1ZB5A

Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (spp-40): crystal structure of the complex of spp-40 with a peptide trp-pro-trp at 2.45a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords signal processing protein
publication title Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (SPP-40): Crystal structure of the complex of SPP-40 with a peptide Trp-Pro-Trp at 2.45A resolution
rcsb
source organism Sus scrofa
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zb5A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zb5A01
1WDSA 1MQRA 5ABFA 1XSJA 1QI2A 2ZWZA 1K9DA 4V2XA 2Z1KA 1C91A 1KQYA 4P7OA 4PMYA 3VINA 3U7BA 3ZT7A 1EO5A 4GQQA 1HJVA 2VZVA 3WD2A 1XCWA 3WF1A 3K4DA 3TA9A 4J7RA 1M01A 3BLPX 4YPJA 4NRRA 3B9AA 3AXHA 1H09A 4MB5A 3TP4A 3VIKA 1JF6A 1F4AA 1KXHA 1CXLA 2EEXA 1C92A 5A6JA 4WIWA 1EDGA 4CD7A 5I0DA 1A3HA 2YBUA 2VUYA 4H41A 5D4YA 3VVGA 1PX3A 1UKOA 1UA7A 3A3HA 4JKLA 3QOKA 4QLKA 3ARSA 1ZJAA 4B9YA 1GOOA 1KBBA 2WBKA 2UY5A 3TONA 3PZVA 2DSUA 3KL0A 1JZ3A 2XJ7A 2E9BA 2MANA 2VRJA 3VIMA 3GXMA 5DF0A 2VRQA 2RGMA 4W8BA 4W8LA 2G3IA 4D6JA 4UFJA 4P7RA 5DFAA 5A6BD 2G8ZA 1BYCA 2D3NA 3AZRA 1TG7A 4M24A 3EYPA 4CKQA 1ODZA 3F4VA 2A3HA 3KL3A 1CXEA 3NYDA 3BCDA 3WQ8A 3THCA 1GOWA 2WSKA 3VPLA 1JXJA 3CMGA 1QBAA 1HJXA 1BVNP 1CGTA 2BY0A 2EPMX 1KBKA 4B16A 1F4HA 1HP5A 3N18A 4V28A 1NM9A 4KGLA 4AZ7A 3BAKA 4DWSB 1MQPA 3CUFA 4PYSA 2A3BA 1CGUA 3J7HA 3BCFA 1W91A 2VT0A 1OD0A 1QHOA 3K1DA 1W9XA 1GOMA 1GORA 3GNPA 4DWSD 5HBFA 2RGLA 2CERA 2W5FA 1GHRA 3DYPA 1WE5A 3ARZA 3W26A 1C8QA 1QOXA 4PSRA 3UG4A 3W0KA 4QCFA 4W84A 2WBGA 1FP8A 3ARTA 2CYGA 4UQEA 1HKIA 7CGTA 4AZHA 3II1A 3PZGA 5TD4A 2W62A 3GYCA 3MV11 4CN1A 2CHOA 2G3MA 4BS0A 3IJ7A 1CZ1A 4ZFMA 5FKYA 1Z32X 1CNVA 3M7SA 2OSYA 3THDA 4L4PA 3SEPA 1OGGA 4CD8A 3IAPA 2WHKA 2V3FA 3LPOA 2JEPA 3AQUA 