2CUZ A; 5LGT A; 1K78 B; 2ACJ A; 2D5V A; 3CF5 F; 5FFZ A; 3DXJ F; 3SZP A; 4RB2 C; 2ZO4 A; 2PLY A; 3R0J A; 3RQ4 A; 1IJW C; 2VT2 A; 3LA7 A; 1BR4 A; 4CDG A; 2ZSI B; 2BY1 A; 1Q1V A; 2Y0S A; 2HXI A; 4Q47 A; 1X2M A; 3L2W A; 2VIX A; 2OV7 A; 4X6A J; 1HC8 A; 3LAJ A; 1J75 A; 3BG7 A; 3NWS A; 5EZH A; 4RDU A; 4HQM A; 2CW7 A; 5DYM A; 1V54 H; 3J80 Z; 4EV0 A; 5F0F A; 1VZ0 A; 3GTJ J; 3CMM A; 2KMU A; 4JX6 A; 4NQW B; 4FCY A; 4I6Z A; 1UJ8 A; 1Y39 A; 3U9G A; 2Z16 A; 3CCM I; 4HAM A; 2OCC H; 4IF4 A; 2EBI A; 5H6R A; 1QHH D; 4CZC A; 3ZP5 A; 2LDU A; 4M9S A; 1X1D A; 2DFI A; 4EJW A; 2OF7 A; 3M07 A; 3Q0U A; 1ZGA A; 1BJA A; 3SYT A; 4EM1 A; 2M9H A; 4K2E A; 4M3E A; 2AHQ A; 3BG3 A; 3JRH A; 5J6X A; 4HDU A; 1PDN C; 2FMY A; 1P7J A; 2F4O B; 1WKM A; 1M1E B; 3WTZ A; 2W7N A; 3GFM A; 1WSU A; 3KZI C; 5B5E C; 2Z3Y A; 1ZR2 A; 4A69 C; 4A3F J; 3MWM A; 5F0C A; 1R22 A; 2DA2 A; 4A12 A; 2LKP A; 4B4C A; 4RBO A; 1N75 A; 1WJ5 A; 2HVQ A; 4BEH A; 1OCZ H; 5HVQ C; 4E7J A; 1KYZ A; 4PCQ A; 4LIU A; 1VQ4 I; 2CSO A; 2E2J J; 3KYD B; 4D1Q A; 1W7P A; 4UVA A; 1K78 A; 2HVR A; 2Y75 A; 3DPL C; 1FIP A; 2LMD A; 2ELK A; 1J0R A; 2PG4 A; 2M45 A; 3DF8 A; 3RKX A; 1MSF C; 2P0W A; 1YJ9 I; 1HW2 A; 4L0Z B; 1T0F C; 1FOK A; 4QIW N; 3KEQ A; 4BHB A; 5K5Q A; 3JSO A; 2K9S A; 4LGW A; 2JWT A; 3RKQ A; 2DCE A; 4M3G A; 2VBW A; 1K6Y A; 2KRH A; 3S32 A; 1EJ9 A; 4ITV A; 1MSE C; 4ZZD A; 1IW7 F; 5D5X B; 3WG9 A; 2ELH A; 2VKV A; 4EJV A; 3CCS I; 2RAE A; 2RVC A; 4A3I J; 2HPM A; 5JLX A; 2NOJ B; 1IUY A; 2G0E A; 4EMS A; 4ZYE A; 2QA4 I; 2R5Y A; 3OYA A; 4NDL A; 2WA0 A; 2BXY A; 4N9I A; 2DA7 A; 2ZFU A; 3H9Q A; 4HA8 A; 1HST A; 4HEA 2; 5E18 F; 3HUG B; 2JVH A; 3FXU A; 2NVU B; 2NS7 A; 2ZBK A; 3KX2 A; 4I01 A; 2L4M A; 3IH4 A; 1ACI A; 3FF5 A; 4XOR A; 2DOE A; 2MC4 A; 4E7S A; 1RNL A; 1PYV A; 2LH9 A; 2NNN A; 2BY2 A; 5EEA A; 3GLX A; 3H3Z A; 4CCL A; 4ZZL A; 4XN3 A; 1MMN A; 1TT0 A; 5LHG