1ZBUA

Crystal structure of full-length 3'-exonuclease
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
225
structure length
225
Chain Sequence
SYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDLMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' exonuclease ERI1
publication title Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 62
structure length 225
sequence length 225
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbuA01
2YNGA 1JLAA 4AH9A 3SI6A 1S9EA 4IG0A 1NOYA 4FXDA 1WSEA 3LP0A 4M3UA 5HROA 1XI1A 3JYTA 4QAGA 2KFNA 5CZ2A 1Y97A 1NKBA 4FM1A 1RDDA 1HNVA 4JLHA 3ZSQA 4DMNA 3PX6A 2B4JA 2DFFA 3MXJA 4CF0A 5HRPA 4FM2A 3AVLA 4W5OA 3HK2A 1CLQA 4ZTJA 3SQ1A 5J2QA 1N6QA 3DLHA 3VQ5A 4KAZA 4CJPA 4Z4IA 2ITGA 4O5BA 1N5YA 3OYEA 5J1EA 3RRHA 1DLOA 5J2PA 4Z0UA 4CJQA 4E3SA 4C8NA 3TANA 3K5OA 4PUOA 4DTJA 5CYMA 4Z4EA 3IRXA 1SV5A 5DK5A 3VQ9A 4CGGA 2F8SA 3QESA 1S5JA 3IG1A 2HW3A 1BIZA 1WSIA 2ZD1A 4LY7A 3HO1A 2Z1GA 3RR7A 4MQ3A 2G8UA 3MXIA 3HPOA 1X9WA 4J2DA 3SNNA 3OYNA 4FYDA 1UWBA 4EZ9A 3NFAA 4CJLA 4PQUA 2P5OA 3AVKA 1ZBUA 4F3OA 3ULDA 3U6FA 4FJIA 1JLFA 3OYGA 1C1BA 5SWMA 4M3RA 3NH1A 1SKWA 2FBVA 1T7PA 1KTQA 3LAKA 2BE2A 3RMBA 4DTOA 3HL8A 1X1PA 2IOCA 4BDYA 4W5TA 3AVJA 1BIUA 4FLWA 3NE6A 1RT4A 3VN5A 2RN2A 3NCIA 2OZSA 2YNHA 1IKWA 4CHPA 3KTQA 2BDPA 3M8RA 4O0IA 2QKKA 3AVFA 3C95A 3ASMA 3V9WA 4E7LA 1IG9A 3NGYA 1HMVA 1RBUA 3L2QA 3MEEA 3C94A 3VA0A 3SUQA 1U49A 4DQIA 4HCBA 4PA1A 4CJTA 4FLTA 4CEDA 3VQ7A 4DLEA 3TAQA 1YTUA 2HHTA 1G15A 3LP3A 4PWDA 1TVRA 1WSGA 3ISNC 3T19A 1ZBHA 2KZZA 4NCGA 4B9LA 4DQQA 1J9AA 3CFOA 4CJ4A 3OYMA 3BDPA 4LSLA 5D3GA 1Z25A 3VQPA 4E19A 4W5QA 3KKRA 3NF9A 4J2AA 4FJJA 4M3ZA 2YNIA 2XO7A 3OYJA 4DTXA 1T8EA 5KI6A 3ZT4A 2EHGA 