2DPEA 5BXRA 3WUFA 4JFWA 1OIFA 2PBOA 1RP8A 5HPCA 1TE1A 2J7BA 1CEOA 3PN8A 5EMYA 2WANA 5A8PA 1VFFA 2VR4A 1RD6A 2XTKA 1WKYA 3HMCA 1M03A 5GPRA 1W1YA 4LQ1A 1QBBA 4MNJA 1MYRA 3HU7A 4HZ7A 3OIHA 2WB5A 5ABFB 3AXXA 2CPUA 3VIIA 2VZSA 1LG1A 4ACYA 1E4MM 3I3BA 3AICA 4UTFA 1W3HA 3BH4A 1JGIA 3B8SA 4WK9A 2WVTA 3AS3A 2GSJA 1HJSA 5JUVA 2FH6A 2YL9A 4M81A 3W38A 2BV9A 1V3MA 3BXWA 3SCWA 2WC4A 5DEZA 1KGWA 3K8LA 3G6LA 3L4TA 2UWFA 5JBDA 3AMCA 3CUJA 4HPHA 5AC5A 3VD4A 4P8VA 2XG9A 3PHAA 2YDSA 3I3DA 4CCDA 6TAAA 3ARVA 1QPKA 1MQQA 3BGAA 1GVIA 4J3SA 1GVYA 1D2KA 1JI1A 1VFOA 3L2MA 5HOSA 1HL8A 1CGWA 5M03A 1E4NA 4PSPA 1W9DM 1ECEA 2ZWYA 1VRXA 3WNOA 2DSVA 2WM0A 4J3XA 3PTMA 1OBAA 4A3YA 3OLGA 3L4VA 1GJUA 3MUAA 5ABGA 2BS9A 1LWHA 2WMJA 4NRSA 4GZIA 4AZ6A 1W2PA 1ODUA 4KWUA 3AMLA 1SFSA 4QAWA 3WD0A 2FHCA 1UH3A 3WMCA 1GPFA 5FL1A 1O6IA 1J12A 4H7VA 2OWWA 1VBUA 2WVVA 3LMYA 5JBFA 4HPGA 1VJZA 3PZMA 4JIEA 1HIZA 1OT2A 2WLYA 3WQVA 3ZT6A 3VM5A 4UQBA 3AYSA 1EXPA 3W25A 6CGTA 3MV01 1EH9A 2PI6A 3VX0A 4CGTA 2ESCA 1W9PA 1XRVA 4UNIA 4PCTA 2WCGA 2WZIA 2ZUTA 1LQ0A 2VZUA 1UD3A 1BYDA 1ESWA 2WSPA 3OGVA 1EHNA 3ZJ8A 3A4AA 4PMQA 3AZSA 1DHKA 1H11A 2Y2WA 1E0XA 2BY2A 5I78A 2VTFA 2EJ1A 3BAJA 1PX8A 1ISWA 2VC9A 3UEQA 4C7FA 5GNZA 3L4YA 1JYWA 2DT1A 1JZ6A 1KCLA 4UR9A 3W27A 4HA1A 3EDFA 3OBAA 3B9EA 2WWDA 1ITCA 1U33A 3MUIA 1J9YA 1W3LA 6A3HA 4J28A 3S6TA 3VGDA 3IJ9A 4AZCB 2JFEX 2XM1A 4OUEA 3RO8A 5AYBA 3WQ4A 5A6LA 1XSKA 3RM8A 3T2OA 1GW1A 4UOZA 3CLWA 3UG3A 5E6YA 3SCQA 2VO5A 2DSZA 3JUGA 4AD0A 1IV8A 2OSXA 3WQWA 2J4GA 3MUZ1 1V6UA 2D23A 5A6SA 5D8WA 2C7FA 1VFUA 4GI9A 4JL1A 2UY2A 1EDQA 4OKDA 2VL4A 3VOCA 1W1PA 3OZPA 4JFTA 1UR0A 5A2AA 2BHUA 1XH1A 4WJXA 1UR2A 1UWTA 4Z2KA 5BXSA 3AHVA 4MADA 3AS2A 1GOQA 3DYOA 1UQYA 1E43A 1PPIA 1WDPA 1QI4A 4PMNA 2V5DA 1E4LA 2YA0A 1JYVA 4QDMA 4FK9A 4FLQA 1E15A 2OWCA 3NJ3A 