1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease H-related protein
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
1UWBA 4FLUA 1BI4A 4H8KA 3VQAA 3L3VA 3DLEA 1JKHA 1RBUA 4PWDA 3SNNA 4Q5VA 4FLTA 4CJRA 4R5PA 2A1RA 4O0IA 3NH0A 3UIQA 4KAZA 4Z4EA 1SKRA 4FJHA 3IRXA 4RW7A 3MEDA 5CYQA 4CF2A 4DQPA 2X6SA 3P1GA 4F8RA 3KJVA 3EYZA 4DFMA 4BE1A 4F4KA 1JLBA 3DLBA 4CHPA 2FBTA 4O0JA 3FFIA 1Q9XA 4AHSA 4I2PA 4KTZA 4CESA 1QQCA 1U04A 5E41A 2DFHA 1NKCA 2RN2A 1T8EA 2KW4A 4CIGA 4K8XA 4CJFA 3QETA 2IAJA 3ZT2A 3KTQA 1CZBA 5KRSA 3QEXA 3O4NA 4CJEA 2XRIA 4DSFA 4IDKA 1HYZA 3ZSOA 4DS4A 2FBVA 4KB0A 2Z1GA 4IBNA 1YVUA 4CEOA 3RMAA 3TAGA 1UA1A 1S5JA 2VG6A 3D45A 1D5AA 3AVBA 4Z0UA 3LWMA 1RTHA 5FDLA 4AHCA 1ZYQA 4K8ZA 4FK2A 4M3ZA 4HUFA 2Z1IA 4FZYA 1MU2A 3DLRA 4CEBA 1IKXA 3QEIA 1TKTA 1HMVA 4F3TA 5HROA 3TI0A 1EP4A 1VSMA 3KLFA 4JRQA 3ALYA 3RTVA 4KFBA 4DSJA 4CF1A 4KHSA 1S1WA 4CHNA 4FJXA 4O4GA 3ZSQA 2IDOA 3PV8A 3OJSA 5KRTA 1NOYA 2XO7A 3SQ0A 1B9DA 2W42A 4FK4A 3PY8A 3THVA 2ZE2A 4CGHA 2B5JA 3NGZA 3RWUA 3ZSXA 4CEEA 3NE6A 4M3XA 1RT7A 3B6OA 1QS4A 3OVNA 4BACA 3EZ5A 4FLWA 1A5WA 3V9WA 3OY9A 1JXBA 3ISNC 3NBPA 4ELUA 5HP1A 1NJWA 4CJVA 3OYLA 4M45A 1KFSA 1F21A 3L2QA 2FBYA 2Y1IA 4G1QA 2GBZA 2X74A 4W5QA 1VRUA 3P5JA 5DMRA 3AVIA 4CJTA 3SUPA 4Y1DA 4FJ5A 5I42A 3LANA 4EZ9A 4CJWA 1J9AA 1FK9A 4OGEA 4AH9A 1DLOA 1ZBIA 1W9HA 1W0HA 3SQ2A 1BCOA 1NK4A 4Z4IA 4CEQA 4FJIA 4C8KA 1VSLA 3DI6A 1Y97A 4F2SA 4B9SA 3T1AA 4DS5A 2G8WA 3OYMA 2HW3A 4CCHA 4BWMA 4J2DA 2DFEA 3LZJA 3TARA 1QSYA 3L8BA 4DTSA 4CEDA 3LAMA 2ZD1A 3K5LA 3OYGA 4YNQA 2P51A 1C1AA 1KSPA 3HPGA 3O4QA 5HRNA 5T7BA 4DWIA 1TL3A 2E6MA 2O4IA 3KIOA 4CK3A 4WE1A 3AO4A 4JRPA 3OS1A 3JYTA 4E0DA 4KREA 1XHXA 3ZT0A 1S9GA 2EHGA 2XY5A 1BGXT 3ITHA 5K14A 2OYQA 4DG1A 4IG0A 3PX0A 3KKRA 4CJUA 4KKOA 1BCMA 2HB5A 1RBSA 4LSNA 3QIOA 3AVGA 4CF0A 4CERA 4FJKA 4M3YA 3AO2A 4PA1A 3QESA 4DQIA 3OYIA 2YV0X 3MECA 3KKSA 4B8CA 3HT3A 1LWCA 3RMBA 4Q0BA 3VN5A 3ASMA 3V1OA 1X9MA 4FZXC 1SKSA 1DTTA 4KPYA 3CM5A 1TL1A 4M3RA 3OYHA 3RRHA 4YFUA 1EX4A 3VQ9A 1X1PA 4HTUA 2BDPA 3DLKA 4L8RB 4DQQA 4CK2A 