4I9LA 1XC9A 4DSIA 1WSFA 1U48A 2D0BA 4DSLA 1HRHA 3DLRA 4GMJB 2HNYA 2YKMA 4RG8A 4ELUA 4FJMA 1QE1A 1O1WA 4KHUA 3PUFA 3AO1A 4AHVA 2X78A 3H08A 5FRMA 3AA2A 2HHXA 1B9FA 1B9DA 1CZ9A 3NF7A 1T03A 4B9MA 1TV6A 3ZSVA 1LWFA 5T7BA 1BCOA 3K59A 3AVIA 5I42A 2F8TA 1GOBA 2F96A 4CHQA 3CM5A 3LAMA 3SYZA 4BDPA 2KTQA 5KTQA 2XHBA 4I7FA 1B92A 2OPPA 4CEOA 5CYQA 4JRPA 2HNZA 3S3NA 3HJFA 3AV9A 5I3UA 5JS1A 1Q8IA 4E7KA 4H8KA 4DTMA 3V6DA 3WNGA 1S9GA 3HVRA 1A5XA 3C6UA 4KB1A 4CJEA 3SCXA 3HT3A 1RTIA 4AHRA 3AVMA 4DSEA 3TI0A 4CIEA 3B6OA 4DF8A 1LWCA 1S1UA 4NYNA 2D0AA 4M41A 1BI4B 1EETA 3TAFA 1VSJA 1VSHA 4OKKA 4HUFA 2HVHA 2VG7A 3NGZA 2LSNA 3QINA 2HHWA 4HVJA 4H4MA 2IDOA 4RW7A 4OLAA 4RW4A 4HTUA 2HB5A 3CM6A 3KLIA 3LWMA 3IAYA 1RT2A 1QSSA 5DMRA 3AA4A 2X74A 1JLGA 5K14A 3O4QA 2PZSA 5JS2A 3LALA 4CHYA 3AA5X 4FCYA 5HRNA 3ITHA 4NYFA 4CJSA 1KVAA 5J2MA 1KFDA 3V9XA 1NK0A 4F2SA 4B9VA 1ZBIA 5KRTA 4B9SA 1UA0A 2KW4A 4CEZA 1IKYA 1KRPA 3MEDA 4FW2A 2P5GA 4E1MA 4FK0A 3FFIA 4N56A 3DRPA 5C24A 4CFDA 5CZ1A 1JXEA 4DS4A 3MXMA 4KTQA 1ASWA 2JLEA 3OS2A 3NH2A 4QCLA 3AVCA 3V9UA 4XIUA 4KHQA 1VSIA 5SZTA 3L3VA 3LP2A 4GW6A 1JKHA 3ZT0A 1KVCA 2OPQA 4LH4A 1TL3A 3TAEA 3OY9A 1RNHA 3DOLA 4DG1A 4N47A 2ZE2A 3AO2A 2Z1HA 1FXXA 3I0SA 3K57A 3VQCA 4E7HA 3QEWA 1Q9XA 1D8YA 2G8FA 4FVMA 1LAVA 1LW0A 3CG7A 3WNFA 4NCBA 3HM9A 4CGDA 2OPRA 3NBPA 3L2VA 4AHUA 3EZ5A 4Z4FA 4CJ3A 1RTJA 3NF8A 3KK2A 3PX4A 1WNSA 4WE1A 4IFYA 1Q9YA 1RT7A 1VRUA 2VWKA 4FZXC 3VQDA 3HSTB 3NAEA 4J2EA 1TAUA 5C25A 1U47A 4DU3A 3F73A 1XHZA 1VSLA 2D5RA 5HLFA 3KKSA 1ASVA 2OZMA 4F3TA 4NCAA 3AO4A 3G10A 2DY4A 2XRIA 3F9KA 4KFBA 4KRFA 2G8VA 4LD0A 4BWMA 2Y1IA 4B8CA 3OYBA 1VSKA 2FBYA 4I2PA 3SJJA 3DLEA 1HYZA 1NKEA 4DTRA 4IG3A 1NK8A 3HYFA 3U3GA 1MU2A 2QXFA 4O0JA 