1J0YA 1I1XA 2J75A 1V6XA 2JF6A 4HA3A 3SIMA 4AISA 2CXGA 2XUCA 4IPLA 4W5ZA 2BVTA 5IFTA 4HMCA 1MW0A 4W5UA 3PZ9A 4GKLA 1GNXA 4J3TA 1JZ2A 4AD2A 3W37A 4HMEA 1WZMA 4H8HA 5A69A 1EA9C 1CLXA 3AI0A 3EDEA 4ZXOA 4XV0A 1H2JA 4S3KA 3PZTA 3PZNA 2OSWA 2ZICA 2XGBA 3F5KA 1E6PA 1Q6CA 1FFQA 5A6BA 5IDIA 3BAXA 1UWQA 2E3ZA 2E8ZA 4U2ZA 4HP5A 2J7CA 5M5DA 1E9LA 1VEMA 4HU0A 4X0VA 1OGBA 4MNMA 2BXYA 1EDTA 1QVBA 1US3A 5DMYA 4TX8A 2DDXA 3EDJA 1JDDA 5D8ZA 1B2YA 4MPKA 2WC3A 1IZJA 1H4PA 3PZQA 2D0FA 1XV8A 5KZ6A 3W6MA 3GH7A 2C0HA 5A3HA 3M07A 2CCRA 3DC0A 1VAHA 1UR9A 2A3AA 4W85A 5EFFA 1BFNA 3IJ8A 2TAAA 1S46A 4OOUA 4MDPA 1I1WA 3KZSA 4DWSA 1B30A 3D5HA 2ZUSA 2J7FA 1JZ4A 1C3FA 1H0IA 3SUSA 1M53A 2CHNA 5CPQA 4MTVA 2W91A 5CPTA 4CN6A 3N12A 2WLZA 2AOSA 2J47A 5E9AA 4OJYA 3WN6A 1OD8A 2YL8A 3FN9A 3VDHA 2XGIA 3WBEA 2EO7A 2X05A 1Q6EA 4BF7A 1X1NA 2A3EA 3GTNA 3N13A 3CZKA 3WMBA 2IUZA 3DHPA 2O9RA 1ISYA 4HOZA 3S2CA 5A95A 1LL4A 4AD3A 4IISA 5EBAA 3VKKA 4F8XA 2VJXA 1TMQA 1WZLA 2XFYA 4JKMA 2XHYA 3BMWA 3VDCA 1V0LA 1JF5A 3APGA 5EFDA 4PTMA 4Z2HA 4PMXA 1KXVA 3WKZA 3OGSA 2AAAA 3AHXA 3AIBA 1SYTA 3VD5A 1AQMA 1DWHM 4M1RA 3ZMRA 4P8UA 5DT5A 3VGEA 4UFIA 1R87A 4CN4A 1XH0A 2WCSA 4IPNB 3WF4A 1C8YA 4P7LA 5CZKA 3T0BA 1J0IA 1DTUA 2X0HA 2PB1A 4HMDA 1PZ2A 2WMFA 4GO8A 8CGTA 2XFFA 5A6KA 4PMVA 3WELA 1M04A 2GJPA 3EDDA 3KE0A 1CWYA 1VEPA 1XD0A 3N1AA 2GJRA 4W87A 1GJWA 4KRTA 2CBIA 5CXPA 3ZM8A 4CD5A 5IHRA 4DUWA 2W67A 1H0GA 4RE2A 4QP0A 1IT0A 3F5JA 1JDAA 2WZEA 4YN5A 5CG0A 4D6DA 2VNCA 2YBTA 1V6VA 1MXGA 3WF0A 1EGZA 3QHMA 3VX1A 1UOKA 2QPUA 1E5JA 2ZOXA 3N15A 2VOTA 1MW1A 1UWSA 2FGLA 5A94A 3TTSA 2X09A 2G3NA 5A2CA 4UZUA 3EDKA 4LXFA 5C70A 3UETA 1J0KA 3AJ7A 4AWEA 5BRPA 2ZXBA 3VIHA 1J0ZA 5BWFA 1ZB5A 2CBJA 4GQRA 3CMJA 2J74A 2EXOA 2NT1A 3NIYA 1E6RA 3ARXA 3WENA 3OLEA 1JZ8A 1CGXA 1UHVA 3FW6A 1W9UA 1ITXA 2YJQA 