3SJJA 4I9LA 1ZBFA 2GV9A 1RT5A 2D0BA 1RILA 4QCLA 2XY8A 3V1RA 4BE0A 1SL0A 1RBRA 3F9KA 4DTOA 5J2NA 5CZ2A 1T7PA 1KTQA 1VSFA 3CYMA 3OS0A 4RW4A 1WAJA 3L3UA 4FW2A 3ZSVA 1CZ9A 1HQEA 3IS9A 3LZIA 1TAQA 4DTNA 3TABA 1U4BA 2G8FA 1K6YA 4DSKA 5C24A 1QSSA 4RG8A 1SV5A 1QTMA 2YHAA 3ZT3A 1J53A 1HQUA 4CGFA 4B9TA 2I5JA 3CFPA 4JS5A 4M3TA 4IKFA 3L2UA 2HMIA 2D0CA 2FBXA 3I8DA 2Z1HA 4F2RA 1Q9YA 1NJYA 3JSMA 3PO4A 4OKKA 3K5NA 4CJLA 3AO3A 3SPYA 4GVMA 3AV9A 4ID5A 4EP4A 4FLYA 1GOBA 5C42A 3VQEA 2GUIA 4DLEA 3PO5A 4CHOA 4DF8A 5DK5A 3RR7A 1VK0A 3RR8A 1TV6A 4HVJA 3SQ4A 1WSHA 2PYLA 3V9ZA 1XHZA 3ZT1A 3DRPA 1B9FA 4ZTJA 4HCBA 2IOCA 4FJ9A 1NK9A 5HRRA 1I39A 1NKBA 4Z4HA 1BHLA 2NUBA 3LP1A 1Q8IA 4CFCA 4CIEA 4CECA 4UQGA 3OYFA 1JLQA 4M41A 3TAMA 4CE9A 3NFAA 4FZZA 2HHXA 4OKJA 4CK1A 3ZCMA 4B8AB 4DTPA 4Y1CA 4DFPA 1ASWA 1C0UA 1S1UA 4LH4A 2X78A 3NH1A 1RNHA 1RDCA 3LWLA 3S3NA 4C8OA 1JLEA 1ZBLA 1D9DA 1NK0A 4E7HA 3SUOA 4DLGA 3DMJA 1TK0A 4FM2A 5HBMA 5KTQA 3SCXA 1BL3A 3KD1E 2ZQBA 3ZSWA 3VQ7A 2HNYA 2YNFA 3CFRA 1SUQA 2RPIA 1VRTA 1NJZA 3O3GA 1RDBA 4FJGA 4C8MA 4B3OA 4CIFA 4CJKA 2E6LA 3PX4A 3SPZA 2F96A 2OZSA 3AVFA 3VQ5A 3VQPA 1HRHA 2RKIA 3WNEA 4CJ3A 2Z1JA 4Z4CA 3EY1A 2HHUA 4BDYA 4KV8A 1RTIA 1TKZA 4HHTA 4DFJA 1EXQA 4HUGA 1C0TA 3VQCA 1TK5A 4OGCA 1T03A 3KD5E 3AA3A 1JLAA 3LP2A 3LPTA 4AILC 3PX6A 2G8UA 1XWLA 1RT1A 4C8NA 4CJ5A 3MXMA 1NK8A 1CLQA 1BQNA 1CXQA 2IC3A 3U3GA 1KFDA 1LAWA 4DMNA 3K5MA 3ULDA 4J2EA 2VWKA 1FKPA 1RT2A 5JS2A 4FLVA 2HHWA 4W5OA 4FVMA 2D0AA 3WNHA 5SZTA 1S1XA 4DU3A 3HK2A 1GOAA 3V9XA 3HXMA 1U48A 4CF9A 4M3WA 1QSLA 3RMCA 1B92A 1RDAA 3VQQA 5C25A 1S6QA 1TVRA 1YTAA 4N47A 4C8LA 3KK3A 1S6PA 5CYMA 2P1JA 3K5OA 3QO9A 4B9NA 2HVHA 5HRSA 1D9FA 5FRMA 2RF2A 3C6TA 4HUEA 4EP5A 4BE2A 2R7YA 1VSJA 1A5XA 4AHTA 5KGXA 3SQ1A 4DSEA 3ZSZA 3TR8A 3HYFA 4OKEA 4CHZA 1IKYA 4CEZA 3NCIA 3AVKA 4TSXA 3VQBA 4DQSA 3QEVA 1TK8A 2WONA 3KLGA 4MFBA 2KQ2A 3VA3A 3S3OA 4E7JA 1G15A 4DSIA 3NGIA 4N41A 2QK9A 1BIZA 2B4JA 1HYVA 4O55A 4LH5A 4RW9A 4LY7A 1JL2A 4DTXA 4AHRA 3OYBA 3QNOA 3O3HA 1U47A 2Q3SA 2ETJA 3LDSA 1YTUA 1KRPA 3CQ8A 1WN7A 2HHSA 1C1BA 3KK2A 