3V1RA 4F4KA 4FJKA 3DOKA 4FLZA 3K5MA 2OPSA 1Z26A 3S3MA 4KI6A 3AVBA 5FROA 1L3SA 4C8LA 3K58A 4QOZB 2HNDA 3P5JA 2HHSA 2YHAA 4FJNA 5J2NA 1S1XA 3LANA 1NJYA 1A5VA 2QKBA 2DFEA 3PO4A 3P83D 4C8OA 4DTSA 1U4BA 1TK8A 3ZSZA 4Y1DA 4KV8A 3HPHA 3RR8A 1HYSA 4DQSA 4W5NA 4KO0A 3RRGA 1TK0A 4CE9A 2VG6A 1YVUA 3A2FA 5C42A 1HJRA 1J54A 1JLBA 1VSDA 2Z1JA 3QNNA 3DM2A 3SZ2A 1TKDA 3OYDA 3V9SA 1S1VA 3L8BA 2P1JA 2YNFA 3TABA 3V1OA 3UIQA 4CK1A 2E6LA 4PY5A 2RKIA 2NUBA 4CGHA 1VSFA 4OGEA 3QETA 4B9NA 4FK4A 4CEQA 4E1NA 4RW6A 1C0TA 4DTPA 4M3WA 4Z4GA 4K8ZA 3LZJA 4RW8A 2R7YA 1IO2A 3HP9A 1JLCA 4IFVA 5HP1A 3ALYA 5KGWA 4W5RA 4M3TA 4AHSA 4FLYA 1HPZA 1C1AA 4KKOA 1XWLA 4HUEA 4CF8A 2KQ2A 1KLMA 3ZT3A 2DFHA 4YNQA 2PY5A 3KD5E 1C0MA 1UOCA 3ZT1A 4KHNA 4DLGA 3AVHA 2FC0A 4CK2A 4B08A 1FK9A 2XY7A 1TKZA 4BE1A 4CF9A 1F21A 1YTAA 3QO9A 3ZSOA 3OYKA 1UA1A 1SKSA 3QIOA 3AVAA 1C6VA 3LZIA 4CGFA 2GUIA 3AO3A 4KTWA 1JL1A 5KGXA 1NK9A 2G8IA 4DFMA 2EX3A 4O4GA 4FJLA 3O3HA 3I0RA 3DRRA 4IBNA 4OKJA 3OYLA 1TKXA 4HHTA 4ELVA 2WOMA 4BE0A 3RTVA 2OA8A 2E4LA 3M8PA 1NK4A 3NF6A 4JRQA 2A1SA 1WLJA 4Z4CA 4EP5A 4J2BA 4CGIA 1KVBA 4DFKA 3DI6A 2P51A 4RW9A 3DLKA 1L3VA 3HPGA 1HQUA 2G8WA 3AVGA 4CHZA 1SL1A 2HVIA 3KK3A 4FM0A 4CESA 2XY5A 4KHYA 2X6SA 5FRNA 3I8DA 3V81A 4CERA 1XHXA 3RMAA 1RTHA 3G0ZA 4ID1A 5EU7A 2O4GA 3E01A 2BANA 1JLQA 4KHWA 1IKVA 5E41A 3CFPA 4BACA 3S3OA 2G8KA 2VWJA 4CJVA 4CFAA 1EX4A 1ASUA 1VK0A 5HRSA 4OVLA 3PV8A 1TGOA 4FW1A 1LV5A 1ITGA 1BL3A 1RT3A 4L8RB 4FJ8A 1DTTA 4ICLA 4H4OA 3SQ0A 4FJ5A 2G8HA 4FZYA 3DYAA 3DRSA 4CEBA 3CFRA 1W9HA 4B8AB 3VQ8A 3HXMA 3PX0A 1SL0A 1SL2A 1NOZA 2VG5A 4Y1CA 1EKEA 4KPYA 1RT1A 2GV9A 4K8XA 1WN7A 1ZYQA 4B9TA 4OLBA 4UQGA 4I2QA 4KI4A 4CF1A 3OYCA 2A1RA 1I39A 1KFSA 1RDAA 4OGCA 4OKEA 