3T0AA 1OB0A 4HU8A 1G5AA 4W86A 1WP6A 1RP9A 1LLOA 1HJQA 4J3VA 1BG4A 2ZX5A 1JAKA 3PBGA 2CESA 2E9LA 3OB8A 3VD3A 2W63A 1WDRA 2F61A 5CSYA 3WH8A 5CGTA 4CUCA 2OLHA 5A8QA 5I6SA 4GZEA 3BMVA 3CGTA 3VD7A 3ARPA 1UUQA 1ZS2A 1G1YA 3CZ8A 1HVXA 3CHCA 1K9EA 3N9KA 1UD5A 1BQCA 2E40A 3GXDA 3WH5A 3N17A 3VU2A 4M29A 2D1ZA 4LYRA 4W7VA 4UFHA 5DT7A 3CUGA 2EPNA 1PIGA 1OIMA 4AZCA 3RPMA 5AC4A 1AMYA 3WDQA 3WNKA 3OG2A 2O9TA 5HPOA 1CGVA 3ALGA 2VURA 1NWTA 3GBDA 2NSXA 1XCXA 1XSIA 3AYRA 3FNDA 1KXTA 1UD4A 5E70A 4PCSA 3MSGA 1HL9A 5FOOA 4CD4A 1FH7A 1GOIA 1JI2A 5GNYA 9CGTA 3WDRA 4Y7EA 1J0JA 2D2OA 1V6YA 1TA3A 1HX0A 1FHDA 1RPKA 2J25A 1VENA 1FA2A 1QNRA 5F7UA 1GHSA 1PJ9A 3LPGA 3QOMA 4DM2A 1DWIM 4UZSA 2E0PA 1D7FA 1WPCA 3IAQA 4BZYA 5I2UA 2WVSA 4PMRA 1LWJA 3ZSTA 1B31A 5CQ1A 3NDYA 1HJWA 4S3JA 1FOBA 4JCLA 1W3JA 4MB4A 4ATLA 4C7DA 2CBVA 1OCQA 2D3LA 2PWHA 4TVDA 1BLIA 1KGXA 4W7UA 3UG5A 4X0NA 2DIEA 3MMUA 5ECUA 5I3DA 5GNXA 2E4TA 5A8MA 3WDIA 2EPOA 1QI0A 4AD5A 1HNYA 1L0PA 1P6WA 1UH4A 3LPFA 4MJ4A 4C7GA 1QW9A 3RMEA 1C90A 2WHJA 5GQBA 1E3ZA 1EQPA 3WF3A 3N04A 1LF1A 1BG9A 2Y8KA 4DM1A 4JFUA 1MVYA 3ZJ7A 1WO2A 1C93A 4CD6A 2Q8XA 2X2YA 2J8GA 4Z2LA 2WW5A 4EK7A 2WPGA 3E1F1 3PTQA 5JH8A 3WNNA 5JIPA 3VIOA 5LA2A 1BYAA 3NDZA 3GM8A 2CETA 2YOCA 2QLYA 1B3VA 1M7XA 1FH8A 2YA1A 4ZE5A 3W82A 7A3HA 1H3GA 3OZOA 4GINA 2YKKA 1L8NA 1H41A 3GXFA 1X6NA 1OT1A 4PMDA 2XSBA 1G94A 1VFMA 2VX6A 2VI0A 3GZAA 3WUGA 4MNLA 1UQZA 2OYLA 4FLSA 3WUBA 4AZ5A 2JIEA 2YA2A 3ZR6A 3UERA 2DEPA 5BROA 1TFVA 3BAIA 3CHDA 3SUTA 1JAEA 3WH7A 4WF7A 3WMSA 1JIBA 3EMZA 3W4RA 4PMOA 1KB3A 2VZTA 1E6ZA 3NSMA 3CIVA 3IANA 2GK1A 3I3EA 2O92A 3VMOA 1J01A 3VNZA 1ZL1A 1G01A 3VIFA 4H8UA 2JE8A 5BCAA 2VCCA 3AXIA 4QCEA 2WYSA 2PF0A 3ECQA 7TAAA 2VCAA 4A3HA 2GDVA 3VGHA 1HXJA 3VUPA 1UA3A 3O2LA 1HF6A 8A3HA 4E2OA 1NWSA 4UFKA 5JIWA 5CSUA 1U30A 1CTNA 1K9TA 