A; 2JK3 A; 1XGO A; 2M4K A; 2WBM A; 4XSZ F; 2WWY A; 2PJR B; 1F5T A; 3O3K A; 2B0L A; 3OV8 A; 4B1R A; 1HXD A; 1OQY A; 1PUE E; 2IS1 A; 3CCY A; 1A31 A; 2ZXI A; 5C4J J; 1WJE A; 2LNB A; 2AO9 A; 1T39 A; 2Q2E B; 1E3H A; 1SD5 A; 1UAA A; 3TOA A; 3W3C A; 3AL0 C; 3A02 A; 4JQF A; 2WAD A; 2IW5 A; 4P1W A; 2QQ9 A; 2DTR A; 2HQR A; 1PP8 F; 3F6O A; 2J5P A; 2DJN A; 3FKI J; 4G7Z F; 2VKE A; 4LG0 A; 5ILV A; 3DBR B; 1SEU A; 3BR3 A; 2CS3 A; 1R58 A; 2R7D A; 2EA4 A; 1XN7 A; 2HOS A; 1Z1D A; 3F3X A; 1WPK A; 3PUB A; 3K2A A; 5LD2 C; 1JTX A; 2TRT A; 3CUQ C; 4L5J A; 5H6Q A; 2KIQ A; 1W5T A; 2EPF A; 2EIL H; 5HLT A; 4X0G A; 1O3T A; 3IC7 A; 4JP0 A; 1YQA A; 2DDA A; 5IT9 K; 5E79 C; 3HUG A; 4LLL A; 1JUP A; 2W1O A; 1RRJ A; 2I10 A; 4LD5 A; 2QSG X; 2FOW A; 4ON0 A; 5CVI A; 4OMY A; 3G6E I; 1C0W A; 2YS9 A; 3B6C A; 4LG3 A; 3VWB A; 3HB9 A; 5GAH J; 9ANT A; 3K70 C; 4UHT A; 2JUC A; 1FOX A; 2W82 A; 3WG7 H; 4AC0 A; 1KQ0 A; 1Z91 A; 1BI1 A; 1IN5 A; 1YX3 A; 2HWV A; 3E6D A; 2LY1 A; 1KU3 A; 4II2 A; 3FBI B; 4B09 A; 1LDJ A; 1ZRD A; 4GYI A; 2PJR A; 4MTE A; 2L7F P; 1OR7 A; 2BE5 F; 1A6Q A; 2L4A A; 2O7O A; 2XUB A; 1J5Y A; 5DCF A; 5EDN A; 4ENK A; 1E3P A; 1QZZ A; 2QCO A; 2L01 A; 1JHH A; 5ILU A; 4GCV A; 2Q2E A; 3S3N A; 2DA6 A; 1O4X A; 4PDK A; 1AWC A; 1XMX A; 2E19 A; 3LSJ A; 5L3F A; 1IXS B; 1HOM A; 2R0Q C; 2FQ3 A; 2VQH A; 3H3U A; 3DPT A; 4ENM A; 1NG7 A; 3MD2 A; 1R9T J; 1KU7 A; 3SZT A; 1K6O A; 2W4S A; 3L00 A; 4PJ0 C; 3SXY A; 2CUE A; 4B8X A; 2GM4 A; 4MGR A; 1L3L A; 4IX7 A; 2FXA A; 1GDT A; 1AKH B; 2HEO A; 3KYL A; 3C2G A; 3I53 A; 3TP0 A; 1BI0 A; 1ZAR A; 2P7C B; 4A2U A; 1I39 A; 4RLF A; 5IT9 Z; 3HOS A; 1G6N A; 1P2F A; 1R5I D; 2V4J C; 2YX7 A; 4KN4 X; 5CLS A; 4NC6 A; 4MNU A; 5K5R A; 4AYB A; 3OYF A; 1JKP C; 1IF1 A; 5F04 A; 1Z7U A; 2IRF G; 1HBX G; 3BOQ A; 5D5V B; 4OAY A; 2ICW G; 2YR2 A; 4HYE A; 3ZMU A; 2MW8 A; 2VXD A; 3HRM A; 3OYN A; 3HC7 A; 