5HBMA 1I3AA 3L2RA 3NHGA 4O55A 2OYQA 4CJFA 4R5PA 4F2RA 3L3UA 1U04A 1CXUA 2XY6A 1JL2A 1QS4A 3JSMA 4ZHRA 2AJQA 4KTZA 1S6QA 4CCHA 4G1QA 2HHVA 1D5AA 4DSKA 4ID5A 4B9UA 4CJ5A 1SUQA 4AHTA 2QK9A 4CIGA 4OJRA 1QHTA 3OYHA 1EXQA 2ZQBA 4FJ7A 4CEFA 4M42A 1S6PA 2JGUA 1RILA 1C0UA 1NK5A 1ZBFA 4TSXA 3PY8A 3TAPA 4DQRA 3OJUA 2Z1IA 4FLXA 4E0DA 2YV0X 1RBVA 4CECA 3K5NA 1WAFA 2HHUA 1X9MA 1KSPA 3HP6A 1RCHA 5KRSA 3PO5A 2IAJA 1L3UA 3ZSWA 1HNIA 3SUOA 4FZZA 3OS0A 1UAXA 3SQ2A 3KLFA 4KREA 4YFUA 3SV4A 4FJHA 1YT3A 4Q5VA 5CY4A 3MECA 2RPIA 3VQQA 3WNEA 3OS1A 3LWLA 4CK3A 3NGIA 4DFPA 1NJZA 4OPKA 3KD1E 1BHLA 4E7IA 4OPJA 4CHNA 1WAJA 4FJ9A 4BE2A 3V9ZA 1BCMA 2DTUA 3P1GA 1LAWA 4CJRA 4DU4A 3BGRA 3VQ6A 4CFCA 4DTUA 4C8MA 1A5WA 2FBTA 1FKOA 1VSMA 4FJGA 1NK7A 4FJXA 1RT6A 1BQNA 3T3FA 3V4IA 1HQEA 4BWJA 3QIPA 4LH5A 1REVA 1TAQA 1CXQA 3SQ4A 4CEAA 3DLGA 2I5JA 4FLVA 3CQ8A 3CYMA 4CJWA 4E7JA 3OYIA 2PYJA 4I9QA 3VA3A 3D45A 1RBSA 4IDKA 4DS5A 3QNOA 3U3YA 4M45A 1JXBA 3SV3A 3ZT2A 4C8KA 4N76A 2IGIA 2YKNA 4IKFA 1BI4A 1S1WA 3MEGA 3VQEA 3DLBA 2HHQA 1HYVA 2B5JA 1FKPA 1U45A 1QQCA 2IS3A 3KK1A 4DWIA 3LP1A 3QEVA 2IC3A 3MAQA 1TL1A 1SKRA 3AA3A 3T1AA 3LPUA 5FDLA 3WNHA 3KLEA 4ELTA 3EYZA 4ZTFA 3SUPA 2XY8A 4CIFA 2YHBA 3TR8A 2PYLA 4CHOA 4M3XA 1TKTA 1KCFA 3RWUA 4N41A 3K5LA 1BQMA 1RTDA 1NK6A 2WONA 5HRRA 1NJXA 1RDBA 3O3GA 4EZ6A 4B3OA 2Y1JA 1LWEA 1IH7A 1KLNA 1T05A 3AO5A 1L3TA 1J53A 2GBZA 2KFZA 4CEEA 3AVNA 4KB0A 4N5SA 4AILC 3VQBA 1WSHA 1NKCA 4DQPA 1WSJA 3QERA 3L2WA 4DTNA 3RMCA 4F8RA 1JLEA 4JS4A 4MFBA 1LW2A 4CJUA 4E89A 1QTMA 3O4NA 1K6YA 4FK2A 3OVNA 4O44A 3EY1A 4DFJA 4JS5A 4CGJA 3NH0A 1RT5A 1IKXA 1QSYA 1D9FA 2Q3SA 3LPTA 3DMJA 3M8QA 3SPZA 1EP4A 3VQAA 3KLHA 4DSJA 2O4IA 1BGXT 2ATQA 2RF2A 3B6PA 1S1TA 4GVMA 