4H4OA 1R0AA 4FJ8A 4LSLA 4ELTA 3KLEA 1L3SA 5FRNA 4W5TA 1RT3A 1FKOA 4DU1A 3AVHA 5FROA 4E1MA 4ELVA 3M8PA 3MEEA 4CEAA 3K57A 1XC9A 2PZSA 4ICLA 3AVJA 3KLIA 3V6DA 3L2WA 4FJMA 4M3UA 1KLNA 4FK0A 4CF8A 4HCCA 1HNVA 3VQ6A 3LP3A 4CJQA 4E1NA 3OJUA 3HM9A 4N76A 4NCAA 1NKEA 1KCFA 3F73A 3QERA 2G8KA 3ZT4A 3MXJA 1T05A 3CG7A 4JLHA 3L2RA 2XY6A 3I0SA 1S9EA 3C6UA 4KHUA 4LD0A 1TAUA 4B9MA 1YT3A 1NK5A 3G0ZA 3TANA 1ITGA 2YNHA 2YKNA 1Z26A 3DRRA 3NF8A 1TKDA 4CGDA 4NCGA 1IO2A 4IG3A 3VQ8A 3V9SA 4KHWA 3V1QA 1VSHA 4E89A 4CEFA 3DLHA 2KFNA 4ID1A 4OVLA 2X6NA 2YNIA 4KO0A 4FJNA 4GW6A 2OPQA 4FM0A 4E7KA 1U45A 3P83D 2B6AA 5D3GA 2VWJA 4KI6A 4BWJA 1NK7A 1EETA 4EZ6A 1NK6A 2KZZA 1SL1A 1ZBHA 2A1SA 3OYEA 3OS2A 2F8TA 1X9SA 4IFYA 4OPKA 3AVMA 3NAEA 1NJXA 1HNIA 3NF9A 3TAFA 1I3AA 4J2BA 1WSEA 1WNSA 3TWHA 4RW6A 3QEPA 4KB1A 1TGOA 1Z25A 4Z4FA 3DOKA 1C1CA 4CFDA 2JLEA 2YKMA 3QLHA 1JLCA 3AO1A 4CHYA 4E7IA 2G8HA 1NOZA 1BQMA 3HPOA 1LW2A 3T3FA 1IKWA 2WOMA 4F3OA 3VQDA 2HNZA 4OLBA 1BI4B 2BGGA 4W5RA 4DSLA 1IKVA 3HPHA 3HP9A 1ASVA 1D8YA 2QKBA 3OYKA 4CHQA 3DRSA 2KZMA 3MAQA 3L2VA 5HLFA 3SZ2A 4I9QA 2KTQA 4KHNA 2OPPA 5KI6A 1S1VA 4NYFA 3H08A 3V9UA 4KRFA 4CFAA 4CFBA 1TKXA 2IS3A 3O3FA 4RW8A 3OYJA 5CZ1A 3KK1A 5J2MA 2E4LA 2BANA 1UAXA 3AVAA 3K59A 2HHQA 2FC0A 1BIUA 4W5NA 3QNNA 5J2QA 3NF7A 4AHVA 1X9WA 1CXUA 1J54A 1VSIA 4FW1A 2LSNA 4AHUA 4CJPA 3NF6A 3NDKA 3HO1A 4N56A 4ZTFA 3IAYA 4NYNA 1WLJA 3VQ4A 5SWMA 3SV3A 3SYZA 1JLFA 1JLGA 4B9UA 3MXIA 3BGRA 5KGWA 1WAFA 4O44A 5J1EA 1HPZA 1WSGA 1JL1A 1JXEA 2DFFA 3AO5A 4QAGA 1SKWA 2G8VA 3DM2A 1L3VA 1LWEA 1L3UA 3ZSRA 2KFZA 3LP0A 3NHGA 4OPJA 4DQRA 4DTUA 1DTQA 1U49A 1IG9A 2OPRA 3TAQA 3OYNA 4OLAA 1ZBUA 3AA5X 3QIPA 5HRPA 2OZMA 2EX3A 4DTRA 2D5RA 2HHVA 4OJRA 3AVCA 2BE2A 4FJ7A 3B6PA 4FJLA 1ASUA 4FM1A 1WSJA 3E01A 4FLZA 3HJFA 2AJQA 1A5VA 1QHTA 3U6FA 1HYSA 4I2QA 4O5BA 3VA0A 3RMDA 2O4GA 3HVRA 4MQ3A 1RT6A 3I0RA 1KLMA 3CFOA 4BDZA 1XI1A 3U3YA 4KHYA 3LPUA 3HP6A 3AVLA 3OYDA 3HVTA 4CGIA 4KTQA 1EKEA 4Z4GA 2YNGA 4CGGA 3S9HA 3M8RA 3MEGA 2XHBA 1HJRA 4CJSA 2PYJA 3IG1A 1LAVA 2QKKA 3OYAA 4FYDA 3OYCA 3C94A 1UOCA 