4O6J A; 4XSX F; 4N9H A; 5KAI C; 3PM1 A; 4YIR X; 5FLV A; 1G3W A; 3CTA A; 4E70 A; 2VE9 A; 2ELJ A; 2BHY A; 1QNT A; 5K5O A; 1P4X A; 1PUF B; 5JFR A; 1MBK A; 2DW4 A; 2L5Q A; 1Q1H A; 1DUX C; 2VJ5 A; 3B73 A; 1SAU A; 2HU9 A; 1LDD A; 4KIS A; 2JA2 A; 3HGY A; 4OIQ F; 5IYD J; 1O57 A; 4JBA A; 4P96 A; 2CH0 A; 1JUS A; 5FB2 A; 3GWZ A; 2NVT J; 1P4W A; 3HGG A; 1S5L C; 5CQG A; 2O8K A; 4N4O B; 3HHH A; 2VQL A; 3U1D A; 3RQI A; 2P6S A; 4IHY A; 3QPS A; 3L09 A; 3S93 A; 3ZQH A; 4AUX A; 1V55 H; 5H2F C; 3G73 A; 4MEY F; 3UKG A; 4QLC U; 1IV6 A; 2ISY A; 1FX7 A; 1IN8 A; 3TO7 A; 2M8G X; 3GF2 A; 2ZME C; 1AOY A; 4FAS D; 2XSD C; 3M3Y J; 3CUO A; 2YPR A; 5EGO B; 4W1U A; 1DPU A; 4U87 A; 3OYK A; 2XKO A; 3VFZ A; 1YRN B; 4G7O F; 1NK3 P; 1AKH A; 3J7Y J; 3M4O J; 1MH3 A; 2UUZ A; 4CYD A; 5LGN A; 1U3E M; 4YG2 F; 2R7U A; 3C2H A; 1ETV A; 4S05 A; 2DMU A; 3DLL F; 3S1Q J; 1YG2 A; 3MKW B; 2M5W A; 2NNY A; 1GV2 A; 2XRN A; 3PL8 A; 3I4N J; 3I5U A; 4L0Y B; 3IAM 2; 2DI3 A; 3B02 A; 1TQP A; 4LMY A; 2DT7 B; 2F48 A; 5KK1 A; 3JTH A; 3JRF A; 1FBU A; 3V42 A; 4IKF A; 4WK8 F; 3J7A O; 3BDD A; 3IH2 A; 4M6V A; 4XKV A; 2JT1 A; 2H6B A; 4PSW A; 2VBZ A; 3ML6 A; 1U5T C; 4XBF A; 5M5Y J; 4A3C J; 3F8F A; 1YFH A; 4XLF A; 1UEL B; 2Z99 A; 1MND A; 3PSF A; 1YLF A; 2XAG A; 3D5L A; 2AS5 F; 3OYJ A; 3BZK A; 1PUF A; 4BDY A; 2JSP A; 2JRT A; 3KP3 A; 1QRY A; 2K3P A; 3OSF A; 1B9M A; 3DKY A; 3NAU A; 3U2R A; 1O3Q A; 1FTT A; 4I76 A; 5GAE J; 4AM3 A; 3DPU A; 3R0A A; 3RZO J; 3L2U A; 3RKY A; 1VQO I; 1MH4 A; 4YFK F; 2FML A; 1I50 J; 1DPR A; 3K10 A; 5ICG A; 2HI3 A; 4KT5 C; 1STZ A; 3CCL I; 2EIK H; 1TNS A; 2I5U A; 3PNT A; 2BVM A; 1U0J A; 2DLL A; 2P81 A; 2IGM A; 3S3O A; 4CO8 A; 2KJC A; 2JUG A; 1DU6 A; 3M8F A; 3K0L A; 2LBF B; 5B1B H; 3OIP A; 3CMA I; 1OIS A; 1YRN A; 5BQT A; 2COB A; 3ZMV A; 3OYG A; 2LP0 A; 1S6L A; 2MLK A; 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