1UWRA 2O9OA 2F8QA 4P8XA 4J27A 2DH2A 2ZE0A 3WUEA 1EHAA 1PEZA 4GIAA 1E56A 1HP4A 3WDJA 4XX6A 2QMJA 5BXTA 3WNLA 1TA3B 2BHZA 3MKKA 1TZ7A 3QHNA 5BRQA 3WQ5A 4F9JA 4UFMA 3WF2A 3WD3A 1JYXA 1E40A 2D22A 4LYPA 3WEOA 4GPNA 1EO7A 1SMAA 3O6AA 4CU7A 2AMGA 2Z1SA 1DEDA 4M80A 4B3LA 2DSKA 1DWAM 4R5EA 1NWRA 2DT2A 4P8WA 1JD9A 1W2VA 3MMWA 1WZAA 2XVGA 1GUVA 2J77A 1FHLA 4D6CA 3AMKA 4MJ2A 3VIJA 3ARUA 4R27A 1N82A 4TUFA 3WH9A 3VIGA 2VRKA 1H49A 3RM4A 2Y8VA 2CIPA 4AZIA 4NF7A 4AIUA 1HVQA 4FLRA 4D6EA 5E6ZA 4E8DA 1LJYA 4AXNA 1QNPA 4U33A 2WMIA 3VGBA 2DT0A 3ZSSA 4AYSA 2PC8A 4E4PA 1UH2A 2JEQA 2WAGA 3K8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WDS A;  3MDY B;  3RRA A;  1XSJ A;  2PPO A;  1QI2 A;  2OFN A;  4QT3 A;  4OFC A;  4ORM A;  3B0Y A;  1Q66 A;  5DX7 A;  1JCH B;  1BQG A;  5GPG A;  3HQP A;  4P7O A;  3U7B A;  3MW7 A;  4D8A A;  4GQQ A;  3WJS A;  2YSW A;  3DGB A;  5DBU A;  3TAK A;  3K4D A;  5AFD A;  4WOZ A;  3BLP X;  4NJH A;  3E0L A;  3AXH A;  2AQV A;  2IKH A;  3I6E A;  3WQO A;  1J4I A;  2L2S A;  1F4A A;  8XIA A;  4Y6G A;  3L66 A;  1EDG A;  1A3H A;  4ZOD A;  3IPW A;  3P3B A;  3UT0 A;  1KM5 A;  4H41 A;  5D4Y A;  3OHM B;  2OZT A;  2A2I A;  2NZL A;  1UA7 A;  1NEL A;  4BF8 A;  2QAP A;  1XYM A;  1OFP A;  3DXI A;  4QLK A;  3ARS A;  3L5M A;  4UTT A;  4B9Y A;  1GOO A;  4HNT A;  3LEN A;  3KL0 A;  1JZ3 A;  3GR7 A;  2PCE A;  2DVX A;  2AL1 A;  1EL3 A;  3GXM A;  5DF0 A;  3E6E A;  1AQF A;  4FB7 A;  2OX1 A;  2G8Z A;  5EMK A;  2D3N A;  1TG7 A;  5CBI A;  4CKQ A;  4RNH A;  3KTS A;  1ODZ A;  3KL3 A;  3R43 A;  3WQ8 A;  3EWX A;  4I9J A;  3QST A;  1EQ3 A;  4ZOE A;  2HE5 A;  2EPM X;  4US6 A;  1GVR A;  3LCW A;  2BVW A;  1SVD A;  4QG8 A;  4UTU A;  1T41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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