4E7LA 1S1TA 1WSIA 4CGJA 3LALA 4XIUA 2DTUA 1RBTA 5I3UA 5EU7A 3K2PA 1N5YA 1LV5A 1KVBA 1KVCA 3V4IA 3T19A 3C95A 3KLHA 1RBVA 1C0MA 1QE1A 1J5OA 3G10A 3DOLA 2PY5A 3CM6A 1REVA 4FJJA 4QOZB 1BISA 3PUFA 4M42A 2VG7A 4GMJB 1RCHA 3WNGA 1VSEA 1GOCA 4DU4A 4DF4A 3SUQA 4BDPA 1FXXA 2JGUA 3ZSYA 2HHTA 1O1WA 3AVNA 3SUNA 1UA0A 5JS1A 3QEWA 3AA2A 2OA8A 4J2AA 3TAPA 3BDPA 4KI4A 4H4MA 3LAKA 1VSDA 4FLXA 3K58A 1C6VA 3A2FA 3V81A 2G8IA 4DTJA 3DLGA 5J2PA 1IH7A 3DYAA 4KTWA 3SI6A 1L5UA 2DY4A 4FCYA 2IGIA 4PQUA 3HL8A 3RRGA 1LW0A 2ATQA 1RTJA 4B9VA 5CY4A 3QINA 3NH2A 3WNFA 1SL2A 3NGYA 3D0PA 4JS4A 4KHQA 3SV4A 1WSFA 3AA4A 1VSKA 4DFKA 4I7FA 4FXDA 2Y1JA 2HVIA 2ITGA 3HSTB 1LWFA 1RDDA 2HNDA 1KVAA 4IFVA 4E19A 3M8SA 4PY5A 4B9LA 4ZHRA 2OPSA 2XY7A 2QXFA 2P5OA 3S3MA 2P5GA 1N6QA 2F8SA 4N5SA 1RT4A 3M8QA 4NCBA 4PUOA 1L3TA 2VG5A 4DTMA 4CJ4A 4E3SA 3TAEA 4B08A 1RTDA 2YHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8KA 2IVNA 3DLEA 1QZ6A 1RBUA 3UIQA 4OPAA 3NH0A 5BPLA 1QVFM 3IRXA 3MEDA 3BZKA 4CF2A 4DV2K 2X6SA 4F8RA 3MDQA 3EYZA 2ZGYA 3M5RA 3D2FB 4O0JA 1U04A 5E41A 4CIGA 3E9PA 4JKCA 1QQMA 5AJ3K 2IAJA 3ZT2A 3KTQA 4JI2K 1YJ9N 3O4NA 4DV1K 3BF1A 4LF5K 1HYZA 3ZSOA 4LC9B 2WBNA 4KB0A 2Z1GA 3RMAA 5BPNA 1UA1A 1S5JA 3ZEUA 1HPMA 2E2OA 4HUFA 4JEPA 4FZYA 2F4VK 4FOEA 3QEIA 1HMVA 1EP4A 3ULEB 4WQ4C 1VQON 4DSJA 2VGMA 1GLFO 5FLXO 1NOYA 2XO7A 3SQ0A 1NJIO 2ZE2A 4CGHA 4FWOA 4IJNA 4EAHD 4DV4K 3LDQA 4JI0K 1TYQA 3VETA 4IEEA 4MLHA 4CJVA 3L4IA 3VESA 3CCEN 2GBZA 5AQXA 2DPNA 5DMRA 3AVIA 3QFUA 4FJ5A 3LANA 4CJWA 4BGAA 3D2EB 4AH9A 1ZBIA 2NRHA 2NZTA 3A5OC 5JICA 4F2SA 4B9SA 2G8WA 3OYMA 4BWMA 4J2DA 3LZJA 3H46O 3D7EO 4CEDA 2WUSA 3THYB 3MN5A 3K5LA 3OYGA 4H0PA 5C2FA 4YNQA 3CQYA 1KSPA 3CJ9A 3Q7BA 4DWIA 1TL3A 4JRPA 3LDLA 5JLHA 5EX5A 3ZT0A 1S9GA 2XY5A 1BGXT 5JMVA 3KKRA 1ILYA 1BCMA 3CCQN 3MN9A 5BN9A 5CHIA 3AO2A 4PA1A 4DQIA 4K0KK 4H03B 5FPEA 2D0PA 4Q0BA 3V1OA 4QS7A 4FZXC 3CM5A 3OYHA 1EX4A 1X1PA 3DLKA 3SJJA 4CK2A 5IT9O 1JCEA 2GV9A 2D0BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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