3D0PA 2D0CA 3QEPA 4DSFA 3C6TA 3TAGA 4DU1A 3OYFA 1D9DA 1W0HA 4EP4A 3OYAA 1RBTA 1NJWA 3LDSA 3O3FA 1VRTA 1RDCA 3QEIA 3TAMA 2KZMA 2HMIA 3IS9A 3RMDA 1GOCA 3V1QA 4FLUA 1QSLA 2W42A 3NDKA 4Z4HA 3ZCMA 3SUNA 4CFBA 4KHSA 1GOAA 4HUGA 1VSEA 3HVTA 4LSNA 3M8SA 4BDZA 4M3YA 3THVA 1TK5A 3KJVA 2ETJA 2X6NA 2BGGA 1C1CA 1BISA 3QLHA 3VQ4A 3S9HA 3TARA 4Q0BA 2FBXA 1L5UA 3KLGA 4CF2A 3L2UA 3K2PA 3TWHA 3ZSRA 4CJKA 1R0AA 1DTQA 2B6AA 2E6MA 3KIOA 1ZBLA 4DF4A 3SPYA 4AHCA 4HCCA 3QEXA 1RBRA 1CZBA 3ZSYA 1X9SA 3OJSA 3ZSXA 1J5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FXDA 4B3TK 4M3UA 4QAGA 4CZMA 3TU5A 1Y97A 3CD6N 4FM1A 4DUYK 2ASMA 4DMNA 4IO8A 3MXJA 1QQOA 3ZX3A 3HK2A 4MO5A 5J2QA 4KAZA 4CJPA 4DV5K 4KH5A 1HUXA 4DR5K 1H1VA 3VGLA 3OYEA 3TANA 4JI5K 2O8CA 4DTJA 5CYMA 5DK5A 3SMSA 2HW3A 2Z1GA 4AM6A 3HPOA 1X9WA 3SNNA 4FYDA 4BQLA 1UWBA 3WXKA 2RE2A 4CJLA 3CJBA 4PQUA 3BY5A 3AVKA 3ENBA 3ULDA 3U6FA 4F3OA 1C1BA 2IIRA 4YOVA 3D2EB 3LAKA 3WXMB 4JKBA 3O9UA 2P9LB 1RT4A 1SAZA 2YNHA 2BDPA 3M8RA 1K8KA 4O0IA 2QKKA 1HMVA 1RBUA 1U49A 3I8BA 4PA1A 1NGJA 4FLTA 1NGDA 3C65A 3LP3A 4B9QA 3ISNC 4C23A 1ZBHA 1OH7A 4IJNA 1KAYA 4CJ4A 2KHOA 3T7ZA 1Z25A 4A62A 5LMNK 4YHHK 3KKRA 1N36K 4J2AA 5KI6A 2EHGA 5C15A 1U48A 2HNYA 2YKMA 2YI1A 3O4WA 1QE1A 1O1WA 1NMDA 3NF7A 1NG9A 2W41A 3CC7N 2VGNA 1LWFA 4K41A 5T7BA 3K59A 3GOIA 5CE3A 5FLXO 1P90A 3SYZA 5KTQA 2YJEA 4I7FA 4H5RA 3HJFA 4DCHA 3K0SA 5AQYA 1HJOA 3AGRA 4DTMA 3THWA 4JI3K 4CJEA 3SCXA 4GV9A 4AHRA 1FW6A 3N4QA 2PBDA 1U2VA 3TI0A 2OTLN 3B6OA 4DF8A 1E4FT 1S1UA 2YHXA 1KD1O 2D0AA 1VSHA 3CHWA 1S3XA 3LDNA 3QINA 2A40A 1BOTO 5AQUA 4H4MA 2IDOA 3TSQA 5TKWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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